标记档案: 宏基因组学


一周的视频提示: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. 该 video channel, a Storify, dropboxes of slides (下面), 和 agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. 例如, 我们已经谈论 泊坞窗, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 分钟. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, 和 MetaPhlan2 和 HUMAnN2 分析, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (严重), and so much opportunity just hanging around in our cities. 但也–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.



PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/


Afshinnekoo, 大肠杆菌, Meydan, 三, 乔杜里, 学, Jaroudi, 四, 博耶, 三, 伯恩斯坦, 全, Maritz, j的, Reeves, 四, Gandara, j的, Chhangawala, 学, Ahsanuddin, 学, Simmons, 答:, Nessel, 吨, Sundaresh, 二, Pereira, 大肠杆菌, 约根森, 大肠杆菌, Kolokotronis, 学, Kirchberger, 全, 加西亚, 一, Gandara, 四, Dhanraj, 学, Nawrin, 吨, Saletore, 华, 亚历山大, 全, Vijay, 体育, Hénaff, 大肠杆菌, Zumbo, 体育, 沃尔什, 米, O’Mullan, 克, Tighe, 学, 达德利, j的, Dunaif, 答:, Ennis, 学, O’Halloran, 大肠杆菌, Magalhaes, 吨, Boone, 二, 琼斯, 答:, Muth, 吨, Paolantonio, 光, Alter, 大肠杆菌, Schadt, 大肠杆菌, Garbarino, j的, Prill, 河, Carlton, j的, 征, 学, & 石匠, ç. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 分类号: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. 约翰, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. 伯顿, Andrew Feinberg, & Christopher E. 石匠 (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv 分类号: 10.1101/032342


This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. 还–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.

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This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.

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一周的视频提示: MetaPhlAn和银河

CPB使用银河 2银河项目 关于 VIMEO.

装载和使用的数据类型和 OpenHelix银河教程 为获得熟悉银河界面和用法.

宏基因组学分析可以是一个有点吓人,有时, 但也有工具了好多个都来协助研究员分析. 综合微生物基因组 在JGI有一些优秀的工具,如 IMG / M期IMG HMP M. (OpenHelix 教程) 还有,我建议你看看其他的优秀的工具. QIIME 是一个极好的工具也.

但上面没有本身一个宏基因组学教程, 相反,它是一个如何使用银河接口加载数据和数据类型的一些短截屏. 为什么? 因为一个极好的工具集用于宏基因组分析 MetaPhlAn 从Huttenhower实验室在哈佛.

该MetaPhlan工具可以下载和“离线”使用, 但他们也有一个很好的 银河界面的工具. 如果你通过自己走路 在其网站上MetaPhlAn教程, 包括他们的银河模块1, 与银河上述熟悉自己后, 这应该可以帮助您在一些优秀的宏基因组学分析开始.

要获得这些感觉和其他的工具和工作流程, 你可能想浏览这个优秀的幻灯片从苏里亚萨哈设置, 研究助理在康奈尔大学, 从去年.



尼古拉Segata, 列维沃尔德伦, 安娜丽莎Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, 奥利维尔Jousson & 柯蒂斯Huttenhower (2012). 采用独特的类群特异性标记基因的宏基因组微生物群落分析 自然方法 (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066


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答案是什么? 打开螺纹

映泰 网站是一个要求, 生物信息学的问题,回答和讨论. 我们的社区成员和发现它非常有用. 经常出现的问题和答案在映泰是我们的读者有密切关系 (基因组学的最终用户资源). 每星期四,我们将其中的一个突出问题和答案在这里在这个线程. 您可以询问一下该线程问题, 或者你可以随时参加在映泰.


名单已完成基因组项目和宏基因组学项目 : 我要寻找一个网站 / 幻灯片 / 图提供的名单或已完成的基因组项目和宏基因组学项目统计 (作为 2010). 正如在前面讨论的映泰, 金提供了一些统计数字, 但最多只能 2009 并没有任何资料索引有关宏基因组学项目.

– 市卡德尔Shameer

在高度评价和选择提供了最多的回答几个环节的交付真核生物一些有用的链接, 原核生物, 和宏基因组学以及. 但也有人编辑提供的品种清单多年来计数, 这是一个非常有趣的一年到一年的增长查看 (在大多数情况下). 退房 答案的细节.


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Father’s Day 我不知道 如何 父母 & 宏基因组学对我来说已经变得连, 但似乎他们. 你可能还记得我 母亲节文章. 过去的这个周末,我在法律拜访我们的父亲节,并参与讨论很多叙述新闻故事 西红柿沙门氏菌爆发 & quizzing家庭生物学家 (我) 关于这个问题的. 星期一早上,我希望我们家的客人一路平安 & 然后检查我OpenHelix电子邮​​件帐户 - 找到一个从玛丽的电子邮件,告诉我她刚刚得到一个宏基因组学的海报,在她的新问题 自然生物技术. (我们总是试图以“分享财富”相互, 和你们太大, 其实。) 海报想出了一个 网站地址, 当然,我签出. 原来...


宏基因组时代的大制作 (作为在纽约)

宏基因组学, 这实在是一个新的研究领域 (这最后十年中几乎没有) 相较于大多数生物领域的研究, 已经进入主流媒体制作. 纽约时报昨天的一篇文章题为 “细菌内蓬勃发展,弯头, 无妨” (你需要一个免费注册阅读该). 文章引用了比较,表明即使在我们的上臂,我们的内心肘部含有独特的微生物群系的物种宏基因组研究, 虽然它去更远远不止这些宏基因组学研究. 文章说,随着:

这项研究是人类微生物群系项目的一部分, 微生物群系的所有微生物的含义,在人们的生活一行.

那会 这个项目. 文章做了解释为什么这个项目体面的工作是有帮助的, 但并没有真正解释这个宏基因组学的方法不同,或者它是如何做 (事实上, 它从来不说这个词 “宏基因组学“). 哦, 不能拥有一切.

为了您的教诲: 有去年的报告 “宏基因组学的新科学” 来自国家研究理事会 (你可以免费在线阅读, 或购买书籍. 还, 当然,至少有两个宏基因组数据的广泛的数据库, IMG / M期 (免费教程) 和 卧室.