Tag Archives: GWAS

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Video Tipp der Woche: ZBrowse for GWAS viewing and exploration

Maybe you’ve heard of the others. ABrowse. BBrowse. CBrowse. [you get the idea] GBrowse has been widely adopted. JBrowse is picking up steam. Into the orderly arrangement we now throw ZBrowse: a new way to look at genome-wide association study data.

Sharing and chatter about ZBrowse for viewing GWAS was abundant when the paper was published recently.

I could see the appeal immediately. One of the first things I check when exploring new software is the species range. Siehe, I’m agnostic on species, and especially like to find tools that support a wide range of species. ZBrowse does this. Right in their paper they provide a chart comparing their features to other tools, and that tidbit jumped right out at me.

Although we usually like to highlight web-based tools, this one was really different and worth covering even though it requires you to do a bit more lifting on installing it. But they help with that, in their videos and instructions. And ultimately it runs in your browser, once you’ve got the right pieces in place. I was able to set it up and run it (after updating my R and RStudio).

I’m going to skip the installation and data loading videos for now, but you should go over and see them when you are ready to try it out. I’ll just give you a look at the features they show in their introductory video for the browser part. That will give you the best idea of why it’s worth trying it out.

It does require you to have R installiert, und RStudio. We’ve talked about both of those before, but if they are new to you, check’em out in these other Video Tips of the Week: Introduction to R Statistical Software, RStudio as an Interface for using R.

It comes loaded with some plant data, but you can use other data you have. It was very easy to look at the Manhattan plot view, and then focus on smaller chosen regions. I really liked how easy it was to see what’s in the neighborhood of a selected item when you turned to the annotation tab. ZBrowse sample image

It might also be worth trying this out as a software delivery strategy–I was just reading about other folks who are offering tools that sit on top of R and RStudio this way (come back tomorrow for another example). People who want to offer you the chance to look over large data sets they are providing are considering this.

Quick-Links:

ZBrowse at Baxter Laboratory: http://www.baxterlab.org/#!/cqi0

R: http://www.r-project.org/

RStudio: http://www.rstudio.com/

Referenzen:

Fertig, E. (2012) Erste Schritte in R.

Racine J.S. (2011). RStudio: Eine plattformunabhängige Entwicklungsumgebung für R und Sweave, Journal of Applied Econometrics, 27 (1) 167-172. DOI: http://dx.doi.org/10.1002/jae.1278

Ziegler, Greg R., Ryan H. Hartsock, and Ivan Baxter. “Zbrowse: an interactive GWAS results browser.” PeerJ Computer Science 1 (2015): e3. DOI: 10.7717/peerj-cs.3

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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets include finding hidden treasures in a “Große Datenmengen” repository, genomic epidemiology and malaria, cannabis strain phylogeny, hackathons and lessons learned, ClinGen for clinical genomics, und mehr….


Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


Tipp der Woche: Menschliche SNP-Koexpression Verbände, SNPxGE2


Der heutige Tipp ist auf einer neuen Datenbank auf Daten aus einer einzigen interessanten Papier basiert, SNPxGE2. Mit einer großen Skala Vereinigung Studie aus HapMap Daten (269 Einzelpersonen, 4 Populationen, über 500k und 15k SNPs Expressionsprofile), der Forschung berichtet:

die rechnerisch vorhergesagten menschliche SNP-Koexpression Verbände, dh, die Differenz zwischen Co-Expression 2 Gene wird mit dem Genotyp eines SNPs assoziiert.

Diese Daten werden in einer einfach durchsuchbaren Datenbank namens SNPxGE2 organisiert. Da das Papier kam erst heraus 2 Monaten, es ist ein viel versprechender Datenbank. Es ist interessant und hilfreich ist, wie, aber ich sehe mehr Daten im Laufe der Zeit hinzugefügt.

Related Links:

SNPxGE2
HapMap
Tipp der Woche auf SNPexp (Korrelation zwischen SNPs und Ausdruck)
False Discovery Rate Artikel

Wang, Y., Joseph, S., Liu, X., Kelley, M., & Rekaya, R. (2011). SNPxGE2: eine Datenbank für den menschlichen SNP-Coexpression Verbände Bioinformatik, 28 (3), 403-410 DOI: 10.1093/bioinformatics/btr663

Sind Sie böse Smart?

