الوسم المحفوظات: GWAS

ZBrowse sample image

تلميح فيديو للأسبوع: ZBrowse for GWAS viewing and exploration

Maybe you’ve heard of the others. ABrowse. BBrowse. CBrowse. [you get the idea] GBrowse has been widely adopted. JBrowse is picking up steam. Into the orderly arrangement we now throw ZBrowse: a new way to look at genome-wide association study data.

Sharing and chatter about ZBrowse for viewing GWAS was abundant when the paper was published recently.

I could see the appeal immediately. One of the first things I check when exploring new software is the species range. انظر, I’m agnostic on species, and especially like to find tools that support a wide range of species. ZBrowse does this. Right in their paper they provide a chart comparing their features to other tools, and that tidbit jumped right out at me.

Although we usually like to highlight web-based tools, this one was really different and worth covering even though it requires you to do a bit more lifting on installing it. But they help with that, in their videos and instructions. And ultimately it runs in your browser, once you’ve got the right pieces in place. I was able to set it up and run it (after updating my R and RStudio).

I’m going to skip the installation and data loading videos for now, but you should go over and see them when you are ready to try it out. I’ll just give you a look at the features they show in their introductory video for the browser part. That will give you the best idea of why it’s worth trying it out.

It does require you to have R تثبيت, و RStudio. We’ve talked about both of those before, but if they are new to you, check’em out in these other Video Tips of the Week: مقدمة البرامج الإحصائية R, RStudio as an Interface for using R.

It comes loaded with some plant data, but you can use other data you have. It was very easy to look at the Manhattan plot view, and then focus on smaller chosen regions. I really liked how easy it was to see what’s in the neighborhood of a selected item when you turned to the annotation tab. ZBrowse sample image

It might also be worth trying this out as a software delivery strategy–I was just reading about other folks who are offering tools that sit on top of R and RStudio this way (come back tomorrow for another example). People who want to offer you the chance to look over large data sets they are providing are considering this.

وصلات سريعة:

ZBrowse at Baxter Laboratory: http://www.baxterlab.org/#!/cqi0

R: http://www.r-project.org/

RStudio: http://www.rstudio.com/

المراجع:

استعداد, E. (2012) الشروع في R.

راسين J.S. (2011). RStudio: وIDE منصة مستقلة لR وSweave, مجلة الاقتصاد القياسي التطبيقي, 27 (1) 167-172. دوى: http://dx.doi.org/10.1002/jae.1278

Ziegler, Greg R., Ryan H. Hartsock, and Ivan Baxter. “Zbrowse: an interactive GWAS results browser.” PeerJ Computer Science 1 (2015): e3. دوى: 10.7717/peerj-cs.3

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include finding hidden treasures in a “البيانات الكبيرة” repository, genomic epidemiology and malaria, cannabis strain phylogeny, hackathons and lessons learned, ClinGen for clinical genomics, وأكثر….


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


نصيحة الأسبوع: الإنسان الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression جمعيات, SNPxGE2


نصيحة اليوم هو على قاعدة بيانات جديدة استنادا إلى بيانات من ورقة واحدة مثيرة للاهتمام, SNPxGE2. مع دراسة جمعية نطاق واسع من هاب ماب البيانات (269 الأفراد, 4 السكان, أكثر من 500K النيوكلوتايد وملامح التعبير 15K), و بحث ذكرت:

وتوقع حسابيا الإنسان الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression جمعيات, هذا هو, والفرق المشاركة في التعبير بين 2 ويرتبط الجينات مع التركيب الوراثي لSNP.

ويتم تنظيم هذه البيانات في قاعدة بيانات قابلة للبحث بسهولة ودعا SNPxGE2. كما جاء في ورقة فقط من أصل 2 منذ أشهر, انها قاعدة بيانات واعدة. انها مثيرة للاهتمام ومفيدة كما هو, لكن أستطيع أن أرى المزيد من البيانات التي تضاف على مر الزمن.

