الوسم المحفوظات: img

صور نادرة لي في البرية….

من وسط مدينة بوسطن, في المركز الطبي تافتس, يكيل المديح للوIMG خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة الموارد.

أنا أحب حلقات العمل التي لا تتطلب سوى رحلة على خط أورانج.

اليوم كنا نفعل في جولة في عالم الموارد جينوم. غدا هو متصفح الجينوم UCSC (مقدمة + متقدم), والخميس ترميز. حتى إذا كنت ترغب في ورشة عمل مفوض يمكنك مراقبة كل من البرامج التعليمية لدينا على تلك. الشرائح, الصدقات, وتمارين في جميع أنحاء هناك لك لتحميل إذا كنت ترغب.

بقدر ما أحب التدريب عبر الإنترنت وندوات وجميع, كنت حقا الحصول على معلومات هامة حول احتياجات الناس في الغرفة التي كنت لا حقا الحصول من intertubz, وأفعل مثل القيام المواد العيش.

تلميح فيديو للأسبوع: Microbiome الموارد من JGI


خلال شهر واحد فقط منذ قضية طبيعة وكان مادتين من الإنسان كونسورتيوم المشروع Microbiome – قد رأيتم منهم, أو لاحظت الجمعة SNPets كان لدينا وحدات عليها. لقد وعدت نفسي ان كنت قراءة المقالات (التي فعلت), ويهمني أن زيارة أصدقائي القدامى في IMG (خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة) & IMG / M (IMG مع عينات Microbiome) لنرى ما هو جديد في هذه قوي الموارد الوراثية الميكروبية. في قمة اليوم قررت أن يأخذك على طول زيارتي معي, لأنني وجدت أن لديها الآن IMG الموارد المخصصة لتحليل الجينوم المتصلة بالمشروع Microbiome الإنسان تسمى الميكروبية متكاملة الجينوم البشرية Microbiome المشروع, أو IMG / HMP. زرنا كلا IMG / M (موجز) وIMG / HMP في قمة اليوم.

عندما أشرت إلى IMG باعتباره صديقا قديما, أنا حقا لا يشعر بهذه الطريقة – لنا البرنامج التعليمي على IMG* كان واحدا من المشاريع لقائي الاول لOpenHelix. كنت جديدة, وكان IMG جديد, بعد أن أفرج عنهم في مارس 2005, فقط قبل بضعة أشهر خلقت برنامجنا التعليمي (في يونيو من 2005 إطلاق, إذا أنا أتذكر بشكل صحيح). وقد تحولت واسعة من هذا القبيل, قوي الموارد. لإعطائك فكرة عن مدى السرعة التي نمت & المتقدمة, البرنامج التعليمي لدينا IMG الحالي هو الإصدار 12 وانني سأعمل على الإصدار 13 وسرعان ما تنتهي من استكمال البرنامج التعليمي لدينا SGD. عندما بدأنا أول خلق لنا IMG / M البرنامج التعليمي*, وكانت metagenomes مفهوم جديد نسبيا، والموارد وشملت ما مجموعه 24 microbiome العينات – الآن لديه أكثر من 1000!

ولكن يكفي مع حنين, دعونا نصل الى الموارد! :) IMG / M يدمج البيانات metagenome مع عزل تسلسل الجينوم الميكروبي من الجينوم الميكروبي المتكاملة (IMG) نظام لتمكين تحليل تركيبة النشوء والتطور وإمكانات وظيفية أو التمثيل الغذائي للجينوم الكلي (metagenomes) في المجتمعات الميكروبية (microbiomes). الجينوم ولدت كجزء من مشروع Microbiome الإنسان (HMP) وترد في IMG / M من RefSeq عبر IMG. IMG / M موارد تسمح للمستخدمين تحليل metagenomes, الجينوم, الجينات والوظائف عن طريق قوائم المواد ومن ثم التلاعب بها في "عربات تحليل". ويمكن أيضا Metagenomes يتم تحليلها باستخدام الأدوات المتوفرة من صفحتهم "تفاصيل Metagenome '. ويتم شرح هذه الخيارات بالتفصيل أكثر بكثير مما كنت يمكن أن تغطي هنا في إشارة IMG / M أني الموقع أدناه. أنا أيضا ربط صدور IMG الأخيرة, منذ فهم لا بد من فهم أي مورد IMG / M القائم على.

* البرنامج التعليمي OpenHelix لهذا المورد متاحة للشراء الفردية أو من خلال الاشتراك.

