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Vídeo Consejo de la semana: Publicaciones en el seguimiento de la UCSC Genome Browser

No hay gran cosa en bases de datos del genoma. Y no hay gran cosa en la literatura. A veces hay vínculos claros entre los dos–curadores impresionantes Trabajamos duro para la calidad de información de la fuente, y, a veces puede ayudar a los procesos automatizados. Por supuesto, también hay un montón de cosas que fluyen en bases de datos que hay no lo hizo en la literatura sin embargo, y no puede jamás en su totalidad, y eso es todo 'tro tema. Pero lo que si había una manera de ponerlos juntos…. [Los estadounidenses de cierta edad se agrieta hasta en este]


Sin embargo, una gran cantidad de personas están trabajando en la minería de la literatura para obtener información útil y por lo que es más accesible por otros medios, así como la adición contexto de una región genómica. El proyecto que estoy destacando hoy hace exactamente eso.

El año pasado un programa de Elsevier comenzó a permitir a los proveedores de bases de datos y el software y otros para tener acceso a su corpus textual, y construir “aplicaciones” que agreguen valor a la literatura. Hemos hablado de ello aquí en el contexto de la aplicación del NCBI. El uso de este mecanismo, también puede agregar valor a las bases de datos del genoma mediante la vinculación directa a la literatura. Eso es lo que el nuevo Publicaciones seguimiento en la UCSC Genome Browser hace.

Usted puede aprender más acerca de los detalles de la pista desde el enlace a un Publicaciones página de destino. Pero también había un anuncio de la pista principal desarrollador Max Haeussler, que se apoderó de la lista de distribución Biocurator con algunas características, Voy a citar que aquí:

Búscalo en el grupo “Cartografía y secuenciación”, nombre “publicaciones” en el navegador UCSC genoma de organismos modelos humanos y las principales (del ratón, volar, pez cebra, etc). Actualmente contiene datos extraídos de todo 3 millones de artículos de investigación, con las secuencias que se encuentran en alrededor de 200 mil documentos.

Así que millón artículos de Elsevier, Artículos de PubMed Central, (y más fuentes para venir es probable) han sido explotados para encontrar las secuencias. Estas secuencias se blatted contra las secuencias del genoma. Resultados se han indicado en el UCSC Genome Browser. Usted puede obtener más detalles sobre la estrategia del papel que he ligado a continuación, y en la página pista Publicaciones.

¿Qué es lo bueno de esto es que se puede ver en sus regiones genómicas de interés, y ahora ver si otros han llegado a través de esta región. Algunos de ellos serán los documentos que usted conoce, por supuesto–pero podría haber otros documentos que usted no sabía que podría traer nuevas ideas sobre la región.

También en la carta Biocurator Max ofrece una zona de muestra para ver–aquí está el enlace para que. Haga clic en él para cargar el ejemplo y mirar a su alrededor:

Aquí hay un enlace en el navegador del genoma con la pista activa y acercar el gen EGF:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?clade=mammal&org=Human&db=hg19&position=chr4%3A110%2C820%2C483-110%2C937%2C564&pubs=pack&Submit=submit

En mi punta de video voy a mostrar cómo llegar a eso y los detalles de la pista, así. Si usted necesita aprender más acerca de las funciones básicas de la UCSC Genome Browser se puede ver los materiales patrocinados por la libre disponibilidad de capacitación en que aquí: http://openhelix.com/ucsc

La otra cosa que puedes hacer es añadir la “aplicación” de Elsevier para su sistema personal de aplicaciones, si usted tiene acceso a SciVerse. Y cuando te encuentras en un artículo con datos de la secuencia, usted podrá hacer clic en que para ir a la UCSC. Jennifer describe cómo hacer que para nuestra aplicación, pero el proceso sería similar si se quería añadir esta aplicación UCSC, así. Usted puede encontrar y añadir la aplicación de UCSC aquí, y mientras estás en ello se puede añadir el OpenHelix aplicación aquí ;) . Esto mina el texto de las bases de datos y software que los autores mencionan, y se vincula a la formación para que pueda aprender a utilizar recursos como la UCSC Genome Browser.

