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Rare photo de moi dans la nature….

Du centre-ville de Boston, à la Tufts Medical Center, chanter les louanges de l'IMG et Microbiens intégrés des ressources génomes.

J'aime ateliers qui ne demandent qu'un voyage sur la ligne orange.

Aujourd'hui, nous faisions l' Tour du monde des ressources en génomique. Demain il est UCSC Genome Browser (Intro + avancés), et jeudi ENCODE. Donc, si vous voulez atelier procuration, vous pouvez consulter l'ensemble de nos tutoriels sur les. Les diapositives, documents, et les exercices sont tous là-bas que vous pouvez télécharger si vous le souhaitez.

Autant j'adore la formation en ligne et des webinaires et tous, vous n'avez vraiment obtenir des informations importantes sur les besoins des gens dans la salle qui vous n'avez pas vraiment de la intertubz, et j'aime à faire vivre le matériau.

Astuce Vidéo de la semaine: Ressources microbiome De JGI


Un peu plus d'un mois il ya un problème de Nature eu deux articles de la Human Consortium Projet sur le microbiome – vous pouvez les avoir vus, ou remarqué la SNPets vendredi articles que nous avons eues sur eux. Je me suis promis que j'avais lu les articles (ce que j'ai fait), et que je rends visite à mes anciens amis de la IMG (Génomes microbiens intégré) & IMG/M (IMG avec des échantillons microbiome) pour voir ce qui est nouveau à ces de puissants moyens de génomes microbiens. En pointe d'aujourd'hui, j'ai décidé de vous emmener lors de ma visite avec moi, parce que j'ai trouvé que IMG dispose désormais d'une ressource dédiée à l'analyse des génomes liés au projet sur le microbiome humain appelé le Projet sur le microbiome microbiens intégrés Génomes-humain, ou IMG / HMP. Nous visitons la fois IMG / M (bref) et l'IMG / HMP dans la pointe d'aujourd'hui.

Quand j'ai parlé de IMG comme un vieil ami, J'ai vraiment faire sentir de cette façon – notre tutoriel sur IMG* C'était un de mes premiers projets pour OpenHelix. J'étais nouveau, et IMG était nouveau, avoir été libéré en Mars 2005, seulement quelques mois avant que je crée notre tutoriel (sur leur Juin 2005 communiqué, si je me souviens bien). Ils ont grandi dans une telle étendue, ressource puissante. Pour vous donner une idée de la rapidité ils ont grandi & développé, notre tutoriel en cours IMG est une version 12 et je vais travailler sur la version 13 dès que j'ai fini de mettre à jour notre tutoriel SGD. Lorsque nous avons créé notre IMG / M tutoriel*, métagénomes étaient un concept relativement nouveau et que la ressource a inclus un total de 24 échantillons microbiome – maintenant il a plus de 1000!

Mais assez avec la nostalgie, passons à des ressources! :) IMG / M intègre les données avec métagénome isoler des séquences de génomes microbiens à partir du génome microbien intégré (IMG) système pour permettre l'analyse de la composition phylogénétique et potentiel fonctionnel ou métabolique des génomes agrégées (métagénomes) dans les communautés microbiennes (microbiomes). Génomes générés dans le cadre du Projet sur le microbiome humain (PGH) sont inclus dans IMG / M à partir de RefSeq par IMG. IMG / M des ressources permettent aux utilisateurs d'analyser métagénomes, génomes, gènes et des fonctions en faisant des listes d'articles et de les manipuler dans des «chariots d'analyse". Métagénomes peuvent également être analysées en utilisant les outils fournis à partir de leur page 'Détails métagénome des. Ces options sont expliquées en détail beaucoup plus que je ne peux aborder ici dans la référence IMG / M que je site ci-dessous. J'ai aussi un lien vers la publication la plus récente IMG, depuis une compréhension de celui-ci est essentiel de comprendre toutes les ressources IMG / M-base.

* Tutoriel OpenHelix pour cette ressource disponible à l'achat individuel ou par le biais d'un abonnement.

