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Video Tipp der Woche: Airbase TV, und ein Brief der Unterstützung für Modellorganismus Gemeinden

In dieser Woche Video-Tipp wurde durch ein paar Dinge aufgefordert. Erste, es war ein Tweet von FlyBase, über ihre Videokanal. Es ist schon eine Weile her, seit wir ein getan hatte Airbase Tipp der Woche, so das war Grund genug,.

Aber es kam auch nur, nachdem ich über die Bedeutung der Modellorganismen dachte, auf der Grundlage der Kampagne von den Modellorganismus Datenbanken ihre Finanzierung zu sichern. Hier ist ein Tweet aus dem Hefegenom Datenbank (SGD) mit einem Plädoyer:

Aber dieser Brief zitiert Hefe, Fliegen, WormBase, Tanz, MGI, RGD und Gene Ontology sowie.

mergeIch habe ein Faible für Modellorganismen, nicht nur wegen der enormen Menge von großer Biologie sie zur Verfügung gestellt haben. Ich war ein Postdoc-Aufenthalt am Jackson Lab, und ich bin sehr bewusst, wie wichtig es ist, die Tiefe der Spezies Spezialisten beteiligt zu haben, bei der Schaffung und Erhaltung der Ressourcen, die für ihren Organismus angemessen sind. Aber es ist mehr als nur institutionelle Wissen und Daten, natürlich. Es ist auch die Bedeutung der Gemeinschaft der Forscher auf diesem Organismus arbeiten, sie unterstützen und mit ihren Bedürfnissen in vielerlei Hinsicht mit artspezifischen Ressourcen erfüllt.

So Der Tip der Woche zeigt einige Merkmale der FlyBase Tools, als eine Möglichkeit, Leute von der großen Arbeit zu erinnern, dass bei Modellorganismus Datenbanken los ist (Modifikationen).

Jetzt, wenn Sie nicht bereits getan haben, beachten Sie bitte an die Unterzeichnung auf Schreiben der Unterstützung für diese Datenbanken. Sie können mehr über das Thema über an der Stelle lesen, aber kurz:

NHGRI / NIH fortgeschritten ist vor kurzem einen Plan, in dem die MODs werden in einer einzigen kombinierten Datenbank integriert werden, zusammen mit einem 30% Kürzung der Mittel für jeden MOD (siehe auch diese Nature und Wissenschaft Nachrichten). Während eine verstärkte Integration wird viele Vorteile präsentieren, Der Plan wird in einem Verlust von kritischen Organismus spezifische Datensätze führen. Die Finanzierung Schnitt wird auch Kernfunktionen Krüppel wie hochwertige Literatur Kuration und Genomannotation, Verschlechtern der Nützlichkeit der MODs. Angesichts der großen Zahl von Wissenschaftlern, dass diese Änderung der Politik beeinflussen würde und die Bedeutung ihrer Arbeit, dies ist eine Angelegenheit von äußerster Besorgnis.

Ich habe schrie immer über die Bedeutung von qualitativ hochwertigen curation. Es ist so unterbewertet, aber es ist nur mehr und mehr von entscheidender Bedeutung jetzt, dass wir so viel Sequenzdaten bekommen und wir brauchen die beste vorhandene Wissen uns durch sie zu helfen. Jetzt ist nicht die Zeit, auf Kuration, um wieder.

Also, wenn Sie MOD Daten bewertet und Community-Sites, beachten Sie bitte auf das Schreiben der Unterstützung bei der Unterzeichnung.

Quick-Links:

FlyBase: http://flybase.org/

Unterstützung Modellorganismus Datenbanken Schreiben: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

Referenzen:

Hayden, Erica überprüfen. “Die Finanzierung für Modellorganismus Datenbanken in Schwierigkeiten.” Nature News. () DOI: 10.1038/nature.2016.20134

Kaiser, Jocelyn. “Die Finanzierung für die wichtigsten Datenressourcen in Gefahr.” Wissenschaft 351.6268 (2016): 14-14. DOI: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, Helen, et al. “FlyBase: eines Gene-Gruppe Ressource für Drosophila melanogaster zu etablieren.” Nucleic Acids Research (2015): gkv1046. DOI: 10.1093/Granatapfel / gkv1046

Kostenlose Lernprogramme auf Model Organism Genomdatenbanken durch OpenHelix Veröffentlicht

OpenHelix gab heute die freie Verfügbarkeit des Tutorial Suiten auf Modell-Organismus Datenbanken und Ressourcen intensiv in der Forschung verwendet. Das erste Tutorial Suiten verfügbar sind GBrowse, Ratte Database (RGD), Mouse Genome Informatics (MGI), und WormBase. Um in den kommenden Wochen hinzugefügt werden Zebrafisch Information Network (Tanz), FlyBase und Saccharomyces (Hefe) Genom-Datenbank (SGD).

