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생물 정보학 도구 전형적인 포유 동물 게놈 프로젝트로부터 추출 [보충]

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금주의 팁: 쌍둥이 자리, 유전 변이의 탐구

당신 튜브:

주 이번주의 팁에 대한 약어입니다 쌍둥이 자리에있다 “게놈 마이닝.” 대부분의 팁과는 달리 우리가 매주 제공, 이 하나의 소프트웨어 패키지입니다. 하지만, 그런 dbSNP와 같은 많은 인터넷 데이터베이스를 사용하여 통합됩니까됩니다, 인코딩, UCSC, ClinVar 및 KEGG. 또한 자유롭게 사용할 수의, 오픈 소스 도구와 연구자에게 유전자형에 따라 매우 복잡한 쿼리를 만들 수있는 기능을 제공 매우 유용한 소프트웨어 패키지, 상속 패턴, 등등. 위의 12 분 클립 도구 뒤에 과학의 도입을 제공하는 회의에서 주어진 이야기입니다.

에서 추상적 인 개발자의 최근 논문 도구의 기능에 관한 좋은 소개를 제공:

현대 DNA 시퀀싱 기술은 유전이 빠르게 많은 인간 게놈 사이의 유전 변이를 식별 할 수. 그러나, 변형 기저 질환의 소수 민족을 분리하는 것은 여전히​​ 중요, 의학 유전학 아직 강력한 도전. 우리는 GEMINI을 개발했습니다 (게놈 마이닝), 인간의 유전 변이의 모든 형태의 탐험을위한 유연한 소프트웨어 패키지. 기존 도구와는 달리, GEMINI 게놈 주석의 다양하고 융통성있는 세트로 유전 적 변이를 통합 (g, dbSNP, 인코딩, UCSC, ClinVar, KEGG) 통합 데이터베이스로 해석하고 데이터 탐색을 용이하게하기. 다른 방법은 유연성이 변형 필터 설정하거나 우선 순위 방법을 제공하는 반면, GEMINI 연구자들은 샘플 유전자형에 따라 복잡한 쿼리를 구성 할 수 있습니다, 상속 패턴, 두 사전 설치 및 사용자 정의 게놈 주석. GEMINI는 임시 쿼리 및 데이터 탐색하는 방법을 제공합니다, 기본으로되는 데이타베이스를 활용하여 사용자 지정 분석을위한 간단한 프로그래밍 인터페이스, 및 명령 줄 및 일반적인 분석을위한 그래픽 도구를 모두. 우리는 개인의 게놈 및 가족 기반의 유전자 연구에 변화를 탐험 GEMINI의 유틸리티를 보여, 인간의 샘플의 수천을 포함하는 연구로 확장 할 수있는 능력을 보여줍니다. GEMINI은 재현성과 유연성을 위해 설계되었으며, 우리의 목표는 의학 유전체학을위한 표준 프레임 워크 연구자를 제공하는 것입니다.

당신은 자세한 내용을하려는 경우, 꽤가 여기에 소프트웨어 패키지의 좋은 문서.

내가있을 때, 그리고 그것은 인간 게놈의 제외하고 완전히 무관, 이있다 '현재의 slideshare 발표’ 개인 게놈 상태. slideshare가에서 실제로이기 때문에 현재는 따옴표에 3 년 전, 하지만 거기에 좋은 정보가 많이 있습니다. 사람이 유사한 개인 게놈 과학의 현재 상태에 대한보다 최신 슬라이드 세트 나 광범위한 소개를 알고?

