Tag Archives: ressources en génomique

Annonce des matériaux Tutoriel Mise à jour: UniProt, Vue d'ensemble des Navigateurs Génome, et le Tour du Monde des Ressources

Comme beaucoup d'entre vous le savez, OpenHelix se spécialise à aider les gens accèdent et utilisent la mine d'or de données biosciences publics afin de poursuivre les recherches. Une des façons que nous faisons c'est par la création de matériaux pour former des gens – chercheurs, cliniciens, bibliothécaires, et quiconque s'intéresse à la science - sur où trouver les données qui les intéressent, et comment accéder aux données à particulier bases de données publiques et les référentiels de données. Nous avons plus de 100 tutoriels sur tout, de telles PubMed à l' Fonctionnelle Passerelle Glycomics (plus sur cela plus tard).

En plus de créer ces tutoriels, Nous passons aussi beaucoup de temps à les garder exacts et à jour. Ce peut être un défi, en particulier lorsque les lots de bases de données ou de ressources ont toutes les versions majeures à la même époque. Notre équipe évalue continuellement et met à jour nos matériaux et dans ce post, je suis heureux d'annoncer les mises à jour publiées récemment pour trois de nos tutoriels: UniProt, Le Tour du Monde, et aperçu des Navigateurs Génome.

Notre Introduction UniProt tutoriel montre aux utilisateurs comment: effectuer des recherches de texte à UniProt des informations de protéine d'intérêt, recherche avec des séquences comme point de départ, comprendre les différents types d' UniProt les dossiers, et de créer des alignements multiples séquences à partir d'enregistrements de protéines en utilisant Clustal.

Notre Vue d'ensemble des Navigateurs Génome présente aux utilisateurs d'introduire Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, l' Génomes microbiens intégré (IMG) navigateur, et à le système logiciel GBrowse. Nous touchons aussi sur WebGBrowse, JBrowse, l' Integrative Genomics Viewer (IGV), l' ARGO Génome Browser, l' Navigateur intégré Génome (IGB)Troupeau, et le Circulaire du génome Viewer, ou CGView.

Notre Tour du monde des ressources en génomique est gratuit et accessible sans inscription. Il comprend une visite de ressources par exemple, organisé par catégories telles que Algorithmes et outils d'analyse, les ressources d'expression, navigateurs génome (deux Eucaryotes et Procaryotes / microbienne) , Ressources minières littérature et le texte, et des ressources axés sur nucléotides, protéines, voies, la maladie et de la variation. Cette discussion principale conduira ensuite à une discussion sur la façon de trouver des ressources avec le logiciel gratuit OpenHelix Resource Portal Search, suivie d'apprendre à utiliser les ressources avec des tutoriels OpenHelix, et une discussion des méthodes d'apprentissage supplémentaire sur les ressources.

Liens rapides:

OpenHelix introduction UniProt tutoriel Suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

Aperçu OpenHelix à la suite tutoriel Génome Navigateurs: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Free Tour du Monde de la suite OpenHelix tutoriel Genomics Ressources: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Astuce Vidéo de la semaine: Grands changements à Ressources NCBI génome


NCBI a été créée en 1988 et a maintenu le GenBank base de données pendant des années. Ils fournissent également de nombreuses ressources informatiques et des systèmes de récupération de données pour de nombreux types de données biologiques. Comme tels, ils savent trop bien à quelle vitesse les données que les biologistes de recueillir a changé et élargi. Comme utilise pour différents types de données ont été développés, il est devenu évident que de nouveaux types d'informations (telles que les métadonnées élargi) doivent être collectées, et de nouvelles façons de manipulation de données sont nécessaires.

NCBI a été adaptée à ces besoins tout au long des années et a récemment été l'adaptation de ses ressources génomiques. La pointe d'aujourd'hui seront basés sur certains de ces changements. Ma vidéo se concentrera sur les “site de Génome complètement redessiné”, qui a été récemment mis en place et annoncé dans le le plus récent bulletin de NCBI. Je n'ai pas trouvé une publication décrivant les changements, mais le bulletin va dans le détail et le L'annonce se trouve en haut du site Génome (& que je signale dans la vidéo) a des détails très utiles sur les changements.

Comme vous pourrez le voir dans l'annonce, l' Génome ressources n'est pas la seule ressource liée à des changements ont subi récemment, incluant le réaménagement de la ressource dans le projet du génome BioProject ressources et la création de la Échantillon biologique des ressources. Je n'aurai pas le temps d'aller dans les détails au sujet de ces deux ressources, mais à la fin de mon post, je vais lien vers deux récentes publications NCBI qui est sorti dans Nucleic Acids Research ce mois-ci – Ce sont de bonnes ressources à lire pour plus d'informations sur BioProject, Échantillon biologique, et sur le NCBI dans son ensemble. Pour une perspective historique J'ai aussi un lien vers la référence du génome d'origine, qui est actuellement en bioinformatique et libre d'accès.

