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Foto rara de mí en la naturaleza….

Por el centro de Boston, Tufts Medical Center, cantando las alabanzas de IMG y el Integrada de los recursos genomas microbianos.

Me encanta talleres que sólo requieren un viaje en la Línea Naranja.

Hoy estábamos haciendo el La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica. Mañana es UCSC Genoma (introducción + avanzado), y jueves CODIFICAR. Así que si usted desea taller vicariamente puedes echar un vistazo a todos nuestros tutoriales sobre los. Las diapositivas, folletos, y los ejercicios están ahí para que puedas descargar si lo desea.

Por mucho que me encanta la capacitación en línea y webinars y todo, que realmente se obtiene información importante acerca de las necesidades de la gente en la sala que acaba realmente no consigue desde el intertubz, y me gusta hacer el material en vivo.

Vídeo Consejo de la semana: Recursos microbioma Desde JGI


Poco más de un mes una cuestión de Naturaleza tenía dos artículos de la Consorcio Humana Proyecto del Microbioma – es posible que haya visto, o la cuenta de la Viernes SNPets los elementos que teníamos en ellos. Me prometí a mí mismo que yo había leído los artículos (lo que hice), y que me gustaría visitar a mis viejos amigos de la IMG (Genomas microbianos integrado) & IMG / M (IMG con muestras microbioma) para ver lo que es nuevo en estos poderosos recursos de genomas microbianos. En la punta de hoy he decidido que tomar a lo largo de mi visita con mi, porque me di cuenta que IMG tiene ahora un recurso dedicado al análisis de los genomas relacionados con el Proyecto Microbioma Humano llamado Integrados microbianos Genomas Humanos-Proyecto Microbioma, o IMG / HMP. Visitamos tanto IMG / M (brevemente) y el IMG / HMP en la punta de hoy.

Cuando me referí a IMG como un viejo amigo, Realmente me siento de esa manera – nuestra tutorial sobre IMG* Fue uno de mis primeros proyectos de OpenHelix. Yo era nuevo, e IMG nueva era, de haber sido puesto en libertad en marzo de 2005, sólo unos pocos meses antes de crear el tutorial (en su junio 2005 liberación, si yo estoy recordando correctamente). Se han convertido en una extensa tales, poderoso recurso. Para que os hagáis una idea de lo rápido que han crecido & desarrollado, nuestro tutorial IMG actual es la versión 12 y voy a estar trabajando en la versión 13 tan pronto como termine de actualizar nuestro tutorial USD. Cuando creamos nuestra IMG / M tutorial*, metagenomes eran un concepto relativamente nuevo y el recurso incluyó un total de 24 muestras microbioma – ahora cuenta con más de 1000!

Pero basta con la nostalgia, vamos a llegar a los recursos! :) IMG / M integra datos metagenoma con el aislamiento de secuencias del genoma microbiano del genoma microbiano integrado (IMG) sistema para permitir el análisis de la composición filogenética y potencial funcional o metabólica de los genomas de agregado (metagenomes) en las comunidades microbianas (microbiomas). Genomas generados como parte del Proyecto del Microbioma Humano (HMP) están incluidos en IMG / M de RefSeq a través de IMG. IMG / M recursos permiten a los usuarios analizar metagenomes, genomas, genes y las funciones de elaboración de listas de artículos y luego manipularlos en "carros de análisis". Metagenomes también se puede analizar utilizando las herramientas provistas en su página 'Detalles del metagenoma de los. Estas opciones se explican en detalle mucho más de lo que puede cubrir aquí, en la referencia IMG / M que en la siguiente lista. Yo también vincular a la publicación más reciente IMG, desde una comprensión de que es esencial para comprender cualquier recurso IMG / M basado.

* OpenHelix tutorial para este recurso disponible para compra individual o por medio de una suscripción.

