Tag Archives: Genomik Ressourcen

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Video Tipp der Woche: Big Änderungen NCBI Genome Ressourcen


NCBI wurde in erstellt 1988 und hat die gepflegt GenBank Datenbank für die Jahre. Sie bieten auch viele Rechenressourcen und Daten-Retrieval-Systeme für viele Arten von biologischen Daten. Als solche sind sie wissen nur zu gut, wie schnell die Daten, die Biologen sammeln hat sich verändert und erweitert. Als Einsatzmöglichkeiten für verschiedene Datentypen sind entwickelt worden,, ist deutlich geworden, dass neue Arten von Informationen (wie erweiterte Metadaten) müssen gesammelt werden, und neue Wege im Umgang mit Daten erforderlich.

NCBI hat auf diese Bedürfnisse wurden Anpassung im Laufe der Jahre und vor kurzem wurde die Anpassung seines Genoms Ressourcen. Der heutige Tipp wird auf einige dieser Veränderungen beruhen. Mein Video wird auf den Schwerpunkt “komplett überarbeitet Genome site”, das erst kürzlich ausgerollt und kündigte in der jüngsten NCBI Newsletter. Ich habe nicht eine Publikation beschreibt die Veränderungen gefunden, aber der Newsletter geht in einigen Details und die Ankündigung auf der Oberseite des Genome Seite gefunden (& dass ich darauf hinweisen, in dem video) hat eine sehr hilfreiche Details über die Änderungen.

Wie Sie in der Ankündigung siehe, der Genome Ressource ist nicht der einzige Zusammenhang Ressource erlebt die letzten Änderungen haben, einschließlich der Neugestaltung der Genome Project-Ressource in der BioProject Ressourcen und die Schaffung des BioSample Ressource. Ich werde keine Zeit haben, um ins Detail über diese beiden Ressourcen gehen, aber am Ende meines Posts werde ich zwei neuere NCBI Publikationen, die in Nucleic Acids Research kam in diesem Monat verlinken – das sind gute Quellen für weitere Informationen über BioProject lesen, BioSample, und auf der NCBI als Ganzes. Für eine historische Perspektive, die ich auch auf die ursprüngliche Genome Referenz Link, die in der Bioinformatik und derzeit frei zugänglich.

Einige der Änderungen sind sehr interessant, einschließlich “Einzel-Genom Aufzeichnungen stellen nun einen Organismus und nicht ein Genom für ein Isolat.” Die NCBI Newsletter besagt, dass “Wesentliche Verbesserungen sind eine natürliche Organisation auf der Ebene des Organismus für prokaryotische, eukaryotischen, und viralen Genomen. Die Berichte enthalten Informationen über die Verfügbarkeit von Nuklear-oder prokaryotischen primäre Genome sowie Organellen und Plasmide. ” Es gibt auch einen Hinweis, dass “Aufgrund der Reorganisation zu einer natürlichen Klassifikation, älteren Genom Kennungen sind nicht mehr gültig. Typischerweise sind diese Genom-IDs wurden nicht in das bisherige System ausgesetzt und wurden hauptsächlich für den programmgesteuerten Zugriff verwendet. ” Das macht mich fragen, was ändert dies an andere NCBI Ressourcen Mandat, sowie externer Ressourcen. Ich habe keine Ankündigungen diesbezüglich noch nicht gesehen, also werde ich nur noch stay tuned & Check rund um häufig.

Genießen Sie die Spitze & lassen Sie uns, oder NCBI, wissen, was Sie von deren Veränderungen denken! :)

Quick Links:

NCBI Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genome Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referenzen:

Historische Referenz Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Komplette Genome in WWW Entrez: Darstellung der Daten und Analysen Bioinformatik, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feola, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lesen, Z., Madden, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suworow, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Ihr, J. (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

OH Newsletter

OpenHelix hat einen Newsletter für die letzten paar Jahre waren. Wir senden es an Abonnenten und andere Interessierte. Es ist ein bisschen ein offenes Geheimnis, :). Nun, In (Trey) übernahm setzen sie zusammen in diesem Jahr und bin in der Mitte tun unser spätestens einen, Ich dachte, ich würde es auf dem Blog erwähnt.

