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Video Tipp der Woche: Publikationen verfolgen in UCSC Genome Browser

Es gibt tolle Sachen in der Genom-Datenbanken. Und es gibt tolle Sachen in der Literatur. Manchmal gibt es klare Verbindungen zwischen den beiden–genial Kuratoren hart arbeiten, um Quelle qualitativ hochwertige Informationen, und manchmal automatisierte Prozesse kann helfen. Natürlich, es gibt auch Tonnen von Material fließt in Datenbanken, die es es nicht in der Literatur noch und kann nicht immer in vollem Umfang, Und das ist eine ganze 'nother Thema. Aber was, wenn es eine Möglichkeit gäbe, sie zusammenzusetzen…. [Amerikaner von einem gewissen Alter wird crack up bei dieser]


Aber eine Menge Leute werden auf die Literatur für Bergbau nützliche Informationen arbeiten und Erleichterung des Zugangs auf andere Weise, sowie das Hinzufügen Kontext einer genomischen Region. Das Projekt, das ich heute bin Hervorheben tut genau das..

Letztes Jahr wurde ein Programm von Elsevier gestartet, damit Datenbank-und Software-Anbietern und anderen den Zugang zu ihren Textkorpus haben, und bauen “apps” schafft so Mehrwert für die Literatur. Wir sprachen darüber hier im Rahmen der NCBI App. Mit diesem Mechanismus, Sie können auch einen Mehrwert für Genom-Datenbanken durch die Verknüpfung mit der Literatur direkt. Das ist, was die neue Publikationen verfolgen in der UCSC Genome Browser tut.

Sie können mehr über die Details aus der Spur Link zu einer lernen Publikationen Zielseite. Aber es gab auch eine Ankündigung aus der Spur Chefentwickler Max Häußler, das kam über die Mailingliste Biocurator mit einigen Funktionen, Das werde ich hier zitieren:

Suchen Sie es in der Gruppe “Kartierung und Sequenzierung”, Name “Veröffentlichungen” auf der UCSC Genom-Browser für die menschliche und wichtigsten Modellorganismen (Maus, fliegen, Zebrafisch, usw.). Es enthält derzeit Daten von etwa abgebaut 3 Millionen wissenschaftlichen Artikeln, mit Sequenzen in rund 200k Papiere gefunden.

So Million von Elsevier Papiere, PubMed Central Artikel, (und mehr Quellen zu kommen, sind wahrscheinlich) wurden abgebaut, um Sequenzen zu finden. Diese Sequenzen wurden gegen Genomsequenzen blatted. Spiele haben sich auf die angegeben worden UCSC Genome Browser. Sie können mehr Details über die Strategie aus dem Papier zu bekommen habe ich bis unten verlinkt, und auf der Seite Publikationen Spur.

Was ist so cool daran ist, dass Sie in Ihrem genomischen Regionen von Interesse suchen, und jetzt sehen, ob andere in dieser Region sind gekommen,. Einige von ihnen werden Sie wissen, Papiere sein, natürlich–aber es könnte andere Papiere, die Sie nicht wussten, das könnte neue Erkenntnisse über diese Region zu bringen sein.

Auch in der Biocurator Brief Max bot eine Probe Region zu sehen–hier ist der Link für die. Klicken Sie es zu laden, bis das Beispiel und schaue mich um:

Hier ist ein Link zum Genom-Browser mit der Bahn aktiviert und die EGF-Gen gezoomt:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?clade=mammal&org=Human&db=hg19&position=chr4%3A110%2C820%2C483-110%2C937%2C564&pubs=pack&Submit=submit

In meinem Video Tipp werde ich zeigen, wie Sie dazu kommen, und die Spur Details sowie. Wenn Sie mehr über die grundlegenden Funktionen des UCSC Genome Browser lernen müssen, können die frei verfügbaren gesponserten Schulungsmaterialien an diesem hier zu sehen: http://openhelix.com/ucsc

Das andere, was Sie tun können, ist das hinzufügen “app” bei Elsevier Ihr individuelles Set von Anwendungen, wenn Sie Zugriff auf SciVerse. Und wenn Sie sich in einem Artikel mit Sequenzdaten, du wirst in der Lage, aus, daß klicken, um zu gehen UCSC. Jennifer beschrieben wie man, dass für unsere App tun, aber der Prozess wäre ähnlich, wenn Sie diese UCSC App als auch hinzufügen wollte. Sie können finden und fügen Sie die UCSC App hier, und wenn du schon dabei bist, kannst du hinzufügen OpenHelix App hier ;) . Das wird den Text für die Datenbanken und Software, die Autoren erwähnen abbauen, und werden Sie zu Ausbildung zu verknüpfen, so dass Sie lernen können, wie man Ressourcen wie der UCSC Genome Browser verwenden.

