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¿Cuál es la respuesta? (Recursos en línea de ratón)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

¿Necesitas recursos en línea para la investigación del ratón? Andrew do en Biostar pidió una lista de tales recursos y empezó con un par de docenas:

Me gustaría crear una colección de los recursos en línea más útiles para los investigadores del ratón. Aquí está mi lista hasta ahora…

Un hilo de comentarios continúa con una gran adición incluyendo muchos de María, como el explorador de recursos Ratón: http://bioit.fleming.gr/mrb/, Jax: http://informatics.jax.org/y otros que Andrew añadido a la lista.

Consejo del la Semana: Un año más en propinas III (segunda mitad del 2010)

Como usted puede saber, que hemos estado haciendo consejos de la semana desde hace tres años. Hemos completado todo 150 la introducción de poco bocado a los distintos recursos. Al final del año hemos establecido una especie de tradición navideña: estamos haciendo un resumen de mensaje para reunir a todos. Si te has perdido alguno de ellos es una gran manera de tener un rápido vistazo a lo que podría ser útil para su trabajo.

Estos son los consejos de la primera mitad del año, y por debajo se encuentra la punta de la segunda mitad del 2010 (usted puede ver los últimos años’ consejos aquí: 2008 En, 2008 II, 2009 En, 2009 II):

De julio

De julio 7: Casa de la Moneda para las interacciones proteína, una introducción a la menta para estudiar interacciones proteína-proteína
De julio 14: Introducción a los cambios en la base de datos de proteínas del NCBI, ya que los estados :D
De julio 21: 1000 Navegador de proyectos genoma, 1000 Proyecto piloto de genomas tiene datos de, este es el navegador.
De julio 28: R Genética de la Galaxia, el análisis Galaxy y herramienta de trabajo añadido R genética herramientas de análisis.

De agosto

De agosto 4: YeastMine, SGD añade una capacidad InterMine a la búsqueda de bases de datos.
De agosto 11: Manada Genome Browser, una herramienta para permitir la visualización de los datos genómicos, parte de la “componentes manada”
De agosto 18: Brenda, información completa de enzimas.
De agosto 25: Patología del ratón Genómica, a diferencia de otros consejos, esto no es un video sino una introducción detallada a un nuevo sitio web.

De septiembre

De septiembre 1: Páginas Galaxy, e introducción a la documentación de la nueva comunidad y la capacidad de compartir en Galaxy.
De septiembre 8: Varitas. Una base de datos de Plaid. Un recurso que integra los datos de variación humana como SNPs y CNV.
De septiembre 15: CircuitsDB de redes de regulación TF / miRNA / los genes.
De septiembre 21: Pathcase de datos vía.
De septiembre 29: Base de datos comparativos Toxicogenómica (CTD), VennViewer. Una nueva herramienta para crear diagramas de Venn para comparar conjuntos de datos asociados a los genes, enfermedades o productos químicos.

De octubre

De octubre 6: BioExtract servidor, un servidor que permite a los investigadores para almacenar datos, analizar datos y crear flujos de trabajo de datos.
De octubre 13: Revista Epigenomics, “Más allá del genoma” Sitio Revista de información y datos sobre la epigenética.
De octubre 20: Comparar bases de datos microbiana incluyendo IMG, UCSC navegadores microbiana y archeal, CMR y otros.
De octubre 27: iTOL, árbol interactiva de la vida

De noviembre

De noviembre 3: VISTA navegador Enhancer explorar los posibles elementos reguladores de la genómica comparativa
De noviembre 10: Obtención de información genética canónica desde el navegador UCSC. Necesita una versión de genes para 'gobernarlos a todos "?
De noviembre 17: Codificar los datos en la UCSC Genome Browser, todo un 35 tutorial minuto en el proyecto ENCODE.
De noviembre 24: Flink. Una herramienta que une los elementos de una base de datos NCBI a otro de una manera significativa y ponderada.

De diciembre

De diciembre 1: PhylomeDB. Una base de datos de filogenias de genes de muchas especies.
De diciembre 8: BioGPS de datos de expresión y más.
De diciembre 15: RepTar, una base de datos de los sitios objetivo miRNA.

