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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets illustrate that everyone’s back in the saddle after the holidays with plenty of chatter. New and updated databases, herramientas, and other news abound. The financial threat to well known databases like FlyBase, MGI, OMIM, Reactome, UniProt, etc–took my breath away though. Loved the RStudio cheat sheet. Y la ProteinPaint lollipop plots of mutations looks great.


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


https://twitter.com/sciencemagazine/status/682955226698100737

En una misión de información de proteínas

Probablemente es sólo la capacidad del cerebro humano para unir puntos & encontrar patrones, pero puede ser interesante ver cómo muchos “no relacionado” eventos y los bits de información se acumulan en mi cabeza & eventualmente se caliente en una idea o una teoría. Tomar, por ejemplo, un mezclador de la biotecnología reciente, bits de una serie de liderazgo educativo & un artículo de Nature el pasado – cada “evento” ha sido sinuoso en mi mente y ahora están encontrando su camino fuera de esta entrada del blog.

Aceptar, Ahora la explicación: En un reciente evento de biotecnología locales me enteré de una empresa (KeraNetics) purificación de proteínas de queratina & su utilización para desarrollar aplicaciones terapéuticas y de investigación. La empresa & su investigación sonaba muy interesante & porque muchos de los que está dirigido a ayudar a los soldados heridos, sino que también sonaba beneficia directamente. La charla fue breve, sólo 20 minutos, por lo que no era mucho tiempo para los detalles o preguntas. Decidí que aventurarse a través de muchas de las bases de datos de las biociencias y los recursos que conozco y amo, con el fin de aprender más acerca de queratina.

Mi búsqueda era a la vez divertido y frustrante debido a la naturaleza de la bestia – La queratina es “bien conocido” (yo. Se produce en las competiciones de la escuela secundaria para el desarrollo académico "mucho", de acuerdo con alguien en el saber), pero es difícil trabajar con (yo. duro, insoluble, fibroso proteínas estructurales) que es difícil encontrar información general tanto sobre la base de datos promedio de proteína (porque está hecha de muchos diferentes productos génicos, todos los mencionados como “queratina”). Decidí comenzar mi aventura en dos de mis recursos favoritos de la proteína, PIB & SBKB, pero no encontraron estructuras resueltas por queratina. Debido a la forma de bases de datos modelo de organismo son curada y organizada, A menudo comienzan una búsqueda de proteínas que, sólo para obtener algunos antecedentes básicos, nombres de los genes, secuencia de la información, etc. En (por supuesto) no se encontró nada más que un par de GO términos en el Saccharomyces Genome base de datos (SGD), pero he encontrado cientos de resultados, tanto en Genoma del ratón Informática (MGI) (660 características genómicas) y Base de datos del genoma de rata (RGD) (162 genes de rata, 342 genes humanos). También encontré los nombres de genes (Krt *), secuencias y muchas anotaciones de resumen con referencias a enfermedades, con enlaces a OMIM. Cuando le pregunté por “queratina”, en OMIM Me 180 accesos, incluso 61 “synopsises clínica”, en UniProt regresó 505 entradas revisado y 2,435 sin revisar entiries, en Proteína de tipo 10,611 resultados y en PubMed 26,430 artículos con 1,707 revisiones. Tengo mi curiosidad acerca de KeraNetics’ investigación saciado con una búsqueda en PubMed avanzadas para la queratina en el resumen o el título & el nombre de la PI como autor (search = “(queratina[Título / Abstract]) Y Van Dyke[Autor]“).

Terminé con un montón de información conduce que yo podría haber cazado a través de, pero fue un proceso divertido en el que he aprendido mucho acerca de la queratina. Aquí es donde las cosas se presenta en la educación. He estado viendo un montón de estudios de ir hablando de la reforma de la educación para ser más investigación impulsada, y estoy totalmente de puede ver la forma en que pueden trabajar. “Aprendizaje” través de la memorización & La regurgitación es seco para todo el mundo & difícil para el “memoria desafió”, como yo. Tener una razón o por la curiosidad de explorar, con una pepita de nuevos datos o de la comprensión que acechan en cada esquina, la información sólo parece estar en mejor & permanecer más tiempo. (Antiguo Testamento, pero pensé que hablar de un sitio relacionado que he encontrado hoy w / algunas cosas muy buenas: Mente / Shift-¿Cómo vamos a aprender.)

