태그 아카이브: genomes

우리는 생물학 사실 바보 아르

그리고 우리는 우리의 모델 생물을 사랑! 연구실에서 sticklebacks에 대한 작은 제목:

하프 타임: Pharyngula

안녕하세요, 부가 가치세, 당신은 그들이 노래에 대해 어떤보고 싶으면, 에서 귀여운 큰가시 고기의 게놈을 체크 아웃 UCSC, Ensembl, 또는 좀 더 많은 책을 읽고 :).

총신에 메기 genomes 촬영처럼

너도 알다시피, 메기의 게놈가 완료되면, 그 멋진 추가하는 것입니다 우리의 “또 다른 게놈” 게시물 (어느 나 정규 시리즈 또는 어딘가에 어떤 업데이 트를해야). 게놈이 완료 될 때까지, 당신이 볼 수시 메기 게놈 데이터를 분석 cBARBEL, 이 주 NAR 사전 액세스보고: 메기 증식 및 연구원 생물 정보학 항목 위치. 기타 도구 및 스키마 중에서, 그들이 사용하는 GBrowse (우리는 있지 자습서 무료 ;) Zebrafish 게놈 데이터를 비교.

마크이 데이터베이스 (많은 사람과 마찬가지로) 누구의 약어 만들어진 이름에 맞게 하나. 수염s는 메기의 수염과 cBARBEL 약자를위한 “메기 목축과 연구원 Bioinformatic 엔트리 위치.” 보기, 전 라인을 따라 더 생각하고 있었어요 “메기 목축 그리고 연구원 연구 항목 위치” 또는 메기 바렐, 하지만 너무 애매한 문화 구체적인 뭔가가 아닙니다? cBARBEL은 좋은 :디.

전체 옆으로 농담, 그것은 또 다른 agriculturally 중요한 모델 생물 데이터베이스에 위대한 시작.

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

  • 쿠바 생물 정보학 그룹 그들의 Cytoscape 플러그인에 대한 업데이 트를 발표 - 인. “SysBiomics 데이터베이스의 새로운 업데이 트가 준비되었습니다. SysBiomics는 BisoGenet 네트워크 구축 프로세스를 먹이 데이터가 들어; 그것은 가장 최근에와 단백질 - 단백질 상호 작용 소스의 버전을 업데이 트되었습니다 (물놀이, BIOGRID, HPRD, 박하와 그대로), 가서 KEGG 데이터베이스뿐만 아니라 유전자에 대한 최신 정보는 단백질 Entrez 진 및 Uniprot를 형성합니다.” 생물 정보학 그룹 HTTP를://bio.cigb.edu.cu / 시원한–나는 쿠바에서에 대해 알고 첫 번째 도구라고 생각. [메리]
  • “10 월달에 “자연 유전학”, 그리고 파이에 쓰면 딱이겠다 만들기: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20802477 …그런데, 어디서 떨어진 의사를 계속 유전자이야?” [삼점의 카드, via a colleague’s email :) ]
  • 에 멋진 새 사이트 백신의 역사. 타라에게 햇 끝에 Aetiology. [메리]
  • 실시간 @ kshameer: 실시간: @ suganthibala: 200 exomes가 resequenced, 찾은 많은 희귀 nonsyn의 SNPs http://bit.ly/bjm2Q6 http://bit.ly/ctQJ59 #게놈 # 생물 정보학 [메리]

우리 모두는 지금 네안데르탈인이야, 그리고 나도 그 사람 분석할 수 있습니다…

당신이 뉴스를 읽는되지 않은 경우, Neandertal의 초안 시퀀스 (아니면 네안데르탈인입니다, 맞춤법 검사는 이전을하지 않습니다) 릴리스되었습니다 과학에 발표된 도다를및. 매력적인 것들이 저기있다. 아직 못 읽어. 물론 가장 큰 뉴스, 물건이 뉴스를 통해 비행 먹으렴, 비 아프리카 genomes가되어 있습니다 1-4% 네안데르탈인. 이것은 결정적 질문을 해결하는 것 같다 예, 우리가 조금 네안데르탈인 있으며 우리는 그들을 대체하지 않았어, 우리는 어떤 interbreeding 그들을 흡수. 아닐지도 모르겠지만 완전히 것이 아니라 이들의 혼합물에가는대로. 로 유전자 표현의 Razib가 ​​포인트, 그것은 환상적인 모습 얼마나 빨리, 데이터의 얼굴에, 패러다임이 이동되었습니다. (좋은 게시물과 토론, 그것을 읽어야).

