الوسم المحفوظات: microRNA

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

نصيحة الأسبوع: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا

microRNAs أصبحت مصدرا غنيا للبحث لأنها من المحتمل أن يكون لها تأثير كبير على التعبير الجيني والمرض. يجوز للجينوم البشري على ترميز 1,000 miRNAs التي تستهدف أكثر من نصف جيناتنا. أنهم قد يكونون متورطين في الكثير من الأمراض الشائعة (التي لم تم انتقاؤها في الدراسات GWAS?). فهي منطقة رائعة من الأحياء الذي يأتي إلا من كان على في العقد الأخير. على هذا النحو, عدد قواعد البيانات لmiRNAs كتالوج كبير. نصيحة اليوم هو يوم واحد جديد, Reptar, وهو وذكرت في العدد القادم قاعدة NAR. وRepTar المتخصصة تحاول ملء هو الحصول على تنبؤات miRNAs أكثر شمولا بما في ذلك البحوث العلمية الجديدة في خوارزمية. هذه الأبحاث الجديدة تشير إلى أن هناك أكثر المواقع المستهدفة المحتملة مما كان يعتقد سابقا. كما ورد في المادة,

مؤخرا, وتم توسيع الخيارات ميرنا ملزمة أخرى مع تحديد "مواقع محورها", ميرنا وظيفية مواقع المستهدفة التي تفتقر إلى كل من الاقتران بذور الكمال ، والاقتران 3' - التعويضية وبدلا من ذلك المعرض الاقتران هدف على طول 11-12 أزواج متجاورة في مركز ميرنا (4). في حين خففت بعض الخوارزميات التطورية معيار الحفظ (5-11) و / أو تقدم أيضا تنبؤات 3' - التعويضية المواقع [مثل مصاريف. (6,12,13)], قواعد بيانات قليلة تقدم تنبؤات للذخيرة كاملة من أنماط استهداف ميرنا. وعلاوة على ذلك حتى تاريخه, لا توجد قاعدة بيانات الجينوم على نطاق قوائم التنبؤ أهداف الخلوية من miRNAs الفيروسية. هذه miRNAs عدم حفظ تطورية هامة وأهدافها ليست بالضرورة من المتوقع أن يكون الحفظ تطويريا. وبالإضافة إلى ذلك, وقد أظهرت القليلة حددت أهداف كل من ميرنا الفيروسية البذور التقليدية الملزمة والملزمة 3' - التعويضية [مثل مصاريف. (3,14)].

هنا نقدم قاعدة بيانات الجينوم على نطاق التوقعات المستهدفة ميرنا للماوس والجينات البشرية, استنادا إلى التوقعات المستهدفة لدينا رواية الخوارزمية التنبؤ, Reptar

سأترك القيمة التنبؤية حتى الباحثين ميرنا, ولكن اعتقدت يعرض موقع.

بينما أنا في ذلك, اسمحوا لي أن قائمة بضعة مواقع أخرى ميرنا من المعامل والمعاهد حتى النائية مثل الصين, إيطاليا, إسرائيل, وكندا ، والولايات المتحدة. ربما يوما ما سأفعل مقارنة.

CircuitsDB, ولم التي جنيفر عظيم غيض من البرنامج التعليمي في الأسبوع.

miRBase, التي لدينا كامل طول البرنامج التعليمي على.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, لديهم لمتابعة الشرح UCSC متصفح الجينوم
miRNA2Disease
PuTmiR (بالنسبة إلى عوامل النسخ)
microRNAdb:

قائمتين للقبض على البعض الآخر: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ و http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

فيل, ن., بيرجر, أ., شين, ه., Hofree, م., مرغليت, ه., & Altuvia, و. (2010). Reptar: وتوقع قاعدة بيانات للأهداف الخلوية المضيفة وmiRNAs الفيروسية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkq1233

نصيحة الأسبوع: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين


في تلميح هذا الأسبوع أود أن أعرض لكم CircuitsDB, التي تصف نفسها بأنها:

“…قاعدة بيانات حيث الترانسكربتي وبعد الترانسكربتي - (ميرنا توسطت) وتنصهر معا في شبكة المعلومات من أجل اقتراح والاعتراف غير تركيبات تنظيمية تافهة. “

