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Instruction précède l'innovation

OpenHelix est fondée sur la prémisse et de Marie fait le point encore récemment sur un poste client sur les blogs de la nature: SciVee – Mettre la science au Visible.

Avez-vous RTFM? Allez-dire la vérité. Lorsque vous approchez d'un nouveau logiciel, lisez-vous le manuel de l'foutu «premier? Ouais. Pensée de sorte. Ne vous inquiétez, c'est un phénotype commun. En fait,, nous sommes pratiquement sûrs que les scientifiques sont parmi les OpenHelix une fraction minuscule de personnes avec un allèle rare pour la lecture manuel du logiciel. Mais les bonnes nouvelles est que nous avons trouvé un moyen d'aider les gens allèles rares non.

(RTFM… “Lire les désespérés "’ manuel” … F étant quelque chose d'autre… c'est un blog familial, après tout).

Nous devons absolument savoir que une heure ou un peu de certaines de formation structuré et l'apprentissage d'un outil biologique de base de données ou l'analyse permettra d'économiser quelques jours chercheur, parfois des mois, de travail. Parfois, il se traduira par la différence entre faire une découverte étonnante… ou en appuyant sur une impasse.

Eh bien, c'était agréable à lire aujourd'hui dans un commenter dans la nature (David piston, P440, derrière un mur de souscription) un parfait exemple de ce que nous sommes des évangélistes sur:

En tant que chef des laboratoires de l'Université Vanderbilt de microscopie de base, J'ai récemment rencontré un collègue et son élève pour discuter de leurs résultats déroutants d'une expérience étudiant les interactions entre protéines dans les cellules. Après application d'un traitement qui aurait perturbé l'interaction de deux protéines particulières à l'intérieur de la mitochondrie, ils ont encore vu les protéines interagissant. L'étudiant dit que, pour mesurer l'interaction qu'il avait utilisé une image commerciale automatisé- Système d'analyse. Il ne comprenait pas comment il a travaillé, alors il a utilisé les paramètres d'un collègue à partir d'une expérience différente. Mais, sans lui rendre compte, cela avait masqué l'ensemble de la cellule à l'exception de la mitochondrie. S'il avait

modifié les paramètres de quitter la cellule entière démasqué, il aurait vu que les protéines étaient désormais présent dans les mitochondries dans des quantités relativement petites par rapport au reste de la cellule, et ainsi de leur interaction avait été perturbée - le traitement était, en fait,, de travail.

Dans ce cas,, ce n'était pas l'inspiration qui lui faisait défaut - il était d'instruction.

Il examine ensuite comment l'automatisation de la recherche a été une aubaine, encore dans le même temps un fléau.
Il est rendu plus facile d'obtenir des recherches effectuées. Cela va ressembler à un «haut de la colline dans les deux sens… dans la neige’ histoire, mais une courte (oui, Dis-je.. Bref) 20 ans, quand j'ai commencé le séquençage rétrotransposons chez la drosophile, J'ai utilisé la méthode de Sanger et utilisés pour combler les voies et ruelles de gels polyacrylimide. Quelques milliers de paires de bases de la séquence a pris du temps, que dans jour (ou des semaines quand j'ai fait une erreur stupide et fissuré l'immense verrière mise en place de notre technicien de laboratoire brillante mise en place). Aujourd'hui, c'est rapide et automatisé, ultra rapide. Comme dans des centaines de millions de paires de bases dans le même laps de temps.
Mais, comme le Dr. Piston explique dans le commentaire, ce qui conduit à des chercheurs qui ne comprennent pas complètement comment l'outil fonctionne et les meilleurs paramètres à utiliser:
qu'ils perdent du temps en utilisant une technologie- nique de façon abusive ou, aussi tragique, manquer quelque chose d'excitant quand ils supposent qu'un résultat étrange signifie qu'ils ont fait quelque chose de mal et ils n'ont jamais suivi.
Il parle principalement des outils expérimentaux sur le banc et la nécessité pour plus d'éducation et d'instruction. Mais il va doublement pour les bases de données et des outils d'analyse de calcul, bases de données et des outils qui peu près n'importe quel et tous les chercheurs en biologie ont maintenant besoin pour accéder et utiliser régulièrement… ou si.
Nous avons un si grand nombre de nos propres anecdotes le long de ces lignes. Il était le chercheur en mycologie qui, quand nous leur avons montré quelques bases de données d'un couple de l'information mycologique, étaient ravis. Mon meilleur anecdote était un éminent chercheur (ne dirai pas qui, où et quand :D) qui a pris un atelier avec nous sur le génome UCSC et les navigateurs Tableau. Ce chercheur est venu vers moi après et m'a montré les recherches effectuées dans le laboratoire et le mois où ils avaient passé dans une impasse en essayant d'analyser les données. A la fin de l'atelier, ils ont trouvé leur réponse et nous a dit que le 4 heures de cours probablement juste les a sauvés 6 mois de travail.

Nous avons beaucoup d'anecdotes comme celle.

Lire le commentaire, Dr. Piston a des arguments très valables et importants et des suggestions.

Oh, et… voici la fiche totalement éhontée… vous pouvez toujours aller voir nos parrainés tutoriels en libre accès et faire les exercices UCSC Genome et sur les navigateurs de table, ENCODE, APB et d'autres. Ou nos autres 100 tutoriaux (Abonnement). Ou l'un des notre presque 200 conseils hebdomadaires (accès ouvert).

Et nous allons avoir une série de webinaires dans le prochain semestre, le premier à être annoncé dans à peu près une journée. Alors gardez regarder ici.

Rappelez-vous, instruction vient avant l'innovation. Vous pourriez économiser des mois de travail… ou encore mieux, faire une découverte que vous ne l'aurais jamais fait autrement.

Piston, D. (2012). Les outils de recherche: Comprendre comment ça marche Nature, 484 (7395), 440-441 DOI: 10.1038/484440une