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Astuce Vidéo de la semaine: ZBrowse for GWAS viewing and exploration

Maybe you’ve heard of the others. ABrowse. BBrowse. CBrowse. [you get the idea] GBrowse has been widely adopted. JBrowse is picking up steam. Into the orderly arrangement we now throw ZBrowse: a new way to look at genome-wide association study data.

Sharing and chatter about ZBrowse for viewing GWAS was abundant when the paper was published recently.

I could see the appeal immediately. One of the first things I check when exploring new software is the species range. Voir, I’m agnostic on species, and especially like to find tools that support a wide range of species. ZBrowse does this. Right in their paper they provide a chart comparing their features to other tools, and that tidbit jumped right out at me.

Although we usually like to highlight web-based tools, this one was really different and worth covering even though it requires you to do a bit more lifting on installing it. But they help with that, in their videos and instructions. And ultimately it runs in your browser, once you’ve got the right pieces in place. I was able to set it up and run it (after updating my R and RStudio).

I’m going to skip the installation and data loading videos for now, but you should go over and see them when you are ready to try it out. I’ll just give you a look at the features they show in their introductory video for the browser part. That will give you the best idea of why it’s worth trying it out.

It does require you to have R installés, et RStudio. We’ve talked about both of those before, but if they are new to you, check’em out in these other Video Tips of the Week: Introduction à R Statistical Software, RStudio as an Interface for using R.

It comes loaded with some plant data, but you can use other data you have. It was very easy to look at the Manhattan plot view, and then focus on smaller chosen regions. I really liked how easy it was to see what’s in the neighborhood of a selected item when you turned to the annotation tab. ZBrowse sample image

It might also be worth trying this out as a software delivery strategy–I was just reading about other folks who are offering tools that sit on top of R and RStudio this way (come back tomorrow for another example). People who want to offer you the chance to look over large data sets they are providing are considering this.

Liens rapides:

ZBrowse at Baxter Laboratory: http://www.baxterlab.org/#!/cqi0

R: http://www.r-project.org/

RStudio: http://www.rstudio.com/

Références:

Prêt, E. (2012) Mise en route en R.

Racine J.S. (2011). RStudio: Un IDE indépendant de la plateforme R et Sweave, Journal of Applied Econometrics, 27 (1) 167-172. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/jae.1278

Ziegler, Greg R., Ryan H. Hartsock, and Ivan Baxter. “Zbrowse: an interactive GWAS results browser.” PeerJ Computer Science 1 (2015): e3. DOI: 10.7717/peerj-cs.3

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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include finding hidden treasures in a “grandes données” repository, genomic epidemiology and malaria, cannabis strain phylogeny, hackathons and lessons learned, ClinGen for clinical genomics, et plus….


Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


Astuce de la semaine: L'homme SNP-co-expression des associations, SNPxGE2


Pointe d'aujourd'hui est sur une nouvelle base de données basée sur les données à partir d'un seul document intéressant, SNPxGE2. Avec une étude d'association à grande échelle à partir des données HapMap (269 individus, 4 populations, plus de 500k 15k SNP et profils d'expression), l' la recherche rapporté:

les calculs prévus homme SNP-co-expression des associations, qui est, le différentiel de co-expression entre 2 gènes est associé au génotype d'un SNP.

Ces données sont organisées dans une base de données facilement consultable appelé SNPxGE2. Comme le seul papier est sorti 2 mois, c'est une base de données prometteuses. C'est intéressant et utile comme c'est, mais je peux voir davantage de données ajoutées au fil du temps.

Liens connexes:

SNPxGE2
HapMap
Astuce de la semaine sur SNPexp (corrélation entre les SNP et d'expression)
Faux article Discovery Rate

Wang, Y., Joseph, S., Liu, X., Kelley, M., & Rekaya, R. (2011). SNPxGE2: une base de données pour l'homme SNP-co-expression des associations Bio-informatique, 28 (3), 403-410 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr663

Etes-vous méchants intelligents?