Liens rapides:
Génomes microbiens intégré (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

Intégrés génomes microbiens avec microbiomes (IMG/M): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

Projet sur le microbiome microbiens intégrés Génomes-humain (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

OpenHelix Didacticiel d'introduction sur les IMG: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

OpenHelix Didacticiel d'introduction sur IMG / M: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

Références:
Victor M. Markowitz, I-Min Une. Chen, Ken Chu, Ernest Szeto, Krishna Palaniappan, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Amrita se, Marcel Huntemann, Konstantinos Liolios, Ioanna Pagani, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. John, & Nikos C. Kyrpides (2012).
IMG/M: la gestion intégrée des données métagénome système de gestion et analyse comparative Nucl. Acids Res. , 40 DOI: 10.1093/nar/gkr975

Victor M. Markowitz1, I-Min Une. Chen, Krishna Palaniappan, Ken Chu, Ernest Szeto, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Jinghua Huang, Peter Williams, Marcel Huntemann, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. John, & Nikos C. Kyrpides (2012). IMG: la base de données intégrée microbienne génomes et d'analyse comparative Nucl. Acids Res., 40 DOI: 10.1093/nar/gkr1044

Astuce de la semaine: Un an de conseil III (dernière moitié de 2010)

Comme vous le savez peut-être, nous avons fait conseils de-la-semaine depuis maintenant trois ans. Nous avons terminé autour de 150 introductions petite friandise à diverses ressources. À la fin de l'année, nous avons établi une sorte de tradition des fêtes: nous faisons un résumé post pour recueillir tous. Si vous avez manqué l'un d'eux, c'est un excellent moyen d'avoir un aperçu de ce que pourrait être utile à votre travail.

Voici les conseils de la première moitié de l'année, et ci-dessous vous trouverez les conseils de la dernière moitié du 2010 (vous pouvez le voir ces dernières années’ conseils ici: 2008 Dans, 2008 II, 2009 Dans, 2009 II):

Juillet

Juillet 7: Monnaie pour les interactions protéine, une introduction à la menthe pour étudier les interactions protéine-protéine
Juillet 14: Introduction aux changements de base de données Protein NCBI, comme il est dit :D
Juillet 21: 1000 Banque de projets de Génome, 1000 projet génomes a données pilotes sur, c'est le navigateur.
Juillet 28: Génétique R au Galaxy, l'analyse Galaxy et outil de workflow a ajouté des outils de recherche d'analyse génétique.

Août

Août 4: YeastMine, SGD ajoute une capacité InterMine à leur base de données de recherche.
Août 11: Gaggle navigateur Génome, un outil pour permettre la visualisation de données génomiques, partie de la “composants troupeau”
Août 18: Brenda, des informations exhaustives enzyme.
Août 25: Souris pathologie génomique, contrairement à d'autres conseils, ce n'est pas une vidéo, mais plutôt une introduction détaillée à un nouveau site Web.

Septembre

Septembre 1: Pages Galaxy, et introduction à la documentation nouvelle communauté et la capacité de partage au Galaxy.
Septembre 8: Variété. Une base de données Plaid. Une ressource qui intègre les données de variation de l'homme tels que les SNP et CNV.
Septembre 15: CircuitsDB pour TF / miRNA / réseaux de régulation génique.
Septembre 21: Pathcase pour les données voie.
Septembre 29: Base de données comparative toxicogénomique (CTD), VennViewer. Un nouvel outil pour créer des diagrammes de Venn pour comparer des ensembles de données associés à des gènes, maladies ou des produits chimiques.

Octobre

Octobre 6: BioExtract Server, un serveur qui permet aux chercheurs de stocker des données, analyser les données et créer des workflows de données.
Octobre 13: NCBI Epigenomics, “Au-delà du génome” NCBI site d'information et de données sur l'épigénétique.
Octobre 20: Comparaison des bases de données microbienne y compris les IMG, UCSC microbienne et les navigateurs Archaea, CMR et les autres.
Octobre 27: itol, arbre interactive de la vie

Novembre

Novembre 3: Navigateur Enhancer VISTA explorer les possibilités des éléments de régulation de la génomique comparative
Novembre 10: Obtenir des informations gène canonique à partir du navigateur UCSC. Besoin d'une version du gène de «gouverner tous"?
Novembre 17: Encode les données dans le navigateur UCSC Genome, toute une 35 minute tutoriel sur le projet ENCODE.
Novembre 24: Flink. Un outil qui relie les articles dans une base de données NCBI à l'autre d'une manière significative et pondérés.

Décembre

Décembre 1: PhylomeDB. Une base de données des phylogénies de gènes de nombreuses espèces.
Décembre 8: BioGPS pour des données d'expression et plus.
Décembre 15: Challenge, une base de données des sites cibles de miRNA.

