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Vídeo Consejo de la semana: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. La video channel, a Storify, dropboxes of slides (a continuación), y el agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. Por ejemplo, hemos hablado de Docker, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 minutos. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, y MetaPhlan2 y HUMAnN2 análisis, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (en serio), and so much opportunity just hanging around in our cities. Pero también–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.

Sombrero de punta:

Enlaces rápidos:

PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/

Referencias:

Afshinnekoo, E., Meydan, C., Chowdhury, S., Jaroudi, D., Boyer, C., Bernstein, N., Maritz, J., Reeves, D., Gandara, J., Chhangawala, S., Ahsanuddin, S., Simmons, A., Nessel, T., Sundaresh, B., Pereira, E., Jorgensen, E., Kolokotronis, S., Kirchberger, N., García, I., Gandara, D., Dhanraj, S., Nawrin, T., Saletore, Y., Alejandro, N., Vijay, P., Hénaff, E., Zumbo, P., Walsh, M., O’Mullan, G., Tighe, S., Dudley, J., Dunaif, A., Ennis, S., O’Halloran, E., Magalhaes, T., Boone, B., Jones, A., Muth, T., Paolantonio, K., Alter, E., Schadt, E., Garbarino, J., Prill, R., Carlton, J., Disco, S., & Albañil, C. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 DOI: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. Juan, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. Burton, Andrew Feinberg, & Christopher E. Albañil (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv DOI: 10.1101/032342

Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. También–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.


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SNPpets_2

Viernes SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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Vídeo Consejo de la semana: MetaPhlAn y Galaxy

CPB Usando Galaxy 2 de Galaxy Proyecto en Vimeo.

para la carga y el uso de tipos de datos y la OpenHelix Galaxy tutorial para familiarizarse con la interfaz de la galaxia y el uso.

Análisis de metagenómica puede ser un poco intimidante a veces, pero hay un buen número de herramientas que hay para ayudar a un investigador en el análisis. Genomas microbianos integrado en JGI tiene algunas herramientas excelentes tales como IMG / M y IMG HMP M. (OpenHelix tutorial) Hay otras herramientas excelentes que sugiero que echa un vistazo. QIIME es una excelente herramienta también.

Pero lo anterior no es per se un tutorial metagenómica, más bien es un poco corto screencast de cómo utilizar la interfaz de la galaxia para la carga de datos y tipos de datos. ¿Por qué? Porque otra excelente conjunto de herramientas a utilizar para el análisis de metagenómica es MetaPhlAn desde el laboratorio Huttenhower en Harvard.

Las herramientas MetaPhlan pueden ser descargados y utilizados 'offline', pero también tienen una excelente Interfaz de la galaxia a las herramientas. Si usted camina a ti mismo a través de la Tutoriales MetaPhlAn en su sitio, incluyendo su Galaxy módulo de, después de familiarizarse con la galaxia más arriba, que le ayudarán a empezar a trabajar en un excelente análisis de metagenómica.

Para tener una idea de estas y otras herramientas y flujos de trabajo, es posible que desee navegar a través de este excelente juego de diapositivas de Surya Saha, Investigador Asociado en la Universidad de Cornell, desde el año pasado.

Enlaces rápidos:

Galaxia

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Metagenomic perfil de la comunidad microbiana utilizando genes únicos marcadores-clado específico Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • Esto no es una mala idea. Boston Sci-Geek Tours. Yo solía trabajar para el Servicio de Parques. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Recorrido fascinante y una conferencia sobre la genómica en Instituto Broad hoy. Amplia debe convertirse en una atracción turística Boston. [María]
  • RT @ BioCatalogue: El iPhone BioCatalogue / iPad por @ manniet3 ahora está fuera! http://bit.ly/p2tUQF Por favor, háganos saber lo que piensa. [María]
  • Incluye KEGG, iPath 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ filogenómica: Un estudio de las herramientas de reconstrucción metabólica para conjuntos de datos de metagenómica »El Knowledgeblog Bioinformática http://shar.es/HK0U5 [María]
  • Un simposio especial para celebrar el 40 aniversario del Banco de Datos de Proteínas, De octubre 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, Nueva York – Poster Fecha límite para resúmenes: De agosto 15 [Jennifer]
  • Oh, sí, plz: RT @ Nutrigenómica: como RT @ grapealope: Bioinformática no es sólo sobre la construcción de herramientas. Sabemos que nuestras herramientas; debemos usar primero. @ # Atulbutte singularityu [María]
  • Risilla. Lo he hecho con varias especies, no sólo las plantas… : @ Pcronald: Botánico sostiene la barra de ensaladas completa. http://onion.com/pojv2t [María]
  • RT @ wahwahnyc: En PubMed Central: El Patólogo: una herramienta automatizada para análisis de rutas centrado en. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [María]
  • Buscando algo de diversión geek? La XXI 1st Annual Ig Nobel de la entrega de premios se producirá Jueves, De septiembre 29, 2011 y los boletos están a la venta. Nota: “Los Premios Ig Nobel logros honor que primero hacen reír a la gente, y luego les hacen pensar.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ Y @ PLoS llamadas mendeley_com para Aplicaciones: http://bit.ly/oc2NGL y http://bit.ly/nHYqNa [María]
  • Acabo de ver esto en Nature News acerca de Google y Microsoft: Los gigantes de la informática lanzamiento métricas libre de la ciencia [Jennifer]
  • FameLab, una ciencia y de la competencia de comunicación de ingeniería – Yo no he visto uno un poco interesante pero… [Jennifer]