Das Tutorial Suiten, finanziert zum Teil durch einen Zuschuss von der National Human Genome Research Institute der National Institutes of Health, gehören ein Selbstbedienungsrestaurant laufen, erzählt Tutorial Einführung des Ressourcen-und wie sie ihre Funktion und Funktionen verwenden. Jede Suite enthält auch PowerPoint-Folien, Handouts, und Übungen, die als Referenz oder für die Ausbildung anderer eingesetzt werden können.

Einer der ersten verfügbaren Tutorials auf GBrowse, entwickelt von dem generischen Modell Organism Database (GMOD) Projekt, ein beliebtes Tool von Forschern benutzt, um Genom-Browser für Modell-Organismen entwickeln, Spezies von Interesse, und besondere Themen. Durch das Erlernen, wie man diese "generic" Genom-Browser verwenden, Sie nutzen können, dass das Wissen um Dutzende von Ressourcen für ein breites Spektrum von Forschungsgebieten nutzen.

"Die OpenHelix GBrowse Benutzer-Tutorial ist sehr gut gemacht und wird eine wertvolle Quelle für die vielen Forschungs-Communities, GBrowse verwenden, um genomische Daten zu visualisieren,", Sagte Dave Clements von der National Evolutionary Synthesis Center, die die GMOD Helpdesk läuft.

Modell-Organismen, wie Hefe, Maus, Ratte, Fliegen, und viele andere, schon lange von den Forschern genutzt, um unser Verständnis der Biologie zu erweitern und die Wirksamkeit und Sicherheit von Therapien vor dem Versuch am Menschen zu beurteilen. Viele der Genome dieser Organismen wurden komplett sequenziert, Angabe der wissenschaftlichen Gemeinschaft noch mehr Einblick in die Organismen und ihre Beziehung zur menschlichen Biologie. Die Genom-Daten ist jetzt verfügbar und durchsuchbar auf öffentlich zugänglichen Online-Datenbanken und Ressourcen.

Sie können das Modell Organism Tutorials auf Sicht http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix bietet über 60 anderen Tutorial-Suiten auf einer Reihe von Genom-Datenbanken und Ressourcen durch eine individuelle, Gruppe, oder institutionelle Abonnements. Weitere Informationen finden Sie unter www.openhelix.com gefunden werden.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet die Genomikkenntnisse Sie benötigen, wenn Sie es brauchen. OpenHelix bietet Online-Self-run-Tutorials und Vor-Ort-Schulungen für Institutionen und Unternehmen auf der mächtigste und populärste freie, Web-basierte, öffentlich zugänglich bioinformatische Ressourcen. Darüber hinaus, OpenHelix wird durch Ressourcen-Anbietern zur Gewährung umfassender, Langzeit-Trainings-und Beratungsprogramme.

Neue Online-Tutorials auf FlyBase, WormBase und Mouse Genome Informatics (MGI) Resources

Umfangreiche Tutorials auf der Modell-Organismus Bioinformatik Datenbanken FlyBase, WormBase und MGI Wissenschaftlern ermöglichen, schnell und effektiv nutzen diese wertvolle Ressourcen.

OpenHelix kündigte heute die Verfügbarkeit der neuen Tutorial-Suiten in mehreren Modell-Organismus Ressourcen, einschließlich FlyBase, WormBase und ein Update auf die Mouse Genome Informatics (MGI) Datenbank. Modellorganismen sind ein integraler Bestandteil unseres Verständnisses von biologischen Grundlagen und moderne biomedizinische Forschung. Drosophila, C. elegans und Mäuse sind drei hoch recherchiert Modell-Organismen. FlyBase und WormBase sind die primären Ressourcen für die molekulare und genetische Informationen über die Drosophilidae und Caenorhabditis elegans und verwandte Arten, bzw.. MGI ist eine Reihe von Hilfsmitteln und Datenbanken, Integration von Genetik, Genomik und Biologie für die Labormaus.

Das Tutorial Suiten, erhältlich für Einzelkauf oder über eine günstige Jahresbeitrag für alle OpenHelix Tutorials, enthalten eine kommentierte, Selbst-laufen, Online-Tutorial, Folien, Handouts und Übungen. Mit den Tutorials, Forscher können schnell, effektiv zu lernen und effizient zu nutzen diese Ressourcen. Diese Tutorials lehren Benutzer:

  • Führen Sie schnelle Suchen und Navigieren Gen Übersichtsseiten
  • Durchsuchen der genetischen Merkmale im Kontext des gesamten Chromosoms
  • konstruieren komplexe Abfragen über verschiedene Datensätze innerhalb FlyBase gespeichert, WormBase oder MGI
  • durchführen Nukleotid-oder Aminosäure-Sequenzhomologie durchsucht
  • Ausgabe von Daten in verschiedenen Formaten, oder Zugriff auf große Daten-Berichte
  • untersuchen viele Ressourcen im Zusammenhang mit MGI verbunden

Um mehr über diese und andere Tutorial Suiten besuchen OpenHelix.