태그 아카이브: 문학

주의 비디오 도움말: 출판물은 UCSC 게놈 브라우저에 추적

게놈 데이터베이스에있는 큰 것들이 있어요. 그리고 좋은 물건은 문학에있어. 때로는 둘 사이에 명확한 링크가 없습니다–굉장 큐레이터 소스 품질 정보로 최선을 다하고 있습니다, 그리고 가끔은 자동화된 프로세스를 도울 수. 물론 이죠, 흐르는 재능이있어 데이터베이스로 또 한가지 그걸 문학으로 만들어 진게 아니고 아직 완전하게 받았하지 않을 수 있습니다, 그 하늘과 땅 차이의 문제. 하지만이 둘을 합친 방법이 있었다면…. [특정 연령의 미국인이 올려다 깨지면서]


그러나 많은 사람들이 유용한 정보를위한 문학을 채굴 작업과 다른 방식으로 더 접근하고 있습니다, 뿐만 아니라 게놈 영역에 컨텍스트를 추가. 오늘 강조하고 프로젝트 그렇지 않으면.

작년 Elsevier에서 프로그램 데이터베이스와 소프트웨어 제공 업체와 다른 그들의 텍스트 코퍼스에 액세스할 수 있도록 시작, 및 구축 “애플 리케이션” 그것은 문학에 가치를 추가할. 우리는 여기서 그것에 대해 이야기 NCBI의 응용 프로그램의 맥락에서. 이 메커니즘을 사용, 당신은 또한 문학에 연결하여 게놈 데이터베이스에 가치를 추가할 수있는 직접. 그것은 어떤 새로운 출판물 추적 UCSC 게놈 브라우저합니까에서.

당신에게 링크에서 트랙 세부 사항에 대해 자세히 알아볼 수 있습니다 간행물 방문 페이지의. 하지만 트랙의 수석 개발자 최대 Haeussler에서 발표도 있었다, 그 전에 몇 가지 기능이 Biocurator 메일링리스트 와서, 저 여기에 인용 게요:

그룹에서 찾으십시오 “매핑 및 시퀀싱”, 이름 “출판물” 인간과 주요 모델 생물에 대한 UCSC 게놈 브라우저에서 (마우스, 파리, zebrafish, 등등). 그것은 현재 각국에서 채굴 데이터가 들어 있습니다 3 만 연구 기사, 주위 200K 논문에서 발견 시퀀스와.

그래서 백만 Elsevier 논문, PubMed 중앙 기사, (그리고 앞으로 더 많은 소스는 가능성이 높습니다) 시퀀스를 찾을 수 채굴되었습니다. 이러한 시퀀스는 게놈 시퀀스에 대해 blatted되었습니다. 일치도에 표시된되었습니다 UCSC 게놈 브라우저. 당신은 내가 아래에 연결되어 신문에서 전략에 대한 더 자세한 정보를 얻을 수, 및 간행물 트랙 페이지에서.

이게 무슨 굉장하다하면 관심의 게놈 영역을 볼 수있다는 것입니다, 다른 사람들이이 지역을 가​​로질러왔다면 이제 보니. 그들 중 일부는 당신이 알고있는 논문이 될 것입니다, 물론–하지만 해당 지역에 대한 새로운 통찰력을 동원해서 몰랐는데 다른 종이있을.

또한 Biocurator 편지에 맥스를보고 샘플 영역을 제공–여기에 대한 링크입니다. 예제를로드하는 데 그것을 클릭하고 주위를 둘러 봐:

다음 트랙이 EGF 유전자를 활성화하고 확대와 게놈 브라우저에 대한 링크입니다:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?clade=mammal&org=Human&db=hg19&position=chr4%3A110%2C820%2C483-110%2C937%2C564&pubs=pack&Submit=submit

내 동영상 팁에서는 그로 가서뿐만 아니라 트랙 세부하는 방법을 보여 주마. 당신 UCSC 게놈 브라우저의 기본 기능에 대한 자세한 내용은 필요가있다면 당신은 여기에서 다운 받으시면됩니다 스폰서 교육 자료를 볼 수 있습니다: http://openhelix.com/ucsc

