标记档案: 基因组

如在每桶拍摄鲶鱼的基因组

你知道, 当鲶鱼的基因组完成, 这将是一个凉爽的除了我们的 “但另一种基因” 职位 (我要定期系列或一些更新的地方). 基因组中,直到完成, 您可以查看和分析鲶鱼的基因组数据 cBARBEL, 在本星期的全国房地产经纪人协会提前访问报告: 鲶鱼养殖业者和研究员生物信息学报名地点. 在其他工具和架构, 他们使用 GBrowse (我们有一个 免费教程 ;) 的数据进行比较,以斑马鱼基因组.

标记此数据库 (与许多其他) 为一体的首字母缩写词被创造适合的名称. BarbelS是在鲶鱼的胡须和cBARBEL代表 “鲶鱼育种和生物信息学研究员报名地点。” 见, 我想沿着线 “鲶鱼育种和研究人员的研究报名地点” 或鲶鱼桶, 但就是太文化晦涩和具体的是不是? cBARBEL是好 :ð.

所有开玩笑预留, 这是一个伟大的开始另一个重要的农业模式生物数据库.

星期五SNPpets

欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 在本周,我们遇到了很多环节和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们为您的享受…

  • 古巴的生物信息学组 宣布更新他们的Cytoscape插件. “SysBiomics数据库的一个新的更新已准备就绪. SysBiomics包含的数据喂养BisoGenet网络建设进程; 它更新了最近版本的蛋白 - 蛋白相互作用源 (拨, BIOGRID, HPRD, 薄荷和完整), GO和一个蛋白形成Entrez基因和Uniprot KEGG数据库,以及对基因的最新信息。” 生物信息学组 銈://bio.cigb.edu.cu / 凉–我认为这是第一个工具,我知道从古巴. [玛丽]
  • “在十月的 “自然遗传学”, 只是在饼的时间: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …但其中的基因,医生远离我?” [三分球, via a colleague’s email :) ]
  • 很酷的新网站 疫苗的历史. 帽尖到Tara 病因. [玛丽]
  • 逆转录 @ kshameer: 逆转录: @ Suganthibala: 200 exomes resequenced, 发现了许多罕见的nonsyn单核苷酸多态性 http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #基因组生物信息学# [玛丽]

现在我们都尼安德特人, 分析认为,我可以…

如果你没有阅读新闻, 对尼安德特人序列草图 (抑或是尼安德特人, 拼写检查前不会采取) 被释放,并在科学出版托达和. 有一种迷人的很多东西在那边. 还在读它. 当然,大新闻, 这就是飞的东西通过新闻, 是非洲以外的基因组 1-4% 尼安德特人. 这似乎要最终解决这个问题,是, 我们都有点尼安德特人,我们没有更换, 我们吸收他们的一些杂交. 也许因为这并不完全肯定,但一些外加剂回事. 随着 基因表达Razib指出, 它的速度有多快看迷人, 在数据面, 该模式已转移. (伟大的职位和讨论, 应该读它).

随着 Razib指出, 和 你可以阅读在UCSC公告, 的 UCSC基因组浏览器现在有数据草案 在基因组组装的hg18. 像 编码区等位基因的差异 数据, 选择性的扫描数据, 等. 随着尼安德特数据现正在UCSC基因组浏览器和其他数据源, 我们可以拉开数据, 分析它。. (你知道我会放在一个比较追踪我的个人基因组的时候我曾经得到它. 只是好奇亚知道).

(增值税, 有一个有趣的照片, 版权… 所以我不会在这里发布, 你可能想看看. 这里有一个有趣的故事有, 我们的尼安德特人的插图经过多年的发展,更人性化的’ 因为我们知道他们做的工具, 文化,现在已经… 是我们祖先的一部分…”)

我渴望去那里踢球,看看我能看到, 因为我相信很多科学家. 它也将在这迷人的未来世界快速大量数据. 我认为会有很多的范例,而转向了.

UCSC主要网站: http://genome.ucsc.edu 然后单击“尼安德特人从左侧的导航按钮.

客户后: 抢, 为比较基因组学套房 – 埃里克里昂

这是我们持续半规则下一篇文章 客户后系列 埃里克是从里昂, 的 在加州大学, 伯克利. 如果你是一个自由提供商, 公开的基因组学工具, 资料库或资源,并希望转达对我们的客户后的东西给用户的功能, 请随时联系wlathe的AT openhelix我们点com.

由于既为后前CoGe (编者注: 一 一周尖上GoGe) 并邀请写CoGe位. 由于大多数人都可能不熟悉COGE的, 让我先谈谈它是如何设计:

抓斗的理念和体系结构: 一次解决一个问题

CoGe比较基因组学是一个基于Web的平台和许多相互联系的网络工具包括. 整个系统挂接到一个数据库,可以存储任何版本的任何基因组装配在任何状态下,从任何有机体 (目前〜从9000〜8000生物体基因组). 对CoGe的工具是专门做每一个任务 (克. 搜索和显示有关的基因组信息, 两个基因组进行比较,并产生同线dotplots, 搜索类似的基因组序列中的任何数量的, 管理的基因名单, 等), 并连在一起的. 这意味着,没有预定义的分析工作流程. 相反, 人们开始探索的兴趣基因组, 比较它自己想要什么, 查找感兴趣, 探索的, 发现别的东西, 探索的, 等) 人们在世界任何地方可以通过点击一个网页的几个按钮计算密集的分析, 并让我们的服务器上的任何危机的基因组,我们目前在我们的系统装走 . 由于每个工具是基于网络的, 链接用于移动工具的工具,它创建了一个简单的方法来保存为今后的工作分析或发送给同事. 这也有利益,作为我们开发新的工具来解决一个具体问题, 我们可以概括的解决方案, 并插入到CoGe的数据库,并连接到它的预先存在的工具集. 总体, 这使得一个简单的方法,为我们扩大CoGe的功能.

