태그 아카이브: 게놈 자원

업데이트 튜토리얼 자료 발표: UniProt, 게놈 브라우저의 개요, 자원과 세계 투어

로 많은 알고, OpenHelix 추가 연구를 위해 사람들이 공공의 생명 과학 데이터의 금광에 접근하고 활용할 수 있도록 전문. 우리는이 작업을 수행하는 방법 중 하나는 기차 사람들에게 자료를 만드는 것입니다 – 연구자, 임상, 사서, 누구나 과학에 관심 - 그들이 관심있는 데이터를 찾을 수있는 위치에, 특히 공공 데이터베이스와 데이터 저장소의 데이터에 액세스하는 방법. 우리는 이상 있어요 100 에서 모든에 이런 튜토리얼 PubMed기능 Glycomics 게이트웨이 (더 많은 것을 나중에).

이 튜토리얼을 만들뿐만 아니라, 우리는 또한 그들에게 정확하고 최신 상태로 유지하기 위해 많은 시간을 보내고. 이것은 도전이 될 수 있습니다, 데이터베이스 또는 리소스의 많은 모두 같은시기에 주요 자료를 가지고 특히. 우리 팀은 지속적으로 평가하고 업데이트합니다 우리의 자료를이 글에서 나는 우리의 튜토리얼의 세 가지로 최근에 출시 된 업데이트를 발표 할 행복: UniProt, 월드 투어, 그리고 게놈 브라우저의 개요.

우리 소개 UniProt 자습서 어떻게 사용자를 보여줍니다: 관련 단백질 정보를 UniProt의에서 텍스트 검색을 수행, 시작 지점으로 시퀀스 검색, 다른 유형의 이해 UniProt 기록, 및 CLUSTAL를 사용하여 단백질 레코드의 다중 서열 정렬을 만들.

우리 게놈 브라우저의 개요 소개에 사용자를 소개합니다 Ensembl, 지도 뷰어, UCSC 게놈 브라우저, the 통합 미생물 Genomes (그림) 브라우저, 및 GBrowse 소프트웨어 시스템. 우리는 또한에 터치 WebGBrowse, JBrowse, the 통합 유전체학 뷰어 (IGV), the 아르고 게놈 브라우저, the 통합 게놈 브라우저 (IGB)거위떼, 그리고 원형 게놈 뷰어, 또는 CGView.

우리 게놈 자원의 월드 투어 무료로 등록하지 않고 액세스할 수 있습니다. 그것은 예를 들어 자원의 투어를​​ 포함, 같은 카테고리로 구성 알고리즘과 분석 도구, 표현 리소스, 게놈 브라우저 (모두 진핵세포미생물 / Prokaryotic) , 문학 및 텍스트 마이닝 자원, 및 자원에 집중 세포핵, 단백질, 경로, 질환과 유사. 이 메인 토론 후 무료로 리소스를 찾을 수있는 방법에 대한 논의로 이어질 것입니다 OpenHelix 자료 검색 포털, OpenHelix 자습서와 리소스를 사용하는 학습에 의해 다음, 과 자원에 대한 학습의 추가 방법을 논의.

빠른 연결:

OpenHelix 기초 UniProt 튜토리얼 스위트: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

게놈 브라우저 자습서 제품군에 OpenHelix 개요: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

지노 믹스 자원 튜토리얼 제품군 무료 OpenHelix 세계 투어: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


주의 비디오 도움말: NCBI의 게놈 자원에 큰 변화


NCBI 에서 만들어진 1988 와를 유지하고 있습니다 GenBank 년간 데이터베이스. 또한 생물 학적 데이터의 여러 유형에 대한 다양한 전산 자원 및 데이터 검색 시스템을 제공합니다. 생물학이 수집하는 데이터가 변경 및 확장이 얼마나 빨리 같은 그들은 모두 너무 잘 알고. 다양한 데이터 유형에 대한 사용은 개발되었습니다대로, 그것은 분명한되고있다 정보 새로운 유형의 (이러한 확장 메타 데이터로) 수집해야, 및 처리 데이터의 새로운 방법이 필요합니다.

