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Astuce Vidéo de la semaine: FlyBase TV, and a letter of support for model organism communities

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Première, il était un tweet de FlyBase, about their video channel. Ça a été un moment depuis que nous avions fait une Airbase Conseil de la semaine, donc ça a été une raison suffisante.

Mais il est également venu juste après que je pensais à l'importance des organismes modèles, sur la base de la campagne par les bases de données d'organismes modèles pour sauver leur financement. Voici un tweet de la base de données du génome de la levure (SGD) avec un plaidoyer:

Mais cette lettre cite la levure, vole, WormBase, Danse, MGI, RGD et Gene Ontology ainsi.

mergeJ'ai un faible pour les organismes modèles, non seulement en raison de la quantité énorme de grande biologie qu'ils ont fourni. J'étais un postdoc au laboratoire Jackson, et je suis parfaitement conscient de l'importance cruciale est d'avoir la profondeur des spécialistes des espèces impliquées dans la création et le maintien des ressources qui sont appropriées pour leur organisme. Mais il est plus que de simples connaissances institutionnelles et les données, bien sûr. Il est également l'importance de la communauté des chercheurs travaillant sur cet organisme, les soutenir et ayant leurs besoins satisfaits à bien des égards avec des ressources spécifiques aux espèces.

Donc, la pointe de cette semaine met en évidence certaines caractéristiques des outils de FlyBase, comme un moyen de rappeler aux gens du grand travail qui est en cours au modèle des bases de données de l'organisme (MODs).

Maintenant, si vous ne l'avez pas déjà fait, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre de soutien à ces bases de données. Vous pouvez en savoir plus sur la question plus sur le site, mais brièvement:

NHGRI / NIH a récemment avancé un plan dans lequel les MODs seront intégrées dans une base de données combinée unique, ainsi qu'un 30% réduction du financement pour chaque MOD (voir également Nature et Science reportages). Alors que l'intégration accrue présentera de nombreux avantages, le plan se traduira par une perte d'ensembles de données spécifiques à l'organisme critiques. La coupe de financement sera également paralyser les fonctions de base telles que la littérature de haute qualité curation et annotation du génome, dégrader l'utilité des MODs. Étant donné le grand nombre de scientifiques que ce changement de politique aurait une incidence et l'importance de leur travail, ceci est une question extrêmement préoccupante.

J'ai toujours crié sur l'importance de curation de haute qualité. Il est tellement sous-évalué, mais il est seulement de plus en plus crucial maintenant que nous obtenons des données de séquence tant et nous avons besoin des meilleures connaissances existantes pour nous guider à travers elle. Maintenant, est pas le moment de réduire les curation.

Donc, si vous avez évalué les données MOD et les sites communautaires, s'il vous plaît envisager de signer à la lettre d'appui.

Liens rapides:

FlyBase: http://flybase.org/

Modèle de soutien Organism Bases de données lettre: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Références:

Hayden, Erica Check. “Le financement des bases de données modèle-organismes en difficulté.” Nature Nouvelles. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Kaiser, Jocelyn. “Le financement des ressources de données clés en danger.” Science 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: établir une ressource Gene groupe pour Drosophila melanogaster.” Nucleic Acids Research (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/grenade / gkv1046

Tutoriels gratuits sur bases de données génomiques organisme modèle Libéré par OpenHelix

OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité gratuite des suites tutoriel sur les bases de données et des ressources organisme modèle largement utilisé dans la recherche. Les suites sont disponibles premier tutoriel GBrowse, Rat Genome Database (RGD), Informatique de génome de souris (MGI), et WormBase. Pour être ajouté dans les prochaines semaines sont Zebrafish Information Network (Danse), FlyBase et Saccharomyces (Levures) Base de données du génome (SGD).

Les suites tutoriel, financé en partie par une subvention du National Human Genome Research Institute des National Institutes of Health, comprennent une course auto, tutorial narré l'introduction de la ressource et comment utiliser ses fonctionnalités et fonctions. Chaque suite comprend également des diapositives PowerPoint, documents, et des exercices qui peuvent être utilisés à titre de référence ou pour d'autres formations.