Enlaces rápidos:
Genomas microbianos integrado (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

Integrados con los genomas microbianos microbiomas (IMG / M): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

Integrados microbianos Genomas Humanos-Proyecto Microbioma (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

Tutorial de introducción a la OpenHelix IMG: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

Tutorial de introducción a la OpenHelix IMG / M: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

Referencias:
Victor M. Markowitz, I-Min A. Chen, Ken Chu, Ernest Szeto, Krishna Palaniappan, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Amrita sí, Marcel Huntemann, Konstantinos Liolios, Ioanna Pagani, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. Ivanova, & Nikos C. Kyrpides (2012).
IMG / M: integrado del metagenoma de gestión de datos y el sistema de análisis comparativo Nucl. Acids Res.. , 40 DOI: 10.1093/nar/gkr975

Victor M. Markowitz1, I-Min A. Chen, Krishna Palaniappan, Ken Chu, Ernest Szeto, Yuri Grechkin, Anna Ratner, Biju Jacob, Jinghua Huang, Peter Williams, Marcel Huntemann, Iain Anderson, Konstantinos Mavromatis, Natalia N. Ivanova, & Nikos C. Kyrpides (2012). IMG: los genomas microbianos base de datos integrada y un sistema de análisis comparativo Nucl. Acids Res., 40 DOI: 10.1093/nar/gkr1044

Consejo del la Semana: Un año más en propinas III (segunda mitad del 2010)

Como usted puede saber, que hemos estado haciendo consejos de la semana desde hace tres años. Hemos completado todo 150 la introducción de poco bocado a los distintos recursos. Al final del año hemos establecido una especie de tradición navideña: estamos haciendo un resumen de mensaje para reunir a todos. Si te has perdido alguno de ellos es una gran manera de tener un rápido vistazo a lo que podría ser útil para su trabajo.

Estos son los consejos de la primera mitad del año, y por debajo se encuentra la punta de la segunda mitad del 2010 (usted puede ver los últimos años’ consejos aquí: 2008 En, 2008 II, 2009 En, 2009 II):

De julio

De julio 7: Casa de la Moneda para las interacciones proteína, una introducción a la menta para estudiar interacciones proteína-proteína
De julio 14: Introducción a los cambios en la base de datos de proteínas del NCBI, ya que los estados :D
De julio 21: 1000 Navegador de proyectos genoma, 1000 Proyecto piloto de genomas tiene datos de, este es el navegador.
De julio 28: R Genética de la Galaxia, el análisis Galaxy y herramienta de trabajo añadido R genética herramientas de análisis.

De agosto

De agosto 4: YeastMine, SGD añade una capacidad InterMine a la búsqueda de bases de datos.
De agosto 11: Manada Genome Browser, una herramienta para permitir la visualización de los datos genómicos, parte de la “componentes manada”
De agosto 18: Brenda, información completa de enzimas.
De agosto 25: Patología del ratón Genómica, a diferencia de otros consejos, esto no es un video sino una introducción detallada a un nuevo sitio web.

De septiembre

De septiembre 1: Páginas Galaxy, e introducción a la documentación de la nueva comunidad y la capacidad de compartir en Galaxy.
De septiembre 8: Varitas. Una base de datos de Plaid. Un recurso que integra los datos de variación humana como SNPs y CNV.
De septiembre 15: CircuitsDB de redes de regulación TF / miRNA / los genes.
De septiembre 21: Pathcase de datos vía.
De septiembre 29: Base de datos comparativos Toxicogenómica (CTD), VennViewer. Una nueva herramienta para crear diagramas de Venn para comparar conjuntos de datos asociados a los genes, enfermedades o productos químicos.

De octubre

De octubre 6: BioExtract servidor, un servidor que permite a los investigadores para almacenar datos, analizar datos y crear flujos de trabajo de datos.
De octubre 13: Revista Epigenomics, “Más allá del genoma” Sitio Revista de información y datos sobre la epigenética.
De octubre 20: Comparar bases de datos microbiana incluyendo IMG, UCSC navegadores microbiana y archeal, CMR y otros.
De octubre 27: iTOL, árbol interactiva de la vida

De noviembre

De noviembre 3: VISTA navegador Enhancer explorar los posibles elementos reguladores de la genómica comparativa
De noviembre 10: Obtención de información genética canónica desde el navegador UCSC. Necesita una versión de genes para 'gobernarlos a todos "?
De noviembre 17: Codificar los datos en la UCSC Genome Browser, todo un 35 tutorial minuto en el proyecto ENCODE.
De noviembre 24: Flink. Una herramienta que une los elementos de una base de datos NCBI a otro de una manera significativa y ponderada.

De diciembre

De diciembre 1: PhylomeDB. Una base de datos de filogenias de genes de muchas especies.
De diciembre 8: BioGPS de datos de expresión y más.
De diciembre 15: RepTar, una base de datos de los sitios objetivo miRNA.