Certains de ces changements sont très intéressants, y compris celle “Enregistrements seul génome représentent désormais un organisme et non un génome pour un isolat.” Les Etats NCBI bulletin “D'importantes améliorations comprennent une organisation plus naturelle au niveau de l'organisme pour procaryotes, eucaryotes, et de génomes viraux. Les rapports incluent des informations sur la disponibilité de l'énergie nucléaire ou procaryotes génomes primaire ainsi que les organelles et les plasmides. ” Il ya aussi une note qui “En raison de la réorganisation d'un système de classification naturelle, identificateurs génome âgées ne sont plus valides. Généralement, ces identifiants génome n'ont pas été exposés dans le système précédent et ont été utilisés principalement pour l'accès programmatique. ” Cela me fait me demander quels changements cela va le mandat à d'autres ressources NCBI, ainsi que des ressources externes. Je n'ai pas vu des annonces sur ce encore, donc je vais devoir rester à l'écoute & vérifier autour souvent.

Profitez de la pointe & nous laisser, ou de NCBI, ce que vous pensez de leurs changements! :)

Liens rapides:

Page d'accueil du NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Page d'accueil Entrez Genome Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

Page d'accueil Ressources BioProject: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Références:

Historique de référence Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Génomes complets dans WWW Entrez: représentation des données et l'analyse Bio-informatique, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V., Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). Bases de données et de BioProject échantillon biologique au NCBI: la capture et de faciliter l'organisation des métadonnées Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., ChT.vernin, V., Eglise, D., DiCuccio, M., Federhen, S., V.olo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Rendre fou, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V., Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Souvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Vous, J. (2011). Base de données des ressources du Centre national d'information sur la biotechnologie Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Bulletin OH

OpenHelix a eu un bulletin pour les deux dernières années. Nous l'envoyons aux abonnés et aux autres personnes intéressées. C'est un peu un secret de Polichinelle :). Eh bien, Dans (Trey) a pris sur elle de mettre ensemble cette année et je suis en train de faire notre dernier une, Je pensais en faire mention sur le blog.

Le bulletin sort 3-4 fois par an. Nous mettons en évidence quelques-uns de nos conseils plus populaires ou intéressants de la semaine, écrire un court article et les abonnés à jour sur les nouveaux didacticiels, nous avons ajouté ou récemment mis à jour. Les lecteurs réguliers de ce blog sera probablement déjà ont déjà obtenu beaucoup de cette s'ils continuent sur le conseil ou l'OH sur la colonne de droite, mais il pourrait être un bon moyen de vous rappeler certains de nos conseils, ou pour obtenir en un seul endroit tous les tutoriels que nous avons mis à jour ou ajoutés dans le passé 3-4 mois.

Vous pouvez vous inscrire ici et vous pouvez Voir le dernier ou bulletins passés ici. Une nouvelle va sortir dans quelques semaines!

L'Université de Washington souscrit à Portail Formation OpenHelix

Chercheurs, Faculté, étudiants et le personnel de l'Université de Washington peut maintenant efficacement apprendre à utiliser les ressources de la bioinformatique et génomique avec le catalogue Suite tutoriel complet à partir OpenHelix.

Bellevue, WA (PRWEB) Avril 26, 2010 — Bernard Becker Medical Library à Washington University School of Medicine a acheté un abonnement à OpenHelix (www.openhelix.com) donnant la faculté, étudiants et au personnel un accès à plus de 90 suites tutoriel sur la bioinformatique et de ressources génomiques.

Avec des tutoriels OpenHelix, Becker bibliothèque offre l'université de Washington la communauté un moyen rapide et efficace d'apprendre au sujet de la génomique les plus puissants et populaires et des bases de données bioinformatiques et de ressources. Ces tutoriels couvrent de nombreux types de ressources, y compris des bases de données des protéines, outils d'analyse bioinformatique, bases organisme modèle, Bases de données de SNP, la génomique comparative, les ressources et l'interaction voie et bien plus encore. «Nous sommes ravis que nous sommes en mesure de fournir une telle suite fantastique de ressources pour notre communauté de recherche,», A déclaré Kristi Holmes, Doctorat bio-informaticien chez Becker Medical Library. «Ces tutoriels sont le complément parfait à l'instruction et des services de consultation offerts par notre programme de bioinformatique @ Becker."

Ces tutoriels sont le complément parfait à l'instruction et des services de consultation offerts par notre programme de bioinformatique @ Becker

Les didacticiels en ligne narré, qui courent dans n'importe quel navigateur, peut être consulté du début à la fin ou navigué en utilisant des chapitres et en avant et en arrière curseurs. Les quelque 60 tutoriels minute évidence et d'expliquer les caractéristiques et les fonctionnalités nécessaires pour commencer à utiliser efficacement les ressources. Le tutoriel peut être utilisé par les nouveaux utilisateurs de les introduire à une ressource, ou par les utilisateurs précédents pour voir de nouvelles fonctionnalités, ou simplement comme un outil de référence pour comprendre les caractéristiques spécifiques.

En plus de ce tutoriel, les utilisateurs ont également accès à du matériel de formation utile, y compris les diapositives PowerPoint animées utilisées comme base pour le tutoriel, scénario proposé pour les diapositives, polycopiés diapositives, et des exercices. Cela peut économiser une quantité considérable de temps et d'effort pour les enseignants et les professeurs en classe la création de contenu.

