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Cambridge Institute Healthtech annonce l'acquisition de OpenHelix

Cambridge Institute Healthtech (CHI) annoncé l'achat de OpenHelix basé à Washington, le fournisseur de la formation en ligne et sur place sur une partie de la bio-informatique des ressources les plus puissantes et les plus en accès libre sur le web.

"Savoir utiliser les derniers outils de la bioinformatique est essentielle à la recherche en génomique, qui ne fera que croître en importance,"A déclaré M. Phillips Kuhl, Président de Cambridge Institut Healthtech "Avec un palmarès de plus de dix ans de développement et la présentation de formation sur les bases de données ouvertes et des programmes d'accès bioinformatiques, OpenHelix est un service instrumental pour les chercheurs et un ajout important à la famille de CHI de produits de conférence et de formation ".

OpenHelix se joindra à l'Institut Healthtech Cambridge en tant que division de Bio-IT World, une des principales sources de nouvelles et d'opinions sur la technologie et l'innovation stratégique dans les sciences de la vie, notamment la découverte et le développement de médicaments. "OpenHelix apporte Bio-IT World un public vaste et solide dans le milieu de la recherche universitaire, ainsi que la possibilité d'étendre à notre public une gamme de produits de formation de grande valeur,,"Vous avez plus Scimemi, Editeur de Bio-IT World, "Formation que beaucoup de nos lecteurs ont besoin pour eux-mêmes ou leur personnel ou les élèves, mais peut ne pas être au courant."

«Nous sommes fiers du succès que nous avons eu dans le passé, avec certaines des meilleures universités et écoles de médecine vous abonnant à OpenHelix,»A déclaré Scott Tour, PDG de OpenHelix «Travailler avec Bio-IT World nous apportera l'infrastructure, les ressources, et la portée de marché nous avons besoin de développer davantage nos tutoriels, abonnements, et l'offre de produits. "

Dans le cadre de l'acquisition, Scott Tour, PDG et co-fondateur de OpenHelix deviendra directeur général de l'unité OpenHelix et Marie Mangan, Président et co-fondateur de OpenHelix deviendra directeur, Produit et contenu de l'unité OpenHelix.

À propos de Bio-IT World (www.Bio-ITWorld.com)
Bio-IT World offre une couverture exceptionnelle des tendances et des technologies de pointe qui ont un impact à la gestion et l'analyse des données sur les sciences de la vie, y compris le séquençage de prochaine génération, découverte de médicaments, prédictive et biologie des systèmes, outils informatiques, essais cliniques, et la médecine personnalisée. Grâce à une variété de sources, y compris, Bio-ITWorld.com, Mise à jour lettre d'information hebdomadaire et la Bio-IT World Nouvelles Bulletins, Bio-IT World est une source de nouvelles et d'opinions sur la technologie et l'innovation stratégique dans les sciences de la vie, notamment la découverte et le développement de médicaments.

À propos de Cambridge Institut Healttech (www.chicorporate.com)
Cambridge Institute Healthtech (CHI), fondé en 1992, est le chef de file de l'industrie en fournissant des informations scientifiques de qualité supérieure à d'éminents chercheurs et experts en affaires de haut pharmaceutique, biotechnologie, et des organisations académiques. Mettre en place un assortiment de ressources telles que des événements, rapports, publications et bulletins électroniques, Le portefeuille de CHI de produits comprend des conférences Cambridge Institute Healthtech, Services éducatifs Barnett, Rapports d'Insight Pharma, Cambridge Consultants Marketing, Cambridge Meeting Planners, Fondation Connaissance et Cambridge Healthtech Media Group, qui comprend Bio-IT World et informatique clinique Nouvelles.

A propos de OpenHelix (www.openhelix.com)
OpenHelix, une société l'État de Washington, a été fondée en 2003 de fournir une formation sur ce qui était alors un jeune mais marché en croissance rapide des ressources en bioinformatique basée web en libre accès. OpenHelix a fourni des services de formation et de sensibilisation pour de nombreux fournisseurs de ressources, telles que le navigateur de génome UCSC, OMIM, et la Protein Data Bank (RSCB APB). OpenHelix reçu une $1.2 millions de subvention 2007 pour créer un moteur de recherche pour les ressources bioinformatiques et de développer ses suites de tutoriels. Dans 2009, il a lancé le service de souscription à plus de 100 suites tutoriel.

