Archivo de la etiqueta: GWAS

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Vídeo Consejo de la semana: ZBrowse for GWAS viewing and exploration

Maybe you’ve heard of the others. ABrowse. BBrowse. CBrowse. [you get the idea] GBrowse has been widely adopted. JBrowse is picking up steam. Into the orderly arrangement we now throw ZBrowse: a new way to look at genome-wide association study data.

Sharing and chatter about ZBrowse for viewing GWAS was abundant when the paper was published recently.

I could see the appeal immediately. One of the first things I check when exploring new software is the species range. Ver, I’m agnostic on species, and especially like to find tools that support a wide range of species. ZBrowse does this. Right in their paper they provide a chart comparing their features to other tools, and that tidbit jumped right out at me.

Although we usually like to highlight web-based tools, this one was really different and worth covering even though it requires you to do a bit more lifting on installing it. But they help with that, in their videos and instructions. And ultimately it runs in your browser, once you’ve got the right pieces in place. I was able to set it up and run it (after updating my R and RStudio).

I’m going to skip the installation and data loading videos for now, but you should go over and see them when you are ready to try it out. I’ll just give you a look at the features they show in their introductory video for the browser part. That will give you the best idea of why it’s worth trying it out.

It does require you to have R instalado, y RStudio. We’ve talked about both of those before, but if they are new to you, check’em out in these other Video Tips of the Week: Introducción al software estadístico R, RStudio as an Interface for using R.

It comes loaded with some plant data, but you can use other data you have. It was very easy to look at the Manhattan plot view, and then focus on smaller chosen regions. I really liked how easy it was to see what’s in the neighborhood of a selected item when you turned to the annotation tab. ZBrowse sample image

It might also be worth trying this out as a software delivery strategy–I was just reading about other folks who are offering tools that sit on top of R and RStudio this way (come back tomorrow for another example). People who want to offer you the chance to look over large data sets they are providing are considering this.

Enlaces rápidos:

ZBrowse at Baxter Laboratory: http://www.baxterlab.org/#!/cqi0

R: http://www.r-project.org/

RStudio: http://www.rstudio.com/

Referencias:

Listo, E. (2012) Primeros pasos en R.

Racine J. S. (2011). RStudio: Un IDE Plataforma Independiente para R y Sweave, Diario de Econometría Aplicada, 27 (1) 167-172. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/jae.1278

Ziegler, Greg R., Ryan H. Hartsock, and Ivan Baxter. “Zbrowse: an interactive GWAS results browser.” PeerJ Computer Science 1 (2015): e3. DOI: 10.7717/peerj-cs.3

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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include finding hidden treasures in a “de datos grandes” repository, genomic epidemiology and malaria, cannabis strain phylogeny, hackathons and lessons learned, ClinGen for clinical genomics, y más….


Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


Consejo del la Semana: Humanos SNP-coexpresión asociaciones, SNPxGE2


La punta de hoy es sobre una nueva base de datos sobre la base de datos de un interesante documento único, SNPxGE2. Con un estudio de asociación a gran escala de datos de HapMap (269 personas, 4 las poblaciones, más de 500k 15k SNPs y los perfiles de expresión), la la investigación informó:

los computacionalmente predijo humanos SNP-coexpresión asociaciones, que es, la co-expresión diferencial entre 2 los genes se asocia con el genotipo de un SNP.

Estos datos se organizan en una base de datos fácilmente investigable llamada SNPxGE2. Dado que el documento sólo salió 2 meses, es una base de datos prometedor. Es interesante y útil como es, pero puedo ver más datos se añaden a través del tiempo.

Enlaces relacionados:

SNPxGE2
HapMap
Consejo de la semana en SNPexp (correlación entre el SNP y de expresión)
False Discovery Rate el artículo

B.ng, Y., José, S., Liu, X., Kelley, M., & Rekaya, R. (2011). SNPxGE2: una base de datos para humanos SNP-coexpresión asociaciones Bioinformática, 28 (3), 403-410 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr663

¿Está usted malvados inteligentes?

O, ya que es pronunciada por mi casa: ah Wikked smaht? Hay un esfuerzo de reclutamiento por la BGI (Instituto de Genómica de Beijing–que no se limita a Beijing más) para obtener una colección de malos personas inteligentes y analizar su ADN. Ellos están buscando los genes de la inteligencia.