Consejo del la Semana: Comparar bases de datos microbiana


Hace unas semanas Un comentarista me pidió que compararan IMG (Genomas microbianos integrado) a la Microbiana UCSC Genome Browser. He estado explorando & pensando desde entonces & voy a hacer una comparación muy breve de los dos recursos en la punta de hoy & Voy a ampliar la comparación con otros recursos aquí en el texto de este post.

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Noticias de los genomas microbianos Integrado (IMG) de recursos

Tengo pocas noticias sobre IMG, o genomas microbianos Integrado, de la DOE Joint Genome Institute. El primer elemento es que sus septiembre 2010 liberación se produjo esta semana. IMG está ahora en la versión 3.2, ha actualizado características y un montón de nuevos genomas / revisada. He empezado a actualizar nuestro tutorial & le hará saber al que se libera. No es la más loca nivel de cambios de la herramienta que he visto de este grupo, pero Dang, Seguro que no se duerma en los laureles! Ellos están constantemente cambiando y mejorando su interfaz y base de datos.

Si usted está involucrado en la investigación microbiana y aún no lo ha comprobado este poderoso recurso, Te sugiero que lo hagas. Hemos estado entrenando en este recurso ya 2006 y realmente creer en su valor, lo que parece aumentar con cada uno de sus lanzamientos. María & Trey presentó un taller de IMG en el NIH recientemente y que era sorprendente cómo muchos de sus investigadores no estaban al tanto de IMG. Nos enteramos de que muy a menudo y es una lástima, tiene mucho que ofrecer a la comunidad microbiana y otros, así.

El segundo punto IMG es que tiene una herramienta de anotación diseñado específicamente para la educación de pregrado. Iddo Friedberg describe esto como "Way Cool’ en un Tweet recientes. El programa / interfaz se denomina la “Microbiana integrada genomas anotación colaboración Toolkit (IMG-ACT)“, y es algo asociado a la “Interpretar un genoma GEBA para la Educación” proyecto de JGI. “Puede” es sinónimo de la Enciclopedia Genómica de Bacterias y Archaea. Ambos esfuerzos están dirigidos a fomentar la investigación de pregrado en la anotación del genoma microbiano, que podría conducir a la carrera científica "alternativa’ como biocurator!

Usted puede leer todo acerca de la herramienta en su artículo PLoS Biology “La incorporación de la genómica y la bioinformática en el Plan de Estudios Ciencias de la Vida“, o ver a un recorrido por el programa de aquí / de interfaz. El recorrido hace que la interfaz parece un poco torpe para mí, pero bien pensado con una gran cantidad de soluciones a los problemas / temas a menudo asociado con las clases de pregrado. El documento ofrece un panorama muy bonito del concepto, colaboraciones, y los resultados iniciales de la 2008-2009 programa.

Las inscripciones se están produciendo para el 2011-2012 versión del programa. El plazo es el siguiente:

Línea de tiempo para participar:
1. Solicitar ser parte de la 2011-2012 equipo para el lunes, De noviembre 5, 2010 (descargar la aplicación)
2. Después de la aceptación, asistir al taller en el JGI (De enero 2011)
3. Poner en práctica en 2011-2012 año escolar

como se puede ver en la parte inferior de esta página.

IMG-Referencia del acto:
ResearchBlogging.orgDitty, J., Kvaal, C., Goodner, B., Freyermuth, S., Muralla exterior, C., BriS.on, R., Gordon, S., Horst Hein, S., Caña, K., Xu, Z., Lawrence Sanders, E., Axen, S., Kim, E., Johns, M., Scott, K., & Kerfeld, C. (2010). La incorporación de la genómica y la bioinformática en el Plan de Estudios Ciencias de la Vida PLoS Biology, 8 (8) DOI: 10.1371/journal.pbio.1000448

Ok, realmente, Me voy al blog de nuevo…

Lo siento por la escasez de fines de. Estábamos todo el lugar haciendo UCSC Genome Browser (hacemos introducción + avanzado), CODIFICAR, y Galaxia Talleres. En NIH también hicimos IMG y VER (Hombre, que la seguridad en el NIH es feroz….). Trey todavía está en el camino, de hecho,, haciendo el de formación en Marruecos.