Nota especial: Max y su equipo están ansiosos por comentarios acerca de esta nueva pista–si hay algo que no está bien, o si hay otros aspectos es posible que desee ver. Está muy bien en los informes de error (Sé que, Envié a algunos): los toma en serio y las raíces les fuera! Y si usted tiene alguna idea constructiva estoy seguro de que va a venir de un vistazo. Él tiene información de contacto en la página de Seguimiento de Publicaciones, así. Y se puede corregir cualquier cosa que yo tengo no está completamente aquí mismo a cambio de mi caza de bugs :)

Edición nota octubre 25, 2013: En el momento de este vídeo, Publicaciones de la pista se encuentra en otro lugar, pero ahora se puede encontrar en su propia “Literatura” seguimiento de grupo. Búscalo entre “Los genes y las predicciones de genes” y “ARNm y EST”.

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Enlaces rápidos:

Publicaciones Seguimiento de la página de detalles para el consumo humano en la UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=278356441&c=chr4&g=pubs

UCSC Genoma Partidos aplicación en SciVerse –añadirlo como complemento a su navegación en la literatura: http://bit.ly/Netpka

UCSC Genome Browser Introducción de formación: http://openhelix.com/ucsc

OpenHelix SciVerse Descripción de la aplicación: http://bit.ly/xtGcco

De referencia:

Haeussler, M., Gerner, M., & Bergman, C. (2011). Anotación de genes y genomas con las secuencias de ADN extraídas de artículos biomédicos Bioinformática, 27 (7), 980-986 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr043

Vídeo Consejo de la semana: eGift, extracción de información genética a partir del texto


eGift, como la línea de la etiqueta dice, es una herramienta para extraer la información genética a partir de texto. Es una herramienta que permite buscar y explorar los términos y documentos relacionados con un gen o conjunto de genes. Hay muchas maneras de buscar y explorar eGift, encontrar los genes que dan un término específico, encontrar términos relacionados con un conjunto de genes y más. ¿Cómo funciona la herramienta de hacer esto? Usted puede echa un vistazo a la guía del usuario para saber más, pero aquí es un breve resumen en el sitio:

Nos fijamos en las referencias en PubMed (los títulos y resúmenes), se reúnen las referencias que se centran en el gen determinado, y automáticamente identificar los términos que sean estadísticamente más probable que sea relevante para este gen que a los genes, en general,. Con el fin de comprender la relación entre una específica yoPlazo y el determinado gen, permitimos que los usuarios ver todas las sentencias que citan la yoPlazo, así como los resúmenes de que estas frases se extrajeron.

Para obtener más información acerca de cómo esta herramienta fue elaborada e involucrados los cálculos, puedes echar un vistazo a la publicación BMC Bioinformatics al respecto de la 2010, eGift: Minería información genética de la literatura.

Sin embargo,, para hoy, date una vuelta por el sitio y algunas de las cosas que usted puede hacer en Consejo de hoy de la Semana.

Enlaces relevantes:
eGift
PubMed (tutorial)
XplorMed (tutorial)
Literatura & Texto Tutoriales de minería de recursos

Tudor, C., Schmidt, C., & Vijay-Shanker, K. (2010). eGift: Minería información genética de la literatura BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-418

Vídeo punta de la semana: OpenHelix App SciVerse para ampliar la investigación


Todos hemos visto las discusiones – en twitter, en las revistas, un montón de lugares – sobre cómo recoger, tienda, encontrar y utilizar todos los datos que se generan y se. Aquí, en OpenHelix creemos que hay una mina de oro de los datos de la biociencia que está siendo muy poco utilizados, y nuestro objetivo es ayudar a que los datos sean más accesibles a los investigadores, los médicos, bibliotecarios, estudiantes y todo aquel que esté interesado en la ciencia.