당신이 할 수있는 다른 것은 추가입니다 “응용 프로그램” 엘스 비어에서 응용 프로그램의 개인 설정하는 방법은 SciVerse에 대한 액세스 권한이있는 경우. 그리고 당신은 시퀀스 데이터와 문서에 자신을 찾을 때, 당신은 UCSC에 가서 거기서부터 클릭하실 수 있습니다. 제니퍼 설명 우리의 응용 프로그램을 위해 그것을 수행하는 방법, 당신은뿐만 아니라이 UCSC 응용 프로그램을 추가하려고한다면 과정이 유사 될. 당신은 찾을 수 여기 UCSC 응용 프로그램을 추가, 그리고 그들과 함께 당신을 추가할 수 여기 OpenHelix 응용 ;) . 저자가 언급하는 데이터베이스와 소프트웨어에 대한 텍스트로하나요 될, 당신 UCSC 게놈 브라우저와 같은 리소스를 사용하는 방법을 배울 수 있도록 훈련으로 연결됩니다.

특별주의: 맥스와 그의 팀은이 새로운 트랙에 대한 의견에 대한 열망이다–딱 맞는 것은없는 뭔가가있다면, 다른 측면이 있는지 아니면 볼 수도 있습니다. 그는 버그 리포트에 좋아요 (나도 알아, 좀 보내): 심각하고 뿌리 그들을 그들 걸립니다! 어떤 건설적인 의견을 가지고있다면 나는 그가보고 싶었을 뿐이오 거라고 확신해. 그는 연락처 간행물 트랙 페이지에 대한 정보뿐만 아니라이. 그리고 그는 내 버그 사냥에 대한 보답으로 여기에없는 완전히 있는데 아무것도 수정할 수 :)

주 10 월 편집 25, 2013: 이 비디오시, 게시 트랙은 다른 곳에 있었다, 하지만 지금은 자신의에서 찾을 수 있습니다 “문학” 그룹을 추적. 사이 찾는다 “유전자와 유전자 예측” 및 “발현 및 ESTS”.

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빠른 링크:

출판물은 인간에 대한 세부 정보 페이지 추적 UCSC의 게놈 브라우저에서: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=278356441&c=chr4&g=pubs

UCSC 게놈은 SciVerse에서 응용 프로그램과 일치 –당신의 문학 탐색을 보완하기 위하여 그것을 추가: http://bit.ly/Netpka

UCSC 게놈 브라우저 소개 훈련: http://openhelix.com/ucsc

OpenHelix SciVerse 응용 프로그램 설명: http://bit.ly/xtGcco

참조:

Haeussler, 엠, Gerner, 엠, & 버그먼, C 조. (2011). 생물 의학 기사에서 추출한 DNA 시퀀스와 유전자와 genomes을 주석 생물 정보학, 27 (7), 980-986 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/btr043

주의 비디오 도움말: eGIFT, 텍스트에서 유전자 정보를 추출


eGIFT, 태그 라인은 말합로, 텍스트에서 유전자 정보를 추출하기위한 도구입니다. 그것은 당신이 유전자의 유전자 나 설정에 관련된 용어 및 문서를 검색하고 탐색 할 수 있도록하는 도구입니다. eGIFT를 검색하고 탐색하는 방법에는 여러 가지가 있습니다, 특정 용어 주어진 유전자 발견, 유전자의 집합보다 관련된 용어를 찾을 수. 어떻게 도구 일을할까요? 넌 할 수 사용자 가이드를 체크 아웃 자세한 내용을 찾는 방법, 하지만 여기서 사이트의 간단한 요약입니다:

우리는 PubMed 참고 자료보고 (제목과 초록), 주어진 유전자에 초점을 그 레퍼런스를 수집, 자동으로 통계적으로 일반적인 유전자에 이상이 유전자와 관련이있을 가능성이 더 높습 검색어를 식별. 특정 사이의 관계를 이해하기 위해 기간 및 특정 유전자, 우리는 사용자가 언급 된 모든 문장을 볼 수 있습니다 학기, 뿐만 아니라 이러한 문장이 추출되었다있는 초록.

