الوسم المحفوظات: الأدب

تلميح فيديو للأسبوع: منشورات تتبع في متصفح الجينوم UCSC

هناك أشياء عظيمة في قواعد بيانات الجينوم. وهناك أشياء عظيمة في الأدب. أحيانا يكون هناك صلات واضحة بين البلدين–رهيبة القيمين نعمل بجد للحصول على معلومات نوعية مصدر, وأحيانا يمكن أن تساعد في العمليات المؤتمتة. بالطبع, هناك أيضا طن من الاشياء التي تتدفق إلى قواعد البيانات وهذا لم تقدم عليه في الأدب ربما حتى الآن من أي وقت مضى، وليس في كامل, وهذا كله 'نوثر القضية. ولكن ماذا لو كان هناك وسيلة لوضعها معا…. [فإن الأميركيين من سن معينة حتى قضاء على هذه]


ولكن الكثير من الناس يعملون على التعدين والأدب للحصول على معلومات مفيدة وجعلها في متناول بطرق أخرى, وكذلك إضافة السياق إلى منطقة الجينومية. مشروع أنا تسليط الضوء على اليوم تفعل ذلك تماما.

في العام الماضي بدأت برنامجا من إلسفير لتمكين قاعدة البيانات والبرمجيات وغيرها من مقدمي الخدمات في الحصول على جسم نصهم, وبناء “تطبيقات” التي تضيف قيمة للأدب. تحدثنا حول هذا الموضوع هنا في سياق التطبيق في NCBI. باستخدام هذه الآلية, يمكنك أيضا إضافة قيمة إلى قواعد بيانات الجينوم عن طريق ربط مباشرة إلى الأدب. هذا ما جديد منشورات تعقب في متصفح الجينوم UCSC يفعل.

يمكنك معرفة المزيد عن تفاصيل المسار من ارتباط إلى المنشورات الصفحة المقصودة. ولكن كان هناك أيضا الإعلان عن المسار القيادي المطور ماكس Haeussler, جاء ذلك خلال Biocurator قائمة بريدية مع بعض الميزات, انا اقتبس هنا أن:

ابحث عنه في المجموعة “رسم الخرائط وتسلسلها”, اسم “المنشورات” على متصفح الجينوم UCSC للكائنات البشرية ونموذج رئيسي (الماوس, ذبابة, الزرد, الخ). ويحتوي حاليا البيانات الملغومة من جميع أنحاء 3 المقالات والبحوث مليون, مع تسلسل وجدت في أوراق حول 200K.

هكذا مليون من أوراق إلسفير, مجلات مقالات الوسطى, (وأكثر المصادر إلى أن يأتي من المرجح) وقد تم التنقيب للعثور على متتاليات. وblatted هذه المتتاليات ضد تسلسل الجينوم. وقد أوضحت المباريات على UCSC متصفح الجينوم. يمكنك الحصول على المزيد من التفاصيل حول استراتيجية من ورقة لقد ربط أدناه, وعلى الصفحة المسار المنشورات.

ما هو بارد جدا عن ذلك هو أنه يمكنك أن تبحث في المناطق ذات الاهتمام الخاص الجينومية, ونرى الآن إذا كان الآخرون قد تأتي عبر هذه المنطقة. والبعض منهم يكون أوراق تعلمون, بالطبع–ولكن قد يكون هناك غيرها من الأوراق التي لم يكن يعرف أن يمكن أن تجلب أفكارا جديدة حول تلك المنطقة.

أيضا في الرسالة Biocurator عرضت ماكس منطقة عينة للنظر في–وهنا الرابط لهذا. فوقه لتحميل المثال وننظر حولنا:

هنا هو وجود صلة لمتصفح الجينوم مع مسار تفعيلها والتكبير الجين EGF:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?clade=mammal&org=Human&db=hg19&position=chr4%3A110%2C820%2C483-110%2C937%2C564&pubs=pack&Submit=submit

في تلميح الفيديو الخاص بي سوف تظهر كيفية الوصول الى هذا المسار والتفاصيل كذلك. إذا كنت بحاجة لمعرفة المزيد عن الوظائف الأساسية للمتصفح الجينوم UCSC يمكنك ان ترى ما هو متاح بحرية مواد التدريب التي ترعاها على ذلك هنا: http://openhelix.com/ucsc