روابط سريعة:
خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة (IMG): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi

الميكروبية خريطة جينوم متكامل مع Microbiomes (IMG / M): http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi

الميكروبية متكاملة الجينوم البشرية Microbiome المشروع (IMG / HMP): http://www.hmpdacc-resources.org/imgm_hmp/

دروس تمهيدية في OpenHelix IMG: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=54

دروس تمهيدية في OpenHelix IMG / M: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=24

المراجع:
فيكتور M. ماركويتز, I-A يوجد. تشن, كين تشو, إرنست Szeto, كريشنا بالانيابان, يوري Grechkin, آنا راتنر, بيجو يعقوب, أمريتا نفسها, مارسيل Huntemann, كونستانتينوس Liolios, Ioanna باجاني, إيان أندرسون, كونستانتينوس Mavromatis, ناتاليا N. ايفانوفا, & نيكوس C. Kyrpides (2012).
IMG / M: المتكاملة لإدارة البيانات metagenome والمقارنة نظام تحليل Nucl. الأحماض الدقة. , 40 دوى: 10.1093/nar/gkr975

فيكتور M. Markowitz1, I-A يوجد. تشن, كريشنا بالانيابان, كين تشو, إرنست Szeto, يوري Grechkin, آنا راتنر, بيجو يعقوب, هوانغ جينغ هوا, بيتر وليامز, مارسيل Huntemann, إيان أندرسون, كونستانتينوس Mavromatis, ناتاليا N. ايفانوفا, & نيكوس C. Kyrpides (2012). IMG: المتكاملة قاعدة بيانات الجينوم الميكروبي والمقارنة نظام تحليل Nucl. الأحماض الدقة., 40 دوى: 10.1093/nar/gkr1044

نصيحة الأسبوع: وبعد عام في الثالث نصائح (النصف الأخير من 2010)

كما قد تعلمون, لقد كنا نفعل نصائح من بين أيام الأسبوع ، لمدة ثلاث سنوات حتى الآن. أكملنا حول 150 مقدمات طعام شهي القليل من الموارد المختلفة. في نهاية السنة لقد أقمنا نوعا من التقليد عطلة: نحن نقوم بإعداد ملخص آخر لجمع كل منهم. إذا كان لديك أي غاب منهم انها طريقة رائعة لإلقاء نظرة سريعة على ما قد يكون من المفيد لعملك.

هنا هي النصائح من النصف الأول من العام, وفيما يلي سوف تجد نصائح من النصف الأخير من 2010 (يمكنك ان ترى السنوات الماضية’ نصائح هنا: 2008 في, 2008 الثاني, 2009 في, 2009 الثاني):

يوليو

يوليو 7: النعناع لتفاعلات البروتين, مقدمة لدراسة MINT البروتين البروتين التفاعلات
يوليو 14: مقدمة لتغييرات في قاعدة البيانات لبروتين NCBI, كما تنص :D
يوليو 21: 1000 مشروع الجينوم المستعرض, 1000 الجينوم المشروع يحتوي على بيانات تجريبية, هذا هو المستعرض.
يوليو 28: R علم الوراثة في المجرة, وأضاف في تحليل سير العمل وأداة غالاكسي R علم الوراثة أدوات التحليل.

آب / أغسطس

آب / أغسطس 4: YeastMine, SGD يضيف قدرة InterMine للبحث قاعدة البيانات الخاصة بهم.
آب / أغسطس 11: نقنق الجينوم المستعرض, أداة لإتاحة الفرصة لتصور البيانات الجينومية, جزء من “نقنق مكونات”
آب / أغسطس 18: بريندا, معلومات شاملة انزيم.
آب / أغسطس 25: علم الأمراض الجينية الماوس, خلافا لنصائح أخرى, هذا ليس فيديو بل هو مقدمة مفصلة لموقع جديد.

سبتمبر

سبتمبر 1: صفحات المجرة, وعرض وثائق جديدة وقدرة المجتمع على تقاسم غالاكسي.
سبتمبر 8: أصناف. قاعدة بيانات للمنقوش. مورد اختلاف البيانات التي تدمج الإنسان ، مثل تعدد الأشكال والتنوعات في عدد النسخ.
سبتمبر 15: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين.
سبتمبر 21: Pathcase طريقا للبيانات.
سبتمبر 29: قاعدة النسبية الوراثة السمية (CTD), VennViewer. أداة جديدة لإنشاء الرسوم البيانية لمقارنة مجموعات البيانات فين عن الجينات المرتبطة بها, أمراض أو المواد الكيميائية.

