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Astuce Vidéo de la semaine: Publications suivre dans UCSC Genome Browser

Il ya des choses beaucoup dans les bases de données génomiques. Et il ya des choses beaucoup dans la littérature. Parfois, il ya des liens clairs entre les deux–conservateurs impressionnants travailler dur pour l'information de qualité source de, et parfois des processus automatisés peuvent aider. Bien sûr,, il ya aussi des tonnes de trucs qui se jettent dans les bases de données qui est pas fait dans la littérature encore et ne peut jamais en pleine, et c'est nother ensemble «question. Mais que faire si il y avait un moyen de les mettre ensemble…. [Américains d'un certain âge qui se fissure jusqu'à à ce]


Mais beaucoup de gens travaillent sur l'exploitation minière de la littérature pour obtenir des informations utiles et de le rendre plus accessible par d'autres moyens, ainsi que l'ajout contexte d'une région génomique. Le projet sur lequel je soulignant aujourd'hui exactement ce que fait.

L'an dernier, un programme d'Elsevier a commencé à permettre aux fournisseurs de bases de données et de logiciels et d'autres d'avoir accès à leur corpus de textes, et de construire “apps” qui apportent une valeur à la littérature. Nous en avons parlé ici dans le cadre de app NCBI. Grâce à ce mécanisme, vous pouvez également ajouter de la valeur aux bases de données du génome par un lien vers la littérature directement. C'est ce que le nouveau Publications suivre dans le Genome Browser UCSC ne.

Vous pouvez en apprendre davantage sur les détails de piste à partir du lien à un Page de destination Publications. Mais il y avait aussi une annonce de développeur en chef Max Haeussler de la piste, qui est venu sur la liste de diffusion Biocurator avec quelques fonctionnalités, Je vais citer ici que les:

Cherchez-le dans le groupe “La cartographie et de séquençage”, Nom “les publications” sur le navigateur du génome UCSC pour les organismes de l'homme et du modèle majeur (la souris, volée, le poisson-zèbre, etc). Il contient actuellement des données extraites du monde 3 million d'articles de recherche, avec des séquences trouvées dans près 200k documents.

Alors millions d'Elsevier papiers, PubMed Central articles, (et plus de sources à venir sont susceptibles) ont été extraites de trouver des séquences. Ces séquences ont été blatted contre les séquences du génome. Correspondances ont été indiqués sur le UCSC Genome Browser. Vous pouvez obtenir plus de détails sur la stratégie de la communication, je suis lié à ci-dessous, et sur la page Publications piste.

Ce qui est cool à ce sujet est que vous pouvez regarder vos régions génomiques d'intérêt, et maintenant voir si d'autres sont venus à travers cette région. Certains d'entre eux seront des documents que vous connaissez, bien sûr–mais il pourrait y avoir d'autres documents vous ne saviez pas qui pourrait apporter de nouvelles idées au sujet de cette région.

Toujours dans la lettre Biocurator Max offert une région échantillon à examiner–voici le lien pour que. Cliquez sur ce bouton pour charger l'exemple et regardez autour de:

Voici un lien vers le navigateur du génome avec la piste activée et zoom de la gène de l'EGF:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?clade=mammal&org=Human&db=hg19&position=chr4%3A110%2C820%2C483-110%2C937%2C564&pubs=pack&Submit=submit

Dans mon bout vidéo je vais vous montrer comment se rendre à cela et les détails des pistes, ainsi. Si vous avez besoin d'en savoir plus sur les fonctions de base de l'UCSC Genome Browser, vous pouvez consulter les documents disponibles gratuitement sur cette formation parrainées par ici: http://openhelix.com/ucsc

L'autre chose que vous pouvez faire est d'ajouter le “app” chez Elsevier à votre propre ensemble d'applications si vous avez accès à SciVerse. Et quand vous vous trouvez dans un article avec les données de séquence, vous serez en mesure de cliquer à partir de ce pour aller à UCSC. Jennifer décrit comment faire pour notre application, mais le processus serait semblable si vous voulez ajouter cette application UCSC ainsi. Vous pouvez trouver et ajouter l'application UCSC ici, et pendant que vous y êtes, vous pouvez ajouter l' OpenHelix application ici ;) . Ce sera le mien le texte pour les bases de données et de logiciels que les auteurs mentionnent, et vous lier à la formation afin que vous puissiez apprendre à utiliser les ressources comme l'UCSC Genome Browser.

