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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets illustrate that everyone’s back in the saddle after the holidays with plenty of chatter. New and updated databases, outils, and other news abound. The financial threat to well known databases like FlyBase, MGI, OMIM, Reactome, UniProt, etc–took my breath away though. Loved the RStudio cheat sheet. Et le ProteinPaint lollipop plots of mutations looks great.


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


https://twitter.com/sciencemagazine/status/682955226698100737

Sur une mission d'information sur la protéine

C'est probablement la capacité de tout le cerveau humain se connecter points & trouver des modèles, mais il peut être intéressant de voir comment de nombreux “sans rapport” événements et des bits d'information s'accumulent dans ma tête & finissent par être chaud dans une idée ou une théorie. Prenez, par exemple,, un mélangeur récents des biotechnologies, bits à partir d'une série leadership en éducation & un article dans Nature dernières – chaque “évènement” a été méandres de mon esprit et maintenant, ils trouvent leur chemin comme ce blog.

OK, maintenant l'explication: Lors d'une manifestation récente de biotechnologie locale que j'ai entendu parler d'une entreprise (KeraNetics) purification des protéines de kératine & les utiliser pour développer des applications thérapeutiques et de recherche. La société & leurs recherches semblé très intéressant & parce que beaucoup d'elle vise à aider les soldats blessés, il a aussi sonné directement bénéfique. L'exposé a été de courte, seulement environ 20 minutes, donc il n'y avait pas beaucoup de temps pour plus de détails ou questions. J'ai décidé que je serais s'aventurer à travers plusieurs de bases de données des biosciences et des ressources que je connais et que j'aime, afin d'en apprendre plus sur la kératine.

Ma quête était à la fois amusant et frustrant à cause de la nature de la bête – kératine est “bien connu” (i.e. il arrive dans les compétitions universitaires du secondaire défi «beaucoup», en fonction de quelqu'un dans le savoir), mais il est difficile de travailler avec (i.e. résistant, insolubles, fibreuse protéines structurales) qu'il est difficile de trouver beaucoup d'informations générales sur votre base de données moyenne en protéines (car elle est faite de nombreux produits de gènes différents, tous les appelés “kératine”). J'ai décidé de commencer mon aventure à deux de mes ressources protéine favorite, PIB & SBKB, mais je trouve pas de structures résolu pour la kératine. En raison de la façon dont les bases de données organisme modèle sont organisée et organisé, Je commence souvent une recherche de protéines il y, juste pour avoir quelques connaissances de base, noms de gènes, information sur la séquence, etc. Dans (bien sûr) rien trouvé d'autres d'un couple de termes dans le GO Saccharomyces Genome Database (SGD), mais j'ai trouvé des centaines de résultats dans les deux Informatique de génome de souris (MGI) (660 caractéristiques génomiques) et Rat Genome Database (RGD) (162 gènes du rat, 342 gènes humains). J'ai aussi trouvé les noms de gènes (* Krt), séquences et les annotations de synthèse de nombreuses références à des maladies avec des liens vers OMIM. Quand j'ai interrogé pour “kératine”, dans les OMIM Je me suis 180 frappe, y compris les 61 “synopsises cliniques”, dans les UniProt retour 505 entrées en revue et 2,435 entiries non révisés, dans les Entrez protéines 10,611 résultats et dans PubMed 26,430 articles avec 1,707 commentaires. J'ai obtenu ma curiosité sur KeraNetics’ la recherche rassasié en utilisant une recherche PubMed avancés pour la kératine dans l'abstrait ou le titre & le PI nom en tant qu'auteur (search = “(kératine[Titre / Résumé]) ET Van Dyke[Auteur]“).

J'ai fini avec une foule d'informations conduit que je pouvais avoir chassé par le biais, mais il a été un processus amusant dans lequel j'ai beaucoup appris sur la kératine. C'est là que les choses l'éducation vient en. J'ai vu beaucoup d'études vont en parlant de la réforme de l'éducation à une enquête plus approfondie conduit, et je ne peux absolument voir comment cela peut fonctionner. “D'apprentissage” à travers la mémorisation & régurgitation est sèche pour tous & rugueuses pour les “la mémoire a contesté”, comme moi. Avoir une raison ou une curiosité à découvrir, avec une pépite de nouvelles données ou de compréhension qui rôdent autour de chaque coin, l'information semble juste pour obtenir une meilleure & rester plus longtemps. (OT, mais j'ai décidé mentionnent un site que j'ai trouvé aujourd'hui, w / quelques trucs sympa: Mind / Maj-Comment nous allons apprendre.)