Miré a los criterios automáticos, y yo no cumplo con los requisitos. Al menos por esta medida. Pero tal vez algunos de ustedes están. En el primera página del estudio que dice:

Actualmente estamos reclutando sujetos para:

  1. Un genoma de asociación amplia del estudio de la inteligencia. Si usted es cognitivamente superdotados, le animamos a que participar!

En el la participación de página:

Cómo calificar

En la actualidad buscan participantes con las habilidades cognitivas de alto. Usted puede calificar para el estudio de si ha obtenido una alta SAT / ACT / GRE puntuación, o han obtenido buenos resultados en competencias académicas, como la de Matemáticas, Física, o Informática Olimpiadas, el matemático William Lowell Putnam Competencia, TopCoder, etc. Usted también puede calificar a través de las credenciales académicas excepcionales, que usted tendrá la oportunidad de especificar en la encuesta.

Automática de criterios de calificación incluyen:

  • Una puntuación de SAT de por lo menos 760V/800M post-recentramiento o 700V/780M pre-recentramiento; ACT puntuación de 35-36; o GRE puntuación de al menos 700V/800M.
  • Un doctorado de un programa superior de EE.UU. en la física, matemáticas, EE, o informática teórica.
  • Mención de honor o mejor en el concurso de Putnam.

Umm…ni siquiera oído hablar de la Putnam. Creo que me voy….

De todos modos–si quieres avanzar en la investigación y califica, puede que quiera echarle un vistazo. Asegúrese de leer y entender la política de privacidad y el formulario de consentimiento (PDF).

Ellos también tienen la intención de hacer otra sobre la ceguera frente a (prosopagnosia). Sé que algunas personas con este, Yo creo que puede ser interesante ver si pueden encontrar genes para que. En este momento están dirigiendo a la gente a faceblind.org para suscribirse a la información.

Sombrero de punta @ BGI_Events:

RT @ BGI_Events: Ahora en el # @ google hsu_steve está poniendo en marcha nuestra campaña para reclutar a los participantes de EE.UU. en nuestro proyecto # # genómica cognitiva http://www.cog-genomics.org/

cross-publicado en los genomas Are Us.

¿Cuál es la respuesta? Abrir un mensaje (GWAS genotipado)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la comunidad y les resulta muy útil. A menudo preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Pregunta de la Semana:

¿Qué parte del genoma es capturado por un GWAS?

Dos grandes respuestas a esta pregunta, una cita de la primera. Haga clic en el enlace anterior para obtener más.

Genoma humano codifica 1 SNP/100-300bp; ~ ~ 3GB secuencia de 10 millones de SNPs. Es imposible analizar un número tan grande de datos debido a varios factores que limitan. Para hacer frente a este problema podemos utilizar el desequilibrio de ligamiento (LD) cartografía (Vea la sección en D ', recombinación tasa), Haplotipo, Bloques de haplotipos y Haplotipo etiqueta SNPs (tagSNPs). (Lea sobre el proyecto HapMap aquí). En lugar de genotipado todos los SNPs 10M podemos genotipo tagSNPs en un bloque de haplotipos. Se trata de un SNP representante de una región determinada del genoma de alto LD. Esto le permitirá encontrar las variaciones genéticas sin genotipado todos los SNPs 10M. Estudios previos indicaron que el genotipo fichas con 0.5 M-1M SNPs será suficiente para una buena GWAS.

Consejo del la Semana: Genes priorizar

Existen muchos tipos de experimentos hoy regreso largas listas de genes, Asociación de Estudios, arrays de expresión, análisis de ligamiento y más. El investigador debe determinar cuál de estos genes son de mayor interés y prometedor para el siguiente paso en el análisis es dar prioridad a la lista y encontrar el método para hacerlo.

Hay un montón de métodos y herramientas para dar prioridad a una lista de genes y conseguir una manija en qué herramienta utilizar puede ser un poco de una tarea de enormes proporciones. La Gene Portal Priorización es un recurso excelente para encontrar la herramienta adecuada. Es un poco más que una base de datos de bases de datos o herramientas. se trata de una lista actualizada con información detallada sobre las herramientas (hay 25 en el momento), estadísticas acerca de lo que las fuentes de datos de las herramientas son, las salidas y referencias. También hay una buena herramienta de búsqueda para encontrar la herramienta que más se adapte a sus necesidades.

Punta de hoy presentará el sitio y realizar una búsqueda rápida. Consejos futuro podría ser destacar algunas de estas herramientas.