Ou, comme il est prononcé autour de ma maison: Ah, vous wikked smaht? Il ya un effort de recrutement par le BGI (Institut de génomique de Pékin–ce qui n'est pas limité à Pékin plus) pour obtenir une collection de méchants gens intelligents et d'analyser leur ADN. Ils sont à la recherche de gènes de l'intelligence.

J'ai regardé les critères automatiques, et je ne suis pas admissible. Au moins par cette mesure. Mais peut-être certains d'entre vous sont. Sur le première page de l'étude, il affirme:

Nous recrutons actuellement des sujets pour:

  1. Un Genome Wide Association étude de l'intelligence. Si vous êtes doués cognitivement, Nous vous encourageons à participent!

Sur le Page de participation:

Comment se qualifier

Nous cherchons actuellement des participants avec les capacités cognitives de haut. Vous pouvez vous qualifier pour l'étude si vous avez obtenu une haute SAT / ACT / GRE score de, ou avoir de bons résultats dans des compétitions académiques telles que les maths, Physique, ou de l'informatique Olympiades, William Lowell Putnam du Concours mathématique, TopCoder, etc. Vous pouvez également qualifier via exceptionnelle diplômes universitaires, où vous aurez une chance de préciser dans l'enquête.

Automatique critères de qualification comprennent:

  • Un score d'au moins sam. 760V/800M après recentrage ou de pré-700V/780M recentrage; Score des ACT 35-36; ou un score d'au moins GRE 700V/800M.
  • Un doctorat d'un programme de haut américains en physique, mathématiques, Etats-Unis, ou de l'informatique théorique.
  • Mention honorable ou mieux dans la compétition Putnam.

Umm…jamais entendu parler de l'Putnam. Je pense que je suis hors….

De toute façon–si vous voulez faire avancer la recherche et vous vous qualifiez, vous pouvez le vérifier. Soyez sûr de lire et de comprendre la politique de confidentialité et le formulaire de consentement (PDF).

Ils ont également l'intention de faire un autre sur la cécité face à (prosopagnosie). Je sais que certaines personnes atteintes de cette, Je pense qu'il pourrait être intéressant de voir si elles peuvent trouver des gènes pour que les. En ce moment ils sont diriger les gens vers faceblind.org pour vous inscrire à l'information.

Chapeau pointe @ BGI_Events:

RT @ BGI_Events: Maintenant à # Google hsu_steve @ lance notre effort pour recruter des participants des États-Unis dans notre projet # # génomique cognitive http://www.cog-genomics.org/

cross-posté au génomes sont nous.

Quelle est la réponse? Open Thread (GWAS génotypage)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de la communauté et trouve cela très utile. Souvent questions et réponses se posent à BioStar qui se rapportent à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question de la semaine:

Combien de le génome est capturé par un GWAS?

Deux grandes réponses à cette question, une citation de la première. Cliquez sur le lien ci-dessus pour plus de.

Génome humain code 1 SNP/100-300bp; ~ ~ 3Go séquences SNPs 10millions. Il est impossible d'analyser un nombre important de données en raison de plusieurs facteurs limitants. Pour faire face à ce problème, nous pouvons utiliser déséquilibre de liaison (LD) cartographie (Voir la section sur D ', taux de recombinaison), Haplotype, Blocs d'haplotypes et Haplotype SNP Tag (tagSNPs). (Lisez à propos du projet HapMap ici). Au lieu de génotypage SNP tous les 10M, nous pouvons le génotype tagSNPs dans un bloc d'haplotypes. C'est un représentant du SNP dans une région donnée du génome à haute LD. Cela permettra de trouver la variation génétique, sans génotypage SNP tous les 10M. Des études antérieures ont indiqué que le génotypage jetons avec 0,5 M-1M SNP sera suffisant pour une bonne GWAS.