이 도구는 함께 넣어 방식에 대한 자세한 내용과 계산이 개입하기, 당신이 그것에 대해 BMC 생물 정보학의 간행물을에서 확인할 수 있습니다 2010, eGIFT: 문학에서 마이닝 유전자 정보.

하지만, 오늘, 사이트 및 금주의 오늘의 팁에서 할 수있는 것들을 몇 가지 둘러보기.

관련 링크:
eGIFT
PubMed (튜토리얼)
XplorMed (튜토리얼)
문학 & 텍스트 마이닝 자원 자습서

튜더 왕가, C., 슈미트, C., & 비제이-Shanker, C 조. (2010). eGIFT: 문학에서 마이닝 유전자 정보 BMC는 생물 정보학, 11 (1) 간접 자원부: 10.1186/1471-2105-11-418

금주의 비디오 팁: SciVerse에 OpenHelix 응용 연구를 확장


우리는 모든 토론을 봤어요 – 트위터에, 저널에, 장소의 많은 – 수집하는 방법에 대한, 저장, 하고 생성되며 모든 데이터를 찾을 수 및 사용. 여기에서 OpenHelix 우리는 크게 underutilized되고 bioscience 데이터의 금광이있다는 것을 믿고, 우리의 목표는 연구자 데이터는 더 접근할 수 있도록 돕는 것입니다, 임상, 사서, 학생들이 과학에 관심이 다른 사람.

우리는 다양한 방법으로 우리의 목표에 가서, 포함: 그것이 블로그를 매주 도움말, 답변 및 기타 소식; 우리와 함께 온라인 튜토리얼 자료 이상에 100 다른 생물 학적 데이터베이스와 자원; 우리와 함께 생활 교육, 이 중 많은 등 UCSC 게놈 브라우저 그룹으로 리소스 공급자에 의해 후원.

오늘의 팁은 필자는 우리의 노력의 또 다른 하나를 소개합니다 “연구를 확장” 우리가 설계되는 당신에게 OpenHelix 애플 리케이션의 살짝 보여주으로 SciVerse 플랫폼, 어떤 엘스 비어과 같이 설명하고있다 “과학자의 생산성을 개선하고 연구 과정에서 그들을 돕기 위해 워크플로우 솔루션을 제공 생태계”. 이 응용 프로그램은, 우리가 기차하는 데이터베이스 이름 또는 URL에 대한 저널 기사를 ScienceDirect 검색, 다음 응용 프로그램의 윈도우에서 같은 리소스 목록이 표시됩니다. 연구원이 리소스를 사용하는 방법에 대한 연구 문서에서 우리의 훈련에 가서이 목록을 사용할 수 있습니다, 과 자원 자체에. 우리는 통합의 유형 쉽게 찾을 수 있도록하여 연구를 연장 도움이 될 것입니다 생각, 종이와 관련된 데이터를 액세스 및 사용. 당신은 ScienceDirect를 통해 기사에 액세스할 수있는 경우, 그리고 당신은 우리의 응용 프로그램을 시도, 여기에 의견을 주시기 바랍니다 & 우리는 당신이 생각하는 무슨 알려, 또는 미래의 개선을 제안. 또한 당신은 애플 리케이션 갤러리 그것을 검토 고려할 수. 고마워!

빠른 링크:

SciVerse 허브 http://www.hub.sciverse.com

SciVerse 응용 프로그램 갤러리 http://www.applications.sciverse.com

OpenHelix SciVerse 응용 프로그램 설명 http://bit.ly/xtGcco

참고 문헌:
참조 도움말에 표시 (필수 가입): Mortensen, 반장님, & Euling, S. (2011). 21 세기의 환경 화학적 위험 평가에 대한 인간의 유전 자화율을 특징으로 기계론의 및 다형성 데이터를 통합 독성 및 응용 약리학 간접 자원부: 10.1016/j.taap.2011.01.015

OpenHelix 참조 (PMC에서 무료 여기에): 윌리엄스, 제이, 망간, 엠, Perreault - Micale, C., 선반, 미국, Sirohi, 북아 일, & 선반, 에. (2010). OpenHelix: 다른 상자의 외부 생물 정보학 교육 생물 정보학에 브리핑, 11 (6), 598-609 간접 자원부: 10.1093/bib/bbq026