Un des tutoriels disponibles premières est Gbrowse, développé par la base de données organisme modèle générique (GMOD) projet de, un outil couramment utilisé par les chercheurs pour développer des navigateurs du génome d'organismes modèles pour, espèces d'intérêt, et des sujets particuliers. En apprenant à utiliser ce navigateur "générique" du génome, vous pouvez exploiter ces connaissances pour utiliser des dizaines de ressources consacrées à un large éventail de domaines de recherche.

"Le didacticiel utilisateur OpenHelix Gbrowse est très bien fait et sera une excellente ressource pour les nombreuses communautés de recherche qui utilisent Gbrowse de visualiser les données génomiques,», A déclaré Dave Clements du Centre national de synthèse évolutive qui dirige le bureau d'aide gmod.

Organismes modèles, telle que la levure, la souris, rat, vole, et bien d'autres, ont longtemps été utilisés par les chercheurs d'élargir notre compréhension de la biologie et à évaluer l'efficacité et la sécurité des thérapies avant d'aller au procès de l'homme. La plupart des génomes de ces organismes ont été entièrement séquencé, donnant à la communauté scientifique un aperçu encore plus grande dans les organismes et leur relation à la biologie humaine. Les données du génome est maintenant disponible et consultable sur la disposition du public des bases de données en ligne et des ressources.

Vous pouvez consulter les tutoriels organisme modèle au http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix fournit plus de 60 suites tutoriel d'autres sur un certain nombre de bases de données génomiques et des ressources par le biais d'un individu, groupe, ou de souscription institutionnelle. De plus amples informations peuvent être trouvées à www.openhelix.com.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit les connaissances de la génomique vous avez besoin quand vous en avez besoin. OpenHelix offre en ligne auto-run tutoriels et formation sur site pour les institutions et les entreprises sur la libre circulation des plus puissants et populaires, basé sur le Web, accessibles au public des ressources bio-informatique. En outre, OpenHelix est contractée par les fournisseurs de ressources pour fournir globale, formation à long terme et des programmes de sensibilisation.

De nouveaux didacticiels en ligne sur FlyBase, WormBase et de l'informatique génome de la souris (MGI) Ressources

tutoriaux complets sur les bases de données bioinformatiques organisme modèle FlyBase, WormBase et MGI permettre aux chercheurs d'utiliser rapidement et efficacement ces ressources précieuses.

OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité de nouvelles suites tutoriel sur plusieurs ressources organisme modèle, y compris FlyBase, WormBase et une mise à jour sur le génome de souris informatique (MGI) base de données. Organismes modèles font partie intégrante de notre compréhension de la biologie fondamentale et la recherche biomédicale moderne. Drosophila, C. elegans et la souris sont trois organismes modèles très recherchés. FlyBase et WormBase sont des ressources primaires pour informations moléculaires et génétiques sur la Drosophilidae et Caenorhabditis elegans et les espèces apparentées, respectivement. MGI est une série d'outils et de bases de données qui intègrent la génétique, génomique et la biologie de la souris de laboratoire.

Les suites tutoriel, disponibles à l'achat unique ou par le biais d'un abonnement à bas prix par an pour tous les tutoriels OpenHelix, contiennent une narration, auto-run, tutoriel en ligne, diapositives, documents et d'exercices. Avec les tutoriels, les chercheurs peuvent rapidement apprendre à utiliser efficacement ces ressources. Ces tutoriels vous enseignera aux utilisateurs de:

  • effectuer des recherches et naviguer rapide des pages de résumé du gène
  • voir les caractéristiques génétiques dans le contexte de la totalité du chromosome
  • construire des requêtes complexes à travers différents jeux de données stockées dans FlyBase, WormBase ou MGI
  • effectuer des nucléotides ou d'acides aminés recherches d'homologie de séquence d'acide
  • données de sortie dans des formats différents, ou l'accès large des rapports de données
  • enquêter sur de nombreuses ressources liés à la MGI

Pour en savoir plus sur ces et d'autres suites tutoriel visite OpenHelix.