Astuce de la semaine: Prioriser les gènes

De nombreux types d'expériences aujourd'hui le retour de grandes listes de gènes, Les études d'association, tableaux d'expression, analyse de liaison et plus. Le chercheur doit déterminer laquelle de ces gènes sont le plus d'intérêt et prometteur pour la prochaine étape de l'analyse consiste à hiérarchiser la liste et trouver la méthode pour le faire.

Il ya beaucoup de méthodes et d'outils pour prioriser une liste de gènes et d'obtenir une poignée sur laquelle l'outil à utiliser peut être un peu une tâche ardue. L' Portail Priorisation Gene est une excellente ressource pour trouver le bon outil. C'est un peu plus que juste une base de données des bases de données ou des outils. c'est une liste régulièrement mise à jour avec des informations détaillées sur les outils (il ya des 25 pour le moment), stats sur ce que les sources de données des outils sont, les sorties et les références. Il ya aussi un outil de recherche agréable de trouver l'outil qui correspond le mieux à vos besoins.

La pointe d'aujourd'hui va introduire sur le site et effectuer une recherche rapide. Conseils avenir pourrait être en soulignant certains de ces outils.

Mise à jour: raison de difficultés techniques, soit dans l'enregistrement ou l'/ upload de traitement de l'audio ne fonctionne pas. J'essaie de corriger ce. Dans l'intervalle, vous pouvez obtenir un aperçu de base à regarder, mais je vais obtenir une nouvelle version dès que je suis capable de résoudre ce.

“Quelle est la réponse” Thread

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de la communauté et trouve cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous * sera en soulignant l'une de ces questions et de réponses ici, dans ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Question BioStar de la semaine:

Quelle est la différence entre les GWAS échelle du génome entier et les études de liaison?
Je ne comprends pas la différence entre un GWA (échelle du génome entier association d'étude) et un GWLS (étude du génome liens larges). Je suis un chercheur en informatique d'avoir à rafraîchir la biologie!

Réponse en surbrillance:
Le acceptée, et répondre ainsi détaillé est de David Quigley. Bien sûr,, Si vous êtes profondément dans GWAS et des études similaires, la réponse est évidente :D, mais pour ceux qui sont nouveaux dans le domaine ou intéressant dans ce…

…Des études de liaison sont effectuées lorsque vous avez pedigrees des individus en cause connexes et un phénotype (telles que le cancer du sein) qui est présente dans certains mais pas tous les membres de la famille. Ces personnes pourraient être des humains ou des animaux; liens chez les humains est étudiée à l'aide aux familles existantes, donc pas d'élevage est impliqué. Pour chaque locus, vous compiler les cas où les parents et les enfants qui font ou ne se présentent pas le phénotype aussi avoir le même allèle. Des études de liaison sont l'approche la plus puissante lorsque l'on étudie phénotypes très pénétrant, ce qui signifie que si vous avez l'allèle vous avez une forte probabilité d'présentant le phénotype. Ils peuvent IDENTITÉ allèles rares qui sont présents en petit nombre de familles, généralement due à une mutation fondatrice. La liaison est la façon dont vous trouverez un allèle tels que les mutations de BRCA1 associées au cancer du sein.

Les études d'association sont utilisés lorsque vous n'avez pas de pedigrees; ici, le test statistique est une régression logistique ou d'un test concernant les tendances. Ils travaillent quand le phénotype est beaucoup plus faible pénétrance; ils sont en fait plus puissant que l'analyse de liaison dans ces cas, à condition d'avoir suffisamment de cas informatifs et des témoins appariés. Les études d'association sont la façon dont vous trouverez commune, allèles de faible pénétrance telles que les variations de FGFR2 qui confèrent une légère augmentation de la susceptibilité du cancer du sein…