Vamos a nuestro objetivo en una variedad de formas, incluso: este blog con sus consejos semanales, respuestas y otros mensajes; con nuestros materiales tutorial en línea en más de 100 diferentes bases de datos biológicos y de los recursos; y con nuestros entrenamientos en vivo, muchos de los cuales son patrocinados por los proveedores de recursos como el grupo de la UCSC Genome Browser.

En la punta de hoy voy a presentarles a otro de nuestros esfuerzos para “ampliar la investigación” mostrándole una visión de una aplicación OpenHelix que hemos diseñado para la SciVerse plataforma, Elsevier, que ha descrito como un “ecosistema de soluciones de flujo de trabajo para mejorar la productividad científica y ayudarlos en su proceso de investigación”. Esta aplicación escanea un artículo de la revista ScienceDirect para cualquier base de datos de nombres o direcciones URL que nos entrenamos en, y luego muestra una lista de dichos recursos en la ventana de la aplicación. Un investigador puede utilizar esta lista para ir de un artículo de investigación de nuestra formación sobre el uso de los recursos, y al recurso en sí. Creemos que este tipo de integración le ayudará a ampliar la investigación por lo que es más fácil de encontrar, acceso y uso de los datos asociados a un documento. Si usted tiene acceso a los artículos a través de ScienceDirect, y probar nuestra aplicación, por favor comentario aquí & vamos a saber lo que piensa, o sugerir mejoras en el futuro. También se podría considerar la revisión de la aplicación para la galería. Gracias!

Enlaces rápidos:

SciVerse Hub http://www.hub.sciverse.com

SciVerse Galería de aplicaciones http://www.applications.sciverse.com

OpenHelix SciVerse Descripción de la aplicación http://bit.ly/xtGcco

Referencias:
De referencia se muestra en Consejo (se requiere suscripción): Mortensen, H., & Euling, S. (2011). La integración de los datos de mecanismo y el polimorfismo de caracterizar la susceptibilidad genética humana para la evaluación ambiental del riesgo químico en el siglo 21 Toxicology and Applied Pharmacology DOI: 10.1016/j.taap.2011.01.015

OpenHelix de referencia (libre de PMC aquí): Williams, J., Manganeso, M., Perreault-Micale, C., Torno, S., Sirohi, N., & Torno, En. (2010). OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes Reuniones informativas en Bioinformática, 11 (6), 598-609 DOI: 10.1093/bib/bbq026

SciVerse de referencia (se requiere suscripción): Bengtson, J. (2011). A través de ScienceDirect SciVerse: Una nueva forma de abordar Elsevier Servicios médicos de referencia trimestral, 30 (1), 42-49 DOI: 10.1080/02763869.2011.541346

La nueva función, artículos de investigación, en el sitio OpenHelix

Si usted se pasa a la OpenHelix página de inicio, usted comenzará a notar algunas diferencias. Nuestras páginas de aterrizaje tutorial tiene una característica adicional nueva. Ahora tenemos una sección en cada página de destino que muestra las investigaciones más recientes en las revistas de BioMed Central. Por ejemplo, la captura de pantalla aquí es para nuestro GeneMANIA tutorial suites. En la esquina inferior izquierda verás la 5 más recientes artículos de investigación que han utilizado GeneMANIA de la BioMed Central Catálogo de revistas de investigación. Esto será útil a los usuarios para tener una idea de qué tipo de datos tiene un recurso y la investigación que se hace uso del recurso. Esto también será útil para encontrar otros recursos que podrían ser de utilidad (a menudo un recurso relacionado-se menciona en relación con el recurso de interés).

Este es el comienzo de una serie de nuevas características que esperamos añadir a las páginas de destino que mejorarán la capacidad de los investigadores a aprender todo lo posible acerca de los datos y las herramientas a su disposición. Vamos a añadir una “consejos de los últimos vídeos” sección y más.

Y, si usted es un editor de literatura de investigación y le gustaría obtener una lista de "investigación reciente’ como esta en nuestras páginas de destino de sus revistas (tendrá acceso al texto completo de artículos), póngase en contacto con nosotros y nos encantaría trabajar con usted para hacerlo en beneficio de sus diarios, los recursos, los investigadores y sí, OpenHelix :).

