الوسم المحفوظات: metagenomics

Mason_JGI

تلميح فيديو للأسبوع: JGI user meeting videos, and MetaSUB

Mason JGIThis week’s Video Tip of the Week is actually a whole bunch of videos. Although I’ll highlight one here as our tip, there are many great talks from the recent JGI Genomics of Energy & Environment meeting. Although typically we focus on specific software tools for our tips, I think this is a nice case of also looking at the type of research done with the tools.

This is a nice example of how to make a meeting accessible for a lot of people as well, using multiple strategies. و video channel, a Storify, dropboxes of slides (أقل من), و agenda details can help you to decide what might be relevant for your work. مثلا, لقد تحدثنا عن عامل الميناء, but you can now see how it’s deployed by the folks who are talking about it here. There’s a talk with Phytozome. And much more.

For today I’ll highlight MetaSub as one of the projects from the Mason lab. The Mason lab has participated in projects you probably heard about in the media–including swabbing the NYC subway system. You can see that data at PathoMap. MetaSUB stands for a data collection effort coming up soon, the Metagenomics & Metadesign of Subways and Urban Biomes. A global swabbing festival of the 10 busiest subways in the world (including my own–I wonder if I can do the station in my neighborhood?), to get more geospatial metagenomics maps, find antimicrobial resistance markers, and look for new biosynthetic gene clusters. It will be held on June 21, 2016–the summer solstice. It will tell us way more about our urban environments than we currently know. Maybe too much. But it’s a great idea, sure to reveal things we don’t know about our lived environment right now.

And here are the slides for the talk, as promised in the video. Mason tweets them:

He seriously did get through those 138 slides in 30 دقائق. I was skeptical when I downloaded them before watching through them with the talk–but he really managed it. I was kind of out-of-breath just watching it.

He also talked about extreme environment sampling, و MetaPhlan2 و HUMAnN2 تحليل, in a later segment. The whole thing is an excellent and breezy discussion of real-world genomics and a lot of appealing stories that the public would connect with. They are also doing educational outreach with a HTGAA course (How To Grow Almost Anything). There some really fun stuff with the Gowanus canal (بجدية), and so much opportunity just hanging around in our cities. ولكن أيضا–what’s growing in space. They are working on space station mold. And astronauts–the NASA twins. They are also sending up a MinION (which they checked to see would work in microgravity–see paper below).

It was a very engaging talk. From an apparently very busy guy.

قبعة غيض:

وصلات سريعة:

PathoMap: http://www.pathomap.org/

MetaSUB: http://www.metasub.org/

المراجع:

Afshinnekoo, E., Meydan, C., شودري, س., Jaroudi, د., بوير, C., برنشتاين, ن., Maritz, ج., Reeves, د., Gandara, ج., Chhangawala, س., Ahsanuddin, س., Simmons, أ., Nessel, ت., Sundaresh, ب., Pereira, E., يورجنسن, E., Kolokotronis, س., Kirchberger, ن., جارسيا, I., Gandara, د., Dhanraj, س., Nawrin, ت., Saletore, Y., الكسندر, ن., Vijay, P., Hénaff, E., Zumbo, P., والش, م., O’Mullan, غ., Tighe, س., دادلي, ج., Dunaif, أ., Ennis, س., O’Halloran, E., Magalhaes, ت., Boone, ب., جونز, أ., Muth, ت., Paolantonio, ك., Alter, E., Schadt, E., Garbarino, ج., Prill, ر., Carlton, ج., ضريبة, س., & ميسون, C. (2015). Geospatial Resolution of Human and Bacterial Diversity with City-Scale Metagenomics Cell Systems, 1 (1), 72-87 دوى: 10.1016/j.cels.2015.01.001

Alexa B.R. McIntyre, Lindsay Rizzardi, Angela M Yu, Gail L. Rosen, Noah Alexander, Douglas J. Botkin, Kristen K. جون, Sarah L. Castro-Wallace, Aaron S. بيرتون, Andrew Feinberg, & Christopher E. ميسون (2015). Nanopore Sequencing in Microgravity bioRxiv دوى: 10.1101/032342

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include a range of tools and genomics studies, from microbial to planaria to salmon to humans, as usual–as well as some that are species-agnostic. Also stuff that is aimed at drug targets and pharmacology, including the Open Targets project Target Validation Platform. There’s a new DNA privacy bill under discussion in the US that I found interesting. أيضا–next Monday April 25 is #DNADay! Participate in community outreach with a number of strategies.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


 

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets offer both science and humor. I think people get a little punchy around the holidays/end of semester. There’s software for assembly, a bioinformatics network for African topics, bioethics of gene editing, cancer and personalized medicine, Dilbert comments on big data and health, interesting tools for open- and evidence-based medicine, microbiome concepts and a metagenomic journey. Most curious thing this week: the mouse poem constructed entirely from paper titles.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


تلميح فيديو للأسبوع: MetaPhlAn وغالاكسي

CPB طريق غالاكسي 2 من مشروع المجرة على فيميو.

