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我在野外的珍稀照片….

波士顿市中心, 在塔夫茨医学中心, 歌功颂德的IMG和 综合微生物基因组资源.

我爱作坊,只需要一个橘线之旅.

今天,我们正在做的 世界旅游资源的基因组学. 明天是UCSC基因组浏览器 (简介 + 先进的), 和星期四 进行编码. 所以,如果你要到车间转承你可以检查我们的教程对这些. 在幻灯片, 讲义, 和演习都是在那里供您下载,如果你想.

正如我爱的在线培训和在线研讨会和所有, 你真的获得重要信息的需求在房间里的人,你只是没有真正从intertubz, 我不喜欢做的物质生活.

一周的视频提示: JGI的微生物资源


就在一个月前的一个问题 自然 有两个从文章 人类微生物群系项目财团 – 你可能已经看到他们, 或注意到 星期五SNPets 我们不得不对他们的项目. 我答应过自己,我想读的文章 (我做到了), 我访问我的老朋友 IMG (综合微生物基因组) & IMG / M期 (与微生物组样品的IMG) 看到什么是在这些新 强大的微生物基因组资源. 在今天的小费,我决定把我访问你跟我一起, 因为我发现,IMG目前拥有的资源致力于人类微生物群系项目有关的基因组分析称为 综合微生物基因组,人类微生物群系项目, 或IMG /麝香保心丸. 我们参观IMG / M期 (简要) 和在IMG /麝香保心丸在今天的尖端.

当我提到︰老朋友, 我真的有这样的感觉 – 我们 教程关于IMG* 是我的第一个项目一个OpenHelix. 我是新, 和IMG是新的, 已在三月公布 2005, 仅几个月前,我创建了我们的教程 (在6月的 2005 释放, 如果我记得正确). 他们已经成长为这样一个广泛的, 强大的资源。. 给你一个想法,他们成长的速度有多快 & 发达, 我们目前的IMG教程是版本 12 我会工作的版本 13 只要我完成更新我们的新元教程. 当我们第一次创造了我们的 IMG /教程*, 宏基因组是一个相对较新的概念和资源,包括共 24 微生物样本 – 现在有超过 1000!

但足以与怀旧, 让我们资源! :) IMG /集成隔离微生物基因组序列,从综合的微生物基因组的宏基因组数据 (IMG) 制度,使进化的组成和功能或代谢的总基因组的潜力分析 (metagenomes) 在微生物群落 (microbiomes). 作为人类微生物群系项目的一部分产生的基因 (麝香保心丸) 纳入IMG /通过IMG的RefSeq中号. IMG /资源允许用户分析宏基因组, 基因组, 通过项目的清单,并操纵他们在“分析大车”的基因和功能. 也可以使用自己的“宏基因组详细资料”页中提供的工具进行分析,宏基因组. 这些选项中更详细地解释,比我可以覆盖在这里的IMG / M参考我下面的网站. 我也链接到最新的IMG出版, 因为它的理解是必不可少的了解任何的IMG / M为主的资源.

* 此资源可用于个人购买或通过订阅OpenHelix教程.

快速连结:
综合微生物基因组 (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

与Microbiomes综合微生物基因组 (IMG / M期): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

综合微生物基因组,人类微生物群系项目 (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

关于IMG OpenHelix入门教程: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

关于IMG / OpenHelix入门教程: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

参考文献:
维克多中号. 马科维茨, 我min后. 陈, 朱孝天, 欧内斯特·司徒, 克里希纳帕拉尼亚潘, 尤里Grechkin, 安娜·拉特纳, biju雅各, 爱丽达帕蒂, 马塞尔Huntemann, 康斯坦丁Liolios, 约安娜帕加尼, 伊恩·安德森, 康斯坦丁Mavromatis, 纳塔利娅列印. 约翰, & 尼科斯·ç. Kyrpides (2012).
IMG / M期: 宏基因组数据的综合管理和对比分析系统 原子核. 氨基酸水库. , 40 分类号: 10.1093/nar/gkr975

维克多中号. markowitz1, 我min后. 陈, 克里希纳帕拉尼亚潘, 朱孝天, 欧内斯特·司徒, 尤里Grechkin, 安娜·拉特纳, biju雅各, 京华黄, 彼得·威廉姆斯, 马塞尔Huntemann, 伊恩·安德森, 康斯坦丁Mavromatis, 纳塔利娅列印. 约翰, & 尼科斯·ç. Kyrpides (2012). IMG: 综合微生物基因组数据库,并对比分析系统 原子核. 酸水库。, 40 分类号: 10.1093/nar/gkr1044

提示的周: 三年级的一个小技巧 (去年的一半 2010)

正如你可能知道, 我们一直在做 提示-的-的周 三年了. 我们已完成约 150 小珍闻介绍各种资源. 截至今年年底,我们已经建立了一个传统节日排序: 我们正在做一个总结后,收集所有. 一.