Ok, que no podía estar allí…pero todos los cursos están disponibles en nuestro sitio web ahora, a excepción de ENCODE. El mismo material que hacemos en los materiales en línea es lo que hacemos en los talleres. El único de los que requiere la suscripción IMG. Y usted no encontrará ENCODE como un tutorial independiente pero–sino que viene. Ahora han enviado el guión a los estudios y vamos a estar montaje que pronto.

Quiero mencionar una cosa que creemos que es interesante, y vemos en casi todas las de entrenamiento que hacemos. Casi cada vez que, más de la mitad de los asistentes a nuestros cursos son mujeres. Con base en lo que se lee sobre las mujeres caen fuera de la tubería en la ciencia, uno pensaría que no habría manera de que incluso conseguiría 50%. Pero por lo general es más que la mitad son mujeres en estos cursos de formación. (Tenemos los datos si alguien puede pensar en una manera que podemos utilizar para obtener una beca :) )

Nuestra teoría actual es que las mujeres son más propensos a admitir que podría utilizar la formación (algo así como preguntar por direcciones…sabes…?). ¿O los hombres prefieren la documentación? No sabemos. ¿Cuál es tu teoría?

Tutoriales en línea nuevos y actualizados para la herencia Ensembl y general de los navegadores del genoma

Completos tutoriales sobre la Ensembl a disposición del público y una visión general de los navegadores del genoma permitirá a los investigadores a utilizar de forma rápida y efectiva estos recursos invaluables.

Seattle, WA (AmbosMedios) De abril 26, 2010 — OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de un nuevo tutorial en Ensembl, y un tutorial han sido actualizados en el conjunto general de los navegadores del genoma.

Ensembl es un genoma navegador para visualizar y analizar otros genomas humanos y muchas especies. A pesar de Ensembl actualizado recientemente el software de navegación, muchos navegadores del genoma de especies siguen utilizando el las versiones anteriores del navegador. OpenHelix tiene un tutorial sobre la última versión, y ahora se ha creado un nuevo tutorial, Ensembl Legado, dar a conocer a los investigadores con las versiones anteriores se puede encontrar. Descripción general de los navegadores genoma es un tutoriales actualizados que presenta a los investigadores a algunos de los navegadores más populares, incluyendo el genoma Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, los genomas microbianos integrados (IMG) navegador y el software GBrowse. Estos dos tutoriales, en conjunción con mayor, en profundidad tutoriales OpenHelix en UCSC Genome y navegadores de mesa, GBrowse. IMG, IMG / M, Ensembl y MapViewer y otros le dan un conjunto de recursos de formación para ayudar a ser eficientes y eficaces en el acceso y análisis de datos del genoma.

Las suites tutorial, disponibles a través de una suscripción anual OpenHelix, contiene una línea, narrado, tutorial multimedia, que se ejecuta en casi cualquier navegador conectado a la web, junto con las diapositivas con guión completo, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Las secuencias de comandos, folletos y otros materiales también se pueden utilizar como referencia o para entrenar a otros.

Estos tutoriales le enseñará a los usuarios:

Ensembl Legado

*sobre el software Ensembl y sus desarrolladores
*cómo acceder a las versiones anteriores del navegador en el archivo de Ensembl
*las diferencias y similitudes entre las versiones
*acerca de algunas instalaciones de ejemplo a otras bases de datos Ensembl

Resumen de navegadores del genoma

*dónde encontrarlas 5 herramientas útiles
*un resumen de las características de la organización y la pantalla
*algunas orientaciones sobre cómo o por qué elegir un navegador determinado para sus necesidades de investigación
Para obtener más información acerca de estos y más 85 otros conjuntos de visitar el tutorial OpenHelix Catálogo y OpenHelix. O visite el OpenHelix blog para obtener información actualizada sobre los recursos de la genómica y genómica.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona una búsqueda de la bioinformática y la genómica y portal de formación, dando a los investigadores un lugar para encontrar y aprender a utilizar los recursos y bases de datos en la web. El portal de búsqueda OpenHelix busca en cientos de recursos, suites tutorial y otros materiales para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, presupuesto y el personal de recursos mediante el aprovechamiento de una suscripción a casi 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestro enlace de descarga Viernes característica: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Otro día, otro genoma…o 56…

Acaban de sacar el anuncio a través de GenomeWeb que el GEBA proyecto artículo ha sido publicado con 53 los genomas de bacterias (ver la naturaleza de un resumen del artículo que está disponible, y el de papel se está aquí). Entregan 53 las bacterias y 3 arqueas.

