الوسم المحفوظات: علم الجينوم

أدوات المعلوماتية الحيوية المستخرجة من مشروع جينوم الثدييات نموذجي [تكملة]

هذا هو الجدول 1 الذي يصاحب بلوق وظيفة كاملة: أدوات المعلوماتية الحيوية المستخرجة من مشروع جينوم الثدييات نموذجي. رؤية آخر الرئيسية للحصول على التفاصيل والشرح. جدول طويل للغاية للحفاظ على في آخر, ولكن أردت أن تكون على شبكة الانترنت للبحث. توجد نسخة أيضا في FigShare: http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1194867

مواصلة القراءة

نصيحة الأسبوع: الجوزاء, استكشاف الاختلاف الجيني

أنت الأنبوبة:

تلميح هذا الأسبوع من الأسبوع على الجوزاء الذي هو اختصار ل “التعدين الجينوم.” وخلافا لمعظم من النصائح نعطي كل أسبوع, هذا هو واحد مجموعة من البرامج. لكن, انها لا تستخدم وتتكامل مع العديد من قواعد البيانات على شبكة الإنترنت مثل dbSNP, ترميز, UCSC, ClinVar وKEGG. انها متاحة بحرية أيضا, أداة مفتوحة المصدر وجدا مجموعة من البرامج المفيدة التي تعطي الباحث القدرة على إنشاء استعلامات معقدة جدا يعتمد على التراكيب الوراثية, أنماط الميراث, الخ. ما سبق 12 مقطع دقيقة هو حديث معينة في المؤتمر أن يعطي مقدمة من العلم وراء أداة.

المجرد من ورقة الزوار من المطورين يعطي مقدمة جيدة بشأن وظيفة الأداة:

التقنيات الحديثة تمكين تسلسل الحمض النووي علماء الوراثة لتحديد بسرعة الاختلاف الجيني بين العديد من الجينوم البشري. ومع ذلك, عزل الأقلية من المتغيرات الكامنة وراء المرض لا يزال يمثل مهمة, حتى الآن تحديا هائلا لعلم الوراثة الطبية. وقد وضعنا GEMINI (الجينوم التعدين), حزمة برامج مرنة لاستكشاف جميع أشكال اختلافات في الجينات البشرية. على عكس الأدوات القائمة, GEMINI يدمج الاختلاف الجيني مع مجموعة متنوعة وقابلة للتكيف من الشروح الجينوم (على سبيل المثال, dbSNP, ترميز, UCSC, ClinVar, KEGG) في قاعدة بيانات موحدة لتسهيل التفسير وبيانات الاستكشاف. في حين أساليب أخرى توفير مجموعة مرنة من المرشحات البديل أو طرق تحديد الأولويات, GEMINI يسمح للباحثين لإنشاء الاستعلامات المعقدة على أساس المورثات عينة, أنماط الميراث, وكلا مثبتة مسبقا وشروحه الجينوم مخصص. كما يوفر GEMINI طرق للاستعلامات المخصصة واستكشاف البيانات, واجهة برمجة بسيطة لتحاليل مخصصة التي تستفيد من قاعدة البيانات الأساسية, وسطر الأوامر والأدوات الرسومية لتحليلات مشتركة على حد سواء. ونحن لشرح فائدة الجوزاء لاستكشاف التباين في الجينوم الشخصية والدراسات الجينية القائمة على الأسرة, وتوضح قدرتها على النطاق لدراسات شارك فيها آلاف من العينات البشرية. تم تصميم GEMINI للاستنساخ والمرونة وهدفنا هو تزويد الباحثين إطار موحد لعلم الجينوم الطبية.

إذا كنت ترغب في معرفة المزيد, هناك بعض جميلة التوثيق الجيد من حزمة البرامج هنا.

بينما أنا في ذلك, وتمت بصلة إلا انها الجينوميات البشرية, هناك هذا عرض slideshare من 'الحالي’ الدولة الجينوميات الشخصية. هو الحالي في الاقتباس لأن slideshare هو في الواقع من 3 منذ سنوات, ولكن هناك الكثير من المعلومات الجيدة في هناك. أحد يعرف من أكثر مجموعة الشريحة ما يصل إلى التاريخ أو مقدمة مستفيضة للحالة الراهنة للعلوم الجينوميات الشخصية مشابهة لهذه?