Allez ici pour le reste de la réponse

Astuce de la semaine: Challenge, une base de données des sites cibles de miRNA

microARN sont devenus une source riche de la recherche car ils ont probablement un effet énorme sur l'expression des gènes et les maladies. Le génome humain peut coder plus 1,000 miARN qui ciblent plus de la moitié de nos gènes. Ils pourraient être impliqués dans un grand nombre de maladies courantes (qui n'est pas encore ont été ramassés dans les études GWAS?). Ils sont un domaine fascinant de la biologie qui ne vient que de lui sur la dernière décennie. Comme ces, le nombre de bases de données pour miRNAs catalogue est grande. pointe d'aujourd'hui porte sur une nouvelle, Challenge, qui est rapportée dans le numéro de base de données NAR venir. La niche est Reptar tenter de remplissage est d'obtenir des prédictions des miARN plus complet en y incluant de nouvelles recherches dans l'algorithme. Cette nouvelle recherche laisse penser qu'il ya des sites cibles plus possible qu'on ne le pensait. Comme mentionné dans l'article,

Récemment,, les options miRNA de liaison ont été encore élargi avec l'identification des "sites" centrée, fonctionnelle des sites cibles miARN qui manquent à la fois d'appariement parfait et semences 3'-compensatoires appariement et lieu d'exposition d'appariement avec la cible le long de 11 à 12 paires contiguës au centre de la miARN (4). Alors que certains algorithmes détendue le critère de conservation évolutive (5-11) et / ou offre aussi des prédictions de 3'-compensatoire des sites [g. (6,12,13)], quelques bases de données offrent des prédictions de l'ensemble du répertoire de modèles miARN ciblant. Par ailleurs à ce jour, aucune base de données répertorie l'ensemble du génome prédiction de cibles cellulaires des miARN viraux. Ces miARN manque important de conservation de l'évolution et leurs objectifs ne sont pas nécessairement s'attendre à être conservée évolutivement. En outre, les quelques identifié des cibles miARN viraux ont montré tant de semences conventionnelles contraignantes et 3'-compensatoires obligatoires [g. (3,14)].

Nous présentons ici une base de données de l'échelle du génome prédictions cibles miARN pour les souris et les gènes humains, sur la base des prévisions de notre algorithme de prédiction de nouvelles cibles, Challenge

Je vais laisser la valeur prédictive aux chercheurs miARN, mais j'ai pensé introduire le site.

Alors j'y suis, permettez-moi de la liste de quelques sites miARN d'autres laboratoires et instituts aussi éloignés que la Chine, L'Italie, Israël, Canada et les Etats-Unis. Peut-être qu'un jour je vais faire une comparaison.

CircuitsDB, Jennifer, qui a fait un grand bout de ce tutoriel semaine.

miRBase, que nous avons une pleine longueur sur le tutoriel.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, ils ont une piste d'annotation pour UCSC Genome Browser
miRNA2Disease
PuTmiR (en relation avec des facteurs de transcription)
microRNAdb:

deux listes d'attraper quelques autres: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ et http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

Elefant, N., Berger, A., Shein, H., Hofree, M., Margalit, H., & Altuvia, Y. (2010). Challenge: une base de données de la valeur prédite cibles cellulaires de l'hôte et les miARN viraux Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkq1233

ADN Deniers

Wha?

De Michael Pollan:

Wha?

Michael Pollan et son troupeau est devenu tout aéré l'autre jour quand Michael tweeté cette friandise. Il relie à une histoire avec pas mal le titre:

L'ADN Grande déficit de données: Sont des gènes de la maladie d'un Mirage?

Srsly. C'est ce qu'il dit.

Qu'est-ce que je pense que cela est? Le deuxième cas de déni de gènes que j'ai observé. (Le premier était un groupe contester gènes de l'autisme.)

Je savais qu'après le génome est venu il y aurait woo. Je savais que l'huile de serpent vendeurs seraient tangage achats qui travaillerait avec vos gènes de peau. Je savais qu'il y aurait des composés anti-vieillissement qui travaillent avec vos gènes. Je sais qu'il ya déjà un régime alimentaire ADN, et les vitamines vendues à vous en fonction de votre ADN. J'ai vu l'ADN datant. Mais honnêtement, Je ne m'attendais pas les négateurs l'ADN.