NCBI는 수년에 걸쳐 이러한 요구에 적응되었으며, 최근 게놈 자원을 적응되었습니다. 오늘의 팁은 이러한 변화의 일부를 기반으로합니다. 내 동영상에 초점을 맞출 것이다 “완전히 새로 디자인된 게놈 사이트”, 최근에 밖으로 압연 및 발표되었던 가장 최근의 NCBI 뉴스 레터. 나는 변화를 설명하는 간행물을 찾지 못한, 하지만 뉴스 레터 몇 가지 세부로갑니다 게놈 사이트의 상단에서 찾을 발표 (& 나는 비디오에서 연결되는) 변경 사항에 대한 세부 사항을 매우 도움이되었습니다.

당신은 이번 발표에서 볼 수 마찬가지로, the 게놈 자원 최근에받은 변경 사항이 유일한 관련 리소스 없습니다, 에 게놈 프로젝트 리소스의 재설계를 포함하여 BioProject 리소스와 창조 BioSample 리소스. 나는 그 두 리소스에 대한 세부 사항에 갈 시간이되지 않습니다하지만 내 게시물의 끝에 저는 이번 달에 핵산 연구에서 온 두 대의 최근 NCBI 출판물로 연결됩니다 – 이들은 BioProject에 대한 자세한 내용은 읽기 좋은 리소스입니다, BioSample, 그리고 전반적으로 NCBI에. 역사적인 관점에 대한 또 원래 게놈 참조에 대한 링크, 이는 액세스 현재 무료로 생물 정보학에 있으며.

변경 사항 중 일부는 매우 흥미 롭, 그것을 포함 “단일 게놈 기록 지금은 유기체를 나타내는 하나를 위해 게놈이 분리.” NCBI 뉴스 레터 의하면 “주요 개선 prokaryotic에 대한 유기체의 수준에서 더 자연스러운 조직을 포함, 진핵세포, 그리고 바이러스 genomes. 보고서는 핵 무 기나 prokaryotic 기본 genomes의 가용성에 대한 정보뿐만 아니라 organelles과 plasmids 포함. ” 메모도있다는 걸 “때문에 자연 분류 시스템 개편의, 이전 게놈 식별자가 더 이상 유효하지 않습니다. 일반적으로 이러한 게놈 식별자는 이전 시스템에 노출되지 않은 및 프로그래밍 방식의 액세스에 대한 주로 사용되었다. ” 그래서 내가이 다른 NCBI의 리소스에 위임합니다 변경하는지 궁금합니다, 뿐만 아니라 외부 리소스. 내가 아직에 대한 공지 사항을 보지 못했어요, 그래서 그냥 계속 지켜봐야만 & 자주 주위를 확인.

즐겨 팁 & 우리를 보자, 또는 NCBI, 당신이 그들의 변화를 생각하는지 알아요! :)

빠른 연결:

NCBI 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez 게놈 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

참고 문헌:

역사 참조 Entrez 게놈: Tatusova, 토니, Karsch - Mizrachi, 나, & Ostell, Kokocinski. (1999). WWW Entrez에 완료 genomes: 데이터 표현 및 분석 생물 정보학, 15 (7), 536-543 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

바렛, 토니, 클락, 사장님, GevorgyanGorelenkov, 기철, Gorelenkov, 브이, Gribov, 이봐요, E., Karsch - Mizrachi, 나, Kimelman, 엠, 프륏, 사장님, Resenchu​​k, 미국, Tatusova, 토니, Yaschenko, 이봐요, E., & Ostell, Kokocinski. (2011). NCBI에서 BioProject 및 BioSample 데이터베이스: 촉진 캡처 및 메타 데이터의 조직 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1163

세이어, 이봐요, E., 바렛, 토니, 벤슨, 디, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, 미국, Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, 디, DiCuccio, 엠, Federhen, 미국, Feolo, 엠, Fingerman, 나, 기어, 실은, Helmberg, 더블유, Kapustin, Y를, Krasnov, 미국, 촌뜨기, 디, Lipman, 디, 루, 조디악, 미치게하다, 토니, Madej, 토니, Maglott, 디, Marchler - 바우, 대답 :, 제분업자, 브이, Karsch - Mizrachi, 나, Ostell, 제이, Panchenko, 대답 :, 판티엣, 실은, 프륏, 사장님, 슐러, 샷, Sequeira, 이봐요, E., 셰리주, 미국, 셤웨이, 엠, Sirotkin, 사장님, Slotta, 디, Souvorov, 대답 :, Starchenko, 샷, Tatusova, 토니, 와그너, 실은, 왕, Y를, 윌버, 더블유, Yaschenko, 이봐요, E., & 예, Kokocinski. (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

OH 뉴스 레터

OpenHelix은 지난 몇 년 동안 뉴스 레터를 가지고 있습니다. 우리는 관심이 가입자와 다른 사람에게 그것을 보내. 그것은 공공연한 비밀 약간의 :). 음, 에 (삼점의 카드) 올해 그것을 짜고 점령하고 최신 하나를 수행의 가운데 오전, 내가 블로그에 언급 줄 알았는데.

