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SNPpets_2

星期五SNPpets

This week’s SNPpets illustrate that everyone’s back in the saddle after the holidays with plenty of chatter. New and updated databases, 工具, and other news abound. The financial threat to well known databases like FlyBase, 麦肯锡, OMIM, Reactome, UniProt, 等–took my breath away though. Loved the RStudio cheat sheet. 和 ProteinPaint lollipop plots of mutations looks great.


SNPpets_2欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…


通过https://twitter.com/sciencemagazine/status/682955226698100737

在蛋白质信息的使命

这可能只是人类大脑的能力,连接点 & 找到模式, 但它可以是有趣的多少 “无关” 事件和信息位的积累在我的头上 & 最终得到研磨成一种思想或理论. 利用, 例如, 最近生物技术混合器, 位从教育领导系列 & 一个过去的自然条 – 每个 “事件” 一直蜿蜒在我的脑海中,现在他们发现这个博客帖子的出路.

确定, 现在的解释: 当地的生物科技在最近的一次事件中,我听说过一个公司 (KeraNetics) 净化角质蛋白 & 用它们来开发治疗和研究中的应用. 该公司 & 他们的研究听起来很有趣 & 很多,因为它的目的是帮助受伤的士兵, 它也吹响了直接受益. 会谈是短, 只有约 20 分钟, 所以没有哪细节或问题很多时间. 我决定通过许多生物科学数据库和资源,我斗胆提出,我知道和爱, 为了更了解角蛋白.

我的任务是既有趣又令人沮丧的,因为兽的性质 – 角蛋白是 “众所周知” (我. 它出现在高中的教学擂台赛“很多”, 根据有人知道), 但很难工作 (我. 强硬, 不溶性, 纤维结构蛋白) 这是很难找到很多的一般资料,在您的平均蛋白质数据库 (因为它是由许多不同的基因产物, 统称为 “角蛋白”). 我决定开始我的冒险,在我最喜欢的两个蛋白资源, 临时区议会վ & SBKB, 但我发现角质没有解决结构. 由于策划和组织的模式生物数据库, 我常开始搜索有一种蛋白质, 只是为了得到一些基本的背景, 基因名称, 序列信息, 等. 在 (当然) 一对夫妇以外一无所获中的条款 酵母基因组数据库 (新元), 但我发现数百结果 小鼠基因组信息学 (麦肯锡) (660 基因组功能) 和 大鼠基因组数据库 (含RGD) (162 大鼠基因, 342 人类基因). 我还发现,基因名称 (KRT *), 序列和简要注释引用链接到OMIM疾病. 当我质疑 “角蛋白”, 在 OMIM 我 180 点击, 包括 61 “临床synopsises”, 在 UniProt 返回 505 审查条目和 2,435 未审核的entiries, 在 输入蛋白质 10,611 结果和 PubMed的 26,430 与第 1,707 评论. 我得到了我KeraNetics的好奇心’ 吃饱抽象或标题中使用一个医学先进的搜索角蛋白的研究 & PI的作者名称 (搜索= “(角蛋白[标题/摘要]) 和范戴克[作者]“).

我结束了,我可以猎杀通过了大量的信息与信息, 但它是一个有趣的过程中,我学到了很多关于角质. 这是教育的东西来. 我已经看到了很多研究去谈论改革教育,更多的调查驱动, 我完全可以看到如何可以. “学习” 通过记忆 & 返流是为大家干 & 粗糙对的 “内存挑战”, 像我这样的. 有一个原因或好奇探索, 一个新的数据或理解周围的每个角落潜伏金块, 信息似乎变得更好 & 停留的时间较长. (旧约, 但想到我提一个相关的网站,今天我发现W /一些巧妙的东西: 心/移位,我们将如何学习.)

而我可以做先进的医学搜索开始, 但有什么好玩的,已? 另外还有很多,从我没有找到我角质, 这样,没有哪角质蛋白过多的PDB结构. 这使我想到我现在的最终点 – 一篇文章,今天我碰到了,因为我对我的阅读积压工作: “没有采取太多的道路“. 如果你有一个自然的订阅,你可以阅读, 但主要的一点是,研究人员仍然在很大程度上注重的蛋白质相同的设置,他们已经有很长一段时间, 因为这些都是蛋白质,其中有研究工具 (抗体, 化学抑制剂, 等). 这种理念相同的排序是助长了蛋白质结构计划 (防扩散安全倡议) 努力, 描述 这里. 无论如何, 我发现有趣的文章 & 与一般性的建议作者达成一致. 不过,我想超出这些物理研究工具 & 说,展望未来的研究人员需要更多的数据分析工具, 如何使用它们和培训 – 但我想, 是不是我? :)

