标记档案: NCBI的

ProSplign

一周的视频提示: ProSplign在NCBI的基因组工作台,en

ProSplign

There are many tools at NCBI的, with a huge range of functions. 文学, 序列数据, 变化, 蛋白质结构, chemicals and bioassays, 多. It’s hard to keep track of what’s available. Their video tutorials are helping me to be aware of new tools, and new features within existing tools. 本周的周提示, we’ll look at their recent video for ProSplign. It’s a tool that will help you align protein information to genomic sequences.

虽然 基因组工作台 itself has been around for a while (we featured it as a tip it first in 2013), it is constantly underdevelopment, and new features are available regularly. And although this tip focuses on how to use the ProSplign piece, if you haven’t used it much it will help you to understand how a number of tools within the Workbench can be accessed. You can also see that Splign is available in the tool list–which is another NCBI tool for a similar type of process, but with mRNA sequences as the focus.

If you want to have a text-based type of walk-through instead, there is a page that will take you through the features (see the quick links below). And there are other videos that will help you to explore the Genome Workbench features as well–there’s a handy special playlist of just those 视频. Subscribe to their YouTube channel for notices of their new items.

快速链接:

NCBI的基因工作台的: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Text-based tutorial page: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial13/

参考文献:

卡普斯京, 华, Souvorov, 答:, Tatusova, 吨, & 李普曼, ð. (2008). Splign: algorithms for computing spliced alignments with identification of paralogs Biology Direct, 3 (1) 分类号: 10.1186/1745-6150-3-20

NCBI staff (2016). 国家生物技术信息中心的数据库资源 核酸研究, 44 (D1) 分类号: 10.1093/nar/gkv1290

Viral Genomes at NCBI

一周的视频提示: Viral Resources at NCBI (including new #ZikaResearch module)

Viral Genomes at NCBIIt would be hard to escape hearing and reading about the recent drama about the Zika virus. But in terms of viral genomics, that only serves to highlight how important it is to deliver quality sequence information for researchers. So in a timely coincidence, a recent lecture for the CDC on the Viral Resources at NCBI was just made available.

The lecture by Rodney Brister provides an overview of the features of the site and explores ways to access the data with some tools they’ve had in place for a long time. He shows ways to quickly get to family members. Then he described a newer direction that they are taking that includes a separate feature accessed from the same homepage called the Virus Variation Resource (starts ~11min). If you click through you’ll see that there are modules for various viruses–和 Zika module just became available last week. So you can find sequences collected there, and also links to related health resources like the WHO and CDC relevant pages. (That’s not shown in the webinar, which was recorded in December 2015). He shows a dengue example that’s got some additional features too.

另外还有一 Retrovirus Resource 可用 (~25min in), which offers “specialized tools for the analysis of retroviral proteins and genomes”. And that’s the place to go if you want the HIV-1 specific module, it’s not with the others that I mentioned before.

It’s longer than our typical tips–but it’s worth exploring if you want to refine your skills at quickly getting to virus data and tools. Just a quick word about a question they had towards the end–about bacteriophage resources. There’s a resource I particularly like for phages, 你可以在这里找到: 銈://www.phisite.org .

特别说明: if you intend to use the AmazonAWS services for any viral genome analysis, you should be aware of this.

快速链接:

Viral Resources at NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/

Virus Variation Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/

Zika module: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/Zika/

参考:

不足之处, j的, Ako-adjei, 四, 如何, 华, & Blinkova, 该. (2014). NCBI Viral Genomes Resource 核酸研究, 43 (D1) 分类号: 10.1093/nar/gku1207

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星期五SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as 泊坞窗, 探索. Reports of a serious 高炉 bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. 而更多的.