Consejo del la Semana: Patología del ratón Genómica

Ok, así que esto no es lo mismo que nuestros consejos habituales. Sin embargo, recientemente he participado en un proyecto de modelos animales que me llevó a este recurso en genómica patología. Cuanto más profunda es que me metí en este proyecto un modelo animal, más claro se veía que una enorme cantidad de datos genómicos que viene va a ser grande–pero sí deben estar vinculados con las correspondientes histología y patología para una comprensión más completa de la biología genómica.

Todos estos proyectos modelo de organismo–ratones knock-out o ratas, ratones mutantes para estudios de cáncer, por ejemplo,, las líneas puras con características específicas y regiones genómicas como la Cruz de colaboración, los animales tratados–necesidad de la calidad de las evaluaciones de la patología. Hay proyectos como el fenotipo Europhenome se hace en grandes conjuntos de animales, y que requieren no sólo de las descripciones normalizadas y ontologías, pero también muestras de la imagen y evaluaciones. En una época en la que todos escanear en torno a todo este software mirando genes y regiones genómicas, tenemos que tener los datos de la patología, así. Y que los datos también deberán ser estandarizados y almacenados en la base de datos de recursos apropiados para los investigadores a encontrar y examinar. Recientemente he escuchado el Dr.. Robert Cardiff hablar de su trabajo en Patobiología del ratón y lo importante que es para capturar la información de una forma estandarizada y se pueden buscar. Él es uno de los impulsores de este proyecto, y entiende perfectamente las necesidades en este campo.

Más personas deberían ser entrenados en la patología a estudiar estos animales. Así que durante este proyecto me impresionó saber acerca de un proyecto de aprendizaje en línea que podría ser útil para las personas que necesitan entender los fundamentos de la investigación con animales y se presentó a importantes aspectos de la patología. Este proyecto ha ganado el premio a la Mejor Educación a Distancia (De mayo 25). Así como un servicio público en genómica Te señalo a este proyecto UC Davis.

Puede echar un vistazo a los antecedentes y objetivos de este de la Centro de Genómica Patología sitio. Desde allí se puede hacer clic en la barra de navegación para UCD sesión informativa para darte una idea de su curso, o haga clic en mi imagen de arriba. Es un buen esfuerzo.

No tenemos relaciones con la Universidad de California Davis o el proyecto de aprendizaje en línea–nos pareció que era un componente valioso e importante para la genómica y quería hablar de ello.

Colonia de ratones de gestión de software tutorial

Uno de los términos de búsqueda más comunes que lleva a la gente a nuestro sitio es el software de gestión de la colonia, o alguna variación de los mismos. Hemos hablado de algunas de las opciones en el pasado: Colonia Animal Software de gestión.

Estamos posteriormente ver un montón de interés en el software libre de El Laboratorio Jackson llama JCMS que la gente haga clic a través de. Así que sólo quería que ofrecer como un servicio público el anuncio de un seminario de la gente de Jax en Colonia de gestión y estrategias de mejoramiento esta semana. En el anuncio de correo electrónico vi que incluye específicamente una partida especial:

  • Bono especial: Un tutorial sobre el software de gestión de JAX Colonia (JCMS) por su creador, Chuck Donnely. JCMS es gratuito para descargar y usar

Por lo tanto si se trata de un área de interés para usted, valdría la pena echarle un vistazo. Si usted ve esto en un momento más tarde es posible que desee ver si ofrecen las grabaciones posteriores, así–No sé si los tienen, pero si usted está evaluando este tipo de software puede ser útil.

Sitio principal de MGI: http://www.informatics.jax.org/y acceder a más recursos–>Enlaces Comunidad–>Recursos del ratón y enlaces organismo modelo para llegar a cosas colonia de Gestión.