뉴스 레터 밖으로 나오는 사람 3-4 회. 우리는 주 우리의 인기하거나 재미있는 팁 몇을 강조, 우리가 추가한 새로운 자습서 최근에 업데이트된 것들에 대한 짧은 기사 및 업데이트 가입자를 작성. 그들은 오른쪽 칼럼에 팁 또는 OH에 계속한다면이 블로그의 일반 독자들은 이미 이미 많은 전쟁을 멈추는 것입니다, 하지만 도움말의 일부 자신을 생각나게하는 좋은 방법이 될 수 있습니다, 한 곳에서 우리가 과거에 업데이 트하거나 추가한 모든 자습서를 얻으려면 3-4 개월.

여기 구독할 수 있습니다 그리고 당신이 할 수 여기에 마지막 또는 이전 뉴스 레터보기. 새로운 몇 주에서 온다!

워싱턴 대학은 OpenHelix 교육 포털로 구독

연구원, 학부, 워싱턴 대학의 학생과 직원은 이제 효과적이고 효율적으로 OpenHelix에서 광범위한 튜토리얼 제품군 카탈로그와 생물 정보학 및 게놈 자원을 사용하여 배울 수.

벨뷰, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) April 26, 2010 — 의학의 워싱턴 대학 대학원에서 버나드 베커 의학 도서관 OpenHelix에 가입을 구입했습니다 (www.openhelix.com) 교수진을 제공, 학생 이상으로 직원 액세스 90 생물 정보학 및 게놈 자원 입문서 스위트.

OpenHelix 자습서와 함께, 베커 도서관은 워싱턴 대학 사회에게 가장 강력하고 인기있는 유전체학 및 생물 정보학 데이터베이스와 리소스에 대해 배울 수있는 빠르고 효과적인 방법을 제공합니다. 이 자습서는 단백질 데이터베이스를 비롯한 자원의 많은 종류의 커버, 생물 정보학 분석 도구, 모델을 따르는 데이터베이스, SNP 데이터베이스, 비교 유전체학, 경로와 상호 작용 자원과 훨씬 더. "우리는 우리의 연구 공동체에 자원과 같은 환상적인 스위트를 제공할 수 있습니다 정말 기뻤단다,"크리스티 홈즈는 말했다, 베커 의학 도서관에서 박사 bioinformaticist. "이 자습서의 지침 및 생물 정보학 @ 베커 프로그램에서 제공하는 상담 서비스를 완벽하게 칭찬합니다."

이 자습서는 완벽한 교육에 칭찬 및 생물 정보학 @ 베커 프로그램에 의해 제공되는 상담 서비스입니다

온라인 narrated 자습서, 이것은 막 모든 브라우저에서 실행, 수 또는 끝까지 시작 챕터를 사용하여 탐색 및 순방향 및 역방향 슬라이더를에서 볼 수. 약 60 분 자습서를 강조 표시하고 기능과 기능을 효과적으로 자원을 사용하기 시작하는 데 필요한 설명. 자습서는 리소스에 그들을 소개하는 새로운 사용자에 의해 사용될 수 있습니다, 또는 이전 사용자가 새로운 기능과 기능을 볼 수, 또는 단순히 참조 도구로 특정 기능을 이해하는.

튜토리얼 외에도, 사용자는 또한 튜토리얼을위한 근거로 사용되는 애니메이션 PowerPoint 슬라이드 등 유용한 교육 자료에 대한 액세스 권한, 슬라이드에 대한 제안 스크립트, 슬라이드 유인물, 과 연습. 이것은 시간이 엄청난 양의과 노력을 교사와 교수 수업 콘텐츠를 만들기위한 저장할 수 있습니다.