SciVerse 참조 (필수 가입): Bengtson, Kokocinski. (2011). SciVerse ScienceDirect를 통하여: Elsevier을 접근하는 새로운 방법 분기별 의료 레퍼런스 서비스, 30 (1), 42-49 간접 자원부: 10.1080/02763869.2011.541346

새로운 기능, 연구 자료, OpenHelix 사이트

당신이로 가면 OpenHelix 홈 페이지, 당신은 약간의 차이를 확인하기 시작. 우리 튜토리얼 방문 페이지는 추가된 새 기능을 가지고. 우리는 지금 BioMed 중앙 저널에서 가장 최근의 연구를 보여주는 각 방문 페이지에 대한 섹션을. 예를 들어, 여기 스크린샷은 우리입니다 GeneMANIA 튜토리얼 스위트. 왼쪽 하단에서 당신을 볼 거예요 5 사용한 가장 최근의 연구 관련 기사 GeneMANIA 부터 BioMed 중앙 연구 저널의 카탈로그. 이 자원을 사용하여 수행됩니다 리소스가 어떤 종류의 데이터의 아이디어와 연구를 얻기 위해 사용자에게 도움이 될 것입니다. 이것은 또한 사용 될 수있는 다른 리소스를 찾을 수있는 도움이 될 것입니다 (종종 관련 - 리소스가 관심의 자원과 함께 언급한 것입니다).

이것은 우리가 알고 연구자의 능력을 향상시키는 방문 페이지에 추가할 수 있도록 노력하겠습니다 새로운 기능 일련의 시작입니다 모든 사람들이 그들에게 사용할 수있는 데이터 및 도구에 대한 수. 우리는 추가됩니다 “최근 비디오 도움말” 섹션 추가.

그리고, 당신은 연구 문헌의 게시자와의 최근 연구 목록을하려는 경우’ 귀하의 저널이 방문 페이지에 같은 (기사의 전체 내용에 액세스해야합니다), 연락 주시기 바랍니다 우리는 귀하의 저널의 이익을 위해 이렇게하는 당신과 함께 일해보고 싶어요, 자원, 연구자 및 예, OpenHelix :).

유지하고 확장하기 위해 지속적인 노력의 일환으로 우리 검색 데이터베이스 엔진, 우리 자습서, 블로그 더, 당신은 또한 우리의 사이트에 광고를 추가했습니다 통지합니다. 광고는 최고의 배너 광고 아르, 사이드 스카이 스크래퍼 광고 및 자습서 방문 페이지에 작은 광고. 그들이 당신을 관심하는 경우 다음과 후원자를 보는보십시오. 광고는 다음과 같은 후원 자습서에되지 않습니다 UCSC 게놈 브라우저 GDP는, 및 기타, 이나 그들이 자습서의 카탈로그에있는 가입자에 대해 표시됩니다.

그것이 공개 사용할 수 있도록 당신이 자습서를 후원하고자하는 경우, 이 도구의 개발자 또는 회사 여부, 기회에 대한 정보를 문의하시기 바랍니다 연구자의 다수 교육 및 복지를 위해.

또한, 우리가 공개하는 십여 후원 튜토리얼을 가지고 있지만, 우리는 있지 이상의 큰 카탈로그 90 구독되는 추가 자습서. 당신의 수개인 이러한 액세스하는 ubscribe, 부서 또는 기관.

 

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

금주의 팁: Word에서 추가 기능에서는 온톨로지에 대한 인식

난 당신이 내가 연구자 및 보편적으로 정확하게 검색할 수의 방법을 자신의 데이터와 출판물을 제시 도움이 될 것 도구를 인식하고 싶지 오늘의 팁 있음. 나는 자원 배웠 (UCSDBioLit) 를 통해 문서 내 최근 중 하나에 BioMed 중앙 기사 알림 이메일. 이 리소스는 저작자들이 서류 기입 명을 XML 태그와 접속 자신의 출판물을 표시하실 수 있습니다. 이것은 그들의 연구의 검색보다 빠르고 정확하고 의미있게.