ذات صلة:

SNPxGE2
هاب ماب
غيض من أسبوع على SNPexp (العلاقة بين تعدد الأشكال والتعبير)
كاذبة المادة اكتشاف قيم

وانغ, Y., جوزيف, س., ليو, عاشرا, كيلي, م., & Rekaya, R. (2011). SNPxGE2: قاعدة بيانات لجمعيات الحزب الوطني الاسكتلندي، coexpression الإنسان المعلوماتية الحيوية, 28 (3), 403-410 دوى: 10.1093/bioinformatics/btr663

هل أنت ذكي شرير?

أو, كما انها نطقها حول بيتي: آه لك wikked smaht? هناك جهود تجنيد من قبل BGI (معهد بكين للجينوم–وهو لا يقتصر على بكين بعد الآن) للحصول على مجموعة من الناس الأشرار الذكية وتحليل عينات من الحمض النووي. انهم يبحثون عن جينات الذكاء.

نظرت إلى معايير التلقائي, وأنا لست مؤهلا. على الأقل هذا التدبير. ولكن ربما البعض منكم. على الصفحة الأولى من هذه الدراسة تقول:

نحن نبحث عن توظيف الموضوعات المطروحة لل:

  1. دراسة الجينوم على نطاق واسع من رابطة الاستخبارات. إذا كنت موهوبا معرفيا, نحن نشجعكم على المشاركة!

على المشاركة الصفحة:

كيفية التأهل

نحن نسعى حاليا للمشاركين القدرة المعرفية العالية. يمكنك التأهل للدراسة إذا كنت قد حصلت على أعلى مستوى SAT / ACT / GRE درجة, أو يكون أداؤها جيدا في المنافسات الأكاديمية مثل الحساب, فيزياء, أو معلوماتية الأولمبياد, مسابقة بوتنام وليام ويل الرياضي, TopCoder, الخ. قد يتأهل أيضا عن طريق مؤهلات أكاديمية استثنائية, والتي سيكون لديك فرصة لتحديد في المسح.

وتشمل معايير التأهل التلقائي:

  • سبت على درجة لا تقل عن 760V/800M recentering بالوظائف أو 700V/780M قبل recentering; ACT درجة 35-36; GRE أو درجة ما لا يقل عن 700V/800M.
  • على درجة الدكتوراه من برنامج أميركي بارز في الفيزياء, الرياضيات, EE, أو علوم الكمبيوتر النظرية.
  • أذكر الشرفاء أو أفضل في مسابقة بوتنام.

أم…لم يسمع حتى من بوتنام. اعتقد انني خارج….

على أي حال–إذا كنت ترغب في دفع عجلة البحوث ووصفك, قد ترغب في التحقق من ذلك. تأكد من قراءة وفهم سياسة الخصوصية و نموذج الموافقة (قوات الدفاع الشعبي).

كما أنهم يعتزمون القيام بشيء آخر واحد على وجه العمى (عمه تعرف الوجوه). أعرف بعض الناس مع هذا, أعتقد أنه قد يكون من المثير للاهتمام معرفة ما اذا كان بامكانهم العثور على الجينات لهذا. الآن هم يوجهون الناس faceblind.org للتوقيع للحصول على معلومات.

قبعة غيض @ BGI_Events:

RT @ BGI_Events: @ # الآن في hsu_steve جوجل تطلق حملة لتجنيد المشتركين لدينا الولايات المتحدة في المشروع المعرفي # # لدينا علم الجينوم HTTP://www.cog-genomics.org/

عبر نشر هل في خريطة جينوم بنا.

ما هو الرد? فتح الموضوع (GWAS التنميط الجيني)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا أسئلة وأجوبة تنشأ في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

مسألة أسبوع:

كم من الجينوم يتم التقاطها بواسطة GWAS?

إجابتان كبيرة لهذه الأسئلة, اقتبس من أول واحد. اضغط على الرابط أعلاه لمزيد من.