Consejo del la Semana: Base de datos de bases de datos del ratón


Somos plenamente conscientes de los miles de recursos bioinformáticos que hay, y a menudo nos preguntan como guía en la búsqueda de un tipo particular de herramienta para alguna función u otra. Hay algunos excelentes listas por ahí que tratan de catalogar los diversos instrumentos–la NAR edición de bases de datos y la correspondiente lista, la Colección de recursos en la Univ.. de Pittsburg, y otros. Sin embargo, recientemente hemos visto a uno desarrollado con un enfoque específico, que pretende reunir a más de 200 recursos para el ratón. La Ratón explorador de recursos recoge y clasifica un número de diferentes tipos de cosas–no sólo las bases de datos, como veremos. Encuéntralos aquí: http://bioit.fleming.gr/mrb

La colección curada de sitios que pueden ser de utilidad para los investigadores del ratón tiene una serie de características. Los desarrolladores utilizan un cuestionario para obtener algo de información de los proveedores de recursos, y cuando ellos no tienen esa entrada se ha creado una cierta información básica para los propios registros. Usted puede hacer una búsqueda básica de los recursos con un cuadro de búsqueda rápida. Hay una opción de búsqueda avanzada. Encontré la opción de navegar por categorías (han 22 categorías) el más informativo para averiguar qué tipo de recursos que habían recogido.

Los datos correspondientes a un determinado registro se organiza a través de una serie de fichas:

  • General: descripción, pone de relieve y el tema de los recursos
  • Las ontologías y las normas: si el recurso se basa en alguno de los vocabularios importante o formatos estándares en el campo, que figuran en esta lista
  • Técnico: detalles de implementación, tipo de base de datos, métodos de acceso, si hay un componente de servicios Web, si hay o no descargas
  • CASIMIR DDF: se trata de una pestaña interesante que evalúa algunas de las características de los recursos como la moneda / actualizaciones, calidad de los procesos de control, versiones, documentación técnica, apoyo a los usuarios, y más.

Aunque la atención se centra ratón, verás algunos más grandes tipos de recursos en ese. Por ejemplo, UCSC Genome Browser está en la lista, ya que es una base de datos del ratón se. Reactome aparece. Estos tienen una variedad de especies e incluyen mouse, pero ciertamente no se centró en ratones. Otros tipos de recursos incluyen proveedores comerciales tales como Charles River. Por lo tanto, no se limita sólo a las cosas como bases de datos de secuencias y cosas de esa naturaleza–que tiene más aspectos que los investigadores emplean el ratón como un modelo de sistema puede resultar útil.

Hay algunas decisiones que han tomado que no estoy seguro de que habría. Ellos lista de la lista de correo MGI como una característica independiente de MGI. Pero cuando pensé más en ello, Pude ver por qué. Hay buena información no, y si usted no sabe de lo que ya un puntero podría ayudar. Pero como yo estaba pensando en el 200+ recursos sólo para el ratón, Pensé que ese tipo de afectados del total.

Si el uso del ratón como modelo de sistema, usted probablemente encontrará algunas bases de datos útiles y otros sitios web que son útiles para su trabajo. Si no se trabaja con los ratones, es probable que haya todavía algunos recursos útiles para su trabajo, así. Echa un vistazo a el sitio de MRB para obtener más información: http://bioit.fleming.gr/mrb

De referencia:
Zouberakis, M., Chandra, C., Swertz, M., Smedley, D., Gruenberger, M., Bardo, J., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Schofield, P., Kollias, G., & Aydin, En. (2010). Ratón explorador de recursos–una base de datos de bases de datos del ratón Base de datos, 2010 DOI: 10.1093/database/baq010

Textpresso de ratón ya está disponible

Sólo un anuncio rápido que recibí de la lista de distribución Textpresso hoy:

¡Hola!

Hemos puesto en marcha un motor de búsqueda de texto completo de la literatura del ratón. Puede ser
acceder a

http://www.textpresso.org/mouse

Cualquier comentario es bienvenido. Por favor, háganos saber lo que piensa.
El equipo de Textpresso.