Actualizar: debido a dificultades técnicas, ya sea en grabación o el / la carga de procesamiento de audio no está funcionando. Estoy tratando de solucionar este problema. Mientras tanto, se puede obtener una visión general básica viendo, pero voy a tener una nueva versión tan pronto como yo soy capaz de solucionar este problema.

“¿Cuál es la respuesta” Hilo

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la comunidad y les resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Cada * Jueves estaremos destacando una de esas preguntas y respuestas aquí en este tema. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

BioStar Pregunta de la Semana:

¿Cuál es la diferencia entre el genoma y los estudios GWAS amplia vinculación?
No entiendo la diferencia entre un GWA (genoma de asociación amplia del estudio) y un GWLS (todo el genoma vinculación estudio). Soy un científico informático de tener que refrescar la biología!

Respuesta destacó:
La aceptación, y responder así detallada de David Quigley. Por supuesto, si usted está profundamente en GWAS y otros estudios similares, la respuesta es obvia :D, pero para aquellos que son nuevos en el campo o interés en él…

…Los estudios de ligamiento se realiza cuando usted tiene las genealogías de individals relacionados y un fenotipo (tales como el cáncer de mama) que está presente en algunos pero no todos los miembros de la familia. Estos individuos podrían ser los seres humanos o animales; vinculación en los seres humanos se estudia con las familias existentes, por lo que no se trata de la cría. Para cada locus, se tabulan los casos en que padres y niños que hacen o no muestra el fenotipo también tienen el mismo alelo. Los estudios de ligamiento son el método más potente en el estudio de fenotipos muy penetrante, lo que significa que si usted tiene el alelo tiene una alta probabilidad de que presentaba el fenotipo. Pueden identiy alelos raros que están presentes en un pequeño número de familias, por lo general debido a una mutación fundadora. Vinculación es la forma de encontrar un alelo, como las mutaciones en BRCA1 asociados con el cáncer de mama.

Los estudios de asociación se utilizan cuando no tienen pedigrí; aquí la prueba estadística es una regresión logística o de una prueba relacionada con las tendencias. Trabajan cuando el fenotipo tiene penetración mucho menor; son de hecho más poderoso que el análisis de ligamiento en los casos, siempre y cuando haya suficientes casos de información y controles de la misma. Los estudios de asociación son cómo encontrar un terreno común, alelos de baja penetrancia, tales como las variaciones en el FGFR2 que confieren un pequeño aumento en la susceptibilidad del cáncer de mama…

Vaya aquí para el resto de la respuesta

Consejo del la Semana: RepTar, una base de datos de los sitios objetivo miRNA

microARN se han convertido en una rica fuente de investigación, ya que probablemente tienen un gran efecto sobre la expresión génica y las enfermedades. El genoma humano puede codificar más de 1,000 miRNAs que se dirigen a más de la mitad de nuestros genes. Ellos podrían estar implicados en una gran cantidad de enfermedades comunes (que aún no han sido recogidos en los estudios GWAS?). Se trata de un área fascinante de la biología que sólo ha alcanzado la mayoría de lo que pasa en la última década. Como tal, el número de bases de datos para catálogo de miRNAs es grande. Punta de hoy en día es uno nuevo, RepTar, que es publicado en la edición de bases de datos próximos NAR. El nicho de reptar está tratando de llenar es conseguir que las predicciones de los miRNAs más amplia mediante la inclusión de una nueva investigación en el algoritmo. Esta nueva investigación sugiere que hay lugares de destino más posible lo que se pensaba. Como se menciona en el artículo,

Recientemente, las opciones de miRNA de unión se amplió aún más con la identificación de los sitios centrados ", funcional sitios miARN que carecen de vinculación semilla perfecta y emparejamiento 3'-compensatoria y en lugar de mostrar la vinculación con el objetivo a lo largo de 11-12 pares contiguos en el centro del miRNA (4). Mientras que algunos algoritmos relajado el criterio de conservación evolutiva (5-11) y / u ofrecer también las predicciones de 3'-sitios de compensación [g. (6,12,13)], algunas bases de datos ofrecen predicciones de todo el repertorio de los patrones de miARN objetivo. Además hasta la fecha, ninguna base de datos las listas de todo el genoma predicción de dianas celulares de miRNAs virales. Estos miRNAs la falta de conservación evolutiva importante y sus objetivos no necesariamente se espera que sea conservado evolutivamente. Además, los pocos objetivos claramente definidos miARN viral han demostrado tanto en las semillas convencionales vinculantes y 3'-compensatoria [g. (3,14)].