En nuestro continuo esfuerzo para mantener y ampliar nuestra búsqueda en la base y el motor, nuestros tutoriales, nuestro blog y más, también se dará cuenta que hemos añadido la publicidad en nuestro sitio. Los anuncios son un banner superior, un anuncio de rascacielos de lado y un pequeño anuncio en las páginas de aterrizaje tutorial. Por favor, considere ver estos patrocinadores si te interesan. Anuncios no se en tutoriales patrocinados como UCSC Genome Browser y PIB, y otros, ni serán visibles para los suscriptores en el catálogo de las tutorías.

Si usted desea patrocinar a un tutorial para que esté a disposición del público, si usted es el desarrollador de la herramienta o de una empresa, póngase en contacto con nosotros acerca de la oportunidad para obtener capacitación y divulgación de un gran número de investigadores.

También, cuando tenemos una docena de tutoriales patrocinados que están a disposición del público, tenemos un amplio catálogo de más de 90 tutorías adicionales disponibles para la suscripción. Usted puede subscribe para acceder a estos como un individuo, departamento o institución.

 

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Consejo del la Semana: Palabra Add-In para el reconocimiento de Ontología

En la punta de hoy quiero darle a conocer una herramienta que creo que ayudará a los investigadores a presentar sus propios datos y publicaciones de una manera precisa y universal de búsqueda. Me enteré de los recursos (UCSDBioLit) a través de un artículo en uno de mis últimos BioMed Central mensajes de correo electrónico de alerta artículo. Este recurso permite a los autores margen de sus propias publicaciones con las etiquetas XML al escribir sus papeles. Esto facilitará la búsqueda más rápida y precisa semántica de su investigación.

Un gran problema en la ciencia de hoy es la capacidad de buscar rápidamente la base de la vasta literatura y para encontrar con precisión y eficiencia de los datos que usted está interesado en. Aquí, en OpenHelix nos centramos en las formas de manera eficaz y eficiente obtener información de bases de datos y recursos públicos, pero en el otro extremo del proceso es la capacidad para el conocimiento científico para ser curada en los recursos. Hemos presentado biocurators y el trabajo fenomenal que lo hacen varias veces en el pasado, pero es un trabajo que nunca termina y puede ser una labor muy intensa. A menudo implica un triaje inicial de la literatura de un campo, un cierto nivel de recopilación de información automática, y entonces el esfuerzo manual cuidadosa por parte de científicos, en el recurso de reunir y presentar la información a través de su sitio. Sé por experiencia personal que el proceso de la lectura de un documento, aclarar los detalles de investigación con un autor, y luego presentar esa información a la satisfacción del autor puede ser muy largo & mano de obra intensiva proceso, tanto para el comisario y el autor original.

Durante años ha habido discusión de curación experto "’ en el que expertos en el autor de la revisión de campo o las páginas de resumen en un recurso, jaleos o curación de la comunidad, etc. Y ha habido frutos de muchos de estos esfuerzos, pero en general es baja la participación. Pero, ¿quién es más de un experto en la investigación que se publicarán más que el propio autor? Para que los autores podrían / ​​marcaría sus propios papeles en el proceso de publicación, no sólo podrían estar seguros de que sería preciso pero que ayudaría a hacer su investigación universal de búsqueda sin el retraso necesario para efectuar búsquedas a través de un recurso específico. Hasta aquí el documento de marcado no ha sido un proceso fácil, y ha sido ampliamente considerado no "vale la pena el esfuerzo’ para el nivel de atribución / reconocimiento que de ella.

El artículo BioMed Central hace un buen trabajo de delinear y discutir muchas de estas cuestiones. Se cita a otros muchos esfuerzos y recursos, explica su motivación y la implementación de su software. Una característica interesante de esta herramienta es que hay características de interoperabilidad, y un compromiso real de conformidad con las normas vigentes de la práctica. El artículo también presenta un apéndice de las direcciones de recursos de otros grupos involucrados en la búsqueda semántica y la publicación literatura. Me gusta especialmente esta cita del papel:

El complemento de Word que aquí se presenta ayudar a los autores en este esfuerzo con las normas de la comunidad y por lo que es posible que el autor del documento, el experto en absoluto sobre el contenido, hacerlo durante el proceso de creación y proporcionar esta información en el documento original.