Astuce de la semaine: Comparaison des bases de données microbienne


Il ya quelques semaines Un commentateur m'a demandé de comparer IMG (Génomes microbiens intégré) à l' Navigateur UCSC du génome microbien. J'ai été d'explorer & depuis lors, la pensée & vais donner une comparaison très brève de ces deux ressources dans la pointe d'aujourd'hui & Je vais élargir la comparaison à d'autres ressources ici dans le texte de ce message.

Continuer la lecture

Nouvelles sur les génomes microbiens intégré (IMG) des ressources

J'ai quelques nouvelles concernant les IMG, ou de génomes microbiens intégré, de l' DOE Joint Genome Institute. Le premier élément est que leurs septembre 2010 rejet a eu lieu cette semaine. IMG est désormais sur la version 3.2, a mis à jour les caractéristiques et un tas de nouveaux génomes / révisé. J'ai commencé la mise à jour notre tutoriel & vous permettra de savoir quand cela est libéré. Ce n'est pas le plus fou au niveau des changements d'outils que j'ai vu de ce groupe, mais dang, il est certain qu'ils ne reposent pas sur leurs lauriers! Ils sont en constante évolution et l'amélioration de leur interface et base de données.

Si vous êtes impliqué dans la recherche microbienne et n'ont pas déjà emprunté cette ressource puissante, Je suggère fortement que vous ne. Nous avons été la formation sur cette ressource depuis 2006 et vraiment croire en sa valeur, qui semble augmenter avec chacun de leurs communiqués de. Mary & Trey a présenté un atelier IMG au NIH récemment et il est surprenant combien de leurs chercheurs n'étaient pas au courant de l'IMG. Nous entendons dire que assez souvent et il est trop mauvais, il a tellement à offrir à la communauté microbienne et les autres aussi.

Le deuxième point est que IMG a un outil d'annotation spécialement conçu pour l'enseignement de premier cycle. Iddo Friedberg décrit cela comme «Way frais’ dans un Tweet récents. Le programme / interface est nommée “Intégré microbienne Génomes Toolkit Collaboration annotation (IMG-ACT)“, et est un peu associée à la “Interpréter un génome GEBA pour l'éducation” projet de JGI. “GEBA” représente Encyclopédie génomique des bactéries et des archées. Les efforts visent à encourager recherche de premier cycle à l'annotation des génomes microbiens, qui pourrait conduire à la carrière «science alternative’ comme un biocurator!

Vous pouvez lire tout sur l'outil dans leur article de PLoS Biology “Incorporer la génomique et bioinformatique à travers le curriculum Sciences de la Vie“, ou voir un visite de l'ici le programme / interface. La visite fait l'interface semble un peu maladroit à me, mais bien pensé, avec beaucoup de solutions aux problèmes / questions souvent associés à des classes de premier cycle. Le document fournit un aperçu très belle vue sur la notion, collaborations, et les résultats initiaux de l' 2008-2009 Programme.

Inscrivez-ups sont survenus pour la 2011-2012 version du programme. Le calendrier est le suivant:

Chronologie de participer:
1. Appliquer pour faire partie de la 2011-2012 l'équipe d'ici lundi, Novembre 5, 2010 (télécharger l'application)
2. Après acceptation, participer à l'atelier à l'Institut Jane Goodall (Janvier 2011)
3. Mettre en œuvre en 2011-2012 année scolaire

comme on peut le voir au bas de cette page.

IMG-ACT de référence:
ResearchBlogging.orgChansonnette, J., Kvaal, C., Goodner, B., Freyermuth, S., Bailey, C., Britton, R., Gordon, S., Horst Hein, S., Reed, K., Xu, Z., Lawrence Sanders, E., Axen, S., Kim, E., Johns, M., Scott, K., & Kerfeld, C. (2010). Incorporer la génomique et bioinformatique à travers le curriculum Sciences de la Vie PLoS Biology, 8 (8) DOI: 10.1371/journal.pbio.1000448

Ok, vraiment, Je vais de nouveau blog…

Désolé pour la faible densité de fin. Nous étions tous sur la place faisant UCSC Genome Browser (nous ne l'intro + avancés), ENCODE, et Galaxy Ateliers. Au NIH nous avons aussi fait IMG et VUE (Man, que la sécurité des NIH est féroce….). Trey est toujours sur la route, en fait,, faire la de formation au Maroc.