Astuce Vidéo de la semaine: 1000 Navigateur Dataset génomes de NCBI


Une récente NCBI newsletter a annoncé la sortie d'une nouvelle ressource nommée 1000 Navigateur Dataset génomes, et c'est la ressource que je vais être en vedette dans cette astuce. Il est l'un des outils disponibles dans le nouveau Variation NCBI page des ressources, qui dispose également des ressources telles que dbSNP, dbVar, dbGaP et ClinVar (dont beaucoup OpenHelix a des tutoriels pour) ainsi que des outils variation d'autres – Reporter Variation (pré-version), Clinique Remap (version bêta) et le Phénotype-génotype Intégrateur.

Avant de discuter de NCBI 1000 Navigateur Dataset génomes, Je voudrais passer un peu de temps sur le 1000 projet Génomes, afin de distinguer ce qui est du NCBI et ce qui est du projet lui-même. De l' 1000 Papier pilote génomes:

“Le but de l' 1000 Projet génome est de découvrir, génotype et de fournir des informations précises sur haplotype toutes les formes de polymorphisme de l'ADN humain dans plusieurs populations humaines. Spécifiquement, l'objectif est de caractériser plus 95% des variantes qui sont dans des régions génomiques accessibles aux technologies actuelles de séquençage à haut débit et qui ont la fréquence des allèles de 1% ou plus (la définition classique du polymorphisme) dans chacun des cinq principaux groupes de population (populations à l'intérieur ou à l'ascendance de l'Europe, Asie de l'Est, Asie du Sud, Afrique de l'Ouest et dans les Amériques).”

Vous pouvez accéder à l'article complet à partir du lien ci-dessous. Le projet est maintenant déplacé au-delà de la phase pilote et libérer de nouvelles données tout le temps. Vous pouvez voir les annonces et les détails du projet, ou accéder à ces données, par la officiels 1000 Site du projet génomes, ou par l'intermédiaire du responsable 1000 Version génomes de l' Navigateur Ensembl. Comme vous pouvez l'imaginer pour une “grandes données” tel projet, les données ont été ajoutées à différentes bases de données NCBI, y compris dbSNP, l' Séquence Lire Archives (SRA) et Échantillon biologique. Bien que vous pourriez rechercher ces données dans le système Entrez recherche universelle, précédemment pour afficher les données que vous souhaitez avoir un aperçu des résultats individuels à chaque base de données distincte. L' 1000 Navigateur génomes au NCBI a été créé comme une interface puissante pour la recherche de manière exhaustive, et l'affichage, 1000 Les données contenues dans les génomes des ressources NCBI sur une seule page.

Dans la pointe de la vidéo, je vais vous familiariser aux différentes zones de la page - le navigateur est créé avec la série de widgets, chacune avec sa propre fonction. Je ne serai pas en mesure de couvrir toutes les fonctions, ou de démontrer comment les utilisateurs peuvent télécharger leurs données de variation propres au navigateur – Je vous laisse le plaisir de découvrir ceux de votre propre. Parce que l'outil est si jeune, bugs et suggestions / commentaires sont toujours activement demandé – si vous trouvez quelque chose, consulter la FAQ (qui traitent des bogues à divers stades d'être fixé) puis envoyer un courriel à l'équipe.

Liens rapides:
NCBI annonce Newsletter Juillet 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

Cette page Variation NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

NCBI 1000 Page Navigateur génomes:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 Site du projet génomes: http://www.1000genomes.org/home

L' 1000 version du projet génome spécifique de l' Navigateur Ensembl:
http://browser.1000genomes.org

Référence:
L' 1000 Consortium Project génomes (2010). Une carte des variations du génome humain à partir de la population échelle séquençage Nature, 467, 1061-1073 DOI: 10.1038/nature09534

Astuce Vidéo de la semaine: MetaboAnalyst 2.0


En regardant à travers la 2012 Numéro du serveur Web de la NAR, Revue Nucleic Acids Research, Je ne pouvais m'empêcher de noms de ressources préavis qui a révélé un peu sur les développeurs’ sens de l'humour, tels que “Percepteur” et “XXmotif“. Il y avait d'autres sur la liste (“AIMANT“, “GENII” et “FORCER“, par exemple,) dont le nom m'a fait grincer des dents imaginer quelqu'un qui essaie de les trouver avec le moteur de recherche moyen. [Our family’s favorite such resource is ENSEMBLE, ou Information hyperlien Plus de protéines - Je dois penser que les développeurs visent à ce nom en l'honneur de l'autre ENSEMBLE :) et petits déjeuners partout.]