También se pueden encontrar tutoriales breves sobre el uso de la herramienta en SciVee: Complemento de Word Tutorial de Ontología reconocimiento (1 de 4): Proceso de instalación

Como nota, literatura mark-up y que permite actualmente un área activa – María encontró a otro la literatura de los recursos de manejo y papel también: Echa un vistazo a la punta, los artículos & las herramientas. Dime lo que encontrar / que. Gracias! (OH, y San Felices. Patty’s to ya!)

UCSDBioLit de referencia:
ResearchBlogging.org
Pinzón, J., Fernicola, P., Chandran, R., Parastatidis, S., Vadear, A., Naim, O., Quinn, G., & Bourne, P. (2010). Complemento de Word para el reconocimiento de la ontología: enriquecimiento semántico de la literatura científica BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-103

Consejo del la Semana: La gestión de & referencias compartir con Mendeley

El consejo de esta semana es un poco off-topic (como en bases de datos de genómica), pero es la ciencia / biología relacionados y algo que todos necesitamos. Hay un montón de posibilidades de referencia de software de gestión por ahí como EndNote, alguna gran red 2.0 los sitios de redes sociales como Connotea (Nature Publishing) y CiteULike (Saltador) y algunas herramientas de gestión de PDF. Mendeley quiere que los tres. Me gusta la idea de una gran cantidad. En lugar de tener 2 o 3 aplicaciones por separado, de escritorio y / o en la web, etc., tiene uno para gobernarlos a todos. Por supuesto ha EndNote EndNote Web, pero no es gratis (Mendeley es gratis, y las características que ofrecen ahora gratis. Se ofrecen nuevas características para los usuarios profesionales más tarde con una cuota). Usted puede exportar sus referencias en Connotea CiteULike y, pero es un paso adicional molesto. Mis primeras experiencias con Mendeley han sido muy positivos, así que pensé en darles a conocer aquí.

Factor de impacto

Recuerdo que teniendo en cuenta la “EnIMPACTO Factor” de revistas de la hora de presentar trabajos de investigación, y se pregunta cuál es el factor de impacto de un determinado documento que podría ser publicado por curiosidad. No es especialmente grave, mi campo era lo suficientemente estrecha como en mi doctorado. la investigación que había unas pocas revistas incluso a considerar, por lo que era por lo general bastante simple elección. Y para los artículos individuales, Estoy bastante seguro de que sabía que el 4 personas en el mundo fuera de mi laboratorio que estaban interesados ​​en mi investigación (I jest, un poco). Durante mi post-doctorado, mi IP era bastante bueno y revistas que eligen basándose en el artículo, la revista de audiencia… y el factor de impacto.

Sin embargo, la medición del impacto factor de tiene sus problemas (Nivel del artículo-Metrics y la evolución del impacto científico, Neylon y Wu. PLoS Biol. 7: e1000242), y siempre hay una búsqueda para medir el impacto de las revistas y artículos individuales más, o al menos de forma diferente. Bueno, uno de mis sitios favoritos de ciencias y uno de mis editores de revistas favoritas ResearchBlogging.org y PLoS, han trabajado conjuntamente para medir el impacto de artículos de revistas. PLoS tiene una gran cantidad de parámetros para ver cuál es el impacto "’ de un artículo podría ser, Y ahora han añadió una métrica para ver cuántas veces se ha escrito acerca de blogs a través de los agregadores de blogs como Postgenómica, Líneas de blog y Blogs Naturaleza, y ahora ResearchBlogging.

Me gusta la colaboración con ResearchBlogging específicamente porque mientras que los agregadores de blogs de otros no necesariamente están recogiendo artículos que tratan sobre la ciencia del artículo (Postgenómica) o agregar sólo un subconjunto de blogs de ciencia que hay (Blogs Naturaleza), ResearchBlogging es específicamente blogs posts discutiendo la investigación de artículos revisados ​​por pares.