 

관계있는 링크:

GEMINI 소프트웨어 패키지
dbSNP
인코딩
UCSC 게놈 브라우저
ClinVar
KEGG

(튜토리얼은 위의 굵은 글씨로 이러한 도구는 아래 링크됩니다)

관련 참조:

Paila U, 채프먼 BA, 키르히너 R, & 퀸란 AR (2013). GEMINI: 유전 변이 및 게놈 주석의 통합 탐사. PLoS의 전산 생물학, 9 (7) PMID: 23874191

주의 비디오 도움말: NCBI의 게놈 자원에 큰 변화


NCBI 에서 만들어진 1988 와를 유지하고 있습니다 GenBank 년간 데이터베이스. 또한 생물 학적 데이터의 여러 유형에 대한 다양한 전산 자원 및 데이터 검색 시스템을 제공합니다. 생물학이 수집하는 데이터가 변경 및 확장이 얼마나 빨리 같은 그들은 모두 너무 잘 알고. 다양한 데이터 유형에 대한 사용은 개발되었습니다대로, 그것은 분명한되고있다 정보 새로운 유형의 (이러한 확장 메타 데이터로) 수집해야, 및 처리 데이터의 새로운 방법이 필요합니다.

NCBI는 수년에 걸쳐 이러한 요구에 적응되었으며, 최근 게놈 자원을 적응되었습니다. 오늘의 팁은 이러한 변화의 일부를 기반으로합니다. 내 동영상에 초점을 맞출 것이다 “완전히 새로 디자인된 게놈 사이트”, 최근에 밖으로 압연 및 발표되었던 가장 최근의 NCBI 뉴스 레터. 나는 변화를 설명하는 간행물을 찾지 못한, 하지만 뉴스 레터 몇 가지 세부로갑니다 게놈 사이트의 상단에서 찾을 발표 (& 나는 비디오에서 연결되는) 변경 사항에 대한 세부 사항을 매우 도움이되었습니다.

당신은 이번 발표에서 볼 수 마찬가지로, the 게놈 자원 최근에받은 변경 사항이 유일한 관련 리소스 없습니다, 에 게놈 프로젝트 리소스의 재설계를 포함하여 BioProject 리소스와 창조 BioSample 리소스. 나는 그 두 리소스에 대한 세부 사항에 갈 시간이되지 않습니다하지만 내 게시물의 끝에 저는 이번 달에 핵산 연구에서 온 두 대의 최근 NCBI 출판물로 연결됩니다 – 이들은 BioProject에 대한 자세한 내용은 읽기 좋은 리소스입니다, BioSample, 그리고 전반적으로 NCBI에. 역사적인 관점에 대한 또 원래 게놈 참조에 대한 링크, 이는 액세스 현재 무료로 생물 정보학에 있으며.

변경 사항 중 일부는 매우 흥미 롭, 그것을 포함 “단일 게놈 기록 지금은 유기체를 나타내는 하나를 위해 게놈이 분리.” NCBI 뉴스 레터 의하면 “주요 개선 prokaryotic에 대한 유기체의 수준에서 더 자연스러운 조직을 포함, 진핵세포, 그리고 바이러스 genomes. 보고서는 핵 무 기나 prokaryotic 기본 genomes의 가용성에 대한 정보뿐만 아니라 organelles과 plasmids 포함. ” 메모도있다는 걸 “때문에 자연 분류 시스템 개편의, 이전 게놈 식별자가 더 이상 유효하지 않습니다. 일반적으로 이러한 게놈 식별자는 이전 시스템에 노출되지 않은 및 프로그래밍 방식의 액세스에 대한 주로 사용되었다. ” 그래서 내가이 다른 NCBI의 리소스에 위임합니다 변경하는지 궁금합니다, 뿐만 아니라 외부 리소스. 내가 아직에 대한 공지 사항을 보지 못했어요, 그래서 그냥 계속 지켜봐야만 & 자주 주위를 확인.

즐겨 팁 & 우리를 보자, 또는 NCBI, 당신이 그들의 변화를 생각하는지 알아요! :)

빠른 연결:

NCBI 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez 게놈 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

참고 문헌:

역사 참조 Entrez 게놈: Tatusova, 토니, Karsch - Mizrachi, 나, & Ostell, Kokocinski. (1999). WWW Entrez에 완료 genomes: 데이터 표현 및 분석 생물 정보학, 15 (7), 536-543 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

