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ProSplign

Vídeo Consejo de la semana: ProSplign en la NCBI Genoma Workbench,en

ProSplign

There are many tools at NCBI, with a huge range of functions. Literatura, datos de la secuencia, variaciones, estructura de la proteína, chemicals and bioassays, y más. It’s hard to keep track of what’s available. Their video tutorials are helping me to be aware of new tools, and new features within existing tools. Para Tip de esta semana de la Semana, we’ll look at their recent video for ProSplign. It’s a tool that will help you align protein information to genomic sequences.

Aunque el Genoma Workbench itself has been around for a while (we featured it as a tip it first in 2013), it is constantly underdevelopment, and new features are available regularly. And although this tip focuses on how to use the ProSplign piece, if you haven’t used it much it will help you to understand how a number of tools within the Workbench can be accessed. You can also see that Splign is available in the tool list–which is another NCBI tool for a similar type of process, but with mRNA sequences as the focus.

If you want to have a text-based type of walk-through instead, there is a page that will take you through the features (see the quick links below). And there are other videos that will help you to explore the Genome Workbench features as well–there’s a handy special playlist of just those Vídeos. Subscribe to their YouTube channel for notices of their new items.

Enlace rápido:

NCBI Genoma Workbench: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Text-based tutorial page: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial13/

Referencias:

Kapustin, Y., Suvorov, A., Tatusova, T., & Lipman, D. (2008). Splign: algorithms for computing spliced alignments with identification of paralogs Biology Direct, 3 (1) DOI: 10.1186/1745-6150-3-20

NCBI staff (2016). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research, 44 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkv1290

Viral Genomes at NCBI

Vídeo Consejo de la semana: Viral Resources at NCBI (including new #ZikaResearch module)

Viral Genomes at NCBIIt would be hard to escape hearing and reading about the recent drama about the Zika virus. But in terms of viral genomics, that only serves to highlight how important it is to deliver quality sequence information for researchers. So in a timely coincidence, a recent lecture for the CDC on the Viral Resources at NCBI was just made available.

The lecture by Rodney Brister provides an overview of the features of the site and explores ways to access the data with some tools they’ve had in place for a long time. He shows ways to quickly get to family members. Then he described a newer direction that they are taking that includes a separate feature accessed from the same homepage called the Virus Variation Resource (starts ~11min). If you click through you’ll see that there are modules for various viruses–y un Zika module just became available last week. So you can find sequences collected there, and also links to related health resources like the WHO and CDC relevant pages. (That’s not shown in the webinar, which was recorded in December 2015). He shows a dengue example that’s got some additional features too.

También hay un Retrovirus Resource disponible (~25min in), which offers “specialized tools for the analysis of retroviral proteins and genomes”. And that’s the place to go if you want the HIV-1 specific module, it’s not with the others that I mentioned before.

It’s longer than our typical tips–but it’s worth exploring if you want to refine your skills at quickly getting to virus data and tools. Just a quick word about a question they had towards the end–about bacteriophage resources. There’s a resource I particularly like for phages, que se puede encontrar aquí: http://www.phisite.org .

Nota especial: if you intend to use the AmazonAWS services for any viral genome analysis, you should be aware of this.

Enlaces rápidos:

Viral Resources at NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/

Virus Variation Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/

Zika module: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/Zika/

De referencia:

Deficiencias, J., Ako-adjei, D., Cómo, Y., & Blinkova, La. (2014). NCBI Viral Genomes Resource Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1207

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Viernes SNPpets

SNPpets de esta semana incluyen una serie de cosas, de la recuperación de Pardis Sabeti de un grave accidente de tardígrado teatro genoma. Hay nuevas bases de datos y herramientas como el rastreador secuencia de OGM en la UE, to new uses of tools such as Docker, para explorar. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. Y más.


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


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Vídeo Consejo de la semana: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. A veces, aunque, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the anuncio de la lista de correo, because it has details of new stuff, próximos seminarios, publicación de datos, etc. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–seminarios, quick videos, y más. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. Echa un vistazo their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

Enlaces rápidos:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: http://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

Referencias:

NCBI Resource Coordinators (2014). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1130

Revelación: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include The Economist and C&EN cover gene editing in different but useful ways, new software for metagenomics, stranded RNA-Seq, the new CDC Public Health Genomics Knowledge Base, IGB papel, Docker getting attention in biology, FDA precision medicine workshops, a nice popular press version of the ExAc (Exome Aggregate Consortium) historia, and the heresy of Keith Robison who doesn’t hate Excel enough.


Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


https://twitter.com/chris_dag/status/641672663493033984

NCBI para celebrar dos días de la genómica hackathon en enero

Porque esto vino a mi correo electrónico el miércoles antes de las vacaciones, me pareció que algunas personas podrían perder al que podía gustaría asistir. Así que yo sólo quería aumentar la señal un poco al volver a publicarla. Venía de la NCBI lista de correo de anuncios si quieres ver toda la cosa, Estoy extractar algunos de aquí. Tiene una pieza aplicación, FYI.

De 5 a 7 enero, NCBI acogerá un hackathon genómica se centra en el análisis de la bioinformática avanzada de datos de secuenciación de próxima generación. Este evento es para estudiantes, postdoctorados e investigadores que ya participan en el uso de tuberías para análisis genómicos de datos de secuenciación de próxima generación. Los grupos de trabajo de 5-6 se forma el hombre para el ADN-Sec / multiomics, ARN-Seq, metagenómica y Epigenómica. Estos grupos construirán tuberías para analizar grandes conjuntos de datos dentro de una infraestructura de nube.

Organización:
Después de una sesión organizativa básica, equipos pasarán 2.5 día que analizan un conjunto difícil de los problemas científicos relacionados con un grupo de conjuntos de datos. Los estudiantes analizarán y combinar conjuntos de datos con el fin de trabajar en estos problemas. Este curso se llevará a cabo en el principal campus del NIH en Bethesda, Maryland.

Conjuntos de datos:
Conjuntos de datos provendrán de los repositorios públicos alojados en NCBI. Durante el curso, los estudiantes tendrán la oportunidad de incluir otras bases de datos y herramientas de análisis. Tenga en cuenta, si utiliza sus propios datos durante el curso, le pedimos que se lo somete a una base de datos pública dentro de los seis meses siguientes al final del evento.

Productos:
Todas las tuberías y otras escrituras, software y programas generados en este curso se añadirán a un repositorio GitHub público diseñado para tal fin. Un manuscrito esbozar el diseño de la hackathon y descripting procesos participantes, productos y resultados científicos serán sometidos a una revista apropiada.

Aplicación:
Para aplicar, completar el formulario vinculado a continuación (aproximadamente 10-15 minutos para completar). Las solicitudes deben presentarse 01 de diciembre de 17:00 EST.

Los participantes serán seleccionados a partir de un grupo de solicitantes; Se dará prioridad a los estudiantes anteriores en caso de empate. Solicitantes aceptados serán notificados el 10 de diciembre de EST 09 a.m., y tienen hasta el 12 de diciembre a mediodía para confirmar su participación. Por favor incluya una dirección de correo electrónico monitoreado, en caso de que haya preguntas de seguimiento.

[algunas cosas retira aquí, con los requisitos, pre-reqs, y algunos otros detalles sobre las cosas evento real. Ver la versión completa aquí.]

* Genómica formulario de solicitud hackathon: https://docs.google.com/forms/d/1isJT0Ns-5MHX8mH4xQnDEFbhlu4HombXspQQaADQoec/viewform

Hack de distancia.

Vídeo Consejo de la semana: NCBI Variación Visor

La gente de NCBI organizó recientemente un seminario que cubren una serie de recursos: GTR, ClinVar, y MedGen. Fue una buena introducción a estos recursos mediante un estudio de caso de la exploración de la información acerca de un niño de 9 años de edad, quien tenía que obtener el visto bueno para la participación en los deportes. Así que siguen el curso de algunos detalles acerca de este niño a través de los diferentes recursos en NCBI para mostrar lo que se puede aprender en los diferentes sitios.

Tenía la esperanza de que la grabación se haría disponible por lo que podría ser una punta de triples de la semana, pero no he visto ningún anuncio de que; Voy a mantener un ojo hacia fuera y poner de relieve que en el futuro si lo hace. A continuación también he referido un documento que cubre parte de la misma planta como el webinar. Pero, mientras tanto, también agregaron recientemente un nuevo video corto sobre el Visor de Variación que me pareció muy útil, así. Así que será la punta de vídeo de esta semana.

Me gustó especialmente la manera en que usted puede seleccionar fácilmente un exón para centrarse en, con las pequeñas burbujas cerca de la parte superior. Eso no era obvio para mí al principio. La gente a menudo me pregunta maneras útiles para centrarse en los detalles de un solo exón.

Además de este vídeo, También voy a ofrecer una pantalla de capitalización de una de las diapositivas de la webinar ya que vincula a los recursos relacionados con alrededor de NCBI. Si usted no ha obtenido estas herramientas asociadas que tendrá que buscar en ellos, así. Hay un montón de herramientas disponibles fabulosos y siempre están añadiendo nuevas características útiles. Siga en Twitter los anuncios sobre sus herramientas y capacitaciones–así es como yo me quedo en la parte superior de los nuevos artículos.