Por supuesto que no encuentran esta particularmente útil para comparar un artículo en contra de otro (los mejores artículos que no siempre se escriben sobre la, y los que son no podría estar en los agregadores de blogs), pero yo creo que esto será excelente manera de llevar a cabo la conversación y profundizar en el tema de investigación.

Usted puede ver que la métrica en la revista PLoS de cualquier artículo, por ejemplo el Puedo acceder a una por encima de, haga clic en el “métrico” lengüeta, desplácese hacia abajo un poco hasta que vea el título “Blog de cobertura.” Para que el artículo, verás dos puestos ResearchBlogging (partir de este escrito), una medida de este documento sobre las métricas :).

Consejo del la Semana: Fábula, minería de textos de literatura en los genes humanos

fable_thumb Un par de semanas atrás le trajo una punta de la semana sobre el CHOP CNV base de datos. Las mismas personas que le traen esa base de datos también lo hacen FÁBULA (Rápida extracción automatizada de la literatura biomédica), una herramienta de minería de la literatura. La herramienta utiliza un algoritmo avanzado para encontrar los genes humanos que están directamente relacionados con la búsqueda de palabras clave y luego encontrar en la literatura en los genes. La herramienta tiene algunas funciones muy útiles y es una gran manera de encontrar rápidamente la literatura de un gen de interés. La punta de hoy le dará una rápida introducción a la herramienta.

(re)Financiación de bases de datos II

ResearchBlogging.orgAsí que, Escribí acerca de recursos desfinanciar y menciona brevemente un papel en Base de datos sobre financiamiento (o 're'funding) bases de datos y recursos. Me gustaría hablar de esto un poco más. El documento, por Chandra y. al, se analiza cómo las bases de datos y, que usen su mandato, Centros de Recursos Biológicos (BRC) son para mantener la viabilidad financiera.

Permítanme decir primero, Estoy totalmente de acuerdo con su premisa de, las bases de datos y los recursos se han convertido en imprescindible. El modelo anterior de “publicación de los resultados experimentales y la distribución de los materiales de investigación reado” necesita ser extendido. A medida que el estado:

Sin embargo, es ya no es adecuado para compartir datos a través de los modos tradicionales de publicación, y, particularmente con un alto rendimiento ("-Ómicas) tecnologías, el intercambio de bases de datos requiere la presentación de las bases de datos públicas como ha sido el caso con el ácido nucleico y la secuencia de datos de proteínas.

Los autores afirman, objetivamente, que el modelo financiero para la mayoría de bases de datos biológicas (estamos hablando de los miles que existen), ha sido a menudo un 3-5 años la financiación del desarrollo, una vez que se agote, las necesidades de infraestructura con el apoyo de otra fuente. De hecho, Esto ha llevado a la desfinanciamiento de las bases de datos como TAIR y VBRC (y muchos otros), excelentes recursos con datos y herramientas insustituibles, que luego tienen que luchar para conseguir fondos para mantener los elevados costes de financiación de infraestructuras y el desarrollo continuo.

Las exigencias de la investigación científica, abierto, los datos compartidos, requieren un modelo de financiación que mantiene el carácter público de estas bases de datos. Y así el problema, ya que indicará:

Si, por razones financieras, BRC son incapaces de realizar sus tareas en condiciones que cumplan con los requisitos de la investigación y los sceintfic deamnds de la industria, científicos o bien ver la información valiosa se pierde o se transfieren a medio ambiente estrictamente comercial, con dos consecuencias en este: (yo) bloqueo de acceso a esta información y / o altos costos y (ii) pérdida de datos y potentioal para la transferencia de tecnología en el futuro previsible. En cualquier caso, el efecto tanto en la comunidad científica y más amplio será perjudicial.

Otra vez, Estoy de acuerdo.