과학에 큰 문제는 오늘 신속 정확하게하려면 방대한 문학 자료를 검색하고 효율적으로 귀하가 관심있는 데이터를 찾을 수있는 능력입니다. OpenHelix 여기에서 우리는 효과적으로있는 방법에 초점을 효율적으로 공공 데이터베이스와 리소스 정보를 얻을, 그러나 절차의 다른 끝에있는 자원으로 큐레이터로 과학적 지식에 대한 능력입니다. 우리가 추천해야 biocurators 그리고 그들은 여러 번에서 할 그 경이로운 작품 과거, 하지만 그것은 결코 끝이 매우 노동 집약적인 작업이 될 수있다. 그것은 종종 현장의 문학의 초기 triaging을 포함, 자동 정보 수집의 일부 수준, 다음 리소스에서 과학자의 부품에 대한주의 매뉴얼 노력 수집하고 자신들의 사이트를 통해 정보를 제시. 나는 개인적인 경험에서 알고 신문을 읽고하는 과정, 저자와 연구 내용을 명확히, 그리고 저자의 만족에 그 정보를 제시 될 수있는 매우 긴 & 노동 집약적인 공정, 모두 관장하고 원래 작성자.

수년이되었습니다 토론 '전문가의 curation의’ 에 어느 전문가 필드 저자 검토하거나 요약 페이지에서 리소스에, jamborees 또는 지역 사회 curation, 등등. 그리고 이러한 노력의 여러부터 과일하려고 애썼던, 하지만 일반적인 참여 부족. 하지만 전문가의 연구에 더 이상 누구인지 저자 자신 이외의 출판되는? 저자 / 발행 과정에서 자신의 서류를 마르크 것이있다면, 뿐만 아니라 그들은 그것이 정확한 것이라고하지만 그들이 특정 리소스를 통해 자신의 연구가 보편 searchability에 필요한 지체없이 검색할 수 있도록 도움이 될 안심 수. 지금까지 문서 마크 업이 쉬운 과정 않았다되고 크게 노력을 들일만한 '이없는 것으로 간주되었습니다’ 그것과 관련 속성 / 인식의 수준에 대한.

BioMed 중앙 문서에서는 이러한 문제의 많은 요약한과 토론의 멋진 작업을 수행. 그것은 많은 노력과 자원을 인용, 그들의 동기를 부여하고 그들의 소프트웨어의 구현 설명. 도구의 좋은 기능이있다는 것을는 상호 운용성 기능, 그리고 진짜 약속 실천의 기존 표준을 준수하는. 이 문서는 또한 검색 및 문학 출판 의미적 관련된 다른 그룹의 리소스 주소의 부록을 제시. 나는 특히 신문에서이 인용 좋아:

Word는 - 여기에 지역 사회의 기준을 사용하여이 노력과 문서의 작성자가 가능함으로써 개발자에게 도움을 줄 것입 수여 추가하기, 콘텐츠에 절대 전문가, 그리고 제작 과정에서 이렇게하려면 원래의 소스 문서에이 정보를 제공하는.

당신은 또한 SciVee든지이 도구를 사용하는 방법에 대한 간략한 자습서를 찾을 수 있습니다: Word에서 추가 기능 온톨로지 인식 자습서 (1 의 4): 를 설치 프로세스

참고로, 문학 - Up 및 활성화 현재 활성 영역 아르 마르크 – 마리아는 또 다른 발견 문학 처리 리소스종이 뿐만 아니라: 팁 체크 아웃, 기사 & 도구. 당신은 무엇을 발견 / 생각 말해. 고마워! (오하이오, 그리고 해피 세인트. 패티 대답을거야!)