Oder, wie ist es um mein Haus herum gesprochen: ah Sie Wikked smaht? Es ist ein Recruiting-Bemühungen der BGI (Beijing Genomics Institute–die nicht nach Peking begrenzt mehr) eine Sammlung von bösen intelligente Menschen zu erhalten und analysieren ihre DNA. Sie sind für die Gene für Intelligenz suchen.

Ich schaute auf die automatische Kriterien, und ich bin nicht berechtigt. Zumindest mit dieser Maßnahme. Aber vielleicht einige von euch. Am ersten Seite der Studie heißt es:

Wir sind derzeit die Einstellung Themen für:

  1. Eine genomweite Verband Study of Intelligence. Wenn Sie intellektuell begabter, Wir empfehlen Ihnen, teilnehmen!

Am Teilnahme-Seite:

Wie Sie sich qualifizieren

Wir haben derzeit suchen die Teilnehmer mit hohen kognitiven Fähigkeiten. Sie können für die Studie qualifiziert, wenn Sie eine hohe SAT / ACT / GRE Punktzahl erreicht haben, oder auch in akademischen Wettbewerben wie der Mathematik durchgeführt, Physik, oder Informatik-Olympiaden, die William Lowell Putnam Mathematical Competition, TopCoder, usw.. Sie können auch über außergewöhnliche akademische Referenzen qualifizieren, denen Sie eine Chance haben, in der Umfrage angeben.

Automatische Qualifikation Kriterien gehören:

  • Ein SAT Score von mindestens 760V/800M post-Rezentrierung oder 700V/780M pre-Rezentrierung; ACT Score von 35-36; oder GRE Punktzahl von mindestens 700V/800M.
  • Ein PhD von einem Top-US-Programm in der Physik, Mathe, EE, oder der theoretischen Informatik.
  • Lobende Erwähnung oder besser in der Putnam Wettbewerb.

Umm…nicht einmal der Putnam gehört. Ich glaube, ich bin raus….

Sowieso–Wenn Sie wollen die Forschung fördern und qualifizieren Sie sich, möchten Sie vielleicht, check it out. Achten Sie darauf, lesen und verstehen die Privacy Policy und die Einwilligungserklärung (PDF).

Sie wollen auch zu einem anderen auf dem Gesicht Blindheit zu tun (Prosopagnosie). Ich kenne einige Leute mit diesem, Ich denke, es könnte interessant sein zu sehen, ob sie Gene für die finden. Im Moment sind sie lenken die Menschen faceblind.org Für die Anmeldung für Informationen.

Hat tip @ BGI_Events:

RT @ BGI_Events: Jetzt bei # google @ hsu_steve startet unsere Fahrt nach US-Teilnehmer in unseren # # kognitiven Genomik Projekt http rekrutieren://www.cog-genomics.org/

cross-posted am Genome sind uns.

Was ist die Antwort? Offene Themen (GWAS Genotypisierung)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Frage der Woche:

Wie viel des Genoms wird durch eine GWAS erfasst?

Zwei große Antworten auf diese Fragen, ein Zitat aus dem ersten. Klicken Sie auf den obigen Link für mehr.

Menschlichen Genoms codiert 1 SNP/100-300bp; ~ 3GB-Sequenz ~ 10 Millionen SNPs. Es ist unmöglich, eine so große Anzahl von Daten durch mehrere limitierende Faktoren zu analysieren. Zur Bewältigung dieses Problems können wir Kopplungsungleichgewicht (LD) Abbildung (Siehe Abschnitt über D ', Rekombinationsrate), Haplotyp, Haplotyp-Blöcke und Haplotyp Tag SNPs (tagSNPs). (Lesen Sie mehr über HapMap Projekt hier). Statt Genotypisierung alle 10M SNPs können wir tagSNPs in einem Haplotyp Block Genotyp. Dies ist eine repräsentative SNP in einer bestimmten Region des Genoms mit hoher LD. Dies wird es ermöglichen, genetische Variation, ohne Genotypisierung alle 10M SNPs zu finden. Frühere Studien zeigten, dass die Genotypisierung Chips mit .5 M-1M SNPs werden ausreichend für eine gute GWAS.

Tipp der Woche: Priorisierung Genes

Viele Arten von Experimenten heute wieder große Listen von Genen, Assoziationsstudien, Expressions-Arrays, Linkage-Analyse und vieles mehr. Die Forscher braucht, um zu bestimmen, welche dieser Gene sind von größtem Interesse und viel versprechende so dass der nächste Schritt in der Analyse ist es, die Liste zu priorisieren und finden Sie die Methode, dies zu tun.