Probablement je l'ai vu venir. J'ai suivi un couple de différents sujets qui coulent avec anti-science woo: anti-vaxxers et anti-GMOsters. Il ya un chevauchement entre ces groupes, mais ce n'est pas complète. Mais il ya une coïncidence remarquable entre leurs styles de raisonnement. Les deux groupes font de grandes prétentions, essentiellement de source inconnue–ou si proviennent sont cerises cueillies à points ou entièrement mauvais usage. Et quand la science ne va pas leur chemin, ils nient la science, puis ils se déplacent les poteaux de but.

Cet article–qui souffle prétendument loin le lien entre les gènes et les maladies–est effroyablement tort. Laissez-moi être clair: gènes peuvent influencer le risque de maladie. Période. Bien sûr, l'environnement peut influer sur la biologie. Régime alimentaire et exercice peuvent affecter la santé, certainement. L'exposition aux naturels ou artificiels cancérigènes peuvent déclencher le cancer. Et même les plus difficiles jocks de gènes de base savent. Mais cette volonté de rompre le lien entre les gènes et le diabète–ou de cancer de la prostate, ou de la maladie de Crohn–parce qu'ils n'ont pas trouvé un gène de fumer seule arme encore, en utilisant une sorte d'étude? C'est juste bizarre et tordu. Il ya de nombreux exemples de pistes sur les troubles complexes qui sont assez forts, aperçu des voies et des mécanismes de la maladie, et nous avons vraiment tout juste de commencer. Et les nouvelles technologies ouvrent de nouvelles voies, ainsi. Un bel article sur ce fut dans la revue Nature, cet automne: Génomique: La recherche de l'association.

Bien sûr, nous avons voulu plus de données et des signaux plus forts de GWAS (l'échelle du génome des études d'association). Mais il s'avère humains sont outbreeders invétéré et il est difficile de démêler les pointeurs forte de leur part.

Probablement, si vous êtes un lecteur régulier de ce blog je n'ai pas besoin de vous convaincre de cette. Mais pour quiconque tombe par hasard sur ce laissez-moi offrir des ressources:

Ce que je peux pas tout chiffre est pourquoi les auteurs de cette tentative de discréditer après tout le travail et toutes les découvertes qui ont été réalisés jusqu'à présent–et ceux que nous allons découvrir. Comme une stratégie relativement nouvelle, et comme nous affinons les outils, les groupes d'étude des populations, et s'appuyer sur des connaissances nouvelles, nous allons trouver plus. Et beaucoup avait été fait–Consultez le catalogue GWAS pour un aperçu. Faites défiler la liste. Et garder le défilement. Comme il est dit sur cette page: “En date du 12/09/10, Ce tableau comprend 725 publications et 3606 SNPs.

Et j'ai aussi n'arrive pas à comprendre pourquoi les sbires Pollan sont la célébration de cette. Voici quelques exemples de réponses à cette:



Si cela était vrai (ce qui n'est certainement pas), Pourquoi serait-ce une raison pour rire? Pourquoi célébrer? Honnêtement, je ne comprends pas. L'émotion réelle devrait être embarrassant pour la crédulité.

Mais ok, vous n'êtes pas vers le bas avec les données GWAS humains dès maintenant–Regardons d'autres GWAS et voir ce qui sort de cette. Il ya eu quelques exemples vraiment étonnante de ces études chez les chiens. Il y avait un discours de quelques années en arrière que nous avons regardé: Les gènes pour des caractères complexes chez le chien domestique. Vous pouvez regarder cette ligne pour en savoir plus. Un avantage de travailler avec des chiens, c'est qu'ils sont très consanguines. Un professeur de mine en études supérieures fois snarked que nous ne pouvons pas faire cela avec les humains–Bien que cela faisait partie de l'objectif de l'Ivy League, il a affirmé–un couple de cent ans de l'élevage intensif et une bonne registres généalogiques font la chasse des gènes dans le génome canin un peu plus facile que dans les populations humaines salissante. Voici un autre article récent sur traits chien dans la nature. Si vous pensez que les gènes ne causent pas de troubles complexes, vous avez de contester que certaines races de chiens sont sujettes à l'anxiété due à leurs gènes. Et que certains sont enclins à la surdité–c'est clairement le mode de vie dalmate, droit? Ou que les dobermans sont apportant leur narcolepsie sur eux-mêmes en quelque sorte. [Sérieusement - ils sont narcoleptiques? Qui savait ....]