Et j'aurais pu faire la recherche avancée PubMed dans le début, mais quel plaisir cela aurait été? Plus il ya beaucoup de choses que j'ai appris sur la kératine de ce que je n'ai pas trouvé, comme ça il n'y avait pas pléthore de structures APB pour protéines de kératine. Ce qui m'amène à le point final de ma Mullings – un article que j'ai rencontré aujourd'hui, comme je travaille sur mon carnet de lecture: “Trop de routes non pris“. Si vous avez un abonnement à la Nature, vous pouvez le lire, mais le point principal est que les chercheurs sont encore largement axée sur le même ensemble de protéines qui ont été pendant longtemps, car ce sont les protéines pour lesquelles il existe des outils de recherche (anticorps, chimiques inhibiteurs, etc). Ce même genre de philosophie qui alimente l'Initiative de la structure des protéines (PSI) les efforts, tel que décrit ici. De toute façon, J'ai trouvé l'article intéressant & accord avec les suggestions des auteurs générale. Je voudrais toutefois l'étendre au-delà de ces outils de recherche physique & dire que les chercheurs vont avancer besoin de plus d'outils d'analyse de données, et de formation sur la façon de les utiliser – mais je voudrais, ne serais-je? :)

Références:

  • Sierpinski P, Garrett J, I J, Appelez-P, Klorig D, Smith T, Comment la, Un Atala, & M Van Dyke (2008). L'utilisation de biomatériaux dérivés de kératine des cheveux humains pour la promotion de la régénération rapide des nerfs périphériques. Biomatériaux, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Trop de routes non pris Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163une

Astuce de la semaine: Base de données des bases de données de souris


Nous sommes parfaitement conscients des milliers de ressources bioinformatiques là, et nous sommes souvent demandé des conseils sur la recherche d'un type particulier d'outil pour une fonction ou une autre. Il ya quelques excellents listes là-bas qui tentent de cataloguer les différents outils–l' Base de données d'émission NAR et la liste correspondante, l' Collection de ressources à l'Univ. de Pittsburg, et d'autres. Mais récemment, nous avons vu un développé avec une attention particulière, qui prétend réunir plus 200 des ressources pour la souris. L' Browser Mouse ressources recueille et classifie un certain nombre de différents types de choses–pas seulement les bases de données, comme nous le verrons. Trouvez-les ici: http://bioit.fleming.gr/mrb

La sélection pointue de sites qui peuvent être utiles aux chercheurs de souris a un certain nombre de caractéristiques. Les développeurs ont utilisé un questionnaire pour recueillir des informations auprès des fournisseurs de ressources, et quand ils n'ont pas cette entrée, ils ont créé quelques informations de base pour les documents eux-mêmes. Vous pouvez faire une recherche de base pour les ressources avec une boîte de recherche rapide. Il ya une option de recherche avancée. J'ai trouvé la possibilité de naviguer par catégorie (ils ont 22 catégories) le plus informatif pour comprendre quel genre de ressources dont ils avaient recueilli.

Les données pour un enregistrement donné est organisé à travers une série d'onglets:

  • Général: Description, question met en évidence et sous réserve de la ressource
  • Ontologies et des normes: si la ressource repose sur aucun des vocabulaires importants ou des formats standards dans le domaine, ils sont listés ici
  • Technique: détails de la mise en œuvre, type de base de données, méthodes d'accès, s'il ya une composante des services Web, s'il ya des téléchargements ou non
  • CASIMIR DDF: il s'agit d'un onglet intéressante qui permet d'évaluer certaines des caractéristiques des ressources tels que les devises / jour, processus de contrôle de la qualité, versionnage, documentation technique, support aux utilisateurs, et plus.

Bien que l'accent est mis de souris, vous verrez des plus grands types de ressources là-dedans. Par exemple, UCSC Genome Browser est répertorié comme il ya une base de données de la souris il. Reactome est cotée. Ceux-ci disposent d'une gamme d'espèces et comprennent souris, mais ne sont certainement pas porté sur souris. D'autres types de ressources comprennent les fournisseurs commerciaux tels que Charles River. Donc, il ne se limite pas simplement à des choses comme des bases de données de séquence et les choses de cette nature–il possède plusieurs aspects que les chercheurs emploient la souris comme système modèle pourrait trouver utile.