参考文献:

  • 谢尔宾斯基P, 加勒特J, 马一, 苹果P, Klorig ð, 史密斯T, 由于LA, 阿塔拉一个, & 凡戴克M (2008). 促进末梢神经的快速再生派生从人的头发的角蛋白生物材料的使用. 生物材料, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • 爱德华兹, 答:, Isserlin, 河, 贝德, 克, 弗莱, 学, 威尔森, 吨, & 于, F. (2011). 没有采取太多的道路 自然, 470 (7333), 163-165 分类号: 10.1038/470163一

提示的周: 鼠标数据库数据库


我们十分清楚的认识到生物信息学资源在那里的数千, 我们经常问的指导找到一些功能或其他特定类型的工具. 有一些优秀的名单有试图编目的各种工具–的 全国房地产经纪人协会数据库问题 及相应的清单, 的 资源集合 在大学. 匹兹堡, 和其他人. 不过,最近我们看到了一个发展与特定焦点, 号称汇集了 200 鼠标的资源. 该 鼠标资源浏览器 收集和分类不同类型的一些东西–不只是数据库, 正如我们将看到的. 他们在这里查找: http://bioit.fleming.gr/mrb

策划收集的网站,可能是使用鼠标研究者具有多项功能. 开发人员使用了从资源供应商调查问卷征求一些信息, 当他们没有这样的投入,他们创造了一些记录本身的基本信息. 你可以使用快速搜索框搜索的资源的基本. 有一个高级搜索选项. 我发现选择按类别浏览 (他们有 22 类别) 最翔实弄清楚什么样的资源,他们已经收集了.

对于给定的记录数据的组织走过了一系列选项卡:

  • 一般: 描述, 重点和资源的事项
  • 本体及标准: 如果资源上依赖于该领域的重要词汇或标准格式中的任何, 在此列出
  • 技术: 实施细节, 型数据库, 访问方法, 如果有一个网络服务组件, 是否有下载或不
  • 的Casimir DDF的: 这是一个有趣的选项卡,在资源评估的一些特性,比如货币/更新, 质量控制过程, 版本, 技术文档, 用户支持, 多.

虽然重点是鼠标, 在那里,你会看到一些更广阔的资源类型. 例如, UCSC基因组浏览器 被列为有一个鼠标数据库. Reactome 上市. 这些具有物种分布范围和包括鼠标, 但肯定不是专注于鼠标. 其他类型的资源,包括商业的供应商,如查尔斯河. 因此,它不局限于只是喜欢序列数据库的东西和事物的本质–它有多个方面,研究人员采用小鼠作为模型系统,可能会觉得有用.

有他们,我不知道我会有一些选择. 他们列出了MGI邮件列表作为独立功能从MGI. 但我想更多地了解它, 我可以看到为什么. 有良好的信息, 如果你不知道它已经是一个指针可能会帮助. 但正如我正想着, 200+ 资源只是鼠标, 我认为影响的总的排序.

如果你用你的模型系统鼠标, 你可能会发现一些有用的数据库和其他网站,为您的工作得心应手. 如果你没有工作,与老鼠, 很可能仍然为您的工作,以及一些有用的资源. MRB的网站了解更多信息: http://bioit.fleming.gr/mrb

参考:
Zouberakis, 米, Chandras, 三, Swertz, 米, 史沫特莱, 四, Gruenberger, 米, 诗人, j的, Schughart, 光, 罗森塔尔, 全, 汉考克, j的, 斯科菲尔德, 体育, Kollias, 克, & Aidinis, 在. (2010). 鼠标资源浏览器–数据库的数据库的鼠标 数据库, 2010 分类号: 10.1093/database/baq010

资源和数据库的表型

对于我在另一个项目, 我不得不周围表型实验动物模型研究的一些信息来源. 而且,正如我需要它, RGD团队制作的非常漂亮的截屏访问的表型,他们提供的数据和资源对大鼠的表型. 如果你有兴趣在该类型的数据, 去的,已在他们的视频观察和体验,他们引进的资源: RGD序列表型门户网站截屏.

如果这是您所感兴趣的数据, 您可能还探索一些其他的事情,我一直在寻找. 该 麦肯锡 团队 杰克逊实验室的一个部门,重点对小鼠表型数据,以及. 所谓 鼠标Phenome数据库 (MPD公司), 您可以访问相当多的数据已经存在的范围. 他们也有表型的协议,可能是有用的人谁是表征动物模型.