والشيء الآخر الذي يمكن القيام به هو إضافة “التطبيق” في إلسفير إلى مجموعة من التطبيقات الشخصية إذا كان لديك الوصول إلى SciVerse. وعندما تجد نفسك في مقال مع تسلسل البيانات, عليك أن تكون قادرة على الضغط من ذلك للذهاب إلى UCSC. ووصف جينيفر كيف نفعل ذلك من أجل التطبيق لدينا, لكن هذه العملية ستكون مماثلة إذا كنت تريد إضافة هذا التطبيق UCSC كذلك. يمكنك أن تجد و إضافة التطبيق UCSC هنا, وبينما كنت في ذلك يمكنك إضافة OpenHelix التطبيق هنا ;) . وذلك اللغم النص لقواعد البيانات والبرامج التي من الكتاب ذكر, وسينضم لك لتدريب حتى تتمكن من معرفة كيفية استخدام موارد مثل متصفح الجينوم UCSC.

ملاحظة خاصة: ماكس وفريقه حريصون على ردود الفعل على هذا المسار الجديد–إذا كان هناك شيء ما ليس صحيحا تماما, أو إذا كانت هناك جوانب أخرى قد ترغب في رؤية. انه لشيء عظيم في تقارير الاخطاء (وأنا أعلم, بعثت بعض): يأخذ على محمل الجد والجذور بها! وإذا كان لديك أي أفكار بناءة أنا متأكد من انه سوف يأتي بها لإلقاء نظرة. كان لديه معلومات الاتصال على الصفحة المسار المنشورات كذلك. وانه يمكن تصحيح أي شيء عندي ليس تماما هنا في مقابل الصيد علة بلدي :)

تحرير ملاحظة أكتوبر 25, 2013: في ذلك الوقت من هذا الفيديو, ويقع المسار المنشورات في مكان آخر, ولكن يمكن الآن أن تكون موجودة في تلقاء نفسها “أدب” تتبع المجموعة. بحث عن ذلك بين “الجينات وتوقعات جين” و “مرنا والتكنولوجيات السليمة بيئيا”.

++++++++++++++++++++

وصلات سريعة:

منشورات تتبع تفاصيل صفحة للتنمية البشرية في متصفح الجينوم UCSC: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTrackUi?hgsid=278356441&c=chr4&g=pubs

UCSC الجينوم مباريات التطبيق في SciVerse –إضافته إلى تكملة التصفح الأدب: http://bit.ly/Netpka

UCSC الجينوم تدريب متصفح مقدمة: http://openhelix.com/ucsc

OpenHelix وصف SciVerse التطبيق: http://bit.ly/xtGcco

مرجع:

Haeussler, م., غيرنر, م., & بيرغمان, C. (2011). يحشي الجينات والعوامل الوراثية مع تسلسل الحمض النووي المستخرج من المواد الطبية الحيوية المعلوماتية الحيوية, 27 (7), 980-986 دوى: 10.1093/bioinformatics/btr043

تلميح فيديو للأسبوع: eGIFT, استخراج المعلومات من الجينات نص


eGIFT, كما يقول الشعار, هو أداة لانتزاع المعلومات من الجينات نص. انها الأداة التي تسمح لك للبحث عن واستكشاف الشروط والوثائق المتعلقة جين أو مجموعة من الجينات. هناك طرق عديدة للبحث واستكشاف eGIFT, العثور على جينات معينة لفترة محددة, العثور على المصطلحات ذات الصلة مجموعة من الجينات وأكثر. كيف يمكن للأداة القيام بذلك? يمكنك راجع دليل المستخدم لمعرفة المزيد, ولكن هنا هو موجز من موقع:

نحن ننظر إلى المراجع في PubMed (عناوين وملخصات), جمع هذه المراجع التي تركز على جينة معينة, والتعرف تلقائيا بعبارات هي إحصائيا أكثر عرضة لتكون مناسبة لهذا الجين من أن الجينات بشكل عام. من أجل فهم العلاقة بين محددة أناالأجل، وهذا الجين يعطى, نحن تسمح للمستخدمين لمعرفة جميع أحكام ذكر أنامصطلح, وكذلك الملخصات التي انتزعت من هذه الجمل.

لمعرفة المزيد عن الكيفية التي تم وضع هذه الأداة معا، وتشارك هذه الحسابات, يمكنك التحقق من نشر المعلومات البيولوجية BMC عن ذلك من 2010, eGIFT: تعدين المعلومات جين من الأدب.

