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ProSplign

Video Tipp der Woche: in NCBI Genome Workbench ProSplign

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There are many tools at NCBI, with a huge range of functions. Literatur, Sequenzdaten, Variationen, Protein-Struktur, chemicals and bioassays, und mehr. It’s hard to keep track of what’s available. Their video tutorials are helping me to be aware of new tools, and new features within existing tools. Für diese Woche Tipp der Woche, we’ll look at their recent video for ProSplign. It’s a tool that will help you align protein information to genomic sequences.

Obwohl die Genome Workbench itself has been around for a while (we featured it as a tip it first in 2013), it is constantly underdevelopment, and new features are available regularly. And although this tip focuses on how to use the ProSplign piece, if you haven’t used it much it will help you to understand how a number of tools within the Workbench can be accessed. You can also see that Splign is available in the tool list–which is another NCBI tool for a similar type of process, but with mRNA sequences as the focus.

If you want to have a text-based type of walk-through instead, there is a page that will take you through the features (see the quick links below). And there are other videos that will help you to explore the Genome Workbench features as well–there’s a handy special playlist of just those Videos. Subscribe to their YouTube channel for notices of their new items.

Quick-Link:

NCBI Genome Workbench: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/

Text-based tutorial page: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial13/

Referenzen:

Kapustin, Y., Suworow, A., Tatusova, T., & Lipman, D. (2008). Splign: algorithms for computing spliced alignments with identification of paralogs Biology Direct, 3 (1) DOI: 10.1186/1745-6150-3-20

NCBI staff (2016). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research, 44 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkv1290

Viral Genomes at NCBI

Video Tipp der Woche: Viral Resources at NCBI (including new #ZikaResearch module)

Viral Genomes at NCBIIt would be hard to escape hearing and reading about the recent drama about the Zika virus. But in terms of viral genomics, that only serves to highlight how important it is to deliver quality sequence information for researchers. So in a timely coincidence, a recent lecture for the CDC on the Viral Resources at NCBI was just made available.

The lecture by Rodney Brister provides an overview of the features of the site and explores ways to access the data with some tools they’ve had in place for a long time. He shows ways to quickly get to family members. Then he described a newer direction that they are taking that includes a separate feature accessed from the same homepage called the Virus Variation Resource (starts ~11min). If you click through you’ll see that there are modules for various viruses–und ein Zika module just became available last week. So you can find sequences collected there, and also links to related health resources like the WHO and CDC relevant pages. (That’s not shown in the webinar, which was recorded in December 2015). He shows a dengue example that’s got some additional features too.

Es gibt auch eine Retrovirus Resource verfügbar (~25min in), which offers “specialized tools for the analysis of retroviral proteins and genomes”. And that’s the place to go if you want the HIV-1 specific module, it’s not with the others that I mentioned before.

It’s longer than our typical tips–but it’s worth exploring if you want to refine your skills at quickly getting to virus data and tools. Just a quick word about a question they had towards the end–about bacteriophage resources. There’s a resource I particularly like for phages, die Sie hier finden: http://www.phisite.org .

Besonderer Hinweis: if you intend to use the AmazonAWS services for any viral genome analysis, you should be aware of this.

Quick-Links:

Viral Resources at NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/

Virus Variation Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/

Zika module: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/Zika/

Referenz:

Mängel, J., Ako-adjei, D., Wie, Y., & Blinkova, Das. (2014). NCBI Viral Genomes Resource Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1207

SNPpets_2

Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include a range of things, from Pardis Sabeti’s recovery from a serious accident to tardigrade genome drama. There are new databases and tools such as the GMO sequence tracker in the EU, to new uses of tools such as Docker, zu erforschen. Reports of a serious BLAST bug. A look at common spreadsheet formatting mistakes and some solutions. It’s not a gene-editing moratorium. Und mehr.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


ncbi_logo_black

Video Tipp der Woche: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. Manchmal, obwohl, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the Ankündigung Mailingliste, because it has details of new stuff, kommenden Webinare, veröffentlichten Daten, usw.. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–Webinare, quick videos, und mehr. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. Check out their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

Quick-Links:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: http://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

Referenzen:

NCBI Resource Coordinators (2014). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1130

Bekanntgabe: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include The Economist and C&EN cover gene editing in different but useful ways, new software for metagenomics, stranded RNA-Seq, the new CDC Public Health Genomics Knowledge Base, IGB Papier, Docker getting attention in biology, FDA precision medicine workshops, a nice popular press version of the ExAc (Exome Aggregate Consortium) Geschichte, and the heresy of Keith Robison who doesn’t hate Excel enough.


Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


https://twitter.com/chris_dag/status/641672663493033984

NCBI bis zweitägigen Genomik Hackathon im Januar zu halten

Da diese kam zu meiner E-Mail am Mittwoch vor dem Urlaub, es schien mir, dass einige Leute es verpassen, die vielleicht gerne besuchen. Also wollte ich nur, um das Signal ein wenig durch erneute Entsendung es zu erhöhen. Es kam von der NCBI Ankündigung Mailingliste Wenn Sie die ganze Sache sehen wollen, Ich bin nur Exzerpieren einige hier. Es hat einen Antrag Stück, FYI.

Von 05-07 Januar, NCBI eine Genomik Hackathon Gastgeber Schwerpunkt auf fortgeschrittenen bioinformatische Analyse von Next Generation Sequencing Daten. Diese Veranstaltung ist für Studenten, Postdoktoranden und Forscher bereits in der Verwendung von Rohrleitungen für Genomanalysen von Next Generation Sequencing Daten beschäftigt. Arbeitsgruppen 5-6 Personen werden für die DNA-Seq gebildet werden / multiomics, RNA-Seq, metagenomics and Epigenomics. Diese Gruppen werden Pipelines bauen, um große Datenmengen innerhalb einer Cloud-Infrastruktur analysieren.

Organisation:
Nach einer grundlegenden organisatorischen Sitzung, Teams verbringen 2.5 Tage Analyse einer anspruchsvollen Reihe von wissenschaftlichen Problemen zu einer Gruppe von Datensätzen im Zusammenhang. Die Studierenden analysieren und kombinieren Datensätzen, um auf diese Probleme zu umgehen. Dieser Kurs findet am NIH Hauptcampus in Bethesda nehmen, Maryland.

Datensätze:
Die Datensätze werden aus dem öffentlichen Informationsspeicher in NCBI untergebracht sind. Im Laufe, Studenten haben die Möglichkeit, anderen Datensätzen und Werkzeuge für die Analyse enthalten haben. Bitte beachten Sie, Wenn Sie Ihre eigenen Daten im Verlauf verwenden, bitten wir Sie, der Übergabe an einer öffentlichen Datenbank innerhalb von sechs Monaten nach dem Ende der Veranstaltung.

Produkte:
Alle Rohrleitungen und andere Skripte, Software und Programme in diesem Kurs erstellt werden, um eine öffentliche GitHub Repository für diesen Zweck ausgelegt hinzugefügt werden. Ein Manuskript skizziert den Aufbau der Hackathon und descripting Teilnehmer Prozesse, Produkte und wissenschaftlichen Ergebnisse werden zu einem geeigneten Zeitschrift eingereicht werden.

Anwendung:
So wenden Sie, füllen Sie das Formular unten verlinkt (etwa 10-15 Minuten in Anspruch). Anwendungen sind auf 1. Dezember von 05.00 Uhr EST.

Die Teilnehmer werden aus einem Pool von Bewerbern ausgewählt werden; vor Studenten Priorität im Falle einer Stimmengleichheit gegeben werden. Akzeptierte Antragsteller werden am 10. Dezember um 09.00 Uhr EST benachrichtigt, und haben bis zum 12. Dezember mittags, um ihre Teilnahme zu bestätigen. Bitte fügen Sie eine überwachte E-Mail Adresse, falls es Folgefragen.

[einige Sachen hier entfernt, Anforderungen, Pre-reqs, und einige andere Details auf dem tatsächlichen Ereignis Zeug. Siehe Vollversion hier.]

* Genomics Hackathon Bewerbungsformular: https://docs.google.com/forms/d/1isJT0Ns-5MHX8mH4xQnDEFbhlu4HombXspQQaADQoec/viewform

Hacken.

