태그 아카이브: NCBI


주의 비디오 도움말: ProSplign in NCBI’s Genome Workbench


There are many tools at NCBI, with a huge range of functions. 문학, 시퀀스 데이터, 유사, 단백질 구조, chemicals and bioassays, 더. It’s hard to keep track of what’s available. Their video tutorials are helping me to be aware of new tools, and new features within existing tools. 주의 이번주의 팁, we’ll look at their recent video for ProSplign. It’s a tool that will help you align protein information to genomic sequences.

하지만 게놈 워크벤치 itself has been around for a while (we featured it as a tip it first in 2013), it is constantly underdevelopment, and new features are available regularly. And although this tip focuses on how to use the ProSplign piece, if you haven’t used it much it will help you to understand how a number of tools within the Workbench can be accessed. You can also see that Splign is available in the tool list–which is another NCBI tool for a similar type of process, but with mRNA sequences as the focus.

If you want to have a text-based type of walk-through instead, there is a page that will take you through the features (see the quick links below). And there are other videos that will help you to explore the Genome Workbench features as well–there’s a handy special playlist of just those 동영상. Subscribe to their YouTube channel for notices of their new items.

빠른 링크:

NCBI의 게놈 워크 벤치: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Text-based tutorial page: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial13/

참고 문헌:

Kapustin, Y를, Souvorov, 대답 :, Tatusova, 토니, & Lipman, 디. (2008). Splign: algorithms for computing spliced alignments with identification of paralogs Biology Direct, 3 (1) 간접 자원부: 10.1186/1745-6150-3-20

NCBI staff (2016). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구, 44 (D1) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkv1290

Viral Genomes at NCBI

주의 비디오 도움말: Viral Resources at NCBI (including new #ZikaResearch module)

Viral Genomes at NCBIIt would be hard to escape hearing and reading about the recent drama about the Zika virus. But in terms of viral genomics, that only serves to highlight how important it is to deliver quality sequence information for researchers. So in a timely coincidence, a recent lecture for the CDC on the Viral Resources at NCBI was just made available.

The lecture by Rodney Brister provides an overview of the features of the site and explores ways to access the data with some tools they’ve had in place for a long time. He shows ways to quickly get to family members. Then he described a newer direction that they are taking that includes a separate feature accessed from the same homepage called the Virus Variation Resource (starts ~11min). If you click through you’ll see that there are modules for various viruses–그리고 Zika module just became available last week. So you can find sequences collected there, and also links to related health resources like the WHO and CDC relevant pages. (That’s not shown in the webinar, which was recorded in December 2015). He shows a dengue example that’s got some additional features too.

도있다 Retrovirus Resource 가능 (~25min in), which offers “specialized tools for the analysis of retroviral proteins and genomes”. And that’s the place to go if you want the HIV-1 specific module, it’s not with the others that I mentioned before.

It’s longer than our typical tips–but it’s worth exploring if you want to refine your skills at quickly getting to virus data and tools. Just a quick word about a question they had towards the end–about bacteriophage resources. There’s a resource I particularly like for phages, 여기서 찾을 수있는: HTTP를://www.phisite.org .

특별주의: if you intend to use the AmazonAWS services for any viral genome analysis, you should be aware of this.

빠른 링크:

Viral Resources at NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/

Virus Variation Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/

Zika module: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/Zika/


결함, 제이, Ako-adjei, 디, 방법, Y를, & Blinkova, O. (2014). NCBI Viral Genomes Resource 핵산 연구, 43 (D1) 간접 자원부: 10.1093/nar/gku1207


금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, 같은 도구의 새로운 용도에 고정 표시기, 탐험. 심각한의 보고서 폭발 곤충. 일반적인 스프레드 시트 형식의 실수와 일부 솔루션에보기. 이 유전자 편집 유예 아니다. 그리고 더 많은.