Besonderer Hinweis: Max und sein Team sind begierig auf Ihr Feedback zu diesem neuen Track–wenn es etwas nicht ganz richtig, oder wenn es andere Aspekte sind Sie vielleicht sehen,. Er ist auf Bug-Reports große (Ich weiß,, Ich schickte einige): sie ernst nimmt und sie aus Wurzeln! Und wenn Sie irgendwelche konstruktive Gedanken zu haben Ich bin sicher, er wird durch einen Blick kommen. Er hat Kontaktinfo auf der Track Seite Publikationen sowie. Und er kann korrigieren, was ich nicht voll bekommen habe gleich hier als Gegenleistung für meine Fehlersuche :)

Bearbeiten von Noten-Oktober 25, 2013: Zum Zeitpunkt dieses Videos, Veröffentlichungen Spur wurde anderswo gelegen, sie kann aber in einem eigenen Talk “Literatur” verfolgen Gruppe. Suchen Sie es zwischen “Gene und Gene Prognosen” und “mRNA und ESTs”.

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Quick-Links:

Publikationen Informationen über die Rennstrecke für die menschliche Seite auf UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=278356441&c=chr4&g=pubs

UCSC Genome Spiele App bei SciVerse –fügen Sie es Ihrer Literatur-Browsing ergänzen: http://bit.ly/Netpka

UCSC Genome Browser Intro Ausbildung: http://openhelix.com/ucsc

OpenHelix SciVerse App Beschreibung: http://bit.ly/xtGcco

Referenz:

Häußler, M., Gerner, M., & Bergman, C. (2011). Kommentieren von Genen und Genomen mit DNA-Sequenzen von biomedizinischen Artikeln extrahiert Bioinformatik, 27 (7), 980-986 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr043

Video Tipp der Woche: OHAUS, Extrahieren von Informationen aus Gen-Text


OHAUS, wie der Slogan sagt, ist ein Werkzeug, um Gen-Informationen aus Text extrahieren. Es ist ein Tool, das Ihnen bei der Suche und Erkundung Begriffe und Dokumente im Zusammenhang mit einem Gen oder einer Gruppe von Genen ermöglicht. Es gibt viele Wege zu suchen und zu erforschen OHAUS, Gene finden, bei einer bestimmten Begriff, Sie Begriffe im Zusammenhang mit einer Reihe von Genen und. Wie funktioniert das Tool dies tun? Sie können bitte zuerst die Bedienungsanleitung erfahren Sie mehr, aber hier ist eine kurze Zusammenfassung von der Website:

Wir schauen auf PubMed Referenzen (Titel und Abstracts), sammeln diese Verweise, die auf der gegebenen Gens konzentrieren, und automatisch zu identifizieren Begriffe die statistisch wahrscheinlicher, dass die für dieses Gens, um Gene in allgemeinen. Um zu verstehen, die die Beziehung zwischen einem bestimmten inLaufzeit und die gegebenen Gens, wir erlauben den Benutzern, alle Sätze, in denen das zu sehen inBegriff, sowie die Abstracts, aus denen diese Sätze wurden extrahiert.

Um mehr darüber zu erfahren, wie dieses Werkzeug wurde zusammengestellt und die Berechnungen einbezogen, können Sie bitte zuerst die BMC Bioinformatics Veröffentlichung darüber aus 2010, OHAUS: Bergbau Gene Informationen aus der Literatur.

Aber, für heute, eine Tour durch die Website und einige der Dinge, die Sie in der heutigen Tipp der Woche tun können.