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星期五SNPpets

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10,000 脊椎动物的基因组

genome10k通过 现在的龙 和该项目在新的出版物 遗传杂志, 的 基因组10K 项目的目的:

组装基因组动物园的代表基因组DNA序列的集合 10,000 脊椎动物物种, 每脊椎动物属约一. 在DNA测序的成本削减的轨迹表明,这一项目将在几年之内的可行. 捕获的脊椎动物物种的遗传多样性,为生命科学和全球保育工作创造了前所未有的资源.

10,000 脊椎动物的基因组. 这是一个很大. 事实上, 这是 50 折更多 比目前正在进行中 (该清单是脊索动物, 在 208, 包括多个基因组形成一个物种, 人类), 和近 500 折叠完整的脊椎动物基因组的数量. 一个雄心勃勃的目标,至少可以说. 该 参与者众多 包括协调员大卫豪斯勒 (霍华德Hughs医学研究所, UCSC的), 斯蒂芬奥布莱恩 (基因组多样性实验室, 美国国家癌症研究所) 和奥利弗莱德 (保护研究所, 圣地亚哥动物园).

三名协调员’ 机构建议一些特殊利益,他们希望获得这个项目的: 医疗数据, 进化数据, 保育工作. 我相信这样一个项目,的确会带来许多好处. 我记得 20 年前,关于人类基因组计划的论据 (太贵了, 过于雄心勃勃, 福利将不怜悯, 推进大科学的基础研究). 我认为这是值得商榷的,人们最担心的是没有实现,而且已经出现了许多好处,已经和即将到来. 10k脊椎动物基因组现在似乎是可行的和有益的.

当然, 人们可以希望会是一个厂项目上下派克无脊椎动物项目?

和, 不用说, 如果你认为有数据库的资金, 无障碍, 可用性, 等问题,现在…

提示的周: 细菌基因组百科全书 & 古细菌 (解决方案)


作为夏天, 一种奇怪的慢速连接和其他一些因素, 我是从道格嵌入拉姆齐谈话 (张贴在SciVee) 在联合基因协会上迦巴项目 (而不是自己做小费 :). 该 格巴项目 认识到许多, 如果不是大多数, 细菌和古细菌已经被测序的基因组迄今有一些人类疾病或其他利益相关人. 当然,这是合理的, 但它也导致大的差距,我们的细菌进化和基因组学知识, 知识,这将有助于我们更好地理解这些基因组,我们找到相关的知识,在其本身可以是非常有趣的,潜在有用. 查看谈话,了解更多有关此项目的顺序 100 系统发育和古细菌的基因组多样性.
我也张贴作为联合基因协会的介绍这 采用一个基因组 项目. 这个项目允许学生团体采取迦巴和研究项目的一种细菌,并希望增加我们的知识和基因组注释,同时学习. 学生可以通过使用注释基因组 IMG幕.

“发光" 蘑菇

2850480540103830173s600x600q85嗯, 这听起来像 魔术蘑菇. 但是这不是我说的 :).

最近, 我有机会向一 短期讲习班在遗传学和基因组学大会在新加坡传染病. 很顺利, 我学到了很多东西. 事后, 我的家人出来东南亚度假, 但由于他们的方式飞行常客里程, 我有 5 天免费时间. 马来西亚婆罗洲, 我来了! 我花了三天的沙捞越丛林徒步穿越一个新发现的英国朋友. 这是迷人. 对我来说最吸引人的方面之一是星星在我的脚下.

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古老的基因组: 尼安德特人

因此,, 昨天是 200周年纪念达尔文诞辰. 大量的庆祝活动和全国公共广播电台当天报道,包括周围几个这样的公告 UCSC的浏览器宣布他们v200th 提前一天的代码,以配合 (他们无法抗拒的巧合 :)). 这是中肯的另一项公告宣布,研究人员是在 马克斯普朗克进化人类学研究所 完成了对尼安德特人基因组序列草图. 由于只有约 63% 基因组实际上是覆盖 (3.7 涵盖亿个基点 3.2 亿碱基的基因组, 与重复), 当一个人宣布一 “草案” 可有点乱, 所以该名男子的是谁写的200周年 “人类的演化, 和选择性别的关系” 是一个很好的任何时间. 而且我们正在学习一些事情,比如, 尼安德特人的可能有体能的语言, 但作为成年人无法忍受牛奶 (不同意他们的消化). 这是一个草案,预计研究将在本月底发布年. 我们将报告当然,, 并链接到任何浏览器,他们可能会成立 :ð. 古老的基因组 是教我们一些东西.

说到这, 在探索馆, 在我美丽的城市优秀的科学博物馆, 有一个伟大的展览 (现场和网上) “如何知道的事情’ 如何科学著作. 这个展览是专门对人类和尼安德特人的DNA的起源 并在显着位置马克斯普朗克研究数据.