Video Tipp der Woche: NCBI Variation-Viewer

Die Leute von NCBI fand vor kurzem ein Webinar dass eine Reihe von Ressourcen abgedeckt: GTR, ClinVar, und MedGen. Es war eine schöne Einführung in diese Ressourcen anhand einer Fallstudie der Erforschung Informationen über ein 9-jähriges Kind, die Freiraum für die Teilnahme am Sport zu erhalten benötigt. So folgen sie dem Verlauf einiger Details über dieses Kind in den verschiedenen Ressourcen NCBI zu zeigen, was Sie an den verschiedenen Standorten lernen konnte.

Ich hatte gehofft, dass die Aufzeichnung zur Verfügung stehen würde, so dass ein Triple-Tipp der Woche, aber ich habe keine Ankündigungen von ihm gesehen; Ich werde ein Auge, und markieren Sie es in der Zukunft, wenn es funktioniert. Unten habe ich auch ein Papier, das etwas von dem gleichen Boden wie diesem Webinar deckt verwiesen. Aber in der Zwischenzeit auch vor kurzem eine neue Video über die Variation-Viewer, die ich gefunden handlich sowie. Damit wird in dieser Woche sein Video-Tipp.

Ich mochte besonders die Art und Weise Sie können wählen Sie ein Exon, sich auf, mit den kleinen Blasen in der Nähe der Spitze. Das war nicht selbstverständlich, mich auf den ersten. Die Menschen sind oft fragen mich für praktische Möglichkeiten, um konzentriert sich auf die Besonderheiten eines einzelnen Exons.

Zusätzlich zu dieser Video, Ich werde auch bieten eine Bild-Kappe eines der Dias aus dem Webinar, dass mehr zu verwandten Ressourcen rund verknüpft NCBI. Wenn Sie noch nicht verbunden, diese Werkzeuge überprüft werden Sie wollen, sie zu betrachten sowie. Es gibt eine Menge von tollen Tools zur Verfügung, und sie werden immer neue nützliche Features. Folgen Sie ihnen auf Twitter für Durchsagen über ihre Werkzeuge und Schulungen–das ist, wie ich an der Spitze bleiben der neuen Elemente.

NCBI webinar sitesQuick-Links:

Variation-Viewer: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/

MedGen: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/medgen

GTR: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

ClinVar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

Referenz:

Landrum M.J., G. R. Riley, In. Jang, In. S. Rubinstein, D. M. Kirche & D. R. Maglott (2014). ClinVar: öffentlichen Archiv von Beziehungen zwischen Sequenzvariation und der menschlichen Phänotyp, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D980-D985. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt1113

Video Tipp der Woche: NCBI Sequence Viewer PDF-Export

Ein paar Wochen haben wir wieder einen Workshop über die UCSC Genome Browser, und ich war eine Frage, die wir ziemlich häufig sehen, fragte: Gibt es eine Möglichkeit, um die Browser-Ansicht, die Sie mit bestimmte Titel ausgewählt exportieren, Filter, Regionen, usw.? Die Menschen wollen eine Aufzeichnung ihrer angepasste Ansicht in einem Labor-Notebook zu haben, oder verwenden Sie es für die Lehre, oder vielleicht in einem Seminar–oder natürlich bei Ihren fantastischen Beobachtungen in Fachzeitschriften veröffentlichen.

Die meiste Zeit nehme ich nur Screenshots von dem, was ich mit einem Screen-Capture-Tool (mein persönlicher Favorit ist Snag-It von TechSmith). Aber es gibt vielleicht mal lieber etwas schwereren wollen. Wenn Sie vorhaben, ein Plakat zu tun, oder senden Sie es für die Veröffentlichung, zum Beispiel, eine schöne Postscript-Version, die Sie mit zu arbeiten und weiter bearbeiten können sollten Sie. Bei UCSC, die Art und Weise zu tun, ist mit der “Anzeigen” Menü-Option hier für PDF / PS:

Export the browser image to a file for further editing or use.

Exportieren Sie die Browser-Bild in einer Datei zur weiteren Bearbeitung oder Verwendung.

Wenn Sie eine Datei erhalten, Sie können es herunternehmen und verwenden Sie Adobe Grafik-Tools, wenn Sie sie haben, oder kostenlose Open-Source-wie ein Inkscape. Sie können die Farben ändern, löschen Zeug, fügen Sie weitere Anmerkungen, usw..

Also, wenn ich sah, dass es eine ähnliche Funktion mit dem NCBI'S Sequence Viewer-Tool, Ich dachte, ich sollte erwähnen, dass auch. Sie haben eine schöne und klare Video, das wie immer zu erreichen, das Bild aus dem Viewer und in eine Datei zeigt.