Y yo podría haber hecho la búsqueda avanzada de PubMed en el principio, pero lo que sería divertido que se han? Además, hay muchas cosas que he aprendido acerca de la queratina por lo que no encontró, como que no había una plétora de estructuras de AP para las proteínas keratina. Esto me lleva al punto final en mi Mullings – un artículo que me encontré hoy mientras trabajaba en mi cartera de lectura: “Demasiados caminos no tomados“. Si usted tiene una suscripción a la naturaleza se puede leer, pero el punto principal es que los investigadores están todavía en gran parte se centra en el mismo conjunto de proteínas que han sido durante mucho tiempo, porque estas son las proteínas para las cuales no son herramientas de investigación (anticuerpos, químicos inhibidores de la, etc). Este mismo tipo de filosofía está impulsando la Iniciativa de Estructura de Proteínas (PSI) esfuerzos, como se describe aquí. De todos modos, Me pareció interesante el artículo & de acuerdo con las sugerencias de los autores en general. Sin embargo, quisiera que se extienden más allá de estas herramientas de investigación de física & decir que va hacia adelante los investigadores necesitan más herramientas de análisis de datos, y capacitación sobre cómo usarlos – pero me gustaría, no me? :)

Referencias:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mi J, Apel P, Klorig D, Smith T, Como LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). El uso de biomateriales derivados de la queratina del pelo humano para la promoción de la rápida regeneración de los nervios periféricos. Biomateriales, 29 (1), 118-28 Palabras: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Demasiados caminos no tomados Naturaleza, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163una

Consejo del la Semana: Base de datos de bases de datos del ratón


Somos plenamente conscientes de los miles de recursos bioinformáticos que hay, y a menudo nos preguntan como guía en la búsqueda de un tipo particular de herramienta para alguna función u otra. Hay algunos excelentes listas por ahí que tratan de catalogar los diversos instrumentos–la NAR edición de bases de datos y la correspondiente lista, la Colección de recursos en la Univ.. de Pittsburg, y otros. Sin embargo, recientemente hemos visto a uno desarrollado con un enfoque específico, que pretende reunir a más de 200 recursos para el ratón. La Ratón explorador de recursos recoge y clasifica un número de diferentes tipos de cosas–no sólo las bases de datos, como veremos. Encuéntralos aquí: http://bioit.fleming.gr/mrb

La colección curada de sitios que pueden ser de utilidad para los investigadores del ratón tiene una serie de características. Los desarrolladores utilizan un cuestionario para obtener algo de información de los proveedores de recursos, y cuando ellos no tienen esa entrada se ha creado una cierta información básica para los propios registros. Usted puede hacer una búsqueda básica de los recursos con un cuadro de búsqueda rápida. Hay una opción de búsqueda avanzada. Encontré la opción de navegar por categorías (han 22 categorías) el más informativo para averiguar qué tipo de recursos que habían recogido.

Los datos correspondientes a un determinado registro se organiza a través de una serie de fichas:

  • General: descripción, pone de relieve y el tema de los recursos
  • Las ontologías y las normas: si el recurso se basa en alguno de los vocabularios importante o formatos estándares en el campo, que figuran en esta lista
  • Técnico: detalles de implementación, tipo de base de datos, métodos de acceso, si hay un componente de servicios Web, si hay o no descargas
  • CASIMIR DDF: se trata de una pestaña interesante que evalúa algunas de las características de los recursos como la moneda / actualizaciones, calidad de los procesos de control, versiones, documentación técnica, apoyo a los usuarios, y más.

Aunque la atención se centra ratón, verás algunos más grandes tipos de recursos en ese. Por ejemplo, UCSC Genome Browser está en la lista, ya que es una base de datos del ratón se. Reactome aparece. Estos tienen una variedad de especies e incluyen mouse, pero ciertamente no se centró en ratones. Otros tipos de recursos incluyen proveedores comerciales tales como Charles River. Por lo tanto, no se limita sólo a las cosas como bases de datos de secuencias y cosas de esa naturaleza–que tiene más aspectos que los investigadores emplean el ratón como un modelo de sistema puede resultar útil.