SNPpets_2오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…


주의 비디오 도움말: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. 때로는, 그래도, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the 발표 메일링리스트, because it has details of new stuff, 곧 웹 세미나, 데이터 자료, 등등. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–웹 세미나, quick videos, 더. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. 체크 아웃 their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

빠른 링크:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: HTTP를://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

참고 문헌:

NCBI Resource Coordinators (2014). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구, 43 (D1) 간접 자원부: 10.1093/nar/gku1130

공개: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include The Economist and C&EN cover gene editing in different but useful ways, new software for metagenomics, stranded RNA-Seq, the new CDC Public Health Genomics Knowledge Base, IGB 종이, 고정 표시기 getting attention in biology, FDA precision medicine workshops, a nice popular press version of the ExAc (Exome Aggregate Consortium) 이야기, and the heresy of Keith Robison who doesn’t hate Excel enough.

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

은 https://twitter.com/chris_dag/status/641672663493033984

NCBI 월에 이틀간의 게놈 핵킹 마라톤을 개최하는

이 휴가 전에 수요일에 내 이메일에 와서 때문에, 그것은 어떤 사람들이 참석하는 것 같아서 사람을 놓칠 수 있다는 같았. 그래서 난 그냥 비트를 다시 게시하여 신호를 증폭하고 싶어. 그것은 온 NCBI 공지 메일 링리스트 당신은 모든 일을보고 싶다면, 여기 단지의 일부를 발췌 해요. 이것은 애플리케이션을 보유 편, 참고.

7 월 5 일부터, NCBI는 차세대 시퀀싱 데이터의 고급 생물 정보학 분석에 초점을 맞추고 게놈 핵킹 마라톤을 개최한다. 이 이벤트는 학생들을위한 것입니다, 박사후 연구원 및 연구자는 이미 차세대 시퀀싱 데이터에서 유전자 분석을위한 파이프 라인의 사용에 종사. 의 작업 그룹 5-6 개인은 DNA-SEQ 형성한다 / multiomics을, RNA - Seq, 메타 지노믹스 후성 유전학. 이 그룹은 클라우드 인프라 내에서 큰 데이터 세트를 분석하는 파이프 라인을 구축 할 것.

기본 조직 세션 후, 팀은 보낼 것입니다 2.5 데이터 세트의 그룹과 관련 과학적 문제 도전 세트를 분석 일. 학생들은 분석하고 이러한 문제에서 작동하기 위해 데이터 세트를 결​​합한다. 이 과정은 베데스다의 NIH 메인 캠퍼스에서 개최됩니다, 메릴랜드.

데이터 집합:
데이터 집합은 NCBI에서 지내게의 저장소에서 올 것이다. 도중에, 학생들은 분석을 위해 다른 데이터 세트와 도구를 포함 할 수있는 기회를 갖게 될 것입니다. 주의 사항, 당신은 과정에서 자신의 데이터를 사용하는 경우, 우리는 당신이 이벤트의 마지막 6 개월 이내에 공공 데이터베이스에 제출하도록 요청.

모든 파이프 라인 및 다른 스크립트, 이 과정에서 발생하는 소프트웨어 및 프로그램은 그 목적을 위해 설계 공공 GitHub의 저장소에 추가됩니다. 원고 참가자 프로세스 핵킹 마라톤의 설계의 개요 및 descripting, 제품과 과학적인 결과는 해당 저널에 제출 될 것입니다.

적용하려면, 아래 링크 된 양식을 작성 (대략 10-15 완료 분). 응용 프로그램은 오후 5 EST로 인해 12 월 1 일입니다.

참가자는 신청자의 풀에서 선택됩니다; 종래 학생 타이의 경우에 우선 순위가 부여 될. 허용 지원자는 오전 9 EST 12 월 10 일에 통지됩니다, 그들의 참여를 확인하기 위해 정오에 12 월 12 일까지이. 모니터링 된 이메일 주소를 기입하십시오, 경우에 후속 질문이 있습니다.

[몇 가지 물건이 여기에 제거, 요구 사항, 미리는 reqs, 실제 이벤트 물건에 다른 세부 사항. 여기에 전체 버전을 참조하십시오.]

* 유전체학 핵킹 마라톤 신청서: https://docs.google.com/forms/d/1isJT0Ns-5MHX8mH4xQnDEFbhlu4HombXspQQaADQoec/viewform

멀리 해킹.