Ellos discuten varias posibles soluciones para mantener la viabilidad de las bases de datos públicamente disponibles, incluyendo un sistema público-privado de doble nivel, donde para fines de lucro pagan una cuota anual y los investigadores académicos tienen acceso gratuito. Mencionan Uniprot, que sufrió una crisis de financiación más de una década, como un ejemplo. Uniprot (a continuación Swissprot) regresó para completar la financiación pública en 2002. Todavía hay varias otras bases de datos que están tratando de financiarse por un modelo. BIOBASE es uno donde varias bases de datos han sido dobladas. Transfac es una. Hay una libre, de funcionalidad reducida, versión que está disponible para los académicos a través de los genes y el regulation.com más completa versión de una suscripción en BIOBASE. Esta versión anterior permite que algunos datos sean compartidos, como uno puede ver en VER o UCSC. No estoy al tanto de las finanzas de BIOBASE y otros modelos similares, y supongo que funcionará para algunos, pero estoy de acuerdo con los autores que muchas bases de datos y recursos útiles que resultaría muy difícil que se mantenga de esta manera.

Otras posibilidades incluyen la plena inclusión de las bases de datos en un único mecanismo de financiación de las instituciones públicas. Las bases de datos de muchos NCBI y BEI encajan en este modelo. De hecho, hay incluso una caso reciente de un recurso que se dobla en este modelo en el NCBI. Otra vez, esto funciona para algunos, pero no todos los recursos útiles.

La mayoría tendrá que encontrar métodos de variables para la financiación de sus bases de datos. Considerando la importancia de hacerlo, es imperativo que los modelos viables se encuentran. Los autores rechazan, de la mano, publicidad. Como se menciona, la mayoría de los anunciantes no se sentirán atraídos por la publicidad web sin una visibilidad de por lo menos 10,000 visitantes únicos por mes. Puede haber algo de verdad en esta (y tengo que leer la referencia que se citan que el uso que lo respalden).

Sin embargo, el próximo modelo que sugieren me parece que tienen el mismo inconveniente. En este modelo, la base de datos o un recurso tendría una asociación "de las competencias básicas.’ Un ejemplo que cita es MMDB (no debe confundirse con MMDB). Este repositorio virtual de ratón mutante proporciona enlaces directos de prueba para Invitrogen a partir de la información genética que es la página del producto. Mencionan que a pesar de 6 empresas fueron abordados, sólo una respuesta. Parece que este modelo tiene los mismos problemas que directamente la venta de publicidad.

Se menciona también que, al menos para la comunidad de investigación de genómica funcional del ratón, “La financiación institucional” parece la mejor solución a largo plazo la viabilidad y el acceso abierto. Desafortunadamente, hasta que las instituciones como el NIH y EMBL están dispuestos o en condiciones de financiar estas bases de datos, No estoy seguro de que es eso es una solución.

Como se menciona en el documento, la tasa de crecimiento de las cantidades y tipos de datos que se están generando es exponencial. No estoy seguro de que el gobierno o la financiación institucional, financiera puede mantenerse al día con la vivienda de la infraestructura necesaria para mantener y seguir desarrollando estas bases de datos para que todos los datos generados pueden seguir siendo pública y de acceso libre.

La información se debe estar libre, pero, desgraciadamente, no es sin costo. Será interesante ver cómo la financiación de las bases de datos y los recursos se desarrolla en este mundo cada vez más rápido genómica (y el imperativo que encontremos la solución).

PS: En una nota personal, los autores utilizan sus recursos, EMMA (Europea Ratones Mutantes Archivo), como un ejemplo en el documento. Me gusta el nombre ya que es el nombre de mi hija, pero apenas va a demostrar que los nombres vienen en oleadas. Hemos llamado a nuestra hija, pensando que pocos nombrar a su hija de la misma. Cuando incluso las bases de datos el nombre del mismo nombre, usted sabe que no es el caso.

Chandra, C., Tejedor, T., Zouberakis, M., Smedley, D., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Kollias, G., Schofield, P., & Aydin, En. (2009). Modelos para la sostenibilidad financiera de las bases de datos biológicos y de los recursos Base de datos, 2009 DOI: 10.1093/database/bap017