Je défile à travers de nombreux noms tels jusqu'à ce que je trouve une ressource pour figurer dans la pointe d'aujourd'hui. Je voulais quelque chose face à un sujet d'actualité – ils ont tous à peu près convenable que les critères – et celui qui m'a intéressé, mais c'était en dehors de ma “zone normale de l'expertise”. J'ai décidé de “MetaboAnalyst 2.0“, qui est la ressource que je vais figurer dans la pointe d'aujourd'hui. Il est décrit dans l'article “MetaboAnalyst 2.0 d'un serveur complet d'analyse de données métabolomique” comme suit:

“MetaboAnalyst est une suite basée sur le Web pour analyse à haut débit de données métabolomique. Il a été initialement publié en 2009… MetaboAnalyst 2.0 comprend maintenant une variété de nouveaux modules pour le traitement des données, QC des données et la normalisation des données. Il a également de nouveaux outils pour faciliter l'interprétation des données, nouvelles fonctions à l'appui multi-groupe d'analyse des données, ainsi que de nouvelles capacités dans l'analyse de corrélation, analyse de séries chronologiques et l'analyse à deux facteurs. Nous avons également mis à jour et amélioré la sortie graphique de soutenir la production de haute résolution, images de qualité professionnelle.”

Comme je le fais souvent, J'ai commencé à “explorer” MetaboAnalyst 2.0 en lisant leur article NAR. Il est bien écrit et décrit comment l'objectif de l'interface est d'être convivial et intuitif, si je me dirigeai vers MetaboAnalyst 2.0 “lancer des pneus”, pour ainsi dire. J'ai trouvé que l'interface est assez facile & intuitif à utiliser. Et pour vraiment aider les utilisateurs à comprendre la ressource avant de se lancer dans téléchargeant leurs propres données, les développeurs de fournir un large éventail de données d'exemple établit que les utilisateurs peuvent jouer avec, ainsi que l'étape par étape guides (pdf, PowerPoint, & deux articles qui nécessitent des abonnements aux revues, pas encore de vidéos). Dans ma vidéo j'utilise un de leurs ensembles de données & montrer un exemple rapide de certaines étapes de l'analyse. Bien sûr, il n'est pas temps de couvrir entièrement MetaboAnalyst 2.0, mais j'espère vous montrer assez pour vous inciter à essayer sur votre propre.

*S'il vous plaît noter que les développeurs vous conseillons de télécharger les résultats immédiatement, car toutes les données utilisateur est traitée comme privée et confidentielle par MetaboAnalyst 2.0 resteront sur le serveur pour que 72 heures avant de passer automatiquement supprimés.

Lien rapide:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Références:
Jianguo Xia, Manda Rupasri, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst 2.0 d'un serveur complet d'analyse de données métabolomique Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson jeunes, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: un serveur Web pour l'analyse des données métabolomique et de l'interprétation Nucleic Acids Research Volume 37, Suppl question 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

Astuce Vidéo de la semaine: Nouveau registre tests génétiques (GTR) Ressource


La fin du mois dernier, le National Center for Biotechnology Information, ou de NCBI, publié un nouveau contenant des informations de ressources sur les tests génétiques. Le nom de la ressource est la Registre tests génétiques (GTR), et selon sa page d'accueil, le GTR:

” fournit un emplacement central pour la soumission volontaire d'informations par les fournisseurs de test génétique. Le champ d'application inclut fin du test, méthodologie, validité, preuve de l'utilité du test, contacts et de laboratoire et les diplômes. L'objectif primordial de la GTR est de faire progresser la santé publique et la recherche dans la base génétique de la santé et la maladie.”

Je suis toujours intéressé à vérifier de nouvelles ressources du NCBI, surtout quand c'est à mon tour de faire une pointe hebdomadaire. Au départ, j'ai pensé que je voudrais vérifier la GTR et poster une vidéo sur la façon de l'utiliser – mais le NCBI me battre pour que les. Vous pouvez voir leur YouTube conseils (il ya deux) en cliquant sur le lien sur leur page d'accueil & apprendre quelques trucs de recherche, etc. [Remarque, les deux vidéos ont continué à boucle pour moi & J'avais besoin de les arrêter après les visionner une fois].