Aquí les presentamos una base de datos de todo el genoma predicciones miARN para el ratón y los genes humanos, sobre la base de las predicciones de nuestro nuevo algoritmo de predicción de destino, RepTar

Voy a dejar el valor predictivo a los investigadores miRNA, pero yo pensé que introducir el sitio.

Mientras estoy en ello, Permítanme enumerar algunos otros sitios miRNA de los laboratorios e institutos de tan lejanos como China,, Italia, Israel, Canadá y los EE.UU.. Tal vez algún día voy a hacer una comparación.

CircuitsDB, que Jennifer hizo un gran consejo de la semana en el tutorial.

miRBase, que tenemos un de larga duración en el tutorial.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, tienen una pista de anotación para UCSC Genome Browser
miRNA2Disease
PuTmiR (en relación con los factores de transcripción)
microRNAdb:

dos listas para tomar un poco de los demás: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ y http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

ELEFANTE, N., Berger, A., Shein, H., Hofree, M., Margalit, H., & Altuvia, Y. (2010). RepTar: una base de datos del valor de los objetivos celulares de acogida y de miRNAs virales Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkq1233

ADN negadores

Wha?

Desde Michael Pollan:

Wha?

Michael Pollan y su rebaño se convirtió en todo aireado el otro día cuando Michael Twitter este bocado. Se vincula a una historia con el título bastante:

El gran déficit de Datos de ADN: Son los genes para la enfermedad de un Mirage?

Srsly. Eso es lo que dice.

¿Qué pienso de esto es? El segundo caso de la negación del gen que he observado. (El primero fue un grupo de disputando los genes del autismo.)

Yo sabía que después de que el genoma llegó habría Woo. Yo sabía que los vendedores de aceite de serpiente sería lanzar las compras que trabajar con los genes de su piel. Yo sabía que sería anti-envejecimiento compuestos que trabajan con los genes. Sé que hay ya una dieta de ADN, y vitaminas le vendió a usted basado en su ADN. He visto que data de ADN. Pero la verdad es, No esperaba que los negadores del ADN.

Probablemente debería haber visto venir. He seguido un par de temas diferentes que fluyen con anti-ciencia de atraer a: anti-vaxxers GMOsters y anti-. Existe una superposición entre estos grupos, pero no es completa. Pero hay una coincidencia notable entre los estilos de su argumento. Ambos grupos hacen grandes afirmaciones, en su mayoría sin fuentes–o si son de origen palmitas puntos o mal del todo. Y cuando la ciencia no va a su manera, niegan la ciencia, y luego se mueven los postes de la meta.

En este artículo–que supuestamente golpes de distancia de la conexión entre genes y enfermedades–es terriblemente equivocada. Quiero ser claro: genes pueden influir en el riesgo de enfermedad. Período. Por supuesto, el medio ambiente puede influir en la biología. La dieta y el ejercicio pueden afectar la salud, ciertamente. La exposición a los desastres naturales o provocados por el hombre-cancerígenos puede desencadenar el cáncer. E incluso los más difíciles deportistas genéticas nucleares saben. Pero este deseo de romper la conexión entre los genes y la diabetes–o el cáncer de próstata, o enfermedad de Crohn–porque no han encontrado un gen fumar sola arma de fuego aún, utilizando un tipo de estudio? Eso es muy extraño y retorcido. Hay numerosos ejemplos de clientes potenciales en los trastornos complejos que son muy fuertes, ideas sobre caminos de la enfermedad y los mecanismos de, y realmente hemos empezado a. Y las nuevas tecnologías están abriendo nuevos caminos, así. Un buen artículo sobre este tema fue en la revista Nature de este otoño: Genómica: La búsqueda de la asociación.

Seguro, hemos querido más datos y señales más fuertes de GWAS (asociación amplia del genoma estudios). Pero resulta que los seres humanos son outbreeders empedernido y es difícil de desentrañar indicadores fuertes de ellos.

Es probable que si usted es un lector habitual de este blog no es necesario para convencerle de que. Sin embargo, para cualquier otra persona que se topa con este Permítanme ofrecer algunos recursos:

Lo que no puedo entender es por qué los autores de que el intento de mensaje para desacreditar todo el trabajo y todos los descubrimientos que se han hecho hasta ahora–y los que vamos a descubrir. Como una estrategia relativamente nueva, y como perfeccionar los instrumentos de, los grupos de poblaciones de estudio, y aprovechar los conocimientos nuevos, vamos a encontrar más. Y se ha hecho mucho–ver el catálogo de GWAS para una visión general. Desplácese hacia abajo. Y mantener el desplazamiento. Como se dice en esa página: “A partir de 12/09/10, Esta tabla incluye 725 publicaciones y 3606 SNPs.