أكتوبر

أكتوبر 6: خادم BioExtract, خادم يسمح الباحث لتخزين البيانات, تحليل البيانات وخلق مسارات البيانات.
أكتوبر 13: NCBI Epigenomics, “ما وراء الجينوم” NCBI للموقع للحصول على المعلومات والبيانات عن علم التخلق.
أكتوبر 20: المقارنة بين قواعد البيانات الميكروبية بما في ذلك IMG, UCSC المتصفحات الميكروبية وArcheal, CMR وغيرها.
أكتوبر 27: iTOL, التفاعلية شجرة الحياة

تشرين الثاني

تشرين الثاني 3: VISTA محسن المستعرض استكشاف العناصر التنظيمية الممكنة مع علم الجينوم المقارن
تشرين الثاني 10: الحصول على معلومات الكنسي الجين من مستعرض UCSC. الحاجة إلى إصدار واحد الجينات "حكم عليهم جميعا"?
تشرين الثاني 17: ترميز البيانات في متصفح الجينوم UCSC, بأكمله 35 دقيقة حول المشروع التعليمي ترميز.
تشرين الثاني 24: Flink. أداة التي تربط العناصر في قاعدة بيانات NCBI واحد إلى آخر بطريقة هادفة والموزون.

ديسمبر

ديسمبر 1: PhylomeDB. وهناك قاعدة بيانات phylogenies الجينات لكثير من الأنواع.
ديسمبر 8: BioGPS لمزيد من البيانات والتعبير.
ديسمبر 15: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا.

نصيحة الأسبوع: المقارنة بين قواعد البيانات الميكروبية


قبل بضعة أسابيع سأل المعلق لي للمقارنة IMG (خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة) إلى متصفح الجينوم UCSC الميكروبية. لقد تم استكشاف & التفكير منذ ذلك الحين & ذاهب لإعطاء مقارنة موجزة جدا من تلك الموارد اثنين في تلميح اليوم & انا توسيع بالمقارنة مع غيرها من الموارد هنا في هذا النص من آخر.

مواصلة القراءة

أنباء عن خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة (IMG) مورد

لقد حصلت على بعض العناوين المتعلقة IMG, أو الجينومات الميكروبية المتكاملة, من وزارة الطاقة المشتركة معهد الجينوم. العنصر الأول غير أن من سبتمبر 2010 وقعت هذا الاسبوع الافراج. IMG الآن على إصدار 3.2, وقد استكملت ملامح وحفنة من الجينات الجديدة / المنقحة. لقد بدأت استكمال برنامجنا التعليمي & وسوف تتيح لك معرفة متى التي يتم تحريرها. انها ليست جنونا من التغييرات على مستوى الأداة التي رأيتها من هذه المجموعة, لكن دانغ, انهم بالتأكيد لا نركن لها! فهي تتغير باستمرار ، وتحسين واجهة وقاعدة بيانات.

إذا كنت تعمل في مجال البحوث والجرثومية لم التحقق بالفعل هذا المورد قوية, أقترح بشدة أن تفعل. كنا التدريب على هذا المورد منذ 2006 ونعتقد حقا في قيمته, وهو ما يبدو لزيادة مع كل من إطلاقها. ماري & قدمت تراي ورشة عمل في المعاهد الوطنية للصحة IMG مؤخرا وكان من المدهش كيف كثير من الباحثين ليسوا على علم IMG. كثيرا ما نسمع أن جميلة وأنه سيء ​​جدا, انها لديها الكثير لتقدمه للمجتمع الجرثومية وغيرها وكذلك.

البند الثاني هو أن IMG وقد شرح أداة مصممة خصيصا للتعليم الجامعي. عدو فريدبرغ يصف ذلك بأنه "الطريق بارد’ في سقسقة الأخيرة. يدعى البرنامج / واجهة “المتكاملة الشرح خريطة جينوم الميكروبية التعاون الأدوات (IMG - ACT)“, ويرتبط الى حد ما مع “تفسير الجينوم جبع للتعليم” المشروع من JGI. “جبع” لتقف على موسوعة الجينوم من البكتيريا والعتيقة. وتهدف كل الجهود الرامية إلى تشجيع البحوث الجامعية في الشرح الجينوم الميكروبي, الأمر الذي قد يقود إلى مهنة 'العلوم البديلة’ ك biocurator!