Mais la question que je suis venu à l'esprit est, “Quelle sera la GTR me fournir que je ne suis pas déjà obtenir d'autres ressources cliniques que j'utilise, et que les trains OpenHelix sur?” J'essaie de répondre à cette question dans ma vidéo en faisant la même recherche, pour “La fibrose kystique”, moins cinq différentes ressources liées sur le plan clinique, et de discuter ce que chacun propose et se spécialise en faisant. Bien sûr,, dans une vidéo de cinq minutes je ne peux pas être exhaustif – soit pour les ressources ou de ce qu'ils couvrent – mais je pense que ça va vous donner assez de goût pour vous d'apprécier ce que la GTR vous offre, ou pour continuer la comparaison sur votre propre.

Les ressources que je visite dans le film pointe sont: le GTR, GeneTests, l' Référence Accueil génétique (GHR), OMIM, et Orphanet. À chaque ressource je fais une recherche de base pour la maladie de la “La fibrose kystique” et de montrer l'affichage initial des résultats qui a entraîné. Je n'ai pas le temps de comparer les rapports détaillés disponibles à chaque, mais plus bas sur le post, je créer un lien vers une référence sur la ressource (le cas échéant), ainsi que la page de destination pour les matériaux de formation OpenHelix sur la ressource – puisque nous avons un tutoriel sur un grand nombre de ces ressources. J'ai également des liens directs vers chaque ressource.

Je vous suggère de lire l' NIH Nouvelles article sur la libération GTR pour certains d'arrière-plan sur la GTR. Je ne vais pas couvrir tout ici, mais il ya un ou deux paragraphes que je veux attirer votre attention sur. La première explique la relation entre GeneTests et GTR, et dit:

“GTR est construit sur des données extraites de l'annuaire laboratoire de GeneTests, un des pionniers financée par les NIH des ressources qui seront éliminés progressivement sur l'année à venir. GTR est conçu pour contenir des informations plus détaillées que son prédécesseur, ainsi que pour englober une gamme beaucoup plus large de méthodes de test, tels que les tests complexes pour les variations génétiques associées à des maladies communes et avec des réponses différentes aux médicaments. GeneReviews, qui est la section de GeneTests qui contient par des pairs, descriptions cliniques de plus de 500 conditions, est également disponible par le biais GTR.”

Il semble être un autre cas où il a été jugé plus facile de commencer une nouvelle ressource (GTR) que d'essayer de réorganiser une ressource ancienne (GeneTests) pour gérer l'afflux incroyable de nouvelles données. Souvent les ressources ne sont pas pris sa retraite le plus tôt que prévu, en raison de la rétroaction des utilisateurs, mais il est important de noter que GTR semble être en place pour éventuellement remplacer GeneTests. Je suppose que le GeneReviews sera toujours édité par & le droit d'auteur à l' Université de Washington, Seattle, mais je n'ai pas une référence pour ce. La transition similaire s'est produite pour OMIM, qui a été accueillie au NCBI depuis des années mais dispose désormais d'une nouvelle URL à la Johns Hopkins (surveiller pour notre nouveau tutoriel sur OMIM, qui est actuellement dans les travaux).

Le deuxième paragraphe que je trouve particulièrement intéressant est celui de ce que le GTR contient, et contiennent. Il déclare:

“En plus de faits de base, GTR proposera des informations détaillées sur la validité analytique, qui évalue la précision et de manière fiable le test mesure la cible génétique; validité clinique, qui évalue la constance et la précision du test détecte ou prédit le résultat de l'intérêt; et les informations relatives à l'utilité clinique du test, ou quelle est la probabilité du test est d'améliorer les résultats des patients.”

Je n'ai pas trouvé immédiatement mention qui fournira les informations de validité ou d'utilité dans la documentation GTR, qui est actuellement en cours de construction. Il est clair que la majorité du contenu de la base de données sera “volontairement soumis par les fournisseurs d'essai”, et il est indiqué que “NIH ne vérifie pas les informations transmises à la GTR; il s'appuie sur les soumissionnaires de fournir des informations précises et non trompeuses.”, mais j'ai aussi vu que les experts d'entrée sur le contenu GTR régulièrement, comme on peut le lire ici. L'équipe de GTR est également très intéressé à recevoir des commentaires sur la ressource, qui peuvent être soumises par l'intermédiaire le formulaire de rétroaction GTR.

Liens rapides:

Le Registre tests génétiques (GTR) – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

GTR YouTube Conseils de NCBI – http://www.youtube.com/playlist?list=PL1C4A2AFF811F6F0B

GeneTests – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GeneTests/?db=GeneTests

GeneTests Didacticiel d'introduction par * OpenHelix – http://bit.ly/genetests

Référence Accueil génétique (GHR) – http://ghr.nlm.nih.gov/

GHR Didacticiel d'introduction par * OpenHelix – http://bit.ly/geneticshomeref

Hérédité mendélienne ligne à Man (OMIM) – http://www.omim.org/

OMIM Didacticiel d'introduction par OpenHelix – (bientôt, cours d'actualisation)

Orphanet – http://www.orpha.net/

forme.