UCSDBioLit 참조:
ResearchBlogging.org
밀고자, 제이, Fernicola, 추신, Chandran, 기철, Parastatidis, 미국, 걸어서 건너다, 대답 :, Naim, 오, 퀸, 샷, & 목적지, 피. (2010). Word에서 추가 기능을 존재론에 대한 인식: 과학 문학의 의미 농축 BMC는 생물 정보학, 11 (1) 간접 자원부: 10.1186/1471-2105-11-103

금주의 팁: 관리 & Mendeley와 공유 참조

이번주의 팁 약간 오프 토픽입니다 (게놈에서와 마찬가지로 데이터베이스), 하지만 과학 / 생물학 관련 뭔가 우리 모두가 필요합니다. 참조 관리 소프트웨어의 가능성이 많이 EndNote 것 밖에 없습니다, 멋진 웹 2.0 같은 소셜 네트워킹 사이트 Connotea (자연 게시) 및 CiteULike (뛰는 사람) 일부 PDF 파일 관리 도구. Mendeley 되고 싶다고 세. 내가 생각 많이 좋아해. 대신 살림 2 또는 3 별도의 응용 프로그램, 데스크톱 및 / 또는 웹, 등등, 당신이 그들을 지배 하나. 물론 EndNote은 EndNote 웹을 가지고의, 하지만 무료 아니에요 (Mendeley은 무료입니다, 그리고 그들은 지금 제공하는 기능을 무료로 유지됩니다. 그들은 수수료와 나중에 전문적인 사용자를 위해 새로운 기능을 제공합니다). 당신은 Connotea과 CiteULIke에 대한 참조를 내보낼 수 있습니다, 하지만 여분의 성가 단계. Mendeley와 내 첫 경험은 아주 긍정적인되었습니다, 그래서 내가 여기 당신에게 소개를 줄 알았는데.

임팩트 팩터

나는을 고려 기억 “에mpact 계수” 연구 논문을 제출 저널, 내가 게시된 특정 신문의 영향 요인 호기심 나가 무엇인지 궁금. 하지 특히​​ 심각, 내 분야가 내 박사 충분한 좁은되었습니다. 도 고려해야 할 몇 저널있었습니다 연구되는, 그래서 선택 일반적으로 아주 간단했습니다. 및 개인 기사, 내가 알고 꽤 확신 4 제 연구에 관심 내 연구실 밖의 세상 사람 (나는 농담, 조금). 내 postdoc하는 동안, 내 PI는 기사에 따라 아주 좋은 선택 저널되었다, 저널의 관객… 및 영향 인자.

측정 영향 인자하지만, 그것의 문제가있다 (제 수준 통계 및 학술 충격의 진화, Neylon 및 우. PLoS Biol 7: e1000242), 및 저널 더욱 개별 기사의 영향을 측정하기 위해 검색은 항상있다, 최소한 다르게. 음, 내가 좋아하는 과학 사이트 중 하나 나의 마음에 드는 저널 출판사 중 하나 ResearchBlogging.org 및 PLoS, 저널 기사의 영향을 측정하기 위해 함께 일한. PLoS 통계 많습니다 어떤 '영향을 볼 수’ 기사는 수도의, 그리고 지금 그들은했습니다 메트 릭을 추가 그것이 같은 블로그 수집기를 사용하는 블로그에 대해 쓴 지 얼마나 여러 번 볼 수 Postgenomic, 블로그 라인과 자연의 블로그, 그리고 지금 ResearchBlogging.

다른 블로그 수집기가 반드시 기사의 과학을 토론 기사를 데리러되지 반면 때문에 특별히 ResearchBlogging와 파트너십을 같이 (Postgenomic) 아니면 거기서 과학만 블로그의 하위 집합을 집계 (자연의 블로그), ResearchBlogging 특히 피어 리뷰 기사의 연구를 토론 블로그 게시물입니다.

물론 서로 다른 두 문서를 비교하려면이 특히 유용하지 (최고의 기사는 늘 기록되지 않습니다, 그리고하는 이들은 블로그 수집기에 없을 수도), 하지만이 대화 계속하여 연구 주제에 대해 깊이 파고에 좋은 방법 것입니다 생각하십니까.

당신은 어떤 문서의 PLoS에서 그 통계를 볼 수 있습니다, 예를에 대한 제가 위에 링크를 한, 를 클릭하십시오 “메트릭” 탭, 당신이 표제를 볼 때까지 조금 아래로 스크롤 “블로그 범위.” 그 기사에 대한, 두 개의 ResearchBlogging 게시물을 볼 수 (이 글을 작성 등), 통계에 대해 본 논문에 대한 통계 :).