Es gibt eine Menge von Methoden und Werkzeugen, um eine Liste von Genen, zu priorisieren und den Griff zu bekommen, welches Werkzeug zu verwenden, ein bisschen eine schwierige Aufgabe. Das Gene Priorisierung Portal ist eine hervorragende Ressource für das richtige Werkzeug finden. Es ist ein bisschen mehr als nur eine Datenbank der Datenbanken oder Tools. es ist eine regelmäßig aktualisierte Liste mit detaillierten Informationen zu den Tools (Es gibt 25 im Moment), Statistiken über das, was die Datenquellen der Werkzeuge sind, die Ausgänge und Referenzen. Es gibt auch eine schöne Suchfunktion, um das Werkzeug, dass die meisten Ihren Bedürfnissen entspricht finden.

Der heutige Tipp stellt Ihnen die Seiten und führen Sie eine schnelle Suche. Zukünftige Tipps könnte Hervorhebung einige dieser Werkzeuge.

Update: aufgrund technischer Schwierigkeiten entweder in der Aufnahme oder der Upload / Verarbeitung der Audio funktioniert nicht. Ich versuche das Problem zu beheben. Inzwischen, können Sie sich einen grundlegenden Überblick zu beobachten, Aber ich werde eine neue Version so bald wie ich in der Lage, diese zu beheben bin.

“Was ist die Antwort” Gewinde

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag * werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

BioStar Frage der Woche:

Was ist der Unterschied zwischen GWAS und genomweiten Linkage-Studien?
Ich verstehe nicht den Unterschied zwischen einer GWA (genomweiten Assoziationsstudie) und ein GWLS (genomweiten Verknüpfung Studie). Ich bin Informatiker mit auffrischen Biologie!

Hervorgehoben Antwort:
Die akzeptierten, und auch ausführliche Antwort von David Quigley. Natürlich, Wenn Sie tief in GWAS und ähnliche Studien sind die Antwort liegt auf der Hand :D, aber für diejenigen, die neu auf dem Gebiet sind oder interessante daran…

…Linkage-Studien werden durchgeführt, wenn Sie Stammbäume verwandter individals und einem Phänotyp haben (wie Brustkrebs) das ist in einigen, aber nicht alle Familienmitglieder. Diese Personen könnten Menschen oder Tiere werden; Verknüpfung in den Menschen ist studierte in einem der vorhandenen Familien, so dass keine Zucht beteiligt ist. Für jeden Locus, Sie tabulate Fälle, in denen Eltern und Kinder, oder sie zeigen nicht den Phänotyp auch das gleiche Allel haben. Linkage-Studien sind die mächtigsten Ansatz bei der Untersuchung sehr penetrant Phänotypen, was bedeutet, dass, wenn Sie das Allel haben Sie eine hohe Wahrscheinlichkeit des Ausstellens der Phänotyp haben. Sie können identiy seltene Allele, die in einer kleinen Anzahl von Familien, in der Regel aufgrund eines Gründer-Mutation. Linkage ist, wie Sie ein Allel, wie die Mutationen finden in BRCA1 assoziiert mit Brustkrebs.

Verband Studien werden verwendet, wenn Sie nicht über Stammbäume; hier die statistische Test ist eine logistische Regression oder einem verwandten Test für Trends. Sie arbeiten, wenn der Phänotyp ist viel niedriger Penetranz; sie sind in der Tat stärker als Linkage-Analyse in den Fällen,, vorausgesetzt, Sie haben genug informative Fälle und Kontrollpersonen. Verband Studien sind, wie Sie gemeinsam finden, geringer Penetranz Allele, wie die Variationen in FGFR2, dass geringfügige Erhöhungen bei Brustkrebs Anfälligkeit verleihen…