바렛, 토니, 클락, 사장님, GevorgyanGorelenkov, 기철, Gorelenkov, 브이, Gribov, 이봐요, E., Karsch - Mizrachi, 나, Kimelman, 엠, 프륏, 사장님, Resenchu​​k, 미국, Tatusova, 토니, Yaschenko, 이봐요, E., & Ostell, Kokocinski. (2011). NCBI에서 BioProject 및 BioSample 데이터베이스: 촉진 캡처 및 메타 데이터의 조직 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1163

세이어, 이봐요, E., 바렛, 토니, 벤슨, 디, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, 미국, Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, 디, DiCuccio, 엠, Federhen, 미국, Feolo, 엠, Fingerman, 나, 기어, 실은, Helmberg, 더블유, Kapustin, Y를, Krasnov, 미국, 촌뜨기, 디, Lipman, 디, 루, 조디악, 미치게하다, 토니, Madej, 토니, Maglott, 디, Marchler - 바우, 대답 :, 제분업자, 브이, Karsch - Mizrachi, 나, Ostell, 제이, Panchenko, 대답 :, 판티엣, 실은, 프륏, 사장님, 슐러, 샷, Sequeira, 이봐요, E., 셰리주, 미국, 셤웨이, 엠, Sirotkin, 사장님, Slotta, 디, Souvorov, 대답 :, Starchenko, 샷, Tatusova, 토니, 와그너, 실은, 왕, Y를, 윌버, 더블유, Yaschenko, 이봐요, E., & 예, Kokocinski. (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

금주의 팁: 잡아 (비교 genomes) revisited

난 해냈어 CoGe의 도구를 팁을, GeVo 2 년 전에 우리는 a를 했어 에릭 리용에서 CoGe에 대한 손님 포스트, 의 리드 개발자 잡아 그냥여 년 전. 도움말 신선한 유지하기위한 지속 및 비정기 탐구에 (그들로 이동 SciVee), 나는 CoGe 및 도구 중 하나를 다시 방문하기로 결정했습니다. 우리가 마지막으로 방문한 이후 CoGe 조금 변경되었습니다 (의 일부를 참조하십시오 여기서 변경). 새로운 인터페이스가 있습니다, 더 많은 문서와 더 많은 튜토리얼, 몇몇 새로운 도구와 interconnections과 많은 genomes. 나는 SynMap에 대한 간략한 소개를주기 위하여려고하고 게놈 재 배열 분석을 수행하기 위해 그것을 사용하는거야 (의 주제 텍스트 튜토리얼 현장에서).ResearchBlogging.org

예제에서 선택한 알고리즘은 최근 논문의 대상이되는 할당량 정렬됩니다, “정수 프로그래밍을 통해 pairwise 게놈 comparisions의 synteny 블록을 검사” BMC 생물 정보학의. 종이 결론 상태로:

지정한 사용자와 두 genomes 사이 ploidy 관계를 이러한 호환을 유지하기 위해 알고리즘 화면에게 synteny 블록의 집합을 정렬 - 할당량. 이러한 블록, 차례로, 이러한 이종 간의 비교에서 진정한 orthologous 지역을 식별하는 추가로 스트림 분석에 사용할 수 있습니다.

그리고 언급했듯이, 그리고 당신은이 제보를 볼 수, “QUOTA-ALIGN 프로그램은 SynMap의 주요 구성 요소로 통합되어 http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, 비 - 프로그래머를위한 genomes 수천 쉽게 액세스를 제공합니다.
꽝하고 울리게하다, 반장님, 리용, 이봐요, E., 페더슨, B를, Schnable, 제이, 패터슨, 대답 :, & 프릴링, M. (2011). 정수 프로그래밍을 통해 pairwise 게놈 비교에서 synteny 블록을 검사 BMC는 생물 정보학, 12 (1) 간접 자원부: 10.1186/1471-2105-12-102

모든 데이터베이스가, 심지어 uber - operons

나는 주변에 놀고 있었는데 Google 학술 검색의 새로운 인용 기능 그게 날 쉽게 한 장소에 서류를 수집 금지 (꽤 잘 작동, 부가 가치세, 몇 가지 결함을 저장, 아래 참조) 제가 발견했을 때부터 내 논문을 놓친 2000: “operons보다 높은 순서의 유전자 컨텍스트 보존.” 추상:

Operons, 유전자의 공동 베꼈는데 및 공동 규제 연속 세트, 좋지 진화 시간 짧은 기간 동안 보존 아르. 유전자 순서, 유전자 내용과 operons의 규제 메커니즘은 매우 다를 수 있습니다, 도 밀접한 관련이 종에. 여기에, 우리가 그 제안 증거 여러 라인을 제시, 여러 종의 genomes을 비교하면 오스 오 페론과 그 개인의 유전자 및 규제 구조 뜯어 있지만, 이 다시 정리하기는 보수 과정. 게놈 rearrangements는 결국에 매우 구체적인 기능 및 규제 상황에서 개별 유전자를 유지. 우리는이 보존되어 문맥 uber 오스 오 페론 전화.

uber - 오스 오 페론. 그건 내 PI의 제안 임기되었습니다. 생활 당시 독일에서 근무, 나는 장난 이겠지 생각 했었는데. 어쨌든, 정말 종이 훨씬 결과 여부를 분실 추적의 연구와 종류의 다른 종이 정도 이상으로 확대 적이. I는 '위버 - 오페론 입력’ Google에서 오늘과 그것이 몇 번 언급되어 있다고 발견 (88) 및, 이 재밌는 걸 발견: 지어진 몇 가지 데이터베이스를이되었습니다 “uber - operons.”

중국 연구 그룹을 만들어 Uber 오스 오 페론 데이터베이스. 신문은 재밌, 하지만 불행히도 서버가 다운 (이것은 일시적 또는 영구 여부, 나도 몰라), the ODB (오스 오 페론 데이터베이스) uber - operons를 사용 (그들은 참조 operons를 호출하는) 데이터베이스에 오페론을 예측하기 , Nebulon 또 다른입니다, 휴고 또 다른입니다. 을 읽고 광고계산 방법에 hapter uber - operons을 예측하는 :)

그냥 보여갑니다, 모든 데이터베이스가.

오, 다시 Google 학술 검색 인용하기. 내가 발행하신 거의 모든 종이를 찾았어요, 그것은 두보고 싶었지만 (위에도 포함) 두 잘못된 반응을했다. 또한, 많은 인용이 누락되었습니다 (같은 88 이 문서에 대한, 다른 신문에서 및 다른 많은). 그것이 유용하지의 말씀 아니에요, 정말 좋은 도구를 찾을 수 있지만 그것은 완벽 하진. 당신은 F 수여기에 Google 학술 검색 인용에 대해 더 많은 공업, 약 여기에 마이크로 소프트의 이와 유사한 기능.

오, 이 게시물에 나를 넣어 않습니다 명예의 HumbleBrag 홀? 트위터용으로 예약되어 있다고한다면, 아마 제가 트위터해야보다 너무 거기 얻을 수 :). (확신을 기반으로 비교적 적은 데이터베이스를 지적 아니에요하지만 비교적 작은 종이 자랑을 구성, 겸손 여부 LOL).

금주의 팁: SNPTips 및 개인 게놈 데이터를 볼 수

일주일 오늘날의 조언에 SNPTips. 우리는 있었 손님 포스트 이 이전에. 우리는 일반적으로 데이터베이스와 분석 도구에 대한 도움말을, 하지만 이후 우리의 23andme 데이터를지고, 우리가 자주 SNPTips를 사용하고있어 우리의 독자의 일부로 사용 될 줄 알았는데. SNPTips가에 의해 만들어진 5오전 솔루션 23andme* 웹을 탐색하는 동안 고객이 쉽게 자신의 게놈 데이터를 볼 수. 팁 신속 브라우저 확장과 무엇이가를 설치하는 방법을 보여줍니다. 팁의 끝에서, 나는 간단히 표시 사용자 정의 주석 트랙 내가 사용하는 내 23andme 데이터의 생성 UCSC 게놈 브라우저의 ** 개인 게놈 SNP 형식. 형식은 23andme 데이터에 대한 완벽하지 않습니다 (rsID 필드에 허용하지 않습니다, 23andme 데이터와 함께 약간의 사용 분야를 가지고, 등등), 당신은 게놈 브라우저로 데이터를 검색하려는 경우 그것은 엄청난 도움이 되나요. 당신은 기본적으로 같습니다 23andme 데이터를 받아:

그리고 열을 재배열, 그것이 한 것처럼 만들 수있는 몇 가지를 추가:

내가 그랬던 것처럼 당신은 스프레드 시트 프로그램에서이 작업을 수행할 수, 그것은 집중 조금 노력의. 내 딸과 남편의 게놈 데이터를 위해 무엇을하기로 결정한다면 (뚜렷한 가능성은있는 것입니다), 나는 형식을 변경하는 펄 스크립트를 만들어 줄 (아니면 밖에서 이미 무언가가있다?).

그것은 기본적으로 알아볼 수:
*RSID 열을 제거
*올바른 순서로 열을 다시 배열
*추가 “chr” 염색체 번호
*4 열 추가, 1 대립 유전자의 숫자, 2 with 0′와 (주파수 데이터는 23andme 데이터가 없습니다)
*X / Y로 XX에서 x와 XY로 genotypes 변경.

23andme 위치 데이터 구축의 것을 또한 기억 36 (2006, HG18) 그리고 23andme 데이터에 표시되는 genotypes는 참조 어셈블리에 대한 긍정적인 스트랜드에 대하여 방향.

그것은 가장 우아한 해결책이 아니야, 하지만 SNPTips과 함께 멋지게 작동하고. 그것은 나를 위해 꽤 중독성있다 :). 내가 할 수있는 더 우아한 사람이있다 확신.

*OpenHelix 그것의 직원은 5amsolutions 또는 23andme와 아무런 상업적 연결 또는 금융 관심이 없다.
**UCSC는 subgrantee로를 통해 OpenHelix과 자습서 및 복지를 후원.

금요일 SNPets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

금주의 팁: 은하 페이지

이번주의 팁 갤럭시 페이지에 대한 간략한 소개입니다. 이것은 사용자가 만들 수 있습니다 내에서 특별 페이지입니다 은하 주석에 대한 시스템, 갤럭시를 사용하시면 다양한 분석을 설명하고 설명. 사용자가 링크를 많은 능력과 포함 내역을했습니다, 완벽하게 분석을 주석 텍스트 및 이미지 등을 사용과 함께 워크플로우 및 데이터 세트. 마찬가지로 지난 주 설명되어, 이 게놈 연구의 재현성과 투명성을 높이기 위해 추가했습니다 많은 추가 은하 중 하나입니다.

은하, 재현할 전산 연구 향해 갈 길만

ResearchBlogging.org

은하계가 재현할과 sharable되었다 게놈 연구를 할 매우 유용한 도구로 시작. 게놈 분석 또는 온라인 게놈 자원을 사용하는 연구 논문을 읽어 내 제일 싫어 하는게 중 하나는 재료 및 방법 섹션입니다. 종종 방법과 사용되는 매개 변수는 매우 간단한 방식으로 만 설명한, 전혀면. 나는 연구를 재현할 수 없을 것이다. 이, 쉽게 따라 할 수있는 능력과 공유 분석, 갤럭시가 개발한 기본 목적 중의 하나입니다 그리고 그것의 꽤 좋은 직장을 수행 (내가 편견을 조금 * 오전).

갤럭시의 개발자들이 최근 논문을 발표해야: “은하: 접근 지원하기위한 종합적인 접근 방식, 생명 과학 분야의 재현성과 투명한 전산 연구” 에 게놈 생물학.