SNPpets_2欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…


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一周的视频提示: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI的 has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. 有时, 虽然, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the 公告邮件列表, because it has details of new stuff, 即将举行的网络研讨会, 数据公布, 等. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–网络研讨会, quick videos, 多. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. 退房 their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

快速链接:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: 銈://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI的

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

参考文献:

NCBI Resource Coordinators (2014). 国家生物技术信息中心的数据库资源 核酸研究, 43 (D1) 分类号: 10.1093/nar/gku1130

披露: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

星期五SNPpets

This week’s SNPpets include The Economist and C&EN cover gene editing in different but useful ways, new software for metagenomics, stranded RNA-Seq, the new CDC Public Health Genomics Knowledge Base, IGB 纸, 泊坞窗 getting attention in biology, FDA precision medicine workshops, a nice popular press version of the ExAc (Exome Aggregate Consortium) 故事, and the heresy of Keith Robison who doesn’t hate Excel enough.


欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…


通过https://twitter.com/chris_dag/status/641672663493033984

NCBI举行为期两天的基因组学黑客马拉松一月

由于这次来到我的电子邮件上周三节前, 在我看来,有些人可能会错过它谁可能会喜欢参加. 所以,我只是想有点通过重新发布它来增强信号. 它来自 NCBI公告邮件列表 如果你想看到整个事情, 我摘录只是一些在这里. 它有一个应用篇, 仅供参考.

从一月五日至七日, NCBI将举办一个基因组学黑客马拉松专注于下一代测序数据的先进的生物信息学分析. 本次活动是为学生, 博士后和调查已经在开展使用管道从下一代测序数据的基因组分析. 工作组 5-6 个人将形成的DNA-SEQ / multiomics, RNA - Seq的, 宏基因组学和表观基因组. 这些团体将建立管道到云基础设施中分析大数据集.

组织:
一个基本的组织会议后,, 团队会花 2.5 天分析一个具有挑战性的一系列相关的一组数据集的科学问题. 学生将分析并结合数据集,以处理这些问题. 本课程将发生在贝塞斯达的NIH主校区, 马里兰.

数据集:
数据集将来自设在NCBI公共库. 在课程, 学生将有机会到其他数据集和工具进行分析. 请注意, 如果过程中使用自己的数据, 我们要求您是在事件结束后六个月内提交到公共数据库.

制品:
所有管道和其他脚本, 软件并在此过程中产生的程序将被添加到设计为目的的公共GitHub的库. 手稿概述了黑客马拉松的设计和descripting参与者流程, 产品和科学成果将被提交给一个适当的日记.

应用:
要申请, 填写下面的表单链接 (约 10-15 分钟即可完成). 应用程序是由美国东部时间下午5点,由于12月1日.

与会者将从申请人池中选择; 在领带的事件之前的学生将被优先考虑. 接受申请将于12月10日上午9时由美国东部时间通知, 并直到12月12日中午,以确认他们的参与. 请包括一个监控的电子邮件地址, 万一有后续问题.

[有些东西在这里删除, 与要求, 预请求数, 并在实际事件的东西其他一些细节. 在这里看到完整版.]

* 华大基因黑客马拉松的申请表: https://docs.google.com/forms/d/1isJT0Ns-5MHX8mH4xQnDEFbhlu4HombXspQQaADQoec/viewform

谬以千里.

一周的视频提示: NCBI的变化阅读器

在乡亲 NCBI最近举办一个网络研讨会 涵盖了大量的资源: GTR, ClinVar, 和 MedGen. 这是使用探索关于谁需要得到间隙参与运动一个9岁的孩子信息的案例研究一个很好的介绍了这些资源. 因此,他们遵循有关在对面NCBI的不同资源这小子一些细节的过程中,以显示你可以学到在不同地点.

我希望,记录将变得可用,这样可能是一个三尖周, 但我还没有看到它的任何公告; 我会留意并突出它的未来,如果它. 下面我也引用了一篇论文,涵盖了一些相同的地面作为网络研讨会. 但在此期间,他们最近还增加了有关变异浏览器一个新的短视频,我发现很方便,以及. 所以这将是本周的视频提示.

我特别喜欢您可以轻松地选择一个外显子集中的方式, 用接近顶部的小气泡. 这不是明显,我在第一. 人们常常问我得心应手的方式集中在一个单一的外显子的细节.