주의 비디오 도움말: NCBI 변화 뷰어

의 사람 NCBI는 최근 웹 세미나를 개최 즉, 리소스의 개수에 덮여: GTR, ClinVar, 및 MedGen. 그것은 스포츠에 참여 허가를 얻을 필요가 9 세의 아이에 대한 정보를 탐색의 사례 연구를 사용하여 이러한 자원에 대한 좋은 소개했다. 그래서 그들은 당신이 다른 사이트에서 배울 수있는 것을 보여주기 위해 NCBI에서 다른 자원에서이 아이에 대한 몇 가지 세부 사항의 과정을 따라.

그 일주일의 트리플 팁이 될 수 있도록 녹음이 가능 될 것이라고 기대했다, 하지만 나는 그것의 공지를 보지 못했다; 그렇게되면 나는 미래에 눈을 유지하고 강조합니다. 나는 또한 웹 세미나와 같은 땅의 일부를 포함하는 논문을 참조한 이하. 그러나 그 사이에 그들은 또한, 최근에 편리뿐만 아니라 발견 된 변이 뷰어에 대한 새로운 짧은 비디오를 추가. 그래서 이번 주 비디오 팁이 될 것입니다.

나는 특히 당신이 쉽게 초점을 맞출 엑손을 선택할 수있는 방법을 좋아했다, 상단에있는 작은 거품. 즉, 처음에 나에게 명백하지 않았다. 사람들은 종종 하나의 엑손의 특성에 초점하는 편리한 방법을 나 한테 묻는거야.

이 비디오에 추가, 또한 주변에 관련 자원에 링크 된 이상 세미나에서 슬라이드 중 하나의 화면 캡을 제공합니다 NCBI. 이러한 관련 도구를 체크 아웃하지 않은 경우 당신은뿐만 아니라 그들을보고 싶지 않습니다. 이 훌륭한 도구를 많이 사용할 수 있으며, 그들은 항상 새로운 유용한 기능을 추가하는. 트위터에 그들을 따라 자신의 도구와 교육에 대한 공지 사항–그게 내가 새 항목의 최상단에 방법.

NCBI webinar sites빠른 링크:

변화 뷰어: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/

MedGen: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen

GTR: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/


랜 드럼 엠제이, G 조. 연구. 라일리, 에. 장, 에. S. 루빈스타인, 디. M. 교회 & 디. 연구. Maglott (2014). ClinVar: 순서의 변화와 인간의 표현형 사이의 관계의 공공 아카이브, 핵산 연구, 42 (D1) D980-D985. 간접 자원부: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1113

주의 비디오 도움말: NCBI 순서 뷰어 PDF 내보내기

몇 주 뒤 우리는에 관한 워크숍을했다 UCSC 게놈 브라우저, 나는 우리가 꽤 자주 볼과 같은 질문을했다: 특정 트랙으로 선택한 브라우저보기를 내보낼 수있는 방법이 있나요, 필터, 지역, 등등? 사람들은 실험실 노트에 자신의 사용자 정의보기의 기록을 가지고 할 수 있습니다, 또는 교육에 사용, 또는 세미나에 아마–또는 물론 저널에 멋진 관찰을 게시.

대부분의 시간에 난 그냥 화면 캡처 도구를 필요의 스크린 샷을 (내가 제일 좋아입니다 TechSmith는에서하다가 - 그것은). 그러나 당신이 뭔가 조금 무거운 의무를 할 시간이있을 수 있습니다. 당신은 포스터를 수행하려는 경우, 또는 게시를 위해 제출, 예를 들면, 당신은 당신이 일을하고 추가로 편집 할 수있는 좋은 포스트 스크립트 버전을 할 수 있습니다. UCSC에서, 그렇게 할 수있는 방법은 첨부 “전망” PDF / PS 여기 메뉴 옵션:

Export the browser image to a file for further editing or use.

추가 편집 또는 사용을 위해 파일을 브라우저에서 이미지를 내보내기.

당신은 파일을받을 때, 당신은 그것을 내려 당신이 그 (것)들이있는 경우에 어도비 그래픽 도구를 사용할 수 있습니다, 또는 오픈 소스 같은 무료 잉크 스케이프. 당신은 색상을 변경할 수 있습니다, 물건을 삭제, 더 많은 주석을 추가, 등등.

그래서와 유사한 기능이 있다는 것을 보았을 때 NCBI의 순서 뷰어 도구, 나는뿐만 아니라 그 언급해야한다고 생각. 그들은 뷰어에서 그리고 파일에 이미지를 받고 수행하는 방법을 설명하는 좋은 명확한 영상을.