يمكنك أن تقرأ كل شيء عن الأداة في مقالهم الأحياء بلوس “دمج جينوم والمعلوماتية الحيوية عبر المناهج علوم الحياة“, أو ترى هنا جولة في برنامج / واجهة. الجولة يجعل واجهة يبدو عالي الكعب قليلا بالنسبة لي, ولكن مدروسة مع الكثير من الحلول للمشاكل / قضايا غالبا ما ترتبط مع فئات الجامعية. ورقة تقدم لمحة لطيفة حقا لهذا المفهوم, التعاون, ونتائج أولية 2008-2009 برنامج.

توقيع المنبثقة تحدث لل 2011-2012 إصدار من البرنامج. الإطار الزمني على النحو التالي:

الجدول الزمني للمشاركة:
1. تنطبق على أن تكون جزءا من 2011-2012 فريق بحلول يوم الاثنين, تشرين الثاني 5, 2010 (تنزيل تطبيق)
2. بعد قبول, حضور ورشة العمل في JGI (كانون الثاني / يناير 2011)
3. في تنفيذ 2011-2012 سنة دراسية

كما يمكن أن ينظر إليها في أسفل هذه الصفحة.

IMG - ACT المرجعي:
ResearchBlogging.orgأغنية قصيرة وبسيطة, ج., Kvaal, C., Goodner, ب., Freyermuth, س., بيلي, C., BrittonAxen, ر., غوردون, س., هورست هاين, س., قصب, ك., شو, ز., لورنس ساندرز, E., Axen, س., كيم, E., جونز, م., سكوت, ك., & Kerfeld, C. (2010). دمج جينوم والمعلوماتية الحيوية عبر المناهج علوم الحياة علم الأحياء بلوس, 8 (8) دوى: 10.1371/journal.pbio.1000448

موافق, حقا, انا ذاهب الى بلوق مرة أخرى…

نعتذر عن تناثر في وقت متأخر من. كنا في كل مكان به UCSC متصفح الجينوم (نفعل مقدمة + متقدم), ترميز, و المجرة حلقات العمل. في المعاهد الوطنية للصحة فعلنا أيضا IMG و VIEW (رجل, ان الامن في المعاهد الوطنية للصحة شرسة….). تري ما زال على الطريق, في الواقع, تفعل تدريبية في المغرب.

موافق, أنت لا يمكن أن يكون هناك…لكن كل تلك التدريبات متاحة على موقعنا على شبكة الإنترنت في الوقت الراهن, باستثناء ترميز. نفس المادة نفعل في المواد على الانترنت هو ما نقوم به في ورشات العمل. واحد فقط من تلك التي يتطلب الاشتراك IMG. وأنك لن تجد ترميز وتعليمي مستقل حتى الآن–ولكن الذي سيأتي. لدينا الآن أرسل النص الى الاستوديو وسنكون قريبا أن تجميع.

أنا لا أريد أن أذكر شيئا واحدا هو أن نفكر مثيرة للاهتمام, ونحن نرى في كل جانب تقريبا من التدريب نفعله. في كل مرة تقريبا, أكثر من نصف عدد المشاركين في الدورات التدريبية لدينا هم من الإناث. بناء على ما تقرأه عن المرأة التي تقع خارج خط أنابيب في العلم, كنت اعتقد انه لن تكون هناك طريقة كنا حتى الحصول على 50%. ولكن عموما هو أكثر من النصف في النساء هذه التدريبات. (لدينا بيانات إذا كان أي شخص يمكن أن نفكر في الطريقة التي يمكننا استخدامها للحصول على منحة :) )

نظريتنا الحالية هو أن النساء أكثر عرضة للاعتراف بأنهم قد تستخدم للتدريب (شيء من هذا القبيل يسأل عن الاتجاهات…تعلمون…?). أو هل الرجال يفضلون الوثائق? نحن لا نعرف. ما نظريتك?

الانترنت دروس جديدة وتحديث للتراث Ensembl ونظرة عامة على برامج التصفح الجينوم

دروس شاملة عن Ensembl متاحة للجمهور ، ونظرة عامة عن المتصفحات تمكين الباحثين من الجينوم بسرعة وفعالية استخدام هذه الموارد لا تقدر بثمن.

سياتل, WA (PRWEB) نيسان / أبريل 26, 2010 — OpenHelix اليوم عن توافر برنامج تعليمي جديد على Ensembl, وجناح تعليمي محدثة عن لمحة عامة عن المتصفحات الجينوم.

