Tag Archives: Metagenomik

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Video Tipp der Woche: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. Das video channel, a Storify, dropboxes of slides (unten), und die agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. Zum Beispiel, Wir haben darüber gesprochen Docker, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 Minuten. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, und MetaPhlan2 und HUMAnN2 Analysen, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (ernst), and so much opportunity just hanging around in our cities. Aber auch–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.

Hat tip:

Quick-Links:

PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/

Referenzen:

Afshinnekoo, E., Meydan, C., Chowdhury, S., Jaroudi, D., Boyer, C., Bernstein, N., Maritz, J., Reeves, D., Gandara, J., Chhangawala, S., Ahsanuddin, S., Simmons, A., Nessel, T., Sundaresh, B., Pereira, E., Jorgensen, E., Kolokotronis, S., Kirchberger, N., Garcia, I., Gandara, D., Dhanraj, S., Nawrin, T., Saletore, Y., Alexander, N., Vijay, P., Hénaff, E., Zumbo, P., Walsh, M., O’Mullan, G., Tighe, S., Dudley, J., Dunaif, A., Ennis, S., O’Halloran, E., Magalhaes, T., Boone, B., Jones, A., Muth, T., Paolantonio, K., Alter, E., Schadt, E., Garbarino, J., Prill, R., Carlton, J., Platte, S., & Maurer, C. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 DOI: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. John, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. Burton, Andrew Feinberg, & Christopher E. Maurer (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv DOI: 10.1101/032342

Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. Auch–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


 

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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


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Video Tipp der Woche: MetaPhlAn und Galaxy

CPB Mit Galaxy 2 von Galaxy-Projekt auf Vimeo.

zum Laden und Verwenden von Datentypen und die OpenHelix Galaxy Tutorial für immer mit Galaxy-Schnittstelle und Anwendung vertraut.

Metagenomics Analyse kann manchmal ein bisschen einschüchternd, aber es gibt eine ganze Reihe von Tools gibt, die einen Forscher bei der Analyse unterstützen. Integrierte mikrobielle Genome bei JGI hat einige hervorragende Werkzeuge wie IMG / M und IMG HMP M. (OpenHelix Tutorial) Es gibt auch andere hervorragende Werkzeuge, die ich schlage vor, Sie überprüfen. QIIME ist ein ausgezeichnetes Werkzeug auch.

Aber die oben ist nicht per se eine Metagenom-Tutorial, sondern es ist eine kurze Screencast, wie die Galaxy-Schnittstelle für das Laden von Daten und Datentypen verwenden. Warum? Da eine weitere hervorragende Reihe von Tools für Metagenom-Analyse zu verwenden ist MetaPhlAn aus dem Labor in Harvard Huttenhower.

Die MetaPhlan Tools können heruntergeladen und verwendet werden "offline" werden, aber sie haben auch eine ausgezeichnete Galaxy Schnittstelle zu den Werkzeugen. Wenn Sie sich zu Fuß durch die MetaPhlAn Tutorials auf ihrer Website, einschließlich ihrer Galaxy-Modul ein, nachdem Sie sich mit Galaxy über vertraut, das sollte helfen, auf einige hervorragende Metagenom-Analyse beginnen.

Um ein Gefühl für diese und andere Tools und Workflows erhalten, Sie wollen vielleicht diese ausgezeichnete Folie aus Surya Saha gesetzt durchsuchen, Research Associate an der Cornell University, aus dem letzten Jahr.

Quick Links:

Galaxy

Nicola Segata, Levi Waldron, Annalisa Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, Olivier Jousson & Curtis Huttenhower (2012). Metagenom-mikrobiellen Gemeinschaft Profilerstellung mit einzigartigen Clade-spezifischer Marker-Gene Nature Methods (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

Freitag SNPpets

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  • Das ist keine schlechte Idee. Boston Sci-Geek Tours. Früher habe ich für den Park Service arbeiten. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Faszinierende Tour und Vortrag über Genomik am Broad Institute heute. Broad sollte in eine Touristenattraktion Boston gedreht werden. [Mary]
  • RT @ BioCatalogue: Die BioCatalogue iPhone / iPad-App von @ manniet3 ist jetzt aus! http://bit.ly/p2tUQF Bitte lassen Sie uns wissen, was Sie denken. [Mary]
  • Inklusive KEGG, IPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ phylogenomics: A Survey of Metabolic Wiederaufbau Tools for metagenomische Datasets »Die Bioinformatik Knowledgeblog http://shar.es/HK0U5 [Mary]
  • A Special Symposium feiert den 40. Jahrestag der Protein Data Bank, Oktober 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, NY – Poster Abstrakte Frist: August 15 [Jennifer]
  • Ach ja, plz: RT @ Nutrigenomik: wie RT @ grapealope: Die Bioinformatik ist es nicht nur um Gebäude-Tools. Wir kennen unsere Werkzeuge; wir sollten sie dem ersten Gebrauch. @ Atulbutte # singularityu [Mary]
  • Kichern. Ich habe das mit verschiedenen Arten durchgeführt, nicht nur Pflanzen… : @ Pcronald: Botaniker hält die ganze Salatbar. http://onion.com/pojv2t [Mary]
  • RT @ wahwahnyc: Auf PubMed Central: Der Pathologe: ein automatisiertes Werkzeug Weg-centric-Analyse. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [Mary]
  • Looking for some fun geeky? Das Twenty-First 1st Annual Ig Nobelpreis verliehen auftreten Donnerstag, September 29, 2011 und Tickets sind jetzt im Verkauf. Note: “Die Ig Nobelpreise Ehre Leistungen, die zuerst die Menschen zum Lachen, und dann machen sie denken.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ PLoS und @ mendeley_com Call for Apps: http://bit.ly/oc2NGL und http://bit.ly/nHYqNa [Mary]
  • Gerade gesehen, das in Nature News über Google und Microsoft: Computing Riesen starten freien Wissenschaft Metriken [Jennifer]
  • FameLab, Wissenschaft und Technik-Kommunikation Wettbewerb – Ich habe nicht gesehen ein uninteressantes ein noch… [Jennifer]