그들이 보여준 샘플 파일에 자신이 시도하려면, 당신이 할 수 염기 데이터베이스에 NC_000022.10로 이동. 이 페이지에서, 를 누릅니다 “그래픽” 여기에 표시된 링크로:

Click the "Graphics" link on the page to open the Sequence Viewer.

를 클릭하십시오 “그래픽” 시퀀스 뷰어에게여 페이지에 링크.

당신은 순서 뷰어에 도착 후, 이 YouTube 동영상에서 재생하는 것처럼 지시에 따라. 그것은 매우 똑 바른 앞으로의–그냥 PDF 파일에 맞는 메뉴를 클릭 조심.

당신은 매우 NCBI 순서 뷰어를 사용하지 않은 경우, 당신은 확실히 그것을 확인해야합니다. 몇 가지가 있습니다 기타 유용한 동영상 더 많은 기능뿐만. 그리고 또 다른 깔끔한 기능을 할 수 있다는 것입니다 포함 순서 뷰어 자신의 웹 페이지에서.

게놈 브라우저의 모든 다른 기능과 기능을 가지고, 그리고 당신이 수행하는 데 필요한 수 있습니다 작업을 수행하기위한 다양한 전략이 있다는 것을 알고하는 것이 좋다.

빠른 링크:

시퀀스 뷰어 홈페이지 HTTP를://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool​​s/sviewer/

동영상: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/videos/

참고 문헌:

Karolchik D., 이발사 G.P., 캐스퍼 J., 클로 슨 H., 클라인 M.S., Diekhans M., Dreszer T.R., 후지타 안내 방송, Guruvadoo L. & Haeussler M. & (2013). UCSC의 게놈 브라우저베이스: 2014 업데이트, 핵산 연구, 42 (D1) D764-D770. 간접 자원부:

아클 랜드 A., 아가 왈 R., 바렛 T., 벡 J., 벤슨 지방 검사, 볼린 C., 볼튼 E., 브라이언트 S.H., Canese K. & 교회 D.M. & (2013). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원, 핵산 연구, 42 (D1) D7-D17. 간접 자원부:

고대의 (아니면 “고전적인”) UCSC 게놈 브라우저 은퇴

모두가 비표준하지만, 일반적으로 사용되는 개념 꽤 편안합니다 강아지 년 인간 수명을 비교하는 방법으로. 자동차 매니아 분류법이 차량의 연령대에. 하지만 게놈 브라우저 년 규모되어야 궁금 여기 앉아 있었어요. 때문에 나는 UCSC 목록 다른 일을 통해 최근 발표 그것에 대해 생각을 해 봤는데:

이전 어셈블리 시각화 액세스의 변경


과거에 12 년 우리는 많은 이전의 시각화를 유지하기 위해 노력을 만들었습니다, 우리의 아카이브 서버에 대한 보관 어셈블리 HTTP를://게놈 archive.cse.ucsc.edu /, 관련 데이터 세트에 다운로드 액세스를 제공하는 이외에. 불행하게도, 이 성숙되면서이 시각화 게놈 브라우저 소프트웨어의 많은 변화로 인해 아주 오래된 어셈블리를 지속 더 이상. 따라서 우리는 데이터 다운로드에 특정 이전 어셈블리에 대한 액세스를 감소 만, 우리의 아카이브 서버의 종료를 발표하는. 우리는을위한 게놈 브라우저 액세스를 제공하는 것 4 가장 최근의 인간 어셈블리, 그리고 적어도 2 일부 예외를 제외하고 다른 모든 생물에 대한 가장 최근의 어셈블리. 우리는 다른 모든 이전 어셈블리에 대해 우리의 시각화 지원을 중단합니다, 그러나 이러한 데이터는 우리의 다운로드 서버에서 사용할 수있는 설정을 계속할 것. 우리는 시각화 지원을 중단 가지고있는 현재 우리의 아카이브 서버 어셈블리는 초기 인간 조립 초안을 포함, HG4, HG5, HG6, hg7, HG8, HG10, hg11, hg12, hg13, hg15, RN1, RN2, MM1, MM2, MM3, MM4, MM5, rheMac1, bosTau1, CE1, danRer1, 및 danRer2. 이러한 어셈블리와 관련된 데이터 및 주석에 대한 링크는 우리의 다운로드 페이지에서 적절한 위치에 추가되었습니다 HTTP를://hgdownload.soe.ucsc.이두 /. 당신이 어려움을 그 데이터 세트의 위치를​​ 가지고있는 경우에는 저희에게 연락하십시오.