¿Cuál es la respuesta? Abrir hilo

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la comunidad y les resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

BioStar Pregunta de la Semana:

Lista de los proyectos de genoma completo y los proyectos de metagenómica : Estoy buscando un sitio web / diapositiva / cifra que proporciona la lista o las estadísticas de los proyectos de genoma completo y los proyectos de metagenómica (a partir de 2010). Como se indica en un debate anterior en BioStar, GOLD proporciona algunas estadísticas, pero sólo hasta 2009 y no hay información indexada sobre los proyectos de metagenómica.

– por Khader Shameer

La respuesta de alta calificación y alto seleccionados proporcionan un par de enlaces que entregan algunos enlaces útiles para los eucariotas, procariotas, y la metagenómica y. Pero también fue editado para proporcionar la lista de las cuentas de especies a lo largo de los años, que fue un año muy interesante para ver el crecimiento del año (en la mayoría de los casos). Echa un vistazo las respuestas de los detalles.

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Recursos metagenómica de la Academia Nacional de Ciencias

Father’s Day No estoy seguro cómo los padres & metagenómica han conseguido conectar para mí, pero parece que han. Usted puede recordar mi Después del día de madre. Este fin de semana pasado mis suegros nos visitaban para el Día del Padre, y gran parte de la discusión a relatar las noticias acerca de la asociados de tomate brotes de salmonela & interrogando el biólogo de la familia (me) sobre el tema. Lunes por la mañana me hubiera gustado nuestros huéspedes de la casa de un buen viaje de regreso & entonces revisé mi cuenta de correo electrónico OpenHelix - para encontrar un correo electrónico de María diciéndome que acababa de un cartel de metagenómica en su nuevo número de Nature Biotechnology. (Nosotros siempre tratamos de "compartir la riqueza" entre sí, y ustedes también, en realidad.) El cartel viene con un dirección web, la que por supuesto nos fuimos. Resulta que ...

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Metagenómica hacer los tiempos grandes (como en Nueva York)

Metagenómica, que en realidad es una nueva área de estudio (apenas la última década) en comparación con las zonas más biológica de la investigación, ya está haciendo en la prensa. The New York Times tiene un artículo de ayer titulado “Las bacterias crecen en la parte interna del codo, No ha pasado nada” (se necesita un registro gratuito para leer que). El artículo cita a partir de estudios de metagenómica que muestran que los codos interiores contienen un microbioma única de especies, incluso en comparación con nuestra parte superior del brazo, a pesar de que va a más en los estudios de metagenómica que eso. Como dice el artículo:

La investigación es parte del proyecto microbioma humano, microbioma es decir, el entorno de todos los microbios que viven en las personas.
El proyecto es un ambicioso esfuerzo financiado por el Gobierno al catálogo de las colonias típicas de bacterias que habitan en cada nicho en el ecosistema humano.

Eso sería este proyecto. El artículo hace un buen trabajo de explicar por qué este proyecto es de gran ayuda, pero en realidad no explica cómo este enfoque de la metagenómica es diferente o cómo se hace (de hecho,, nunca dice la palabra “metagenómica“). Oh, bueno, No se puede tener todo.

Para su edificación: No hay informe del año pasado “La nueva ciencia de la metagenómica” del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (se puede leer gratis en línea, o la compra de un libro. También, Por supuesto que hay al menos dos bases de datos extensa de los datos de metagenómica, IMG / M (tutorial gratis) y Cámara.