Was ist die Antwort? Open Thread

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

BioStar Frage der Woche:

Liste der abgeschlossenen Projekte Genom und Metagenomik Projekte : Ich bin für eine Website suchen / Rutsche / Figur, die die Liste oder Statistik der abgeschlossenen Genomprojekten und Metagenomik Projekte bieten (ab 2010). Wie in einer früheren Diskussion zu BioStar angegeben, GOLD bietet einige Statistiken, aber nur bis zu 2009 und keine Informationen über Metagenomik Projekte indiziert.

– von Khader Shameer

Die hoch bewerteten und ausgewählten Top-Antwort gegeben ein paar Links, die einige nützliche Links für Eukaryoten geliefert, Prokaryoten, und Metagenomik sowie. Aber es war auch bearbeitet, um die Liste der Arten zählt in den letzten Jahren bieten, das war ein sehr interessantes Jahr zu Jahr angesichts des Wachstums (in den meisten Fällen). Check out Die Antworten zu den Details.

Freitag SNPpets

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Metagenomische Ressourcen aus der National Academy of Science

Father’s Day Ich bin mir nicht sicher wie Eltern & Metagenomik haben für mich gefahren verbunden, aber es scheint, haben sie. Sie erinnern sich vielleicht an meinen Muttertag post. Am vergangenen Wochenende meine Schwiegereltern zu Besuch waren uns für den Vatertag und viele der Diskussion beteiligt erzählen Nachrichten über die Tomaten-assoziierten Salmonellen Ausbrüche & Ausfragen der Familie Biologe (mir) zum Thema. Montagmorgen Ich wünschte, unser Haus seinen Gästen eine gute Heimreise & Dann überprüfte meine OpenHelix-Mail-Konto - eine E-Mail von Mary erzählt mir, sie habe nur ein Metagenomik Plakat in ihrer neuen Ausgabe bekommen Sie Nature Biotechnology. (Wir versuchen immer, den Anteil des Reichtums "miteinander, und euch zu, tatsächlich.) Das Poster kam mit ein Web-Adresse, denen ich natürlich ausgecheckt. Stellt sich heraus, ...

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Metagenomics machen die großen Zeiten (wie in NY)

Metagenomics, das ist wirklich eine neue Ära der Studie (kaum das letzte Jahrzehnt) im Vergleich zu den meisten biologischen Bereichen Forschung, ist bereits jetzt in die Mainstream-Presse. Die New York Times hat einen Artikel mit dem Titel gestern “Bakterien gedeihen in der Armbeuge, No Harm Done” (Sie benötigen eine kostenlose Registrierung zu lesen, dass). Der Artikel zitiert aus metagenomische Studien, dass unsere inneren Ellenbogen eine einzigartige Mikrobiom von Arten enthalten, zeigen auch im Vergleich zu unseren Oberarm, wenn es geht ein mehr in metagenomic Studien als nur das.. Da der Artikel besagt,:

Die Forschung ist Teil des menschlichen Mikrobiom Projekt, Mikrobiom Bedeutung der Entourage von allen Mikroben, die in Menschen leben.
Das Projekt ist ein ehrgeiziges staatlich finanzierten sich bemühen, die typischen Bakterienkolonien, dass jede Nische bewohnen im menschlichen Ökosystem Katalog.

Das wäre dieses Projekt. Der Artikel hat einen anständigen Job zu erklären, warum dieses Projektes ist es hilfreich,, aber nicht wirklich erklären, wie dieser Ansatz der Metagenomik unterschiedlich ist oder wie es gemacht wird (in der Tat, es sagt nie das Wort “Metagenomik“). Nun ja, kann nicht alles haben.

Für Ihre Erbauung: Es gibt letztjährigen Bericht “The New Science of Metagenomics” vom National Research Council (Sie lesen können kostenlose Online-, oder als ein Buch zu kaufen. Auch, Natürlich gibt es mindestens zwei umfangreiche Datenbanken metagenomische Daten, IMG / M (kostenlose Nachhilfestunde) und Kamera.