금주의 팁: 우화, 인간의 유전자에 문학 텍스트 마이닝

fable_thumb 주 중 몇 사람은 우리에 대해 당신에게 일주일의 팁을 가져 전 잘라의 CNV 데이터베이스. 또한 그 데이터베이스를 가지고 같은 사람은 어떻게 우화 (빠른 자동 의치 문학 추출), 문학 마이닝 도구. 이 도구는 직접 키워드 검색에 관련된 인간의 유전자를 발견하고 그 유전자에 대한 문헌을 찾을 수있는 고급 알고리즘을 사용하여. 이 도구는 몇 가지 좋은 기능을 가지고 있으며, 신속하게 그 유전자의 문헌을 찾을 수있는 좋은 방법입니다. 오늘의 팁이 도구에 당신에게 빠른 소개를 줄 것이다.

(다시)자금 II에 데이터베이스

ResearchBlogging.org그래서, 내가 쓴 defunding 자원 그리고 잠깐의 종이를 언급 데이터베이스 에 대해 자금 (또는 're'funding) 데이터베이스 및 리소스. 난 더 이상이 좀 의논하고 싶은데요. 종이, 로 찬드라와. al, 설명하는 방법 데이터베이스 및, 그들의 용어를 사용하는, 생물학 정보 센터 (BRCs) 재정적인 생존을 유지하는 아르.

가자 먼저 상태, 나는 완전히 그들의 전제에 동의, 해당 데이터베이스와 리소스가 필수적이되었습니다. 의 이전 모델 “실험 결과의 출판 및 reated 연구 자료의 공유” 연장해야. 그들은 상태로:

그것은 출판의 전통적인 방식을 통해 데이터를 공유할 수 있지만 더 이상 적합, 및, 특히 높은 처리량과 함께 ('-omics) 기술, 데이터 세트를 공유하는 같은 공공 데이터베이스에 제출 긴 핵산 및 단백질 서열 데이터의 경우왔다 필요.

저자 상태, 사실로, 대부분의 생물 학적 데이터베이스에 대한 금융 모델 (우리는 존재하는 수천 소리), 종종이되었습니다 3-5 개발 기금 년, 그 한번이 부족, 인프라는 다른 소스에서 지원해야. 사실, 이 같은 데이터베이스의 defunding로 연결했다 테어VBRC (그리고 많은 다른), 바꾸어 놓을 수없는 데이터 및 도구를 사용하여 우수한 자원, 그 다음 자금 인프라의 상당한 비용과 지속적인 발전을 유지하기 위해 자금을 찾을 수 투쟁해야합니다.

과학 연구의 요구, 열린, 공유 데이터, 이러한 데이터베이스의 공개 자연을 유지 자금 모델이 필요. 때문에 문제를 그들은 상태로:

면, 재정적인 이유, BRCs는 sceintfic 연구와 산업의 deamnds의 요구 사항을 충족 조건 하에서 자신의 작업을 수행할 수 없습니다, 과학자들은 어느 귀중한 정보 두 가지 결과를 분실 또는 동쪽에서와 엄격하게 상업적인 환경에 전송되는 표시됩니다: (에) 이 정보 및 / 또는 높은 비용에 대한 접근의 봉쇄와 (II에) 가까운 미래에 대한 데이터 및 기술 이전에 대한 potentioal 손실. 두 경우 모두 과학 및 광범위한 지역 사회 모두에 효과가 해로운 것입니다.

다시, 나도 동감이야.

그들은 무료로 이용할 수 있어요 이익에 대한 연회비 및 학술 연구자를 지불 민간 - 공공 이중 계층 시스템을 포함하는 공개 데이터베이스의 가능성을 유지하기 위해 몇 가지 해결책을 논의. 그들은 Uniprot를 언급, 이것은 이상의 10 년 전 자금 위기를 받았습니다, 예를 들어. Uniprot (다음 Swissprot) 공공 자금 지원을 완료 돌아 갔죠 2002. 이러한 모델 자체 기금을하려고 몇 가지 다른 데이터베이스는 여전히있다. BioBase는 여러 데이터베이스가 접혀있다 하나입니다. TransFac은 하나입니다. 있다 무료, 기능 제한, 버전 그 유전자 regulation.com와 학계를 통해 사용할 수 있습니다 가입 풀러 버전BioBase. 이 전 버전은 일부 데이터를 공유할 수 있습니다, 하나는에서 볼 수로 보기 또는 UCSC. 나는 BioBase의 재정 및 기타 유사한 모델에 대해서는 모릅니다 오전, 나는 몇 가지에 대해 작동한다고 가정, 하지만 많은 유용한 데이터베이스와 자원이 방법을 유지하기 위해 하드 누를 것이라고 저자에 동의.