Relevante Links:
OHAUS
PubMed (Tutorial)
XplorMed (Tutorial)
Literatur & Text Mining Ressourcen-Tutorials

Tudor, C., Schmidt, C., & Vijay-Shanker, C. (2010). OHAUS: Bergbau Gene Informationen aus der Literatur BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-418

Video Tipp der Woche: OpenHelix App auf SciVerse zu erweitern Research


Wir alle kennen die Diskussionen gesehen – auf twitter, in Zeitschriften, viele Orte – wie zum Sammeln, speichern, finden und verwenden alle Daten, die ist und bleibt generiert werden. Hier bei OpenHelix Wir glauben, dass es eine Goldmine von bioscience Daten, die stark ist ausgelastet, und unser Ziel ist zu helfen, dass die Daten leichter zugänglich für Forscher, Kliniker, Bibliothekare, Studenten und alle anderen, die in der Wissenschaft interessiert ist,.

Wir gehen auf unser Ziel in eine Vielzahl von Möglichkeiten, einschließlich: Diesen Blog mit seinen wöchentlich Tipps, Antworten und andere Beiträge; mit unseren Online-Tutorial Materialien über 100 verschiedenen biologischen Datenbanken und Ressourcen; und mit unseren Live-Schulungen, von denen viele durch Ressourcen-Anbietern wie der UCSC Genome Browser Gruppe gesponsert.

In der heutigen Tipp, den ich Ihnen zu einem anderen unserer Bemühungen um die Einführung “erweitern Forschung” indem Sie einen Blick auf eine OpenHelix app, dass wir für die entworfene SciVerse Plattform, die Elsevier ist als beschrieben “Ökosystem bietet Workflow-Lösungen für Wissenschaftler Produktivität zu verbessern und ihnen helfen, in ihren Research-Verfahren”. Diese App scannt ein ScienceDirect Zeitschriftenartikel für jede Datenbank-Namen oder URLs, die wir Zug auf, und zeigt dann eine Liste solcher Ressourcen in das Fenster der Anwendung. Ein Forscher kann anhand dieser Liste aus einer Studie des Marktforschungsinstituts unserer Ausbildung, wie die Nutzung der Ressourcen gehen, und die Ressource selbst. Wir glauben, dass diese Art der Integration wird zur Erweiterung der Forschung, indem sie leichter zu finden, Zugang und Nutzung von Daten mit einem Papier verbunden. Wenn Sie Zugriff auf Artikel durch ScienceDirect, und Sie versuchen, aus unserer App, Bitte kommentieren Sie hier & lass es uns wissen, was Sie denken, oder schlagen zukünftige Erweiterungen. Auch könnte man erwägen sie für den App-Galerie. Dank!

Quick-Links:

SciVerse Hub http://www.hub.sciverse.com

SciVerse Application Gallery http://www.applications.sciverse.com

OpenHelix SciVerse App Beschreibung http://bit.ly/xtGcco

Referenzen:
Referenz in Tip gezeigt (Abonnement erforderlich): Mortensen, H., & Euling, S. (2011). Integration von mechanischen und Polymorphismus Daten für die menschliche genetische Anfälligkeit für Umwelt-Risikobewertung von Chemikalien charakterisieren im 21. Jahrhundert Toxikologie und Pharmakologie für Angewandte DOI: 10.1016/j.taap.2011.01.015

OpenHelix Reference (frei von PMC hier): Williams, J., Mangan, M., Perreault-Micale, C., Drehmaschine, S., Sirohi, N., & Drehmaschine, In. (2010). OpenHelix: Bioinformatik Bildung außerhalb einer anderen Box Briefings in Bioinformatics, 11 (6), 598-609 DOI: 10.1093/bib/bbq026

SciVerse Reference (Abonnement erforderlich): Bengtson, J. (2011). ScienceDirect Durch SciVerse: A New Way To Elsevier-Ansatz Medical Reference Services Quarterly, 30 (1), 42-49 DOI: 10.1080/02763869.2011.541346