 

relevent عن خيارات:

GEMINI حزمة البرامج
dbSNP
ترميز
UCSC متصفح الجينوم
ClinVar
KEGG

(وترتبط الدروس أدناه للحصول على تلك الأدوات في جريئة أعلاه)

المرجعية ذات الصلة:

Paila U, تشابمان BA, كيرشنر R, & كوينلان AR (2013). GEMINI: استكشاف تكاملية من التغير الوراثية والجينوم الشروح. بلوس المعلوماتية الحيوية, 9 (7) PMID: 23874191

تلميح فيديو للأسبوع: تغييرات كبيرة على الموارد في الجينوم NCBI


نكبي تم إنشاؤه في 1988 وحافظت بنك الجينات قاعدة بيانات لسنوات. كما أنها توفر العديد من الموارد الحاسوبية ونظم استرجاع البيانات لأنواع عديدة من البيانات البيولوجية. على هذا النحو أنهم يعرفون جيدا مدى سرعة البيانات التي جمع علماء البيولوجيا قد تغيرت وتوسعت. كما وضعت يستخدم لأنواع البيانات المختلفة, أصبح من الواضح أن أنواع المعلومات الجديدة (مثل التعريف الموسع) يجب أن يتم جمعها, ويتطلب طرقا جديدة للمعالجة البيانات.

وقد NCBI التكيف مع هذه الاحتياجات على مر السنين ، ومؤخرا تم تكييف الموارد الجينوم. وسوف يستند تلميح اليوم على بعض هذه التغييرات. الفيديو الخاص بي وسوف تركز على “أعيد تصميمها بالكامل الجينوم موقع”, الذي توالت مؤخرا ، وأعلن في أحدث نشرة NCBI. لم أجد منشور يصف التغييرات, لكن النشرة يذهب الى بعض التفاصيل و الإعلان عن العثور على الجزء العلوي من موقع الجينوم (& أود أن أشير إلى أن في شريط الفيديو) وتفاصيل مفيدة للغاية حول التغييرات.

كما سترى في الاعلان, و الجينوم الموارد ليس من الموارد ذات الصلة الوحيدة التي شهدت مؤخرا تغييرات, بما في ذلك إعادة تصميم مشروع الجينوم في الموارد Bioproject الموارد ، وإنشاء العينة البيولوجية مورد. وأنا ليس لدي الوقت للذهاب الى التفاصيل حول تلك الموارد اثنين ولكن في نهاية منصبي سوف تصل إلى منشورين NCBI الأخيرة التي خرجت في أبحاث الأحماض النووية هذا الشهر – هذه هي موارد جيدة لقراءة المزيد من المعلومات عن BioProject, العينة البيولوجية, وعلى NCBI ككل. لمنظور تاريخي أنا أيضا الربط مع الإشارة الجينوم الأصلي, الذي هو في المعلوماتية الحيوية وخالية حاليا للوصول إلى.

بعض التغييرات مثيرة جدا للاهتمام, بما في ذلك “سجلات الجينوم واحدة تمثل الآن كائن حي وليس عزل جينوم واحد.” النشرة الدول التي NCBI “تحسينات رئيسية تشمل تنظيم أكثر طبيعية على مستوى الكائن الحي لبروكاريوتيك, حقيقية النواة, والجينوم الفيروسي. تتضمن التقارير معلومات حول توفر الجينوم الابتدائي النووية أو بدائية ، وكذلك العضيات والبلازميدات. ” هناك أيضا ملاحظة أن “وبسبب إعادة التنظيم إلى نظام تصنيف الطبيعي, معرفات الجينوم القديمة لم تعد صالحة. عادة لم يتعرضوا هذه المعرفات الجينوم في النظام السابق ، وكانت تستخدم أساسا من أجل الوصول البرمجي. ” هذا يجعلني أتساءل ما هي التغييرات التي سيقوم هذا تفويض لموارد NCBI الأخرى, فضلا عن الموارد الخارجية. أنا لم أر أي إعلانات على ذلك حتى الآن, لذا فإنني سوف يكون لمجرد البقاء ضبطها & حول الاختيار في كثير من الأحيان.