Note spéciale: Max et son équipe sont avides de commentaires sur cette nouvelle piste–s'il ya quelque chose de pas tout à fait raison, ou s'il ya d'autres aspects que vous aimeriez voir. Il est génial sur les rapports de bogues (Je sais, J'ai envoyé un certain): les prend au sérieux et les racines sur! Et si vous avez des pensées constructives, je suis sûr qu'il va trouver pour un coup d'oeil. Il a des infos de contact sur la page Publications piste ainsi. Et il peut corriger tout ce que j'ai eu pas entièrement ici en retour de mon chasse aux bugs :)

Modification de la note Octobre 25, 2013: Au moment de cette vidéo, la piste des publications était situé ailleurs, mais il se trouve maintenant dans sa propre “Littérature” groupe suivre. Cherchez-le entre “Les gènes et les prédictions de gènes” et “ARNm et TER”.

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Liens rapides:

Publications Suivre la page de détails pour l'homme sur UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=278356441&c=chr4&g=pubs

UCSC Genome Matchs application à SciVerse –l'ajouter à compléter votre navigation littérature: http://bit.ly/Netpka

UCSC Genome Browser Intro de formation: http://openhelix.com/ucsc

OpenHelix SciVerse App description: http://bit.ly/xtGcco

Référence:

Haeussler, M., Gerner, M., & Bergman, C. (2011). Annotation des gènes et des génomes avec des séquences d'ADN extraits à partir d'articles biomédicaux Bio-informatique, 27 (7), 980-986 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr043

Astuce Vidéo de la semaine: eGIFT, extraire des informations à partir du gène de texte


eGIFT, que le slogan dit, est un outil pour extraire des informations à partir du gène de texte. C'est un outil qui vous permet de rechercher et d'explorer les modalités et les documents relatifs à un gène ou ensemble de gènes. Il ya plusieurs façons de rechercher et d'explorer eGIFT, trouver des gènes donnés un terme spécifique, trouver des termes liés à un ensemble de gènes et plus. Comment ne l'outil le faire? Vous pouvez consultez le guide de l'utilisateur pour en savoir plus, mais voici un bref résumé sur le site:

Nous regardons les références PubMed (titres et des résumés), recueillir ces références qui mettent l'accent sur le gène donné, et identifier automatiquement les termes qui sont statistiquement plus susceptibles d'être pertinents pour ce gène que de gènes en général. Afin de comprendre la relation entre un particulier iTerme et le gène donné, nous permettons aux utilisateurs de voir toutes les phrases mentionnant l' iTerme, ainsi que les résumés à partir de laquelle ces phrases ont été extraites.

Pour en savoir plus sur la façon dont cet outil a été mis en place et les calculs impliqués, vous pouvez consulter la publication BMC Bioinformatics à ce sujet à partir 2010, eGIFT: L'information génétique des mines de la littérature.

Mais, pour aujourd'hui, faire un tour du site et quelques-unes des choses que vous pouvez faire dans Astuce aujourd'hui de la semaine.

Liens Pertinents:
eGIFT
PubMed (tutoriel)
XplorMed (tutoriel)
Littérature & Tutoriels de Text Mining de ressources

Tudor, C., Schmidt, C., & Vijay-Shanker, C. (2010). eGIFT: L'information génétique des mines de la littérature BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-418

Astuce Vidéo de la semaine: OpenHelix App SciVerse d'étendre la recherche


Nous avons tous vu les discussions – sur twitter, dans des revues, beaucoup d'endroits – sur la façon de recueillir des, magasin, trouver et à utiliser toutes les données qui sont et seront générés. Ici, au OpenHelix nous croyons qu'il ya une mine d'or de données des biosciences qui est largement sous-utilisés, et notre objectif est d'aider à rendre ces données plus accessibles aux chercheurs, cliniciens, bibliothécaires, étudiants et de quiconque s'intéresse à la science.