Razib이 포인트, 그리고 당신이 UCSC에서 발표에서 읽을 수 있습니다, the UCSC 게놈 브라우저는 이제 임시 데이터가 최대 hg18 게놈 어셈블리에. 같은 지역 allelic 차이를 코딩 데이터, 선택적 스위프 데이터, 등등. 네안데르탈인 데이터 이제 UCSC 게놈 브라우저 및 기타 데이터 소스에되는, 우리가 분열 시키려고 수있는 데이터, 그것을 분석할 수 있습니다.. (그리고 당신은 내가 지금까지 그것을 얻을 때 비교 트랙에 내 개인 게놈을 가하고있을거야 알아. 그냥 나중에 알고 호기심).

(부가 가치세, 재미있는 사진이 없습니다, 저작권… 그래서 내가 여기에 게시하지 않습니다, 당신이 체크 아웃 원하는 것일 수도. 재미있는 이야기가있어, 네안데르탈 인 우리의 그림 더 'humanizing 할 년 동안 진화 방법’ 우리는 그들이 도구를 만든 것을 배울 때, 문화를했다 그리고 지금… 우리 조상의 일부입니다…”)

내가 거기 플레이 가서 내가 볼 수 있는지 가려움증 오전, 내가로서 확실히 많은 과학자들이. 빨리 오는 데이터의 거대한 양의이 세상에서해야하는 것도 흥미 롭군요. 내가 패러다임 많은 잠시 동안 이동 될 것 같아요.

UCSC 주요 사이트: http://genome.ucsc.edu 및 왼쪽 탐색 버튼에서 Neandertal 클릭하십시오.

손님 포스트: 잡아, 비교 유전체학을위한 스위트 룸 – 에릭 라이 언스

우리의 지속적인 세미 정기적으로이 다음 게시물 손님 포스트 시리즈 에릭 라이 언스 출신, 의 잡아 캘리포니아 대학, 버클리. 당신은 무료로 제공하는 경우, 공개 게놈 도구를 사용할 수, 데이터베이스 또는 리소스와 손님 게시 기능을 사용자에게 뭔가를 전달하고 싶습니다, wlathe는 AT의 openhelix에 않아서 co.kr로 문의 주시기 바랍니다.

이전 CoGe 게시물 둘 주셔서 감사합니다 (편집자 참고 사항: a GoGe에 일주일의 끝) 그리고 초대 CoGe에 대해 조금 작성. 대부분의 사람들은 아마 CoGe에 익숙하지 않은 때문에, 내가 그것이 설계 방법으로 함께 시작합시다:

피크는 건축과 철학: 한 문제를 해결

CoGe은 비교 유전체학을위한 웹 기반 플랫폼과 많은 연관 웹 기반 도구로 구성되어 있습니다. 전체 시스템은 모든 유기체에서 어셈블리의 모든 상태에서 모든 게놈의 모든 버전을 저장할 수있는 데이터베이스에 매여있다 (부터 현재 ~ 9000 genomes ~ 8000 생물). CoGe의 도구 각각 하나의 작업을 할 수 있도록 설계되었습니다 (g. 게놈에 대한 검색 및 표시 정보, 이 genomes을 비교하고 syntenic dotplots를 생성, 비슷한 순서에 대한 genomes의 수를 검색, 유전자의 목록을 관리할 수, 등등), 서로 연결된. 이것은 미리 정의된 분석 워크플로우가 아무 의미 없다. 대신, 사람들이 관심의 게놈을 탐험하실 수 있습니다, 그들이 원하는 그것을 비교, 나올 법한 재미있는, 그 탐험, 또 뭔가를 찾는, 그 탐험, 등등) 세계의 모든 사람들이 웹 페이지에 몇 가지 버튼을 클릭하여 계산 강력한 분석을 수행할 수 있습니다, 그리고 어떤 genomes 저희는 현재 시스템에로드 거리에 대한 서버의 위기를두고 . 각 도구는 웹 기반이기 때문에, 링크 또는 향후 작품에 대한 분석을 저장 친구에게 보내기하는 쉬운 방법을 생성 도구를 도구에서 이동하는 데 사용됩니다. 이것은 또한 이익을 가지고 우리가 특정 문제를 해결하기 위해 새로운 도구를 개발로, 우리가 해결책을 일반화 할 수, 그리고 CoGe의 데이터베이스에 연결하고 기존의 도구에 연결 설정. 전반적인, 이 CoGe의 기능을 확장 우릴 위해 쉬운 방법을 허용.

