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Instruction précède l'innovation

OpenHelix est fondée sur la prémisse et de Marie fait le point encore récemment sur un poste client sur les blogs de la nature: SciVee – Mettre la science au Visible.

Avez-vous RTFM? Allez-dire la vérité. Lorsque vous approchez d'un nouveau logiciel, lisez-vous le manuel de l'foutu «premier? Ouais. Pensée de sorte. Ne vous inquiétez, c'est un phénotype commun. En fait,, nous sommes pratiquement sûrs que les scientifiques sont parmi les OpenHelix une fraction minuscule de personnes avec un allèle rare pour la lecture manuel du logiciel. Mais les bonnes nouvelles est que nous avons trouvé un moyen d'aider les gens allèles rares non.

(RTFM… “Lire les désespérés "’ manuel” … F étant quelque chose d'autre… c'est un blog familial, après tout).

Nous devons absolument savoir que une heure ou un peu de certaines de formation structuré et l'apprentissage d'un outil biologique de base de données ou l'analyse permettra d'économiser quelques jours chercheur, parfois des mois, de travail. Parfois, il se traduira par la différence entre faire une découverte étonnante… ou en appuyant sur une impasse.

Eh bien, c'était agréable à lire aujourd'hui dans un commenter dans la nature (David piston, P440, derrière un mur de souscription) un parfait exemple de ce que nous sommes des évangélistes sur:

En tant que chef des laboratoires de l'Université Vanderbilt de microscopie de base, J'ai récemment rencontré un collègue et son élève pour discuter de leurs résultats déroutants d'une expérience étudiant les interactions entre protéines dans les cellules. Après application d'un traitement qui aurait perturbé l'interaction de deux protéines particulières à l'intérieur de la mitochondrie, ils ont encore vu les protéines interagissant. L'étudiant dit que, pour mesurer l'interaction qu'il avait utilisé une image commerciale automatisé- Système d'analyse. Il ne comprenait pas comment il a travaillé, alors il a utilisé les paramètres d'un collègue à partir d'une expérience différente. Mais, sans lui rendre compte, cela avait masqué l'ensemble de la cellule à l'exception de la mitochondrie. S'il avait

modifié les paramètres de quitter la cellule entière démasqué, il aurait vu que les protéines étaient désormais présent dans les mitochondries dans des quantités relativement petites par rapport au reste de la cellule, et ainsi de leur interaction avait été perturbée - le traitement était, en fait,, de travail.

Dans ce cas,, ce n'était pas l'inspiration qui lui faisait défaut - il était d'instruction.

Il examine ensuite comment l'automatisation de la recherche a été une aubaine, encore dans le même temps un fléau.
Il est rendu plus facile d'obtenir des recherches effectuées. Cela va ressembler à un «haut de la colline dans les deux sens… dans la neige’ histoire, mais une courte (oui, Dis-je.. Bref) 20 ans, quand j'ai commencé le séquençage rétrotransposons chez la drosophile, J'ai utilisé la méthode de Sanger et utilisés pour combler les voies et ruelles de gels polyacrylimide. Quelques milliers de paires de bases de la séquence a pris du temps, que dans jour (ou des semaines quand j'ai fait une erreur stupide et fissuré l'immense verrière mise en place de notre technicien de laboratoire brillante mise en place). Aujourd'hui, c'est rapide et automatisé, ultra rapide. Comme dans des centaines de millions de paires de bases dans le même laps de temps.
Mais, comme le Dr. Piston explique dans le commentaire, ce qui conduit à des chercheurs qui ne comprennent pas complètement comment l'outil fonctionne et les meilleurs paramètres à utiliser:
qu'ils perdent du temps en utilisant une technologie- nique de façon abusive ou, aussi tragique, manquer quelque chose d'excitant quand ils supposent qu'un résultat étrange signifie qu'ils ont fait quelque chose de mal et ils n'ont jamais suivi.
Il parle principalement des outils expérimentaux sur le banc et la nécessité pour plus d'éducation et d'instruction. Mais il va doublement pour les bases de données et des outils d'analyse de calcul, bases de données et des outils qui peu près n'importe quel et tous les chercheurs en biologie ont maintenant besoin pour accéder et utiliser régulièrement… ou si.
Nous avons un si grand nombre de nos propres anecdotes le long de ces lignes. Il était le chercheur en mycologie qui, quand nous leur avons montré quelques bases de données d'un couple de l'information mycologique, étaient ravis. Mon meilleur anecdote était un éminent chercheur (ne dirai pas qui, où et quand :D) qui a pris un atelier avec nous sur le génome UCSC et les navigateurs Tableau. Ce chercheur est venu vers moi après et m'a montré les recherches effectuées dans le laboratoire et le mois où ils avaient passé dans une impasse en essayant d'analyser les données. A la fin de l'atelier, ils ont trouvé leur réponse et nous a dit que le 4 heures de cours probablement juste les a sauvés 6 mois de travail.

