태그 아카이브: metagenomics

Mason_JGI

주의 비디오 도움말: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. The video channel, a Storify, dropboxes of slides (아래), 그리고 agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. 예를 들어, 우리에 대해 얘기 했어요 고정 표시기, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 분. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, 및 MetaPhlan2 및 HUMAnN2 분석, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (심각), and so much opportunity just hanging around in our cities. 뿐만 아니라–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.

모자 팁:

빠른 링크:

PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/

참고 문헌:

Afshinnekoo, 이봐요, E., Meydan, C., Chowdhury, 미국, Jaroudi, 디, Boyer, C., 번스타인, 북아 일, Maritz, 제이, Reeves, 디, Gandara, 제이, Chhangawala, 미국, Ahsanuddin, 미국, Simmons, 대답 :, Nessel, 토니, Sundaresh, B를, Pereira, 이봐요, E., 조젠슨은, 이봐요, E., Kolokotronis, 미국, Kirchberger, 북아 일, 가르시아, 나, Gandara, 디, Dhanraj, 미국, Nawrin, 토니, Saletore, Y를, 알렉산더, 북아 일, Vijay, 추신, Hénaff, 이봐요, E., Zumbo, 추신, 월시, 엠, O’Mullan, 샷, Tighe, 미국, 더들리, 제이, Dunaif, 대답 :, Ennis, 미국, O’Halloran, 이봐요, E., Magalhaes, 토니, Boone, B를, 존스, 대답 :, Muth, 토니, Paolantonio, 사장님, Alter, 이봐요, E., Schadt, 이봐요, E., Garbarino, 제이, Prill, 기철, Carlton, 제이, 디스크, 미국, & 석공, C 조. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 간접 자원부: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. 존, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. 버튼, Andrew Feinberg, & Christopher E. 석공 (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv 간접 자원부: 10.1101/032342

금요일 SNPpets

This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. 또한–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.


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SNPpets_2

금요일 SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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주의 비디오 도움말: MetaPhlAn 갤럭시

CPB는 갤럭시를 사용하여 2 부터 갤럭시 프로젝트Vimeo.

로드 및 사용하여 데이터 유형과의 OpenHelix 갤럭시 자습서 갤럭시 인터페이스 및 사용에 익숙한 얻기위한.

메타 지노믹스 분석은 시간에 조금 어려운 수, 하지만 도구의 좋은 숫자 분석 연구를 지원하기 위해 거기 밖으로. 통합 미생물 Genomes JGI에서는 다음과 같은 몇 가지 훌륭한 도구가에서 그림 / 입방 미터IMG HMP M. (OpenHelix 튜토리얼) 나는 당신이 체크 아웃 제안 다른 훌륭한 도구가 있습니다. QIIME 훌륭한 도구도 있습니다.

그러나 위는 자체 메타 지노믹스의 자습서가 아닙니다, 오히려 그것은 데이터를로드 및 데이터 유형에 대한 갤럭시 인터페이스를 사용하는 방법에 대한 몇 가지 짧은 스크린 캐스트의. 왜? metagenomic 분석을 위해 사용하는 도구의 또 다른 훌륭한 세트이기 때문에 MetaPhlAn 하버드 Huttenhower 실험실에서.

MetaPhlan 도구를 다운로드하고 '오프라인'을 사용할 수 있습니다, 그러나 또한이 좋음 도구 갤럭시 인터페이스. 당신은을 통해 자신을 걸 으면 자신의 사이트에 MetaPhlAn 자습서, 자신의 갤럭시 모듈 하나를 포함, 갤럭시 위에 익숙해 후, 즉, 일부 우수한 메타 지노믹스 분석을 시작하는 데 도움이해야합니다.

이들의 느낌과 다른 도구와 워크 플로우를 얻으려면, 당신은 수르야 사하구에서 설정이 우수한 슬라이드를 탐색 할 수 있습니다, 코넬 대학에서 연구원, 작년부터.

빠른 연결:

은하

니콜라 Segata, 레비 Waldron에서, ANNALISA Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, 올리비에 Jousson & 커티스 Huttenhower (2012). 독특한 clade의 특정 마커 유전자를 사용하여 Metagenomic 미생물 군집 프로파일 자연 방법 (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

금요일 SNPpets

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  • 실시간 @ BioCatalogue: @ manniet3에 의해 BioCatalogue 아이폰 / iPad 애플 리케이션은 이제 밖! http://bit.ly/p2tUQF 우리가 어떻게 생각하는지 알려주십시오. [메리]
  • 포함 KEGG, iPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, HUMAnN: 실시간 @ phylogenomics: Metagenomic 데이터 세트를위한 신진 대사 재건 도구의 조사»생물 정보학 Knowledgeblog http://shar.es/HK0U5 [메리]
  • 단백질 데이터 뱅크의 40 주년을 축하하는 특별 심포지엄, October 28 – 30, 2011, 콜드 스프링 하버, 뉴욕 – 포스터 초록 마감: August 15 [제니퍼]
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  • 낄낄 웃음. 나는 몇 종의 이렇게 했어요, 단지 식물… : @ pcronald: 식물학은 전체 샐러드 바를 보유하고. http://onion.com/pojv2t [메리]
  • RT @ wahwahnyc: PubMed 중앙에: 병리학자: 경로 중심의 분석을위한 자동화된 도구. BMC는 생물 정보학. http://1.usa.gov/oDyBpc [메리]
  • 일부 여유와 재미를 찾고? The 트웬티 - 퍼스트 첫번째 연간 IG 노벨상 의식 목요일 발생합니다, September 29, 2011 그리고 티켓은 현재 판매되고. 참고: “첫번째 사람을 웃게 IG 노벨상 명예 성과, 그리고 그들이 그렇게 생각하게.” [제니퍼]
  • 실시간 @ genetics_blog: . @ 플로스 및 애플 리케이션에 대한 @ mendeley_com 콜: http://bit.ly/oc2NGLhttp://bit.ly/nHYqNa [메리]
  • 그냥 구글과 MS에 대한 자연 뉴스에서 이것을 보았다: 컴퓨팅 거인 무료 과학 통계를 실행 [제니퍼]
  • FameLab, 과학 및 공학 통신 경쟁 – 안나요 아직 시시한 일… [제니퍼]

