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Video Tipp der Woche: IGB, Integrierte Genome Browser

Kürzlich in einem Papier arbeiten wir an arbeiten wir wurden gebeten, ein bisschen mehr über die verschiedenen Arten abdecken oder Arten von Genom-Browser, die verfügbar sind. Und das Timing war perfekt, denn ich hatte nur die Informationen über IGB revisited (Ig-bee) in ihrer jüngsten Webinar-Reihe.

Angekündigt auf Biostar vor kurzem war diese schöne Einführung in die neue Version: Live-Tour der neuen Funktionen in Integrated Genome Browser 8. Obwohl ich verpasste die Live-Webinar, Sie können verschiedene Aufnahmen von ihrem YouTube-Kanal zu fangen. Ich beobachtete das Intro ein, aber es scheint nicht zu sein, sofort verfügbar (Ich habe für eine neue Verbindung über bei Biostar gefragt). Es war eine schöne Übersicht über die Website, mit einer Einführung in ihre Einrichtung und Basisinformationen. Ich hoffe, dass es bald wieder erscheinen. Inzwischen, ihre YouTube-Seite bietet ein paar andere Möglichkeiten, um mit IGB loslegen. Hier ist ein Video, aber es gibt mehrere andere Schnellstart-Stil diejenigen.

Einer der wichtigsten Aspekte war diese schöne Möglichkeit für Gruppen, um über die Bewertung und Kommentierung ihrer Daten zusammenarbeiten:

IGB macht es einfach für Gruppen zu verteilen und gemeinsam ihr neues Genom Baugruppen und Anmerkungen. Mit IBG einfache QuickLoad System, Sie können Ihr neues Genom mit Mitarbeitern zu teilen, halten die Daten privat bis veröffentlicht, und dann die gleiche Methode verwenden, um die Daten mit der Welt teilen.

Und es gibt viel mehr können Sie tun. Aber das sollte Ihnen ein Gefühl der Nützlichkeit.

Ich spielte mit der aktuellen Version des IGB, und fand es sehr flexibel und nützlich. Vielleicht habe ich es überfordert, indem er für alle jene Restriktionsschnittstellen, aber sie schließlich geladen. Ich habe auch etwas von der geladenen UCSC Genome Browser externe Daten. Sie müssten vertraut sein mit den Namen der Datensätze, die Sie von UCSC vorher aber wollen–eine Reise durch unsere Tabelle Browser Tutorial könnte Ihnen helfen, diesen Aspekt ein bisschen besser zu verstehen. Aber manchmal sind die großen öffentlichen Genom-Browser Websites werden nicht alle die Flexibilität und Anpassung, die Sie für Ihre Erkundungen–und das Hinzufügen eines Browsers wie IGB zu Ihrem Repertoire konnte wirklich helfen, um genau das, was Sie in Ihrem Datenanalyse-Projekte müssen.

Quick-Links:

IGB-Website: http://bioviz.org/igb/

YouTube-Kanal mit mehr Videos: IGB-Kanal

Referenz:

J. W. Nicol, Überhaupt G. A., Blanchard S.G., Raja A. & LORAINE A.E. (2009). Das integrierte Genome Browser: freie Software für den Vertrieb und die Exploration von genomweiten Datensätzen, Bioinformatik, 25 (20) 2730-2731. DOI:

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


“Was ist die Antwort?” Gewinde

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

BioStar Frage der Woche:
Mit dem Aufkommen der NGS-Daten, viele Menschen haben nach Möglichkeiten gesucht, um die BAM und SAM-Dateien zur weiteren Analyse visualisieren. Wir haben über die viel durchgemacht kommen in unseren Werkstätten in letzter Zeit. Ich glaube, Sie könnten in der Lage sein, die ziemlich gut mit einem Brauch die Position einest UCSC Genome Browser, obwohl es wahrscheinlich nicht so einfach, wie einige Tools aufgelistet und manchmal braucht man mehr. Die heutige biostar Frage und Antwort:

…Ich will wissen, gibt es keine frei verfügbare Software Zur Visualisierung der ausgerichteten liest inklusive ihrer Sequenzen für Bowtie Ausgang (sam oder bam-Format)….

Hervorgehoben Antwort:
Die meisten up-stimmte Antwort war ein einfaches Satz:

Sehen Sie diese große Blog-Post Überprüfung verschiedener NGS Genom Zuschauer (sie alle lesen BAM-Format).

(Es ist eine große Blog-Eintrag). Es gibt andere Antworten auch, dass waren hilfreich, Check out der Diskussion…

Haben Sie eine Genom-Browser?

Vor kurzem habe ich über immer mehr Anfragen und der Bedarf für Genomannotation und Visualisierungs-Software wurde kommende. Genome sind nicht abgeschlossen links und rechts und Forscher müssen Wege zu durchsuchen und kommentieren diese Genome. Es gibt eine Menge Tools gibt. Dieser Beitrag ist eine schnelle Versuch zu starten Inserat diejenigen. Es ist nicht erschöpfend, gerade jetzt, jetzt gibt es die, die aus der Spitze von meinem Kopf und diejenigen konzentriert ein bisschen auf Visualisierung (obwohl es Annotation). Ich habe vor, diese Liste zu erweitern (haben darauf hin,) und entwickeln sie mit mehr Beschreibungen wie die Zeit vergeht nach vorne. Wahrscheinlich machen es eine Seite, wenn es nützlich genug wird. Ich bin mir nicht alle Datenbanken aufgelistet (wie UCSC Genome Browser, RGD, Ensembl, FlyBase, sondern Software, die Forscher können auf diese browsable Genome erstellen). So, Los geht's…

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