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Anuncio de materiales didácticos Actualizado: UniProt, Resumen de navegadores del genoma, La Vuelta al Mundo y de los Recursos

Como muchos de ustedes saben, OpenHelix se especializa en ayudar a las personas a acceder y utilizar la mina de oro de datos públicos biociencia para futuras investigaciones. Una de las maneras en que podemos hacerlo es mediante la creación de materiales para capacitar a las personas – los investigadores, los médicos, bibliotecarios, y cualquier persona interesada en la ciencia - sobre dónde encontrar los datos que están interesados ​​en, y la forma de acceder a los datos en determinadas bases de datos públicas y repositorios de datos. Tenemos más de 100 tutoriales como en todo, desde PubMed a la Funcionales de puerta de enlace Glicómica (lo veremos más adelante).

Además de la creación de estos tutoriales, nosotros también pasamos mucho tiempo para mantenerlos precisa y al día. Este puede ser un desafío, especialmente cuando muchas de las bases de datos o recursos tienen grandes lanzamientos al mismo tiempo. Nuestro equipo evalúa y actualiza continuamente nuestros materiales y en este post estoy feliz de anunciar actualizaciones publicadas recientemente a tres de nuestros tutoriales: UniProt, La Vuelta al Mundo, y visión general de los navegadores del genoma.

Nuestro Introductorio UniProt tutorial muestra a los usuarios cómo: realizar búsquedas de texto en UniProt proteína para obtener información relevante, búsqueda con secuencias como un punto de partida, entender los diferentes tipos de UniProt archivos, y crear múltiples alineamientos de secuencias de proteínas utilizando Clustal registros.

Nuestro Resumen de navegadores del genoma introduce a los usuarios a introducir Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, la Genomas microbianos integrado (IMG) navegador, y el sistema de software GBrowse. Igualmente se aborda en WebGBrowse, JBrowse, la Visor de Genómica Integrativa (IGV), la ARGO Genome Browser, la Genoma del navegador integrado (IGB)Manada, y el Circular del Genoma Visor, o CGView.

Nuestro La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica es gratuita y accesible sin necesidad de registro. Se incluye un recorrido por los recursos ejemplo, organizados por categorías tales como Algoritmos y herramientas de análisis, recursos de la expresión, genoma navegadores (ambos Eucariotas y Procariotas / Microbial) , La literatura y el texto los recursos mineros, y recursos enfocados en nucleótidos, proteínas, vías, la enfermedad y la variación. Esta discusión principal se llevará a una discusión sobre cómo encontrar los recursos con el libre OpenHelix Recursos Búsqueda en el portal, seguida de aprender a utilizar los recursos con tutoriales OpenHelix, y una discusión de nuevos métodos de aprendizaje sobre los recursos.

Enlaces rápidos:

OpenHelix introductoria UniProt tutorial conjunto: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix general a la habitación tutorial Genoma navegadores: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

OpenHelix Free Tour Mundial de la suite de Genómica tutorial Recursos: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Vídeo Consejo de la semana: Grandes cambios al genoma NCBI Recursos


NCBI fue creado en 1988 y ha mantenido la GenBank base de datos para los años. También ofrecen muchos recursos computacionales y sistemas de recuperación de datos para muchos tipos de datos biológicos. Como tales, saben muy bien lo rápido que los datos que recogen los biólogos se ha modificado y ampliado. Como los usos de distintos tipos de datos se han desarrollado, se ha hecho evidente que los nuevos tipos de información (como los metadatos ampliado) deben ser recogidos, y nuevas formas de manejo de datos son necesarios.

NCBI se ha ido adaptando a las necesidades de estos a lo largo de los años y recientemente se ha ido adaptando sus recursos genoma. Punta de hoy se basa en algunos de esos cambios. Mi video se centrará en la “Genoma completamente rediseñado sitio”, que se extendió recientemente y publicada en el más reciente boletín NCBI. No he encontrado una publicación que describe los cambios, pero el boletín entra en algunos detalles y la El anuncio en la parte superior de la página del Genoma (& que señalo en el video) Tiene detalles muy útiles acerca de los cambios.

Como se verá en el anuncio, la Genoma de los recursos no es el único recurso que tienen relación con cambios que ha experimentado recientemente, incluyendo el rediseño de los recursos del Proyecto del Genoma en la BioProject de recursos y la creación de la Muestra biológica de recursos. No voy a tener tiempo para entrar en detalles sobre los dos recursos, pero al final de mi post que unirá a dos recientes publicaciones Revista que salió en Nucleic Acids Research este mes – estos son un buen recurso para leer más información sobre BioProject, Muestra biológica, y en la Revista como un todo. Para una perspectiva histórica que también enlazan con la referencia del genoma original de, que es en Bioinformática y en la actualidad libre acceso.