*Tutoriels OpenHelix de ces ressources disponibles pour l'achat individuel ou via un abonnement

Références disponibles:

Pour GeneTests (libres de PMC)Pagon RA (2006). GeneTests: une ressource d'information en ligne génétique pour les fournisseurs de soins de santé. Journal de la Medical Library Association : JMLA, 94 (3), 343-8 PMID: 16888670

Pour GHR (libres de PMC)Mitchell, le juge, Fomous C, & Fun J (2006). Défis et stratégies de la référence Genetics Home. Journal de la Medical Library Association : JMLA, 94 (3), 336-42 PMID: 16888669

Pour OMIM (ouvrir l'accès l'article)Amberger, J., Becs, C., & Hamosh, Une. (2011). Un nouveau visage et de nouveaux défis pour Hérédité mendélienne en ligne chez l'homme (OMIM ®) Human Mutation, 32 (5), 564-567 DOI: 10.1002/humu.21466

Pour Orphanet (un accès complet nécessite un abonnement) - Aymé, S., & Schmidtke, J. (2007). Le réseautage pour les maladies rares: une nécessité pour l'Europe Fédéral de la Santé Gazette – Recherche en santé – Santé, 50 (12), 1477-1483 DOI: 10.1007/s00103-007-0381-9

Webinaires gratuits sur la façon d'utiliser le navigateur UCSC Genome

Le UCSC Bioinformatique annonce deux webinaires gratuits sur le navigateur du génome UCSC (http://genome.ucsc.edu/). Les webinaires seront effectuées par OpenHelix, le fournisseur de formation sur les 100s du libre, les ressources accessibles au public en bioinformatique et en génomique.

L'heure et 15 minute webinaires longues couvrira les sujets nécessaires pour utiliser efficacement ce puissant, libre, outil accessible au public. L' premier webinaire, lieu le mardi, Mai 24, 11:00-12:15 PT / 2:00-3:15 ET (EDIT pour ajouter des: ce n'est 18:00 UTC / GMT), sera une l'introduction dans le navigateur du génome, conçus pour les nouveaux utilisateurs du navigateur de génome UCSC, et ceux qui veulent améliorer leurs compétences à la navigation de base et d'affichage.

Dans ce webinaire, vous apprendrez:
• d'effectuer des recherches texte de base
• explorer et de comprendre fonctionnalité d'affichage dans une région génomique d'intérêt
• personnaliser les affichages en fonction de vos besoins
• utiliser des filtres pour mettre en évidence des données qui vous intéresse, telles que l'affichage non synonymes SNP en rouge pour se démarquer
• comment mettre en place une vue de la manière que vous voulez, et puis enregistrez ce que une "session" à partager avec les autres

L' webinaire secondes, lieu le jeudi, Mai 26, 1:00-2:15 PT / 4:00-5:15 ET (EDIT pour ajouter des: ce n'est 20:00 UTC / GMT), couvrira des sujets avancés notamment la création de Custom Tracks et en utilisant le navigateur de table.

Dans ce webinaire, vous allez apprendre à:
• effectuer des recherches avancées des bases de données du génome UCSC
• exporter et télécharger de grandes quantités de données ciblées
• créer des pistes personnalisées résultant de vos recherches de pointe
• créer des pistes d'annotations personnalisées de vos données à partager avec d'autres

Les places sont limitées et l'inscription est requise. Inscrivez-vous au www.openhelix.com / cgi / webinar.cgi. Télécharger les diapositives avant le webinaire pour prendre des notes au http://www.openhelix.com/ucsc.

Résumé du séminaire:
Qu'est-ce: «Introduction au navigateur du génome UCSC» et «Navigateur génome UCSC: Custom Tracks et le tableau du navigateur "webinaires gratuits parrainé par UCSC Bioinformatique et présenté par OpenHelix, LLC.

Lorsque: [noter que les temps sont différents]
Présentation: Mardi, Mai 24, 11:00-12:15 PT / 2:00-3:15 ET (EDIT pour ajouter des: ce n'est 18:00 UTC / GMT)
Custom Tracks et Table Browser: Jeudi, Mai 26, 1:00-2:15 PT / 4:00-5:15 ET (EDIT pour ajouter des: ce n'est 20:00 UTC / GMT)

Qui: Toute personne intéressée à apprendre à utiliser le navigateur de génome UCSC. Nécessite la connaissance des concepts génomique / biologiques. Aucune connaissance en programmation requise.