Nous allons à notre objectif dans une variété de façons, y compris les: ce blog avec ses conseils hebdomadaires, réponses et d'autres postes; avec nos matériaux tutoriel en ligne sur plus de 100 différentes bases de données biologiques et des ressources; et avec nos formations en direct, dont beaucoup sont parrainés par des fournisseurs de ressources telles que le groupe Navigateur génome UCSC.

Dans la pointe d'aujourd'hui je vais vous présenter un autre de nos efforts pour “étendre la recherche” en vous montrant un aperçu d'une application OpenHelix que nous avons conçu pour le Plateforme SciVerse, qui Elsevier a décrit comme un “écosystème fournissant des solutions de workflow pour améliorer la productivité scientifique et les aider dans leur processus de recherche”. Cette application scanne un article de revue ScienceDirect pour tous les noms de bases de données ou les URL que nous formons sur les, puis affiche une liste de ces ressources dans la fenêtre de l'application. Un chercheur peut utiliser cette liste pour aller d'un article de recherche à notre formation sur la façon d'utiliser la ressource, et à la ressource elle-même. Nous croyons que ce type d'intégration permettra d'étendre la recherche en la rendant plus faciles à trouver, l'accès et l'utilisation des données associées à un document. Si vous avez accès aux articles via ScienceDirect, et vous essayez notre app, S'il vous plaît commentaire ici & faites-nous savoir ce que vous pensez, ou de suggérer des améliorations futures. Aussi vous pourriez envisager de la revoir pour la galerie app. Merci!

Liens rapides:

SCIV Hub http://www.hub.sciverse.com

Galerie d'application SciVerse http://www.applications.sciverse.com

OpenHelix SciVerse App description http://bit.ly/xtGcco

Références:
De référence est indiqué dans l'astuce (abonnement requis): Mortensen, H., & Euling, S. (2011). Intégration de données mécanistiques et le polymorphisme de caractériser la susceptibilité génétique humaine à l'évaluation du risque chimique sur l'environnement au 21ème siècle Toxicologie et Pharmacologie Appliquée DOI: 10.1016/j.taap.2011.01.015

OpenHelix référence (libres de PMC ici): Williams, J., Mangan, M., Perreault-Micale, C., Tour, S., Sirohi, N., & Tour, Dans. (2010). OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes Briefings in Bioinformatics, 11 (6), 598-609 DOI: 10.1093/bib/bbq026

SciVerse référence (abonnement requis): Bengtson, J. (2011). ScienceDirect Grâce SciVerse: Une nouvelle façon d'aborder Elsevier Services de référence médicale trimestrielle, 30 (1), 42-49 DOI: 10.1080/02763869.2011.541346

Nouvelle fonctionnalité, articles de recherche, sur le site OpenHelix

Si vous passez à la OpenHelix home page, vous commencerez à noter quelques différences. Nos pages d'atterrissage tutoriel ont une caractéristique supplémentaire de nouveaux. Nous avons maintenant une section sur chaque page de destination qui montre les plus récentes recherches dans les revues de BioMed Central. Par exemple, la capture d'écran ici est pour notre GeneMANIA tutoriel Suite. Dans le coin inférieur gauche, vous verrez l' 5 articles de recherche les plus récents qui ont utilisé GeneMANIA de l' BioMed Central catalogue de revues de recherche. Cela sera utile aux utilisateurs d'obtenir une idée de ce genre de données d'une ressource a la recherche qui se fait à l'aide de la ressource. Ce sera également utile pour trouver d'autres ressources qui pourraient être utiles (souvent une ressource associée est-mentionné en liaison avec la ressource d'intérêt).

C'est le début d'une série de nouvelles fonctionnalités que nous espérons pouvoir ajouter des pages de destination qui permettront d'améliorer la capacité des chercheurs à apprendre tout ce qu'ils peuvent sur les données et les outils mis à leur disposition. Nous allons ajouter un “Conseils vidéo récents” la section et plus.

Et, Si vous êtes un éditeur d'ouvrages de recherche et que vous souhaitez obtenir une liste «des études récentes’ de ce genre sur nos pages d'atterrissage pour vos revues (devront avoir accès au texte intégral des articles), s'il vous plaît contactez-nous et nous serions ravis de travailler avec vous pour le faire pour le bénéfice de vos journaux, des moyens, les chercheurs et oui, OpenHelix :).