Um diese selbst auf die Beispieldatei zeigten sie versuchen, Sie können gehen Sie zu NC_000022.10 in der Nukleotid-Datenbank. Von dieser Seite, Klicken Sie auf die “Grafik” Link wie hier gezeigt:

Click the "Graphics" link on the page to open the Sequence Viewer.

Klicken Sie auf die “Grafik” Link auf der Seite, um die Sequenz-Viewer zu öffnen.

Nachdem Sie auf die Sequenz-Viewer erhalten, folgen Sie den Anweisungen wie er sich abspielt in dem YouTube-Video. Es ist ziemlich geradlinig–nur aufpassen, für PDF-Dateien klicken Sie die rechte Menü.

Wenn Sie die NCBI Sequence Viewer nicht viel genutzt haben, Sie sollten auf jeden Fall überprüfen Sie es heraus. Es gibt einige, andere hilfreiche Videos Weitere Features sowie. Und noch ein nettes Feature ist, dass man einzubetten Sequenz Betrachter in Ihrer eigenen Web-Seiten.

Alle Genom Browser haben unterschiedliche Eigenschaften und Funktionen, und es ist schön zu wissen, dass es verschiedene Strategien, um Aufgaben zu erfüllen müssen Sie möglicherweise getan.

Quick-Links:

Sequence Viewer Homepage http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/

Videos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/videos/

Referenzen:

Karolchik D., Barber G.P., Casper J., Clawson H., Cline M.S., Diekhans M., Dreszer T.R., Fujita P.A., Guruvadoo L. & Häußler M. & (2013). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2014 Update, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D764-D770. DOI:

Acland A., Agarwal R., T. Barrett, Beck J., Benson D. A., Bollin C., E. Bolton, Bryant S.H., Canese K. & Kirche D.M. & (2013). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information, Nucleic Acids Research, 42 (D1) D7-D17. DOI:

Antique (oder vielleicht “classic”) UCSC Genome Browser Ruhestand

Jeder ist recht komfortabel mit dem Konzept der Nicht-Standard-, aber häufig genutzte dog-Jahre als eine Möglichkeit zur Lebensdauer auf den Menschen vergleichen. Car-Enthusiasten haben eine Taxonomie für die Ewigkeit von Fahrzeugen. Aber ich habe hier gesessen und sich fragen, was das Genom-Browser-Jahren Maßstab sein sollte. Ich habe darüber nachgedacht, weil der jüngste Ankündigung über die UCSC Liste den anderen Tag:

Ändern Sie in der Visualisierung Zugang für alte Baugruppen

Hallo an alle!

Im Laufe des vergangenen 12 Jahren haben wir Anstrengungen zur Visualisierung von vielen alten pflegen gemacht, archiviert Baugruppen auf unserer Archiv-Server an http://Genom-archive.cse.ucsc.edu /, neben der Bereitstellung Download-Zugang zu den zugehörigen Datensätze. Leider, Diese Visualisierung ist nicht länger tragbar für sehr alte Baugruppen aufgrund der vielen Veränderungen in der Genome Browser-Software, wie sie ist gereift. Wir sind also die Verringerung der Zugang zu bestimmten alten Baugruppen Daten-Downloads nur, und kündigt die Abschaltung unserer Archiv-Server. Wir werden auch weiterhin Genome Browser-Zugang für die bieten 4 die meisten aktuellen menschlichen Baugruppen, und zumindest die 2 die meisten aktuellen Baugruppen für alle anderen Organismen mit einigen Ausnahmen. Wir werden unsere Visualisierung Unterstützung für alle anderen alten Baugruppen einzustellen, aber weiterhin machen diese Datensätze auf unserer Download-Servern. Die Baugruppen derzeit auf unserer Archiv-Server, für die wir Visualisierung Unterstützung eingestellt haben, gehören frühe menschliche Montage Entwürfe, HG4, HG5, HG6, HG7, HG8, HG10, HG11, HG12, HG13, HG15, rn1, RN2, mm1, mm2, mm3, mm4, mm5, rheMac1, bosTau1, ce1, danRer1, und danRer2. Links zu den Daten und Anmerkungen mit diesen Baugruppen zugeordnet haben an den entsprechenden Stellen auf unserer Downloads-Seite wurde hinzugefügt bei http://hgdownload.soe.ucsc.edu /. Bitte kontaktieren Sie uns, wenn Sie Schwierigkeiten Auffinden eines Datensatzes von Interesse haben.