لكن, لهذا اليوم, القيام بجولة للموقع وبعض الأشياء التي يمكنك القيام به في تلميح اليوم من الأسبوع.

ذات الصلة وصلات:
eGIFT
مجلات (البرنامج التعليمي)
XplorMed (البرنامج التعليمي)
أدب & دروس نص تعدين الموارد

تيودور, C., شميت, C., & فيجاي-شانكر, K. (2010). eGIFT: تعدين المعلومات جين من الأدب BMC المعلوماتية الحيوية, 11 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-11-418

غيض من الأسبوع الفيديو: OpenHelix على تطبيق SciVerse لتوسيع بحوث


شاهدنا كل المناقشات – على تويتر, في المجلات, الكثير من الأماكن – حول كيفية جمع, مخزن, العثور على واستخدام جميع البيانات التي يتم إنشاؤها ، وسوف يكون. هنا في OpenHelix نعتقد أن هناك منجم ذهب للبيانات العلوم الحيوية التي يتم مستغلة إلى حد كبير, وهدفنا هو المساعدة في جعل هذه البيانات في متناول الباحثين, الأطباء, المكتبات, الطلاب وغيرهم ممن المهتمين بالعلوم.

نذهب في تحقيق هدفنا في مجموعة متنوعة من الطرق, بما في ذلك: هذا بلوق مع به نصائح الأسبوعية, الأجوبة وغيرها من الوظائف; مع شركائنا المواد التعليمية عبر الإنترنت على أكثر من 100 البيولوجي والموارد قواعد بيانات مختلفة; ومع شركائنا يعيش التدريبات, وترعى الكثير منها من قبل مقدمي الموارد مثل مجموعة الجينوم UCSC المستعرض.

في تلميح اليوم سوف أعرض لكم آخر واحد من الجهود التي نبذلها ل “توسيع البحث” التي تظهر لك لمحة عن التطبيق OpenHelix أننا المصممة لل SciVerse منصة, الذي وصفه إلسفير باعتبارها “النظام الإيكولوجي توفير حلول سير العمل من أجل تحسين الإنتاجية العلماء ومساعدتهم في عملية بحثهم”. هذا التطبيق بمسح موقع ScienceDirect مقال في دورية لقاعدة البيانات أي أسماء أو عناوين URL التي نقوم تدريب على, ومن ثم يعرض قائمة من هذه الموارد في إطار من التطبيق. ويمكن للباحث استخدام هذه القائمة للانتقال من المادة البحثية لتدريبنا على كيفية استخدام الموارد, وعلى المورد نفسه. ونحن نعتقد أن هذا النوع من التكامل سيساعد توسيع البحوث عن طريق جعل من السهل العثور, وصول واستخدام البيانات ذات الصلة مع ورقة. إذا كان لديك الوصول إلى المواد عن طريق موقع ScienceDirect, وحاولت الخروج لدينا التطبيق, يرجى التعليق هنا & اسمحوا لنا أن نعرف ما هو رأيك, أو اقتراح تحسينات في المستقبل. كما يمكن أن تفكر في مراجعته لمعرض التطبيق. شكرا!

وصلات سريعة:

المحور SciVerse http://www.hub.sciverse.com

SciVerse معرض التطبيق http://www.applications.sciverse.com

OpenHelix وصف SciVerse التطبيق http://bit.ly/xtGcco

المراجع:
مرجع يظهر في تلميح (الاشتراك المطلوبة): مورتنسن, ه., & Euling, S. (2011). دمج البيانات الآلية وتعدد الأشكال لتوصيف القابلية الوراثية البشرية من أجل تقييم المخاطر البيئية الكيميائية في القرن 21 علم السموم والصيدلة التطبيقية دوى: 10.1016/j.taap.2011.01.015

OpenHelix المرجعي (خالية من PMC هنا): وليامز, ج., المنغنيز, م., Perreault - Micale, C., مخرطة, س., Sirohi, ن., & مخرطة, في. (2010). OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة إحاطات في المعلوماتية الحيوية, 11 (6), 598-609 دوى: 10.1093/bib/bbq026

SciVerse المرجعي (الاشتراك المطلوبة): Bengtson, J. (2011). ومن خلال موقع ScienceDirect SciVerse: طريقة جديدة لنهج إلسفير الخدمات المرجعية الطبية الفصلية, 30 (1), 42-49 دوى: 10.1080/02763869.2011.541346