GEBA es la Enciclopedia Genómica de Bacterias y Archaea. Ellos desarrollaron una estrategia para seleccionar los genomas microbianos no debido a algún fisiología importante de que microbio, o porque se trataba de un organismo causante de enfermedades, sino más bien sobre la base de buscar en todo el mundo a través de la filogenia de las especies, y la selección de algunos que podrían haber sido de otro modo desatendido. Esta es una estrategia ordenada de muchas maneras, porque por lo general sólo miramos debajo de la linterna para la materia que estamos buscando algo que ya. Esto resulta que alrededor y mira en la oscuridad, así. Eso hace que sea una especie de expedición de pesca, y puedo entender las críticas a un enfoque de esa. Pero estamos seguros de aprender cosas útiles de las cosas que no estábamos buscando por mucho.

Echa un vistazo al papel y consideran que la estrategia.

Un gran lugar para mirar la línea organismos se IMG, la base de datos integrada de genomas microbianos. Tienen un subconjunto especial de IMG / GEBA disponible aquí: http://img.jgi.doe.gov / cgi-bin / Geba / main.cgi . Tenemos un tutorial sobre el uso IMG que cubre los principales aspectos de la fundación IMG así (la suscripción).

También puede considerar “la adopción de un genoma” del proyecto de GEBA ya que algunas escuelas han hecho! Trey habló de que una semana un Consejo de la semana .

Wu, D., Hugenholtz, P., Mavromatis, K., Pukall, R., Dalin, E., Ivanova, N., Kunin, V, Goodwin, L., Wu, M., Tindall, B., Hooper, S., Como, A., Lykidis, A., Primavera, S., Anderson, I., D'Haeseleer, P., Zemla, A., Cantante, M., Lapidus, A., Nolan, M., Copeland, A., Él, C., Chen, F., Cheng, J., Lucas, S., Kerfeld, C., LARGO, E., Gronow, S., Cadena, P., Bruce, D., Rubin, E., Kyrpides, N., Klenk, H., & Requisitos, J. (2009). Una filogenia basada enciclopedia genómica de bacterias y arqueas Naturaleza, 462 (7276), 1056-1060 DOI: 10.1038/nature08656

ACTUALIZACIÓN: Jonathan Eisen, uno de los autores de este artículo, tiene un excelente post con más historia de fondo en este trabajo. Compruébelo usted mismo en su blog: http://phylogenomics.blogspot.com/2009/12/story-behind-nature-paper-on-phylogeny.html

ACTUALIZACIÓN 2: Hay un gran artículo en el New York Times en esta labor, así: Los científicos de inicio de un catálogo de genómica de los microbios abundante de la Tierra

Consejo del la Semana: Enciclopedia Genómica de Bacterias & Archaea (Puede)


Siendo el verano, una conexión extraña lentitud y algunos otros factores, Yo soy una charla incorporación de Doug Ramsey (publicado en SciVee) en el proyecto de GEBA en JGI (en lugar de hacer una punta de mí :). La GEBA proyecto reconoce que muchos, si no la mayoría, de los genomas de bacterias y arqueas que se han secuenciado hasta la fecha tienen alguna relevancia para las enfermedades humanas o de interés humano. Esto por supuesto es razonable, sino que también conduce a grandes lagunas en nuestro conocimiento de la evolución bacteriana y la genómica, conocimientos que nos ayuden a entender mejor los genomas que se estimen pertinentes y el conocimiento que de por sí puede ser muy interesante y potencialmente útil. Ver la charla para conocer más acerca de este proyecto para secuenciar 100 genomas de bacterias y Archaea filogenéticamente diversas.
También estoy publicando esto como una introducción a la JGI Adoptar un genoma proyecto. Este proyecto permite a los grupos de estudiantes a adoptar y el estudio de una bacteria en el proyecto de GEBA y espero que añaden a nuestro conocimiento y anotaciones del genoma, mientras que el aprendizaje. Los estudiantes pueden realizar anotaciones en el genoma adoptada mediante el uso de IMG-ACT.