Gehen Sie hier für den Rest der Antwort

Tipp der Woche: Challenge, eine Datenbank von miRNA Ziel-Websites

microRNAs haben eine reiche Quelle der Forschung geworden, da sie wahrscheinlich einen großen Einfluss auf die Genexpression und Krankheit. Das menschliche Genom kann codieren über 1,000 miRNAs, die auf mehr als die Hälfte unserer Gene. Sie könnten in eine Menge von Volkskrankheiten beteiligt sein (die bisher noch nicht bis in GWAS Studien aufgenommen?). Sie sind ein faszinierendes Gebiet der Biologie, dass nur der es gekommen ist los in den letzten zehn Jahren. Als solche, die Anzahl der Datenbanken zu katalogisieren miRNAs ist groß. Der heutige Tipp ist auf einen neuen, Challenge, was berichtet in den kommenden NAR Datenbank Problem. Die Nische Reptar versucht zu füllen ist es, Vorhersagen über miRNAs umfassender, indem neue Forschungsergebnisse in den Algorithmus. Diese neue Forschung schlägt vor, es gibt mehr möglich Zielstellen als bisher angenommen. Wie in dem Artikel erwähnt,

Kürzlich, der miRNA verbindliche Optionen wurden weiter mit der Identifizierung von 'zentriert Sites "erweitert, funktionelle miRNA Target Sites, die beide perfekt Samen Paarung und 3'-kompensatorische Paarung fehlt und stattdessen weisen Paarung mit dem Ziel entlang 11-12 zusammenhängenden Paaren in der Mitte der miRNA (4). Während einige Algorithmen entspannt die evolutionäre Konservierung Kriterium (5-11) und / oder bieten auch Vorhersagen der 3'-Ausgleich Websites [g. (6,12,13)], Einige Datenbanken bieten Vorhersagen der das ganze Repertoire der miRNA-Targeting-Muster. Weiterhin aktuell, keine Datenbank listet genomweiten Vorhersage von zellulären Ziele der viralen miRNAs. Diese miRNAs fehlende signifikante evolutionäre Konservierung und ihre Ziele sind nicht unbedingt erwartet, dass sie evolutionär konserviert werden. Darüber hinaus, die wenigen identifizierten viralen miRNA Targets haben gezeigt, sowohl konventionelles Saatgut verbindlich und 3'-kompensatorischen Bindung [g. (3,14)].

Hier präsentieren wir eine Datenbank mit genomweiten miRNA Ziel Vorhersagen für Maus und menschliche Gene, basierend auf den Vorhersagen unserer neuartigen Target Vorhersage-Algorithmus, Challenge

Ich lasse den prädiktiven Wert von bis zu miRNA-Forscher, aber ich dachte, ich hätte die Seite einführen.

Während ich an ihm, erlauben Sie mir noch ein paar andere miRNA Websites aus Laboren und Instituten so weit wie China warf Liste, Italien, Israel, Kanada und den USA. Vielleicht eines Tages werde ich tun, ein Vergleich.

CircuitsDB, die Jennifer hat einen Top-Tipp der Woche Tutorial.

miRBase, denen wir eine full-length Tutorial.
microRNA.org
Hmdd
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, Sie haben eine Anmerkung Spur für UCSC Genome Browser
miRNA2Disease
PuTmiR (in Bezug auf Transkriptionsfaktoren)
microRNAdb:

zwei Listen zu einigen anderen fangen: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ und http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

Elefant, N., Berger, A., Shein, H., Hofree, M., Margalit, H., & Altuvia, Y. (2010). Challenge: eine Datenbank der vorhergesagten zelluläre Angriffspunkte von Host-und viralen miRNAs Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkq1233

DNA-Leugner

Wha?

Von Michael Pollan:

Wha?

Michael Pollan und seine Herde wurden alle belüftet den anderen Tag, wenn Michael tweeted diese Leckerbissen. Es verbindet eine Geschichte mit dem Titel ganz:

Der große DNA-Daten Defizit: Gene für Krankheiten eine Mirage?

SRSLY. Das ist, was es sagt.

Was mache ich denke, das ist? Der zweite Fall von Gen-Leugnung, die ich beobachtet habe,. (Die erste war eine Gruppe Anfechtung Autismus-Gene.)

Ich wusste, dass nach dem Genom kam es wäre woo. Ich wusste, dass Schlange-Öl Verkäufer wäre Pitching Einkäufe, die mit Ihrer Haut Gene funktionieren würde. Ich wusste, es würde sein anti-aging-Verbindungen, die mit Ihren Genen. Ich weiß, es gibt bereits eine DNA-Diät, Vitamine und verkauft Ihnen zu Ihrer DNA-Basis. Ich habe gesehen, DNA aus. Aber mal ehrlich, Ich hatte nicht erwartet der DNA-Leugner.

