标记档案: 基因组学资源

更新的教程资料的公告: UniProt, 基因组浏览器概述, 和世界旅游资源

正如你们许多人知道, OpenHelix 专门帮助人们获取和利用公众的生命科学数据,以便进一步研究金矿. 我们这样做的方法之一是通过创建材料火车的人 – 研究人员, 医生, 馆员, 和对科学感兴趣的人 - 在哪里可以找到他们感兴趣的数据, 以及如何访问数据在特定的公共数据库和数据存储库. 我们已经得到了 100 一切从教程 PubMed的功能糖组学网关 (后来).

除了创建这些教程, 我们还花了大量的时间,让他们准确和最新. 这可以是一个挑战, 特别是当大量的数据库或资源都在同一时间附近的主要发行版. 我们的团队不断评估和更新我们的材料和在这篇文章中,我很高兴地宣布最近发布的更新我们的三个教程: UniProt, 世界巡回演唱会, 概述基因组浏览器.

我们的 初级UniProt教程 显示用户如何: 执行文本搜索的UniProt蛋白质相关信息, 寻找序列作为一个起点, 理解不同类型的 UniProt 记录, 创建多序列蛋白质记录使用应用Clustal.

我们的 基因组浏览器概述 用户介绍引进 Ensembl, 地图查看器, UCSC基因组浏览器, 的 综合微生物基因组 (IMG) 浏览器, 并 GBrowse软件系统. 我们也接触 WebGBrowse, JBrowse, 的 查看器中西医结合基因组学 (导叶), 的 ARGO计划基因组浏览器, 的 综合基因组浏览器 (IGB)鹅群, 和 通告基因组浏览器, 或CGView.

我们的 世界旅游资源的基因组学 和未经注册是免费的访问. 它包括参观例如资源, 举办​​类别,如 算法和分析工具, 表达资源, 基因组浏览器 (既 真核原核/微生物) , 文学和文本挖掘资源, 和资源集中于 核苷酸, 蛋白质, 途径, 疾病和变异. 这主要的讨论,然后带领讨论如何找到免费资源 OpenHelix资源搜索门户, 其次是学习使用OpenHelix教程资源, 和额外资源学习方法的讨论.

快速连结:

OpenHelix入门UniProt教程套件: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix概述基因组浏览器教程套件: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

免费OpenHelix基因资源教程套件的世界巡回赛: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


一周的视频提示: NCBI的基因资源的大变化


NCBI的 创建于 1988 并一直保持着 GenBank中 多年的数据库. 他们还提供了多种类型的生物数据的计算资源和数据检索系统. 因此,他们都非常清楚的速度有多快,生物学家收集的数据已经改变,扩大. 由于各种数据类型的使用已开发, 它已成为明显的,新的信息类型 (如扩展元数据) 需要收集, 和数据处理的新方法.

NCBI的已经适应这种需要多年来,最近一直在调整它的基因组资源. 今天的提示将基于一些变化. 我的影片将重点放在 “完全重新设计的基因组网站”, 这是最近推出了在宣布 最近NCBI的通讯. 我还没有找到一个出版物描述的变化, 但进入一些细节和通讯 在基因组的现场顶部发现公布 (& 我想指出,在视频) 有关的变化非常有帮助的细节.

正如你将看到在公布, 的 基因资源 最近发生了变化不是唯一的相关资源, 包括基因组计划的资源的重新设计 BioProject 资源和创造 BioSample 资源. 我不会有时间细讲有关这两种资源,但在我后结束,我将链接到最近的两个NCBI的出版物,本月排在核酸研究 – 这些都是很好的资源,读上BioProject的更多信息, BioSample, NCBI的整个. 对于历史的角度看,我也链接到原来的基因组参考, 这是生物信息学和目前免费访问.

一些变化是非常有趣, 包括 “单基因组记录现在是一个有机体,不是一个基因组隔离。” NCBI的通讯状态 “主要改进包括更自然的组织为原核有机体的水平, 真核, 和病毒的基因组. 报告包括有关小学的核或原核基因组的可用性以及细胞器和质粒. ” 还有一张纸条, “由于自然分类系统的重组, 旧的基因组标识符不再有效. 这些基因组标识符通常不暴露在以前的系统,主要用于以编程方式访问. ” 这使我不知道什么样的变化,这将授权其他NCBI的资源, 以及外部资源. 我没有看到任何公告,尚未, 所以我就留下来调整 & 检查周围往往.