ميزة جديدة, بحث المقالات, على موقع OpenHelix

إذا ذهبت إلى أكثر من OpenHelix الصفحة الرئيسية, عليك أن تبدأ في ملاحظة بعض الاختلافات. صفحاتنا الهبوط البرنامج التعليمي لديها الميزة الجديدة المضافة. لدينا الآن المقطع على كل صفحة الهبوط الذي يعرض أحدث الأبحاث في المجلات الوسطى بيوميد. مثلا, لقطة هنا لدينا GeneMANIA جناح تعليمي. في أسفل الزاوية اليسرى سترى 5 المقالات والبحوث الأخيرة التي استخدمت GeneMANIA من بيوميد الوسطى كتالوج من المجلات البحثية. وسيكون هذا مفيدا للمستخدمين للحصول على فكرة عن أي نوع من البيانات لديها الموارد والبحوث التي تتم باستخدام الموارد. هذا سيكون مفيدا أيضا للعثور على الموارد الأخرى التي قد تكون مفيدة (وكثيرا ما تكون مصدرا المذكورة ذات الصلة بالتعاون مع المورد من الفائدة).

هذه هي بداية لسلسلة من الميزات الجديدة ونأمل أن تضيف إلى صفحات مقصودة من شأنها أن تعزز من قدرة الباحثين على معرفة كل ما يمكن حول البيانات والأدوات المتاحة لهم. سنكون إضافة “نصائح الفيديو الأخيرة” وأكثر من ذلك القسم.

و, إذا كنت ناشرا للأدب البحث وترغب في الحصول على "قائمة البحوث التي أجريت مؤخرا’ مثل هذا الهبوط على صفحات المجلات لدينا الخاص (سوف تحتاج إلى الوصول إلى النص الكامل للمقالات), يرجى الاتصال بنا وكنا نحب أن نعمل معكم على أن تفعل ذلك لصالح عدد من المجلات الخاصة بك, الموارد, الباحثون ونعم, OpenHelix :).

في جهودنا المستمرة للحفاظ على وتوسيع نشاطنا قاعدة بيانات محرك البحث و, لدينا برامج تعليمية, لدينا بلوق وأكثر, ستلاحظ أيضا لدينا وأضاف الإعلان على الموقع. الإعلانات هي لافتة إعلانية الأعلى, إعلان ناطحة سحاب الجانبية وإعلان صغير على صفحات مقصودة التعليمي. يرجى النظر في عرض هذه الراعية إذا كانت تهمك. وسوف لا يكون على إعلانات الدروس برعاية مثل UCSC متصفح الجينوم و الناتج المحلي الإجمالي, و آخرون, كما أنها لن تكون مرئية من أي المشتركين في النشرة المصورة من الدروس.

إذا كنت ترغب في رعاية البرنامج التعليمي بحيث يكون متاحا للجمهور, سواء كنت المطور من أداة أو شركة, يرجى الاتصال بنا عن فرصة للحصول على التدريب والتوعية لعدد كبير من الباحثين.

أيضا, وإن لدينا عشرات الدروس التي ترعاها متاحة للجمهور, نحن لا يملك الكتالوج كبيرة من أكثر من 90 الدروس الإضافية المتاحة للاكتتاب. يمكنك قubscribe الوصول إلى هذه كفرد, الدائرة أو المؤسسة.

 

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

نصيحة الأسبوع: كلمة الإضافية للاعتراف الوجود

في تلميح اليوم أريد أن تجعلك تدرك أداة أعتقد أنه سوف يساعد الباحثين على تقديم البيانات والمنشورات الخاصة بهم بطريقة دقيقة وقابلة للبحث عالميا. تعلمت من الموارد (UCSDBioLit) من خلال مقالة في الآونة الأخيرة واحدة من بلدي بيوميد الوسطى رسائل البريد الإلكتروني المقالة التنبيه. هذا المورد يسمح الكتاب للاحتفال متابعة المنشورات الخاصة بهم مع علامات XML حيث يكتبون اوراقهم. سيسمح هذا البحث الدلالي بشكل أسرع وأكثر دقة من أبحاثهم.