Neues Feature, Forschungsartikel, auf OpenHelix site

Wenn man über die OpenHelix Startseite, Sie beginnen, einige Unterschiede feststellen. Unser Tutorial Landingpages haben eine neue Funktion hinzugefügt,. Wir haben jetzt einen Abschnitt auf jeder Zielseite, dass die neuesten Forschungsergebnisse in der BioMed Central-Zeitschriften zeigt. Zum Beispiel, Screenshot hier ist für unsere GeneMANIA Tutorial suite. In der linken unteren Ecke sehen Sie die 5 neuesten wissenschaftlichen Artikeln, die verwendet haben GeneMANIA aus dem BioMed Central Katalog der wissenschaftlichen Zeitschriften. Dies kann hilfreich sein, um Nutzer auf eine Idee davon, welche Art von Daten kann eine Ressource und Forschung, die getan wird erhalten mit der Ressource. Dies wird auch hilfreich sein, andere Ressourcen, die von Nutzen sein könnte finden (häufig ein Zusammenhang-Ressource wird in Verbindung mit der Ressource von Interesse erwähnt werden).

Dies ist der Beginn einer Reihe von neuen Features, die wir hoffen, dass die Zielseiten, die Fähigkeit der Forscher zu lernen verbessern wird hinzugefügt, was sie können über die Daten und Werkzeuge zur Verfügung, um sie. Wir werden das Hinzufügen einer “jüngsten Video-Tipps” Abschnitt und mehr.

Und, wenn Sie ein Herausgeber von Forschungsliteratur und möchte eine "neuere Forschungen Liste zu erhalten’ wie dies auf unsere Landingpages für Ihre Zeitschriften (Zugang zum vollständigen Wortlaut der Artikel müssen), Bitte kontaktieren Sie uns und wir würden uns freuen, mit Ihnen zu arbeiten, dies zu tun zum Wohle Ihrer Zeitschriften, die Ressourcen, die Forscher und ja, OpenHelix :).

In unserer kontinuierlichen Bemühungen zum Erhalt und Ausbau unserer Suchdatenbank und Motor, unsere Tutorials, unserem Blog und mehr, Sie werden auch bemerken, haben wir Werbung auf unserer Webseite hinzugefügt. Die Anzeigen sind ein Top-Banner, eine Seite Skyscraper und eine kleine Anzeige auf Tutorial Landingpages. Bitte beachten Sie betrachten diese Sponsoren, wenn sie für Sie interessant. Anzeigen werden nicht auf gesponserte Tutorials wie sein UCSC Genome Browser und BIP, und andere, noch werden sie sichtbar für alle Teilnehmer, um den Katalog von Tutorials.

Wenn Sie möchten, ein Tutorial Sponsor so dass er öffentlich zugänglich ist, ob Sie der Entwickler des Werkzeugs oder eines Unternehmens, Bitte kontaktieren Sie uns über die Gelegenheit, Aus-und Hilfsangebote für eine große Zahl von Forschern zu bekommen.

Auch, aber wir haben ein Dutzend gesponsert Tutorials, die öffentlich zugänglich sind, wir haben eine großen Katalog von mehr als 90 weitere Tutorials zur Zeichnung zur Verfügung. Sie können subscribe, diese als einen individuellen Zugang, Abteilung oder Institution.

 

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche haben wir über eine Menge Links zu kommen und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihren Genuss…

Tipp der Woche: Word-Add-In für Ontology Recognition

In der heutigen Tipp möchte ich Sie aufmerksam machen ein Werkzeug, das denke ich wird den Forschern helfen, ihre eigenen Daten und Publikationen in eine genaue und allgemein recherchierbar präsentieren. Ich erfuhr von der Ressource (UCSDBioLit) durch eine Artikel in einer meiner letzten BioMed Central Artikel Emailalarme. Diese Ressource erlaubt es Autoren, mark-up ihre eigenen Publikationen mit XML-Tags, wie sie ihre Papiere WRITE. Dies ermöglicht eine schnellere und genauere semantische Suche ihrer Forschung.