享受尖端 & 让我们, 或NCBI的, 知道你觉得他们的变化! :)

快速连结:

NCBI的主页: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez的基因资源首页: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject资源首页: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

参考文献:

历史悠久的Entrez的基因组参考: Tatusova, 吨, 蝎,Mizrachi, 一, & Ostell, Ĵ. (1999). 在WWW Entrez的完整基因组: 数据的代表性和分析 生物信息学, 15 (7), 536-543 分类号: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

巴雷特, 吨, 克拉克, 光, Gevorgyan, 河, Gorelenkov, V, Gribov, 大肠杆菌, 蝎,Mizrachi, 一, Kimelman, 米, 普鲁特, 光, Resenchu​​k, 学, Tatusova, 吨, Yaschenko, 大肠杆菌, & Ostell, Ĵ. (2011). BioProject和BioSample在NCBI数据库: 促进捕获和组织的元数据 核酸研究 分类号: 10.1093/nar/gkr1163

塞耶斯, 大肠杆菌, 巴雷特, 吨, 森, 四, 博尔顿, 大肠杆菌, 科比, 学, Canese, 光, Chetvernin, V, 教会, 四, DiCuccio, 米, Federhen, 学, Feolo, 米, Fingerman, 一, 格尔, 属, Helmberg, 瓦特, 卡普斯京, 华, 克拉斯诺夫, 学, 康特里曼, 四, 李普曼, 四, 阅读, z的, 马学恩, 吨, 马德伊, 吨, Maglott, 四, Marchler - 鲍尔, 答:, 磨坊主, V, 蝎,Mizrachi, 一, Ostell, j的, Panchenko, 答:, 潘, 属, 普鲁特, 光, 舒勒, 克, Sequeira, 大肠杆菌, 雪利酒, 学, 沙姆韦, 米, Sirotkin, 光, Slotta, 四, Souvorov, 答:, Starchenko, 克, Tatusova, 吨, 瓦格纳, 属, 王, 华, 威尔伯, 瓦特, Yaschenko, 大肠杆菌, & 叶, Ĵ. (2011). 国家生物技术信息中心的数据库资源 核酸研究 分类号: 10.1093/nar/gkr1184

俄亥俄州简讯

OpenHelix已过去几年简讯. 我们将其发送给用户和其他感兴趣. 这是一个公开的秘密位 :). 嗯, 在 (三分球) 接手把它连同今年上午在做我们的最新一中, 我想我会提上博客.

通讯出来 3-4 一年四次. 我们强调几个我们比较流行的或有趣的一周提示, 写一个简短的文章,我们增加了新的教程或最近更新的和更新的用户. 这个博客的普通读者可能已经已经得到这个如果他们继续提示或右栏的OH, 但它可能是一个很好的方式提醒自己,我们的一些提示, 或在一个地方,我们已经更新或添加在过去的教程 3-4 个月.

你可以在这里订阅 并可以 在这里查看最后还是​​过去的通讯. 一个新的几个星期中走出来!

华盛顿大学的赞同OpenHelix培训门户

研究人员, 系, 华盛顿大学的学生和工作人员现在可以有效地学习使用广泛,从OpenHelix教程套房生物信息学和基因组学资源目录.

贝勒维, 西澳 (华美) 四月 26, 2010 — 伯纳德贝克尔医学图书馆在华盛顿大学医学院 已经购买到OpenHelix订阅 (www.openhelix.com) 给教师, 学生和工作人员获得了 90 生物信息学和基因组资源教程套房.

随着OpenHelix教程, 贝克尔华盛顿大学图书馆提供社会一个快速和有效的方式,了解最强大和最流行的基因组学和生物信息学数据库和资源. 这些教程涵盖包括蛋白质数据库中的许多类型的资源, 生物信息学分析工具, 模式生物数据库, SNP数据库, 比较基因组学, 途径和资源,以及更多的互动. “我们很高兴我们能够提供如此美妙的资源,我们的研究界套件,“福尔摩斯说,克里斯季, 贝克尔博士在医学图书馆bioinformaticist. “这些教程是完美的恭维的指导和咨询我们的生物信息学@贝克尔方案提供的服务。”

这些教程是完美的恭维的指导和咨询我们的生物信息学@贝克尔计划提供的服务

线上叙述教程, 它运行在几乎所有浏览器, 可从开始到结束或章节和导航使用向前和向后滑. 约 60 一分钟教程突出和解释的特性和功能所需要的资源,有效地开始使用. 本教程可以使用新的用户向他们介绍一种资源, 或由以前的用户,查看新的特性和功能, 或只是作为一个参考工具,了解特定功能.