Der Newsletter erscheint 3-4 Mal im Jahr. Wir zeigen ein paar unserer immer beliebter oder interessante Tipps der Woche, schreiben einen kurzen Artikel und aktualisieren Abonnenten über die neue Tutorials haben wir hinzugefügt oder kürzlich aktualisierte diejenigen. Regelmäßige Leser dieses Blogs werden wahrscheinlich bereits schon viel von diesem bekommen, wenn sie sich zu halten an den Spitzen oder die OH auf der rechten Spalte, aber es könnte ein guter Weg, um sich über einige unserer Tipps zu erinnern, oder an einem Ort bekommen alle Tutorials haben wir aktualisiert oder haben in der Vergangenheit aufgenommen 3-4 Monat.

Sie können sich hier eintragen und Sie können Anzeigen der letzten oder in der Vergangenheit Newsletter hier. Ein neues kommt in ein paar Wochen!

Washington University Abonniert OpenHelix Training Portal

Die Forscher, Fakultät, Studenten und Mitarbeiter an der Washington University können nun effizient und effektiv zu lernen, Bioinformatik und Genomik Ressourcen mit dem umfangreichen Tutorial-Suite-Katalog von OpenHelix verwenden.

Bellevue, WA (PRWEB) April 26, 2010 — Bernard Becker Medical Library an der Washington University School of Medicine erworben hat, ein Abonnement für OpenHelix (www.openhelix.com) geben Fakultät, Studenten und Mitarbeiter Zugang zu mehr als 90 Tutorial Suiten auf Bioinformatik und Genressourcen.

Mit OpenHelix Tutorials, Becker-Bibliothek bietet die Washington University Gemeinde eine schnelle und effektive Weg, um über die mächtigsten und beliebtesten Genomik und Bioinformatik-Datenbanken und Ressourcen lernen. Diese Tutorials umfassen viele Arten von Ressourcen, einschließlich Protein-Datenbanken, Bioinformatik-Analyse-Tools, Modell-Organismus Datenbanken, SNP-Datenbanken, vergleichende Genomik, Weg und Interaktion Ressourcen und vieles mehr. "Wir freuen uns, dass wir in der Lage, solch eine fantastische Sammlung von Ressourcen, um unsere Forschung geben werden,", Sagte Kristi Holmes, PhD bioinformaticist bei Becker Medical Library. "Diese Tutorials sind die perfekte Ergänzung zu den Unterricht und Beratung durch unsere Bioinformatik @ Becker-Programm angeboten."

Diese Tutorials sind die perfekte Ergänzung zu den Unterricht und Beratung durch unsere Bioinformatik @ Becker-Programm angeboten

Die Online berichtet, Tutorials, die laufen in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler. Die rund 60 Minuten-Tutorials zu markieren, und erläutern die Features und Funktionen benötigt, um zu starten mit dem Ressourcen effektiv. Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie auf eine Ressource einführen, oder durch vorherige Nutzern angezeigt werden neue Features und Funktionen, oder einfach nur als Nachschlagewerk zu verstehen Besonderheiten.

Zusätzlich zu den Tutorials, Nutzer haben außerdem Zugriff auf nützliche Lehrmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies kann eine enorme Menge an Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren zu schaffen Klassenzimmer Inhalt speichern.

"Es ist schwierig, und sicherlich kostspielig, für Universitätsbibliotheken zu erstellen und bieten Schulungen zu den vielen kritischen genomische Ressourcen zur Verfügung,", Sagte Scott Drehmaschine, Chief Executive Officer von OpenHelix. "Mit einer OpenHelix Abo, Washington University bietet ein effizientes und effektives Training für ihre Forscher. "

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Coming up, Gast Beiträge

Gruß! OpenHelix Blog ist die Einführung eines neuen semi-Wochen-Funktion. Jeden Mittwoch haben wir unsere “Tipp der Woche,” Donnerstags haben wir unsere “What's Your Problem,” und jetzt gelegentlich dienstags werden wir unsere haben “Provider Gast Beitrag.” Diese werden Beiträge der Anbieter von Genomik-Tools und Datenbank werden und Meinungen werden, Updates und kommenden Features der Ressource, was auch immer der Anbieter der Ressource möchte Nutzern zu vermitteln. Wir haben einige für den kommenden Wochen gefüttert, so Keep smiling!.