الجينوم البشري بترميز 1 SNP/100-300bp; ~ ~ 3GB تسلسل 10million النيوكلوتايد. فمن المستحيل لتحليل مثل هذا العدد الكبير من البيانات نظرا لعدة عوامل تحد من. للتعامل مع هذه القضية يمكننا استخدام اختلال التوازن الربط (LD) رسم الخرائط (انظر القسم الخاص ب "D, معدل إعادة التركيب), النمط الفرداني, كتل النمط الفرداني و النمط الفرداني العلامات النيوكلوتايد (tagSNPs). (قرأت عن مشروع هاب ماب هنا). بدلا من التنميط الجيني للجميع النيوكلوتايد 10M يمكننا الوراثي tagSNPs في كتلة النمط الفرداني. هذا هو ممثل الحزب الوطني الاسكتلندي في منطقة معينة من الجينوم دينار مع ارتفاع. وهذا سيمكن للعثور على الاختلاف الجيني دون التنميط الجيني للجميع النيوكلوتايد 10M. وأشارت دراسات سابقة أن التنميط الجيني مع رقائق النيوكلوتايد M - 1M 0.5 سوف يكون كافيا لGWAS جيدة.

نصيحة الأسبوع: أولويات الجينات

أنواع كثيرة من التجارب اليوم عودة قوائم كبيرة من الجينات, جمعية الدراسات, صفائف التعبير, التحليل والربط أكثر. الباحث يحتاج إلى تحديد أي من تلك الجينات هي الأكثر أهمية واعدة وبالتالي فإن الخطوة التالية في التحليل هو تحديد الأولويات القائمة وايجاد طريقة للقيام بذلك.

هناك الكثير من الأساليب والأدوات اللازمة لتحديد الأولويات على قائمة من الجينات والحصول على التعامل مع الأداة التي يمكن استخدامها قليلا من مهمة شاقة. و الجين أولويات البوابة ممتازة من الموارد لإيجاد الأداة المناسبة. انها أكثر قليلا من مجرد قاعدة من قواعد البيانات أو أدوات. انها قائمة محدثة بانتظام مع معلومات مفصلة حول الأدوات (يوجد 25 في هذه اللحظة), احصائيات حول ما مصادر البيانات من الأدوات, النواتج والمراجع. هناك أيضا أداة بحث لطيف للعثور على الأداة أن معظم يناسب احتياجاتك.

وسوف يعرض تلميح اليوم في الموقع وإجراء بحث سريع. نصائح قد تكون في المستقبل تسليط الضوء على بعض من هذه الأدوات.

التحديث: بسبب الصعوبات التقنية سواء في التسجيل أو / تحميل معالجة الصوت لا يعمل. أنا أحاول حل هذه. في هذه الأثناء, يمكنك الحصول على لمحة الأساسية يراقب, ولكن سوف أحصل على نسخة جديدة تصل بأسرع ما أنا قادرة على إصلاح هذه.

“ما هو الرد” الصفحات

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). * الخميس كل سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

BIOSTAR مسألة أسبوع:

ما الفرق بين GWAS دراسات الجينوم واسعة الربط?
أنا لا أفهم الفرق بين GWA (الجينوم دراسة واسعة الجمعيات) وGWLS (الجينوم دراسة واسعة الربط). أنا عالم الكمبيوتر الحاجة إلى فرشاة البيولوجيا!

وأبرزت جواب:
وقبلت, والإجابة هي مفصلة بشكل جيد من كويغلي ديفيد. بالطبع, إذا كنت في عمق GWAS ودراسات مماثلة في الإجابة واضحة :D, لكن بالنسبة لأولئك الذين جديدة لحقل أو مثيرة للاهتمام في ذلك…

…وتجرى دراسات الربط عندما يكون لديك من سلالات individals ذات الصلة ، والنمط الظاهري a (مثل سرطان الثدي) هذا موجود في بعض وليس كل أفراد الأسرة. يمكن أن يكون هؤلاء الأفراد البشر أو الحيوانات; هو درس الربط في البشر باستخدام العائلات الموجودة, حتى لا تشارك تربية. لكل مكان, يمكنك جدولة الحالات التي يكون فيها الآباء والأمهات والأطفال الذين لا أو لا تظهر النمط الظاهري ليس لها أيضا نفس الأليل. دراسات الربط هي نهج أقوى عند دراسة الظواهر توغل للغاية, مما يعني أنه إذا كان لديك أليل لديك احتمال قوي لاظهار النمط الظاهري. يمكنهم identiy الأليلات النادرة التي توجد في عدد قليل من العائلات, وعادة ما يرجع إلى طفرة مؤسس. الربط هو كيف تجد أليل مثل الطفرات في جينات BRCA1 المرتبطة بسرطان الثدي.