Il est clair, les auteurs ont un agenda. A la fin ils font leur affaire:

Néanmoins, la plupart des gouvernements de coopérer beaucoup plus, par exemple,, avec leurs industries alimentaires qu'avec ceux qui souhaitent une alimentation saine. La pose de repos du déterminisme génétique de la maladie de, Mais, fournit une occasion de changer ce calcul politique cynique. Elle soulève des enjeux par les décideurs politiques, comme jamais auparavant avec le fait qu'elles ont toutes les chances, par la promotion de l'étiquetage des aliments, taxer la malbouffe, ou de financement de la recherche impartiale, pour aider à leur électorat de faire des choix de mode de vie extrêmement positives.

Auteur Latham va plus loin au HuffPo (maison à mucho woo du grand nombre de coups) c'est moi qui souligne:

Cela signifie- l'environnement doit être la cause entière de mauvaise santé, i.e. malbouffe, la pollution, le manque d'exercice, etc. La raison que nous avons écrit un article sur la génétique humaine (lorsque nous sommes un aliment et l'agri-e site) est que nous croyons que si les gens vivent à droite, l'agriculture et donc la planète sera plus ou moins de se fixer.

Je ne m'inquiète pas si vous voulez pour discréditer l'industrie alimentaire et si vous détestez Big Ag et que vous voulez dire sur votre propre blog. Mais un mauvais usage et de la science et de la discréditer les efforts des scientifiques qui n'ont rien à voir avec une stratégie qui est stupide et imparfait. Et Michael Pollan: S'il vous plaît utilisez un meilleur jugement avant d'attelage votre agenda aux négationnistes.

Ce morceau de tripes est une de ces sortes de sciency-ness choses que Mike le biologiste Mad fois salué comme ayant L'avantage asymétrique des bullsh-t. Il a de multiples niveaux de merde. Et il n'est pas une caractéristique commenter, de sorte que vous ne pouvez pas en discuter plus à leur site. Je vais chercher d'autres réponses à cette question et de les rassembler ici, si je les trouve, ou ajoutez-les dans les commentaires si vous en avez. De toute façon, Je suis sûr que quelqu'un va prendre sur le FAIL # dans d'autres parties de ce message–il ya beaucoup d'opportunités. Je voulais aborder l'aspect de refus. Je suis d'accord avec Deanna–wow–et je serais ravi de voir une bonne Fisking par les génomes Unzipped–et il peut être à venir.

Tweet Haut sur ce jusqu'à va à @ Emmecola:

Mais les scientifiques, ma prière pour vous: ne laissez pas les négationnistes ADN prendre pied sur ce sujet. Nous avons vu ce qui s'est passé avec des anti-vaxxers. Comme ce groupe, cela pourrait affecter la santé publique si les gens commencent à licencier des risques réels de cancer du côlon et des projections ultérieures, ou de renoncer à un traitement pour leurs troubles psychiatriques parce que quelqu'un leur a dit qu'ils pourraient le fixer avec une carotte biologique. Il ya des conséquences réelles de cette.