Il ya des choix qu'ils ont faits que je ne suis pas sûr que j'aurais. Ils énumèrent la liste de diffusion MGI comme une caractéristique distincte de MGI. Mais comme je le pensais plus à ce sujet, Je pouvais voir pourquoi. Il ya de bonnes informations là, et si vous ne savez pas de cela déjà un pointeur peut aider. Mais comme je pensais de la 200+ les ressources que pour la souris, Je pensais que ce genre de touché au total.

Si vous utilisez la souris comme modèle de votre système, vous trouverez sans doute des bases de données utiles et d'autres sites web qui sont à portée de main pour votre travail. Si vous ne travaillez pas avec des souris, il ya probablement encore quelques ressources utiles pour votre travail ainsi. Consultez le site de MRB pour plus d'informations: http://bioit.fleming.gr/mrb

Référence:
Zouberakis, M., Chandras, C., Swertz, M., Smedley, D., Gruenberger, M., Barde, J., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Schofield, P., Kollias, G., & Aydin, Dans. (2010). Browser Mouse ressources–une base de données des bases de données de souris Base de données, 2010 DOI: 10.1093/database/baq010

Phénotype des ressources et bases de données

Pour un autre projet que je suis sur, J'ai eu faire des recherches sur les sources d'information autour de phénotypage des modèles animaux expérimentaux. Et comme j'en avais besoin, l'équipe RGD a produit une très belle screencast de l'accès aux données de phénotypage et les ressources qu'ils offrent sur le phénotypage de rat. Si vous êtes intéressé par ce type de données, aller jeter un oeil à leur vidéo et explorer les ressources qu'elles introduisent: RGD Phénotypage Portail screencast.

Si ce n'est des données qui vous intéresse, vous pouvez également explorer d'autres choses que je cherchais à. L' MGI l'équipe Laboratoire Jackson a une division qui se concentre sur les données de phénotype de souris ainsi. Appelé Souris phénomène base de données (MPD), vous pouvez accéder à tout un éventail de données qui existent déjà. Ils ont également des protocoles de phénotypage qui peuvent être utiles aux gens qui sont la caractérisation de modèles animaux.

Je suis également venu à travers un projet basé dans l'UE qui fournit des données et des protocoles normalisés pour le phénotypage. EUMORPHIA offre la SOP impératrice qu'ils sont en développement, ainsi que l'accès à la Europhenome base de données qui contient les résultats.

Autant que j'aime toujours regarder les génomes, Je suis prêt à descendre le chemin et regarder les phonèmes trop :)

Est-ce que quelqu'un a une souris Cre-tout…?

By: Darryl Leja, NHGRI

Par: Darryl Leja, NHGRI

Depuis que je suis un post-doc à Jax, J'ai été sur le MGI liste de diffusion. Certains jours, il ramène souvenirs. Certains jours, il apporte rires. L'autre jour, j'ai eu un gros problème avec le filtre anti-spam, car la discussion a porté sur: “Elevage du mâle avec une faible libido” qui, pour des raisons évidentes, mon mail filtres pensais coquine.

Mais le plus souvent il est informatif sur des sujets de recherche, des souris mutantes, et sur les ressources qui sont utiles, soit à la GIG ou d'autres sites que les chercheurs à utiliser la souris comme. Hier c'était une annonce sur un nouveau segment de la base de données sur la GIG: une Cre-recombinase Portail. Une des questions les plus fréquentes sur la liste est “quelqu'un at-il une floxés souris avec l'expression tissulaire _____….?” ou “sous contrôle du promoteur de ______….?”

Le nouveau portail aidera les chercheurs à trouver les bons modèles. La première partie de l'annonce email (tu dois aller dans et trouverez le courrier de jeudi; il a plus de détails sur la façon de nous Creportal):

MGI a publié une recombinase Cre Portail de données (www.creportal.org) qui traite spécifiquement de la nécessité d'accéder à l'expression de la CRE et les données de spécificité. Grâce à ce portail, les utilisateurs peuvent accéder aux informations sur tous les transgènes CRE existants et knock-in. Les données comprennent la description moléculaire du transgène CRE ou knock-in, le conducteur / promoteur utilisé, informations inductibilité, les publications, et la disponibilité de la souris à travers la création ASMR. Les données détaillées, y compris les images annotées montrant l'activité de la CRE / d'expression pour les tissus analysés sont ajoutés comme disponibles. L'accès aux phénotypes affiché par le CRE-souris supprimé est fourni via l'intégration avec les données phénotype MGI.

