الوسم المحفوظات: النياندرتال

تلميح فيديو للأسبوع: Neandertal Inheritance and Consequences

موافق, it’s been a while since this was a regular feature. But I am still finding that I want to show some videos of science topics and software tools sometimes. So it may not be a regular feature, but I will be highlighting some videos that seem interesting to me for various reasons.

This video struck me because I recently gave a talk about the information from ancestral genomes and the influence of the DNA on us today (as well as how we visualize that). They use software that we’ve talked about before, PolyPhen و نخل, in this analysis. And it would have been handy to have this as a resources to give out to the audience members, who were general public folks in a pub. I am impressed that a research team did this additional step of explaining their research in this way.

مرجع:

Dannemann, م., Prüfer, ك., فاغنر, أ., & كيلسو, J. (2017). Functional implications of Neandertal introgression in modern humans الجينوم علم الأحياء 18:61. دوى: 10.1186/s13059-017-1181-7

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include real-time visualization of Ebola spread, precision medicine informatics, big capacity for whole genomes, “genetobollocks” for a new description of media coverage of genomics papers, Neanderal pathogenic variants, and re-examining old problems on a couple of matters.


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/marimiya_tky/status/608055768181575680 also possible tip

نحن جميعا الآن النياندرتال, وأستطيع أن نحلل…

إذا لم تكن قراءة الأخبار, تسلسل مشروع نندرتل (أم هو الإنسان البدائي, والتدقيق الإملائي لا تأخذ السابق) صدر ونشر في العلوم توداو. هناك الكثير من الاشياء الرائعة هناك. أنها لا تزال القراءة. طبعا الأخبار الكبيرة, thats الاشياء تتطاير في الأخبار, هي غير افريقية والجينوم 1-4% النياندرتال. هذا يبدو لتسوية هذه المسألة بشكل قاطع أنه نعم, نحن قليلا النياندرتال ونحن لم تحل محلها, استيعابها ونحن منهم مع بعض التهجين. ربما ليس تماما حتى أن بعض الخلط ولكن بالتأكيد يدور. كما Razib التعبير الجيني يشير, انها رائعة لمراقبة مدى سرعة, في وجه من البيانات, تحول نموذج. (عظيم آخر والمناقشة, وينبغي قراءتها).

كما يشير Razib, وكما يمكنك أن تقرأ في الاعلان في UCSC, و متصفح الجينوم UCSC لديها الآن بيانات مشروع حتى في الجمعية الجينوم hg18. مثل ترميز الخلافات المنطقة الأليلي البيانات, بيانات اكتساح انتقائية, الخ. مع البيانات النياندرتال يجري الآن في متصفح الجينوم UCSC وغيرها من مصادر البيانات, يمكننا أن مزق تلك البيانات, تحليلها.. (وكنت أعرف أنني سأكون وضع الجينوم الشخصية في مسار المقارنة عندما أحصل على أي وقت مضى. تعرف يا عادل الغريب).

(ضريبة, هناك صورة مثيرة للاهتمام, حقوق الطبع والنشر… لذا فإنني لن آخر هنا, قد ترغب في التحقق من. هناك قصة مثيرة للاهتمام هناك, كيف تطورت الرسوم التوضيحية لدينا من الإنسان البدائي على مر السنين لتكون أكثر "أنسنة’ ونحن نعلم أن الأدوات التي قطعتها, كان للثقافة ، والآن… هي جزء من أسلافنا…”)

أنا الحكة للذهاب اللعب هناك ونرى ما أستطيع أن أرى, وأنا متأكد من العديد من العلماء. كما انها رائعة ليكون في هذا العالم من كميات هائلة من البيانات القادمة بسرعة. اعتقد ان الكثير من النماذج وسيتم تحويل لفترة من الوقت.

UCSC الموقع الرئيسي: http://genome.ucsc.edu وانقر على زر نندرتل من اليسار الملاحة.

خريطة جينوم القديمة: النياندرتال

هكذا, وكان امس 200الذكرى الرابعة لميلاد داروين. الكثير من الاحتفالات والقصص NPR المحيطة ذلك اليوم بما في ذلك بعض الإعلانات مثل UCSC معلنا متصفحها v200th رمز يوميا في وقت مبكر وذلك ليتزامن (لم يتمكنوا من مقاومة صدفة :)). وكان آخر اعلان الذي تم الاعلان بالمناسبه ان باحثين في معهد ماكس بلانك لعلم الإنسان التطوري وقد الانتهاء من تسلسل الجينوم مشروع النياندرتال. منذ فقط 63% وتتناول الواقع الجينوم (3.7 مليار بت في الثانية لتغطية 3.2 غليان مليار الجينوم, مع الازدواجية), عند واحد يعلن “مسودة” يمكن أن يكون قليلا التعسفي, وبالتالي فإن الذكرى 200 لهذا الرجل الذي كتب “وأصل الانسان, والاختيار في ما يتعلق الجنس” هو جيد كوقت كأي. ونحن نتعلم بضعة أشياء مثل, ربما كان الإنسان البدائي والقدرة المادية للغة, إلا أنه لم يستطع الوقوف حليب الكبار (لم نتفق مع الهضم بهم). ومن المتوقع أنه سوف يتم نشر مسودة والبحوث في نهاية هذا العام. سنقوم في هذا التقرير بالطبع, وتصل إلى أي متصفحات أنها قد تكون إقامة :D. الجينوم القديمة تعلمنا بعض الأشياء.

من الذي يتكلم, والاستكشاف, متحف العلوم ممتازة في مدينتي العادلة, وقد معرضا كبيرا (على موقع على الانترنت و) على كيف 'نحن نعرف الأشياء’ وكيف يعمل العلم. هذا المعرض هو على وجه التحديد أصل البشر والحمض النووي النياندرتال والبحوث في معهد ماكس بلانك شخصيات بارزة.