Tag Archives: métagénomique

Mason_JGI

Astuce Vidéo de la semaine: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. L' video channel, a Storify, dropboxes of slides (ci-dessous), et le agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. Par exemple, nous avons parlé Docker, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 minutes. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, et MetaPhlan2 et HUMAnN2 analyses, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (sérieux), and so much opportunity just hanging around in our cities. Mais aussi–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.

Astuce a:

Liens rapides:

PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/

Références:

Afshinnekoo, E., Meydan, C., Chowdhury, S., Jaroudi, D., Boyer, C., Bernstein, N., Maritz, J., Reeves, D., Gandara, J., Chhangawala, S., Ahsanuddin, S., Simmons, A., Nessel, T., Sundaresh, B., Pereira, E., Jorgensen, E., Kolokotronis, S., Kirchberger, N., Garcia, I., Gandara, D., Dhanraj, S., Nawrin, T., Saletore, Y., Alexander, N., Vijay, P., Hénaff, E., Zumbo, P., Walsh, M., O’Mullan, G., Tighe, S., Dudley, J., Dunaif, A., Ennis, S., O’Halloran, E., Magalhaes, T., Boone, B., Jones, A., Muth, T., Paolantonio, K., Alter, E., Schadt, E., Garbarino, J., Prill, R., Carlton, J., Levy, S., & Mason, C. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 DOI: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. John, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. Burton, Andrew Feinberg, & Christopher E. Mason (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv DOI: 10.1101/032342

SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. Aussi–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.


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SNPpets vendredi

Les SNPpets de cette semaine offrent à la fois la science et l'humour. Je pense que les gens deviennent un peu punchy autour des vacances / fin du semestre. Il ya des logiciels pour l'assemblage, un réseau de bio-informatique pour les thèmes africains, bioéthique de l'édition de gène, le cancer et la médecine personnalisée, Dilbert commentaires sur les grandes données et la santé, des outils intéressants pour les espaces ouverts- et de la médecine fondée sur les preuves, concepts sur le microbiome et un voyage métagénomique. La plupart chose curieuse cette semaine: le poème de la souris construits entièrement à partir des titres de papier.


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Astuce Vidéo de la semaine: MetaPhlAn et Galaxy

CPB Utilisation Galaxy 2 à partir de Galaxy projet sur Vimeo.

pour le chargement et l'utilisation de types de données et la OpenHelix Galaxy tutoriel pour se familiariser avec l'interface de la galaxie et de l'utilisation.

analyse métagénomique peut être un peu intimidant parfois, mais il ya un bon nombre d'outils là-bas pour aider un chercheur en analyse. Génomes microbiens intégré à l'Institut Jane Goodall a quelques excellents outils tels que IMG/M et IMG HMP M. (OpenHelix tutoriel) Il ya d'autres excellents outils que je vous suggère de vérifier. QIIME est un excellent outil aussi.

Mais ce qui précède n'est pas en soi un tutoriel métagénomique, plutôt que c'est une courte screencast de la façon d'utiliser l'interface Galaxy pour le chargement de données et types de données. Pourquoi? Parce que un autre excellent ensemble d'outils à utiliser pour l'analyse métagénomique est MetaPhlAn du laboratoire Huttenhower à Harvard.

Les outils MetaPhlan peuvent être téléchargés et utilisés «hors ligne», mais ils ont aussi une excellente interface Galaxy aux outils. Si vous vous promenez à travers la Tutoriels MetaPhlAn sur leur site, y compris leur galaxie un module, Après vous être familiarisé avec Galaxy ci-dessus, qui devrait vous aider à démarrer sur un excellent analyse métagénomique.

Pour avoir une idée de ceux-ci et d'autres outils et workflows, vous pouvez naviguer à travers cet excellent jeu de diapositives de Surya Saha, associé de recherche à l'Université de Cornell, à partir de l'année dernière.

Liens rapides:

Galaxy

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Métagénomique profilage de la communauté microbienne en utilisant des gènes marqueurs spécifiques clade uniques Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