"이것은 어렵습니다, 그리고 확실히 금지 비용, 대학 도서관은 가능한 많은 중요한 게놈 자원에 대한 교육을 만들고 제공하기위한,"스콧 선반했다, OpenHelix의 최고 경영자. "OpenHelix 가입으로, 워싱턴 대학들은 연구자에 대한 효율적이고 효과적인 교육 솔루션을 제공합니다. "

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (www.openhelix.com) 생물 정보학 및 게놈 검색 및 교육 포털을 제공합니다, 연구자들은 한 장소를 제공해주었습니다 찾는 방법과 웹 리소스 및 데이터베이스를 사용하여 알아보기. 자원의 OpenHelix 검색 포털 검색 수백, 튜토리얼 스위트룸과 기타 자료들이 필요에 가장 관련성이 높은 자원과 OpenHelix 교육 자료를 연구자에게 직접. 연구자 및 기관은 시간을 절약할 수, 에 가입을 활용하여 예산과 직원 자원 거의 100 온라인 자습서 스위트 포털을 통해 제공. 가장 관련성이 높은 자원의 효율적 사용과보다 효과적으로 빠르게 연구 의미.

앞에, 손님 게시물

인사! OpenHelix 블로그는 새로운 반 주간 기능을 instituting입니다. 우리가 매주 수요일 우리의 “금주의 팁,” 목요일에 우리가 우리의 “너의 문제는 무엇입니까,” 지금은 가끔 화요일은 우리가 가진거야에 대한 “공급자 손님 게시할 수 있습니다.” 이들은 게놈 도구와 데이터베이스의 제공자의 게시물 것입 의견 것입니다, 업데이트 및 리소스의 기능을 곧, 어떤 리소스의 공급자가 사용자에게 전달하고 싶습니다. 우리가 앞으로 몇 주에 출전한 여러, 그래서 다시 검사 계속.

또한, 당신은 개발자 또는 무료로 제공하는 경우, 공개 게놈 또는 생물 자원, 데이터베이스 또는 분석 도구는 우리의 손님 기능에 게시하고 싶습니다, 그것은 당신의 도구로 소개되고, 곧 업데이트 또는 기능이나 게놈 연구와 데이터의 현재 상태에 대해서도 의견, wlathe는 AT의 openhelix에 않아서 co.kr로 이메일을 보내주십시오. 우리는 다음 게스트 게시물에 대한 대기열에 당신을 데려가고 싶지만.

다음주 화요일 첫 번째 손님 게시물에서있을 것입니다 인나 Dubchak , LBNL / JGI 그룹의 수석 수사관, 개발자 비스타 비교 유전체학 자원 (누구 스폰서 튜토리얼, 사용자에게 무료로). 그녀는 비스타에 몇 가지 새로운 도구를 논의하고 몇 가지 새로운 곧 기능을 간략히 미리보기를 제공.

금주의 팁: 분석 프로세스를 공유

galaxyworkflow_th우리가 했어 소개 은하 (HTTP를://www.usegalaxy.org) 주 구역의 도움말에 이전, 이 당신에게 보여주기 한 가지 유용한 당신은 그걸로 할 수, 이제 우리도있다 자습서 무료 그리고 도구의 기본적인 사용에 대해 소개 교육 자료 저. 주의 오늘의 팁 있음, 난 당신이 흐름 보여줄 테니. 작업 흐름은 최근까지 베타에, 그래서 우리 입문서의 첫 번째 버전에서되지 않습니다 (그것은 두번째에있을 것이다지만). 그것은 훌륭한 기능, 그래서 이곳을 소개하고. 작업 흐름은 조작 및 분석 단계를 통해 미리 설정된 일련의 데이터를 필요 자동화된 프로세스를 설정할 수 있습니다. 당신은 많은 일을하는 프로세스가있다면 당신은 매번 각 단계를 할 필요는하고 싶지 않아 이것은 매우 유용할 수 있습니다, 당신이 분석 프로세스를 생성하는 경우 또는 동료와 함께하고 싶어요. (그리고 은하가있다는 지적하고 싶습니다 다른 짧은 screencasts 잘 번호 작업 뭐하는 후 체크 아웃하려는 수있는 튜토리얼 )

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{신선한 스레드가이기 때문에 제가 여기 의견을 감고있는 거예요–메리}