Wahrscheinlich sollte ich es kommen sehen müssen. Ich habe ein paar verschiedene Themen, die Strömung mit Anti-Wissenschaft woo gefolgt: Anti-vaxxers und Anti-GMOsters. Es gibt zwischen diesen Gruppen überlappen, aber es ist nicht komplett. Aber es ist bemerkenswert Koinzidenz zwischen ihr Argument Designs. Beide Gruppen machen große Ansprüche, meist unbelegt–oder wenn bezogen werden handverlesene Punkte ganz oder missbraucht. Und wenn die Wissenschaft wird nicht ihren Weg, sie leugnen die Wissenschaft, und dann ziehen sie den Torpfosten.

Dieser Artikel–die angeblich bläst den Zusammenhang zwischen Genen und Krankheiten–ist erschreckend falsch. Lassen Sie mich klarstellen: Gene beeinflussen können Krankheitsrisikos. Zeitraum. Natürlich Umwelt beeinflussen kann Biologie. Ernährung und Bewegung kann die Gesundheit beeinträchtigen, sicherlich. Die Exposition gegenüber natürlichen oder vom Menschen verursachten Karzinogene können Krebs auslösen. Und selbst die härtesten Kern Gen Schotten wissen. Aber dieser Wunsch, trennen Sie die Verbindung zwischen Genen und Diabetes–oder Prostatakrebs, oder Morbus Crohn–denn sie haben nicht ein einziges Gen gefunden smoking gun noch, Hilfe einer Art von Studie? Das ist einfach bizarr und verdreht. Es gibt zahlreiche Beispiele von Leads auf komplexe Erkrankungen, die sehr stark sind, Einblicke in Krankheit Signalwege und Mechanismen, und wir haben wirklich gerade erst begonnen. Und neue Technologien eröffnen neue Wege sowie. Ein schöner Artikel über dieses wurde in Nature in diesem Herbst: Genomics: Die Suche nach Verein.

Sicher, wir haben mehr Daten und stärkere Signale aus GWAS wollte (genomweiten Assoziationsstudien). Aber es stellt sich heraus, Menschen sind eingefleischte outbreeders und es ist schwer zu entlocken starke Hinweise aus ihnen.

Wahrscheinlich, wenn Sie ein regelmäßiger Leser dieses Blogs ich nicht brauche, um Sie über die überzeugen. Aber für alle anderen, die über diesen stolpert Lassen Sie mich einige Ressourcen:

Was kann ich noch nicht ganz herausgefunden, warum ist den Autoren, die Post versuchen, all die Arbeit und all die Entdeckungen, die gemacht wurden, so weit zu diskreditieren–und denen wir aufdecken gehen. Als relativ neue Strategie, und wie wir verfeinern die Werkzeuge, die Bevölkerung Studiengruppen, und auf neuen Erkenntnissen bauen, werden wir mehr finden. Und viel war geschehen–Besuche die GWAS Katalog für eine Übersicht. Blättern Sie nach unten. Und halten Scrollen. Wie heißt es auf der Seite: “Wie der 12/09/10, Diese Tabelle enthält 725 Publikationen und 3606 SNPs.

Und ich kann auch nicht herausfinden, warum Pollan Schergen feiern dieses. Hier sind Beispiele der Antworten auf diese:



Wenn dies wahr (welche es ist sicherlich nicht), Warum sollte dies ein Grund zum Lachen sein? Warum feiern? Ich weiß wirklich nicht bekommen. Die eigentliche Emotion sollte Verlegenheit für die Leichtgläubigkeit.

Aber ok, Sie sind nicht nach unten mit dem menschlichen GWAS Daten jetzt–Lassen Sie uns andere GWAS schauen und sehen, was aus dieser. Es hat einige wirklich beeindruckende Beispiele für diese Studien bei Hunden. Es gab eine Diskussion ein paar Jahre zurück, dass wir beobachtet: Gene für komplexe Merkmale in den Domestic Dog. Sie können beobachten, dass Online um mehr zu erfahren. Ein Vorteil der Arbeit mit Hunden ist, dass sie sehr Inzucht. Ein Professor von mir in der Schule grad einmal snarked, dass wir nicht tun können, die mit Menschen–aber das war Teil der Zweck der Ivy League, er behauptete,–ein paar hundert Jahren intensiver Zucht und guter Abstammung Aufzeichnungen machen Gen Jagd in den Hundegenoms etwas einfacher, als es in die chaotischen menschlichen Populationen ist. Hier ist ein weiterer aktueller Artikel auf Hund Eigenschaften in der Natur. Wenn Sie glauben, dass Gene verursachen keine komplexen Störungen, Sie bestreiten, dass einige Hunderassen anfällig für Angst aufgrund ihrer Gene sind. Und dass einige neigen zu Taubheit–es ist eindeutig der dalmatinischen Lebensstils, Recht? Oder dass Dobermänner bringen ihre Narkolepsie an sich selbst irgendwie. [Ernsthaft - sie sind Narkolepsie? Wer wusste ....]