Ensembl هو متصفح الجينوم لتصور وتحليل الجينوم البشري والكثير من الأنواع الأخرى. على الرغم من Ensembl مؤخرا بتحديث برنامج المتصفح, العديد من المتصفحات الجينوم الأنواع لا تزال تستخدم الإصدارات القديمة من المتصفح. OpenHelix له البرنامج التعليمي على أحدث إصدار, وأنشأت الآن على برنامج تعليمي جديد, Ensembl وراثي, لتعريف الباحثين مع الإصدارات القديمة التي قد تواجهها. نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم هو تحديث البرامج التعليمية التي تقدم للباحثين بعض المتصفحات الجينوم أكثر شعبية بما في ذلك Ensembl, خريطة عارض, UCSC متصفح الجينوم, جينومات الميكروبية المتكاملة (IMG) متصفح وبرنامج GBrowse. هذه الدروس two, بالتعاون مع أكبر, دروس OpenHelix متعمقة حول الجينوم UCSC والمتصفحات الجدول, GBrowse. IMG, IMG / M, وسوف Ensembl MapViewer وغيرها تعطيك مجموعة من الموارد للمساعدة في تدريب تكون ناجعة وفعالة في الوصول إلى البيانات وتحليلها الجينوم.

البرنامج التعليمي أجنحة, المتاحة من خلال اشتراك سنوي OpenHelix, تحتوي على الانترنت, وروى, الوسائط المتعددة التعليمي, الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي اتصال على شبكة الإنترنت, جنبا إلى جنب مع شرائح كاملة مع النصي, النشرات والتمارين. مع الدروس, يمكن للباحثين يتعلم بسرعة على نحو فعال واستخدام هذه الموارد بكفاءة. البرامج النصية, ويمكن أيضا النشرات والمواد الأخرى التي يمكن استخدامها كمرجع أو لتدريب الآخرين.

وسوف تدرس هذه الدروس المستخدمين:

Ensembl وراثي

*حول البرنامج Ensembl والمطورين لها
*كيفية الوصول إلى الإصدارات القديمة من المتصفح من الأرشيف Ensembl
*أوجه الشبه والاختلاف بين الإصدارات
*حول بعض المنشآت سبيل المثال من Ensembl في قواعد بيانات أخرى

نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم

*أين تجد هذه 5 أدوات مفيدة
*لمحة عامة عن ملامح التنظيم والعرض
*بعض التوجيهات بشأن كيف أو لماذا لاختيار المتصفح نظرا لاحتياجات البحوث الخاصة بك
لمعرفة المزيد حول هذه وأكثر 85 الأجنحة الأخرى تعليمي زيارة OpenHelix الكتالوج و OpenHelix. أو زيارة OpenHelix المدونة لمدة تصل إلى أحدث المعلومات عن موارد علم الجينوم وعلم الجينوم.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (www.openhelix.com) يوفر بحث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم وبوابة التدريب, إعطاء الباحثين للعثور على مكان واحد وتعلم كيفية استخدام الموارد وقواعد البيانات على شبكة الإنترنت. بوابة البحث OpenHelix تفتيش مئات من الموارد, أجنحة التعليمي وغيرها من المواد لتوجيه الباحثين إلى معظم الموارد والمواد ذات الصلة OpenHelix التدريب لتلبية احتياجاتهم. يمكن للباحثين والمؤسسات توفيرا للوقت, موارد الميزانية والموظفين من خلال الاستفادة من اشتراك إلى ما يقرب من 100 جناح تعليمي على شبكة الإنترنت من خلال بوابة. زيادة كفاءة استخدام الموارد الأكثر ملاءمة وسائل البحث أسرع وأكثر فعالية.

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة الجمعة تفريغ الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

يوم آخر, آخر الجينوم…أو 56…

اشتعلت مجرد الاعلان عن طريق GenomeWeb أن جبع المشروع وقد نشرت ورقة مع 53 الجينوم البكتيري (انظر الطبيعة عن ملخص المقالة ما هو متاح, و الورقة نفسها هنا). أنها تقدم 53 والبكتيريا 3 العتيقة.