Bienvenido a Textpresso de ratón! Se trata de un piloto que contiene aproximadamente 80,000 documentos a texto completo relacionados con el ratón organismo modelo. Textpresso fuerza radica en la sentencia-búsqueda se centró, es decir, varias palabras clave y categorías coinciden en la misma frase que se volvió como un resultado de búsqueda. Textpresso está enriquecido por categorías (“bolsas de las palabras”) que se puede especificar desde un menú en cascada. Por ejemplo, si desea buscar frases que mencionan el shh gen y un tejido de ratón, shh escriba en el cuadro de palabra clave y "elegir tejidos de ratón’ (ratón a través de 'específico’ supercategoría). Las categorías están sujetas a cambios. Por favor, denos su opinión, si las entradas en particular no tienen sentido.
El software es compatible con búsquedas de frases (entre comillas) así como las búsquedas de caracteres especiales. Sin embargo, la búsqueda de súper- o anotaciones subíndice no se aplican aún. Tenemos previsto ampliar el corpus de los documentos con rapidez en los próximos meses.

Tenemos un tutorial sobre el Textpresso en nuestro catálogo, a propósito.

¿Alguien tiene un ratón de Cre-cualquiera que sea…?

By: Darryl Leja, NHGRI

Por: Darryl Leja, NHGRI

Desde que era un post-doc en Jax, He estado en la MGI Lista de correo. Hay días que lleva de nuevo recuerdos. Hay días en que aporta risa. El otro día tuve un problema con el filtro de correo no deseado, porque la discusión fue sobre: “La cría de machos con bajo deseo sexual” que, por razones obvias, mi correo pensamiento filtros era travieso.

Pero más a menudo es de carácter informativo sobre temas de investigación, ratones mutantes, y sobre los recursos que son útiles, ya sea en MGI u otros sitios que los investigadores del ratón como para el uso. Ayer fue un anuncio sobre un nuevo segmento de la base de datos de MGI: una Cre-recombinasa Portal. Una de las preguntas frecuentes en la lista es “¿alguien tiene un floxed ratón con una expresión tejido _____….?” o “bajo control del promotor de ______….?”

El nuevo portal ayudará a los investigadores a encontrar los modelos adecuados. La primera parte del anuncio correo (usted tendría que ir y encontrar electrónico del jueves; tiene más detalles acerca de cómo nos Creportal):

MGI ha lanzado un portal de datos de la recombinasa Cre (www.creportal.org) que se refiere específicamente a la necesidad de acceso a la expresión y la creación de datos específico. A través de este portal, los usuarios pueden acceder a información sobre todos los existentes transgenes creación y llamo ins-. Los datos incluyen la descripción molecular del transgén creación o golpear en, el conductor / promotor utilizado, inducibilidad información, publicaciones, y la disponibilidad de los ratones a través de la creación IMSR. Los datos detallados, incluyendo las imágenes que muestran la actividad anotada CRE / expresión de los tejidos analizados se agregan como disponibles. El acceso a los fenotipos muestra cre-eliminado los ratones se proporciona a través de la integración con datos del fenotipo de MGI.

En la actualidad, hay más de 1,040 que contienen transgenes-recombinasa o knock-in catalogado alelos.

Compruébelo usted mismo si usted o las personas que usted conoce necesita estos ratones. Podría ahorrar mucho tiempo si usted puede encontrar el botón derecho del ratón en la base de datos en lugar de en las listas de correo….

Cre-recombinasa Portal: http://www.creportal.org/

Recién publicado Genómica visor de datos IGV Broad

igv1.jpgDesde el El genoma de Tecnología de listas de correo He encontrado acerca de acerca de esta versión del software del Instituto Broad:

Broad Institute hace público Genómica visor de datos

Por un reportero GenomeWeb

NUEVA YORK (GenomeWeb Noticias) - El Instituto Broad del MIT y de Harvard, ha creado una herramienta informática de la genómica que permitirá a los investigadores visualizar la información genómica, y ha dejado a disposición del público de forma gratuita, Amplio, dijo hoy….

Así que por supuesto fui a ver. Porque yo amor nuevo software! Puede comprobarlo usted mismo aquí:

Visor de Genómica Integrativa: http://www.broad.mit.edu/igv/

Hay una introducción de inicio rápido y una película se puede ver que alguien demuestra un par de clicks (sin audio, o si era que no hay nada). Un rápido registro le da acceso. Un poco la descarga de Java y que se fuera a las carreras. Hay un conjunto de datos de ejemplo para empezar.