وتستخدم جمعية دراسات عندما لم يكن لديك الأنساب; هنا اختبار الإحصائية هو الانحدار اللوجستي أو اختبار ذات الصلة لاتجاهات. عندما كانوا يعملون في النمط الظاهري وأقل من ذلك بكثير انتفاذ; انهم في الواقع أقوى من التحليل الربط في هذه الحالات, كنت قد قدمت ما يكفي من المعلومات الحالات والضوابط الملائمة. جمعية دراسات هي : كيف تجد المشتركة, الأليلات انتفاذ منخفضة مثل الاختلافات في FGFR2 التي تمنح زيادات صغيرة في الوقاية من الاصابة بالسرطان الثدي…

هنا يذهب لبقية الجواب

نصيحة الأسبوع: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا

microRNAs أصبحت مصدرا غنيا للبحث لأنها من المحتمل أن يكون لها تأثير كبير على التعبير الجيني والمرض. يجوز للجينوم البشري على ترميز 1,000 miRNAs التي تستهدف أكثر من نصف جيناتنا. أنهم قد يكونون متورطين في الكثير من الأمراض الشائعة (التي لم تم انتقاؤها في الدراسات GWAS?). فهي منطقة رائعة من الأحياء الذي يأتي إلا من كان على في العقد الأخير. على هذا النحو, عدد قواعد البيانات لmiRNAs كتالوج كبير. نصيحة اليوم هو يوم واحد جديد, Reptar, وهو وذكرت في العدد القادم قاعدة NAR. وRepTar المتخصصة تحاول ملء هو الحصول على تنبؤات miRNAs أكثر شمولا بما في ذلك البحوث العلمية الجديدة في خوارزمية. هذه الأبحاث الجديدة تشير إلى أن هناك أكثر المواقع المستهدفة المحتملة مما كان يعتقد سابقا. كما ورد في المادة,

مؤخرا, وتم توسيع الخيارات ميرنا ملزمة أخرى مع تحديد "مواقع محورها", ميرنا وظيفية مواقع المستهدفة التي تفتقر إلى كل من الاقتران بذور الكمال ، والاقتران 3' - التعويضية وبدلا من ذلك المعرض الاقتران هدف على طول 11-12 أزواج متجاورة في مركز ميرنا (4). في حين خففت بعض الخوارزميات التطورية معيار الحفظ (5-11) و / أو تقدم أيضا تنبؤات 3' - التعويضية المواقع [مثل مصاريف. (6,12,13)], قواعد بيانات قليلة تقدم تنبؤات للذخيرة كاملة من أنماط استهداف ميرنا. وعلاوة على ذلك حتى تاريخه, لا توجد قاعدة بيانات الجينوم على نطاق قوائم التنبؤ أهداف الخلوية من miRNAs الفيروسية. هذه miRNAs عدم حفظ تطورية هامة وأهدافها ليست بالضرورة من المتوقع أن يكون الحفظ تطويريا. وبالإضافة إلى ذلك, وقد أظهرت القليلة حددت أهداف كل من ميرنا الفيروسية البذور التقليدية الملزمة والملزمة 3' - التعويضية [مثل مصاريف. (3,14)].

هنا نقدم قاعدة بيانات الجينوم على نطاق التوقعات المستهدفة ميرنا للماوس والجينات البشرية, استنادا إلى التوقعات المستهدفة لدينا رواية الخوارزمية التنبؤ, Reptar

سأترك القيمة التنبؤية حتى الباحثين ميرنا, ولكن اعتقدت يعرض موقع.

