الوسم المحفوظات: الرسومات

تلميح فيديو للأسبوع: NCBI تسلسل عارض PDF تصدير

وقبل بضعة أسابيع يعود فعلنا ورشة عمل حول UCSC متصفح الجينوم, وسئلت سؤالا نرى في كثير من الأحيان إلى حد ما: هل هناك طريقة لتصدير عرض المتصفح الذي حددته مع مسارات محددة, مرشحات, المناطق, الخ? الناس قد تريد أن يكون لها سجل من وجهة نظرهم حسب الطلب في دفتر المختبر, أو استخدامه للتدريس, أو ربما في ندوة–أو بالطبع لنشر الملاحظات رهيبة في المجلات.

معظم الوقت أنا فقط أخذ لقطات الشاشة من ما أحتاج مع أداة القبض على الشاشة (قناعتي الشخصية المفضلة هي بعقبة-IT من برنامج TechSmith). ولكن قد تكون هناك أوقات كنت تريد شيئا قليلا أثقل من الرسوم الجمركية. إذا كنت تنوي القيام به ملصق, أو تقديمه للنشر, مثلا, قد ترغب إصدار بوستسكريبت طيفة يمكنك العمل مع ومواصلة تحرير. في UCSC, طريقة للقيام بذلك هي مع “رأي” خيار القائمة هنا للPDF / PS:

Export the browser image to a file for further editing or use.

تصدير صورة المتصفح إلى ملف لمزيد من التحرير أو استخدام.

عندما تحصل على ملف, يمكنك أن تأخذ أسفل واستخدام أدوات أدوبي الرسومات إذا كان لديك لهم, أو حرة مفتوحة المصدر واحد مثل إنكسكيب. يمكنك تغيير الألوان, حذف الاشياء, إضافة المزيد من الشروح, الخ.

لذلك عندما رأيت أن هناك وظيفة مماثلة مع نكبي'ق تسلسل عارض أداة, فكرت وأود أن أذكر أنه كذلك. لديهم شريط فيديو لطيفة واضحا أن يوضح كيفية إنجاز الحصول على صورة من عارض في ملف و.

لمحاولة هذا بنفسك على الملف عينة أظهروا, يمكنك انتقل إلى NC_000022.10 في قاعدة البيانات النوكليوتيدات. من تلك الصفحة, فوق “الرسومات” الرابط كما هو موضح هنا:

Click the "Graphics" link on the page to open the Sequence Viewer.

فوق “الرسومات” ربط على الصفحة لفتح عارض تسلسل.

بعد الحصول على تسلسل المشاهد, اتبع الإرشادات تماما كما أنه يلعب في الفيديو يوتيوب. انها جميلة على التوالي إلى الأمام–فقط احترس فوق القائمة اليمنى لملفات PDF.

إذا كنت لم تستخدم NCBI تسلسل عارض الكثير, يجب عليك بالتأكيد تحقق من ذلك. هناك بعض أشرطة الفيديو المفيدة الأخرى لمزيد من الميزات وكذلك. وميزة أخرى أنيق هو أنه يمكنك تضمين المشاهد تسلسل في صفحات الويب الخاصة بك.

كل من المتصفحات الجينوم تحتوي على مزايا ووظائف مختلفة, وأنه من الجيد أن نعرف أن هناك استراتيجيات مختلفة لإنجاز المهام التي قد تحتاج إلى الحصول على القيام به.

وصلات سريعة:

موقع عارض تسلسل المتشعب://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/

أشرطة الفيديو: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/sviewer/videos/

المراجع:

Karolchik D., الحلاق G.P., كاسبر J., كلوسون H., كلاين الشر ق, Diekhans M., Dreszer T.R., فوجيتا P.A., Guruvadoo L. & Haeussler M. & (2013). مستعرض قاعدة بيانات الجينوم UCSC: 2014 التحديث, أبحاث الأحماض النووية, 42 (D1) D764-D770. دوى:

أكلاند A., أغاروال R., باريت ت., بيك J., بنسون D.A., Bollin C., بولتون E., براينت S.H., Canese K. & الكنيسة D.M. & (2013). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية, أبحاث الأحماض النووية, 42 (D1) D7-D17. دوى:

أدوات الرسم البياني على الإنترنت

واحدة من أكبر التحديات في عصر البيانات الكبيرة هي التي تمثل المواد التي ترغب في استكشاف. كما هو الحال مع الكثير من أدوات المعلوماتية الحيوية, هناك بعض الاستراتيجيات ممتازة مع مجموعة متنوعة من أدوات البرامج اعتمادا على ما تريد عرضه. أحيانا كنت بحاجة الى شيء مع الحمل أقل قليلا, رغم أن–لتقديم العروض, فصول, أو اجتماعات المختبر حتى ربما تريد شيئا سريعا وسهل للقيام التصور فعالة. أحيانا ستحتاج إلى استخدام الأدوات الثقيلة–ولكن مرة أخرى فإن هذه تكون كافية.

في الآونة الأخيرة وهو زميل سابق (ستيفن شميت–شكرا!) وأشار لي أن العديد من الأدوات المفيدة لتوليد الخرائط على الإنترنت. وكان المصدر الأول هو توفير بلوق وظيفة تسمى 22 الرسم البياني على الإنترنت مفيدة & الرسم البياني مولدات. ستجد هناك عدد من الخيارات التي يمكن أن يستكشف–ولقد لاحظت في التعليقات التي أشخاص آخرين قدموا اقتراحات أخرى.

سوف يسلط الضوء على واحد آخر الذي أوصت به شتيفن التي ليست على لائحة. Gliffy يبدو أنه يقدم مجموعة جميلة من أنواع التصور, وانه حقق نجاحا مع ذلك من قبل. هناك نسخة مجانية حيث يمكنك القيام به 5 الرسوم البيانية (مذكرة: تكون مرئية على الملأ بموجب هذه الخطة مجانا, الأمر الذي قد لا يكون أفضل شيء لبياناتك غير منشورة, لكن الغرامة لاجتماع المختبر أو التدوين), وهناك نسخة الاشتراك مع ميزات أخرى قد تكون مفيدة في مختبر / التعاون الأوضاع على ما يبدو.

قد تحتاج أدوات التصوير أكثر تحديدا لأغراض علمية أخرى, بالطبع. في الماضي لقد تحدثنا عن UCSC الجينوم الرسوم البيانية أداة كوسيلة لإظهار البيانات على نطاق الجينوم على كروموسوم مشاهدة. أعرف أن هناك الأدوات في البحث وقد استخدم الناس للأشياء التي شاهدتها. وكان واحد منهم ميزة سحابة الكلمة. (ولكن يمكنك أيضا استخدام مواقع أخرى مثل لذلك Wordle). كان واحدا من مراكزنا أكثر شعبية على مر السنين هذا واحد عن مجموعة من الأدوات لأشكال فين التي تكون في بعض الأحيان أكثر الحيوي بيانات محددة: أنا صديق ♥. وقد مجالات الرسم ميزة أخرى شعبية فعلناه بضع مرات, مرة واحدة مع DomainDraw وكذلك مع MyDomains. وقد تمتعت أيضا الناس حقا باستخدام WebLogo و IceLogo لقد أبرزنا أن تجعل هذا النوع من التمثيل:

واحد من اكبر التحديات للمضي قدما, رغم أن, هو تمثيل مرئي للكميات ضخمة من البيانات التي نشهدها. كيف يمكنك إظهار ما تريد من 1000 الجينوم? 10,000 الجينوم? وهذا مجرد بداية….

على أي حال–آمل أن يكون هذا الطرف يمكن أن تساعدك على تصور الأشياء قليلة مفيدة لعملك, ونحن نواصل يتصارع مع أكبر الأسئلة من تصورات البيانات الكبيرة والمعقدة. إذا كان لديك غيرها من أدوات الرسم سهلة سريعة, أو غيرها من أصغر الأدوات التي تفعل شيئا كنت بحاجة, اسمحوا لنا أن نعرف, كنا نحب أن يكون النظر في هذه.