계속 읽기

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 덤프: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

  • A 생물 정보학 분석의 큰 목록 알고리즘 및 도구. [삼점의 카드]
  • BMC는 새로운 저널받을 수 있습니다 모바일 디엔에이 (그리고 편집자 - 인 - 서장님 중 하나가되었다 내 박사. 고문, 토마스 Eickbush). 일부 우수한 첫번째 논문 당신이 체크 아웃해야합니다. [삼점의 카드]
  • 유전자 조작 식물에 대한 연구를 재미있는: "transgenes의 효과는 기본적으로 그들의 즉각적인 기능으로 제한됩니다" 인터뷰, 종이가 여기에. [메리]
  • BMC는 말인데, BMC는 생물학 이제 생물학의 저널이 통합 (그들은 '을 다시 시작했습니다’ 에서 그 일기의 실험 생물학 회의, 우리가 어디에서 통로 건너편.. 케이크, 샴페인과 티셔츠! :). 안녕하세요, 무료 iPad 공짜로 나누어위한 사이트를 체크 아웃. 재미, 내가 계산 3 전시 홀에서 iPad 사은품.. [삼점의 카드]
  • 발견이 아니라 내가 생물 정보학에서 브리핑의 특별한 문제에 대한 생물 정보학에 비공식적인 교육에 기사를 쓰고 있었어요. 그것은 NatureNews부터: “미국은 과학이 모두 무료로하게하고자” [제니퍼]
  • Xenopus! 난 항상 그 이름을 좋아. 사실, 지금은 사용하지 않은 것을 자기 발로 받았음을 일부 온라인 인물에 대한….어쨌든, Xenopus은 tropicalis, 현재 사용 가능한 첫번째 양서류 시퀀스, 참조 과학. [메리]

10,000 척추 Genomes

genome10k를 통해 오래 와 프로젝트를 새 발행물 유전 논문집, the 게놈 10K 이 프로젝트는 구호금:

의 DNA 게놈 동물원 - 컬렉션 genomes을 나타내는 시퀀스의 조립 10,000 척추 동물, 모든 척추 속 약 일. 의 DNA 시퀀싱의 비용 절감의 탄도는이 프로젝트가 몇 년 이내에 가능한 것이라고 제안. 척추 종의 유전적 다양성을 캡처 생명 과학 및 전세계 보전 노력에 대한 전례없는 리소스를 만들 겁니다.

10,000 척추 genomes. 그것은 너무 많아. 사실, 그건 50 더 큰 숫자를 접어 현재 진행보다 (그 목록은 chordata입니다, 에 208, 포함한 여러 genomes 한 종을 형성, 인간), 거의 500 전체 척추 genomes의 숫자를 사용할 수 배. 야심찬 목표는 말 이상. The 참가자들이 무리 아르 코디 네이터 데이비드 Haussler 포함 (하워드는 의료 기관을 Hughs, UCSC), 스티븐 오브라이언 (게놈 다양성의 실험실, 국립 암 연구소) 그리고 올리버 라이더 (보전 연구 연구소, 샌 디에고 동물원).

세 코디 네이터’ 기관들은이 프로젝트의 나갈 수 있도록 노력하겠습니다 특별한 혜택의 일부 제안: 의료 정보, 진화 데이터, 보존 노력. 내가 그런 프로젝트가 실제로 그 많은 혜택을 가져올 것이라고 믿고. 기억 20 인간 게놈 프로젝트에 대한 논쟁 년 전 (너무 비싸, 너무 야망, 혜택 불쌍히 여기다되지 않습니다, 큰 과학은 기초 연구를 추진). 난 그게 최악의 두려움이 실현되지 않은, 그리고 그 논할 수있는 것 같아 와서 이미 곧 혜택 다수 있었을. 10한국의 척추의 genomes 이제 가능하고 유익한 것.

물론 이죠, 하나는 공장 프로젝트와 파이크 다운 무척추 동물 프로젝트가있을 수 있습니다 바란다?