اكتشفت حول قاعدة البيانات المركزية من مقالة بيوميد “CircuitsDB: قاعدة بيانات للعامل microRNA / النسخ مختلطة التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان والفأر“, الذي أذكر أدناه. كنت قد تم بالفعل التفكير miRNAs لأنني أنا من المقرر استكمال البرنامج التعليمي لدينا miRBase في المستقبل القريب ، وكانت القراءة / اللحاق بالركب عن آخر في هذا المجال. ورقة كتبها آخرون CircuitsDB اوليفييه بن Friard يقوم بعمل لطيف حقا بسرعة وبوضوح بطرح الخلفية من المشروع – كيف عوامل النسخ منذ فترة طويلة لدرس تنظيمها الترانسكربتي من الجينات والبروتينات الترميز تشارك في أي من المسارات مانور, بما فيها تلك الأمراض. وغني عن لوصف أن دراسة microRNAs, أو miRNAs, هو أحدث مجال دراسة آثار ما بعد متعدية التنظيمية للmiRNAs على الجينات والبروتينات ووظائفها الترميز. الجهود الحالية تتجه لدمج المنطقتين من البحوث لإنشاء أكثر اكتمالا, وباعتراف الجميع أكثر تعقيدا, التنظيمية وجهات النظر من البروتين الترميز الجينات والأمراض ويؤثر على مسارات أخرى.

مطورو CircuitsDB أيضا بشكل واضح جدا كيف تصف لديهم الملغومة, تحليل وتوصيل البيانات من قواعد البيانات عدد من كبار – العديد من الدروس التي لدينا على, مثل OMIM, miRBase, Ensembl وغيرها – من أجل إنشاء خدمة الأمام حلقات التنظيمية, أو FFLs, من TFS, تتأثر وتؤثر في نهاية المطاف miRNAs جينات البروتينات والترميز. الصورة في اليمين من ورقة الأصلي: “الجينوم على نطاق المسح من microRNA - النسخ عامل تغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان” (الواردة أدناه), التي ذكرت وتطوير الإطار الحسابية لميرنا مختلط / TF التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية التي هي متاحة بحرية من خلال واجهة ويب CircuitsDB. هذه الورقة الأصلي هو متاح مجانا, مع التسجيل لنشر RSC, ويقدم وصفا مفصلا لتنميتها الأصلي, فضلا عن الوصول إلى ملفات عدة تكميلية.

ربط شبكات أساسا عوامل النسخ والجينات المتأثرة, miRNAs والجينات المتأثرة, وكانت ترتبط بصعوبة عوامل النسخ وmiRNAs من خلال تحليل بنسبة ضئيلة منذ البداية AB -. وقد اكتسبت ثم الدعم للاتصالات عن طريق تحليل المخصب GO حيث, مرض اتصالات, واتصالات معروفة في السابق وجدت في الموارد الأخرى المتخصصة. واجهة CircuitsDB يقدم أدوات متعددة. و الأداة الرئيسية (FFL) هذا ما تبين لي في هذا غيض & هو الأداة التي يتم البحث عن الشبكات تخطيطي أعلاه. و MYC FFL هو مثير للإعجاب “برعاية قاعدة بيانات للتغذية بوساطة ميرنا الحلقات التي تنطوي على إعادة توجيه MYC كمنظم ماجستير”, وتتضمن معلومات عن اتجاه التنظيم, حلقة المشاركين, مستويات الأدلة وأكثر. و الترانسكربتي الشبكة أداة يسمح للمستخدم للبحث مع ميرنا إما & العثور على تنظيم TF, أو البحث مع TF & العثور على الجينات أو تنظيم miRNAs. و بعد الترانسكربتي الشبكة أداة مشابه, ولكنه يسمح بالبحث عن ميرنا أو للعثور على الجينات الجينات التي تنظم تنظيما أو ميرنا, على التوالي. لذا تحقق من غيض & ثم تحقق من CircuitsDB – استمتع!

المراجع:
Friard, O., إعادة, أ., حانة, د., دي بورتولي, م., & كورا, D. (2010). CircuitsDB: قاعدة بيانات للعامل microRNA / النسخ مختلطة التغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان والفأر BMC المعلوماتية الحيوية, 11 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-11-435

إعادة, أ., كورا, د., حانة, د., & مربعات, M. (2009). الجينوم على نطاق المسح من microRNA - النسخ عامل تغذية إلى الأمام الدوائر التنظيمية في الإنسان النظم البيولوجية الجزيئية, 5 (8) دوى: 10.1039/B900177H