Y tampoco puedo entender por qué los siervos Pollan se celebra este. Estos son ejemplos de las respuestas a esta:



Si esto fuera cierto (lo que ciertamente no es), ¿por qué sería esto un motivo para reír? ¿Por qué celebrar? Sinceramente, no lo entiendo. La emoción real debería ser la vergüenza de la credulidad.

Pero está bien, no han disminuido con los recursos humanos los datos GWAS ahora–echemos un vistazo a GWAS otros y ver lo que está saliendo de ese. Ha habido algunos ejemplos realmente impresionantes de estos estudios en perros. Hubo una charla de un par de años atrás que vimos: Los genes de rasgos complejos en el perro doméstico. Usted puede ver que en línea para aprender más. Una de las ventajas de trabajar con perros es que son muy puras. Un profesor mío en la escuela de posgrado una vez snarked que no podemos hacer eso con los seres humanos–a pesar de que fue parte del propósito de la Ivy League, afirmó–un par de cientos de años de cultivo intensivo y un buen historial de pedigrí que la caza de genes en el genoma canino algo más fácil de lo que es en las poblaciones humanas desordenadas. Aquí hay otro artículo reciente sobre rasgos de perro en la Naturaleza. Si usted piensa que los genes no causan trastornos complejos, usted tiene que duda que algunas razas de perros son propensos a la ansiedad debido a sus genes. Y que algunos son propensos a la sordera–es claramente el estilo de vida dálmata, derecho? O que traen a sus dobermans narcolepsia en sí mismos de alguna manera. [Hablando en serio - que son narcolépticos? ¿Quién sabía que ....]

Es evidente que los autores tienen una agenda. Al final se exponen sus argumentos:

Sin embargo, la mayoría de los gobiernos cooperan mucho más, por ejemplo, con sus industrias de la alimentación que con aquellos que desean tener una dieta sana. La imposición al resto del determinismo genético para la enfermedad, sin embargo, ofrece la oportunidad de cambiar este cínico cálculo político. Eleva los riesgos al confrontar los responsables políticos, como nunca antes con el hecho de que tienen todas las oportunidades, mediante el fomento de etiquetado de los alimentos, gravar la comida basura, o financiación de la investigación imparcial, para ayudar a sus electores a tomar decisiones de estilo de vida muy positiva.

Autor Latham va más allá en The Huffington Post (Mucho hogar de atraer a muchos de rayas) la cursiva es mía:

-Eso significa que medio ambiente debe ser la única causa de la mala salud, yo. comida basura, polución, la falta de ejercicio, etc. La razón por la que escribí un artículo sobre la genética humana (cuando es un alimento y un sitio web agrí-e) es que creemos que si la gente vive bien, la agricultura y por lo tanto, el planeta más o menos fijarse.

No me importa si usted quiere desacreditar a la industria de alimentos y si no te gusta Gran Ag y quiero decir que en su propio blog. Sin embargo, mal uso y de la ciencia y desacreditar los esfuerzos de los científicos que no tienen nada que ver con que es una estrategia estúpida y errónea. Y Michael Pollan: Por favor, use un mejor juicio antes de engancharlo a su agenda de quienes niegan el.

Este pedazo de tripa es uno de esos tipos de cosas Ness sciency-que el biólogo Mike loco una vez aclamado como tener La ventaja asimétrica de Bullsh-t. Tiene varios niveles de basura. Y no es una característica de hacer comentarios al respecto, por lo que no se puede discutir más en su sitio. Voy a buscar otras respuestas a este tema y recoger ellos aquí, si las encuentro, o añadirlas en los comentarios, si los tiene. De todos modos, Estoy seguro de que alguien se tome en el fail # en otras partes de ese puesto–hay un montón de oportunidades. Quería abordar el aspecto de la negación. Estoy de acuerdo con Deanna–wow–y me encantaría ver a un buen Fisking Genomas Unzipped–y que puede venir.

Tweet superior en este momento, se para @ Emmecola:

Pero los científicos, mi petición a usted: no deje a los negadores del ADN conseguir un equilibrio en este tema. Hemos visto lo que pasó con anti-vaxxers. Al igual que el grupo, esto podría afectar la salud pública si la gente comienza a despedir a los verdaderos riesgos de cáncer de colon y exámenes posteriores, o renunciar a un tratamiento para sus trastornos psiquiátricos porque alguien les dijo que podían arreglar con una zanahoria orgánica. Hay consecuencias reales de esta.