Hay algunas decisiones que han tomado que no estoy seguro de que habría. Ellos lista de la lista de correo MGI como una característica independiente de MGI. Pero cuando pensé más en ello, Pude ver por qué. Hay buena información no, y si usted no sabe de lo que ya un puntero podría ayudar. Pero como yo estaba pensando en el 200+ recursos sólo para el ratón, Pensé que ese tipo de afectados del total.

Si el uso del ratón como modelo de sistema, usted probablemente encontrará algunas bases de datos útiles y otros sitios web que son útiles para su trabajo. Si no se trabaja con los ratones, es probable que haya todavía algunos recursos útiles para su trabajo, así. Echa un vistazo a el sitio de MRB para obtener más información: http://bioit.fleming.gr/mrb

De referencia:
Zouberakis, M., Chandra, C., Swertz, M., Smedley, D., Gruenberger, M., Bardo, J., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Schofield, P., Kollias, G., & Aydin, En. (2010). Ratón explorador de recursos–una base de datos de bases de datos del ratón Base de datos, 2010 DOI: 10.1093/database/baq010

Fenotipo recursos y bases de datos

Para otro proyecto que estoy en, Tuve que investigar algunas de las fuentes de información en torno a fenotipado modelos animales experimentales. Y al igual que lo necesitaba, el equipo RGD produce un muy buen screencast de acceso a los datos fenotípicos y recursos que ofrecen unos fenotipo rat. Si usted está interesado en este tipo de datos, ir a echar un vistazo a su video y explorar los recursos que introducen: RGD Phenotyping Portal screencast.

Si eso es un dato que le interesa, también puede explorar algunas de las otras cosas que he estado mirando. La MGI equipo Laboratorio Jackson tiene una división que se centra en datos del fenotipo del ratón y. Llamado Ratón Fenoma base de datos (MPD), se puede acceder a un amplio rango de datos que ya existen. También cuentan con protocolos para el fenotipo que puede ser útil para personas que están caracterizando los modelos animales.

También me encontré con un proyecto basado en la UE que ofrece datos y protocolos estandarizados para fenotipificación. Eumorphia ofrece el SOP emperatriz que se están desarrollando, así como el acceso a la Europhenome base de datos que contiene los resultados.

Por mucho que todavía me encanta mirar a los genomas, Yo estoy listo para seguir por el camino y mirar el phenomes demasiado :)

¿Alguien tiene un ratón de Cre-cualquiera que sea…?

By: Darryl Leja, NHGRI

Por: Darryl Leja, NHGRI

Desde que era un post-doc en Jax, He estado en la MGI Lista de correo. Hay días que lleva de nuevo recuerdos. Hay días en que aporta risa. El otro día tuve un problema con el filtro de correo no deseado, porque la discusión fue sobre: “La cría de machos con bajo deseo sexual” que, por razones obvias, mi correo pensamiento filtros era travieso.

Pero más a menudo es de carácter informativo sobre temas de investigación, ratones mutantes, y sobre los recursos que son útiles, ya sea en MGI u otros sitios que los investigadores del ratón como para el uso. Ayer fue un anuncio sobre un nuevo segmento de la base de datos de MGI: una Cre-recombinasa Portal. Una de las preguntas frecuentes en la lista es “¿alguien tiene un floxed ratón con una expresión tejido _____….?” o “bajo control del promotor de ______….?”

El nuevo portal ayudará a los investigadores a encontrar los modelos adecuados. La primera parte del anuncio correo (usted tendría que ir y encontrar electrónico del jueves; tiene más detalles acerca de cómo nos Creportal):

MGI ha lanzado un portal de datos de la recombinasa Cre (www.creportal.org) que se refiere específicamente a la necesidad de acceso a la expresión y la creación de datos específico. A través de este portal, los usuarios pueden acceder a información sobre todos los existentes transgenes creación y llamo ins-. Los datos incluyen la descripción molecular del transgén creación o golpear en, el conductor / promotor utilizado, inducibilidad información, publicaciones, y la disponibilidad de los ratones a través de la creación IMSR. Los datos detallados, incluyendo las imágenes que muestran la actividad anotada CRE / expresión de los tejidos analizados se agregan como disponibles. El acceso a los fenotipos muestra cre-eliminado los ratones se proporciona a través de la integración con datos del fenotipo de MGI.

En la actualidad, hay más de 1,040 que contienen transgenes-recombinasa o knock-in catalogado alelos.