Dans notre effort continu pour maintenir et développer notre base de données moteur de recherche et, nos tutoriels, notre blog et plus, vous remarquerez aussi que nous avons ajouté de la publicité sur notre site. Les petites annonces sont une bannière publicitaire en haut, une annonce gratte-ciel de côté et une petite annonce sur les pages d'atterrissage de tutorat. S'il vous plaît envisager de considérer ces sponsors s'ils vous intéresser. Annonces ne seront pas sur les tutoriels parrainé tels que UCSC Genome Browser et PIB, et autres, ils ne seront visibles pour tous les abonnés au catalogue de didacticiels.

Si vous désirez parrainer un tutoriel afin qu'il soit accessible au public, si vous êtes le développeur de l'outil ou d'une entreprise, s'il vous plaît nous contacter au sujet de la possibilité d'obtenir une formation et de sensibilisation à un grand nombre de chercheurs.

Aussi, si nous avons une douzaine de tutoriels qui sont parrainés par la disposition du public, nous avons un large catalogue de plus de 90 des didacticiels supplémentaires disponibles à la souscription. Vous pouvez subscribe pour accéder à ces en tant qu'individu, département ou institution.

 

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Durant la semaine, nous rencontrons beaucoup de liens et de lire que nous estimons intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

Astuce de la semaine: Parole Add-In pour la reconnaissance de l'ontologie

Dans la pointe d'aujourd'hui, je veux vous faire prendre conscience d'un outil que je pense aidera les chercheurs à présenter leurs propres données et publications d'une manière précise et universellement consultable. J'ai appris de la ressource (UCSDBioLit) grâce à une l'article dans un de mes récents BioMed Central courriels d'alerte article. Cette ressource permet aux auteurs de mark-up dans leurs propres publications avec des balises XML comme ils écrivent leurs papiers. Cela permettra aux plus rapides et plus précises recherche sémantique de leurs recherches.

Un énorme problème dans la science d'aujourd'hui est la capacité de rechercher rapidement la base de la littérature vaste et à la précision et efficacité à trouver les données que vous êtes intéressé à. Ici, au OpenHelix nous nous concentrons sur les moyens de façon efficace et efficiente d'obtenir des informations sur les bases de données publiques et des ressources, mais à l'autre bout de la procédure est la possibilité pour les connaissances scientifiques pour être organisé à ces ressources. Nous avons en vedette biocurators et le travail phénoménal qu'ils ne plusieurs fois dans la dernières, mais c'est un travail qui ne finit jamais et peut être beaucoup de travail. Elle implique souvent une triage initial de la littérature d'un champ, un certain niveau de collecte automatique d'informations, puis l'effort manuel attention de la part de chercheur à la ressource pour recueillir et présenter l'information par le biais de leur site. Je sais par expérience personnelle que le processus de lecture d'un papier, clarifier les détails des recherches avec un auteur, et ensuite de présenter cette information à la satisfaction de l'auteur peut être une très longue & le travail intense processus, à la fois pour le conservateur et l'auteur original.

Pendant des années, il a été discussion de la conservation des experts »’ dans lequel des experts dans la revue les champs auteur ou de pages de résumé dans une ressource, ou des jamborees curation communautaire, etc. Et il ya eu de nombreux fruits de ces efforts, mais dans la participation générale est faible. Mais qui est plus d'un expert sur la recherche en cours de publication autres que l'auteur lui-même? Si les auteurs pourraient / marquerait place leurs propres documents pendant le processus de publication, non seulement ont-ils pu être assuré qu'il serait exact mais ils aider à faire leurs recherches universellement consultable sans délai requis pour consultables grâce à une ressource spécifique. Jusqu'à présent document de majoration est n'a pas été facile et a été largement considéré comme «pas la peine’ pour le niveau d'attribution / reconnaissance qui lui sont affiliés.