لتحميل واستخدام أنواع البيانات و OpenHelix غالاكسي البرنامج التعليمي للحصول على دراية واجهة الاستخدام غالاكسي و.

يمكن أن يكون تحليل Metagenomics شاقة بعض الشيء في بعض الأحيان, ولكن هناك عدد لا بأس به من الأدوات هناك لمساعدة الباحث في تحليل. خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة في JGI لديها بعض أدوات ممتازة مثل IMG / M و IMG HMP M. (OpenHelix البرنامج التعليمي) وهناك غيرها من الأدوات الممتازة التي أقترح عليك تحقق من. QIIME هو أداة ممتازة أيضا.

ولكن ما سبق ليس في حد ذاته تعليمي metagenomics, بل هو بعض سكرينكست قصيرة عن كيفية استخدام واجهة غالاكسي لتحميل البيانات وأنواع البيانات. لماذا? لأن مجموعة ممتازة من أدوات أخرى لاستخدامها لتحليل metagenomic هو MetaPhlAn من المختبر Huttenhower في جامعة هارفارد.

أدوات MetaPhlan يمكن تحميلها واستخدامها 'حاليا', ولكن لديهم أيضا ممتازة واجهة المجرة إلى الأدوات. إذا كنت تمشي نفسك من خلال دروس MetaPhlAn على موقعهم, بما في ذلك على غالاكسي وحدة واحدة, بعد تعريف نفسك مع غالاكسي أعلاه, التي ينبغي أن تساعدك على البدء في تحليل بعض metagenomics ممتازة.

للحصول على المظهر من هذه الأدوات وغيرها من وسير العمل, قد ترغب في تصفح من خلال هذه الشريحة الممتازة تعيين من [سورا ساها, باحث مشارك في جامعة كورنيل, عن العام الماضي.

روابط سريعة:

المجرة

نقولا Segata, ليفي والدرون, أناليزا Ballarini, Vagheesh NARASIMHAS, أوليفييه Jousson & كورتيس Huttenhower (2012). Metagenomic التنميط المجتمع الميكروبية باستخدام فريدة من نوعها الجينات علامة كليد محددة طبيعة أساليب (9), 811-814 : doi:10.1038/nmeth.2066

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • هذه ليست فكرة سيئة. بوسطن خيال المهوس تورز. اعتدت على العمل من أجل خدمة بارك. هممم… RT @ YishaiKnobel: جولة رائعة ومحاضرة حول علم الجينوم في معهد واسع اليوم. واسع وينبغي أن تتحول إلى منطقة جذب سياحي بوسطن. [ماري]
  • RT @ BioCatalogue: فون BioCatalogue / باد التطبيق بواسطة manniet3 @ أصبح الآن خارج! http://bit.ly/p2tUQF الرجاء القيام دعونا نعرف رأيك. [ماري]
  • ويشمل KEGG, iPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, ميغان 4, HUMAnN: RT @ phylogenomics: مسح للأدوات التعمير الأيض لمجموعات البيانات Metagenomic »المعلوماتية الحيوية وKnowledgeblog http://shar.es/HK0U5 [ماري]
  • ندوة خاصة الاحتفال بالذكرى 40 للبروتين بنك المعلومات, أكتوبر 28 – 30, 2011, الربيع الباردة هاربور, NY – الموعد النهائي ملصق الملخص: آب / أغسطس 15 [جنيفر]
  • أوه نعم, بلز: RT @ علم المورثات الغذائية: مثل grapealope @ RT: المعلوماتية الحيوية ليست مجرد أدوات بناء. ونحن نعلم أدواتنا; يتعين علينا أن نستخدم لهم أولا. @ # atulbutte singularityu [ماري]
  • قهقه. لقد فعلت هذا مع العديد من الأنواع, ليس فقط النباتات… : @ Pcronald: عالم النبات يحمل ما يصل شريط سلطة بأكملها. http://onion.com/pojv2t [ماري]
  • RT @ wahwahnyc: على موقع PubMed الوسطى: الطبيب الشرعي: أداة آلية لتحليل مسار المرتكزة. BMC المعلوماتية الحيوية. http://1.usa.gov/oDyBpc [ماري]
  • تبحث عن بعض المرح العبقري غريب الأطوار? و الحادي والعشرين 1 حفلا سنويا حفل جائزة نوبل سيحدث الخميس, سبتمبر 29, 2011 والتذاكر للبيع الآن. لاحظ: “شرف الإيج جوائز نوبل للانجازات التي تأكد أولا الناس يضحكون, وثم جعلها تعتقد.” [جنيفر]
  • RT @ genetics_blog: . @ @ mendeley_com بلوس ودعوة للتطبيقات: http://bit.ly/oc2NGL و http://bit.ly/nHYqNa [ماري]
  • فقط رأيت هذا في أخبار حول طبيعة غوغل ومايكروسوفت: عمالقة الحوسبة إطلاق مقاييس العلم مجانا [جنيفر]
  • مختبر الشهرة, للعلوم وهندسة الاتصالات المنافسة – أنا لم المشاهدة رتيبا واحد حتى الآن… [جنيفر]