وثمة مشكلة كبيرة في العلم اليوم هو القدرة على البحث بسرعة قاعدة كبيرة من المطبوعات وبدقة وكفاءة العثور على البيانات التي كنت مهتما. نحن هنا في OpenHelix التركيز على سبل الحصول على نحو فعال وبكفاءة المعلومات من قواعد البيانات العامة والموارد, ولكن في الطرف الآخر من العملية هو القدرة على المعرفة العلمية ليكون المنسق في تلك الموارد. وقد ظهرت لنا biocurators والعمل الهائل الذي يقومون به عدة مرات في الماضي, ولكنه العمل الذي لا ينتهي أبدا ، ويمكن عمل مكثفة جدا. غالبا ما كان ينطوي triaging الأولي للأدب الحقل, مستوى معين من جمع المعلومات التلقائي, ومن ثم الجهد اليدوي الدقيق من جانب العلماء في الموارد لجمع وتقديم المعلومات من خلال موقعهم. أنا أعرف من التجربة الشخصية بأن عملية قراءة ورقة, توضيح تفاصيل البحوث مع مؤلف, ومن ثم يمكن تقديم هذه المعلومات إلى الارتياح البلاغ أن تكون طويلة جدا & عملية مكثفة العمل, لأمينة على حد سواء والمؤلف الأصلي.

لسنوات كان هناك مناقشة من curation الخبراء '’ فيها خبراء في مجال استعراض موجز مؤلف أو صفحات في مورد, أو المهرجانات المجتمع curation, الخ. وكانت هناك العديد من ثمار هذه الجهود, ولكن في المشاركة العامة منخفضة. ولكن الذي هو أكثر من خبير في البحوث التي نشرت غيرها من المؤلف نفسه? لو الكتاب / ستمثل ما يصل أوراقهم الخاصة خلال عملية النشر, لا يمكن إلا أن يكون أكدوا أنه سيكون دقيقا لكنها لن تساعد في جعل أبحاثهم عالميا للبحث من دون تأخير من خلال searchability اللازمة لمورد معين. حتى الآن وثيقة علامة المتابعة ولم تكن عملية سهلة إلى حد كبير واعتبرت "لا يستحق كل هذا الجهد’ بالنسبة لمستوى الإسناد / الاعتراف التابعة له.

المقالة الوسطى بيوميد يقوم بعمل لطيفة من الخطوط العريضة ومناقشة العديد من هذه القضايا. وتشير العديد من الجهود والموارد الأخرى, يشرح دوافعها وتنفيذ البرامج الخاصة بهم. وهناك ميزة جميلة من الأداة هو أن هناك ميزات التشغيل المتداخل, والالتزام الحقيقي لتتوافق مع المعايير الحالية للممارسة. المقالة كما يعرض ملحق من عناوين الموارد الجماعات الأخرى المشاركة في البحث الدلالي ونشر الأدب. أنا لا سيما مثل هذا الاقتباس من ورقة:

كلمة الإضافية المقدمة هنا سوف تساعد المؤلفين في هذا الجهد باستخدام معايير المجتمع وجعل من الممكن للكاتب المستند, الخبير المطلق على المحتوى, للقيام بذلك خلال عملية التأليف ، وتقديم هذه المعلومات في وثيقة المصدر الأصلي.

يمكنك أن تجد أيضا دروس موجزة حول استخدام الأداة في SciVee: أضف كلمة وذلك لدرس الاعتراف أنتولوجيا (1 من 4): عملية تثبيت

كملاحظة, الأدب علامة المتابعة وتمكن في الوقت الحاضر منطقة نشطة – وجدت ماري أخرى أدب التعامل مع الموارد و ورقة كذلك: تحقق من غيض, المقالات & الأدوات. قل لي ماذا تجد / التفكير. شكرا! (OH, وسانت سعيد. باتي ليا!)

UCSDBioLit المرجعي:
ResearchBlogging.org
الواش, ج., Fernicola, P., تشاندران, ر., Parastatidis, س., واد, أ., نعيم, O., كوين, غ., & بورن, ف. (2010). كلمة الإضافية للاعتراف الأنطولوجيا: الدلالي إثراء الأدب العلمي BMC المعلوماتية الحيوية, 11 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-11-103