L'article BioMed Central fait un bon travail d'exposant et discutant beaucoup de ces questions. Il cite beaucoup d'autres efforts et des ressources, explique leur motivation et la mise en œuvre de leurs logiciels. Une fonctionnalité intéressante de cet outil est qu'il ya des fonctionnalités d'interopérabilité, et un réel engagement à se conformer aux normes de pratique existantes. L'article présente également une annexe des adresses de ressources des autres groupes impliqués dans la recherche sémantique et la publication la littérature. J'aime particulièrement cette citation de ce document:

Le complément Word présentés ici aideront les auteurs à cet effort en utilisant les normes communautaires et en permettant à l'auteur du document, l'expert absolu sur le contenu, de le faire durant le processus de création et de fournir cette information dans le document source original.

Vous pouvez aussi trouver des tutoriels sur la brève utilisation de l'outil au SciVee: Parole Add-in pour Tutoriel reconnaissance Ontologie (1 des 4): Processus d'installation

Comme une note, la littérature mark-up et permet actuellement une zone active – Mary a trouvé une autre ressources de manipulation littérature et le papier ainsi: Vérifiez la pointe, les articles & les outils. Dites-moi ce que vous trouvez / pense. Merci! (OH, Joyeux et St. Patty de te!)

UCSDBioLit référence:
ResearchBlogging.org
Fink, J., Fernicola, P., Chandran, R., Parastatidis, S., Wade, A., Naim, O., Quinn, G., & Bourne, P. (2010). Parole add-in pour la reconnaissance ontologie: enrichissement sémantique de la littérature scientifique BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-103

Astuce de la semaine: Gestion & références partager avec Mendeley

Astuce de cette semaine est un peu hors-sujet (que dans les bases de la génomique), mais il est la science / biologie liés et quelque chose que nous devons tous. Il ya beaucoup de possibilités de référence de logiciels de gestion là-bas comme EndNote, certaine grande toile 2.0 Les sites de réseautage social comme Connotea (Nature Publishing) et CiteULike (Cavalier) et certains outils de gestion de PDF. CNRS veut être toutes les trois. J'aime l'idée beaucoup. Au lieu d'avoir 2 ou 3 demandes distinctes, de bureau et / ou web, etc, vous en avez un pour les gouverner tous. Bien sûr, EndNote EndNote Web a, mais il n'est pas gratuit (Mendeley est libre, et les fonctionnalités qu'ils offrent aujourd'hui restera gratuit. Ils offrent de nouvelles fonctionnalités pour les utilisateurs professionnels plus tard, avec une redevance). Vous pouvez exporter vos références dans Connotea et CiteULike, mais c'est une étape supplémentaire gênant. Mes premières expériences avec Mendeley ont été plutôt positifs, alors j'ai pensé que je ferais de vous les présenter ici.

Facteur d'impact

Je me souviens compte tenu de la “DansFacteur mpact” des revues lors de la soumission des documents de recherche, et je me demandais ce que le facteur d'impact d'un papier spécifique, j'ai publié pourrait être hors de la curiosité. Pas particulièrement grave, mon domaine était assez étroit dans mon Ph.D. recherche qui y avait seulement quelques journaux de même considérer, il était donc généralement assez simples choix. Et pour des articles individuels, Je suis assez sûr je savais que le 4 personnes dans le monde en dehors de ma laboratoire qui étaient intéressés par ma recherche (Et il est, un peu). Pendant mon postdoc, ma PI a été assez bonne et le choix des revues basées sur l'article, la revue public… facteur d'impact et.

Mais le facteur d'impact mesure a c'est des questions (Article mesures au niveau et l'évolution de l'impact scientifique, Neylon et Wu. PLoS Biol 7: e1000242), et il ya toujours une recherche pour mesurer l'impact des revues et des articles individuels de mieux, ou au moins différente. Eh bien, un de mes sites préférés de la science et l'un de mes éditeurs de revues préférées ResearchBlogging.org et PLoS, ont travaillé ensemble pour mesurer l'impact des articles de revues. PLoS a beaucoup de mesures pour voir quel sera l'impact "’ d'un article pourrait être, et maintenant ils ont ajouté une métrique pour voir combien de fois il a été écrit sur des blogs utilisant les agrégateurs blog comme Postgénomique, Lignes blog et Nature Blogs, et maintenant ResearchBlogging.