Algunos de los cambios son muy interesantes, incluyendo la “Registros individuales del genoma representan en la actualidad un organismo y no aislar el genoma de uno.” El NCBI boletín afirma que “Las mejoras más importantes son una organización más natural a nivel del organismo de procariotas, eucariotas, y genomas virales. Los informes incluyen información sobre la disponibilidad de los genomas nuclear primaria o procariotas, así como los organelos y plásmidos. ” También hay una nota que “Debido a la reorganización de un sistema de clasificación natural, mayores identificadores de genoma ya no son válidas. Normalmente, estos identificadores genoma no fueron expuestos en el sistema anterior y se utiliza principalmente para el acceso programático. ” Eso me hace preguntarme qué cambios que esto mandato de otros recursos del NCBI, así como los recursos externos. No he visto ningún anuncio de que aún, así que voy a tener que permanecer atentos & comprobar a menudo en torno a.

Disfrute de la punta & vamos a, o NCBI, saber lo que piensa de los cambios! :)

Enlaces rápidos:

Revista Página de Inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genoma de Recursos Página de inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Página de recursos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referencias:

Histórico Entrez Genoma de referencia: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Genomas completos en la WWW Entrez: de representación de datos y análisis Bioinformática, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., GevorgyanGorelenkov, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject muestra biológica y bases de datos en el NCBI: captura de la facilitación y organización de los metadatos Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feolo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Enloquecer, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Molinero, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Jerez, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., B.ng, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Os, J. (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

OH Newsletter

OpenHelix ha tenido un boletín de noticias de los últimos dos años. Lo enviamos a los suscriptores y otros interesados. Es un poco de un secreto a voces :). Bueno, En (Trey) se hizo cargo de poner juntos este año y estoy en el medio de hacer nuestra más reciente, Yo pensé que lo mencionan en el blog.

El boletín sale 3-4 veces al año. Destacamos algunos de nuestros consejos más populares o interesantes de la semana, escribir un breve artículo y los suscriptores de actualización sobre los nuevos tutoriales que hemos añadido o los recientemente actualizados. Los lectores habituales de este blog es probable que ya se han conseguido ya gran parte de este si continúan en la punta o del OH en la columna de la derecha, pero podría ser una buena manera para recordar algunos de nuestros consejos, o para obtener en un solo lugar todos los tutoriales que hemos actualizados o añadidos en el pasado 3-4 mes.

Aquí te puedes apuntar y se puede ver los últimos boletines de noticias o en el pasado aquí. Uno nuevo es que sale en un par de semanas!

La Universidad de Washington suscrita a Portal de Formación OpenHelix

Los investigadores, facultad, estudiantes y personal de la Universidad de Washington ahora de manera eficiente y efectiva a aprender a utilizar los recursos de la bioinformática y la genómica con el catálogo de la amplia gama de tutorial OpenHelix.

Bellevue, WA (AmbosMedios) De abril 26, 2010 — Bernard Becker Biblioteca Médica en la Universidad de Washington Escuela de Medicina ha comprado una suscripción a OpenHelix (www.openhelix.com) dando la facultad, los estudiantes y el acceso del personal a más de 90 suites de tutorías en la bioinformática y recursos genómicos.

Con tutoriales OpenHelix, Becker ofrece la Biblioteca de la Universidad de Washington comunidad de una manera rápida y efectiva de aprender sobre el genoma más potentes y populares y bases de datos bioinformáticas y los recursos. Estos tutoriales cubren muchos tipos de recursos como bases de datos de proteínas, herramientas de análisis de bioinformática, bases de datos de organismo modelo, SNP bases de datos, genómica comparativa, la vía de los recursos y la interacción y mucho más. "Estamos encantados de que somos capaces de proporcionar un conjunto fantástico de los recursos a nuestra comunidad de investigación,", Dijo Kristi Holmes, Doctorado en el campo de la bioinformática Becker Biblioteca Médica. "Estos tutoriales son el complemento perfecto para los servicios de instrucción y de consulta que ofrece nuestro programa de Bioinformática @ Becker."

Estos tutoriales son el complemento perfecto para los servicios de instrucción y de consulta que ofrece nuestro programa de Bioinformática @ Becker

Los tutoriales en línea narrados, que funcionan en casi cualquier navegador, se puede ver de principio a fin o navegado utilizando los capítulos y hacia adelante y hacia atrás deslizadores. Los aproximadamente 60 tutoriales minuto destacar y explicar las características y funciones necesarias para empezar a utilizar los recursos de manera eficaz. El tutorial puede ser utilizado por los nuevos usuarios para introducirlos a un recurso, o por los usuarios anteriores para ver las nuevas características y funcionalidades, o simplemente como una herramienta de referencia para entender las características específicas.

Además de la guía de aprendizaje, Los usuarios también tienen acceso a materiales de formación útiles, incluyendo las animadas diapositivas de PowerPoint que sirvan de base para el tutorial, guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y ejercicios. Esto puede ahorrar una enorme cantidad de tiempo y esfuerzo para los maestros y profesores la creación de las aulas.