ما هو الجواب? فتح الموضوع

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

BIOSTAR مسألة أسبوع:

قائمة المشاريع المنجزة والمشاريع الجينوم metagenomics : إنني أبحث عن موقع على شبكة الانترنت / الشريحة / الرقم الذي تقدم قائمة أو إحصاءات من المشاريع المنجزة والمشاريع الجينوم metagenomics (اعتبارا من 2010). كما اشارت في وقت سابق في المناقشة BIOSTAR, GOLD توفر بعض الإحصاءات, ولكن فقط إلى 2009 وتتم فهرسة أي معلومات عن مشاريع metagenomics.

– بواسطة خضر Shameer

قدمت الإجابة عالية التصنيف وتحديد أعلى زوجين من الروابط التي سلمت بعض الروابط المفيدة لحقيقيات النوى, بدائيات النوى, وفضلا metagenomics. ولكنه كان أيضا التعديل على تقديم لائحة التهم الأنواع على مر السنين, والتي كانت مثيرة جدا للاهتمام العام لعرض عام للنمو (في معظم الحالات). راجع الأجوبة عن تفاصيل.

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم للتمتع الخاص بك…

Metagenomic الموارد من الاكاديمية الوطنية للعلوم

Father’s Day لست متأكدا كيف الآباء & وقد حصلت metagenomics متصلا بالنسبة لي, ولكن يبدو أنهم. لعلكم تتذكرون بلدي آخر يوم الأم. في نهاية الأسبوع الماضي بلدي الاصهار كانوا يزورون لنا لعيد الأب والكثير من المناقشة المعنية سرد القصص الإخبارية حول تفشي السالمونيلا المرتبطة الطماطم & استجواب في الأحياء الأسرة (أنا) حول هذا الموضوع. صباح اليوم الاثنين تمنيت ضيوف منزلنا منزل رحلة آمنة & ثم فحص حساب بريدي الإلكتروني OpenHelix -- العثور على رسالة بالبريد الالكتروني من ماري تقول لي إنها قد حصلت للتو ملصق metagenomics في قضية لها من جديد طبيعة التكنولوجيا الحيوية. (نحن نحاول دائما أن "تقاسم الثروة" مع بعضها البعض, وأيضا يا رفاق, فعلا.) جاء الملصق مع عنوان الويب, وأنا بالطبع سحبه. تبين ...

مواصلة القراءة

Metagenomics جعل تايمز كبيرة (كما هو الحال في نيويورك)

Metagenomics, وهو في الواقع مجالا جديدا للدراسة (بالكاد هذا العقد الأخير) بالمقارنة مع معظم المناطق البحوث البيولوجية, تبذل بالفعل في الصحافة السائدة. صحيفة نيويورك تايمز مقالا له بعنوان أمس “البكتيريا تزدهر في الكوع الداخلية, أي ضرر” (عليك ان تحصل على تسجيل مجاني لقراءة تلك). ونقلت المادة من الدراسات التي تبين أن metagenomic المرفقين قدراتنا الذاتية تحتوي على microbiome فريدة من الأنواع حتى بالمقارنة مع ذراعنا العلوي, على الرغم من أنه يذهب إلى مزيد من الدراسات metagenomic من ذلك تماما. كما تنص المادة:

هذا البحث هو جزء من مشروع microbiome الإنسان, microbiome معنى الوفد المرافق لجميع الميكروبات التي تعيش في الشعب.
مشروع طموح الحكومة تسعى الى تمويل التسويقي المستعمرات البكتيرية التي تعيش عادة في كل كوة في النظام الإيكولوجي الإنسان.

مانع أن يكون هذا المشروع. المقالة لا وظيفة لائقة لشرح لماذا هذا المشروع مفيد, ولكن لا يفسر حقا كيف لهذا النهج هو metagenomics مختلفة أو كيف يتم ذلك (في الواقع, انها تقول كلمة أبدا “metagenomics“). أوه جيدا, لا يمكن أن يكون كل شيء.

عن التنوير الخاص: هناك تقرير العام الماضي “هذا العلم الجديد من Metagenomics” من المجلس الوطني للبحوث (يمكنك أن تقرأ على الانترنت مجانا, أو شراء ككتاب. أيضا, بالطبع هناك اثنين على الأقل من قواعد بيانات واسعة من البيانات metagenomic, IMG / M (حرر التعليمي) و كاميرا.