Offensichtlich haben die Autoren eine Agenda. Am Ende machen sie ihre Sache:

Dennoch, meisten Regierungen zusammenarbeiten weit mehr, zum Beispiel, mit ihren Lebensmittelindustrie als mit denen, die sich gesund ernähren möchten. Die Verlegung auf Rest des genetischen Determinismus für Krankheit, aber, bietet die Möglichkeit, diese zynische politische Kalkül Verschiebung. Es erhöht den Einsatz durch die Konfrontation Politiker wie nie zuvor mit der Tatsache, dass sie jede Gelegenheit haben,, durch die Förderung der Kennzeichnung von Lebensmitteln, Besteuerung von Junk-Food, oder Finanzierung unvoreingenommene Forschung, zu helfen, ihren Wählern zu machen enorm positive Lebensführung.

Autor Latham geht weiter auf HuffPo (Heimat mucho woo von vielen Streifen) Hervorhebung von mir:

-Das bedeutet, Umfeld muss die gesamte Ursache von Erkrankungen sein, i. Junk-Food, Umweltverschmutzung, Bewegungsmangel, usw.. Der Grund schrieben wir einen Artikel über die Humangenetik (wenn wir ein Ernährungs-und Landwirtschaftsorganisation Website) ist, dass wir glauben, dass wenn die Menschen Recht zu leben, Landwirtschaft und somit den Planeten mehr oder weniger fix selbst.

Es ist mir egal, wenn Sie an die Lebensmittelindustrie zu diskreditieren wollen und wenn Sie hassen Big Ag und wollen so zu sagen auf dein eigenes Blog. Aber missbraucht und diskreditiert die Wissenschaft und die Bemühungen der Wissenschaftler, die nichts mit, dass eine dumme und fehlerhafte Strategie zu tun haben. Und Michael Pollan: Bitte verwenden Sie besser Urteil vor Ankuppeln Ihrer Agenda-Leugner.

Das Stück Kutteln ist einer jener Arten von sciency-ness Dinge, Mike the Mad Biologe einst gerühmten mit Die asymmetrischen Vorteil der Bullsh-t. Es verfügt über mehrere Ebenen von Mist. Und es ist kein Kommentar-Funktion auf das, so kann man nicht diskutieren, sondern muss an ihrer Seite. Ich werde für andere Antworten zu diesem Artikel suchen und sammeln sie hier, wenn ich sie finde, oder fügen Sie sie in den Kommentaren, wenn Sie sie haben. Sowieso, Ich bin sicher, jemand wird auf der # in anderen Teilen dieser Beitrag FAIL nehmen–Es gibt viele Möglichkeiten. Ich wollte die Leugnung Aspekt ansprechen. Ich stimme mit Deanna–wow–und ich würde gerne eine gute Fisking von Genomen Unzipped sehen–und es kann kommen.

Top tweet auf dieser so weit geht, um @ Emmecola:

Aber Wissenschaftler, Meine Bitte an Sie: Lassen Sie sich nicht die DNA-Leugner Fuß zu fassen zu diesem Thema. Wir haben gesehen, was passiert mit anti-vaxxers. Wie die Gruppe, Dies könnte Auswirkungen auf die öffentliche Gesundheit, wenn die Leute entlassen echtes Risiko für Darmkrebs und anschließenden Vorführungen beginnen, oder Verzicht auf Behandlung ihrer psychischen Störungen, weil jemand sagte ihnen, sie könnten es mit einem organischen Zuckerbrot fix. Es gibt reale Folgen dieser.