Ein großes Problem in der Wissenschaft heute ist die Fähigkeit, schnell nach der umfangreichen Literatur zu stützen und genau und effizient zu finden die Daten, die Sie sich interessieren. Hier bei OpenHelix wir an Möglichkeiten, effektiv zu konzentrieren und effizient erhalten Sie Informationen aus öffentlichen Datenbanken und Ressourcen, aber am anderen Ende des Prozesses ist die Fähigkeit, wissenschaftliche Erkenntnisse zu diesen Ressourcen kuratiert. Wir haben featured biocurators und die phänomenale Arbeit, dass sie mehrmals in der Vergangenheit, aber es ist Arbeit, die nie endet und kann sehr arbeitsintensiv. Es beinhaltet oft eine erste Triage von einem Feld-und Jugendliteratur, ein gewisses Maß an automatischen Sammeln von Informationen, und dann vorsichtig manuellen Aufwand auf Seiten der Wissenschaftler an der Ressource zu sammeln und die Informationen über ihre Website. Ich weiß aus eigener Erfahrung, dass der Prozess des Lesens einer Zeitung, Klärung Forschung Details mit einem Autor, und dann stellt diese Informationen an den Autor der Zufriedenheit kann eine sehr lange werden & arbeitsintensiver Prozess, sowohl für den Kurator und den ursprünglichen Autor.

Seit Jahren gibt es schon Diskussion der "Experte curation’ in denen Experten auf dem Gebiet Autors überprüfen oder Übersichtsseiten in einer Ressource, oder Gemeinde Kuration Jamborees, usw.. Und es sind Früchte aus vielen dieser Bemühungen, aber im Allgemeinen ist gering. Aber wer ist eher ein Experte für die Forschung, die veröffentlicht werden, vom Autor selbst? Wenn Autoren könnte / würde kennzeichnen ihre eigenen Papiere im Publikationsprozess, nicht nur konnten sie sicher sein, dass es genau, aber sie würden dazu beitragen, dass ihre Forschung universell durchsuchbar, ohne die Verzögerung für die Auffindbarkeit durch eine bestimmte Ressource erforderlich. Bisher Dokument mark-up ist bisher nicht ein einfacher Vorgang und wurde weitgehend als "nicht der Mühe wert’ für die Höhe der Zuweisung / Anerkennung mit ihr verbundenen.

Die BioMed Central Artikel hat eine schöne Aufgabe skizziert und diskutiert viele dieser Fragen. Er zitiert viele andere Anstrengungen und Ressourcen, erklärt ihre Motivation und die Umsetzung ihrer Software. Ein nettes Feature des Tools ist, dass es die Interoperabilität Funktionen, und eine echte Verpflichtung zur Einhaltung der bestehenden Standards der Praxis entsprechen. Der Artikel stellt auch einen Anhang von Ressourcen-Adressen von anderen Gruppen in der semantischen Suche und Literatur Publikation beteiligt. Besonders gut gefällt mir dieses Zitat aus dem Papier:

Das Word-Add-in hier vorgestellte Autoren in diesen Bemühungen mit Community-Standards und durch die es ermöglicht, unterstützt den Autor des Dokuments, der absolute Experte für den Inhalt, dies während des Authoring-Prozesses und diese Informationen in die ursprüngliche Quelldokument geben.

Dort finden Sie auch kurze Tutorials zur Verwendung des Tools bei SciVee: Word-Add-in für Ontology Recognition Tutorial (1 von 4): Install-Prozess

Wie eine Notiz, Literatur mark-up und ermöglicht derzeit eine aktive Fläche – Mary fand eine weitere Literatur Umgang mit Ressourcen und Papier sowie: Schauen Sie sich die Spitze, die Artikel & die Werkzeuge. Sag mir, was du / finden denken. Dank! (OH, und Happy St. Patty ist zu ya!)

UCSDBioLit Reference:
ResearchBlogging.org
Fink, J., Fernicola, P., Chandran, R., Parastatidis, S., Waten, A., Naim, O., Quinn, G., & Bourne, P. (2010). Word-Add-in für die Ontologie Anerkennung: semantische Anreicherung von wissenschaftlicher Literatur BMC Bioinformatics, 11 (1) DOI: 10.1186/1471-2105-11-103