SNPpets vendredi

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  • Ce n'est pas une mauvaise idée. Boston Sci-Geek Tours. J'avais l'habitude de travailler pour le Service des parcs. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Visite fascinante et conférence sur la génomique au Broad Institute aujourd'hui. Broad devrait être transformée en une attraction touristique Boston. [Mary]
  • RT @ BioCatalogue: L'iPhone BioCatalogue / app iPad par @ manniet3 est maintenant hors! http://bit.ly/p2tUQF S'il vous plaît faites-nous savoir ce que vous pensez. [Mary]
  • Comprend KEGG, IPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ phylogénomique: Une enquête sur les outils de reconstruction métabolique pour datasets métagénomique »Le Knowledgeblog Bioinformatique http://shar.es/HK0U5 [Mary]
  • Un symposium spécial célébrant le 40e anniversaire de la Protein Data Bank, Octobre 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, NY – Date limite abstraite posters: Août 15 [Jennifer]
  • Oh oui, plz: RT @ Nutrigénomique: comme RT @ grapealope: La bioinformatique est pas seulement de construire des outils. Nous savons que nos outils de; nous devrions les première utilisation. @ # Atulbutte singularityu [Mary]
  • Pouffer de rire. J'ai fait cela avec plusieurs espèces, pas seulement les plantes… : @ Pcronald: Botaniste détient le bar à salade entière. http://onion.com/pojv2t [Mary]
  • RT @ wahwahnyc: Sur PubMed Central: Le pathologiste: un outil automatisé pour l'analyse centrée sur la voie. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [Mary]
  • Cherchent à s'amuser geek? L' Vingt-et-unième premier annuelle Ig Nobel cérémonie aura lieu jeudi, Septembre 29, 2011 et les billets sont en vente maintenant. Remarque: “Les réalisations Ig Nobel d'honneur que le premier prix faire rire les gens, et ensuite les faire réfléchir.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ Et @ PLoS mendeley_com Appel à Apps: http://bit.ly/oc2NGL et http://bit.ly/nHYqNa [Mary]
  • Juste vu dans Nouvelles de la nature au sujet de Google et Microsoft: Géants informatiques lancement métriques science libre [Jennifer]
  • FameLab, une science de la communication et la concurrence d'ingénierie – Je n'ai pas vu une inintéressante encore une… [Jennifer]

Quelle est la réponse? fil ouvert

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de la communauté et trouve cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question BioStar de la semaine:

Liste des projets sur le génome projets achevés et métagénomique : Je suis à la recherche d'un site Web / diapositives / chiffre qui fournissent la liste ou les statistiques des projets sur le génome projets achevés et métagénomique (à compter du 2010). Comme indiqué dans une discussion antérieure au BioStar, OR fournit quelques statistiques, mais seulement jusqu'à 2009 et aucune information sur les projets est indexé métagénomique.

– par Khader Shameer

La réponse hautement évaluées et sélectionnées en haut a fourni un couple de liens qui a livré quelques liens utiles pour les eucaryotes, procaryotes, et la métagénomique ainsi. Mais il a également été éditées pour fournir la liste de l'espèce compte au fil des ans, qui a été une année très intéressante pour voir l'année de la croissance (dans la plupart des cas). Vérifiez les réponses pour les détails.

SNPpets vendredi

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SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Durant la semaine, nous rencontrons beaucoup de liens et de lire que nous estimons intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

Ressources métagénomique de la National Academy of Science

Father’s Day Je ne suis pas sûr comment les parents & métagénomique ont obtenu connecté pour moi, mais il semble qu'ils ont. Vous vous souvenez peut mon Après la Fête des Mères. Ce week-end passé, mes beaux-parents étaient en visite chez nous pour la fête des pères et une grande partie de la discussion impliqué racontant des reportages sur l' éclosions de Salmonella tomate associés & quiz le biologiste famille (moi) sur le sujet. Lundi matin, je voulais nos hôtes un bon voyage de retour & ensuite vérifié mon compte de courriel OpenHelix - de trouver un email de Mary me disant qu'elle avait juste pris une affiche métagénomique dans son nouveau numéro de Nature Biotechnology. (Nous essayons toujours de «partager la richesse» avec l'autre, et vous les gars trop, réellement.) L'affiche est venu avec un adresse Web, que j'ai bien sûr vérifié. Il s'avère que ...

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La métagénomique rendant le Times grands (comme à New York)

La métagénomique, qui est vraiment un nouveau domaine d'étude (peine de cette dernière décennie) en comparaison avec la plupart des zones biologiques de la recherche, fait déjà dans la presse grand public. Le New York Times a un article intitulé, hier “Les bactéries se développent dans l'intérieur du coude, No Harm Done” (vous aurez besoin d'une inscription gratuite à lire que). L'article cite des études qui montrent que métagénomique nos coudes intérieurs contiennent un microbiome unique d'espèces, même en comparaison à notre bras, mais il va un plus dans les études métagénomique que juste que. Comme l'indique l'article:

La recherche fait partie du projet sur le microbiome humain, microbiome sens de l'entourage de tous les microbes qui vivent dans les.
Le projet est un projet ambitieux financé par le gouvernement s'efforcera de répertorier les colonies typiques de bactéries qui peuplent chaque niche dans l'écosystème humain.

Ce serait ce projet. L'article fait un travail décent pour expliquer pourquoi ce projet est utile, mais n'explique pas vraiment comment cette approche de la métagénomique est différent ou comment on fait (en fait,, il n'a jamais dit le mot “métagénomique“). Oh bien, peut pas tout avoir.

Pour votre édification: Il ya le rapport de l'année dernière “La Nouvelle Science de la métagénomique” du Conseil national de recherches (vous pouvez lire gratuitement en ligne, ou l'achat d'un livre. Aussi, bien sûr il ya au moins deux vastes bases de données de données métagénomiques, IMG/M (tutoriel gratuit) et Chambre.