الوسم المحفوظات: نموذج الكائنات

support_MODs

تلميح فيديو للأسبوع: قاعدة جوية التلفزيون, ورسالة دعم للمجتمعات نموذج حي

This week’s video tip was prompted by a couple of things. الأول, كان سقسقة من القاعدة الجوية, about their video channel. انها كانت فترة من الوقت منذ أن كنا قد فعلت قاعدة جوية نصيحة الأسبوع, لذلك كان كافيا لسبب.

لكنها جاءت أيضا بعد وأنا أفكر في أهمية الكائنات النموذجية, بناء على الحملة التي تقوم بها قواعد بيانات نموذج حي لإنقاذ تمويلها. وهنا سقسقة من قاعدة البيانات الخميرة الجينوم (SGD) مع نداء:

ولكن هذه الرسالة يستشهد الخميرة, الذباب, WormBase, رقص, كونكورد, RGD و أنتولوجيا الجينات كذلك.

mergeلدي بقعة لينة للكائنات نموذج, ليس فقط بسبب الكم الهائل من الأحياء الكبير الذي فرنا. كنت مرحلة ما بعد الدكتوراه في مختبر جاكسون, وأنا أدرك تماما مدى أهمية هو أن يكون عمق المتخصصين الأنواع المعنية في إنشاء والمحافظة على الموارد المناسبة لكائن من. لكنه أكثر من مجرد المعرفة المؤسسية والبيانات, بالطبع. انها أيضا على أهمية المجتمع من الباحثين العاملين في هذا الحي, دعم لهم وجود احتياجاتهم اجتمعت في نواح كثيرة مع الموارد الأنواع محدد.

ذلك غيض هذا الأسبوع يسلط الضوء على بعض ملامح أدوات FlyBase, باعتبارها وسيلة لتذكير الناس من العمل العظيم الذي يجري في قواعد البيانات كائن نموذج (وزارة الدفاع).

الآن, إذا لم تكن قد فعلت ذلك, يرجى النظر في التوقيع على ل رسالة دعم لقواعد البيانات هذه. يمكنك قراءة المزيد حول هذه القضية في أكثر من موقع, ولكن لفترة وجيزة:

NHGRI / المعاهد الوطنية للصحة قد تقدمت مؤخرا خطة التي سوف يتم دمج وزارة الدفاع في قاعدة بيانات مشتركة واحدة, جنبا إلى جنب مع 30% انخفاض في التمويل لكل وزارة الدفاع (انظر أيضا هذه طبيعة و العلم الأخبار). في حين زيادة التكامل سيقدم العديد من المزايا, والخطة يؤدي إلى خسارة من مجموعات البيانات الكائنات محددة الحرجة. وخفض التمويل أيضا يشل الوظائف الأساسية مثل جودة عالية كرأيشن الأدب والشرح الجينوم, المهينة فائدة من وزارة الدفاع. نظرا للعدد الكبير من العلماء أن هذا التغيير في السياسة من شأنه أن يؤثر وأهمية عملهم, هذا هو مدعاة للقلق الشديد.

لقد صاح دائما عن أهمية كرأيشن ذات جودة عالية. انها مقومة بأقل من قيمتها حتى, ولكن هذا فقط أكثر وأكثر أهمية الآن أننا نحصل على الكثير من البيانات تسلسل ونحن بحاجة إلى أفضل المعارف المتاحة للمساعدة في توجيه لنا من خلال ذلك. الآن ليس الوقت المناسب لخفض كرأيشن.

حتى إذا كان لديك قيمة بيانات وزارة الدفاع ومواقع المجتمع, يرجى النظر في التوقيع على الرسالة من الدعم.

وصلات سريعة:

القاعدة الجوية: http://flybase.org/

دعم نموذج قواعد بيانات الكائن الحي خطاب: http://www.genetics-gsa.org/MODSupport/

المراجع:

هايدن, إيريكا تحقق. “تمويل لقواعد بيانات النموذج الحي في ورطة.” طبيعة الأخبار. () دوى: 10.1038/nature.2016.20134

قيصر, جوسلين. “تمويل موارد البيانات الرئيسية في خطر.” العلم 351.6268 (2016): 14-14. دوى: 10.1126/science.351.6268.14

Attrill, هيلين, وآخرون. “القاعدة الجوية: إنشاء مورد جين المجموعة لذبابة الفاكهة.” الأحماض النووية البحثية (2015): gkv1046. دوى: 10.1093/الرمان / gkv1046

نحن أحياء والمهووسين الحقيقي

ونحن نحب الكائنات نموذجنا! وديتي قليلا عن أبو شوكة من مختبر:

حزب التحرير: Pharyngula

مهلا, ضريبة, إذا كنت تريد أن ترى ما هي عليه حول الغناء, تحقق من جينوم أبو شوكة سمك شائك لطيف قليلا في UCSC, Ensembl, أو قراءة أكثر قليلا :).

دروس حول قواعد بيانات الجينوم النموذجي الكائنات التي الاصدار OpenHelix

OpenHelix اليوم عن توافر حرية أجنحة التعليمي على قواعد بيانات النموذج الحي والموارد المستخدمة على نطاق واسع في مجال الأبحاث. الأجنحة التعليمي أول المتاحة هي GBrowse, قاعدة بيانات الجينوم الفئران (RGD), الماوس الجينوم المعلوماتية (كونكورد), وWormBase. تضاف في الأسابيع المقبلة هي اسماك الزرد شبكة المعلومات (رقص), وFlyBase السكيراء (خميرة) قاعدة بيانات الجينوم (SGD).