بينما أنا في ذلك, اسمحوا لي أن قائمة بضعة مواقع أخرى ميرنا من المعامل والمعاهد حتى النائية مثل الصين, إيطاليا, إسرائيل, وكندا ، والولايات المتحدة. ربما يوما ما سأفعل مقارنة.

CircuitsDB, ولم التي جنيفر عظيم غيض من البرنامج التعليمي في الأسبوع.

miRBase, التي لدينا كامل طول البرنامج التعليمي على.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, لديهم لمتابعة الشرح UCSC متصفح الجينوم
miRNA2Disease
PuTmiR (بالنسبة إلى عوامل النسخ)
microRNAdb:

قائمتين للقبض على البعض الآخر: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ و http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

فيل, ن., بيرجر, أ., شين, ه., Hofree, م., مرغليت, ه., & Altuvia, و. (2010). Reptar: وتوقع قاعدة بيانات للأهداف الخلوية المضيفة وmiRNAs الفيروسية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkq1233

منكرو الحمض النووي

وا?

من مايكل بولان:

وا?

أصبح مايكل بولان ورعيته الهوائية كل يوم أخرى عندما مايكل تويتد هذا طعام شهي. لأنه يربط القصة مع عنوان تماما:

العجز الكبير بيانات الحمض النووي: والجينات لمرض ميراج?

Srsly. هذا ما تقول.

ماذا أعتقد أن هذا هو? الحالة الثانية من denialism الجين الذي أشرت. (كانت أول مجموعة المتنازعة جينات التوحد.)

كنت أعرف أنه بعد أن جاء على طول الجينوم سيكون هناك وو. كنت أعرف أن الثعابين الباعة النفط سيكون من شأنها أن تدفع المشتريات العمل مع جينات بشرتك. كنت أعرف أنه لن يكون لمكافحة الشيخوخة المركبات التي تعمل مع جيناته. أعرف أن هناك بالفعل نظام غذائي الحمض النووي, وتباع الفيتامينات لك استنادا إلى الحمض النووي الخاص. رأيت الحمض النووي التي يرجع تاريخها. ولكن بصراحة, لم أكن أتوقع أن منكري الحمض النووي.

ربما ينبغي أن يكون رأيت أنه المقبلة. لقد تابعت مجموعة من الموضوعات المختلفة التي تتدفق مع المناهضة للعلم وو: مكافحة vaxxers وGMOsters المضادة لل. هناك تداخل بين هذه المجموعات, ولكنها ليست كاملة. ولكن هناك مصادفة رائعة بين أنماط حجتهم. كلا الفريقين تقديم طلبات كبيرة, معظمهم لم تنسبه–أو إذا كان مصدرها وراوغ نقطة أو يساء استخدامها بالكامل. وعندما علم لن طريقهم, ينكرون العلم, ثم تتحرك الوظائف هدف.

هذه المقالة–الضربات التي يزعم بعيدا العلاقة بين الجينات والمرض–مخطئ مروع. دعوني أكون واضحا: الجينات يمكن أن تؤثر على خطر الاصابة بأمراض. فترة. بالطبع قد تؤثر على البيئة البيولوجيا. ويمكن اتباع نظام غذائي وممارسة التمارين الرياضية تؤثر على الصحة, بالتأكيد. التعرض للمواد المسرطنة الطبيعية أو من صنع الإنسان يمكن أن تسبب السرطان. وحتى أصعب لاعبو الاسطوانات الجينات الأساسية يعرفون ذلك. لكن هذه الرغبة في قطع الصلة بين الجينات والسكري–أو سرطان البروستاتا, أو مرض كرون–لأن لديهم لم يتم العثور على دليل دامغ واحد حتى الآن الجينات, باستخدام نوع واحد من الدراسة? هذا مجرد غريبة وملتوية. هناك العديد من الأمثلة على اضطرابات تؤدي المعقدة التي هي قوية جدا, نظرة ثاقبة مسارات المرض وآليات, وكنا حقا بدأت للتو. والتكنولوجيات الجديدة وفتح مسارات جديدة وكذلك. وكان لطيفة على هذه المادة في الطبيعة في خريف هذا العام: علم الجينوم: البحث عن الجمعيات.