Actuellement, il ya plus de 1,040 recombinase contenant des transgènes ou knock-in allèles catalogué.

Check it out si vous ou les personnes que vous connaissez avez besoin de ces souris. Pourrait sauver beaucoup de temps si vous pouvez trouver le droit de la souris dans la base de données plutôt que sur les listes de diffusion….

Cre-recombinase Portail: http://www.creportal.org/

SNP Nouveau dans la base de la souris phénomène

De la liste de diffusion MGI est venu l'autre jour un avis de 2 de nouveaux ensembles de SNP qui ont été ajoutés à la Souris phénomène base de données SNP collection (MPD).

De leur note:

- Center for Genome Dynamics (DMC) – Les données de la matrice de la souris SNP Génotypage diversité (CGD2). 582,000+ les lieux et 72 souches.

- Un Palmer – SNP de données, 8200+ endroits, 58 souches (Chicago1)

J'aime le SNP souris outils au MGI. Je les ai couverts dans mon tutoriel complet que vous pouvez regarder gratuitement ici. Mais il ya un point d'accès distinct pour les SNPs souris à partir de l'interface MPD ainsi. Phénotype pourrait être un moyen intéressant de penser à vos gènes et des sujets d'intérêt si vous n'avez pas considéré qu'avant. Beaucoup de gens commencent avec leurs gènes d'intérêt et regardez sous la lampe de poche, mais peut-être regarder autour de phénotypes comme point de départ pour de nouvelles idées et directions.

Astuce Vidéo de la semaine: Une souris pour toutes les raisons

Dans un premier temps le titre de ce papier fait rire, comme je suis un fan majeur de la performance de Paul Scofield dans le A Man for All Seasons. Et puis je me suis rappelé ce qui est arrivé à Thomas More. Eh bien, l'analogie chute loin pour moi, il…. Une souris pour toutes les raisons par le Consortium international Knockout souris a présenté le cadre et les fondements du projet d'assommer tous les simples codant pour la protéine du gène chez la souris, générer l'ES correspondants (souches embryonnaires) cellules, et de les rendre disponibles pour le développement de souris transgéniques subséquentes. Certaines de ces souris iront à donner leur vie pour la science d'une manière noble, Je suppose que–alors peut-être l'analogie prend sauvegardez :)

Le projet a fait d'énormes progrès depuis que le papier a été publié, et il ya beaucoup de KO que vous devriez savoir au sujet si vous êtes intéressé à utiliser la souris comme organisme modèle.

Pour cette astuce de la semaine nous allons explorer le nouveau portail pour le Consortium international Knockout souris (IMKC), qui était à l'URL pour le KOMP, ou Knock Out Mouse Project. Il semble que les groupes référencés dans le Souris pour toutes les raisons papier ont désormais harmonisés sur les knockoutmouse.org site, et en utilisant un portail unique pour l'accès à l'information et de réactifs. Il ya une variété de façons de chercher: gènes de navigation, texte spécifique chercher, et même une interface pour le portail Biomart. Ce court film jette un regard sur ces morceaux de vous présenter le site.

L'annonce de cette venue sur la liste de diffusion MGI car cela:

Le portail web IKMC

Le Consortium international Knockout souris (IKMC) a lancé son site Web officiel à www.knockoutmouse.org, anciennement l'URL du Knockout Mouse Project (COMP). Ce site étendu, soutenu par l'UE et les COMPNIH, sert maintenant le portail web commun pour l'accès à l'information sur les vecteurs KO, Les cellules ES et des souris disponibles à partir du KO projets internationaux à haut débit: COMP, EUCOMM, NorCOMM et TIGM. Restez à l'écoute pour de futures améliorations que le contenu ne cesse d'évoluer. Nous apprécions vos commentaires et réactions. (S'il vous plaît e-mail à contact@knockoutmouse.org).

Ce site est maintenu par l'I-CDC et l'KOMP-CDC

(http://www.knockoutmouse.org/about) . Soutenu par l'Union européenne (Numéro de projet: 223592) et le National Institutes of Health (Numéro de subvention: NIH HG004074).