J'aime le partenariat avec ResearchBlogging précisément parce tandis que les agrégateurs de blogs d'autres ne sont pas nécessairement ramasser articles qui traitent de la science de l'article (Postgénomique) ou agrégées seulement une partie des blogs scientifiques là-bas (Nature Blogs), ResearchBlogging est spécifiquement blogs messages discutant de la recherche d'articles évalués par des pairs.

Bien sûr, je ne trouve pas cela particulièrement utile pour comparer un article contre un autre (les meilleurs articles ne sont pas toujours écrites sur, et ceux qui sont peut-être pas dans les agrégateurs de blogs), mais je ne pense que ce sera bon moyen de poursuivre la conversation et de creuser plus profondément dans le sujet de recherche.

Vous pouvez voir que les métriques à PLoS d'un article, par exemple le celui que j'ai un lien ci-dessus, cliquez sur le “métriques” onglet, défiler vers le bas un peu jusqu'à ce que vous voyez la rubrique “Couverture blog.” Pour cet article, vous allez voir deux postes ResearchBlogging (de cette écriture), une métrique pour le présent document concernant les métriques :).

Astuce de la semaine: Fable, text mining pour la littérature sur les gènes humains

fable_thumb A il ya quelques semaines nous vous avons apporté une astuce de la semaine au sujet de la CHOP CNV base de données. Les mêmes personnes qui vous apportent cette base de données aussi faire FABLE (Fast Extraction automatique littérature biomédicale), un outil d'exploration littérature. L'outil utilise un algorithme avancé pour trouver des gènes humains qui sont directement liés à la recherche de mots-clés sur et ensuite trouver la documentation sur ces gènes. L'outil a quelques fonctionnalités et est un excellent moyen de trouver rapidement la littérature d'un gène d'intérêt. La pointe du jour vous donnera une introduction rapide à l'outil.

(re)Bases de données Financement II

ResearchBlogging.orgAlors, J'ai écrit au sujet ressources defunding et brièvement mentionné un article dans Base de données sur le financement (ou "re'funding) bases de données et des ressources. J'aimerais discuter de cela un peu plus loin. Le papier, par Chan et Dras. le, explique comment les bases de données et de, d'utiliser leur mandat, Centres de Ressources Biologiques (CRB) sont de maintenir la viabilité financière.

Laissez-moi d'abord, Je suis entièrement d'accord avec leur principe, que les bases de données et des ressources est devenue une nécessité. Le modèle antérieur de “publication des résultats expérimentaux et le partage des documents de recherche réée” doit être étendu. Comme ils disent:

Il n'est cependant plus suffisante pour partager des données à travers les modes classiques de publication, et, en particulier avec un débit élevé («-Omiques) technologies, le partage d'ensembles de données exige la soumission aux bases de données publiques comme cela a longtemps été le cas avec de l'acide nucléique et des données de séquences de protéines.

Les auteurs, les faits, que le modèle financier pour la plupart des bases de données biologiques (nous parlons des milliers qui existent), a souvent été un 3-5 financement quinquennal de développement, qui s'exécute une fois par, l'infrastructure doit être soutenue par une autre source. En fait,, Ceci a conduit à l'defunding des bases de données telles que TAIR et Resource Center (et bien d'autres), d'excellentes ressources avec vos données irremplaçables et des outils, que doit alors lutter pour trouver des fonds pour maintenir les coûts considérables de financement des infrastructures et la poursuite du développement.

Les exigences de la recherche scientifique, Ouvrez, les données partagées, besoin d'un modèle de financement qui maintient le caractère public de ces bases de données. Et donc le problème comme ils l'affirment:

Si, pour des raisons financières, CRB sont incapables de remplir leurs missions dans des conditions qui répondent aux exigences de la recherche et les sceintfic deamnds de l'industrie, scientifiques, soit consulter des informations intéressantes perdre ou d'être transférés dans l'environnement strictement commercial avec à l'est deux conséquences: (i) blocus de l'accès à cette information et / ou des coûts élevés et (ii) perte de données et de transfert de technologie potentioal pour l'avenir prévisible. Dans les deux cas, l'effet à la fois sur la communauté scientifique et plus large sera préjudiciable.

Encore une fois, J'accepte.