Coût: Aucun coût.

Coordonnées: Inscrivez-vous au www.openhelix.com / cgi / webinar.cgi. Vous recevrez un email avec l'URL pour le webinaire.

A propos de UCSC Bioinformatique
Le Groupe UCSC La bioinformatique est une partie du Centre pour la science et du génie biomoléculaire (CBSE) à l'Université de Californie, Santa Cruz. Directeur et chercheur David Haussler HHMI dirige une équipe de scientifiques, ingénieurs et étudiants dans l'étude et l'analyse comparative des génomes de mammifères organisme et le modèle. Chercheur scientifique Jim Kent dirige l'équipe d'ingénierie qui développe et maintient le navigateur du génome UCSC (http://genome.ucsc.edu), un outil de recherche qui intègre le travail de centaines de scientifiques du monde entier en un affichage graphique des séquences du génome et les annotations alignés. Le navigateur de génome — initialement développé pour aider à l'assemblage initial du génome humain — dispose désormais d'un riche ensemble d'annotations sur une multitude de génomes de mammifères organisme et le modèle. Le Groupe UCSC Bioinformatique continue de soutenir sa mission initiale à fournir gratuitement, sans restriction l'accès public aux données du génome sur le Web.

A propos de OpenHelix, LLC.
OpenHelix, LLC, fournit les connaissances de la génomique vous avez besoin quand vous en avez besoin. OpenHelix fournit en ligne des didacticiels d'auto-run, séminaires Web, et de formation sur site pour les institutions et les entreprises sur la libre circulation des plus puissants et populaires, basé sur le Web, accessibles au public des ressources bio-informatique. En outre, OpenHelix est également contractée par les fournisseurs de ressources pour fournir complète, formation à long terme et des programmes de sensibilisation.

OpenHelix a son siège à Seattle, avec des bureaux à San Francisco et Boston. De plus amples informations peuvent être trouvées sur www.openhelix.com ou en téléphonant au 1-888-861-5051

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Modifier pour ajouter: Voici un tableau de conversion de temps pour la Intro séminaire qui fournit les temps dans de nombreux endroits dans le monde entier: http://timeanddate.com/worldclock/fixedtime.html?msg=UCSC+Intro+Live+Online+Webinar&iso=20110524T14&p1=43&ah=1&am=15

Une nouvelle fonctionnalité de BioMed Central

Apporté à vous par OpenHelix et BioMed Central :D. Nous aimons vraiment la fonctionnalité et l'idée (bien sûr) et avons pensé le transmettre.

BioMed Central (BMC) est un éditeur libre accès. BMC avec OpenHelix lancé un nouvelle fonctionnalité récemment de donner aux lecteurs des journaux BMC accès rapide à des ressources pertinentes tutoriels génomique. Lorsque vous lisez un article de recherche chez BMC, les chercheurs sont désormais des liens vers des tutoriels en ligne de nombreuses ressources en génomique et les outils utilisés ou cités dans l'article. Le lien conduit le lecteur directement à la page d'atterrissage de formation sur le site OpenHelix. BMC propose un vaste choix du libre accès de haute qualité des revues de recherche et une grande partie de la recherche a annoncé aujourd'hui utilise et cite de nombreuses ressources sur les trains OpenHelix. Les chercheurs peuvent maintenant trouver rapidement une formation sur les bases de données et les outils utilisés dans la recherche. Par exemple, cet article récent , Caractérisation genomewide d'ARN non-polyadénylé, dans BMC Genome Biology cite plusieurs outils utilisés dans leur recherche, y compris GEO, MEME et d'autres. La nouvelle fonctionnalité trouve ces citations dans l'article et liste de liens vers les tutoriels OpenHelix sur ces ressources comme on le voit dans l'image.

Il peut être difficile de trouver un lien rapide vers une ressource pertinente dans les documents–les citations sont parfois incomplètes, ou non lié au site.

Nous avons des plans pour étendre cette fonctionnalité dans plusieurs façons de faire de la formation sur les ressources pertinentes et importantes en génomique simple et plus rapide pour les chercheurs.

Nous avons déjà obtenu quelques bons commentaires sur cette–Excellente idée!