البرنامج التعليمي أجنحة, تمول جزئيا من قبل منحة من المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشرية في المعاهد الوطنية للصحة, وتشمل سلسلة النفس, وروى تعليمي تقديم الموارد، وكيفية استخدام ميزة وظائفها. كل جناح يضم أيضا شرائح PowerPoint, الصدقات, والتمارين التي يمكن استخدامها كمرجع أو لتدريب الآخرين.

واحد من الدروس الأولى المتاحة على GBrowse, التي وضعتها قاعدة بيانات نموذج الكائن عام (GMOD) مشروع, أداة شعبية تستخدم من قبل الباحثين لتطوير برامج التصفح الجينوم للكائنات نموذج, نوع من الاهتمام, وموضوعات خاصة. من خلال تعلم كيفية استخدام هذه "عامة" متصفح الجينوم, يمكنك ضغط لتلك المعرفة لاستخدام العشرات من الموارد المخصصة لمجموعة واسعة من المجالات البحثية.

"هو جيد جدا القيام به للمستخدم GBrowse OpenHelix التعليمي، وسوف تكون موردا ممتازا للمجتمعات المحلية العديد من الأبحاث التي تستخدم GBrowse لتصور البيانات الجينية,"وقال ديف كليمنتس للمركز الوطني التجميعي التطوري الذي يدير مكتب المساعدة GMOD.

نموذج الكائنات, مثل الخميرة, الماوس, نصيحة, الذباب, وغيرها الكثير, لطالما استخدمت من قبل الباحثين لتوسيع فهمنا لعلم الأحياء وإلى تقييم فعالية وسلامة من العلاجات قبل أن يذهب إلى التجربة البشرية. وقد تم العديد من العوامل الوراثية من هذه الكائنات التسلسل تماما, منح المجتمع العلمي بصيرة أكبر في الكائنات الحية وعلاقتها البيولوجيا البشرية. بيانات الجينوم هو متاح الآن وقابلة للبحث في قواعد البيانات على الانترنت متاحة للجمهور والموارد.

يمكنك عرض الدروس النموذجي الكائن في المتشعب://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. يوفر أكثر من OpenHelix 60 أجنحة أخرى على البرنامج التعليمي عددا من قواعد البيانات الجينومية والموارد من خلال الفرد, مجموعة, أو الاشتراك المؤسسية. ويمكن الاطلاع على مزيد من المعلومات في www.openhelix.com.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (www.openhelix.com) يوفر المعرفة الجينوميات تحتاج إليه عند الحاجة إليها. OpenHelix يتيح تشغيل الذاتي عبر الإنترنت الدروس والتدريب في موقع للمؤسسات والشركات على الخطوط الأكثر نفوذا وشعبية, على شبكة الإنترنت, المعلوماتية الحيوية الموارد المتاحة للجمهور. وبالإضافة إلى ذلك, وقد تم التعاقد مع OpenHelix من قبل مقدمي الموارد لتوفير معلومات شاملة, على المدى الطويل برامج التدريب والتوعية.

دروس جديدة على الانترنت FlyBase, WormBase والفأر الجينوم المعلوماتية (كونكورد) موارد

دروس شاملة على نموذج كائن قواعد البيانات المعلوماتية الحيوية FlyBase, WormBase MGI وتمكين الباحثين من سرعة وفعالية استخدام هذه الموارد لا تقدر بثمن.

OpenHelix أعلنت اليوم عن توافر الأجنحة التعليمي الجديد على العديد من الموارد بما في ذلك النموذج الحي FlyBase, WormBase واستكمالا للمعلوماتية الجينوم ماوس (كونكورد) قاعدة البيانات. نموذج الكائنات هي جزء لا يتجزأ في فهمنا للبيولوجيا الأساسية والبحوث الطبية الحيوية الحديثة. ذبابة الفاكهة, C. ايليجانس والفئران ثلاثة كائنات نموذج بحث للغاية. القاعدة الجوية و WormBase هي الموارد الأولية للحصول على معلومات الجزيئية والجينية في Drosophilidae وايليجانس انواع معينة والأنواع ذات الصلة, على التوالي. كونكورد هو عبارة عن سلسلة من الأدوات وقواعد البيانات التي تعمل على دمج علم الوراثة, علم الجينوم والبيولوجيا للفأرة مختبر.

البرنامج التعليمي أجنحة, متوفرة للشراء واحدة أو عن طريق الاشتراك السنوي بأسعار منخفضة لجميع الدروس OpenHelix, تحتوي على روى, تشغيل الذاتي, البرنامج التعليمي على الانترنت, الشرائح, النشرات والتمارين. مع الدروس, يمكن للباحثين يتعلم بسرعة على نحو فعال واستخدام هذه الموارد بكفاءة. وسوف تدرس هذه الدروس للمستخدمين:

  • إجراء عمليات البحث السريعة والتنقل بين الصفحات ملخص الجين
  • استعرض الصفات الوراثية ضمن سياق كروموسوم كامل
  • بناء الاستعلامات المعقدة عبر مجموعات مختلفة من البيانات المخزنة داخل FlyBase, WormBase أو MGI
  • أداء النوكليوتيدات أو حمض أميني تفتيش تسلسل تناظر
  • إخراج البيانات في أشكال مختلفة, أو الوصول إلى البيانات الكبيرة التقارير
  • التحقيق في العديد من الموارد ذات الصلة المرتبطة MGI

لمعرفة المزيد حول هذه وغيرها من الأجنحة تعليمي زيارة OpenHelix.