نصيحة الأسبوع: إدارة & تبادل الإشارات مع Mendeley

غيض هذا الاسبوع هو قليلا خارج الموضوع (كما هو الحال في قواعد بيانات الجينوم), لكنه هو العلم / علم الأحياء ذات الصلة وشيء نحتاج جميعا. هناك الكثير من الاحتمالات وبرامج إدارة مرجع هناك مثل تعليق ختامي, بعض كبيرة على شبكة الإنترنت 2.0 مواقع الشبكات الاجتماعية مثل Connotea (طبيعة النشر) و CiteULike (عارضة خشبية) وبعض أدوات إدارة PDF. Mendeley يريد أن يكون كل ثلاثة. أحب فكرة الكثير. بدلا من الاضطرار 2 أو 3 تطبيقات منفصلة, سطح المكتب و / أو على شبكة الإنترنت, إلخ, لديك واحدة للحكم عليهم جميعا. طبعا الحاشية والحاشية على شبكة الإنترنت, ولكنها ليست مجانية (Mendeley مجانية, وسوف الميزات التي تقدمها الآن البقاء مجانا. فإنها تقدم مزايا جديدة للمستخدمين المحترفين في وقت لاحق مع رسم). يمكنك تصدير مراجعك في Connotea وCiteULIke, لكنها خطوة إضافية مزعج. وقد تجربتي الأولى مع Mendeley إيجابية جدا, حتى ظننت فما استقاموا لكم فاستقيموا لهم أعرض لكم هنا.

عامل التأثير

أتذكر النظر في “فيmpact عامل” من المجلات عند تقديم الأوراق البحثية, ويتساءل ماذا عامل تأثير ورقة محددة قد تكون نشرت أنا بدافع الفضول. لا سيما على محمل الجد, وكان مجال عملي ضيق بما فيه الكفاية في بلدي دكتوراه. البحوث التي لم يكن هناك سوى عدد قليل من المجلات حتى النظر, لذا كان من عادة اختيار بسيط جدا. وعلى كل مادة من المواد, أنا متأكد من أنني عرفت 4 الناس في العالم الخارجي مختبري التي كانت مهتمة في بحثي (انا المزاح, قليلا). خلال مرحلة ما بعد الدكتوراه بلدي, وكان بي بي جيدة والمجلات اختيار استنادا إلى المادة, المجلة جمهور… وعامل التأثير.

ولكن عامل قياس الأثر لديه مشاكل انها (المادة المستوى القياسات وتطور أثر العلم, Neylon و وو. بلوس بيول 7: e1000242), وهناك دائما بحث لقياس مدى تأثير المجلات والمقالات أفضل الفردية, أو على الأقل بطريقة مختلفة. جيد, واحد من بلدي المواقع المفضلة لديك والعلوم واحدة من بلدي الناشرين مجلة المفضلة وResearchBlogging.org بلوس, عملوا معا لقياس تأثير المقالات الصحفية. بلوس لديه الكثير من المقاييس لنرى ما تأثير "’ من قد يكون مقال, والآن انهم أضاف متري لمعرفة عدد مرات لقد كتب على بلوق حول استخدام مثل تجميع بلوق Postgenomic, بلوق وخطوط طبيعة مدونات, والآن ResearchBlogging.

أود الشراكة مع ResearchBlogging تحديدا بسبب تجميع بلوق في حين أن الآخرين ليسوا بالضرورة اختيار المقالات التي تناقش العلم من هذه المادة (Postgenomic) أو تجميع مجموعة فرعية فقط من العلم هناك بلوق (طبيعة مدونات), ResearchBlogging هو على وجه التحديد بلوق المشاركات مناقشة البحوث من دلفيون.

بالطبع أنا لا أجد هذا مفيدا بشكل خاص للمقارنة بين مادة واحدة ضد أخرى (ليست أفضل مقالات كتبت عنها دائما, وربما تلك التي لا تكون في تجميع بلوق), ولكنني أعتقد أن هذا سيكون طريقة رائعة لمواصلة الحوار وحفر أعمق في موضوع البحث.

يمكنك عرض متري على أن أي مادة بلوس, على سبيل المثال حتى أنني وتصل إلى أعلى, انقر على “متري” التبويب, انتقل لأسفل قليلا حتى تشاهد عنوان “بلوق التغطية.” لهذا المقال, سترى المشاركات ResearchBlogging two (حتى كتابة هذه السطور), مقياس لهذه الورقة حول المقاييس :).