除了这个视频, 我也将提供从链接到各地相关资源的再研讨会屏幕盖的幻灯片之一 NCBI的. 如果你还没有签出这些相关的工具,你会想看看他们以及. 有很多了不起的工具可用,他们总是增加新的实用功能. 按照他们在Twitter 关于他们的工具和培训公告–这就是我留在新项目顶部.

NCBI webinar sites快速链接:

差异查看器: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/

MedGen: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen

GTR: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

参考:

兰德隆兆焦耳, Ğ. ř. 浊, 在. 长, 在. S. 鲁宾斯坦, ð. M. 教会 & ð. ř. Maglott (2014). ClinVar: 关系的序列变异和人类表型之间的公共档案, 核酸研究, 42 (D1) D980-D985. 分类号: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1113

一周的视频提示: NCBI序列PDF导出功能

几个星期后面我们做了一个研讨会 UCSC基因组浏览器, 而有人问我,我们看到相当频繁问题: 有没有一种方法来导出您选定的特定轨道上的浏览器视图, 过滤器, 地区, 等? 人们可能希望有自己的自定义视图的记录在实验室笔记本, 或将其用于教学, 或在一个研讨会上也许–当然,或发布你真棒观测期刊.

大多数时候,我只取什么,我需要一个屏幕捕获工具屏幕截图 (我个人最喜欢的是 断枝,它从的TechSmith). 但也有可能是你想要的东西有点重防腐次. 如果你打算做一张海报, 或提交出版, 例如, 你可能希望你能一起工作,并进一步编辑一个不错的PostScript版本. 加州大学圣克鲁兹分校, 做到这一点的方法是用 “查看” 菜单选项这里的PDF / PS:

Export the browser image to a file for further editing or use.

浏览器图像导出到一个文件进行进一步的编辑或使用.

当你得到一个文件, 你可以把它记下来,​​并使用Adobe的图形工具,如果你有他们, 或免费开源的一个像 Inkscape中. 你可以改变颜色, 删除的东西, 添加更多的注解, 等.

所以,当我看到,那就是用类似的功能 NCBI的的序列查看器工具, 我想我应该指出,也. 他们有一个很好的和清晰的视频来说明如何实现获取图像出来的浏览器,进入文件.

自己试用上他们表现出的示例文件, 你可以 去NC_000022.10在核苷酸数据库. 从该网页, 单击 “图形” 链接如下所示:

Click the "Graphics" link on the page to open the Sequence Viewer.

点击 “图形” 链接在页面上打开浏览器顺序.

当您得到的序列观众, 按照说明只是因为它播放出来的YouTube视频. 这是非常直截了当的–只是注意点击右键菜单的PDF文件.

如果你还没有使用NCBI序列多, 你一定要检查出来. 也有一些 其他有用的视频 更多的功能,以及. 而另一个实用的功能就是可以 嵌入序列观众 在你自己的网页.

所有的基因组浏览器有不同的特点和功能, 它很高兴知道,有不同的策略来完成任务,您可能需要完成.

快速链接:

序列浏览器主页 銈://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool​​s/sviewer/

视频: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/videos/

参考文献:

Karolchik D。, 理发G.P., 卡斯帕J。, 克劳森H。, 克莱因的M.S., Diekhans M。, Dreszer T.R., 藤田P.A., Guruvadoo L. & Haeussler M. & (2013). UCSC基因组浏览器数据库: 2014 更新, 核酸研究, 42 (D1) D764-D770. 分类号:

阿克兰A。, 阿加瓦尔R。, 巴雷特T。, 贝克J。, 本森D.A., 博林C。, 博尔顿E。, 科比S.H., CaneseĶ. & 教会D.M. & (2013). 国家生物技术信息中心的数据库资源, 核酸研究, 42 (D1) D7-D17. 分类号:

古董 (或者也许 “经典”) UCSC基因组浏览器退役

大家是很舒服与非标准,但常用的概念 狗年 作为一种比较人类寿命. 汽车爱好者有一个分类 年龄的车辆. 但我一直坐在这里想知道基因组浏览器的年规模应该是什么. 我一直在思考这个问题,因为最近宣布在加州大学圣克鲁兹分校的名单一天:

改变旧程序集的可视化访问

大家好!