下面是从今年上半年的提示, 以下你会发现从去年上半年的提示 2010 (你可以看到过去几年’ 秘诀在这里: 2008 在, 2008 二, 2009 在, 2009 二):

七月

七月 7: 薄荷的蛋白质相互作用, 介绍了薄荷,研究蛋白质相互作用
七月 14: 介绍到NCBI的蛋白质数据库更改, 因为它国 :D
七月 21: 1000 基因组项目浏览器, 1000 基因组项目的试验数据输出, 这是浏览器.
七月 28: 在银河ř遗传学, 银河的分析和工作流程的工具将ř遗传学分析工具.

八月

八月 4: YeastMine, 新元增加了一个InterMine能力的数据库搜索.
八月 11: 鹅群基因组浏览器, 一种工具,允许对基因组数据的可视化, 部分 “鹅群组件”
八月 18: 布伦达, 全面酶信息.
八月 25: 小鼠基因组病理学, 不像其他提示, 这不是一个视频,而是详细介绍了一个新网站.

九月

九月 1: 银河页, 并介绍了新的社区在银河的文件和共享能力.
九月 8: 品种. 一个格子数据库. 一种资源,集成了单核苷酸多态性和人类的变化数据的CNVs.
九月 15: CircuitsDB的TF / miRNA的/基因调控网络.
九月 21: Pathcase数据的途径.
九月 29: 毒物基因组学数据库的比较 (温深电导), VennViewer. 一个新的工具来创建维恩图来比较相关的基因数据集, 疾病或化学品.

十月

十月 6: BioExtract服务器, 一个服务器,允许存储数据的研究, 分析数据和创建数据的工作流程.
十月 13: NCBI的表观, “除了基因组” NCBI的网站的信息和数据表遗传学.
十月 20: 微生物数据库的比较 包括IMG, UCSC的微生物和Archeal浏览器, CMR和其它.
十月 27: iTOL, 互动的生命之树

十一月

十一月 3: VISTA的增强浏览器 探索可能的调控元件比较基因组学
十一月 10: 规范信息获取基因 从UCSC浏览器. 需要一个基因版本的“统治他们”?
十一月 17: 在UCSC基因组浏览器的编码数据, 整个 35 一分钟教程ENCODE项目.
十一月 24: 弗林克. 一种工具,以一种有意义的联系方式和加权NCBI数据库中的一个项目到另一个.

十二月

十二月 1: PhylomeDB. 一个对许多物种的基因数据库系统发育.
十二月 8: BioGPSݿ 为表达数据的多.
十二月 15: 挑战, miRNA的目标网站的数据库.

提示的周: 微生物数据库的比较


几个星期前 评论者问我一个比较 IMG (综合微生物基因组)UCSC的微生物基因组浏览器. 我一直在探索 & 自那时以来思考 & 我要去给一个非常简短的两种资源在今天的小费比较 & 我会扩大到其他资源的比较在这里这个帖子的文字.

继续阅读

新闻关于综合微生物基因组 (IMG) 资源

我有几个关于新闻项目 IMG, 微生物基因组或综合, 从 美国能源部联合基因组研究所. 第一项 是,他们的九月 2010 本周发生释放. img是现在的版本 3.2, 已更新功能和新的/修订一堆基因组. 我已经开始更新我们的教程 & 会让你知道什么时候被释放. 这不是最疯狂的水平变化的工具,我已经看到从该组, 但是党, 他们肯定不会对他们吃老本! 他们不断改变和提高它们的接口和数据库.

如果你从事微生物研究,并有尚未选中了这个强大的资源, 我强烈建议你做. 我们一直在训练,因为在这个资源 2006 真正相信它的价值, 这似乎加强与他们的每一个版本. 玛丽 & 三分球在美国国立卫生研究院提出一个IMG车间最近令人惊讶的是他们的许多研究人员并不知道的IMG. 我们经常听到的那个漂亮的,这是太糟糕了, 它有这么多的微生物提供社会和其他人也.

第二个项目 是IMG的一个注解工具,专门设计的本科教育. 弗里德贝格易多将此描述为“路爽’ 在一 最近的鸣叫. 该方案/界面名为 “综合微生物基因组注释的协作工具包 (IMG幕)“, 并且具有一定的关联的 “圆梦教育热巴基因组” 由珍古道尔研究项目. “解决方案” 看台上的细菌和古细菌基因组百科全书. 这两方面的努力旨在鼓励 本科生科研的微生物基因组注释, 这可能会导致“另类科学事业’ 作为一 biocurator!