Referencias:
Panadero, AbT.l. (2010). Genómica: La búsqueda de la asociación Naturaleza, 467 (7319), 1135-1138 DOI: 10.1038/4671135una

Cyranoski, D. (2010). Genética: Mascota del proyecto Naturaleza, 466 (7310), 1036-1038 DOI: 10.1038/4661036una

ACTUALIZACIONES:
1. He aquí una opinión sobre ella a partir de genomas Unzipped: La heredabilidad estimación de uso de los Mellizos

2. Aquí hay una toma en The Huffington Post–fuente de la ciencia basura: No es un genio en el genoma? Me siento avergonzado de enlace para, pero creo que esto poco fue divertido: “sugiere que la genómica es un despilfarro parte, una parte de la conspiración del establishment militar-industrial.” Snorf.

3. Oh, mi–mira lo que las hadas de Twitter acaba de caer sobre mi escritorio. Una revisión basada en la evidencia de la diabetes: Genómica, Tipo 2 Diabetes, y Obesity, y asegúrese de buscar sobre todo en la Tabla 1.

4. Otra discusión de lo de Mike en ScienceBlogs: GWAS LUCHA! (Silbido! Gruñido!): Déja vu otra vez y ver el comentario de Daniel MacArthur allá # FTW. (Sombrero de punta a GenomeWeb).

5. Oh, ECA: Marion Nestle capturas de los tontos también. Y Marion–esto no es un “estudio”. Se trata de una polémica. Usted debe saber mejor que. Usted tiene un grado adecuado. Pollan puedo sorta un descanso,–que tiene un Inglés tipo grado. 6. Y Daniel trae la trituradora. Esto es muy bueno: Recursos Bioscience crítica del proyecto de la genómica moderna: una oportunidad perdida

7. ROFL: Keith se snarks con este título: Los datos de salud Gran déficit: Son las causas ambientales de la enfermedad de un Mirage? Que fue un comienzo divertido para mi día.

8. mi Genomix resume los conflama con La complejidad de los seres vivos es un hecho. Estos Google me dice que esto lo dice “La complejidad de los seres vivos es un hecho”. Sí. (A propósito, traductores a encontrar mucho mejor–Creo que. Que se veía bien para mí.)

9. Mary Carmichael #FTW–ella hace un smackdown multi-media de “el determinismo del medio ambiente” con una gran ensayo y video que lo acompaña.

10. Mike, el biólogo loco pesa con: El negacionismo genética

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • ROBUSTO “se ha desarrollado como raíz y la planta de bulbo plataforma de investigación de la comunidad para el análisis integrado de la raíz y los datos de la genómica del bulbo.” Fresco. Yo soy un gran fan de las raíces y bulbos–oh, mierda, Acabo de darme cuenta me olvidé de comprar zanahorias para el Pav Bhaji. Se intentará conseguir que mañana en el mercado del agricultor o Faneuil. [María]
  • FIESTA es un programa sensible a la alineación local con múltiples tasas de evolución. Un proyecto interesante en el marco de un doctorado. tesis :). Yo no lo he probado todavía, pero a partir del comentario, se ve bien. [Trey]
  • Debido a Trey a menudo habla sobre el gen Clock, He encontrado este conjunto de interesantes artículos de Nature: Resumen del editor – Clocking a la diabetes [Jennifer]
  • Desde BioMed Central: CIG-DB: la base de datos de la inmunoglobulina humana o el ratón y los genes del receptor de células T disponibles para estudios de cáncer además de un enlace al sitio real (libre, no es necesario registrarse): CIG-DB [Jennifer]
  • anuncio: GMOD Europa 2010, 13-16 De septiembre 2010, Cambridge, Reino Unido [Jennifer]
  • Como la mayoría de los padres y cualquier persona que haya visto a un niño a través del tiempo sabe, una gran parte de nuestra personalidad tienen un origen genético. Pero al igual que la altura y la sexualidad, que no son fáciles de reducir a un solo (o incluso múltiple) gen hace que esta reciente investigación de GWAS está mostrando. [Trey]
  • Hay un sitio que está contestando preguntas sobre su mayor parte en la próxima generación de la secuencia tipo de cuestiones relacionadas con: http://i.seqanswers.com/ [María]