몇 가지 질문 사항이나 함수 내가 갤럭시 더 재현할과 투명한 전산 연구의 목표를 성취하는 데 필요한 그런 느낌이있어 왔습니다. 우리가 은하의 워크샵에 부탁 받았 것들 중 하나는 얼마나 오래 '의지 기록되었습니다’ 와 '워크 플로우’ 고집하다. 갤럭시 개발자는이 무한정 지속 것이 주장 (으로 온라인 세계로 될 수 무기한). 이 논문에서, 개발자 제가 보기엔 뭘 그 질문에 대답 꽤 좋은, 지속성에 대한 자유로운 접근:

우리는 어떤 갤럭시 분석과 관련된 개체가 쉽게 지속적으로 액세스할 수 있도록 세 가지 전략을 추구. 처음으로, 우리는 갤럭시 분석은 파일로 저장할 수 있고 양도 다른 갤럭시 서버 간의 수출 및 수입 있도록 지원을 개발하고있다. 초, 우리는 사용자가 업로드하고 갤럭시 개체를 공유하는 커뮤니티 공간을 구축하고있다. 셋째, 우리 은하 페이지의 직접 수출 및 출판물과 관련된 분석을 활성화하는 계획 장기, 드리 아드와 같은 검색 데이터 아카이브.

또 다른 특징은 그, 이것이 올 거란 걸 알았지만, 그것은 게시된 양식과 베타 사이트에서 그것을 다시 보니 반갑 네요, 도구와 사용자의 커뮤니티. 이것은 따옴표 상기에서 언급한의, 하지만 그것보다 더. 그것은 공유 역사와 흐름 수있는 능력의 확장:

사용자가 갤럭시에서 더 빠르게 선택을하는 데 도움이, 우리는 은하계 사용자 커뮤니티가 쉽게 찾을 수 있도록하고 유용한 항목을 강조 표시 은하의 공유 모델을 확장 아르. 이상적으로, 지역 사회 내역을 식별, 작업 흐름, 하고 모범 사례를 대표하는 기타 항목; 최상의 실천 항목은 자신의 분석 가이드 사용자 도움을 사용할 수 있습니다.

베타 사이트는 당신에게에 어찌 될지를 한 번 봐 준다 “갤럭시 도구 뿌리자,” 장소 업로드, 다운로드 및 공유 도구는 갤럭시 설치로 가져오기. 필자는 결국 또한 도구를 평가하고 토론하는 능력을 포함합니다. 내가 기대하고있을 게요 또 다른 측면은 개방적이고 광범위한 커뮤니티에 워크플로우를 공유할 수있는 능력입니다. 지금 동료의 네트워크 내에서 다른 사용자와 역사와 흐름을 공유하는 훌륭한 기능이 있습니다, 하지만 공유하고 속도 흐름에 오픈 커뮤니티를보고 싶은데요. 위의 댓글에서, 그것은 올 것 같다. 그것은 매우 환영 또한 것입니다.

마지막 기능은 내가이 페이지를 언급​​하고 싶습니다 추​​가:

은하 페이지 (그림 4) 접근 의사 소통의 주요 수단입니다, 재현할 수있는, 그리고 갤럭시를 통해 투명하게 전산 연구. 페이지는 사용자가 전체 전산 실험에 통신 할 수 있도록 사용자 정의 웹 기반 문서입니다, 그리고 페이지는 온라인 출판 또는 출판 보충의 다음 세대를 향해 걸음을 나타냅니다. 페이지, 출판물 또는 보충처럼, 표준 콘텐츠 실험 analyses.In 추가를 설명하는 텍스트 및 그래프의 혼합을 포함, 페이지는 실험에서 내장 된 갤럭시 항목을 포함: 데이터 집합, 내역, 및 흐름. 이러한 임베디드 항목은 상호 작용의 추가 계층을 제공, 뿐만 아니라 항목을 사용하여 자세한 내용 및 링크를 제공합니다.

나는 페이지를 시도 (를 클릭하십시오 “사용자” 페이지의 오른쪽 상단에, 다음을 클릭하십시오 “페이지” 페이지에 액세스할 수). 나는 기본적으로 전산 생물학을위한 방법 및 재료 것을 쓸 수있는 능력처럼. 당신이 무슨 짓을했는지 설명할 수, 포함 내역, 데이터 세트와 같은. 불행하게도, 이 글을 쓰는 시점에 나는 페이지를 만들 수 있었다, 하지만없는 그것을 볼 수 (서버 오류, 저는 맥에서 최신 버전의 사파리와 파이어 폭스를 사용 10.5). 나는 이것이 일시적인 결함 확신.