بالتأكيد, كنا نرغب في المزيد من البيانات وإشارات أقوى من GWAS (الجينوم على نطاق الرابطة دراسات). ولكن تبين البشر outbreeders عنيد وانه من الصعب استخلاص مؤشرات قوية منها.

ربما لو كنت القارئ العادي من هذا بلوق ولست بحاجة لاقناع لكم أن. ولكن لغيرهم ممن يتعثر عبر هذا اسمحوا لي أن أقدم بعض الموارد:

ما لا أستطيع أن الرقم هو تماما لماذا هذا الكتاب محاولة لتشويه سمعة آخر عن العمل وجميع الاكتشافات التي تحققت حتى الآن–وهؤلاء نحن نذهب لكشف. كاستراتيجية جديدة نسبيا, وكما أننا صقل الأدوات, مجموعات السكان دراسة, وبناء على المعرفة الجديدة, نحن نذهب الى العثور على مزيد من. وكان قد فعل الكثير–راجع دليل GWAS لمحة عامة. بالتمرير. والحفاظ على التمرير. كما جاء في هذه الصفحة: “اعتبارا من 12/09/10, ويشمل هذا الجدول 725 والمنشورات 3606 النيوكلوتايد.

وأنا أيضا لا يمكن معرفة لماذا التوابع بولان لنحتفل هذا. هنا عينات من الردود على هذا الموضوع:



إذا كان هذا صحيحا (التي هي بالتأكيد ليست), لماذا يكون هذا سببا لضحكة مكتومة? لماذا نحتفل? أنا بصراحة لا تحصل عليه. يتعين على العاطفة الحقيقية لاحراج لسذاجة.

ولكن طيب, كنت لا اوافق على البيانات GWAS الإنسان في الوقت الراهن–دعونا ننظر في GWAS أخرى ونرى ما هو الخروج من هذا. كانت هناك بعض الأمثلة مذهلة حقا من هذه الدراسات في الكلاب. كان هناك نقاش بضع سنوات الى الوراء الذي رأيناه: جينات الصفات المعقدة في الكلاب الأليفة. يمكنك مشاهدة ذلك على الانترنت لمعرفة المزيد. ميزة العمل مع الكلاب هي أنها الفطرية للغاية. أستاذ لي في المدرسة غراد snarked مرة واحدة أننا لا نستطيع أن نفعل ذلك مع البشر–على الرغم من أن جزءا من الغرض من جامعة اللبلاب, ادعى–بضع مئات من السنين من التربية المكثفة وسجلات نسب جيدة تجعل الصيد الجينات في جينوم الكلاب أسهل نوعا ما مما هو عليه في المجتمعات البشرية فوضوي. هنا مقال آخر في الآونة الأخيرة صفات الكلب في الطبيعة. إذا كنت تعتقد أن الجينات لا تسبب اضطرابات معقدة, لديك لنزاع أن بعض سلالات الكلاب عرضة للقلق بسبب جيناتهم. وأن بعض عرضة للصمم–فمن الواضح أن نمط الحياة الدلماسية, حق? أو أن يتم جلب dobermans الخدار على أنفسهم بطريقة أو بأخرى. [على محمل الجد -- وهم مصابا بحالة الخدار? الذين عرفوا....]

بوضوح من الكتاب لديها جدول أعمال. في نهاية أنها تجعل قضيتهم:

ومع ذلك, معظم الحكومات تتعاون أكثر بكثير, مثلا, مع الصناعات الغذائية الخاصة بهم مع من أولئك الذين يرغبون في اتباع نظام غذائي صحي. زرع لبقية الحتمية الجينية للمرض, ومع ذلك, يوفر فرصة لتحول هذه الحسابات السياسية الساخرة. فإنه يثير المخاطر التي تواجه واضعي السياسات كما لم يحدث من قبل مع حقيقة أن لديهم كل الفرص, من خلال تعزيز وضع العلامات الغذائية, فرض ضرائب على الوجبات السريعة, أو تمويل البحوث غير منحازة, لمساعدة ناخبيهم اختيارات نمط الحياة ايجابيا للغاية.