그리고, 그것은 말할 필요도 없죠, 당신이 생각하는 경우 데이터베이스 자금 있었다, 접근성, 유용성, 지금 문제 등…

금주의 팁: 박테리아의 게놈 백과 사전 & Archaea (해결 방법)


여름가되는, 이상하게 느린 연결 및 일부 기타 요인, 전 더그 램지로부터 이야기를 삽입 오전 (SciVee에 게시) JGI에서 GEBA 프로젝트 (대신에 팁을 자신하고 :). The Geba 프로젝트 많은 인식, 아니 대부분의 경우, 날짜 순서가되어 세균과 archaeal genomes은 인간의 질병이나 다른 사람의 관심에 어떤 관련을 가지고의. 물론 이것은 합리적이다, 하지만 그것은 또한 박테리아 진화와 게놈 우리의 지식에 큰 격차로 연결됩니다, 우리가 더 나은 우리가 찾는 그 genomes 이해를 도움이 될 관련 지식과 그 지식과 자체는 꽤 잠재적으로 유용 재미있을 수있는. 시퀀스에이 프로젝트에 대해 자세히 배울 수있는 이야기를보기 100 phylogenetically 다양한 세균 및 Archaeal genomes.
나는 또한 JGI의에 대한 소개로 이것을 게시하도록하겠습니다 게놈 채택 프로젝트. 이 프로젝트는 학생 그룹을 채택하고 GEBA 프로젝트에 박테리아를 연구하고 잘하면 우리의 지식과 주석 게놈의 학습을하는 동안에 추가할 수 있습니다. 학생은 다음을 사용하여 채택 게놈 주석을 수 있습니다 그림 - 주문.

"백열" 버섯

2850480540103830173s600x600q85흠, 그런 것 같은데 마법의 버섯. 하지만 그게 내가 말하 는게 아니에요 :).

최근에, 내가 줄 수있는 기회를했습니다 싱가포르에서 유전학 및 유전체학 감염증 회견에서 짧은 워크샵. 그것은 잘 된, 그리고 난 많은 것을 배웠. 나중에, 내 가족이 휴가를 위해 동남 아시아로왔다, 하지만 그들 때문에 방법이 상용 고객 마일입니다, 내가 가진 5 자유 시간의 일. 말레이시아 보르네오, 내가 간다! 나는 새로 발견 된 영국 친구와 사라왁 정글 삼일 하이킹을 보냈다. 그것은 매혹되었다. 나를위한 가장 매혹적인 측면 중 하나는 내 발밑에 별이 있었다.

계속 읽기

고대 Genomes: 네안데르탈인

그래서, 어제는 살 200다윈의 탄생 주년. 축제와 같은 몇 가지 공지 사항을 포함 그날 주변 NPR의 이야기를 많이 UCSC들은 v200th 브라우저 발표 너무 일찍으로 맞춰 하루 코드 (그들은 우연을 이​​기지 못했지 :)). 참시기 적절한 말이라고 또 다른 발표가 발표했다는 연구원 진화 인류학을위한 맥스 플랑크 연구소 있다 네안데르탈인 게놈의 초안 시퀀스를 완료. 이후에만 약 63% 게놈 실제로 적용입니다 (3.7 의 적용 억 bps 3.2 억 혈압의 게놈, duplications과), 하나는 발표 “초안” 조금은 임의의 수, 누가 쓴 사람의 만도 200 주년 “사람의 하강, 섹스 관련 및 선택” 어느만큼 좋​​은 시간입니다. 그리고 우리는 같은 몇 가지를 배우는, 네안데르탈인가 언어에 대한 실제 능력을 들었을 거예요, 하지만 성인 우유를 참을 수 없습니다 (그들의 소화에 동의하지 않았어). 이것은 초안을 예정이다 연구 년이 말에 출판될 것이다. 우리는 물론 거기에 다시 연락 드리겠습니다, 및 기타 브라우저에 링크들이 설정 수도 :디. 고대 genomes 우리에게 뭔가를 가르치고 아르.

의 말하는 것은 어떤, Exploratorium, 내 공정한 도시에서 우수 과학 박물관, 멋진 전시회를 여는데 (사이트 및 온라인에) '하는 방법에 우리는 세상을 알고’ 과학 작동 방식. 이 전시는 인간과 네안데르탈인 DNA의 기원에 특별히입니다 그리고 맥스 플랑크의 연구는 눈에 띄게 피규어.