갤럭시는 지난 몇 년 동안 큰 진전을 보이고 있으며, 실험적인 생물학을위한 전산 분석을 위해 갈 - 투 도구가 될 태세를 보이. 그 정맥에서, 당신이 체크 아웃 원하는 것일 수도 그들의 입문 튜토리얼 또는 screencasts 도구 캐내려고!

*책임의 한계: 은하에 입문 튜토리얼을 제공하기 위해 OpenHelix와 갤럭시 그룹 계약 (모든 사용자에게 무료 개방).

Goecks, 제이, Nekrutenko, 대답 :, 테일러, 제이, & 갤럭시 팀, 티. (2010). 은하: 접근 지원하기위한 종합적인 접근 방식, 재현할 수있는, 그리고 생명 과학의 투명 전산 연구 게놈 생물학, 11 (8) 간접 자원부: 10.1186/기가바이트 - 2010 - 11 - 8 - r86

은하 http://www.galaxyproject.org

금주의 팁: 마우스 게놈 병리

확인, 그래서 이것이 우리의 일반적인 도움말과 동일하지 않습니다. 그러나 최근에 나는 게놈 병리학에서이 리소스에 나를 이끌 동물 모델 프로젝트에 참여했습니다. 깊은이 동물 모델 프로젝트에있어, 더 명확한 그것은 게놈 데이터의 엄청난 양의 잘 될 것을 올 것이되었다–하지만 그것은 게놈 생물학의보다 완전한 이해를 위해 적절한 조직학 및 병리와 결합되어야합니다.

이러한 모든 모델 생물 프로젝트–녹아웃 마우스 또는 , 돌연변이 생쥐 예를 들어, 암 연구에 대한, 타고난 라인 특정 특성과 공동 크로스 같은 게놈 영역과, 치료 동물–품질 병리 평가가 필요. 같은 프로젝트를이 phenotyping 아르 Europhenome 동물의 대형 세트에서 수행되는, 그들은 표준 설명 및 온톨로지뿐만 아니라이 필요합니다, 또한 이미지 샘플 및 평가. 우리 모두가 모든 유전자를 확인 소프트웨어 및 게놈 영역에서 주위를 스캔 시대, 우리는 병리 데이터로 잘해야. 그리고 그 데이터는 또한 발견하고 조사하는 연구에 적합한 데이터베이스 자원 표준화 및 저장해야합니다. 내가 최근에 닥터를 들었. 로버트 카디프는 표준화와 검색 방법으로 정보를 캡처하는 것이 얼마나 중요 마우스 Pathobiology에 그의 작품에 대해 이야기하고. 그는이 프로젝트의 드라이버 중 하나예요, 및 완전이 경기장의 요구를 이해.

더 많은 사람들이 이러한 동물을 검사 병리 훈련을해야합니다. 그래서이 프로젝트를하는 동안 나는 동물 연구의 기초를 이해하고 병리의 중요한 측면을 소개 필요로하는 사람들에게 도움이 될 수있는 온라인 학습 프로젝트에 대해 알아 감명을 받았다. 이 프로젝트는 우수한 원격 교육에 대한 상을 수상했다 (월 25). 그래서 게놈의 공공 서비스로 당신이 UC 데이비스 프로젝트에 가리.

당신은에서이에 대한 배경과 목표에 모습을 가질 수 게놈 병리 센터 사이트. 거기에서 당신에 대한 탐색을 클릭 할 수 있습니다 UCD 정보 세션 그 과정의 맛을 얻으려면, 이상 내 이미지를 클릭. 그것은 좋은 노력의.

우리는 UC 데이비스 또는 온라인 학습 프로젝트와 아무 관계가 없다–우리는 그냥 게놈에 대한 소중하고 중요한 요소라고 생각하고 그것에 대해 얘기하고 싶어.