كاتب لاثام يذهب أبعد من ذلك في HuffPo (موطنا لجذب الكثير من المشارب من mucho) التركيز الألغام:

وهذا يعني ، يجب أن تكون سببا بيئة كاملة من اعتلال الصحة, أنا. طعام بدون قيمة غذائية, التلوث, عدم ممارسة الرياضة, الخ. السبب كتبنا مقالا حول علم الوراثة البشرية (عندما نكون غذاء وزراعة الموقع الإلكتروني) غير أننا نعتقد أنه إذا كان الناس يعيشون الحق, الزراعة ، وبالتالي فإن الكوكب أكثر أو أقل إصلاح نفسها.

لا يهمني إذا كنت ترغب في تشويه سمعة قطاع الصناعات الغذائية ، وإذا كنت أكره الكبير حج وأريد أن أقول ذلك على بلوق الخاصة بك. لكن سوء وتشويه سمعة العلم وجهود العلماء التي لا علاقة لها مع ذلك هي استراتيجية غبية ومعيبة. ومايكل بولان: الرجاء استخدام أفضل حكم قبل استوقف جدول الأعمال الخاص لمنكري.

هذه القطعة من أمعاء هو واحد من هذه الأنواع من sciency التي غمرت الأشياء التي مايك الأحياء جنون اعتبر يوما بعد مزايا غير المتناظر للBullsh - T. لديها مستويات متعددة من حماقة. وليس هناك ميزة التعليق عليها, لذا لا يمكن مناقشته في أكثر من موقعهم. سأبحث عن غيرها من الردود على هذا البند ، وجمع لهم هنا إذا كنت تجد لهم, أو إضافتها في التعليقات إذا كان لديك لهم. على أي حال, أنا متأكد من أن شخصا ما سوف تأخذ على FAIL # في أجزاء أخرى من هذا المنصب–هناك الكثير من الفرص. كنت أرغب في معالجة جوانب الحرمان. وأنا أتفق مع ديانا–نجاح باهر–وأحب أن أرى Fisking جيدة من قبل جينوم محلول–وربما تكون قادمة.

سقسقة الأعلى على هذا حتى الآن يذهب الى @ Emmecola:

لكن العلماء, نداء الى بلدي لك: لا تدع منكري DNA الحصول على موطئ قدم في هذا الموضوع. لقد رأينا ما حدث مع لمكافحة vaxxers. مثل هذه المجموعة, هذا يمكن أن يؤثر على الصحة العامة إذا يبدأ الناس اقالة مخاطر حقيقية من سرطان القولون وعروض لاحقة, أو التخلي عن العلاج للاضطرابات النفسية الخاصة بهم لأن أحدهم قال لهم انهم يمكن إصلاحه مع الجزرة العضوية. هناك عواقب حقيقية لهذا.

المراجع:
خباز, M. (2010). علم الجينوم: البحث عن الجمعيات طبيعة, 467 (7319), 1135-1138 دوى: 10.1038/4671135a

Cyranoski, D. (2010). علم الوراثة: الحيوانات الأليفة المشروع طبيعة, 466 (7310), 1036-1038 دوى: 10.1038/4661036a

تحديثات:
1. وهنا تأخذ عليه من محلول خريطة جينوم: تقدير التوريث عن طريق التوائم

2. وهنا تأخذ في HuffPo–ينبوع العلم حماقة: هل هناك الجني في الجينوم? أنا أشعر بالحرج لأنها تصل إلى, لكن أعتقد أن هذا الشيء كان مضحكا: “يوحي بأن الجينوم هو واحد جزء boondoggle, one المؤامرة جزء من المؤسسة العسكرية الصناعية.” Snorf.