Compruébelo usted mismo si usted o las personas que usted conoce necesita estos ratones. Podría ahorrar mucho tiempo si usted puede encontrar el botón derecho del ratón en la base de datos en lugar de en las listas de correo….

Cre-recombinasa Portal: http://www.creportal.org/

Nueva SNPs en la base de datos del ratón Fenoma

En la lista de correo MGI, el otro día vino el aviso de 2 nuevos conjuntos de SNP que se han agregado a la Ratón Fenoma base de datos SNP colección (MPD).

Desde su nota:

- Centro para la Dinámica del Genoma (CGD) – SNP datos de matriz ratón genotipificación la Diversidad (CGD2). 582,000+ lugares y 72 cepas.

- A Palmer – SNP de datos, 8200+ lugares, 58 cepas (Chicago1)

Me gusta el ratón SNP herramientas a MGI. Les cubierto de toda mi tutorial que se puede ver de forma gratuita aquí. Pero hay un punto de acceso independiente para SNPs ratón desde la interfaz de MPD, así. Fenotipo podría ser una forma interesante de estar pensando en sus genes y temas de interés si usted no ha considerado que antes de. Mucha gente empieza con los genes de interés y buscar bajo la linterna, pero tal vez mire a su alrededor en fenotipos como punto de partida para nuevas ideas y direcciones.

Vídeo Consejo de la semana: Un ratón para todas las razones

En un primer momento el título de este artículo hizo reír, como soy un gran fan de Paul Scofield rendimiento en Un hombre para la eternidad. Y entonces me acordé de lo que pasó con Tomás Moro. Bueno, la analogía se desvanece para mí no…. Un ratón para todas las razones por el Consorcio de ratón knock-out Internacional presentó el marco y los fundamentos del proyecto para noquear a todos y cada uno que codifican proteínas de genes en ratones, generar la correspondiente ES (madre embrionarias) las células, y ponerlos a disposición para el desarrollo de ratones transgénicos posteriores. Algunos de estos ratones irán a dar su vida por la ciencia de una manera noble, Creo que–así que tal vez la analogía recoge una copia de seguridad :)

El proyecto ha hecho enormes progresos desde que el documento fue publicado, y hay un montón de golpes de gracia que usted debe saber acerca de si usted está interesado en el uso del ratón como modelo.

Para este consejo de la semana vamos a explorar el nuevo portal para el Consorcio Internacional de ratón knock-out (IMKC), que solía ser en la dirección del KOMP, o Knock Out Proyecto Ratón. Parece ser que los grupos de referencia en el Ratón para todas las razones papel han armonizado a la knockoutmouse.org sitio, y el uso de un único portal de acceso a la información y los reactivos. Hay una gran variedad de modos de búsqueda: genes de navegación, buscar un texto específico, e incluso una interfaz BioMart para el portal. Este cortometraje da un vistazo a las piezas para presentarle al sitio.

El anuncio de este vino de la lista de correo MGI como este:

El portal web IKMC

El golpe de gracia Consorcio Internacional de ratón (IKMC) ha lanzado su sitio web oficial en www.knockoutmouse.org, anteriormente la dirección del Proyecto de ratón knock-out (COMPLETO). Este sitio extendida, con el apoyo de COMPLETONIH y la Unión Europea, ahora sirve como el portal web común para el acceso a la información sobre vectores de octavos de final, Células madre embrionarias y los ratones disponibles en los proyectos internacionales de octavos de final de alto rendimiento: COMPLETO, EUCOMM, NorCOMM y TIGM. Estén atentos para futuras mejoras en el contenido sigue evolucionando. Damos la bienvenida a sus comentarios y sugerencias. (Envíe un correo electrónico a contact@knockoutmouse.org).

Este sitio es mantenido por la I-DCC y el DCC-KOMP

(http://www.knockoutmouse.org/about) . Con el apoyo de la Unión Europea (Número del proyecto: 223592) y los Institutos Nacionales de Salud (Número de concesión: NIH HG004074).

El Consorcio Internacional de ratón knockout (2007). Un ratón para todas las razones Célula, 128 (1), 9-13 DOI: 10.1016/j.cell.2006.12.018

Apuntando a nosotros en Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI ha señalado recientemente nuestro nuevo sistema de tutoriales en organismo modelo bases de datos (financiado principalmente por el NHGRI :) en su página de inicio, genome.gov. Siempre es agradable ser reconocido :D.

