Tag Archives: Genomik Ressourcen

Restriktionsschnittstellen in Ihrer Sequenzen

Eine Frage, die wir bekommen fragte die ganze Zeit–und ich sehe auf Mailinglisten mit etwa zweimal pro Jahr Frequenz–ist wo kann ich an den Restriktionsstellen Blick in meine Sequenzen? Ich werde ein paar zu nennen, die ich kennen, aber wenn jemand anderen bevorzugten Werkzeuge oder Flecken, wollen uns wissen zu lassen, in den Kommentaren.

UCSC Genome Browser: wenn man sich im Browser in der “Kartierung und Sequenzierung” Track Gruppen gibt es einen Menü aufgerufen Restr. Enzyme. Ich habe diesen Song auf sich, und aus einigen anderen Standard-Titel gedreht, und schuf ein “Session” Ihnen genau zeigen, wie diese aussehen kann. Ich nahm einen kleinen Gen für das Beispiel. Laden Sie meine Sitzung: http://genome.cse.ucsc.edu / cgi-bin / hgTracks?hgS_doOtherUser = submit&hgS_otherUserName = Maria% 20Mangan&hgS_otherUserSessionName = restriction_enzymes

Sie können die Standorte in Ensembl, Auch. Von diesem UCSC Session I vorausgesetzt, Sie können den Link in der blauen Navigationsleiste am oberen Rand der Seite klicken UCSC auf dem Sprung genau die gleiche Region in Ensembl. In der “Detailansicht” Abschnitt am Ensembl können Sie Menüs für “Dekorationen” und andere Display-Funktionen. In Dekorationen können Sie das Kontrollkästchen für Ruhe. Enzyme, um sie auf Ihre Zuschauer sehen.
plasmapper.jpg
Allerdings, Es kann vorkommen, wo Ihre Sequenzen unterscheidet sich von genomischen, oder nicht in einer Art Browser, und manchmal möchte man einfach eine andere Art der Betrachter. Sie könnten versuchen, PlasMapper (http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper). Ich habe die gleiche Sequenz aus dem Browser (der Casp-1-Gen) und legte die FASTA-Sequenz in, und erstellt eine wirklich schnelle Karte. Es gibt auch Text ausgegeben, wenn Sie es vorziehen. Es können eine Anzeige für einige praktische Features, die Sie auf Plasmiden oder haben könnten Konstrukte wie Promotoren oder Affinitäts-Tags. Dauert nur ein paar Sekunden, ein sehr handliches wenig frei verfügbare Werkzeug für Sie zu wissen. Ich weiß, es ist nicht neu, aber es ist so eine häufig gestellte Frage für uns, dass wir dachten, wir würden es erwähnen.

Dong, X., Stothard, P., Forsythe, IJ, Wishart, DS. (2004). PlasMapper: einen Web-Server für die Erstellung und automatische Annotation Plasmidkarten. Nucleic Acids Research, 32(Web Server), W660-W664. DOI: 10.1093/nar/gkh410

Ratte Datenbank Anfragen Signaturen: bis Donnerstag

rgd_logo.jpgEin Anruf kam aus RGD diese Woche über ihre Mailingliste. Sie machen einen “Whitepaper” begleiten eine Gruppe von Forschungsarbeiten kommen in Nature Genetics. Sie können die Zeitung lesen und sich ein Unterzeichner auf diesem Papier, demonstrieren Sie Ihre Unterstützung für Ratte Forschung. Es ist ein Podcast direkt auf ihrer Homepage, dass diese näher erläutert.

Wenn Sie denken, die Ihnen gefallen könnten, um Ihre Unterstützung als Unterzeichner zeigen, Bitte:

1. Fahren Sie über die RGD Homepage. Hören Sie den Podcast. (Ignorieren dieses schreckliche Musik zu Beginn, es geht weg).

2. Download und lesen Sie das Whitepaper das ist es. Wenn Sie unterstützen, E-Team.

3. Legen Sie Ihre gewünschten Informationen (Name, Titel, Affiliate, usw.) in einer E-Mail an Tim und Howard–ihre Adresse direkt unter dem Podcast.

Wenn Sie denken, dass andere in Ihrer Abteilung würde interessieren, Bitte E-Mail eine Aufforderung, sie zu. Die RGD Team muss diese bis Donnerstag Februar 28.