"Es difícil, y ciertamente un coste prohibitivo, para las bibliotecas universitarias para crear y proporcionar formación sobre los muchos recursos críticos disponibles genómica,", Dijo Scott Torno, Director Ejecutivo de OpenHelix. "Con una suscripción OpenHelix, La Universidad de Washington proporciona una solución eficiente y eficaz la formación de sus investigadores. "

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona una búsqueda de la bioinformática y la genómica y portal de formación, dando a los investigadores un lugar para encontrar y aprender a utilizar los recursos y bases de datos en la web. El portal de búsqueda OpenHelix busca en cientos de recursos, suites tutorial y otros materiales para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, presupuesto y el personal de recursos mediante el aprovechamiento de una suscripción a casi 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

Subiendo, Invitado Mensajes

Saludos! Blog OpenHelix está poniendo en práctica una nueva característica de semi-semanal. Todos los miércoles tenemos “Consejo del la Semana,” los jueves tenemos “¿Cuál es tu problema,” y ahora en un martes vez en cuando vamos a tener nuestro “Proveedor Invitado Mensaje.” Estos serán los mensajes de los proveedores de herramientas de la genómica y la base de datos y será opiniones, las actualizaciones y las próximas funciones de los recursos, cualquiera que sea el proveedor del recurso gustaría transmitir a los usuarios. Tenemos varios en fila para las próximas semanas, así que sigue visitando de nuevo.

Además, si usted es un desarrollador o proveedor de una libre, genómica a disposición del público o de recursos biológicos, base de datos o el análisis de la herramienta y desea publicar en nuestra función de invitado, ya sea una introducción a la herramienta, actualizaciones o las próximas funciones, o incluso una opinión sobre el estado actual de la investigación genómica y los datos, por favor escríbanos a wlathe openhelix EN PUNTO com. Nos encantaría que lo pongan en la cola para el puesto siguiente invitado.

Nuestro primer puesto de invitado el próximo martes será a partir de Inna Dubchak , investigador principal en el grupo de LBNL / JGI, los desarrolladores de la VISTA la genómica comparativa de los recursos (que patrocina un tutorial, la libertad de los usuarios). Va a hablar de algunas herramientas nuevas en VISTA y le dará una vista previa de algunas de las características futuras nuevas.

Consejo del la Semana: Compartir su proceso de análisis

galaxyworkflow_thHemos presentó Galaxia (http://www.usegalaxy.org) antes en el Consejo de la sección de la Semana, he enseñado una cosa útil usted podría hacer con ella, y ahora también tenemos una tutorial gratis y materiales de capacitación que se introducen con el uso básico de la herramienta. En la punta de hoy en día de la semana, Voy a mostrar los flujos de trabajo. Los flujos de trabajo estaba en versión beta hasta hace poco, por lo que no está en la primera versión de nuestro tutorial (aunque será en la segunda). Es una gran característica, así que quería que introducir aquí. Los flujos de trabajo le permite establecer un proceso automatizado que toma los datos a través de una serie preestablecida de etapas de manipulación y análisis. Esto puede ser muy útil si hay un proceso que está haciendo mucho y no quiero tener que hacer cada paso cada vez que, o si se crea un proceso de análisis que le gustaría compartir con un colega. (y me gustaría señalar que el Galaxy tiene una buen número de otros screencasts cortos de las tareas es posible que desee comprobar hacia fuera después de hacer el tutorial )

¿Cuál es tu problema? Abrir un mensaje

Bienvenido a la de su "¿Cuál es el problema?" (PUJ) hilo abierto. El propósito de esta entrada es para permitir a la comunidad pedirq_mark2.jpg preguntas sobre el uso de los recursos de la genómica. Piense en nosotros como un servicio de asistencia virtual de. Si usted tiene alguna pregunta acerca de cómo acceder a un determinado tipo de datos, o cómo utilizar una base de datos, o qué tipo de recursos que hay para su problema particular de la investigación, pregunte en los comentarios. Personal OpenHelix se vigilan los hilos de comentarios y responder a estas preguntas a lo mejor de nuestro conocimiento. Además, Animamos a los lectores a responder a las preguntas en los comentarios también. Si sabes la respuesta a la pregunta de otro lector, por favor, timbre en! El "PUJ" hilo se publicarán todos los jueves y permanecerá en la parte superior del blog para 24 hours.You puede mantenerse al día con este tema, recordando de comprobar de nuevo, por suscribirse a los comentarios RSS feed para este post PUJ o mediante la suscripción de una notificación por email de nuevos comentarios en el puesto (uso de casilla al final de la hoja de comentarios, puede darse de baja después). Si usted desea ser notificado de los mensajes PUJ futuro (todos los jueves), puede suscribirse a la Orbita de alimentación.

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{Voy a cerrar los comentarios aquí desde un hilo de dulce es de hasta–María}