在过去的 12 多年来,我们一直在努力保持许多老的可视化, 我们的存档服务器归档组件 銈://基因组archive.cse的.ucsc.edu /, 除了提供下载访问相关的数据集. 不幸的, 此可视化不再是可持续的,因为它很老的组件,由于基因组浏览器软件中的许多变化已经成熟. 因此,我们正在减少访问数据下载某些旧程序集, 并宣布关机存档服务器. 我们将继续向基因组浏览器访问 4 大多数目前人类组件, 并且至少 2 所有其他生物也有一些例外的最新组件. 我们将停止其他所有旧程序集的可视化支持, 但将继续使这些数据集可在我们的下载服务器. 目前我们已经停产可视化支持我们的归档服务器组件包括早期人类的装配汇票, HG4, HG5, HG6, HG7, HG8, HG10, HG11, HG12, HG13, HG15, RN1, RN2, MM1, 平方毫米, MM3, MM4, MM5, rheMac1, bosTau1, CE1, danRer1, 和danRer2. 与这些组件相关的数据和注释的链接已被添加在适当的地方对我们的下载页面 銈://hgdownload.soe.ucsc.EDU /. 如果你有困难找到一个数据集的利益,请与我们联系.

马修·斯皮尔
UCSC基因组生物信息学组

A view of the UCSC Genome Browser in the early days, ~2004.

有一种意见认为在初期UCSC基因组浏览器, 〜2004.

浏览器版本用得不是很远了,我敢肯定,, 但它是我所需要的东西要注意的. 在我们的车间,我提的是旧版本已经可以从 “档案” 登陆页面上的导航, 但现在已经不存在了. 偶尔有参考基因组跨度要重温旧报纸–但越来越少在这一点上为那些真正的老组件. 这些数据将持续下载, 但浏览器的视觉效果将会消失. 但它让我想通过我的老材料回去看看,看看有什么早期的浏览器看起来像 (点击图片embiggen). 很多的基础结构是相同的, 但如果你看一下这些旧组件之一,你可能会惊讶. 少了很多曲目, 这是肯定的. 在我的镜头, 只有少数物种保护轨道 (人类, 黑猩猩, 鼠标, 大鼠, 鸡). 我们只是没有那么多的数据–不只是跨物种, 但其他类型的技术和工具. 较少的轨道. 较少的功能按钮.

这是几乎一样多的乐趣回首 老NCBI接口 回来的路上,我记得从. 那些你们谁一直在此圈地一段时间可能还记得那些. 你们中的一些人甚至会记得关键 “佩德罗的工具” 早在一天. 有时它是值得回头看我们来自哪里知道还有多少我们是比我们意识到的. 我知道有很多埋怨没有治愈癌症,改变了医药行业与人类基因组序列–但我们真的没有数据,只要在浏览器的年. 或者,也许更重要的是 像火星年–比你想象的更长, 尽管具有相当可比性的单日跨度. 科学的弧长, 但它弯曲向着答案.

编辑: 我意识到我应该看看最早的纸,并添加下面引用. 退房图 1 旧的数据视图.

快速链接:

UCSC基因组浏览器: http://genome.ucsc.edu

参考:

肯特WJ, Sugnet C.W., 富里T.S., 罗斯金K.M.的, 普林格尔T.H.的, 付款人A.M. & 豪斯勒ď的. (2002). 加州大学圣克鲁兹分校的人类基因组浏览器, 基因组研究。, 12 996-1006. 分类号:

提示的周: NCBI基因组工作台,en

今天的尖端是从NCBI. 特别, NCBI的基因工作台的. 工作台

…用于观察和分析序列数据的综合应用. 随着基因组工作台, 您可以查看公开可用的序列数据库中的数据在NCBI, 和混合这些数据与自己的私人数据.

这是一个有用的程序,他们有一个伟大的视频,向您介绍工作台的功能和特点. 嵌入的视频在这里是引进, 但它们也有 几个其他视频 包括如何加载一个基因组到工作台, 系统发育和其他. 检查出来.

( 这个星期的头原谅延迟. 雪取消工作, 和淘汰上网!)