Referenzen:
Bäcker, M. (2010). Genomics: Die Suche nach Verein Nature, 467 (7319), 1135-1138 DOI: 10.1038/4671135ein

Cyranoski, D. (2010). Genetik: Pet-Projekt Nature, 466 (7310), 1036-1038 DOI: 10.1038/4661036ein

UPDATES:
1. Hier ist eine nehmen es von Genomen Unzipped: Die Schätzung Vererbbarkeit Mit Twins

2. Hier ist eine nehmen an HuffPo–Quelle der crap Wissenschaft: Gibt es eine Genie in the Genome? Ich schäme mich dafür zu verlinken, aber denke, das etwas war lustig: “legt nahe, dass Genomik ist ein Teil boondoggle, ein Teil Verschwörung des militärisch-industriellen Aufbau.” Snorf.

3. Oh, meine–schauen, was die Twitter-Feen einfach fallen auf meinem Schreibtisch. Eine evidenzbasierte Überprüfung der Diabetes: Genomics, Typ 2 Diabetes, und Obesity und sicher sein, vor allem in der Tabelle schauen 1.

4. Eine weitere Diskussion über sie von Mike am ScienceBlogs: GWAS FIGHT! (Fauchen! Knurren!): Deja Vu All Over Again und Check-Out Daniel MacArthur Kommentar drüben # FTW. (Hat tip to GenomeWeb).

5. Oh, FFS: Marion Nestle fängt das blöde Auch. Und Marion–Dies ist keine “Studie”. Es ist eine Polemik. Sie sollten wissen, besser als die. Sie haben ein angemessenes Maß. Pollan Ich kann sorta Schnitt etwas Spielraum–er hat einen englischen art Grad. 6. Und Daniel bringt den Schredder. Das ist ein großer: Bioscience Resource Project Kritik an der modernen Genomik: eine verpasste Chance

7. ROFL: Keith snarks es mit diesem Titel: The Great Health Data Deficit: Sind Environmental Ursachen für Krankheit eine Mirage? Das war ein Spaß beginnt mein Tag.

8. meine GenomiX fasst die conflama mit Die Komplexität der Lebewesen ist eine Tatsache,. Diese Google sagt mir, das sagt “Die Komplexität der Lebewesen ist eine Tatsache,”. Ja. (Durch die Art und Weise, Übersetzer werden immer besser–Ich denke,. Das sah toll für mich.)

9. Mary Carmichael #FTW–sie macht eine Multi-Media-smackdown von “Umwelt-Determinismus” mit einem großen Essay und dazugehörige Video.

10. Mike the Mad Biologe wiegt mit: Auf Genetic Leugnung

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • ROBUST “hat sich als root und Birne Pflanzengesellschaft Forschungsplattform für integrierte Analyse der Wurzel und Birne Genomik Daten entwickelt worden.” Cool. Ich bin ein großer Fan von Wurzeln und Knollen–oh, Scheiße, gerade realisiert, ich vergaß, Karotten für die Pav Bhaji kaufen. Will versuchen, sie morgen um den Wochenmarkt oder Faneuil. [Mary]
  • FEST ist eine sensible lokale Alignment-Programm mit mehreren Raten der Evolution. Ein interessantes Projekt im Rahmen einer Promotion. These :). Ich habe es noch nicht ausprobiert, aber aus dem Kommentar, es sieht gut aus. [Trey]
  • Weil Trey spricht oft über die CLOCK-Gen, Ich fand diesen Satz von Natur Papiere interessant: Editor's Summary – Taktung an Diabetes [Jennifer]
  • Von BioMed Central: CIG-DB: die Datenbank für die menschliche oder Maus-Immunglobulin-und T-Zell-Rezeptor-Gene für Krebs-Studien plus einen Link zu der eigentlichen Website (frei, keine Anmeldung erforderlich): CIG-DB [Jennifer]
  • Ankündigung: GMOD Europa 2010, 13-16 September 2010, Cambridge, UK [Jennifer]
  • Da die meisten Eltern und wer hat gesehen ein Kind im Laufe der Zeit kennt, ein großer Teil unserer Persönlichkeit sind genetische. Aber wie Höhe und Sexualität, sie sind nicht leicht zu einzelnen reduziert (oder sogar mehrere) Gen verursacht als Diese jüngste Forschung zeigt GWAS. [Trey]
  • Es gibt eine Website, die Fielding Fragen geht es um vorwiegend auf Next-Gen-Sequenzierung Typ Themen: http://i.seqanswers.com/ [Mary]