다른 가능성은 완전히 하나의 공공 기관 자금 조달 메커니즘에 따라 데이터베이스를 포함 포함. 의 여러 데이터베이스 NCBIEIB 이 모델에 맞는. 사실, 도있다 자원의 최근 사건은이 모델에 통합되고 NCBI에서. 다시, 어떤이 작품, 전부는 아니지만 유용한 리소스.

대부분은 자신들의 데이터베이스를 자금에 대한 변수 방법을 찾아야만합니다. 이렇게의 중요성을 고려, 그것은 가능한 모델이 발견되는 필수적입니다. 저자 거부, 즉석에서, 광고. 그들은 언급으로, 대부분의 광고주들은 최소한의 가시없이 웹사이트 광고에 그려지지 않습니다 10,000 한달 방문자. 이 몇 가지 진실이있을 수 있습니다 (그리고 그들은 그것을 백업할 것을 사용 인용 참조를 읽을 필요가).

그러나 그들이 제안하는 다음 모델은 같은 단점을 가지고 나에게 보인다. 이 모델에서는, 데이터베이스 또는 자원은 핵심 역량의 '협력을 얻을 수 있습니다.’ 그들이 인용 예제입니다 MMdb (와 혼동되지 않을 MMDB). 이 가상 돌연변이 마우스 저장소에 직접 평가판 링크를 제공합니다 Invitrogen 그것의 유전자 정보를 제품 페이지로. 그들은 언급하지만 그 6 기업이 접근했다, 단 하나 응답. 그것은이 모델이 직접 광고를 판매와 같은 문제를 가지고 보이는군요.

그들은 또한 언급되는, 적어도 마우스 기능 유전체학의 연구 커뮤니티를위한, “기관 기금” 장기적인 생존 능력과 오픈 액세스를위한 최고의 솔루션을 보인다. 불행하게도, NIH와 EMBL 같은 기관이 데이터베이스를 기금 기꺼이 또는 수있을 때까지, 나는 해결책을 전부에요 그게 아니 더군요.

그들은 신문에서 언급으로, 생성되는 데이터의 금액과 종류의 성장 속도가 기하 급수입니다. 나는 생성된 모든 데이터를 공개하고 자유롭게 액세스할 수 유지될 수 있도록 정부 또는 기관의 자금이 재정적 인프라가 유지하는 데 필요한 주택까지 유지하고 추가로 이러한 데이터베이스를 개발할 수 있는지 아니에요.

정보는 무료로해야합니다, 하지만 불행히도 그것은 비용없이하지 않습니다. 그것은이 빠르게 성장 게놈 세계에서 전개 데이터베이스와 자원의 자금 지원 방식을 볼 수 재미있을 것입니다 (그리고 필수 우리는 솔루션을 알아낼).

추신: 개인적인 쪽지, 저자는 자신의 자원을 사용, 에마 (유럽​​ 마우스 돌연변이 아카이브), 신문에서 예로. 나는 내 딸 이름부터 이름을 같이, 하지만 그냥갑니다 이름이 파도에 온 것을 증명. 우리는 몇 가지 우리 딸 생각이 같은 자신의 딸 이름을 것이라는. 심지어 데이터베이스는 동일한 이름의 이름을 때, 당신은 상황이 아니라는 걸 알고.

Chandras, C., 짜는 사람, 토니, Zouberakis, 엠, 스매들리, 디, Schughart, 사장님, 로젠탈, 북아 일, 핸콕, 제이, Kollias, 샷, 쇼필드, 추신, & Aidinis, 에. (2009). 생물 학적 데이터베이스와 자원의 경제적 지속 가능성을위한 모델 데이터베이스, 2009 간접 자원부: 10.1093/database/bap017