يتمتع غيض & دعونا, أو NCBI, أعرف ما رأيك في التغييرات الخاصة بهم! :)

روابط سريعة:

NCBI الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez الجينوم الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

المراجع:

مرجع تاريخي Entrez الجينوم: Tatusova, ت., Karsch - مزراحي, I., & Ostell, J. (1999). الجينوم الكامل في Entrez WWW: تمثيل البيانات وتحليلها المعلوماتية الحيوية, 15 (7), 536-543 دوى: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

باريت, ت., كلارك, ك., GevorgyanGorelenkov, ر., Gorelenkov, خامسا, Gribov, E., Karsch - مزراحي, I., Kimelman, م., بروت, ك., Resenchuk, س., Tatusova, ت., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject العينة البيولوجية وقواعد البيانات في NCBI: القبض على تسهيل وتنظيم البيانات الوصفية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1163

القائلون, E., باريت, ت., بينسون, د., بولتون, E., براينت, س., Canese, ك., الفصل ت. فيرنين, خامسا, كنيسة, د., DiCuccio, م., Federhen, س., Feolo, م., Fingerman, I., الجير, L., Helmberg, دبليو., كابوستين, Y., كراسنوف, س., الفلاح, د., ليبمان, د., لو, ز., غيظ, ت., ماديج, ت., Maglottقاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184, د., Marchler باور, أ., طحان, خامسا, Karsch - مزراحي, I., Ostell, ج., Panchenko, أ., بهان, L., بروت, ك., شولر, غ., سكويرا, E., خمرة, س., شموي, م., Sirotkin, ك., Slotta, د., سوفوروف, أ., Starchenko, غ., Tatusova, ت., فاغنر, L., وانغ, Y., ويلبر, دبليو., Yaschenko, E., & انتم, J. (2011). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184

نصيحة الأسبوع: انتزاع (مقارنة الجينوم) إعادة النظر

لقد فعلت ذلك ل تلميح على أداة لCoGe, GeVo قبل نحو عامين ، وكان لدينا ضيف آخر من ليون حول CoGe اريك, المطور الرئيسي لل انتزاع ما يزيد قليلا عن العام الماضي. في سعينا المستمر وأحيانا للحفاظ على نصائح جديدة لدينا (ونقلها إلى SciVee), لقد قررت لإعادة النظر في CoGe واحدة من أدواتها. لقد تغيرت قليلا منذ CoGe زرنا الماضي انها (نرى بعضا من التغييرات هنا). هناك واجهة جديدة, مزيد من الوثائق والكثير من الدروس, بعض الأدوات الجديدة والترابط والجينوم الكثير. أنا ذاهب لإعطاء مقدمة موجزة لSynMap وذاهب لاستخدامها للقيام بتحليل إعادة ترتيب الجينوم (موضوعا ل نص البرنامج التعليمي في الموقع).ResearchBlogging.org

الخوارزمية مختارة في مثال على ذلك هو نظام الحصص ALIGN الذي هو موضوع ورقة حديثة, “فرز كتل تصاحب جيني في الجينوم البشرى comparisions من خلال البرمجة صحيحا” BMC في المعلوماتية الحيوية. كما تنص ورقة الختام:

حصة - ALIGN شاشات الخوارزمية مجموعة من القطع تصاحب جيني للاحتفاظ فقط تلك المتوافقة مع مستخدم محدد الصيغة الصبغية العلاقة بين اثنين من الجينومات. هذه الكتل, بدوره, يمكن استخدامها لتحليل المصب إضافية مثل تحديد المناطق orthologous الحقيقية في مقارنات بين الأنواع.

وكما هو مذكور, وسترى في هذا غيض, “تم دمج الحصص ALIGN البرنامج أيضا باعتبارها عنصرا رئيسيا في SynMap http://genomevolution.com/CoGe/SynMap.pl webcite, تقدم سهولة الوصول إلى الآلاف من الجينوم لغير المبرمجين.
مسحة, ه., ليون, E., بيدرسن, ب., Schnable, ج., باترسون, أ., & Freeling, M. (2011). فرز كتل تصاحب جيني الجينوم البشرى في مقارنات من خلال البرمجة صحيحا BMC المعلوماتية الحيوية, 12 (1) دوى: 10.1186/1471-2105-12-102

هناك قاعدة بيانات عن كل شيء, حتى über بين operons

كنت ألعب مع حولها الباحث العلمي من Google لميزة جديدة الاقتباس سمح لي بأن لجمع أوراقي في مكان واحد بسهولة (عملت بشكل جيد جدا, ضريبة, حفظ اخطاء قليلة, انظر أدناه) عندما لاحظت أنه غاب عن ورقة من الألغام من 2000: “الجينات الحفظ سياق أعلى مرتبة من operons.” الملخص:

Operons, متجاورة مجموعات شاركت في كتب وشارك في التنظيم ، من الجينات, يتم حفظها سيئة على مدى فترات قصيرة من الزمن التطوري. الجين النظام, يمكن أن المحتوى الجينات وآليات تنظيمية من operons قد تكون مختلفة جدا, حتى في الأنواع ذات صلة وثيقة. هنا, نقدم عدة أسطر من الأدلة التي تشير إلى أن, على الرغم من أن ترتيبها an operon والجينات الفردية والهياكل التنظيمية وذلك عند المقارنة بين الأنواع المختلفة من الجينوم, هذا هو عملية إعادة ترتيب المحافظ. إعادة ترتيب الجينوم دائما الحفاظ على الجينات الفردية في سياقات محددة للغاية الوظيفية والتنظيمية. نحن نسمي هذا السياق الحفظ an über بين operon.

وüber بين operon. كان مصطلح PI بلدي اقترح. يعيشون ويعملون في ألمانيا في ذلك الوقت, اعتقد انها كانت نوع من مضحكا. على أي حال, لم أكن حقا توسعت أكثر من ورقة أخرى أو نحو ذلك على هذا النوع من البحث وتعقب ما إذا فقدت هذه الورقة أدى في كثير. كتبت في "über بين OPERON’ في جوجل اليوم وجدت أن أشير إلى أنه في أوقات قليلة (88) و, لقد وجدت هذه مثيرة للاهتمام: كان هناك بضعة قواعد البيانات المبنية “über بين operons.”

إنشاء مجموعة الأبحاث الصينية über بين Operon قاعدة البيانات. ورقة تبدو مثيرة للاهتمام, ولكن للأسف كان الملقم إلى الأسفل (إذا كانت هذه هي مؤقتة أو دائمة, لا أعرف), و ODB (Operon قاعدة البيانات) يستخدم über بين operons (التي يسمونها operons المرجعية) للتنبؤ operons في قاعدة البيانات , Nebulon آخر, HUGO آخر. قراءة جhapter على الطرق الحسابية للتنبؤ über بين operons :)

يذهب فقط لتظهر لك, هناك قاعدة بيانات عن كل شيء.

يا, والعودة إلى الاقتباس الباحث العلمي من Google. لم تجد ما يقرب من كل ورقة لقد نشرت, على الرغم من غاب من اثنين (بما في ذلك واحدة فوق) وتلقى اثنان ايجابيات كاذبة. بالإضافة إلى ذلك, الاستشهادات كثيرة مفقودة (مثل 88 في هذه الورقة, وغيرها الكثير من الأوراق الأخرى). هذا لا يعني انها ليست مفيدة, وأجد من وسيلة لطيفة لكنها ليست مثالية. و يمكنكأكثر من باحث عن الاستشهاد هنا IND جوجل, وحول مايكروسوفت ميزة مشابهة هنا.

يا, ويعني هذا آخر وضعني في HumbleBrag قاعة المشاهير? اذا كان هذا محفوظة لتويتر, ربما ينبغي لي أن من تويتر هذا حتى أستطيع الوصول إلى هناك :). (على الرغم من أنني لست متأكدا من الإشارة قواعد البيانات الصغيرة نسبيا على ورقة صغيرة نسبيا يشكل المفاخرة, بكل تواضع أم لا LOL).

نصيحة الأسبوع: SNPTips وعرض البيانات الشخصية الجينوم

نصيحة اليوم من الأسبوع على SNPTips. كان لدينا ضيف آخر في وقت سابق من هذا. نحن عادة نصائح حول قواعد البيانات وأدوات التحليل, ولكن بعد الحصول على البيانات المتوفرة لدينا 23andme, كنا كثيرا ما تستخدم SNPTips ويعتقد أنه قد يكون من استخدامها لبعض قرائنا. تم إنشاؤه بواسطة SNPTips 5حلول صباحا إلى 23Andme* الزبائن لعرض البيانات الخاصة بهم الجيني بسهولة أثناء التصفح على شبكة الإنترنت. سوف تظهر بسرعة غيض كيفية تثبيت ملحق المتصفح وماذا يفعل. في نهاية الطرف, تبين لي لفترة وجيزة شرح مسار مخصص أنا خلقت من البيانات باستخدام بلدي 23andme UCSC متصفح الجينومق ** الشخصية تنسيق الجينوم SNP. تنسيق ليست مثالية لبيانات مؤسسة 23andMe (لا تسمح لحقل rsID, وقد مجالات استخدام البيانات قليلا مع 23andme, الخ), لكنه لا يساعد الى حد كبير اذا كنت تريد استعراض البيانات الخاصة بك مع متصفح الجينوم. كنت تأخذ أساسا 23andme البيانات التي تبدو مثل هذا:

وإعادة ترتيب الأعمدة, إضافة بضع لجعل الامر يبدو مثل هذا:

يمكنك القيام بذلك في برنامج جداول البيانات مثلما فعلت, انها كثيفة العمالة بت. إذا قررت أن تفعل ذلك بالنسبة لابنتي وبيانات الجينوم الزوج (وهو احتمال واضح), فما استقاموا لكم فاستقيموا إنشاء المخطوطة لتغيير الشكل (أو ربما كان هناك شيء بالفعل الى هناك?).

يستتبع ذلك أساسا:
*القضاء على عمود rsID
*إعادة ترتيب الأعمدة إلى الترتيب الصحيح
*مضيفا “CHR” في عدد الصبغيات
*إضافة أربعة أعمدة, 1 مع عدد من الأليلات, 2 مع 0′مع (بيانات التردد البيانات 23andme لايوجد)
*تغيير المورثات من xx إلى x و س ص إلى س / ص.

نتذكر أيضا أن البيانات 23andme الموقف هو من بناء 36 (2006, hg18) والمورثات المعروضة في البيانات 23andme موجهة فيما يتعلق حبلا إيجابي على التجمع المرجعية.

انها ليست الحل الأكثر أناقة, ولكنه يعمل بشكل جيد مع وSNPTips. فقد كان من الادمان جدا بالنسبة لي :). أنا متأكد من أن هناك أكثر أناقة منها ما يمكن القيام به.

*OpenHelix والعاملين في الشركة الذين لديهم أي اتصال تجاري أو مصلحة مالية أو مع 5amsolutions 23andme.
**UCSC مقدمي البرامج التعليمية والتواصل مع OpenHelix خلال باعتباره subgrantee.

الجمعة SNPets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم للتمتع الخاص بك…

نصيحة الأسبوع: صفحات المجرة

غيض من هذا الاسبوع هو مقدمة موجزة إلى صفحات غالاكسي. هذه هي صفحات خاصة التي يمكن للمستخدمين خلق داخل المجرة نظام لتعليم, وصف وشرح مختلف التحليلات القيام به غالاكسي. المستخدم لديه قدرات كثيرة لربط وتضمين تاريخها, العمل جنبا إلى جنب مع قواعد البيانات واستخدام النصوص والصور والمزيد من الجهود لتعليم بالكامل تحليلات. كما هو موضح في الأسبوع الماضي, هذه هي واحدة من العديد من الإضافات غالاكسي قد أضاف إلى زيادة الشفافية واستنساخ للبحوث الجينوم.

المجرة, خطوة نحو البحث الحسابية استنساخه

ResearchBlogging.org

بدأت المجرة بها باعتبارها أداة مفيدة جدا لإجراء البحوث التي تم استنساخه الجينوميات والاستخلاص. واحد الامور التي تثير انزعاجه بلدي الحيوانات الأليفة في قراءة الأوراق البحثية التي تستخدم التحليل الجيني أو موارد الانترنت هو الجينوم المواد وطرق أبواب. غالبا ما يتم المذكورة في الأساليب والمعايير المستخدمة فقط بطريقة سريعة جدا, على كل حال. لن أكون قادرا على إنتاج البحوث. هذا, جنبا إلى جنب مع القدرة على القيام بذلك بسهولة وتقاسمها تحليل, وقد وضعت هي واحدة من غالاكسي الغرض الأساسي ويقوم بعمل جيد جدا منه (أنا منحاز قليلا *).

وقد نشرت مؤخرا مجرة ​​المطورين ورقة: “المجرة: اتباع نهج شامل لدعم الوصول, الحسابية البحوث استنساخه وشفافة في مجال علوم الحياة” في الجينوم علم الأحياء.