Ok, vous ne pouviez pas être là…mais toutes ces formations sont disponibles sur notre site Web dès maintenant, sauf pour ENCODE. Le même matériau que nous faisons dans les matériaux en ligne est ce que nous faisons dans les ateliers. Le seul de ceux qui requiert l'abonnement est IMG. Et vous ne trouverez pas encoder comme un tutoriel autonome encore–mais c'est à venir. Nous avons maintenant envoyé le scénario au studio et nous allons assembler que bientôt.

Je ne veux mentionner une chose que nous pensons est intéressant, et nous voyons dans presque toutes les formations que nous faisons. Presque à chaque fois, plus de la moitié des participants à nos formations sont de sexe féminin. Basé sur ce que vous lisez sur les femmes de tomber sur le pipeline de la science, vous pourriez penser, il n'y aurait aucun moyen que nous avions même obtenir 50%. Mais il est généralement plus que les femmes la moitié dans ces formations. (Nous avons les données si quelqu'un peut penser à une façon que nous pouvons l'utiliser pour obtenir une subvention :) )

Notre théorie actuelle est que les femmes sont plus susceptibles d'admettre qu'ils pouvaient utiliser la formation (quelque chose comme demander son chemin…vous savez…?). Ou bien les hommes préfèrent documentation? Nous ne savons pas. Quelle est votre théorie?

Nouvelle Mise à jour et les didacticiels en ligne pour Legacy Ensembl et aperçu des Navigateurs Génome

Tutoriels complets sur le Ensembl disposition du public et un aperçu des navigateurs génome permettra aux chercheurs de rapidement et efficacement l'utilisation de ces ressources inestimables.

Seattle, WA (PRWEB) Avril 26, 2010 — OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité d'un nouveau tutoriel sur Ensembl, et une suite tutoriel à jour sur l'Aperçu des Navigateurs Génome.

Ensembl est un navigateur génome pour visualiser et analyser de l'homme et de nombreux génomes d'autres espèces. Bien que Ensembl récemment mis à jour le logiciel de navigation, de nombreux navigateurs du génome d'espèces utilisent encore l' les anciennes versions du navigateur. OpenHelix a un tutoriel sur la dernière version, et a maintenant créé un nouveau tutoriel, Ensembl héritage, faire connaître les chercheurs avec les anciennes versions qu'ils pourraient rencontrer. Vue d'ensemble des Navigateurs du génome est un tutoriaux mis à jour qui introduit les chercheurs à quelques-uns des navigateurs les plus populaires, y compris le génome Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, génomes des micro intégré (IMG) navigateur et le logiciel Gbrowse. Ces deux didacticiels, en collaboration avec de grandes, tutoriels OpenHelix en profondeur sur le génome UCSC et navigateurs tableau, GBrowse. IMG, IMG/M, Ensembl et MapViewer et d'autres vont vous donner un ensemble de ressources de formation pour aider soit efficiente et efficace au consulter et analyser les données du génome.

Les suites tutoriel, disponible moyennant un abonnement annuel OpenHelix, contenir une ligne, rapporté, didacticiel multimédia, qui se déroule à peu près n'importe quel navigateur connecté à Internet, ainsi que des diapositives avec un script complet, documents et d'exercices. Avec les tutoriels, les chercheurs peuvent rapidement apprendre à utiliser efficacement ces ressources. Les scripts, documents et autres matériaux peuvent également être utilisés comme référence ou pour d'autres la formation.

Ces tutoriels vous apprendra les utilisateurs:

Ensembl héritage

*sur le logiciel Ensembl et ses développeurs
*comment accéder à des versions plus anciennes du navigateur à partir de l'archive Ensembl
*les différences et les similitudes entre les versions
*À propos de certaines installations, par exemple de Ensembl à d'autres bases

Vue d'ensemble des Navigateurs Génome

*où trouver ces 5 des outils utiles
*un aperçu des caractéristiques de l'organisation et l'affichage
*quelques indications sur comment ou pourquoi choisir un navigateur donné à vos besoins de recherche
Pour en savoir plus sur ces et plus 85 suites tutoriel d'autres visiter le Catalogue OpenHelix et OpenHelix. Ou visitez le OpenHelix Blog pour obtenir des renseignements à jour sur la génomique et de ressources en génomique.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit un bio-informatique et de recherche en génomique et le portail de formation, en donnant aux chercheurs un endroit à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail des centaines OpenHelix Recherche recherches des ressources, suites tutoriel et d'autres documents à diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les matériaux de formation OpenHelix à leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, budget et des ressources humaines en misant sur un abonnement à près de 100 en ligne suites tutoriel disponible sur le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre décharge vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

Un autre jour, un autre génome…ou 56…

Juste surpris par l'annonce Genomeweb que la GEBA projet document a été publié avec 53 génomes bactériens (voir la nature pour une article de synthèse qui est disponible, et le papier lui-même est ici). Ils livrent 53 les bactéries et les 3 archées.