Zusätzlich, Wenn Sie ein Entwickler oder Anbieter eines kostenlosen, öffentlich zugänglich Genomik oder biologische Ressourcen, Datenbank-oder Analyse-Tool und möchten in unseren Gast-Funktion nach, sei es eine Einführung in das Werkzeug, Updates oder kommenden Features oder gar eine Meinung über den aktuellen Stand der Genomforschung und Daten, schreiben Sie uns bitte an wlathe AT openhelix DOT com. Wir würden uns freuen, Sie in die Warteschlange gestellt für den nächsten Gast Beitrag.

Unser erster Gast-Beitrag am kommenden Dienstag wird aus sein Inna Dubchak , Principal Investigator an der LBNL / JGI Gruppe, Entwickler der VISTA vergleichende Genomik Ressource (die Sponsoren ein Tutorial, kostenlos für die Nutzer). Sie wird zu diskutieren einige neue Tools auf VISTA und geben Ihnen eine schnelle Vorschau auf einige neue kommenden Features.

Tipp der Woche: So teilen Sie Ihren Analyseprozess

galaxyworkflow_thWir haben eingeführt Galaxy (http://www.usegalaxy.org) zuvor in der Tipp der Woche Abschnitt, haben Ihnen gezeigt, eine Sache nützlich Sie könnte damit zu tun, und jetzt haben wir auch eine kostenlose Nachhilfestunde und Schulungsmaterialien, die eine Einführung in die grundlegende Nutzung des Werkzeugs. In der heutigen Tipp der Woche, Ich werde Ihnen zeigen, Workflows. Workflows war in der Beta bis vor kurzem, es ist also nicht in der ersten Version unserer Tutorial (obwohl es in der zweiten werden). Es ist ein großartiges Feature, so wollte ich es hier vorstellen. Workflows können Sie die Einrichtung eines automatisierten Verfahrens, dass Ihre Daten erfolgt über eine voreingestellte Reihe von Manipulation und Analyse-Schritte. Dies kann sehr nützlich sein, wenn es ist ein Prozess, machst du eine Menge, und Sie wollen nicht zu tun haben, jeden Schritt jedes Mal, oder wenn Sie ein Analyse-Prozess erstellen Sie möchten mit einem Kollegen teilen. (und ich möchte darauf hinweisen, dass Galaxy a hat ganze Reihe von anderen kurzen Screencasts von Aufgaben, die Sie vielleicht prüfen wollen, nachdem ich das Tutorial )

Was ist dein Problem? Offene Themen

Willkommen auf der "What's Your Problem?" (WYP) Open Thread. Der Zweck dieses Eintrags ist für die Gemeinschaft zu ermöglichen fragenq_mark2.jpg Fragen über den Einsatz der Genomik Ressourcen. Betrachten Sie uns als einen virtuellen Helpdesk. Haben Sie eine Frage zu, wie eine bestimmte Art des Datenzugriffs, oder wie man eine Datenbank verwenden, oder welche Art von Ressourcen gibt es für Ihr spezielles Problem der Forschung, nur in den Kommentaren fragen. OpenHelix Mitarbeiter Uhr auf dem Kommentar Fäden halten und diese Fragen beantworten, die nach unserem besten Wissen. Zusätzlich, Wir empfehlen unseren Lesern zu Fragen in den Kommentaren zu beantworten. Wenn Sie wissen die Antwort auf einen anderen Leser die Frage, Bitte Glockenspiel! Die "WYP" Thread wird jeden Donnerstag veröffentlicht werden und bleiben an der Spitze des Blogs für 24 hours.You mithalten kann mit diesen Thread durch die Erinnerung an ein zu prüfen,, durch Abonnieren des RSS Kommentare zu diesem WYP Post-Feed oder abonnieren Sie per E-Mail über neue Kommentare zum Post benachrichtigt werden (Verwendung Kontrollkästchen am Ende des Kommentarformulars, Sie können später abbestellen). Wenn Sie der Zukunft WYP Beiträge benachrichtigt werden (jeden Donnerstag), Sie können den Podcast WYP Feed.

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{Ich bin Schließung Kommentare hier seit einem frischen Thread ist bis–Mary}