你可以阅读他们的PLoS Biology杂志上有关该工具的所有文章 “结合基因组学和生命科学上的生物信息学课程“, 或看到 参观计划/接口这里. 这次参观使界面看起来有点笨重我, 但经过深思熟虑与很多问题的解决方案/常与本科班的相关问题. 该文件确实提供了一个很好的概念概述, 协作, 和初步成果 2008-2009 方案.

注册量正在发生的 2011-2012 版本的程序. 时间框架如下:

时间轴参与:
1. 申请成为部分 2011-2012 小组由星期一, 十一月 5, 2010 (下载的应用程序)
2. 验收后, 出席研讨会在珍古道尔研究 (一月 2011)
3. 实施 2011-2012 学年

可以看出 在本页面底部.

IMG幕参考:
ResearchBlogging.org短诗, j的, Kvaal, 三, Goodner, 二, Freyermuth, 学, 贝利, 三, 布里顿, 河, 戈登, 学, Heinhorst, 学, 芦苇, 光, Xu光span>, Z., Sanders-Lorenz, E., Axen, S., 金, E., 约翰斯, 米, 斯科特, K., & Kerfeld, ç. (2010). 结合基因组学和生命科学上的生物信息学课程 PLoS生​​物学, 8 (8) 分类号: 10.1371/journal.pbio.1000448, z的, 桑德斯-洛伦茨, 大肠杆菌, 阿克森, 学, 金, 大肠杆菌, 约翰斯, 米, 斯科特, 光, & Kerfeld, ç. (2010). 结合基因组学和生命科学上的生物信息学课程 PLoS生​​物学, 8 (8) 分类号: 10.1371/journal.pbio.1000448

确定, 真的, 我要再次博客…

对不起,后期稀疏. 我们所有的地方做 UCSC基因组浏览器 (我们做介绍 + 先进的), 进行编码, 和 星系 工作坊. 在美国国立卫生研究院,我们也做了 IMG查看 (男, 美国国立卫生研究院,在激烈的安全性….). 三分球依然在路上, 事实上, 这样做的 在摩洛哥的培训.

确定, 你不能有…但所有这些培训都在我们的网站现在, 除了为进行编码. 我们在网上的材料做的是同样的材料,我们在车间. 只有一个是那些需要订阅的IMG. ,你不会作为一个独立的教程编码尚未–但说的未来. 我们现在有发送脚本工作室,我们将很快组装.

我要提一件事,我们认为有趣的是, 我们看到我们几乎在每一个培训. 几乎每次, 超过一半的与会者在我们的培训是女性. 基于你对女性下降的管道科学的阅读, 你觉得会有没办法,我们甚至会得到 50%. 但一般是超过一半的妇女在这些培训. (我们有数据,如果任何人都可以认为我们可以用一种方式,获得赠款 :) )

我们目前的理论是,妇女更容易承认他们可能使用的培训 (类似问…你知道…?). 还是男人喜欢文档? 我们不知道. 你的理论是什么?

对于Ensembl遗产和基因组浏览器概述新增和更新的线上教学

在公开Ensembl基因组浏览器和一个全面的概述教程使研究人员能够迅速和有效地利用这些宝贵的资源.

西雅图, 西澳 (华美) 四月 26, 2010 — OpenHelix今天宣布成立一个新的教程上Ensembl可用性, 以及对基因组浏览器概述更新教程套房.

Ensembl 是基因组浏览器的可视化和分析人类和其他许多物种的基因组. 虽然Ensembl最近更新的浏览器软件, 许多物种的基因组浏览器仍然使用 旧版本的浏览器. OpenHelix有最新版本的教程, 现在已经创建了一个新的教程, Ensembl遗产, 研究人员了解他们可能遇到的与旧版本. 概述基因组浏览器是一个更新的教程,研究人员介绍一些比较流行的基因组浏览器,包括Ensembl, 地图查看器, UCSC基因组浏览器, 综合微生物基因组 (IMG) 浏览器和GBrowse软件. 这两个教程, 在较大的一起, UCSC的基因组和表浏览器深入OpenHelix教程, GBrowse. IMG, IMG / M期, Ensembl和MapViewer的和人会给你培训资源,以帮助在访问和分析基因组数据的高效率和有效.

本教程套房, 可通过年度OpenHelix订阅, 包含在线, 叙述, 多媒体教程, 它运行连接到Web浏览器中的几乎所有, 随着幻灯片的完整剧本, 讲义和练习. 随着教程, 研究人员可以很快学会有效地使用这些资源. 这些脚本, 讲义和其他材料也可以用来作为参考或培训其他.