무슨 대답이야? 열기 스레드

Biostar 질문에 대한 사이트입니다, 응답 및 생물 정보학 질문에 대해 논의. 우리는 지역 사회의 구성원이며 아주 유용한 찾아. 자주 질문 및 답변은​​ 우리의 독자들에게 밀접한 관계가있는 것을 BioStar에서 발생하는 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 목요일은 우리가이 스레드 여기에 그 질문 중 하나이며, 답변을 강조합니다. 당신이이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 BioStar에 참가할 수.

금주의 BioStar 질문:

완성된 게놈 프로젝트와 metagenomics 프로젝트 목록 : 나는 웹사이트를 찾고 있어요 / 슬라이드 / 그림 목록이나 완성된 게놈 프로젝트와 metagenomics 프로젝트의 통계를 제공 (현재 2010). BioStar에서 이전 토론에 표시된대로, 금이 몇 가지 통계를 제공합니다, 하지만 유일한 최대 2009 그리고 어떠한 정보도 metagenomics 프로젝트에 대한 색인이 생성됩니다.

– 시 Khader의 Shameer

높은 평점과 선택된 가기 답변 eukaryotes위한 몇 가지 유용한 링크를 제공 링크가 몇 개 제공, prokaryotes, 그리고 metagenomics뿐만 아니라. 하지만 종족의 목록을 제공하기 위해 또한 편집한 년 동안 카운트, 이는 성장의 해보기로 아주 흥미있는 해였습니다 (대부분의 경우에). 체크 아웃 자세한 내용은 답변을.

금요일 SNPpets

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과학의 국립 아카데미에서 Metagenomic 리소스

Father’s Day 난 잘 모르겠어요 방법 부모 & metagenomics 날 위해 연결 약해진 것, 하지만 그들이 가지고있는 것 같아서. 당신은 내 기억 수 어머니의 날 게시물. 지난 주말 내에서 - 법에 대한 뉴스 기사를 열거 아버지의 날과 관련된 많은 논의를 위해 우리를 방문했다 토마토 - 연관된 살모넬라균의 발생 & 가족의 생물 학자 quizzing (나) 주제에. 월요일 아침에 나는 우리 집 손님에게 안전한 여행을 집 바란 & 그럼 내 OpenHelix 이메일 계정을 확인 - 말해 메리로부터 이메일을 찾기 위해 그녀는 단지 그녀의 새로운 문제에 metagenomics 포스터 먹은 자연 생명 공학. (우리는 항상 '공유 재산'서로하려고, 그리고 너희들도, 사실.) 포스터와 함께 웹 주소, 이는 물론 내가 체크 아웃. 밝혀 ...

계속 읽기

Metagenomics 큰 타임즈 만들기 (에서 뉴욕으로)

Metagenomics, 어느 정말로 연구의 새로운 분야입니다 (겨우이 지난 10 년간) 연구의 대부분 생물학 분야에 비해, 이미 주류 언론으로하고 있습니다. 뉴욕 타임스는 어제받을 기사를 가지고 “박테리아가 안쪽 팔꿈치에 번창하고, 완료 전혀 해로울” (당신이 읽을 수있는 무료 등록을하셔야합니다). 기사는 우리의 팔 위쪽에 비해도 우리의 내면의 팔꿈치, 종족의 독특한 microbiome을 포함한다는 것을 보여주기 metagenomic 연구에서 따옴표, 그냥보다가 metagenomic 연구에 더 간다하지만. 문서 상태로:

연구는 인간 microbiome 프로젝트의 일부입니다, 사람 사는 모든 미생물의 측근을 의미 microbiome.
이 프로젝트는 카탈로그에 야심찬 정부 재정 노력해야 인간 생태계의 각 틈새에 살고 전형적인 세균성 식민지입니다.

그런 거라고 이 프로젝트는. 이 프로젝트가 도움이됩니다 왜 문서가 설명 괜찮은 직업을 수행, 하지만 정말 metagenomics이 방법은 다른 방법이나 어떻게 끝났어 설명하지 않습니다 (사실, 그것은 결코 단어를 말한다 “metagenomics“). 아 글쎄, 전부를 가질 수 없습니다.

당신의 덕을 위해: 작년의 보고서가 있습니다 “Metagenomics의 새로운 과학” 국립 연구위원회에서 (당신이 온라인으로 무료로 읽을 수 있습니다, 책 또는 구매. 또한, 물론 metagenomic 데이터의 적어도 두 광범위한 데이터베이스가있다, 그림 / 입방 미터 (자습서 무료) 및 침실.