Ils discutent de plusieurs solutions possibles pour maintenir la viabilité des bases de données accessibles au public, y compris un partenariat privé-publique du système de palier double où les bénéfices payé pour une cotisation annuelle et les chercheurs universitaires ont accès gratuitement. Ils mentionnent Uniprot, qui a subi une crise de financement plus d'une décennie il ya, à titre d'exemple. Uniprot (puis Swissprot) retourna pour compléter le financement public en 2002. Il ya encore plusieurs autres bases de données qui tentent de se financer par un tel modèle. Biobase est celui où plusieurs bases de données ont été pliées. TRANSFAC est l'un. Il ya un libre, fonctionnalité réduite, Version qui est disponible pour les universitaires par le biais du gène-regulation.com et le version plus complète pour un abonnement à Biobase. Cette version permet à certains ex-données d'être partagées, comme on pourrait le voir à VUE ou UCSC. Je ne suis pas au courant des services financiers de Biobase et d'autres modèles similaires, et je suppose que cela fonctionnera pour certains, mais je suis d'accord avec les auteurs que plusieurs bases de données et des ressources utiles serait mal à être maintenu de cette manière.

D'autres possibilités incluent notamment des bases de données entièrement cadre d'un mécanisme de financement de l'établissement public unique. Les nombreuses bases de données de NCBI et BEI correspondent à ce modèle. En fait,, il ya même un cas récent d'une ressource étant plié à ce modèle au NCBI. Encore une fois, cela fonctionne pour certains, mais pas toutes les ressources utiles.

La plupart auront à trouver des méthodes variables pour le financement de leurs bases de données. Considérant l'importance de le faire, il est impératif que les modèles viables sont trouvés. Les auteurs rejettent, d'emblée, publicité. Comme ils mentionnent, la plupart des annonceurs ne seront pas attirés par la publicité site sans une visibilité d'au moins 10,000 visiteurs par mois. Il pourrait y avoir une certaine vérité à cette (et j'ai besoin de lire la référence, ils citent que l'utilisation pour appuyer cette affirmation).

Mais le modèle suivant, ils suggèrent me semble avoir le même inconvénient. Dans ce modèle, la base de données ou une ressource aurait un partenariat »des compétences de base.’ Un exemple, ils citent est MMDB (à ne pas confondre avec MMDB). Ce référentiel de la souris virtuelle mutant fournit des liens directs à des essais Invitrogen à partir de l'information génétique qu'il est à la page produit. Ils mentionnent que, bien que 6 entreprises ont été approchés, un seul réagi. Il semblerait que ce modèle a les mêmes problèmes que la vente directe de la publicité.

Ils mentionnent également que, au moins pour leur communauté de la recherche de la génomique de la souris fonctionnels, “Financement institutionnel” semble la meilleure solution à long terme la viabilité et l'accès ouvert. Malheureusement, jusqu'à ce que des institutions comme le NIH et EMBL sont disposés ou en mesure de financer ces bases de données, Je ne suis pas sûr que cela thats une solution.

Comme ils mentionnent dans le document, le taux de croissance des quantités et des types de données qui est généré est exponentielle. Je ne suis pas sûr que le gouvernement ou le financement institutionnel peut financièrement faire face à un logement de l'infrastructure nécessaire pour maintenir et développer ces bases de données de telle sorte que toutes les données générées peuvent rester publiquement et librement accessibles.

L'information est devrait être libre, mais malheureusement ce n'est pas sans coût. Il sera intéressant de voir comment le financement de bases de données et des ressources évolue dans ce monde en rapide croissance génomique (et impératif que nous à trouver des solutions).

PS: Sur une note personnelle, les auteurs utilisent leurs ressources, EMMA (Européenne de souris mutantes Archives), comme par exemple dans le papier. J'aime le nom puisque c'est le nom de ma fille, mais il va juste pour prouver que les noms viennent par vagues. Nous avons nommé notre fille pense peu de gens le nom de leur fille le même. Quand même les bases de données le nom du même nom, vous savez que ce n'est pas le cas.

Chandras, C., Tisserand, T., Zouberakis, M., Smedley, D., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Kollias, G., Schofield, P., & Aydin, Dans. (2009). Modèles pour la viabilité financière des bases de données biologiques et des ressources Base de données, 2009 DOI: 10.1093/database/bap017