마태 복음 Speir
UCSC 게놈 생물 정보학 그룹

A view of the UCSC Genome Browser in the early days, ~2004.

초기에 UCSC 게놈 브라우저의보기, 년 ~ 2004 년.

나는 브라우저 버전은 매우 더 이상 사용되지 않습니다 확신 해요, 그러나 알고 있어야 할 내가 필요 것이었다. 우리의 워크샵에서 나는 이전 버전에서 제공되었습니다 언급 “자료실” 방문 페이지에 탐색, 하지만 지금은 사라질 것입니다. 때때로 당신이 방문하고자하는 게놈 범위를 참조하는 이전 논문이있다–하지만이 시점에서 정말로 오래 된 어셈블리를 많이 사용되고있어. 데이터 다운로드를 위해 지속됩니다, 하지만 브라우저 영상이 사라질 것. 그러나 그것은 나를 초기 브라우저가 어떻게 생겼는지보고 다시 가서 오래된 재료를보고 싶어했다 (embiggen에 이미지를 클릭). 기초 구조의 많은 동일합니다, 하지만 당신이 이전 어셈블리 중 하나를 보면 당신은 놀랄 수 있습니다. 많은 적은 트랙, 그건 확실. 내 샷, 보존 트랙에서 몇 종있다 (사람의, 침팬지, 마우스, 쥐, 닭고기). 우리는 그만큼 자료가 없었–종에 걸쳐 단지, 기술과 도구를하지만, 다른 유형의. 적은 수의 트랙. 적은 기능 버튼.

다시 찾고, 이는 거의만큼 재미 이전 NCBI 인터페이스 나는 돌아 오는 길에서 기억. 잠시 동안 로데오에 있었던 분들은 그 기억 할 수 있습니다. 여러분 중 일부는 심지어 키를 기억할 것 “페드로의 도구” 하루에 뒤에서. 때로는 우리가 더 이상 우리가 실현보다 얼마나 많이 실현하기 위해 온 곳을 다시 찾고 가치. 아직 치료 암을 가지고 있지 대해 grousing이 많이 알고 및 인간 게놈 서열과 제약 산업을 변화–그러나 우리는 정말 브라우저 년이 긴 데이터가 없었어요. 또는 어쩌면 더 화성 년처럼–더 이상 당신이 생각하는 것보다, 하루의 상당히 비교 기간에도 불구하고. 과학의 아크 긴, 답변을 향한하지만 굴곡.

수정: 나는 최초의 종이를보고 아래에 해당 참조를 추가해야 실현. 그림을 체크 아웃 1 데이터도 이전 뷰에 대한.

빠른 링크:

UCSC 게놈 브라우저: http://genome.ucsc.edu


켄트 WJ, Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., 프링 글 T.H., 광고주 분이 군. & 하우 슬러 D. (2002). UCSC에서 인간 게놈 브라우저, 게놈 해상도., 12 996-1006. 간접 자원부:

금주의 팁: NCBI Genome Workbench

오늘의 팁은 NCBI부터. 특히, NCBI의 게놈 워크 벤치. 작업대는

…시퀀스 데이터를 조회하고 분석을위한 통합 응용 프로그램. 게놈 워크 벤치와 함께, 당신은 NCBI에서 공개적으로 사용 가능한 시퀀스 데이터베이스에서 데이터를 볼 수 있습니다, 그리고 자신의 개인 데이터와이 데이터를 혼합.

그것은 유용한 프로그램입니다 사람들은 작업대의 기능과 기능을 소개하는 동영상의 큰 세트를 가지고. 여기에 내장 된 동영상을 소개합니다, 뿐만 아니라이 몇 가지 추가 동영상 작업대에 게놈을로드하는 방법 등, phylogenies 및 기타. 이것 좀 봐.

( 이번 주 팁의 지연을 용서. 눈이 작업을 취소, 및 인터넷 액세스를 뜨 렸어!)