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News Updates mit Bezug zu den PDB (Protein Data Bank), usw..

Dies ist eine schnelle post, Sie auf Ereignisse zu aktualisieren & Neuigkeiten, die ich gesammelt habe, die mit der Protein Data Bank und andere Protein Ressourcen verbunden sind,.

  • Kürzlich erhielten wir einen Vorschlag für die RCSB PDB durch twitter:

    RT @27andaphd: @Wir verstehen @openhelix Sie wissen, was? Ich glaube wirklich, die pdb sollte eine Firefox Toolbar für struct bio ppl wie ich haben. cc @openhelix

Nun , Sie haben Glück, @ 27andaphd! Ich sprach mit jemandem auf der PDB-Team und haben Sie mit der Symbolleiste abgedeckt, wie in diesem Sommer beschrieben 2010 Newsletter Artikel: Suche in der RCSB PDB in Ihre Web-Browser

  • Das Structural Biology KnowledgeBase, or SBKB, ist eine Schwester Datenbank, um die RCSB HVE, und am letzten Donnerstag veröffentlichten sie Version 4.0 der SBKB. Ich habe Auschecken der Freisetzung & es sieht gut aus – sie haben Kategorien von Informationen und Ressourcen in organisierte “Naben”, wie eine strukturelle Ziele Hub, eine Sequenz, Struktur, & Function Hub, A-Methoden Hub, und mehr. Ich bin in den Prozess nun der Aktualisierung unserer sponsored (frei) SBKB Tutorial jetzt, Sie können aber prüfen wollen, die Freigabe & sehen, was neu.

  • Wir werden weitere spannende Nachrichten bald, so stay tuned!

Quick-Links:
Die Strukturbiologie KnowledgeBase (SBKB): http://www.sbkb.org/

Die Protein Data Bank (BIP) http://www.pdb.org/

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der PDB: http://www.openhelix.com/pdb

Guest Post: Neu bei VISTA- Inna Dubchak

Unser erster Gast Schreiben Sie in unseren neuen semi-regulären Guest Post Serie von Inna Dubchak , Principal Investigator an der LBNL / JGI Gruppe, Entwickler der VISTA vergleichende Genomik Ressource (die Sponsoren ein Tutorial, kostenlos für die Nutzer). Sie sind Anbieter eines kostenlosen, öffentlich zugänglich Genomik Werkzeug, Datenbank oder eine Ressource und möchte etwas zu den Benutzern unserer Bewertung der Post Feature vermitteln, wenden Sie sich bitte an uns wlathe Kontakt AT openhelix DOT com.

Ich möchte Ihnen ein Heads-up auf einige neue Vista-Updates und Weiterentwicklung!

Updates: Wie Sie wahrscheinlich wissen aus diesem Blog, eine neue, noch frei VIEW Tutorial ist verfügbar jetzt. Wir haben eine Einführung viel über Aktuelles zu diesem derIHM Werkzeuge - neu gebaut Programmmit, verbessert die bestehenden, und völlig verändert das Design der Seite, auf i machent mehr up-to-date und bequem.

Haupt-Neben der Website - Vista Point – vereint Funktionen von der drei Werkzeuge derzeit verfügbaren auf der Baustelle - VISTA-Gateway, VISTA Browser, und Text-Browser in der Regel Schritt-für-Schritt verwendet. Vista Point macht Analyse Mehrfach-und paarweisen Genom-Alignments und Extraktion relevanter numerisch Daten viel einfacher, Es ist leicht zu aktualisieren, erweitern und neue Programme.

Bald: Wir sind arbeitet aktiv an Visualisierung Syntenie auf Skalen von Whole-Genome Ausrichtung auf die Erhaltung der einzelne Gene, mit Seamless Navigation auf verschiedenen Ebenen der Auflösung. In unserer nächsten VISTA-Dot Werkzeug benutzten wir das Konzept der tWO-dimensional "Dot-Plots", historisch in der Analyse der lokalen Ausrichtung beschäftigt, und einn interaktiven Google-Map-ähnliche Oberfläche zum gesamten Genoms Ausrichtungen visualisieren. Sie in der Lage, eine zu bekommen Display und analysieren großflächigen Vervielfältigung in Pflanzen in einem Klick! Es kann auch in der Genom-Montage nützlich und Finishing. Eine andere Zusatz Kommen in naher Zukunft, VIEW Syntenie Zuschauer, präsentiert eine neuartige Schnittstelle als drei Cross-schiffbaren Platten, die verschiedene Skalen der Ausrichtung.

Achtung: Vergessen Sie nicht, unsere gesamten Genoms Fähigkeiten nutzen - Whole-Genome VISTA ausrichten Folge von beliebigen Qualität, vom Entwurf bis zum fertigen, bis zu 10MB lange, und Whole Genome rVISTA zu bewerten die Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen (TFBS) sind in den vorgelagerten Bereichen in einer Gruppe von Genen überrepräsentiert.

-Inna Dubchak

RSS-Feeds

Es kann wirklich schwer zu halten mit den Veränderungen in den Datenbanken. Wir haben alle Support-Mailinglisten beigetreten (die wir diskutieren können ein anderes Mal), und sie sind sehr unterschiedlich in Frequenz und Pegel des Einzelnen auf Änderungen an den verschiedenen Standorten.

Wir werden versuchen zu sammeln RSS Feeds von nützlichen Websites, die wir überwachen wollen. Wir haben noch nicht über eine endgültige Aussehen für sie entschieden noch, aber wenn Sie einen RSS-Feed zu finden für eine Website, die nützlich wäre,, lass es uns wissen in den Kommentaren und wir werden es auf unsere Sammlung.

PS: Wenn Sie eine Datenbank oder ein Software-Anbieter und sind Sie nicht über einen RSS-Feed für Ihre Nachrichten noch, Sie halten es für. Wir möchten es haben.