Tipp der Woche: Geschäftsführer & Sharing Referenzen mit Mendeley

Diese Woche Geheimtipp ist ein bisschen off-topic (wie in der Genomik-Datenbanken), aber es ist Wissenschaft / Biologie-bezogene und etwas, was wir alle brauchen. Es gibt eine Menge von Referenz-Management-Software Möglichkeiten da draußen wie EndNote, einige große Web 2.0 Social-Networking-Sites wie Connotea (Nature Publishing) und CiteULike (Springer) und einige PDF-Tools. Mendeley will alle drei werden. Ich mag die Idee eine Menge. Anstatt 2 oder 3 separate Anwendungen, Desktop-und / oder Web, usw., Sie haben ein bis sie alle zu knechten. Natürlich EndNote hat EndNote Web, aber es ist nicht frei (Mendeley ist frei, und die Funktionen, die sie bieten jetzt bleibt frei. Sie werden neue Funktionen für professionelle Anwender bieten Ihnen später mit einer Gebühr). Sie können Ihre Referenzen in Connotea und CiteULike Export, aber es ist eine zusätzliche lästige Schritt. Meine ersten Erfahrungen mit Mendeley wurden sehr positiv, so dass ich dachte, ich würde sie Ihnen hier vorstellen.

Impact Factor

Ich erinnere mich, in Anbetracht der “InUSWIRKUNGEN Factor” von Zeitschriften bei der Einreichung von Forschungsarbeiten, und fragen, was der Impact-Faktor eines bestimmten Papiers veröffentlichte ich könnte aus Neugier. Nicht besonders ernst, mein Feld war eng genug in meinem Ph.D. Forschung, dass es nur ein paar Zeitschriften auch nur zu erwägen, so war es in der Regel recht einfach die Wahl. Und für einzelne Artikel, Ich bin mir ziemlich sicher, dass ich wusste, dass die 4 Menschen in der Welt außerhalb meines Labor, das in meiner Forschung interessiert waren (Und es ist, ein wenig). Während meiner Postdoc, meine PI war ziemlich gut und die Auswahl Zeitschriften auf der Grundlage des Artikels, der Zeitschrift Publikum… und Impact-Faktor.

Aber Impact-Faktor Messung hat seine Probleme (Artikel-Level-Metriken und der Weiterentwicklung der wissenschaftlichen Auswirkungen, Neylon und Wu. PLoS Biol 7: e1000242), und es gibt immer eine Suche, um die Auswirkungen von Zeitschriften und einzelne Artikel besser messen, oder zumindest anders. Nun, einer meiner Lieblings-Science-Standorten und einer meiner Lieblings-Zeitschriftenverlage ResearchBlogging.org und PLoS, haben zusammengearbeitet, um die Auswirkungen von Zeitschriftenartikeln messen gearbeitet. PLoS hat eine Menge von Metriken um zu sehen, was die "Auswirkungen’ eines Artikels sein könnte, Und jetzt haben sie fügte eine metrische zu sehen wie oft es geht wurde in Blogs mit Blog-Aggregatoren wie geschrieben Humangenomprojekt, Blog-Lines und Nature Blogs, und jetzt ResearchBlogging.

Ich mag die Partnerschaft mit ResearchBlogging speziell da, während die anderen Blog-Aggregatoren nicht unbedingt Kommissionierung setzen sich Artikel, die die Wissenschaft des Artikels besprechen (Humangenomprojekt) oder das Aggregat nur eine Teilmenge der Wissenschaft Blogs da draußen (Nature Blogs), ResearchBlogging ist speziell Blogs Beiträge diskutieren die Forschung von peer-reviewed Artikel.

Natürlich finde ich nicht diese besonders nützlich, um einen Artikel gegen einen anderen zu vergleichen (Die besten Artikel sind nicht immer nur um schriftliche, und solche, die sind vielleicht nicht in den Blog-Aggregatoren sein), aber ich denke, das wird großartige Möglichkeit, um auf das Gespräch führen und tiefer in das Forschungsthema sein.

Sie können diese Metrik bei PLoS eines Artikels ansehen, z. B. der ein ich einen Link zu oben, klicken Sie auf den “metrisch” Tab, etwas nach unten scrollen, bis Sie die Überschrift zu sehen “Blog Coverage.” Zu diesem Artikel, sehen Sie zwei ResearchBlogging Beiträge (zum Zeitpunkt des Schreibens), eine Metrik für dieses Papier über Metriken :).