GEBA هو موسوعة الجينوم من البكتيريا والعتيقة. أنها وضعت استراتيجية لتحديد العوامل الوراثية الميكروبية ليس بسبب بعض فسيولوجيا هاما من أن ميكروب, أو لأنها كانت كائنا المسببة للأمراض, ولكن أكثر استنادا يبحث في جميع أنحاء العالم من خلال الأنواع نسالة, واختيار بعض التي قد أهملت خلاف ذلك. هذه هي استراتيجية أنيق في نواح كثيرة, لأن عادة نحن ننظر فقط تحت المصباح عن الاشياء ونحن كيندا يبحث عن بالفعل. هذا يتحول إلى أن حوالي وتبدو في الظلام فضلا. أن لا تجعل شيئا من رحلة صيد, وأستطيع أن أفهم تلك الانتقادات نهج من هذا القبيل. لكننا على يقين من أن تعلم أشياء مفيدة من الاشياء لم نكن حقا تبحث عن جدا.

إلقاء نظرة على ورقة والنظر في هذه الاستراتيجية.

وهناك مكان عظيم للبحث في الانترنت أن الكائنات الحية IMG, قاعدة البيانات المتكاملة خريطة جينوم الميكروبية. لديهم مجموعة فرعية خاصة من IMG / GEBA متوفرة هنا: المتشعب://img.jgi.doe.gov / CGI - BIN / جبع / main.cgi . حصلنا على البرنامج التعليمي على استخدام IMG والتي تغطي الجوانب الرئيسية للمؤسسة وكذلك IMG (يتطلب الاشتراك).

هل يمكن أن تنظر أيضا “اعتماد جينوم” من المشروع جبع كما فعلت بعض المدارس! تري تحدثت عن ذلك اسبوع بلاغ من بين الأسبوع في .

وو, د., Hugenholtz, P., Mavromatis, ك., Pukall, ر., دالين, E., ايفانوفا, ن., كونين, خامسا, غودوين, L., وو, م., Tindall, ب., هوبر, س., كما, أ., Lykidis, أ., ربيع, س., أندرسون, I., D' Haeseleer, P., Zemla, أ., مطرب, م., لابيدوس, أ., نولان, م., كوبلاند, أ., وقد, C., تشن, ف., تشنغ, ج., لوكاس, س., Kerfeld, C., طويل, E., Gronow, س., سلسلة, P., بروس, د., روبين, E., Kyrpides, ن., Klenk, ه., & متطلبات, J. (2009). موسوعة الجينومية نسالة يحركها من البكتيريا والعتيقة طبيعة, 462 (7276), 1056-1060 دوى: 10.1038/nature08656

UPDATE: جوناثان ايسن, واحد من الكتاب في هذه الورقة, لديه وظيفة ممتازة مع أكثر الخلفية الدرامية في هذا العمل. التحقق من ذلك في مكتبه بلوق: http://phylogenomics.blogspot.com/2009/12/story-behind-nature-paper-on-phylogeny.html

UPDATE 2: هناك مقالة رائعة في صحيفة نيويورك تايمز على هذا العمل وكذلك: العلماء بدء كتالوج الجينوم للجراثيم الأرض وفيرة

نصيحة الأسبوع: الجينومية موسوعة البكتيريا & العتيقة (جبع)


يجري الصيف, اتصال بطيء الغريب وبعض العوامل الأخرى, أنا تضمين حديث من رمزي دوغ (نشرت على SciVee) على المشروع في جبع JGI (بدلا من القيام تلميح نفسي :). و جبع المشروع يعترف بأن العديد من, إن لم يكن معظمهم, من الجينوم البكتيري وarchaeal التي تم التسلسل حتى الآن بعض الأمراض التي تصيب الإنسان ذات الصلة أو مصلحة البشرية الأخرى. هذا طبعا غير معقول, ولكنه يؤدي أيضا إلى وجود ثغرات كبيرة في معرفتنا للتطور وعلم الجينوم البكتيري, المعرفة التي من شأنها أن تساعدنا على فهم أفضل لتلك العوامل الوراثية التي نجدها ذات الصلة والمعرفة التي في حد ذاتها يمكن أن تكون مثيرة للاهتمام للغاية ويمكن أن تكون مفيدة. عرض نقاش لمعرفة المزيد عن هذا المشروع لتسلسل 100 phylogenetically متنوعة الجينوم البكتيري وArchaeal.
أنا أيضا نشر هذا كمقدمة لJGI لل اعتماد الجينوم مشروع. يسمح هذا المشروع مجموعات الطلاب على اعتماد ودراسة البكتيريا في المشروع جبع ونأمل إضافة إلى معرفتنا وشروحه للجينوم في حين تعلم. يمكن للطلاب تعليم ثم الجينوم الذي اعتمده به IMG - ACT.