GEBA est l'Encyclopédie génomique des bactéries et des archées. Ils ont développé une stratégie pour sélectionner génomes microbiens pas à cause de certains physiologie importante de ce microbe, ou parce qu'elle était un organisme pathogène, mais plus basées sur la recherche à travers le monde par l'intermédiaire d'espèces phylogénie, et en sélectionnant certains qui auraient pu être autrement négligés. Il s'agit d'une stratégie propre à bien des égards, parce que d'habitude on ne regarde sous la lampe de poche pour des choses que nous sommes à la recherche d'un peu déjà. Cela s'avère que retourne et regarde dans l'obscurité ainsi. Cela ne veut faire quelque chose d'une expédition de pêche, et je peux comprendre ces critiques d'une approche comme ça. Mais nous sommes sûrs d'apprendre des choses utiles à partir de choses que nous n'avons pas vraiment été à la recherche de trop.

Jetez un oeil sur le papier et considèrent que la stratégie.

Un bon endroit pour regarder les organismes seront en ligne IMG, la base de données intégrée des génomes microbienne. Ils ont un sous-ensemble particulier de IMG / GEBA disponible ici: http://img.jgi.doe.gov / cgi-bin / geba / main.cgi . Nous avons une tutorial sur l'utilisation IMG qui couvre les principaux aspects de la fondation IMG ainsi (nécessite un abonnement).

Vous pourriez aussi envisager “l'adoption d'un génome” du projet GEBA que certaines écoles ont fait! Trey a parlé une semaine, une Tip-of-the Week- .

Wu, D., Hugenholtz, P., Mavromatis, K., Pukall, R., Dalin, E., John, N., Kunin, V., Goodwin, L., Wu, M., Tindall, B., Hooper, S., Comme, A., Lykidis, A., Printemps, S., Anderson, I., D'Haeseleer, P., Zemla, A., Chanteur, M., Lapidus, A., Nolan, M., Copeland, A., Il, C., Chen, F., Cheng, J., Lucas, S., Kerfeld, C., Longue, E., Gronow, S., Chaîne, P., Bruce, D., Rubin, E., Kyrpides, N., Klenk, H., & Besoins, J. (2009). Une encyclopédie génomique axée sur la phylogénie des bactéries et archées Nature, 462 (7276), 1056-1060 DOI: 10.1038/nature08656

UPDATE: Jonathan Eisen, l'un des auteurs sur ce document, a un excellent poste avec plus backstory sur ce travail. Check it out sur son blog: http://phylogenomics.blogspot.com/2009/12/story-behind-nature-paper-on-phylogeny.html

UPDATE 2: Il ya un grand article dans le NYT sur ce travail, ainsi: Les scientifiques Démarrer un catalogue génomique des microbes Abondant Terre

Astuce de la semaine: Encyclopédie génomique des bactéries & Archaea (GEBA)


Être l'été, une connexion lente et étrangement certains autres facteurs, Je suis intégrant une conférence de Doug Ramsey (affichés sur SciVee) sur le projet GEBA au JGI (au lieu de faire un bout moi :). L' GEBA projet reconnaît que de nombreux, sinon la plupart des, des génomes bactériens et archées qui ont été séquencés à ce jour ont une certaine pertinence pour les maladies humaines ou d'autres intérêts humains. Bien sûr, cela est raisonnable, mais il conduit également à de grandes lacunes dans notre connaissance de l'évolution bactérienne et de la génomique, connaissances qui pourraient nous aider à mieux comprendre les génomes que nous trouvons pertinentes et des connaissances qui en soi peut être très intéressante et potentiellement utiles. Voir le discours pour en apprendre davantage sur ce projet de séquençage 100 phylogénétiquement diverses génomes bactériens et les Archaea.
Je suis aussi affiché comme une introduction à l'Institut Jane Goodall Adopter un génome projet de. Ce projet permet à des groupes d'étudiants à adopter et l'étude d'une bactérie dans le projet GEBA et j'espère ajouter à nos connaissances et les annotations du génome tout en apprenant. Les élèves peuvent alors annoter le génome adoptée par l'aide IMG-ACT.