Nous avons beaucoup d'anecdotes comme celle.

Lire le commentaire, Dr. Piston a des arguments très valables et importants et des suggestions.

Oh, et… voici la fiche totalement éhontée… vous pouvez toujours aller voir nos parrainés tutoriels en libre accès et faire les exercices UCSC Genome et sur les navigateurs de table, ENCODE, APB et d'autres. Ou nos autres 100 tutoriaux (Abonnement). Ou l'un des notre presque 200 conseils hebdomadaires (accès ouvert).

Et nous allons avoir une série de webinaires dans le prochain semestre, le premier à être annoncé dans à peu près une journée. Alors gardez regarder ici.

Rappelez-vous, instruction vient avant l'innovation. Vous pourriez économiser des mois de travail… ou encore mieux, faire une découverte que vous ne l'aurais jamais fait autrement.

Piston, D. (2012). Les outils de recherche: Comprendre comment ça marche Nature, 484 (7395), 440-441 DOI: 10.1038/484440une

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • RT @ 32 nm: Déclaration BCSI politiques publiques sur le libre accès à la littérature de recherche scientifique et technique - Bioinformatique http://ff.im/x9hQ2 Chapeau pointe de jeu. Mitsuteru Nakao [Mary]
  • Le début de la variation de niveau de la population des informations structurelles sur le génome humain, à partir de la au 1000 projet de génomes. Astuce doit Genomeweb [Jennifer]
  • L'inscription à la Mars 2011 Réunion gmod est maintenant ouvert. Voir la page wiki à l'adresse Mars 2011 Rencontre communautaire. [Mary]
  • Besoin d'assembler et d'analyser les grands ensembles de données pour l'analyse phylogénétique multigénique? Peut-être envie d'essayer le nouveau iPhy. Papier ici. [Trey]
  • Ok, J'ai dû aller chercher à ce–pas ce que j'attendais…. : Haut 200 Genomic la liste Femmes pour fév. 2011 est maintenant en ligne à http://bit.ly/i0Nj3O via @ holstein_world. Oui, le nom n'a idée de moi dans, mais j'ai toujours eu à regarder. [Mary]
  • Rapports scientifiques: intéressante nouvelle entreprise par les Nature Publishing Group. [Jennifer]
  • J'aime quand les maladies rares peuvent briller les lumières dans les ténèbres–histoire très soignée sur la calcification artérielle. Fascinante: RT @ NatureNews: Solution au mystère médicale offre un espoir de traitement http://ff.im/-xiZYE [Mary]

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre décharge vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

«Genomic Data Resources: Défis et promesses" Publié dans la revue Nature Education

Auteurs Warren Tour, Donna Karolchik et autres membres de OpenHelix donner une introduction à ligne, accessibles au public des ressources en génomique au www.nature.com / scitable.

Seattle, WA (PRWEB) Février 11, 2009 — OpenHelix a annoncé aujourd'hui la publication d'un article introduisant et en explorant les nombreuses ressources en ligne génomique à la disposition du grand public. Avec plus de 3,000 ressources génomiques, outils et bases de données disponibles sur le web, et plus étant ajoutés rapidement, l'article explore aussi les différentes questions relatives à la croissance de ces outils, leur nombre, et la taille des données disponibles.