Tipp der Woche: Fabel, Text Mining für die Literatur auf menschliche Gene

fable_thumb Ein paar Wochen brachten wir Ihnen einen Tipp der Woche über die CHOP CNV Database. Die gleichen Leute, bringen Sie die Datenbank auch tun FABLE (Fast Automated biomedizinischen Literatur-Extraktion), eine Literatur-Mining-Tool. Das Tool verwendet einen erweiterten Algorithmus für die menschliche Gene, die direkt an den Stichwörtern auf verwandt sind zu finden und dann finden Sie Literatur zu diesen Genen. Das Tool hat einige großartige Funktionen und ist ein guter Weg, um schnell die Literatur eines Gens von Interesse. Der heutige Tipp geben Ihnen eine kurze Einführung in das Werkzeug.

(re)Funding Datenbanken II

ResearchBlogging.orgSo, Ich schrieb über defunding Ressourcen und kurz erwähnt ein Papier in Database über Finanzierung (oder 're'funding) Datenbanken und Ressourcen. Ich möchte das ein bisschen weiter zu diskutieren. Das Papier, durch Chandra und. der, erläutert, wie Datenbanken und, ihre Amtszeit nutzen, Biological Resource Centers (BRCs) auf finanzielle Lebensfähigkeit zu erhalten.

Lassen Sie mich Staat zuerst, Ich stimme völlig mit ihrer Prämisse, dass Datenbanken und Ressourcen sind das Gebot der. Das frühere Modell der “Veröffentlichung der experimentellen Ergebnisse und die gemeinsame Nutzung der reated Forschungsmaterial” muss erweitert werden. Als sie staatliche:

Es ist jedoch nicht mehr ausreichend, um Daten über die traditionellen Formen der Publikationsanteil, und, Besonders mit hohem Durchsatz ('-Omics) Technologien, Austausch von Datensätzen erfordert Vorlage an öffentlichen Datenbanken wie seit langem der Fall mit Nukleinsäure und Protein-Sequenz-Daten.

Die Autoren stellen fest,, sachlich, dass die finanziellen Modell für die meisten biologischen Datenbanken (wir sprechen die Tausende, die es gibt), hat oft eine bereits 3-5 Jahres-Entwicklung Finanzierung, , die einmal ausläuft, die Infrastruktur muss von einer anderen Quelle unterstützt werden. In der Tat, Dies hat zur defunding von Datenbanken wie Blei TAIR und VBRC (und viele andere), exzellente Ressourcen mit unersetzlichen Daten und Werkzeuge, dass dann muss kämpfen, um die Finanzierung zu finden, um die erheblichen Kosten der Finanzierung der Infrastruktur und die Weiterentwicklung zu erhalten.

Die Anforderungen der wissenschaftlichen Forschung, öffnen, gemeinsam genutzte Daten, erfordern ein Finanzierungsmodell, dass die öffentlich zugänglichen Natur dieser Datenbanken pflegt. Und damit das Problem, wie sie staatliche:

Wenn, aus finanziellen Gründen, BRCs sind nicht in der Lage, ihre Aufgaben unter Bedingungen, die den Anforderungen der sceintfic Forschung und die deamnds der Industrie gerecht zu führen, Wissenschaftler werden entweder siehe wertvolle Informationen verloren gehen oder in rein kommerziellen Umfeld mit in Ost übertragen zwei Konsequenzen: (in) Blockade der Zugang zu diesen Informationen und / oder hohe Kosten und (ii) Verlust von Daten und potentioal für den Technologietransfer für die absehbare Zukunft. In jedem Fall ist die Wirkung auf die sowohl die wissenschaftlichen und weiteren Umfeld wird sich nachteilig.

Wieder, Ich bin damit einverstanden.

Sie diskutieren mehrere mögliche Lösungen für die Aufrechterhaltung der Lebensfähigkeit der öffentlich zugänglichen Datenbanken einschließlich einer öffentlich-privaten Dual dualistischen System, wo for-Profit bezahlt eine jährliche Gebühr und akademische Forscher haben freien Zugang. Sie erwähnen UniProt, die erlebte eine Finanzierungskrise vor über einem Jahrzehnt, als Beispiel. UniProt (dann Swissprot) ging zurück auf öffentliche Mittel in völliger 2002. Es gibt noch mehrere andere Datenbanken, die versuchen, sich durch ein solches Modell Fonds. BioBase gehört, wo mehrere Datenbanken abgelegt haben. TRANSFAC ist eine. Es gibt eine frei, eingeschränkter Funktionalität, Version dass ist für Akademiker durch Gen-regulation.com und die ausführlichere Version für ein Abonnement bei BioBase. Diese frühere Version erlaubt einige Daten weitergegeben werden, wie man auf den sehen VIEW oder UCSC. Ich bin nicht eingeweiht in die Finanzen der BioBase und andere ähnliche Modelle, und ich nehme an, dass für einige Arbeiten, aber ich stimme mit den Autoren, dass viele nützliche Datenbanken und Ressourcen wäre hart gedrückt, um auf diese Weise aufrecht erhalten werden.