كانت هناك تساؤلات عدة وظائف أو شعرت بأن غالاكسي اللازمة لتحقيق أفضل هدف البحوث الحسابية استنساخه وشفافة. كان واحدا من الأشياء لقد طلبنا في ورش عمل حول كم من الوقت سوف غالاكسي "تاريخها’ و "مهام سير العمل’ تستمر. أصر على أن مطوري هذه المجرة سوف تستمر إلى أجل غير مسمى (إلى أجل غير مسمى كما في عالم الانترنت يمكن أن يكون). في هذه الورقة, المطورين الإجابة على هذا السؤال مع ما يبدو لي جيدة جدا, واسع لاستمرار النهج:

نحن نسعى لضمان ثلاث استراتيجيات يمكن أن يتخذ أي تحليل غالاكسي والكائنات المرتبطة ومثابرة للوصول بسهولة. الأول, نحن نعمل على تطوير الصادرات ودعم الواردات بحيث يمكن تخزينها كملفات غالاكسي التحليلات ونقلها بين ملقمات مختلفة غالاكسي. ثان, نحن نبني مجتمع الفضاء حيث يمكن للمستخدمين تحميل وتبادل الكائنات غالاكسي. ثالث, نحن نخطط لتمكين التصدير المباشر من صفحات غالاكسي والتحليلات المرتبطة المنشورات على المدى الطويل, بحث أرشفة البيانات مثل الجنية.

ميزة أخرى أن, وإن كنت أعرف أنها قادمة, من الجيد أن نرى ذلك في شكل ونشرت في موقع بيتا, مجموعة من الأدوات والمستخدمين. وجاء في الاقتباس اعلاه, لكنه أكثر من ذلك. انها امتداد للقدرة على المشاركة وتاريخها وسير العمل:

لمساعدة المستخدمين على اتخاذ خيارات أفضل وأسرع داخل غالاكسي, ونحن نمد يد طراز غالاكسي لتقاسم لمساعدة المجتمع غالاكسي المستخدم العثور على وتسليط الضوء على عناصر مفيدة. مثالي, سيتعين على المجتمع تحديد تاريخها, سير العمل, وغيرها من العناصر التي تمثل أفضل الممارسات; ويمكن استخدام عناصر أفضل الممارسات لمساعدة المستخدمين على الدليل في تحليلاتها الخاصة.

موقع بيتا يمنحك نظرة على ما سيأتي في “السقيفة مجرة ​​أداة,” مكان إيداع, تنزيل وتبادل الأدوات اللازمة لاستيراد منشآت غالاكسي. نأمل في نهاية المطاف هذه تشمل أيضا القدرة على معدل ومناقشة الأدوات. جانب آخر سأكون نتطلع إليه هو القدرة على حصة العمل إلى مجتمع مفتوح وأوسع. الآن هناك قدرة ممتازة لتبادل وتاريخها وسير العمل مع المستخدمين الآخرين داخل الشبكة من الزملاء, ولكنني أود أن أرى مجتمع مفتوح للمشاركة والعمل معدل. من التعليق الوارد أعلاه, يبدو أن يأتي. وسوف يكون موضع ترحيب ، بالإضافة جدا.

أضيف الميزة الأخيرة أود أن أشير إليه هو صفحات:

صفحات المجرة (شخصية 4) هي الوسيلة الرئيسية للاتصال متاحة, استنساخه, وحسابية شفافة من خلال البحوث غالاكسي. صفحات وثائق على شبكة الإنترنت المخصصة التي تمكن المستخدمين من التواصل حول تجربة الحسابية بأكملها, وصفحات تمثل خطوة نحو الجيل القادم من النشر أو تكملة المنشور. ألف صفحة, مثل منشور أو تكملة, تتضمن مزيجا من النصوص والرسوم البيانية التي تصف التجربة بالإضافة إلى المحتوى وanalyses.In القياسية, يتضمن أيضا بنودا الصفحة غالاكسي جزءا لا يتجزأ من التجربة: قواعد البيانات, تاريخها, وسير العمل. هذه العناصر جزءا لا يتجزأ من توفير طبقة إضافية من التفاعل, تقديم تفاصيل إضافية وروابط لاستخدام العناصر فضلا.

حاولت الخروج صفحات (فوق “مستخدم” في أعلى يمين الصفحة, ثم انقر “صفحات” الوصول إلى صفحات). أود أن القدرة على كتابة ما هو أساسا الأساليب والمواد اللازمة لعلم الأحياء الحسابي. يمكنك وصف ما فعلتموه, تضمين تاريخها, ومثل قواعد البيانات. للأسف, في وقت كتابة هذه السطور كنت قادرا على بناء الصفحة, لكنها غير قادرة لمشاهدته (خطأ في الخادم, كنت أحدث الإصدارات سفاري وفايرفوكس في Mac 10.5). إنني متأكد من أن هذا هو خلل مؤقت.