我也遇到了一个项目,总部设在欧盟提供的数据和表型的标准化协议. EUMORPHIA 提供了皇后的SOP,他们正在开发, 以及访问 Europhenome 数据库中包含的结果.

尽管我仍然喜欢看的基因组, 我准备在phenomes向下移动路径和看起来太 :)

是否有人有Cre的,无论鼠标…?

By: Darryl Leja, NHGRI

通过: 达里尔Leja, NHGRI

自从我是一个博士后在贾克斯, 我一直在 麦肯锡 邮件列表. 有些日子它带回 回忆. 它带来了一些日子 笑声. 有一天,我的垃圾邮件过滤器,因为讨论的一个主要问题: “从男性的性欲低的选育” 其中, 由于显而易见的原因, 我的邮件过滤器的想法是顽皮.

但最常见的是对研究课题信息, 突变小鼠, 以及有关资源,在最低收入保障是有用的或其他网站,要么研究人员喜欢用鼠标. 昨天是一个关于一个数据库的新的最低收入保障部门公告: 一 Cre重组酶的门户网站. 名单上频繁的问题之一是 “没有任何人有一 floxed 鼠标_____组织中的表达….?” 或 “启动子控制下的______….?”

新的门户将有助于研究人员找到合适的模型. 公布的第一部分 邮件 (你必须去找到周四的邮件; 它具有更多的细节向我们如何Creportal):

麦肯锡全球研究院发布了最新的Cre重组门户 (www.creportal.org) 专门针对需要访问数据的综合招聘考试及特异性表达. 透过这个网站, 用户可以访问现有的综合招聘考试的所有信息和转基因敲插件. 数据包括转基因分子的综合招聘考试说明或敲入, 司机 / 促进剂, 诱导性信息, 出版物, 综合招聘考试的可用性和小鼠通过IMSR. 详细数据, 综合招聘考试包括注释图像显示活动 / 为组织中的表达分析被添加为可用. 访问利用Cre删除的小鼠显示表型是通过提供整合,麦肯锡的表型数据.

目前, 有超过 1,040 重组含转基因或基因敲除在编录.

检查出来,如果​​你或你认识的人需要这些老鼠. 可能会节省很多时间,如果你能找到合适的鼠标在数据库中,而不是在邮件列表….

Cre重组酶的门户网站: http://www.creportal.org/

在鼠标Phenome数据库新的SNPs

从MGI邮件列表等一天来的通知 2 新的SNP已添加到场景 单核苷酸多态性数据库收集鼠标Phenome (MPD公司).

从他们的注意:

- 动态基因组中心 (常德) – 从小鼠基因分型阵列多样性SNP数据 (CGD2). 582,000+ 地点及 72 株.

- 帕尔默阿 – SNP数据, 8200+ 地点, 58 株 (Chicago1)

我喜欢鼠标SNP工具在MGI. 我介绍了他们在我的完整的教程,你可以免费观看 这里. 但是,有一个单独的接入点MPD接口以及鼠标的SNPs. 表型可能是一个有趣的方式来思考你的基因和感兴趣的话题,如果您有没有考虑前. 很多人的兴趣,并期待与他们的基因开始下的手电筒, 但也许环顾四周为出发点,一些新的思路和方向的表型.

一周的视频提示: 对所有的原因鼠标

起初,这个文件的标题作出笑, 因为我是保罗斯科菲尔德表现的主要风扇 一种全季曼. 然后我记得发生了什么事托马斯更多. 嗯, 这个比喻我离开那里滴…. 对所有的原因鼠标 由国际小鼠基因剔除联盟提出的框架和基础,淘汰项目的每一个蛋白编码基因的小鼠, 生成相应的ES (胚胎干细胞) 细胞, 并使它们可用于开发后续的转基因小鼠. 一些这些老鼠会去给他们的生活出高贵的举止科学, 我猜–所以也许这个比喻拿起备份 :)

该项目已经取得了巨大进展,因为该文件的发表, 而且有很多的击倒你应该知道,如果你是在使用鼠标有兴趣作为一种模式生物.

对于本星期小费我们将探讨国际小鼠基因剔除的新门户联盟 (IMKC), 曾经是在网址为KOMP, 或敲除小鼠项目. 看来,在引用的群体 完全有理由鼠标 纸张已经统一到 knockoutmouse.org 网站, 并使用一个单一的门户网站访问的信息和试剂. 有多种方式进行搜索: 浏览基因, 特定的文本搜索, 并且甚至BioMart的接口的门户. 这部短片看看那件,向您介绍网站.