«Il est difficile, et certainement un coût prohibitif, pour les bibliothèques universitaires à créer et à fournir une formation sur les nombreuses ressources génomiques disponibles critiques,»A déclaré Scott Tour, Directeur Général de OpenHelix. «Avec un abonnement OpenHelix, Washington University fournit une solution de formation efficace et efficiente pour leurs chercheurs. "

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit un bio-informatique et de recherche en génomique et le portail de formation, en donnant aux chercheurs un endroit à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail des centaines OpenHelix Recherche recherches des ressources, suites tutoriel et d'autres documents à diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les matériaux de formation OpenHelix à leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, budget et des ressources humaines en misant sur un abonnement à près de 100 en ligne suites tutoriel disponible sur le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

A venir, Postes Clients

Salutations! Blog OpenHelix institue une nouvelle fonction semi-hebdomadaire. Chaque mercredi, nous avons nos “Astuce de la semaine,” les jeudis, nous avons notre “Quel est votre problème,” et maintenant sur une mardis occasionnels que nous allons avoir notre “Invité Message fournisseur.” Ces messages seront des fournisseurs d'outils de génomique et de la base de données et sera opinions, mises à jour et fonctionnalités à venir de la ressource, quel que soit le fournisseur de la ressource tiens à transmettre aux utilisateurs. Nous avons plusieurs alignés pour les semaines à venir, alors gardez le contrôle de retour.

En outre, Si vous êtes un développeur ou le fournisseur d'un libre, génomique publiquement disponibles ou des ressources biologiques, outil de base de données ou d'analyses et voudrait à notre fonction invités, que ce soit une introduction à votre outil, mises à jour ou fonctionnalités à venir ou même une opinion sur l'état actuel de la recherche en génomique et les données, S'il vous plaît écrivez-nous à wlathe AT openhelix DOT com. Nous serions ravis de vous mettre dans la file pour le poste client suivant.

Notre premier poste client mardi prochain sera de Inna Dubchak , chercheur principal au sein du groupe LBNL / JGI, développeurs de la VISTA comparative de ressources en génomique (qui parraine un tutoriel, gratuite pour les utilisateurs). Elle va discuter de certains nouveaux outils à VISTA et vous donner un aperçu rapide de quelques nouvelles fonctionnalités à venir.

Astuce de la semaine: Partage de votre processus d'analyse

galaxyworkflow_thNous avons introduit Galaxy (http://www.usegalaxy.org) avant dans la section Conseil de la Semaine, vous ai montré une chose utile vous pourriez faire avec elle, et maintenant nous avons aussi une tutoriel gratuit et matériels de formation que vous initier à l'utilisation de base de l'outil. Dans la pointe du jour de la semaine, Je vais vous montrer des flux de travail. Flux de travail était en version bêta jusqu'à tout récemment, il n'est donc pas dans la première version de notre tutoriel (si elle sera dans la seconde). C'est une grande fonctionnalité, donc je voulais l'introduire ici. Flux de travail vous permet de mettre en place un processus automatisé qui prend vos données grâce à une série prédéfinie d'étapes de manipulation et d'analyse. Cela peut être très utile si il ya un processus que vous faites beaucoup de choses et vous ne voulez pas avoir à faire à chaque étape à chaque fois, ou si vous créez un processus d'analyse que vous aimeriez partager avec un collègue. (et je tiens à souligner que Galaxy a une bon nombre d'autres screencasts court des tâches que vous pourriez vouloir vérifier après avoir fait le tutoriel )

C'est quoi ton problème? Open Thread

Bienvenue sur le "What's Your Problem?" (WYP) fil ouvert. Le but de cet article est de permettre à la communauté de demandezq_mark2.jpg des questions sur l'utilisation des ressources en génomique. Pensez à nous comme un service d'assistance virtuelle. Si vous avez une question sur la façon d'accéder à un certain type de données, ou comment utiliser une base de données, ou quel type de ressources qui existent pour votre problème de recherche particulier, il suffit de demander dans les commentaires. personnel OpenHelix veillerai sur le fil des commentaires et répondre à ces questions au meilleur de nos connaissances. En outre, nous encourageons les lecteurs à répondre aux questions dans les commentaires trop. Si vous connaissez la réponse à la question d'un autre lecteur, s'il vous plaît carillon! Le "WYP" thread sera affiché tous les jeudis et rester en tête du blog pour 24 hours.You peut suivre ce fil en n'oubliant pas de vérifier, par souscrivant aux commentaires Flux RSS pour ce post WYP ou en vous abonnant à être informé par courriel de nouveaux commentaires sur le post (utilisation case à cocher à la fin du formulaire de commentaire, vous pouvez vous désabonner plus tard). Si vous souhaitez être averti des messages WYP avenir (tous les jeudis), vous pouvez vous abonner à la aliments pour animaux WYP.

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{Je ferme les commentaires ici, depuis un fil jusqu'à douce est–Mary}