3. يا, لي–انظروا الى ما الجنيات تويتر انخفض فقط على مكتبي. مراجعة القائمة على الأدلة لمرض السكري: علم الجينوم, نوع 2 مرض السكري, وObesity والتأكد من أن ننظر خصوصا في الجدول 1.

4. مناقشة أخرى منها من مايك في ScienceBlogs: GWAS قتال! (همسة! زمجر!): سبقت رؤيته في كل مرة أخرى وتحقق من تعليق دانيال ماك آرثر هناك # FTW. (تلميح إلى قبعة GenomeWeb).

5. يا, حزب جبهة القوى الاشتراكية: ماريون نستلة يمسك غبي أيضا. وماريون–هذا ليس “دراسة”. انها جدلية. يجب أن نعرف أفضل من ذلك. لديك درجة مناسبة. بولان يمكنني شيء على قطع بعض الركود–لديه إنجليزية نوع درجة. 6. ودانيال يجلب التقطيع. هذا شيء عظيم: العلوم الحيوية نقد مشروع الجينوم من الموارد الحديثة: فرصة ضائعة

7. ROFL: كيث snarks أنه حتى مع هذا اللقب: العجز الكبير صحة البيانات: ومن الأسباب البيئية لمرض ميراج? كان ذلك بداية لمتعة بلدي اليوم.

8. GenomiX بلدي يلخص مع conflama تعقيد الكائنات الحية هي حقيقة. هؤلاء جوجل يقول لي هذا يقول “تعقيد الكائنات الحية هي حقيقة”. نعم. (على فكرة, المترجمين يحصلون على أفضل بكثير–أعتقد. بدا لي أنه عظيم.)

9. ماري كارمايكل #FTW–انها يفعل سماكدوون الوسائط المتعددة من “الحتمية البيئية” مع مقالة رائعة و يرافق الفيديو.

10. مايك الأحياء جنون مع يزن: على Denialism الوراثية

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • ROBUST “وقد وضعت كجذر لمبة والمجتمع منبر البحوث مصنع لتحليل متكامل لمبة البيانات الجذر وعلم الجينوم.” بارد. أنا معجب كبير من الجذور والمصابيح–يا, حماقة, فقط أدركت أنني نسيت لشراء الجزر لباف بجي. سيحاول الحصول عليها غدا في سوق المزارعين أو فانويل. [ماري]
  • العيد هو حساس برنامج المواءمة المحلية مع معدلات متعددة من التطور. مشروع للاهتمام كجزء من دكتوراه. أطروحة :). لم أحاول حتى الآن, ولكن من التعليق, انها تبدو جيدة. [تراي]
  • لأن تراي غالبا ما يتحدث عن هذا الجين CLOCK, لقد وجدت هذه المجموعة من الأوراق الطبيعة المثيرة للاهتمام: ملخص التحرير – قطع مسافة السباق في مرض السكري [جنيفر]
  • من بيوميد الوسطى: CIG - DB: قاعدة بيانات لالمناعي البشري أو الماوس وجينات مستقبلات الخلايا تي المتاحة لدراسات السرطان بالإضافة إلى ارتباط إلى الموقع الفعلي (مجانا, لا يتطلب التسجيل): CIG - DB [جنيفر]
  • إعلان: GMOD أوروبا 2010, 13-16 سبتمبر 2010, كامبريدج في المملكة المتحدة [جنيفر]
  • لأن معظم الآباء وراقب أي شخص لديه طفل يعرف على مر الزمن, جزء كبير من الشخصيات لدينا هي وراثية. ولكن مثل الارتفاع والنشاط الجنسي, أنها ليست واحدة لخفض بسهولة (أو حتى متعددة) كما يسبب الجين هذه الأبحاث الأخيرة تظهر GWAS. [تراي]
  • هناك موقع الذي تم إيفاد تساؤلات حول يغلب على الجيل المقبل من نوع تسلسل القضايا ذات الصلة: http://i.seqanswers.com/ [ماري]