NCBI webinar sitesEnlaces rápidos:

Variación Visor: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/

MedGen: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen

GTR: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

De referencia:

Landrum M.J., G. R. Riley, En. Jang, En. S. Rubinstein, D. AbT.l. Iglesia & D. R. Maglott (2014). ClinVar: archivo público de las relaciones entre la variación de secuencias y el fenotipo humano, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D980-D985. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1113

Vídeo Consejo de la semana: NCBI Secuencia Visor de PDF de exportación

Un par de semanas atrás hicimos un taller sobre la UCSC Genome Browser, y me hicieron una pregunta que vemos con bastante frecuencia: ¿Hay una manera de exportar la vista del explorador que haya seleccionado con pistas específicas, filtros, regiones, etc? La gente puede querer tener un registro de su vista personalizada en un cuaderno de prácticas, o utilizarlo para la enseñanza, o tal vez en un seminario–o, por supuesto, para publicar sus observaciones impresionantes en revistas.

La mayoría de las veces me acaba de tomar capturas de pantalla de lo que necesito con una herramienta de captura de pantalla (mi favorito personal es Capturar-It de TechSmith). Pero puede haber ocasiones en que usted quiere algo un poco más pesado-deber. Si usted va a hacer un cartel, o enviarlo para su publicación, por ejemplo, es posible que desee una buena versión de PostScript que puede trabajar y seguir editando. En UCSC, la manera de hacerlo es con el “Ver” opción de menú aquí para PDF / PS:

Export the browser image to a file for further editing or use.

Exportar la imagen del navegador a un archivo para su posterior edición o el uso.

Cuando usted consigue un archivo, puede llevarlo hacia abajo y utilizar herramientas gráficas de Adobe, si los tiene, o libre de código abierto como una InkScape. Usted puede cambiar los colores, eliminar la materia, añadir más anotaciones, etc.

Así que cuando vi que había una función similar con el NCBI'S herramienta Visor de Secuencia, Pensé que debería mencionar que así. Tienen un video bonito y claro que ilustra la forma de hacer llegar la imagen del visor y en un archivo.

Para ensayar lo siguiente en el archivo de ejemplo que mostró, puede ir a NC_000022.10 en la base de datos de nucleótidos. Desde esa página, haga clic en el “Gráficos” enlace como se muestra aquí:

Click the "Graphics" link on the page to open the Sequence Viewer.

Haga clic en el “Gráficos” enlace de la página para abrir el Visor de Secuencia.

Después de obtener al espectador secuencia, siga las instrucciones del mismo modo en que se desarrolla en el video de YouTube. Es bastante sencillo–sólo ten cuidado con hacer clic en el menú de la derecha para los archivos PDF.

Si no ha utilizado la secuencia Visor NCBI mucho, definitivamente debe comprobar que funciona. Hay algunos otros videos útiles para más características, así. Y otra característica interesante es que se puede incrustar espectador secuencia en sus propias páginas web.

Todos los navegadores del genoma tienen diferentes características y funciones, y es bueno saber que hay varias estrategias para realizar las tareas que pueda necesitar para conseguir hacer.

Enlaces rápidos:

Página principal de Visor de Secuencia http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/

Videos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/videos/

Referencias:

Karolchik D., Peluquería G. P., Casper J., Clawson H., Cline M.S., Diekhans M., Dreszer T.R., Fujita P.A., Guruvadoo L. & Haeussler M. & (2013). La UCSC Genome Browser base de datos: 2014 actualización, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D764-D770. DOI:

Acland A., Agarwal R., Barrett T., Beck J., Benson D.A., Bollin C., Bolton E., Bryant S.H., Canese K. & Iglesia D.M. & (2013). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D7-D17. DOI:

Antiguo (o tal vez “clásico”) UCSC Genoma navegadores jubilados

Todo el mundo es bastante cómodo con el concepto de la no-estándar, pero de uso común perro-año como una manera de comparar la esperanza de vida para los seres humanos. Entusiastas de los coches tienen una taxonomía por los siglos de los vehículos. Pero he estado sentado aquí preguntando cuál debería ser la escala del genoma navegador años. He estado pensando en ello por el reciente anuncio sobre la lista UCSC, el otro día:

Cambio en el acceso de visualización para conjuntos de viejos

Hola a todos!