L'article est publié par la Division Nature Publishing Group Nature Education sur leurs nouvelles Scitable Portail. Scitable est un enseignement ouvert en ligne et portail d'apprentissage qui publie des articles de qualité d'enseignement et combine des fonctionnalités communautaires à alimenter les échanges de connaissances scientifiques, les pratiques pédagogiques et les ressources de l'étude.

Le succès de la recherche médicale future est directement tributaire de chercheurs étant en mesure de trouver et d'utiliser les données accablantes génomique maintenant présents et deviennent disponibles sur le web
Dans cet article, nous donnons un point pas à pas-in pour ceux qui cherchent à mieux comprendre les données et les ressources utilisées pour le présenter à la communauté scientifique.

“Le succès de la recherche médicale future est directement tributaire de chercheurs étant en mesure de trouver et d'utiliser les données accablantes génomique maintenant présents et deviennent disponibles sur le web,” explique l'auteur principal Warren Tour, Directeur scientifique de OpenHelix. “Dans cet article, nous donnons un point pas à pas-in pour ceux qui cherchent à mieux comprendre les données et les ressources utilisées pour le présenter à la communauté scientifique.”

En outre, les lecteurs peuvent en apprendre davantage sur ces ressources et l'accès des didacticiels en ligne, exercices, diapositives, Cartes de référence rapides et autres matériels de formation à www.openhelix.com. De nombreux tutoriels sont parrainés par les fournisseurs de ressources elles-mêmes et sont donc libres de l'utilisateur. À propos 60 tutoriaux sont également disponibles via un abonnement rentable pour les particuliers, groupes ou d'institutions.

Référence article et Link:
TOUR, W., WILLIAMS, J., MANGANESE, M., et KAROLCHIK, D. Genomic Data Resources: Défis et promesses. Nature Education 1(3), (2008)

A propos de OpenHelix:
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit les connaissances de la génomique vous avez besoin quand vous en avez besoin. OpenHelix offre en ligne auto-run tutoriels et formation sur site pour les institutions et les entreprises sur la libre circulation des plus puissants et populaires, basé sur le Web, accessibles au public des ressources bio-informatique. En outre, OpenHelix est contractée par les fournisseurs de ressources pour fournir globale, formation à long terme et des programmes de sensibilisation.

Données et comment le gérer – biocuration et au-delà

female_computer_idea.jpgJ'ai été merveilleusement humides bénéficiant d'une, grise journée d'automne – vous savez le genre – tout simplement parfait pour le curling et lire un bon livre avec une tasse de thé chaud. J'ai pensé que je venais de se livrer à une petite pause de l'écriture & ébauches révision des tutoriels et des publications. J'allais me permettre une article de Nature – “L'avenir de biocuration“, dont j'ai eu l'intention de lire depuis son entrée. L'article a été écrit par plusieurs biocurators et décrit la croissance exponentielle de la quantité de données biologiques disponibles et propose trois actions urgentes:

1. la collaboration entre les auteurs, revues et les conservateurs à accélérer l'échange de données entre bases de données et publications dans des revues

2. développement d'une structure de reconnaissance qui encourage la communauté curation

3. établissement de curation scientifique comme une carrière professionnelle acceptée

computer_information.jpgL'article fait beaucoup de bons points, et je vous recommande fortement de le lire si vous êtes intéressé par l'avenir des bases de données à toutes les. Mais comme j'ai commencé à lire, Je ne pouvais pas arrêter. La particularité de toute cette question de la nature est «Big Data: La science à l'ère pétaoctet’. Je pense vraiment que la nature fait un grand travail de trouver et de présenter de nombreux points de vue sur le sujet des données de grande – certains que j'ai pensé que je m'inscrire pour les prochaines réunions – et certains je n'ai jamais considéré, mais peut maintenant voir comment ils font tellement de bon sens…

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Métagénomes dans la nature

Nature a eu un fonctionnalité intéressante sur la métagénomique la semaine dernière et un autre sur la métagénomique le microbiome humain. Vous aurez besoin d'avoir un abonnement pour accéder à ces :(, mais l'essentiel de la fonctionnalité de nouvelles dernier est les possibilités de l'homme recherche sur le microbiome, avantages et les inconvénients et les projets là-bas. Il ya beaucoup. Afin de montant de financement dont ils sont:

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