Tag Archives: Neandertaliano

Suggerimento Video della Settimana: Neandertal Inheritance and Consequences

Ok, it’s been a while since this was a regular feature. But I am still finding that I want to show some videos of science topics and software tools sometimes. So it may not be a regular feature, but I will be highlighting some videos that seem interesting to me for various reasons.

This video struck me because I recently gave a talk about the information from ancestral genomes and the influence of the DNA on us today (as well as how we visualize that). They use software that we’ve talked about before, PolyPhen e SIFT, in this analysis. And it would have been handy to have this as a resources to give out to the audience members, who were general public folks in a pub. I am impressed that a research team did this additional step of explaining their research in this way.

Riferimento:

Dannemann, M., Prüfer, K., Wagner, A., & Kelso, J. (2017). Functional implications of Neandertal introgression in modern humans Genome Biology 18:61. DOI: 10.1186/s13059-017-1181-7

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Venerdì SNPpets

This week’s SNPpets include real-time visualization of Ebola spread, precision medicine informatics, big capacity for whole genomes, “genetobollocks” for a new description of media coverage of genomics papers, Neanderal pathogenic variants, and re-examining old problems on a couple of matters.


Benvenuto nella nostra raccolta di link caratteristica Venerdì: SNPpets. Durante la settimana abbiamo incontrato un sacco di link e legge che riteniamo interessanti, ma non ce la fanno ad un post del blog. Eccoli per il vostro divertimento…


https://twitter.com/marimiya_tky/status/608055768181575680 also possible tip

Siamo tutti Neanderthal ora, e posso analizzare che…

Se non avete letto la notizia, la sequenza progetto di Neandertal (o è Neanderthal, il controllo ortografico non prenderà l'ex) è stato rilasciato e pubblicato su Science todae. Ci sono un sacco di cose affascinanti laggiù. Sempre leggendo. Naturalmente la grande novità, la roba i thats volare attraverso le notizie, sono non-africani genomi sono 1-4% Neandertaliano. Questo sembra risolvere definitivamente la questione che sì, siamo un po 'di Neanderthal e noi non li sostituisce, li abbiamo assorbiti con qualche incrocio. Forse non in modo così completo come quello, ma sicuramente qualche mescolanza in corso. Come Razib dell'espressione genica sottolinea, è affascinante osservare quanto rapidamente, a fronte di dati, il paradigma si è spostata. (grande post e la discussione, dovrebbero leggerlo).

Come Razib sottolinea, e come potete leggere l'annuncio presso UCSC, il UCSC Genome Browser ha ora i dati di progetto fino all'assemblea hg18 genoma. Come il la codifica delle differenze alleliche regione dati, dati spazzare selettivo, ecc. Con i dati di Neanderthal ora nel Browser UCSC Genome e altre fonti di dati, siamo in grado di separare i dati, analizzarlo.. (e tu sai che io sarò mettere il mio genoma personale in una traccia comparativo quando ho mai capito. Solo per curiosità sai).

(IVA, c'è una foto interessante, copyright… quindi non lo post qui, si potrebbe voler controllare. C'è una storia interessante c'è, come le nostre illustrazioni di Neanderthal si sono evoluti nel corso degli anni di essere più 'umanizzante’ come si apprende che hanno fatto gli strumenti, aveva la cultura e ora… fanno parte della nostra ascendenza…”)

Sono voglia di andare a giocare lì e vedere quello che posso vedere, sono sicuro che molti scienziati sono. E 'anche affascinante per essere in questo mondo di grandi quantità di dati provenienti rapidamente. Penso che un sacco di paradigmi si sposterà per un po '.

UCSC sito principale: http://genome.ucsc.edu e fare clic su Neandertal da sinistra pulsante di navigazione.

Genomi antico: Neandertaliano

Così, ieri è stato il 200anniversario della nascita di Darwin. Un sacco di feste e di storie NPR circostanti quel giorno tra qualche annuncio come UCSC annunciando il loro browser v200th codice di un giorno di anticipo, in coincidenza (non hanno potuto resistere alla coincidenza :)). Un altro annuncio che è stato a proposito è stato l'annuncio che i ricercatori del Istituto Max Planck per l'antropologia evolutiva avere finito la bozza della sequenza del genoma di Neandertal. Dal momento che solo circa 63% del genoma è in realtà coperto (3.7 miliardi di bps coperto del 3.2 miliardi di bp del genoma, con duplicazioni), quando si annuncia un “progetto” può essere un po 'arbitraria, così il 200 ° anniversario della di un uomo che ha scritto “L'origine dell'uomo, e la selezione in relazione al sesso” è un momento buono come qualsiasi. E stiamo imparando alcune cose come, Neanderthal potrebbe aver avuto la capacità fisica per la lingua, ma non poteva sopportare il latte da adulti (non sono d'accordo con loro digestione). Si prevede un progetto di ricerca e sarà pubblicato alla fine di questo anno. Ci relazione che, naturalmente,, e il collegamento a qualsiasi browser potrebbero essere la creazione di :D. Genomi antichi ci insegnano alcune cose.

A proposito dei quali, l'Exploratorium, un museo della scienza eccellente nella mia bella città, ha una grande mostra (in loco e on line) sul 'come sappiamo le cose’ e come funziona la scienza. Questa mostra è specificamente sulle origini degli esseri umani e il DNA dell'uomo di Neanderthal e la ricerca al Max Planck figura in primo piano.