Y me da la oportunidad para señalar nuevamente que nos tienen, de hecho siete tutorías a disposición del público y materiales de capacitación (diapositivas, ejercicios, etc) en bases de datos organismo modelo como SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase y Danza… y un séptimo en GBrowse, un genoma navegador genérico usado por algunas de las bases de datos del genoma estos y otros.

Échales un vistazo (y rellene la nueva encuesta a la izquierda :D.

Tutoriales gratis en bases de datos Modelo Genómica organismo liberado por OpenHelix

OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad gratuita de suites tutorial sobre bases de datos de organismo modelo y los recursos utilizados ampliamente en la investigación. Las suites tutorial disponible en primer lugar se GBrowse, Base de datos del genoma de rata (RGD), Genoma del ratón Informática (MGI), y WormBase. Que se añadirán en las próximas semanas son la Red de Información de pez cebra (Danza), FlyBase y Saccharomyces (Levadura) Base de datos del genoma (SGD).

Las suites tutorial, financiado en parte por una subvención del National Human Genome Research Institute de los Institutos Nacionales de Salud, incluyen una carrera de auto, tutorial narrado la introducción de los recursos y la forma de utilizar sus características y funciones. Cada suite también incluye diapositivas de PowerPoint, folletos, y ejercicios que se pueden utilizar como referencia o para entrenar a otros.

Uno de los tutoriales disponibles en primer lugar se encuentra en GBrowse, desarrollado por la base de datos de organismo modelo genérico (GMOD) proyecto, una popular herramienta utilizada por los investigadores para desarrollar navegadores genoma de organismos modelo, especies de interés, y temas específicos. Al aprender a utilizar esta "genérico" genoma navegador, usted puede aprovechar ese conocimiento para el uso de decenas de recursos que se dedican a una amplia gama de áreas de investigación.

"El GBrowse OpenHelix tutorial de usuario es muy bien hecho y será un excelente recurso para las comunidades de investigación que utilizan muchos GBrowse para visualizar los datos genómicos,", Dijo Dave Clements, del Centro Nacional de Síntesis Evolutiva que dirige el servicio de asistencia GMOD.

Organismos modelo, como la levadura, del ratón, rata, moscas, y muchos otros, han sido utilizados por los investigadores para ampliar nuestra comprensión de la biología y para evaluar la eficacia y seguridad de los tratamientos antes de ir al ensayo en humanos. Muchos de los genomas de estos organismos han sido completamente secuenciados, dar a la comunidad científica una visión aún mayor en los organismos y su relación con la biología humana. Los datos del genoma ya está disponible y puede consultarse en las bases de datos en línea a disposición del público y los recursos.

Puede ver los tutoriales en el organismo modelo http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix ofrece más de 60 otras suites tutorial de una serie de bases de datos genómicas y de los recursos a través de un individuo, grupo, o suscripción institucional. Para más información se puede encontrar en www.openhelix.com.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona el conocimiento de la genómica que necesita cuando lo necesita. OpenHelix ofrece en línea de auto-ejecutar los tutoriales y en el lugar de entrenamiento para instituciones y empresas en el libre más potentes y populares, basado en la web, de acceso público bioinformática recursos. Además, OpenHelix es contratado por los proveedores de recursos para proporcionar amplia, formación a largo plazo y programas de extensión.

GXD desea su

Desde el MGI lista de correo viene una solicitud para su entrada en la base de datos de expresión génica. Vamos, llenarlo si usted utiliza el sitio.

La base de datos de expresión génica para el Desarrollo del ratón (GXD)
(http://www.informatics.jax.org/expression.shtml) es una base de datos pública bien establecida financiados por los NIH y constituye un componente importante del genoma del ratón Informática (MGI) de recursos.

Me gustaría invitarlos a nuestra encuesta sobre el recurso GXD.
El formulario de la encuesta es accesible a través de nuestro sitio web, o directamente en http://www.surveymonkey.com/s.aspx?sm=Er4G5wADG9gd4SGsEKwuNA_3d_3d

Sus comentarios y sus sugerencias son muy importantes para el proyecto GXD. Por favor, tome unos minutos de su valioso tiempo para ayudarnos a mejorar GXD.