Le Consortium international Knockout souris (2007). Une souris pour toutes les raisons Cellulaire, 128 (1), 9-13 DOI: 10.1016/j.cell.2006.12.018

Nous faisant remarquer au Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI a récemment souligné notre nouvel ensemble de tutoriels sur l'organisme modèle bases de données (financé principalement par NHGRI :) sur leur page d'accueil, genome.gov. Toujours agréable d'être reconnu :D.

Et cela me donne l'occasion de signaler à nouveau que nous avons en effet sept tutoriels disponibles publiquement et matériels de formation (diapositives, exercices, etc) sur les bases de données, y compris l'organisme modèle SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase et Danse… et un septième GBrowse, un navigateur génome générique utilisé par certaines des bases de données du génome et d'autres.

Check them out (et de remplir le nouveau sondage à la gauche :D.

Tutoriels gratuits sur bases de données génomiques organisme modèle Libéré par OpenHelix

OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité gratuite des suites tutoriel sur les bases de données et des ressources organisme modèle largement utilisé dans la recherche. Les suites sont disponibles premier tutoriel GBrowse, Rat Genome Database (RGD), Informatique de génome de souris (MGI), et WormBase. Pour être ajouté dans les prochaines semaines sont Zebrafish Information Network (Danse), FlyBase et Saccharomyces (Levures) Base de données du génome (SGD).

Les suites tutoriel, financé en partie par une subvention du National Human Genome Research Institute des National Institutes of Health, comprennent une course auto, tutorial narré l'introduction de la ressource et comment utiliser ses fonctionnalités et fonctions. Chaque suite comprend également des diapositives PowerPoint, documents, et des exercices qui peuvent être utilisés à titre de référence ou pour d'autres formations.

Un des tutoriels disponibles premières est Gbrowse, développé par la base de données organisme modèle générique (GMOD) projet de, un outil couramment utilisé par les chercheurs pour développer des navigateurs du génome d'organismes modèles pour, espèces d'intérêt, et des sujets particuliers. En apprenant à utiliser ce navigateur "générique" du génome, vous pouvez exploiter ces connaissances pour utiliser des dizaines de ressources consacrées à un large éventail de domaines de recherche.

"Le didacticiel utilisateur OpenHelix Gbrowse est très bien fait et sera une excellente ressource pour les nombreuses communautés de recherche qui utilisent Gbrowse de visualiser les données génomiques,», A déclaré Dave Clements du Centre national de synthèse évolutive qui dirige le bureau d'aide gmod.

Organismes modèles, telle que la levure, la souris, rat, vole, et bien d'autres, ont longtemps été utilisés par les chercheurs d'élargir notre compréhension de la biologie et à évaluer l'efficacité et la sécurité des thérapies avant d'aller au procès de l'homme. La plupart des génomes de ces organismes ont été entièrement séquencé, donnant à la communauté scientifique un aperçu encore plus grande dans les organismes et leur relation à la biologie humaine. Les données du génome est maintenant disponible et consultable sur la disposition du public des bases de données en ligne et des ressources.

Vous pouvez consulter les tutoriels organisme modèle au http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix fournit plus de 60 suites tutoriel d'autres sur un certain nombre de bases de données génomiques et des ressources par le biais d'un individu, groupe, ou de souscription institutionnelle. De plus amples informations peuvent être trouvées à www.openhelix.com.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit les connaissances de la génomique vous avez besoin quand vous en avez besoin. OpenHelix offre en ligne auto-run tutoriels et formation sur site pour les institutions et les entreprises sur la libre circulation des plus puissants et populaires, basé sur le Web, accessibles au public des ressources bio-informatique. En outre, OpenHelix est contractée par les fournisseurs de ressources pour fournir globale, formation à long terme et des programmes de sensibilisation.

GXD veut vos commentaires

De l' MGI liste de diffusion vient d'une demande de vos commentaires sur la base de données d'expression génique. C'mon, le remplir si vous utilisez le site.

La base de données d'expression génique pour le développement de la souris (GXD)
(http://www.informatics.jax.org/expression.shtml) est une base bien établie publics financés par le NIH et constitue une composante importante de l'informatique Souris Génome (MGI) des ressources.

Je voudrais vous inviter à prendre notre enquête sur les ressources GXD.
Le formulaire d'enquête est accessible via notre site web, ou directement à http://www.surveymonkey.com/s.aspx?sm=Er4G5wADG9gd4SGsEKwuNA_3d_3d

Vos réactions et vos commentaires sont très importants pour le projet GXD. S'il vous plaît prendre quelques minutes de votre précieux temps pour nous aider à améliorer GXD.