Matthew Speir
UCSC Genome Bioinformatics Gruppe

A view of the UCSC Genome Browser in the early days, ~2004.

Ein Blick auf die UCSC Genome Browser in den frühen Tagen, ~ 2004.

Ich bin sicher, dass die Browser-Versionen nicht verwendet werden sehr viel mehr, aber es war etwas, was ich brauchte, um sich bewusst sein,. In unseren Workshops ich erwähnen, dass die älteren Versionen wurden ab der “Archiv” Navigation auf der Zielseite, aber das wird jetzt gegangen werden. Gelegentlich gibt es alte Papiere, die auf eine genomische Spanne dass Sie erneut besuchen möchten–aber das ist immer seltener für die wirklich alten Baugruppen an dieser Stelle. Die Daten werden zum Download anhalten, aber die Browser Visuals wird verschwunden sein. Aber es machte mich wollen zurück gehen und schauen durch meine alten Materialien zu sehen, was die frühen Browsern aussah (Klicken Sie auf das Bild, um embiggen). Ein großer Teil der grundlegenden Struktur ist die gleiche, aber wenn man in einem dieser alten Baugruppen schauen Sie vielleicht überrascht. Viel weniger Spuren, das ist sicher. In mein Schuss, es gibt nur wenige Arten in die Erhaltung Spur (Mensch, Schimpanse, Maus, Ratte, Huhn). Wir haben einfach nicht so viel Daten vorhanden–nicht nur über Arten, aber auch andere Arten von Techniken und Werkzeuge. Weniger Spuren. Weniger Funktionalität Tasten.

Das war fast so viel Spaß wie im Rückblick auf die alten Schnittstellen NCBI Ich erinnere mich, dass aus dem Rückweg. Diejenigen von euch, die in diesem Rodeo für eine Weile gewesen erinnern sich vielleicht an die. Einige von euch werden einmal daran erinnern, den Schlüssel “Pedros Werkzeuge” von hinten in den Tag. Manchmal lohnt es sich im Rückblick auf, woher wir kommen zu erkennen, wie viel weiter wir sind, als wir realisiert. Ich weiß, es gibt eine Menge von Murren über nicht geheilt Krebs und verändert die pharmazeutische Industrie mit der Sequenzierung des menschlichen Genoms noch–aber wir hatten nicht die Daten, die lange im Browser-Jahre. Oder vielleicht ist es mehr wie Mars Jahren–mehr, als Sie denken, trotz der ziemlich vergleichbar Spannweite von einem einzigen Tag. Der Bogen der Wissenschaft ist lang, aber es biegt sich Antworten.

Bearbeiten: Ich erkannte, ich sollte frühestens Papier aussehen und fügen Sie diesen Verweis unten. Schauen Sie sich Abbildung 1 für eine noch ältere Ansicht der Daten.

Quick-Link:

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu

Referenz:

Kent WJ, Sugnet C.W., Furey T.S., Roskin K.M., Pringle T.H., Zahler A.M. & Haussler D. (2002). Das Human Genome Browser an UCSC, Genome Res.., 12 996-1006. DOI:

Tipp der Woche: NCBI Genome Workbench

Der heutige Tipp ist von NCBI. Speziell, NCBI Genome Workbench. Die Workbench ist

…eine integrierte Anwendung für die Anzeige und Analyse von Sequenzdaten. Mit Genome Workbench, Sie können Daten in öffentlich zugängliche Sequenz-Datenbanken anzuzeigen bei NCBI, und mischen Sie diese Daten mit Ihrem eigenen privaten Daten.

Es ist ein nützliches Programm, und sie haben eine große Reihe von Videos, um Sie auf der Werkbank Funktionen und Leistungen vorstellen. Das Video eingebettet ist hier die Einführung, aber sie haben auch mehrere zusätzliche Videos darunter, wie ein Genom in der Werkbank zu laden, Phylogenien und andere. Check it out.

( vergeben die Verzögerung dieser Woche tip. Schnee abgesagt Arbeit, und klopfte out Internetzugang!)