@jytricker Excellente idée! @BioMedCentral / OpenHelix jv sera l'entraîneur scientifiques sur la génomique / outils bioinformatiques mentionnés dans les documents http://ow.ly/4eQbG

 

Nous interrompons ce programme pour un mot… tutoriel sur l'achat individuel

En général, nous ne bloguent pas spécifiquement sur l'achat de tutoriel OpenHelix (Nous le faisons avec les communiqués de presse), ce n'est pas le but du blog, mais je voulais vraiment donner une tête rapide jusqu'à. Beaucoup de nos tutoriels sont libres de l'utilisateur final, car le fournisseur de ressources a financé la formation et de sensibilisation. UCSC, ENCODE, PIB, VUE, SBKB et Galaxy sont que quelques exemples. L'essentiel de nos tutoriels (consultez le catalogue: atteignant 100!) sont derrière un Abonnement mur. Pour les formateurs, génomique d'enseignement des professeurs, apprenants de puissance, groupes et des institutions, abonnements font beaucoup de sens. Parfois, cependant, utilisateurs individuels nécessité de former sur une ou deux ressources et leur besoin est satisfait. Nous avons juste ajouté une fonction d'achat individuel à nos tutoriels pour les utilisateurs.

Si vous n'êtes pas abonné, vous remarquerez nouveau vert “d'achat” et “Abonnez-vous” des boutons (Si vous êtes abonné, ces boutons n'apparaîtront pas, bien sûr, Les tutoriels sont un accès illimité). Cliquez sur le “d'achat” bouton et vous pouvez obtenir l'accès à ce tutoriel spécifique immédiatement après un $28.50 d'achat (via Google Checkout, nécessite un compte Google gratuit, si vous avez un e-mail Google, qui sera al vous avez besoin). Vous aurez un accès immédiat qui durera 3 jours après l'achat. Cela vous donnera un accès illimité à l'animation Flash pour trois jours et la possibilité de télécharger les diapositives, documents et d'exercices.

Encore une fois, vous pouvez voir les tutoriels dans notre liste ici, ou chercher des ressources sur notre accueil et la page de recherche. Il suffit de taper la ressource (ou thème général) vous êtes intéressé par la boîte de recherche. Si nous avons un tutoriel sur la ressource, il y aura un casse-tête »’ icône à gauche du résultat de recherche. Vert signifie qu'il est parrainé et gratuitement, rouge signifie que vous pouvez l'afficher avec un abonnement, ou à l'achat individuel. Il suffit de cliquer sur l'icône :D.

Bulletin OH

OpenHelix a eu un bulletin pour les deux dernières années. Nous l'envoyons aux abonnés et aux autres personnes intéressées. C'est un peu un secret de Polichinelle :). Eh bien, Dans (Trey) a pris sur elle de mettre ensemble cette année et je suis en train de faire notre dernier une, Je pensais en faire mention sur le blog.

Le bulletin sort 3-4 fois par an. Nous mettons en évidence quelques-uns de nos conseils plus populaires ou intéressants de la semaine, écrire un court article et les abonnés à jour sur les nouveaux didacticiels, nous avons ajouté ou récemment mis à jour. Les lecteurs réguliers de ce blog sera probablement déjà ont déjà obtenu beaucoup de cette s'ils continuent sur le conseil ou l'OH sur la colonne de droite, mais il pourrait être un bon moyen de vous rappeler certains de nos conseils, ou pour obtenir en un seul endroit tous les tutoriels que nous avons mis à jour ou ajoutés dans le passé 3-4 mois.

Vous pouvez vous inscrire ici et vous pouvez Voir le dernier ou bulletins passés ici. Une nouvelle va sortir dans quelques semaines!

Obtenez plus de travail d'employés.. les renvoyer chez eux

Ce n'est pas particulièrement la génomique liés, mais intéressant et liées à notre travail ici à OpenHelix. Nous sommes une entreprise semi-virtuel. Nos scientifiques, dont moi-même, travailler à temps plein à la maison. Nous avons un bureau physique à Bellevue, Wa, où le PDG et le travail du personnel de soutien, mais le reste d'entre nous (dont Marie, Jennifer et moi ici sur le blog) travailler à la maison.