除了教程, 用户还可以访问有用的培训教材,包括动画PowerPoint为基础用于幻灯片教程, 建议在幻灯片脚本, 幻灯片讲义, 和演习. 这样可以节省大量的时间和创造为教师课堂内容的教授和努力.

“这是困难的, 当然成本高昂, 高校图书馆建立和提供的现有基因组的许多关键资源培训,“斯科特说车床, 行政总裁OpenHelix. “随着OpenHelix订阅, 华盛顿大学的研究人员提供了一个高效和有效的培训解决方案。“

关于OpenHelix
OpenHelix, 有限责任公司, (www.openhelix.com) 生物信息学和基因组学提供了搜索和培训门户, 让研究人员找到一个地方,学习如何使用网络资源和数据库. 搜索门户网站的搜索数百OpenHelix资源, 教程套房和其他材料的研究,以最直接相关的资源和培训材料的需求OpenHelix. 研究人员和机构可以节省时间, 预算和人力资源,通过利用订阅到近 100 通过门户网站提供在线教程套房. 更有效地利用资源的手段最相关的更快和更有效的研究.

即将到来, 客户篇

问候! OpenHelix博客是实行新的半周的特点. 我们有我们的每星期三 “提示的周,” 上周四我们有我们的 “什么是你的问题,” 现在偶尔上周二,我们将有我们 “提供客户后。” 这将是从基因组学工具和数据库提供职位,并将于意见, 更新和资源即将发布的功能, 无论是资源提供者想传达给使用者. 我们已经为即将到来的排队几个星期,, 所以要重新检查.

此外, 如果你是一个开发人员或免费提供的一, 公开的基因组学和生物资源, 数据库和分析工具,并希望在我们的客人后功能, 无论是引进到您的工具, 更新或即将发布的功能,甚至是对基因组学研究和数据的当前状态的意见, 请写上wlathe的AT openhelix我们点com. 我们会喜欢把队列中的下一个客户后,你.

我们的第一个客户后将会从下周二 英娜Dubchak , 在劳伦斯伯克利国家实验室的首席研究员/珍古道尔研究小组, 开发商的 Vista资源比较基因组学 (谁 赞助商的教程, 免费提供给用户). 她将讨论Vista中的某些新的工具和给你一些新的快速预览即将到来的特点.

提示的周: 分享您的分析过程

galaxyworkflow_th我们 介绍 星系 (銈://www.usegalaxy.org) 前周节的提示, 有您展示 一件事有用 你可以用它做, 现在我们也有一个 免费教程 和培训材料,向您介绍的工具的基本使用. 在今天的一周的一角, 我会显示您的工作流程. 直到最近,工作流进行了测试, 所以它不是在我们的教程的第一个版本 (虽然这将是在第二). 这是一个很大的特点, 所以我想在这里介绍. 工作流允许你建立一个自动化的过程,需要通过一系列预设的处理和分析步骤您的数据. 这是非常有用的,如果是有一个过程,你都做了很多,你不想每次不得不做的每一步, 或如果你创建了一个分析过程,你想与同事分享. (我想指出,银河有 相当数量的其他短期截屏 任务中,你可能要检查后,做教程 )

什么是你的问题? 打开主题

欢迎您到“什么是你的问题?“ (WYP) 打开螺纹. 此项的目的是让社会 q_mark2.jpg 问题 对资源的利用基因组学. 看我们作为一个虚拟服务台. 如果你有关于如何访问数据的某些类型的问题, 或如何使用一个数据库, 或什么样的资源是有特定的研究问题, 刚才问的评论. OpenHelix工作人员将继续观察和评论线程回答这些问题,以我们所知. 此外, 我们鼓励读者在评论中回答问题太. 如果您知道还有一位读者的问题的答案, 请帮腔! 在“WYP”线程将被张贴逢星期四,留在博客的页首 24 hours.You能跟上这个线程上升记住支票背面, 由 订阅的RSS饲料评论此WYP文章 或通过订阅通知通过电子邮件的新评论该职位 (使用注释的形式结束复选框, 以后你可以退订). 如果你想成为未来WYP职位通知 (逢星期四), 你可以订阅 WYP饲料.

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{我关闭评论,在这里,因为一个新的线程–玛丽}