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Vídeo Consejo de la semana: base aérea de TV, y una carta de apoyo a las comunidades organismo modelo

This week’s video tip was prompted by a couple of things. Primero, era un tweet de FlyBase, about their video channel. Ha sido un tiempo desde que habíamos hecho una Base aérea Consejo de la semana, así que fue una razón suficiente.

Pero también se produjo justo después de que yo estaba pensando acerca de la importancia de los organismos modelo, sobre la base de la campaña de las bases de datos organismo modelo para salvar a su financiación. Aquí está un tweet de la base de datos del genoma de la levadura (SGD) con una petición:

Pero esta carta cita la levadura, moscas, WormBase, Danza, MGI, RGD y Gene Ontology también.

mergeTengo una debilidad por los organismos modelo, no sólo debido a la enorme cantidad de gran biología que han proporcionado. Yo era un post-doctorado en el Laboratorio Jackson, y soy muy consciente de lo importante que es tener la profundidad de los especialistas en especies involucradas en la creación y el mantenimiento de los recursos que sean apropiados para su organismo. Pero es más que conocimientos institucional y de datos, por supuesto. Es también la importancia de la comunidad de investigadores que trabajan en ese organismo, apoyándolos y tener sus necesidades cubiertas en muchos aspectos con los recursos específicos de cada especie.

Así que el consejo de esta semana pone de relieve algunas de las características de las herramientas FlyBase, como una manera de recordar a la gente de la gran obra que está pasando en las bases de datos de organismos modelo (MODs).

Ahora, si no lo ha hecho, por que no firmar el carta de apoyo a estas bases de datos. Puede leer más sobre el tema más en el sitio, pero brevemente:

NHGRI / NIH ha avanzado recientemente un plan en el que los mods se integrarán en una única base de datos combinada, junto con una 30% reducción de los fondos para cada MOD (véase también éstos Naturaleza y Ciencia noticias). Aunque el aumento de la integración presentará muchas ventajas, el plan se traducirá en una pérdida de datos críticos organismos específicos. El corte financiación también paralizar funciones básicas tales como curación de la literatura de alta calidad y la anotación del genoma, degradar la utilidad de los MODs. Dado el gran número de científicos que este cambio de política afectaría y la importancia de su trabajo, esto es un motivo de preocupación extrema.

Siempre he gritado sobre la importancia de curación de alta calidad. Es tan infravalorado, but it’s only more and more crucial now that we are getting so much sequence data and we need the best existing knowledge to help guide us through it. Now is not the time to cut back on curation.

So if you have valued MOD data and community sites, please consider signing on to the letter of support.

Enlaces rápidos:

FlyBase: http://flybase.org/

Support Model Organism Databases carta: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Referencias:

Hayden, Erica Check. “Funding for model-organism databases in trouble.” Nature News. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Emperador, Jocelyn. “Funding for key data resources in jeopardy.” Ciencia 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: establishing a Gene Group resource for Drosophila melanogaster.” Los ácidos nucleicos de investigación (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/nar/gkv1046

Tutoriales gratis en bases de datos Modelo Genómica organismo liberado por OpenHelix

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad gratuita de suites tutorial sobre bases de datos de organismo modelo y los recursos utilizados ampliamente en la investigación. Las suites tutorial disponible en primer lugar se GBrowse, Base de datos del genoma de rata (RGD), Genoma del ratón Informática (MGI), y WormBase. Que se añadirán en las próximas semanas son la Red de Información de pez cebra (Danza), FlyBase y Saccharomyces (Levadura) Base de datos del genoma (SGD).

Las suites tutorial, financiado en parte por una subvención del National Human Genome Research Institute de los Institutos Nacionales de Salud, incluyen una carrera de auto, tutorial narrado la introducción de los recursos y la forma de utilizar sus características y funciones. Cada suite también incluye diapositivas de PowerPoint, folletos, y ejercicios que se pueden utilizar como referencia o para entrenar a otros.

Uno de los tutoriales disponibles en primer lugar se encuentra en GBrowse, desarrollado por la base de datos de organismo modelo genérico (GMOD) proyecto, una popular herramienta utilizada por los investigadores para desarrollar navegadores genoma de organismos modelo, especies de interés, y temas específicos. Al aprender a utilizar esta "genérico" genoma navegador, usted puede aprovechar ese conocimiento para el uso de decenas de recursos que se dedican a una amplia gama de áreas de investigación.

"El GBrowse OpenHelix tutorial de usuario es muy bien hecho y será un excelente recurso para las comunidades de investigación que utilizan muchos GBrowse para visualizar los datos genómicos,", Dijo Dave Clements, del Centro Nacional de Síntesis Evolutiva que dirige el servicio de asistencia GMOD.

Organismos modelo, como la levadura, del ratón, rata, moscas, y muchos otros, han sido utilizados por los investigadores para ampliar nuestra comprensión de la biología y para evaluar la eficacia y seguridad de los tratamientos antes de ir al ensayo en humanos. Muchos de los genomas de estos organismos han sido completamente secuenciados, dar a la comunidad científica una visión aún mayor en los organismos y su relación con la biología humana. Los datos del genoma ya está disponible y puede consultarse en las bases de datos en línea a disposición del público y los recursos.

Puede ver los tutoriales en el organismo modelo http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix ofrece más de 60 otras suites tutorial de una serie de bases de datos genómicas y de los recursos a través de un individuo, grupo, o suscripción institucional. Para más información se puede encontrar en www.openhelix.com.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona el conocimiento de la genómica que necesita cuando lo necesita. OpenHelix ofrece en línea de auto-ejecutar los tutoriales y en el lugar de entrenamiento para instituciones y empresas en el libre más potentes y populares, basado en la web, de acceso público bioinformática recursos. Además, OpenHelix es contratado por los proveedores de recursos para proporcionar amplia, formación a largo plazo y programas de extensión.

Nueva Tutoriales en línea en FlyBase, WormBase e Informática del genoma del ratón (MGI) Recursos

tutoriales global sobre la bioinformática organismo modelo de bases de datos FlyBase, WormBase MGI y permitirá a los investigadores de forma rápida y eficaz uso de estos recursos invaluables.

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de nuevas suites tutorial sobre varios recursos como organismo modelo FlyBase, WormBase y una actualización de la Informática del genoma del ratón (MGI) base de datos. Los organismos modelos son esenciales para nuestra comprensión de la biología básica y la investigación biomédica moderna. Drosophila, C. elegans y ratones son tres muy investigado organismos modelo. FlyBase y WormBase son los principales recursos de información molecular y genética en la Drosophilidae y en Caenorhabditis elegans y especies afines, respectivamente. MGI es una serie de herramientas y bases de datos que integran la genética, la genómica y la biología del ratón de laboratorio.

Las suites tutorial, disponible para compra individual oa través de una suscripción anual a bajo precio a todos los tutoriales OpenHelix, contienen un narrada, auto-ejecución, tutorial en línea, diapositivas, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Estos tutoriales le enseñarán a los usuarios:

  • realizar rápidas búsquedas y navegar por las páginas de resumen de genes
  • ver las características genéticas en el contexto de todo el cromosoma
  • construir consultas complejas a través de diversos conjuntos de datos almacenados en FlyBase, WormBase o MGI
  • nucleótidos o aminoácidos realizar búsquedas de homología de secuencia de ácido
  • salida de datos en varios formatos, o informes de acceso de datos a gran
  • investigar muchos recursos asociados a la MGI

Para obtener más información sobre estas y otras suites tutorial visita OpenHelix.