Mi primera pregunta fue:: lo que puedo ver los genomas? He aquí que–la FAQ dice:

Respuesta: Secuencia se lee en el genoma en un servidor en el Broad. Para las secuencias que aparecen, debe estar conectado a Internet, el servidor debe estar disponible, y el genoma que ha seleccionado debe estar en el servidor. A partir de julio 2008, el servidor proporciona la secuencia de los genomas de los siguientes: hg17, HG18, MM8, y MM9.

Al principio pensé que era una herramienta para sacar de su propio genoma y ver cosas, pero parece que depender de lo que está en su servidor. Pero no he cavado lo suficiente todavía, No estoy seguro de que la respuesta final. Pero si usted está utilizando uno de los genomas, Pude ver alguna utilidad real en tirar de sus datos como pistas y ver que junto a la secuencia de referencia.

Se ve bien para mí. Voy a ser ser revisado por un poco más y yo te diré lo que me parece. Siéntete libre de añadir sus propios comentarios!

Extinto Genomas en PLoS ONE

ResearchBlogging.orgtasmanian tigerA artículo publicado hoy en PLoS Uno informes sobre investigaciones que demuestran la viabilidad de adoptar un gen o región genómica de una especie extinta e insertarlo en el genoma de una especie existente y resucitar a la función de las especies extintas en el ADN de los ratones transgénicos. La especie extinta fue el Tigre de Tasmania o tilacino (que enlaza con la página de wikipedia, nadie quiere llegar a ser el curador de la Página EOL, que es bastante escaso en este momento?) y la madre de alquiler '’ especie fue Mus musculus.

Y, como dice el resumen,

Mientras que otros estudios han examinado la extinción de ADN que codifica la función in vitro, este es el primer ejemplo de la restauración de la extinta ADN no codificante y el examen de su función in vivo. Nuestro método de uso de la transgénesis se puede utilizar para explorar la función de las secuencias reguladoras y codificantes de proteínas obtenidos a partir de una especie extinta en un sistema modelo in vivo, proporcionar importantes conocimientos sobre la evolución de genes y la diversidad.

Es una pieza fascinante de la investigación.

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Nueva Tutoriales en línea en FlyBase, WormBase e Informática del genoma del ratón (MGI) Recursos

tutoriales global sobre la bioinformática organismo modelo de bases de datos FlyBase, WormBase MGI y permitirá a los investigadores de forma rápida y eficaz uso de estos recursos invaluables.

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de nuevas suites tutorial sobre varios recursos como organismo modelo FlyBase, WormBase y una actualización de la Informática del genoma del ratón (MGI) base de datos. Los organismos modelos son esenciales para nuestra comprensión de la biología básica y la investigación biomédica moderna. Drosophila, C. elegans y ratones son tres muy investigado organismos modelo. FlyBase y WormBase son los principales recursos de información molecular y genética en la Drosophilidae y en Caenorhabditis elegans y especies afines, respectivamente. MGI es una serie de herramientas y bases de datos que integran la genética, la genómica y la biología del ratón de laboratorio.

Las suites tutorial, disponible para compra individual oa través de una suscripción anual a bajo precio a todos los tutoriales OpenHelix, contienen un narrada, auto-ejecución, tutorial en línea, diapositivas, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Estos tutoriales le enseñarán a los usuarios:

  • realizar rápidas búsquedas y navegar por las páginas de resumen de genes
  • ver las características genéticas en el contexto de todo el cromosoma
  • construir consultas complejas a través de diversos conjuntos de datos almacenados en FlyBase, WormBase o MGI
  • nucleótidos o aminoácidos realizar búsquedas de homología de secuencia de ácido
  • salida de datos en varios formatos, o informes de acceso de datos a gran
  • investigar muchos recursos asociados a la MGI

Para obtener más información sobre estas y otras suites tutorial visita OpenHelix.