Durante la última 12 años hemos hecho esfuerzos para mantener la visualización de muchos viejos, asambleas archivados en nuestro servidor Archive en http://genoma archive.cse.ucsc.edu /, además de proporcionar acceso de descarga de los conjuntos de datos asociados. Desafortunadamente, esta visualización ya no es sostenible para los conjuntos muy antiguas debido a los muchos cambios en el software Genome Browser, ya que ha madurado. Por lo tanto, estamos reduciendo el acceso a ciertos conjuntos de viejas a las descargas de datos sólo, y se anuncia el cierre de nuestro servidor Archive. Vamos a seguir para facilitar el acceso Genome Browser para el 4 conjuntos humanos más actuales, y al menos el 2 montajes más actuales para todos los demás organismos con algunas excepciones. Vamos a dejar nuestro apoyo a la visualización de todas las demás asambleas antiguas, pero seguirá haciendo estos conjuntos de datos disponibles en los servidores de descarga. Los conjuntos actualmente en nuestro servidor de archivos para los que hemos descontinuado el soporte de visualización incluyen borradores de montaje humanos tempranos, HG4, HG5, HG6, HG7, hg8, HG10, HG11, HG12, HG13, hg15, rn1, RN2, mm1, mm2, mm3, mm4, mm5, rheMac1, bosTau1, ce1, danRer1, y danRer2. Enlaces a los datos y las anotaciones asociadas a estas asambleas se han añadido en los lugares apropiados en nuestra página de descargas en http://hgdownload.soe.ucsc.éxito /. Por favor, póngase en contacto con nosotros si tiene dificultad para localizar un conjunto de datos de interés.

Mateo Speir
UCSC Genoma Bioinformática Grupo

A view of the UCSC Genome Browser in the early days, ~2004.

Una vista de la UCSC Genome Browser en los primeros días, ~ 2004.

Estoy seguro que las versiones de los navegadores no se utilizan mucho más, pero era algo que tenía que tener en cuenta. En nuestros talleres mencioné que las versiones anteriores han estado disponibles desde el “archivo” navegación de la página de destino, pero que se ha ido. De vez en cuando hay documentos antiguos que hacen referencia a un período de genómica que desea visitar–pero eso es cada vez menos común para los muy viejos montajes en este momento. Los datos se conservarán para su descarga, pero se irán las imágenes del navegador. Pero me dieron ganas de volver atrás y mirar a través de mis materiales antiguos para ver lo que los primeros exploradores parecían (haga clic en la imagen para embiggen). Gran parte de la estructura fundamental es el mismo, pero si nos fijamos en una de esas viejas asambleas usted puede ser sorprendido. Mucho menos pistas, eso es seguro. En mi tiro, sólo hay unas pocas especies en la pista de Conservación (humanos, chimpancé, del ratón, rata, pollo). Simplemente no tenemos tantos datos disponibles–no sólo a través de especies, pero otros tipos de técnicas y herramientas. Menos pistas. Menos botones de funciones.

Esto era casi tan divertido como mirar hacia atrás en los viejos interfaces de NCBI que recuerdo de regreso. Aquellos de ustedes que han estado en este rodeo por un tiempo puede recordar a los. Algunos de ustedes incluso recordar la clave “Herramientas de Pedro” de vuelta en el día. A veces vale la pena mirar hacia atrás en donde venimos a darse cuenta de qué tan lejos estamos de lo que creíamos. Sé que hay un montón de quejándose de no tener cáncer curado y cambió la industria farmacéutica con la secuencia del genoma humano todavía–pero en realidad no hemos tenido los datos que los largos años en el navegador. O tal vez es más como Marte año–más de lo que cree, a pesar de la duración bastante comparable de un solo día. El arco de la ciencia es mucho, pero se dobla hacia respuestas.

Editar: Me di cuenta de que debía buscar a la mayor brevedad papel y añadir que en la ficha de. Echa un vistazo a la figura 1 para una vista aún más de los datos.

Enlace rápido:

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu

De referencia:

Kent WJ, Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., Pringle T.H., Pagador A.M. & Haussler D. (2002). El Genoma Humano del navegador en la UCSC, Res Genoma., 12 996-1006. DOI:

Consejo del la Semana: NCBI Genoma Workbench,en

Consejo de hoy es de NCBI. Específicamente, NCBI Genoma Workbench. La mesa de trabajo es

…una aplicación integrada para ver y analizar los datos de la secuencia. Con Genoma Workbench, puede ver los datos en bases de datos de secuencias disponibles públicamente en el NCBI, y mezclar estos datos con sus propios datos privados.

Es un programa útil y tienen un gran conjunto de vídeos para presentarte a las funciones de la mesa de trabajo y las características. El vídeo incrustado aquí es la introducción, pero también tienen varios videos adicionales incluyendo la forma de cargar un genoma en la mesa de trabajo, filogenias y otros. Échale un vistazo.

( perdonar el retraso de la punta de esta semana. Nieve cancelación de trabajos, y dejó sin acceso a Internet!)