نصيحة الأسبوع: خرافة, التعدين النص للأدب على الجينات البشرية

fable_thumb وقبل بضعة أسابيع منذ جلبت لنا لك غيض من الاسبوع حول CHOP CNV قاعدة البيانات. نفس الاشخاص الذين يجلبون لكم ان قاعدة البيانات أيضا أن تفعل أسطورة (سريع الآلي استخراج الأدب الطبية الحيوية), أداة الأدب التعدين. تستخدم الأداة خوارزمية متقدمة للعثور على الجينات البشرية التي ترتبط بشكل مباشر في البحث عن الكلمات الرئيسية ومن ثم العثور على تلك الجينات الأدب. أداة لديه بعض الميزات الرائعة وأنه وسيلة رائعة للعثور بسرعة على الأدب من الجينات في المصالح. وسوف تلميح اليوم أعطيك مقدمة سريعة إلى أداة.

(إعادة)قواعد التمويل الثاني

ResearchBlogging.orgهكذا, كتبت عن defunding الموارد وذكرت ورقة في فترة وجيزة قاعدة بيانات حول التمويل (أو "re'funding) قواعد البيانات والموارد. أود أن نناقش هذا أبعد قليلا. ورقة, من قبل وشاندرا. إلى, يناقش قواعد البيانات وكيفية, لاستخدام فترة ولايتهم, مراكز الموارد البيولوجية (جمعية الصليب الأحمر البريطاني) هي للحفاظ على السلامة المالية.

اسمحوا لي أن أول دولة, وأنا أتفق تماما مع الفرضية, وقد أصبحت قواعد البيانات والموارد التي يتحتم. نموذج سابق من “نشر نتائج التجارب وتبادل المواد البحثية reated” يجب أن تشمل. لأنها دولة:

بيد أنه لم تعد كافية لتبادل البيانات من خلال وسائط النشر التقليدية, و, ولا سيما مع إنتاجية عالية ('-omics) التكنولوجيات, تبادل مجموعات البيانات يتطلب تم تقديمها إلى قواعد البيانات العامة طالما الحال مع الحمض النووي وبيانات تسلسل البروتين.

المؤلفون الدولة, في الواقع, أن النموذج المالي لمعظم قواعد البيانات البيولوجية (نحن نتحدث عن آلاف موجودة), وقد تم في كثير من الأحيان 3-5 العام تمويل التنمية, الذي يعمل مرة واحدة من أصل, حاجات البنية التحتية لتكون معتمدة من قبل مصدر آخر. في الواقع, هذا قد يؤدي إلى defunding من قواعد البيانات مثل طير و VBRC (وغيرها الكثير), ممتازة مع بيانات الموارد والأدوات التي لا يمكن تعويضها, ثم أنه يجب النضال لايجاد التمويل للحفاظ على تكاليف باهظة لتمويل البنية الأساسية والتطوير المستمر.

مطالب للبحث العلمي, فتح, البيانات المشتركة, تتطلب نموذجا التمويل التي تحافظ على الطبيعة متاحة للجمهور من قواعد البيانات هذه. وبالتالي المشكلة لأنها دولة:

إذا, لأسباب مالية, جمعية الصليب الأحمر البريطاني غير قادر على أداء مهامهم في ظل ظروف التي تلبي متطلبات البحث sceintfic deamnds والصناعة, وسوف نرى إما العلماء معلومات قيمة المفقودة أو نقله إلى البيئة التجارية في الشرق بدقة نتيجتان: (أنا) الحصار من الوصول إلى هذه المعلومات و / أو تكاليف مرتفعة ، و (الثاني) فقدان البيانات وpotentioal لنقل التكنولوجيا في المستقبل المنظور. في كلتا الحالتين فإن التأثير على المجتمع العلمي على حد سواء وأوسع تكون ضارة.

ثانية, وأنا أتفق.

يناقشون عدة حلول ممكنة للحفاظ على سلامة قواعد البيانات المتاحة للجمهور بما في ذلك نظام القطاعين الخاص والعام حيث الطبقة المزدوجة مقابل أرباح تدفع رسوم سنوية والباحثين الأكاديميين من الوصول بحرية. يذكرون Uniprot, وخضع فيه أزمة التمويل أكثر من عشر سنوات, كمثال. Uniprot (ثم Swissprot) عدت لاستكمال التمويل العام في 2002. لا تزال هناك العديد من قواعد البيانات الأخرى التي تحاول تمويل نفسها من خلال هذا النموذج. BioBase هي واحدة حيث كانت مطوية عدة قواعد بيانات. TransFac هو واحد. هناك مجانا, تخفيض وظائف, الإصدار ما هو متاح للأكاديميين عن طريق الجينات وregulation.com أكمل نسخة للاشتراك في BioBase. هذا الإصدار السابق يسمح بعض البيانات المشتركة, كما يمكن للمرء أن يرى في VIEW أو UCSC. أنا لست مطلعا على القطاع المالي من BioBase ونماذج أخرى مماثلة, وأفترض أن العمل لبعض, لكنني أتفق مع الكتاب أن قواعد البيانات وموارد مفيدة كثيرة ستكون مضطرة إلى الإبقاء على هذا الطريق.