Bien qu'il ait été un ajustement pour moi d'apprendre à télétravailler (trouver un endroit pour travailler physiquement séparés, faire des routines rigides, et pour moi d'utiliser un 'Get Things Done’ système de, instiller dans la famille et les amis… 1,000 fois plus.. que vous TRAVAIL et ce n'est pas votre temps libre simplement parce que vous êtes dans le bâtiment, et les aspects techniques.. Ouais pour les Skype!). Pourtant,, J'aime le travail à domicile. Il me donne la souplesse nécessaire pour élever un enfant, dîners cuire à partir de zéro, hobbys et il me sauve de l'argent dans l'entretien du gaz et de voiture. En fait,, si ce n'était pas pour le 2 mile drive à nos filles’ l'école, nous n'aurions même pas besoin d'une voiture. Les inconvénients (peu de temps social avec des collègues, etc) sont mineurs et facilement résolus.

Je suis un défenseur solide de télétravail. Fait à droite c'est super pour le salarié, leurs familles et de l'environnement.

C'est un segue longtemps dans cette déclaration suivante: Il est également bon pour l'entreprise, Vous voulez que vos employés de travailler plus? Envoyez-les à domicile .

Il s'avère que toutes les heures de travail sont les mêmes. Les chercheurs ont calculé BYU un point de rupture ",»Qui est, au point où 25 pour cent des travailleurs ont indiqué que le travail a été atteinte à la vie familiale. Parmi les personnes qui ont à enregistrer toutes leurs heures dans un bureau pendant certaines périodes, ce point de rupture qui s'est passé à 38 heures. Depuis plusieurs travailleurs à temps plein log 40-45 heures par semaine, cela signifie que beaucoup de gens ressentent un conflit.

Si vous donnez une certaine flexibilité des employés sur leurs horaires, si, et leur donner la possibilité de travailler une partie du temps à la maison, point de rupture ne touche pas jusqu'à 57 heures. C'est 19 plus d'heures par semaine - 50 pour cent plus que les travailleurs de bureau uniquement, et l'équivalent de 2.5 jours complets.

Nous avons constaté qu'il nous fait gagner de l'argent. Les petites empreinte physique, pas de location de bureaux, etc. Mais, selon cette étude liée ci-dessus, il obtient également _work_ plus réelle des employés. Je pense que je peux en témoigner. Je pense personnellement que je me suis cogné “trop de travail” point beaucoup plus tard que si je travaillais dans un bureau, je serais pour se rendre au.

Pour une chose, Je n'ai pas l' 30-90 commutent minute ou plus pour se rendre au travail chaque jour. Il ya une bonne heure solides ou deux de temps libre ou du temps de travail. Et parce que je peux être flexible, Par exemple ramasser notre fille de l'école à 3:00 pour l'emmener à une certaine activité, cela me donne une marge de manœuvre beaucoup dans la façon d'utiliser mon temps, rendre le travail moins stressant. C'est à son tour, fait plus de travail facile à faire. Je me retrouve souvent ouvrables après le gamin est au lit, ou j'ai une heure gratuite le week-end. Je sais que à-la-office travailleurs doivent aussi souvent faire, mais pour moi… Je le fais plus souvent quand je veux, et ceux qui “doivent” moments sont moins souvent.

Je suis vendu sur le télétravail. Je pense que, pour de nombreuses entreprises, employés et leurs familles… et l'environnement, c'est un gagnant-gagnant-gagnant-gagnant :D.

HatTip: Andrew Sullivan.

(et l'étude a été réalisée par des chercheurs de BYU, mon alma mater de premier cycle :/)

Éducation au NCBI

Je tiens à souligner la nouvelle NCBI page Education. Il ya beaucoup là que vous pourriez vouloir vérifier. NCBI sera, dès cet automne, propose une série de deux jours de cours de formation qu'ils appellent Ateliers Découverte. Il ya deux ans ils ont terminé la Ateliers NCBI Field Guide, si cela semble être un changement bienvenu.

Il ya aussi des webinaires. Notre recherche suggère que les webinaires sont pas particulièrement populaires, donc je suis curieux de voir comment ces s'avérer. Il ya aussi des "how-to’ guides, documentation, la communauté, Ressources pour les enseignants. C'est tout un beau site avec beaucoup de choses à vérifier.

Je tiens également à souligner l' “liens recommandés” la section. Il ya beaucoup de liens vers des ressources éducatives supplémentaires comme le Cold Spring Harbor Dolan DNA Learning Center et bien plus encore. Et, incidemment :), un lien vers notre propre tutoriaux gratuits qui était très agréable à voir. Vous pouvez vérifier ces hors, nous avons plus de 10 notamment APB, SGKB, UCSC Genome Browser, Galaxy, plusieurs bases de données organisme modèle, et plus.