المجرة قد تحرز تقدما كبيرا في السنوات القليلة الماضية ، وتبدو مستعدة لتصبح أداة للذهاب إلى التحليل الحسابي لعلماء البيولوجيا التجريبية. في هذا السياق, قد ترغب في التحقق بعملهم استهلالي التعليمي أو قطات للشاشة للتعرف على الأداة!

*تنصل: العقود مع فريق غالاكسي OpenHelix لتقديم البرنامج التعليمي تمهيدية بشأن غالاكسي (حرة ومفتوحة لجميع المستخدمين).

Goecks, ج., Nekrutenko, أ., تايلور, ج., & فريق المجرة, T. (2010). المجرة: اتباع نهج شامل لدعم الوصول, استنساخه, وحسابية شفافة البحوث في علوم الحياة الجينوم علم الأحياء, 11 (8) دوى: 10.1186/GB - 2010 - 11 - 8 - R86

المجرة http://www.galaxyproject.org

نصيحة الأسبوع: علم الأمراض الجينية الماوس

موافق, ولذلك فإن هذا ليس هو نفس النصائح المعتادة. لكن في الآونة الأخيرة شاركت في مشروع النماذج الحيوانية التي دفعتني إلى هذا المورد على الباثولوجيا الجينومية. الأعمق حصلت في هذا المشروع النموذجي الحيوانية, وأصبح أكثر وضوحا أن كمية هائلة من البيانات الجينومية يأتي ذلك ستكون كبيرة–لكنها سوف تحتاج إلى أن تقرن الأنسجة وعلم الأمراض المناسبة لفهم أكثر اكتمالا للبيولوجيا الجينوم.

كل هذه المشاريع النموذجية الحي–خروج المغلوب الفئران أو الفئران, الفئران الطافرة لدراسات السرطان على سبيل المثال, خطوط الفطرية مع الخصائص المحددة والمناطق الجينومية مثل الصليب التعاونية, معاملة الحيوانات–تحتاج إلى نوعية التقييمات الباثولوجيا. هناك مشاريع مثل phenotyping Europhenome يجري على مجموعات كبيرة من الحيوانات, وأنها لا تتطلب فقط أوصاف موحدة والانتولوجيا, ولكن أيضا عينات الصور والتقييمات. في عصر حيث أننا جميعا تفحص حولنا في كل هذا البرنامج يبحث في الجينات والمناطق الجينية, يكون لدينا علم الأمراض وكذلك البيانات. وهذه البيانات سوف تحتاج أيضا إلى أن تكون موحدة وتخزينها في قاعدة بيانات الموارد الملائمة للباحثين لدراسة وإيجاد. سمعت مؤخرا الدكتور. روبرت كارديف الحديث عن عمله في البيولوجيا المرضية للماوس ، وكيف أنها حاسمة لالتقاط المعلومات في سبل موحدة وقابلة للبحث. انه واحد من السائقين لهذا المشروع, ويتفهم تماما احتياجات في هذا المجال.

وينبغي تدريب عدد أكبر من الناس في الباثولوجيا لدراسة هذه الحيوانات. وذلك خلال هذا المشروع أعجبت لمعرفة المزيد عن مشروع التعلم عبر الإنترنت التي يمكن أن تكون مفيدة للأشخاص الذين يحتاجون إلى فهم أسس البحوث الحيوانية وإدخالها إلى جوانب مهمة من علم الأمراض. وقد فاز هذا المشروع بجائزة لالتعلم عن بعد القائمة (قد 25). لذلك كخدمة عامة في علم الجينوم أن أشير لك أن هذا المشروع ديفيس UC.

هل يمكن أن يكون إلقاء نظرة على الخلفية والأهداف لهذا من مركز للأمراض الجينية موقع. من هناك يمكنك النقر فوق الملاحة لل UCD معلومات الدورة للحصول على طعم مسارها, أو انقر على الصورة أعلاه بلدي. انه جهد جميل.

ليس لدينا أي علاقات مع جامعة كاليفورنيا في ديفيز هذا المشروع أو التعلم عبر الإنترنت–كنا نظن مجرد أنه كان عنصرا قيما وهاما لعلم الجينوم وأراد أن يتحدث عنه.