Andere Möglichkeiten sind komplett ausgestattet mit Datenbanken unter einer einzigen öffentlichen Institution Finanzierungsmechanismus. Die vielen Datenbanken NCBI und EIB passen in dieses Modell. In der Tat, es gibt sogar eine jüngsten Fall, dass eine Ressource in diesem Modell gefaltet bei NCBI. Wieder, Das funktioniert bei einigen, aber nicht alle nützlichen Ressourcen.

Die meisten haben variable Methoden zur Finanzierung ihrer Datenbanken zu finden. Angesichts der Bedeutung der damit, ist es unerlässlich, dass tragfähige Modelle zu finden sind. Die Autoren lehnen, aus der Hand, Werbung. Als sie erwähnt, die meisten Kunden werden nicht an Website-Werbung ohne Sichtbarkeit von mindestens gezogen werden 10,000 Besucher pro Monat. Es könnte etwas Wahres sein, um diese (und ich muss die Referenz zitieren sie, dass die Verwendung dieses Backup lesen).

Aber das nächste Modell, das sie empfehlen scheint mir den gleichen Nachteil haben. In diesem Modell, die Datenbank oder eine Ressource hätte eine "Partnerschaft der Kernkompetenzen.’ Ein Beispiel zitieren sie ist MMdb (nicht zu verwechseln mit MMDB). Diese virtuelle mutierte Maus-Repository bietet direkte Links zu Studie Invitrogen von seinem Gen-Informationen auf der Produktseite. Sie erwähnen, dass, obwohl 6 Unternehmen wurden angesprochen, nur eine Antwort. Es scheint, dass dieses Modell die gleichen Fragen wie direkt Verkauf von Werbung hat.

Sie erwähnen auch, dass, zumindest für ihre Forschungs-Gemeinschaft der Maus funktionellen Genomik, “Institutionelle Finanzierung” scheint die beste Lösung für die langfristige Lebensfähigkeit und open access. Leider, bis Institutionen wie NIH und EMBL bereit oder in der Lage, diese Datenbanken Fonds, Ich bin mir nicht sicher, ob das das ist eine Lösung.

Als sie in der Zeitung erwähnt, die Wachstumsrate der Mengen und Arten von Daten, die erzeugt wird, wird die exponentielle. Ich bin nicht sicher, dass die Regierung oder die institutionelle Förderung kann finanziell mithalten Gehäuse die nötige Infrastruktur zu erhalten und weiter entwickeln diese Datenbanken, so dass alle Daten generiert öffentlich und frei zugänglich bleiben kann.

Die Informationen werden frei sein sollte, aber leider ist es nicht ohne Kosten. Es wird interessant sein zu sehen, wie die Finanzierung von Datenbanken und Ressourcen entwickelt sich in diesem schnell wachsenden Genomik Welt (und Imperativ wir herausfinden, Lösungen).

PS: Auf eine persönliche Note, Die Autoren nutzen ihre Ressourcen, EMMA (European Mouse Mutant Archive), als Beispiel in der Papier-. Ich mag den Namen, da sie den Namen meiner Tochter, aber es geht nur um beweisen, dass Namen in Wellen kommen. Wir nannten unsere Tochter denken nur wenige würden ihre Tochter den Namen der gleichen. Wenn sogar Datenbanken Namen den gleichen Namen, Sie wissen, dass das nicht der Fall.

Chandras, C., Weber, T., Zouberakis, M., Smedley, D., Schughart, K., Rosenthal, N., Hancock, J., Kollias, G., Schofield, P., & Aidinis, In. (2009). Modelle für die finanzielle Nachhaltigkeit der biologischen Datenbanken und Ressourcen Database, 2009 DOI: 10.1093/database/bap017