EDIT: back up, denn heute ist die Frist gestoßen.

Was ist dein Problem? Offene Themen

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TE-Insertionen in Genomen

transposon graphicIn der jüngsten Ausgabe der Datenbank NAR, Es gibt zwei Berichte über Transposons (TO) Datenbanken. Ich habe bereits diskutierte man in einem früheren Beitrag. Das eine ist eine Datenbank, die Gypsy-Elemente enthält (Nicht-LTR retroposons) und Retroviren und zielt auf eine Datenbank “gewidmet dem nicht-redundanten Analyse und Evolution-basierte Klassifizierung von mobilen genetischen Elementen.” Hoffentlich bis in eine Datenbank aller TE-Entwicklung. Das andere Papier, von Levy et al. (“TranspoGene und microTranspoGene: umgesetzt Elemente Einfluss auf das Transkriptom von sieben Wirbeltieren und Wirbellosen“)1, Ich werde hier kurz Diskus stellt eine etwas andere Datenbank von Transposons.

ResearchBlogging.orgDa das Papier diskutiert, TE-Einstellungen wurden in einer großen Anzahl von Effekten wurde auf der Wirbeltier-Genom verwickelt: Auswirkungen auf Meinungs-und “Beitrag zur genetischen Vielfalt, genomische Expansion, genomische Inhalt und genomische Rearrangements.” Ob diese gewaltigen Veränderungen sind die raison d'être für Transposons oder das Nebenprodukt eines parasitären DNA-Element, Ich werde für die Diskussion verlassen (wenn ich mir die Seite der letzteren), aber sie sind unbestreitbar wichtige Faktoren in der Genom-Evolution und passen nicht in die Wortes “Junk-DNA.” :D.

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Transposon Database

ResearchBlogging.orgIch begann meine Ph.D. Studien über die Entwicklung der Nicht-LTR-Elemente retrotransposable in 1990 und fand die Welt der mobilen genetischen Elementen oder Transposons (aka vor langer Zeit… springenden Gene) variiert werden, kompliziert und faszinierend. In 1993 Ich entdeckte das Internet. Ich habe gehofft und nach eine Datenbank mit diesen “Mobile genetische Elemente [dass] sind in sich geschlossene Einheiten genomischen Lage proliferierenden in ihrem Wirt Genome”1 zu wenig Befriedigung. Solche Datenbanken existieren, wie die Maus Transposon-Insertion Database und die dbRIP (Menschen Retrotransposon Polymorphismen beim Menschen) und mehrere andere. Aber diese fast ausschließlich Organismus-spezifischen Datenbanken. Dies hilft dem Studium des Organismus (mobile Elemente eine Auswirkung auf das Genom), aber wenig in der Studie von Transposons als Klasse.

So, Ich war froh, das zu sehen neueste Artikel im NAR-Datenbank Problem auf GypDB

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Sponsored Genomics Ressourcen Tutorials, wieder zur Verfügung

Unser Server ging letzte Woche und der Host-Provider mussten unsere Server verschieben. Die Einstellungen wurden nicht vollständig korrigiert, so, wenn Sie versucht haben, um zeigen Sie die kostenlose Tutorials und Schulungsmaterialien diese Woche, haben Sie vielleicht Probleme hatten dabei.

Wir haben das Problem behoben und die Links funktionieren jetzt. Bitte besuchen Sie unsere Tutorials!

Zur Erinnerung:, hier sind die Tutorials, die von den Anbietern gesponsert werden und für den Nutzer kostenlos:

GeneSNPs
gefördert durch das National Institute of Environmental Health Sciences (NIEHS)

Genome Variation Server (GVS)
gesponsert von der National Heart, Lunge, and Blood Institute (NHLBI) und der University of Washington

Integrierte mikrobielle Genome (IMG)
gefördert durch das Joint Genome Institute

SeattleSNPs
gesponsert von der National Heart, Lunge, and Blood Institute (NHLBI) und der University of Washington

UCSC Genome Browser (Intro und Themen für Fortgeschrittene)
gesponsert von der University of California Santa Cruz Bioinformatik

VISTA Comparative Genomics-Tools
sponsored by Lawrence Berkeley National Laboratory

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