此公布了过来,因为这最低收入保障邮件列表:

门户网站的IKMC

基因剔除小鼠的国际联盟 (IKMC) 已经推出了其官方网站 www.knockoutmouse.org, 原网址为基因剔除小鼠的项目 (比赛). 这个扩展的网站, supported by th比赛H and EU, 现在担任获取信息的公共网络上的基因敲除载体的门户, 胚胎干细胞和国际高通量基因敲除小鼠的项目提供: 比赛, EUCOMM, NorCOMM和TIGM. 请继续关注未来的增强调整为内容的不断发展. 我们欢迎您的意见和反馈. (请发送电子邮件至 contact@knockoutmouse.org).

这个网站是由I - DCC和的KOMP,催化裂解

(http://www.knockoutmouse.org/about) . 由欧洲联盟支持 (项目编号: 223592) 与美国国立卫生研究院 (格兰特号: 美国国立卫生研究院HG004074).

国际小鼠基因敲除联盟 (2007). 对所有的原因鼠标 细胞, 128 (1), 9-13 分类号: 10.1016/j.cell.2006.12.018

指着我们解脱出来Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI的最近指出, 我们新的设置 模式生物的教程 数据库 (资金主要由NHGRI :) 在他们的主页, genome.gov. 总是很高兴得到认可 :ð.

它使我有机会再次指出,我们确实有七公开指南和培训材料 (幻灯片, 演习, 等) 模式生物数据库,包括 新元, 含RGD, 麦肯锡, WormBase, FlyBase舞蹈… 和第七 GBrowse, 这些和其他基因组数据库的一些使用一个通用的基因组浏览器.

检查出来 (并填写新的民意调查,左 :ð.

对模式生物基因组数据库的OpenHelix发布免费教程

OpenHelix今天宣布对模式生物数据库和广泛的资源用于研究的教程免费提供套房. 第一个教程套房可用GBrowse, 大鼠基因组数据库 (含RGD), 小鼠基因组信息学 (麦肯锡), 和WormBase. 要在未来几周内添加的斑马鱼信息网 (舞蹈), FlyBase和酿酒 (酵母) 基因组数据库 (新元).

本教程套房, 部分资金由美国国立卫生研究院国家人类基因组研究所的赠款, 包括自我运行, 解说的教程,介绍资源,以及如何使用其功能和职能. 每个套件还包括PowerPoint幻灯片, 讲义, 可作参考或用于培训他人的演习.

其中一个可用的第一个教程是关于GBrowse, 开发的通用模式生物数据库 (全球媒体点播) 项目, 研究人员使用一种流行的工具,发展模式生物的基因组浏览器, 种利益, 特定主题. 通过学习如何使用这个“通用”的基因组浏览器, 你可以充分利用这些知识来使用专门的研究领域的广泛资源的几十.

“OpenHelix GBrowse用户教程做得非常好,许多研究使用GBrowse基因组数据的可视化社区将是一个极好的资源,“戴夫说,克莱门茨的国家进化综合中心运行GMOD帮助台.

模式生物, 如酵母, 鼠标, 大鼠, 苍蝇, 和许多其他, 研究人员,以扩大我们理解生物学和疗法的有效性和安全性评估人体试验之前早已习惯. 这些微生物的基因组中的许多人都被完全测序, 科学界给予更大的洞察到生物体及其与人类生物学. 基因组数据,现在可以公开在网上提供数据库和资源搜索.

您可以查看模式生物教程 銈://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix提供超过 60 其他教程套房在一个基因组数据库和资源的数量,通过个人, 组, 或机构认购. 进一步的信息可以发现在www.openhelix.com.

关于OpenHelix
OpenHelix, 有限责任公司, (www.openhelix.com) 提供基因组学知识,你需要的时候你需要它. OpenHelix提供网上自学教程运行和现场培训的机构和企业的最强大和最流行的免费, 基于网络, 公开访问的生物信息学资源. 此外, OpenHelix资源提供者签订合约,提供全面的, 长期的培训和推广计划.

GXD希望您的输入

麦肯锡 邮件列表来自您的输入请求的基因表达数据库. 来吧, 填妥后,如果您使用本网站.

对小鼠发育基因表达数据库 (GXD)
(http://www.informatics.jax.org/expression.shtml) 是一种行之有效的公共数据库由NIH资助,构成对小鼠基因组信息学的重要组成部分 (麦肯锡) 资源.

我想邀请您参加我们对GXD资源调查.
调查方式是通过我们的网站访问, 或直接在 http://www.surveymonkey.com/s.aspx?sm=Er4G5wADG9gd4SGsEKwuNA_3d_3d

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