وتشمل الإمكانيات الأخرى بما في ذلك قواعد البيانات بالكامل تحت آلية تمويل مؤسسة عامة واحدة. في العديد من قواعد البيانات من نكبي و بنك الاستثمار الأوروبي يصلح هذا النموذج. في الواقع, بل هناك أن تطوى القضية الأخيرة من الموارد في هذا النموذج في NCBI. ثانية, هذا يعمل لبعض, ولكن ليس كل موارد مفيدة.

فإن معظم أن تجد أساليب متغيرة لتمويل قواعد بياناتها. نظرا لأهمية ذلك, فمن الضروري أن يتم العثور على نماذج قابلة للتطبيق. الكتاب يرفضون, خارج عن السيطرة, إعلان. كما يذكرون, ولن يمكن استخلاصها معظم المعلنين على الإعلان الموقع من دون رؤية ما لا يقل عن 10,000 زائر شهريا. قد يكون هناك بعض الحقيقة في هذا (وأنا بحاجة لقراءة المرجعية التي يستشهد التي تستخدم لمرة أخرى أن ما يصل).

ولكن النموذج التالي يقترحونه يبدو لي أن لديهم نفس العيب. في هذا النموذج, فإن قاعدة البيانات أو الموارد دينا شراكة 'من الكفاءات الأساسية.’ مثال هو يستشهدون MMDB (وينبغي عدم الخلط مع MMDB). هذا المخزون الظاهري الماوس متحولة توفر وصلات مباشرة لمحاكمة Invitrogen من المعلومات الجينية قد حان لصفحة المنتج. يذكر أنه على الرغم من أنها 6 اقتربت الشركات, ورد واحد فقط. يبدو أن هذا النموذج لديها نفس القضايا بيع الإعلانات مباشرة.

يذكرون أيضا أن, على الأقل بالنسبة للمجتمع أبحاثهم الجينوميات الماوس وظيفية, “التمويل المؤسسي” يبدو أن أفضل حل للبقاء على الأجل الطويل والنفاذ المفتوح. للأسف, حتى مؤسسات مثل المعهد الوطني للصحة وEMBL هي راغبة أو قادرة على تمويل هذه قواعد البيانات, لست متأكدا من أن هذا الحل thats أ.

كما ذكر في ورقة, معدل النمو في كميات وأنواع البيانات التي يتم توليدها من الأسي. أنا لست متأكدا من أن الحكومة أو التمويل المؤسسي يمكن أن تبقي ماليا حتى مع السكن والبنى التحتية اللازمة لصيانة وتطوير قواعد البيانات هذه بحيث أن جميع البيانات التي تم إنشاؤها يمكن أن تبقى علنا ​​وبحرية الوصول.

المعلومات يجب أن تكون حرة, ولكن للأسف ليس من دون ثمن. وسوف يكون من المثير للاهتمام أن نرى كيف التمويل من قواعد بيانات وموارد تطور سريع في هذا العالم المتزايد الجينوميات (ويتحتم علينا معرفة الحلول).

PS: على صعيد شخصي, الكتاب استخدام مواردها, EMMA (ماوس المسخ الأوروبي الأرشيف), كمثال على ذلك في ورقة. أود باسم لأنه هو اسم ابنتي, لكنه يذهب لمجرد يثبت أن الأسماء تأتي في موجات. اسمه نحن تفكيرنا ابنة قليلة سيعلن اسم ابنتهما نفس. عندما قواعد البيانات حتى اسم نفس الاسم, كنت أعرف أن هذا ليس هو الحال.

Chandras, C., حائك, ت., Zouberakis, م., سميدلي, د., Schughart, ك., روزنتال, ن., هانكوك, ج., Kollias, غ., سكوفيلد, P., & أيدين, في. (2009). نماذج لتحقيق الاستدامة المالية من قواعد البيانات والموارد البيولوجية قاعدة بيانات, 2009 دوى: 10.1093/database/bap017