Références:
Baker, M. (2010). Génomique: La recherche de l'association Nature, 467 (7319), 1135-1138 DOI: 10.1038/4671135une

Cyranoski, D. (2010). Génétique: Animaux de projet Nature, 466 (7310), 1036-1038 DOI: 10.1038/4661036une

MISES À JOUR:
1. Voici une prise sur elle à partir de génomes Unzipped: L'héritabilité estimation utilisant Twins

2. Voici un prendre à HuffPo–source de la science conneries: Est-il un Génie dans le génome? Je suis gêné de lien vers elle, mais ne crois que ce petit était drôle: “suggère que la génomique est un gâchis partie, un complot partie par l'establishment militaro-industriel.” Snorf.

3. Oh, mon–regardez ce que les fées Twitter vient de déposer sur mon bureau. Une étude fondée sur le diabète: Génomique, Tapez 2 Diabète, et Obesity et n'oubliez pas de regarder surtout à table 1.

4. Une autre discussion sur ce sujet de Mike au ScienceBlogs: LUTTE GWAS! (Sifflement! Enchevêtrement!): Déja Vu All Over Again et de vérifier le commentaire de Daniel MacArthur là-bas # FTW. (Astuce doit Genomeweb).

5. Oh, FFS: Marion Nestle attrape le stupides trop. Et Marion–ce n'est pas une “étude”. C'est une polémique. Vous devriez savoir mieux que ça. Vous avez un niveau approprié. Pollan je peux sorta coupé un peu de mou–il a une anglaise Type degré. 6. Et Daniel apporte la déchiqueteuse. C'est une grande: Bioscience critiquer Resource Project modernes de la génomique: une occasion manquée

7. ROFL: Keith qu'il snarks avec ce titre: Le déficit de données de Santé Grand: Sont des causes environnementales des maladies d'un Mirage? Ce fut un début amusant de ma journée.

8. mon GenomiX résume les conflama avec La complexité du vivant est un fait. Ces Google me dit ça, dit “La complexité des êtres vivants est une réalité”. Oui. (Par la voie, traducteurs sont de bien meilleure–Je pense que. Qui ressemblait beaucoup à moi.)

9. Mary Carmichael #FTW–elle fait un smackdown multi-média de la “déterminisme environnemental” avec un grand essai et vidéo d'accompagnement.

10. Mike le biologiste Mad pèse avec: Sur le négationnisme génétique

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • ROBUSTE “a été développé en tant que root et végétales ampoule de recherche communautaire plate-forme pour l'analyse intégrée des données de génomique racine et le bulbe.” Cool. Je suis un grand fan des racines et des bulbes–oh, merde, viens de réaliser que j'ai oublié d'acheter des carottes pour le Pav Bhaji. Je vais essayer de leur faire demain au marché Faneuil ou de l'agriculteur. [Mary]
  • FÊTE est un programme d'alignement local sensibles avec des taux multiples de l'évolution. Un projet intéressant dans le cadre d'un doctorat. thèse :). Je n'ai pas encore essayé, mais le commentaire, il semble bon. [Trey]
  • Parce que Trey parle souvent des gènes de l'horloge, J'ai trouvé cette série de documents de nature intéressant: De l'éditeur Résumé – Synchronisation sur le diabète [Jennifer]
  • De BioMed Central: CIG-DB: la base de données pour les immunoglobulines humaines ou de la souris et les gènes récepteurs des cellules T disponibles pour études sur le cancer ainsi qu'un lien vers l'emplacement réel (libre, pas d'inscription requise): CIG-DB [Jennifer]
  • annonce: GMOD Europe 2010, 13-16 Septembre 2010, Cambridge au Royaume-Uni [Jennifer]
  • Comme la plupart des parents et de quiconque a vu un enfant dans le temps sait, une grande partie de notre personnalité sont d'origine génétique. Mais comme la taille et la sexualité, ils ne sont pas facilement réduite à simple (ou même plusieurs) gène causes que cette récente recherche montre GWAS. [Trey]
  • Il ya un site qui est mise en service des questions concernant principalement le type de séquençage Next-Gen les questions liées: http://i.seqanswers.com/ [Mary]