这些教程将教会用户:

Ensembl遗产

*有关Ensembl的软件和它的开发
*如何访问旧版本的浏览器,从Ensembl存档
*版本之间的异同
*Ensembl一些例如安装在其他数据库

基因组浏览器概述

*哪里可以找到这些 5 有用的工具
*组织和显示功能的概述
*一些指导如何或为何选择为你的研究给定的浏览器需要
要了解更多有关这些和超过了 85 其他教程套房访问 OpenHelix目录OpenHelix. 或访问 OpenHelix博客 最多最新的关于基因组学和基因组资源的信息.

关于OpenHelix
OpenHelix, 有限责任公司, (www.openhelix.com) 生物信息学和基因组学提供了搜索和培训门户, 让研究人员找到一个地方,学习如何使用网络资源和数据库. 搜索门户网站的搜索数百OpenHelix资源, 教程套房和其他材料的研究,以最直接相关的资源和培训材料的需求OpenHelix. 研究人员和机构可以节省时间, 预算和人力资源,通过利用订阅到近 100 通过门户网站提供在线教程套房. 更有效地利用资源的手段最相关的更快和更有效的研究.

星期五SNPpets

欢迎来到我们的星期五转储功能链接: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…

另一天, 另一个基因组…或56…

只要抓住了通过公告 GenomeWeb格巴项目 文件已出版了 53 细菌基因组 (看到了大自然 文章摘要 这是可用, 和 纸张本身就在这里). 他们提供 53 细菌和 3 古菌.

GEBA是细菌和古细菌基因组百科全书. 他们制定了一项战略选择,不是因为微生物基因组的一些重要生理,微生物, 或者是因为它是一个致病微生物, 但更多的基础上跨越了通过系统发育种看世界, 并选择一些可能已经被其它被忽视的. 在许多方面,这是一个整齐的策略, 因为通常我们只能看的手电筒下的东西,我们还挺期待已. 这将打开左右,并期待在黑暗中. 但这东西摸底, 这样的,我可以理解这些批评的方法. 但我们可以肯定学到有用的东西东西,我们真的没有找过.

有一个在看的文件,并认为战略.

一个伟大的地方,看看网上的生物将 IMG, 综合微生物基因组数据库. IMG / GEBA可以在这里,他们有一个特殊的子集: 銈://img.jgi.doe.gov / CGI - BIN /迦巴/ main.cgi . 我们已经有了一个 教程使用IMG 这涵盖了IMG基础的主要方面,以及 (需要订阅).

你也可以考虑 “采用基因组” 从迦巴项目如一些学校做了! 特雷谈到那一个星期 小费即用的周 .

吴, 四, Hugenholtz, 体育, Mavromatis, 光, pukall, 河, 大林, 大肠杆菌, 约翰, 全, 提取物, V, 古德温, 属, 吴, 米, Tindall, 二, 胡珀, 学, 帕蒂, 答:, Lykidis, 答:, 春季, 学, 安德森, 一, D'Haeseleer的, 体育, Zemla, 答:, 歌手, 米, 拉皮德斯, 答:, 诺兰, 米, 科普兰, 答:, 他, 三, 陈, 楼, 程, j的, 卢卡斯, 学, Kerfeld, 三, 龙, 大肠杆菌, Gronow, 学, 连锁, 体育, 布鲁斯, 四, 鲁宾, 大肠杆菌, Kyrpides, 全, Klenk, 阁下, & 要求, Ĵ. (2009). 驱动一个细菌和古细菌的系统发育基因组百科全书 自然, 462 (7276), 1056-1060 分类号: 10.1038/nature08656

更新: 乔纳森要求, 本文作者之一, 这方面的工作提供更多的背景故事,拥有一支优秀的文章. 在他的博客: http://phylogenomics.blogspot.com/2009/12/story-behind-nature-paper-on-phylogeny.html

更新 2: 在纽约时报“对这项工作的伟大的文章以及: 科学家们开始了地球丰富的微生物基因组目录

提示的周: 细菌基因组百科全书 & 古细菌 (解决方案)


作为夏天, 一种奇怪的慢速连接和其他一些因素, 我是从道格嵌入拉姆齐谈话 (张贴在SciVee) 在联合基因协会上迦巴项目 (而不是自己做小费 :). 该 格巴项目 认识到许多, 如果不是大多数, 细菌和古细菌已经被测序的基因组迄今有一些人类疾病或其他利益相关人. 当然,这是合理的, 但它也导致大的差距,我们的细菌进化和基因组学知识, 知识,这将有助于我们更好地理解这些基因组,我们找到相关的知识,在其本身可以是非常有趣的,潜在有用. 查看谈话,了解更多有关此项目的顺序 100 系统发育和古细菌的基因组多样性.
我也张贴作为联合基因协会的介绍这 采用一个基因组 项目. 这个项目允许学生团体采取迦巴和研究项目的一种细菌,并希望增加我们的知识和基因组注释,同时学习. 学生可以通过使用注释基因组 IMG幕.